专利名称:盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶及其编码序列的制作方法
技术领域:
本发明属于生物学领域,具体地说,本发明涉及新的编码盐生杜氏藻(Dunaliella salina)耐盐相关蛋白-3-磷酸甘油脱氢酶的多核苷酸,以及此多核苷酸编码的多肽。本发明还涉及此多核苷酸和多肽的用途和制备。具体地说,本发明的多肽是一种新的耐盐相关蛋白。
背景技术:
目前,世界人口不断增加,而可耕种土地却不断减少。然而,地球上还有许多因盐碱化而无法有效利用的土地资源。为了有效地利用这些盐碱化的土地资源,人们一直在寻找既适应生长而具有较高经济价值的植物品种。然而,迄今为止没有十分合适的植物品种。
另一种开发耐盐碱植物的方法是对已有的植物品种,尤其是具有较高经济价值的植物品种进行改良。然而,传统的植物改良方法费时、费力、并且缺乏针对性。
为了有效地、针对性地改善植物品种的耐盐性,本领域迫切需要开发与耐盐性有关的基因和蛋白。
发明内容
本发明的一个目的是提供一种新的盐生杜氏藻耐盐相关蛋白3-磷酸甘油脱氢酶以及其片段、类似物和衍生物。
本发明的另一目的是提供编码这些多肽的多核苷酸。
本发明的另一目的是提供生产这些多肽的方法以及该多肽和编码序列的用途,尤其是在提高植物耐盐性方面的用途。
盐生杜氏藻(Dunaliella salina)属绿藻门、绿藻纲、团藻目、多毛藻科、杜氏藻属,主要生长于高盐度水体中。细胞形态通常为卵圆形,当外界渗透压发生变化时,其形态可变为球形至纺锤形。它具有两条等长的鞭毛和一个杯状叶绿体,在叶绿体的外缘可积累大量的β-胡萝卜素小滴,是细胞呈橙红色。细胞无细胞壁,具有由糖蛋白形成的包被。盐生杜氏藻与衣藻(Chlamydomonas)具有较近的亲缘关系。本发明人通过多年对盐生杜氏藻的研究,发现了盐生杜氏藻中与耐盐性有关的蛋白-3-磷酸甘油脱氢酶,在此基础上完成了本发明。
在本发明的第一方面,提供新颖的分离出的3-磷酸甘油脱氢酶,该酶源自盐生杜氏藻的,它包含具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽、或其保守性变异多肽、或其活性片段、或其活性衍生物。
较佳地,该酶选自下组(a)具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽;(b)将SEQ ID NO2氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有3-磷酸甘油脱氢酶功能的由(a)衍生的多肽。
更佳地,该酶是具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽。
在本发明的第二方面,提供编码分离的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的多核苷酸,该多核苷酸包含一核苷酸序列,该核苷酸序列与选自下组的一种核苷酸序列有至少70%,较佳地至少80%,更佳地至少90%相同性(a)编码上述盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的多核苷酸;和(b)与多核苷酸(a)互补的多核苷酸。较佳地,该多核苷酸编码具有SEQ ID NO2所示氨基酸序列的多肽。更佳地,该多核苷酸的序列是选自下组的一种(a)具有SEQ ID NO1中1-2103位的序列;(b)具有SEQ ID NO1中1-2106位的序列。
在本发明的第三方面,提供了含有上述多核苷酸的载体,以及被该载体转化或转导的宿主细胞或者被上述多核苷酸直接转化或转导的宿主细胞。
在本发明的第四方面,提供了制备盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的方法,该方法包含(a)在适合表达的条件下,培养上述被转化或转导的宿主细胞;(b)从培养物中分离出盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶。
在本发明的第五方面,提供了与上述的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶特异性结合的抗体。还提供了可用于检测的核酸分子,它含有上述的多核苷酸中连续的15-2106个核苷酸。
在本发明的第六方面,提供了模拟、促进、拮抗盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶活性的化合物,以及抑制盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的表达的化合物。还提供了筛选和/或制备这些化合物的方法。
在本发明的第七方面,提供了检测样品中是否存在3-磷酸甘油脱氢酶的方法,它包括将样品与3-磷酸甘油脱氢酶的特异性抗体接触,观察是否形成抗体复合物,形成了抗体复合物就表示样品中存在3-磷酸甘油脱氢酶。
在本发明的第八方面,提供了本发明多肽和编码序列的用途。例如本发明多肽可被用于筛选促进盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶活性的激动剂,或者筛选抑制盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶活性的拮抗剂、或者被用于肽指纹图谱鉴定。本发明的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的编码序列或其片段,可被作为引物用于PCR扩增反应,或者作为探针用于杂交反应,或者用于制造基因芯片或微阵列。
在本发明的第九方面,提供了一种改善植物耐盐性的方法,它包括步骤(1)提供携带表达载体的农杆菌,所述的表达载体含有3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列,所述的3-磷酸甘油脱氢酶选自下组(a)具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽;(b)将SEQ ID NO2氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有3-磷酸甘油脱氢酶功能的由(a)衍生的多肽。
(2)将植物细胞或组织或器官与步骤(1)中的农杆菌接触,从而使3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列转入植物细胞,并且整合到植物细胞的染色体上;(3)选择出转入3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列的植物细胞或组织或器官;(4)将步骤(3)中的植物细胞或组织或器官再生成植株。
在本发明的第十方面,提供了一种提高微生物(大肠杆菌,酿酒酵母,毕赤酵母等)产甘油能力的方法,它包括步骤(1)构建带有3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列的表达载体,所述的3-磷酸甘油脱氢酶选自下组(a)具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽;(b)将SEQ ID NO2氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有3-磷酸甘油脱氢酶功能的由(a)衍生的多肽。
(2)通过热激法,电转化法等方法将表达载体导入微生物细胞内,从而使微生物细胞具有3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列。
(3)选择出转入3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列的微生物本发明的其它方面由于本文的技术的公开,对本领域的技术人员而言是显而易见的。
具体实施例方式
在本发明中,术语“3-磷酸甘油脱氢酶(glycerol-3-phosphatedehydrogenase,GPDH)”、“3-磷酸甘油脱氢酶多肽”或“耐盐相关蛋白3-磷酸甘油脱氢酶”可互换使用,都指具有盐生杜氏藻耐盐相关蛋白3-磷酸甘油脱氢酶氨基酸序列(SEQ ID NO2)的蛋白或多肽。它们包括含有或不含起始甲硫氨酸的耐盐相关蛋白3-磷酸甘油脱氢酶。
3-磷酸甘油脱氢酶催化的反应如下
如本文所用,“分离的”是指物质从其原始环境中分离出来(如果是天然的物质,原始环境即是天然环境)。如活体细胞内的天然状态下的多聚核苷酸和多肽是没有分离纯化的,但同样的多聚核苷酸或多肽如从天然状态中同存在的其他物质中分开,则为分离纯化的。
如本文所用,“分离的3-磷酸甘油脱氢酶或多肽”是指3-磷酸甘油脱氢酶基本上不含天然与其相关的其它蛋白、脂类、糖类或其它物质。本领域的技术人员能用标准的蛋白质纯化技术纯化3-磷酸甘油脱氢酶。基本上纯的多肽在非还原聚丙烯酰胺凝胶上能产生单一的主带。
本发明的多肽可以是重组多肽、天然多肽、合成多肽,优选重组多肽。本发明的多肽可以是天然纯化的产物,或是化学合成的产物,或使用重组技术从原核或真核宿主(例如,细菌、酵母、高等植物、昆虫和哺乳动物细胞)中产生。根据重组生产方案所用的宿主,本发明的多肽可以是糖基化的,或可以是非糖基化的。本发明的多肽还可包括或不包括起始的甲硫氨酸残基。
本发明还包括盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的片段、衍生物和类似物。如本文所用,术语“片段”、“衍生物”和“类似物”是指基本上保持本发明的天然盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶相同的生物学功能或活性的多肽。本发明的多肽片段、衍生物或类似物可以是(i)有一个或多个保守或非保守性氨基酸残基(优选保守性氨基酸残基)被取代的多肽,而这样的取代的氨基酸残基可以是也可以不是由遗传密码编码的,或(ii)在一个或多个氨基酸残基中具有取代基团的多肽,或(iii)成熟多肽与另一个化合物(比如延长多肽半衰期的化合物,例如聚乙二醇)融合所形成的多肽,或(iv)附加的氨基酸序列融合到此多肽序列而形成的多肽(如前导序列或分泌序列或用来纯化此多肽的序列或蛋白原序列,或与抗原IgG片段的形成的融合蛋白)。根据本文的教导,这些片段、衍生物和类似物属于本领域熟练技术人员公知的范围。
在本发明中,术语“盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶”指具有盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶活性的SEQ ID NO.2序列的多肽。该术语还包括具有与盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶相同功能的、SEQ ID NO.2序列的变异形式。这些变异形式包括(但并不限于)一个或多个(通常为1-50个,较佳地1-30个,更佳地1-20个,最佳地1-10个)氨基酸的缺失、插入和/或取代,以及在C末端和/或N末端添加一个或数个(通常为20个以内,较佳地为10个以内,更佳地为5个以内)氨基酸。例如,在本领域中,用性能相近或相似的氨基酸进行取代时,通常不会改变蛋白质的功能。又比如,在C末端和/或N末端添加一个或数个氨基酸通常也不会改变蛋白质的功能。该术语还包括盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的活性片段和活性衍生物。
该多肽的变异形式包括同源序列、保守性变异体、等位变异体、天然突变体、诱导突变体、在高或低的严紧度条件下能与盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶DNA杂交的DNA所编码的蛋白、以及利用抗盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的抗血清获得的多肽或蛋白。本发明还提供了其他多肽,如包含盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶或其片段的融合蛋白。除了几乎全长的多肽外,本发明还包括了盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的可溶性片段。通常,该片段具有盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶序列的至少约10个连续氨基酸,通常至少约30个连续氨基酸,较佳地至少约50个连续氨基酸,更佳地至少约80个连续氨基酸,最佳地至少约100个连续氨基酸。
发明还提供盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶或多肽的类似物。这些类似物与天然盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的差别可以是氨基酸序列上的差异,也可以是不影响序列的修饰形式上的差异,或者兼而有之。这些多肽包括天然或诱导的遗传变异体。诱导变异体可以通过各种技术得到,如通过辐射或暴露于诱变剂而产生随机诱变,还可通过定点诱变法或其他已知分子生物学的技术。类似物还包括具有不同于天然L-氨基酸的残基(如D-氨基酸)的类似物,以及具有非天然存在的或合成的氨基酸(如β、γ-氨基酸)的类似物。应理解,本发明的多肽并不限于上述例举的代表性的多肽。
修饰(通常不改变一级结构)形式包括体内或体外的多肽的化学衍生形式如乙酰化或羧基化。修饰还包括糖基化,如那些在多肽的合成和加工中或进一步加工步骤中进行糖基化修饰而产生的多肽。这种修饰可以通过将多肽暴露于进行糖基化的酶(如哺乳动物的糖基化酶或去糖基化酶)而完成。修饰形式还包括具有磷酸化氨基酸残基(如磷酸酪氨酸,磷酸丝氨酸,磷酸苏氨酸)的序列。还包括被修饰从而提高了其抗蛋白水解性能或优化了溶解性能的多肽。
在本发明中,“盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶保守性变异多肽”指与SEQID NO2的氨基酸序列相比,有至多10个,较佳地至多8个,更佳地至多5个,最佳地至多3个氨基酸被性质相似或相近的氨基酸所替换而形成多肽。这些保守性变异多肽最好根据表1进行氨基酸替换而产生。
表1
本发明的多核苷酸可以是DNA形式或RNA形式。DNA形式包括cDNA、基因组DNA或人工合成的DNA。DNA可以是单链的或是双链的。DNA可以是编码链或非编码链。编码成熟多肽的编码区序列可以与SEQ ID NO1所示的编码区序列相同或者是简并的变异体。如本文所用,“简并的变异体”在本发明中是指编码具有SEQ ID NO2的蛋白质,但与SEQ ID NO1所示的编码区序列有差别的核酸序列。
编码SEQ ID NO2的成熟多肽的多核苷酸包括只编码成熟多肽的编码序列;成熟多肽的编码序列和各种附加编码序列;成熟多肽的编码序列(和任选的附加编码序列)以及非编码序列。
术语“编码多肽的多核苷酸”可以是包括编码此多肽的多核苷酸,也可以是还包括附加编码和/或非编码序列的多核苷酸。
本发明还涉及上述多核苷酸的变异体,其编码与本发明有相同的氨基酸序列的多肽或多肽的片段、类似物和衍生物。此多核苷酸的变异体可以是天然发生的等位变异体或非天然发生的变异体。这些核苷酸变异体包括取代变异体、缺失变异体和插入变异体。如本领域所知的,等位变异体是一个多核苷酸的替换形式,它可能是一个或多个核苷酸的取代、缺失或插入,但不会从实质上改变其编码的多肽的功能。
本发明还涉及与上述的序列杂交且两个序列之间具有至少50%,较佳地至少70%,更佳地至少80%相同性的多核苷酸。本发明特别涉及在严格条件下与本发明所述多核苷酸可杂交的多核苷酸。在本发明中,“严格条件”是指(1)在较低离子强度和较高温度下的杂交和洗脱,如0.2×SSC,0.1%SDS,60℃;或(2)杂交时加有变性剂,如50%(v/v)甲酰胺,0.1%小牛血清/0.1%Ficoll,42℃等;或(3)仅在两条序列之间的相同性至少在90%以上,更好是95%以上时才发生杂交。并且,可杂交的多核苷酸编码的多肽与SEQ ID NO2所示的成熟多肽有相同的生物学功能和活性。
本发明还涉及与上述的序列杂交的核酸片段。如本文所用,“核酸片段”的长度至少含15个核苷酸,较好是至少30个核苷酸,更好是至少50个核苷酸,最好是至少100个核苷酸以上。核酸片段可用于核酸的扩增技术(如PCR)以确定和/或分离编码3-磷酸甘油脱氢酶的多聚核苷酸。
本发明中的多肽和多核苷酸优选以分离的形式提供,更佳地被纯化至均质。
本发明的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶核苷酸全长序列或其片段通常可以用PCR扩增法、重组法或人工合成的方法获得。对于PCR扩增法,可根据本发明所公开的有关核苷酸序列,尤其是开放阅读框序列来设计引物,并用市售的cDNA库或按本领域技术人员已知的常规方法所制备的cDNA库作为模板,扩增而得有关序列。当序列较长时,常常需要进行两次或多次PCR扩增,然后再将各次扩增出的片段按正确次序拼接在一起。
一旦获得了有关的序列,就可以用重组法来大批量地获得有关序列。这通常是将其克隆入载体,再转入细胞,然后通过常规方法从增殖后的宿主细胞中分离得到有关序列。
此外,还可用人工合成的方法来合成有关序列,尤其是片段长度较短时。通常,通过先合成多个小片段,然后再进行连接可获得序列很长的片段。
目前,已经可以完全通过化学合成来得到编码本发明蛋白(或其片段,或其衍生物)的DNA序列。然后可将该DNA序列引入本领域中已知的各种现有的DNA分子(或如载体)和细胞中。此外,还可通过化学合成将突变引入本发明蛋白序列中。
本发明也涉及包含本发明的多核苷酸的载体,以及用本发明的载体或3-磷酸甘油脱氢酶编码序列经基因工程产生的宿主细胞,以及经重组技术产生本发明所述多肽的方法。
通过常规的重组DNA技术(Science,1984;2241431),可利用本发明的多聚核苷酸序列可用来表达或生产重组的3-磷酸甘油脱氢酶。一般来说有以下步骤(1).用本发明的编码盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的多核苷酸(或变异体),或用含有该多核苷酸的重组表达载体转化或转导合适的宿主细胞;(2).在合适的培养基中培养的宿主细胞;(3).从培养基或细胞中分离、纯化蛋白质。
本发明中,盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶多核苷酸序列可插入到重组表达载体中。术语“重组表达载体”指本领域熟知的细菌质粒、噬菌体、酵母质粒、植物细胞病毒、哺乳动物细胞病毒或其他载体。总之,只要能在宿主体内复制和稳定,任何质粒和载体都可以用。表达载体的一个重要特征是通常含有复制起点、启动子、标记基因和翻译控制元件。
本领域的技术人员熟知的方法能用于构建含盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶编码DNA序列和合适的转录/翻译控制信号的表达载体。这些方法包括体外重组DNA技术、DNA合成技术、体内重组技术等。所述的DNA序列可有效连接到表达载体中的适当启动子上,以指导mRNA合成。表达载体还包括翻译起始用的核糖体结合位点和转录终止子。
此外,表达载体优选地包含一个或多个选择性标记基因,以提供用于选择转化的宿主细胞的表型性状,如真核细胞培养用的二氢叶酸还原酶、新霉素抗性以及绿色荧光蛋白(GFP),或用于大肠杆菌的四环素或氨苄青霉素抗性。
包含上述的适当DNA序列以及适当启动子或者控制序列的载体,可以用于转化适当的宿主细胞,以使其能够表达蛋白质。
宿主细胞可以是原核细胞,如细菌细胞;或是低等真核细胞,如酵母细胞;或是高等真核细胞,如植物细胞。代表性例子有大肠杆菌,链霉菌属、农杆菌;真菌细胞如酵母;植物细胞;昆虫细胞等。
本发明的多核苷酸在高等真核细胞中表达时,如果在载体中插入增强子序列时将会使转录得到增强。增强子是DNA的顺式作用因子,通常大约有10到300个碱基对,作用于启动子以增强基因的转录。
本领域一般技术人员都清楚如何选择适当的载体、启动子、增强子和宿主细胞。
用重组DNA转化宿主细胞可用本领域技术人员熟知的常规技术进行。当宿主为原核生物如大肠杆菌时,能吸收DNA的感受态细胞可在指数生长期后收获,用CaCl2法处理,所用的步骤在本领域众所周知。另一种方法是使用MgCl2。如果需要,转化也可用电穿孔的方法进行。当宿主是真核生物,可选用如下的DNA转染方法磷酸钙共沉淀法,常规机械方法如显微注射、电穿孔、脂质体包装等。转化植物也可使用农杆菌转化或基因枪转化等方法,例如叶盘法。对于转化的植物细胞、组织或器官可以用常规方法再生成植株,从而获得耐盐性提高的植物。
获得的转化子可以用常规方法培养,表达本发明的基因所编码的多肽。根据所用的宿主细胞,培养中所用的培养基可选自各种常规培养基。在适于宿主细胞生长的条件下进行培养。当宿主细胞生长到适当的细胞密度后,用合适的方法(如温度转换或化学诱导)诱导选择的启动子,将细胞再培养一段时间。
在上面的方法中的重组多肽可在细胞内、或在细胞膜上表达、或分泌到细胞外。如果需要,可利用其物理的、化学的和其它特性通过各种分离方法分离和纯化重组的蛋白。这些方法是本领域技术人员所熟知的。这些方法的例子包括但并不限于常规的复性处理、用蛋白沉淀剂处理(盐析方法)、离心、渗透破菌、超处理、超离心、分子筛层析(凝胶过滤)、吸附层析、离子交换层析、高效液相层析(HPLC)和其它各种液相层析技术及这些方法的结合。
重组的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶或多肽有多方面的用途。例如用于筛选促进或对抗3-磷酸甘油脱氢酶功能的抗体、多肽或其它配体。用表达的重组盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶筛选多肽库可用于寻找有价值的能抑制或刺激盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶功能的多肽分子。
另一方面,本发明还包括对盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶DNA或是其片段编码的多肽具有特异性的多克隆抗体和单克隆抗体,尤其是单克隆抗体。较佳地,指那些能与盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因产物或片段结合但不识别和结合于其它非相关抗原分子的抗体。本发明中抗体包括那些能够结合并抑制盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的分子,也包括那些并不影响盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶功能的抗体。本发明还包括那些能与修饰或未经修饰形式的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因产物结合的抗体。
本发明不仅包括完整的单克隆或多克隆抗体,而且还包括具有免疫活性的抗体片段、或嵌合抗体。
本发明的抗体可以通过本领域内技术人员已知的各种技术进行制备。例如,纯化的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因产物或者其具有抗原性的片段,可被施用于动物以诱导多克隆抗体的产生。与之相似的,表达盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶或其具有抗原性的片段的细胞可用来免疫动物来生产抗体。此类单克隆抗体可以利用杂交瘤技术来制备。本发明的各类抗体可以利用盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因产物的片段或功能区,通过常规免疫技术获得。这些片段或功能区可以利用重组方法制备或利用多肽合成仪合成。与盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因产物的未修饰形式结合的抗体可以用原核细胞(例如E.Coli)中生产的基因产物来免疫动物而产生;与翻译后修饰形式结合的抗体(如糖基化或磷酸化的蛋白或多肽),可以用真核细胞(例如酵母或昆虫细胞)中产生的基因产物来免疫动物而获得。
抗盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的抗体可用于检测样品中的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶。例如通过定量检测盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶,并利用3-磷酸甘油脱氢酶与盐浓度的相关性,可以确定盐生杜氏藻生产环境中盐浓度。
多克隆抗体的生产可用盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶或多肽免疫动物,如家兔,小鼠,大鼠等。多种佐剂可用于增强免疫反应,包括但不限于弗氏佐剂等。
本发明还涉及定量和定位检测盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶水平的测试方法。这些试验是本领域所熟知的,且包括FISH测定和放射免疫测定。试验中所检测的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶水平,可用于解释盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶在耐盐性方面重要性。
一种检测检测样品中是否存在3-磷酸甘油脱氢酶的方法是利用3-磷酸甘油脱氢酶的特异性抗体进行检测,它包括将样品与3-磷酸甘油脱氢酶特异性抗体接触;观察是否形成抗体复合物,形成了抗体复合物就表示样品中存在3-磷酸甘油脱氢酶。
本发明的多核苷酸的一部分或全部可作为探针固定在微阵列(microarray)或DNA芯片(又称为“基因芯片”)上,用于分析组织中基因的差异表达分析。用3-磷酸甘油脱氢酶特异的引物进行RNA-聚合酶链反应(RT-PCR)体外扩增也可检测3-磷酸甘油脱氢酶的转录产物。
在本发明的一个实例中,提供了一种分离的多核苷酸,它编码具有SEQ IDNO2所示氨基酸序列的多肽。本发明的多核苷酸是从盐生杜氏藻cDNA文库中分离出的。其序列如SEQ ID N01所示,它包含的多核苷酸序列全长为2106个碱基,其开放读框位于1-2103位,编码全长为701个氨基酸的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶(SEQ ID NO2)。3-磷酸甘油脱氢酶为改善植物的耐盐性,以及提高生物有机体(植物,大肠杆菌,酵母,毕赤酵母,假丝酵母)产甘油能力提供了新的途径,因而具有巨大的应用前景。
下面结合具体实施例,进一步阐述本发明。应理解,这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法,通常按照常规条件如Sambrook等人,分子克隆实验室手册(New YorkColdSpring Harbor Laboratory Press,1989)中所述的条件,或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1
盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因的克隆1.盐生杜氏藻的采集(Collection)盐生杜氏藻(Dunaliella salina)购自武汉水生生物研究所藻种库。
2.Poly A+RNA的分离(Poly A+RNA isolation)用Trizol试剂(Gibco,NY,USA)提取盐生杜氏藻的总RNA。用甲醛变性胶电泳鉴定总RNA质量。使用Oligotex mRNA Kits(Qiagen)提供的试剂盒操作说明书抽取盐生杜氏藻的mRNA。
3.盐生杜氏藻cDNA文库的构建(Cloning of Full-length cDNA)使用Smart cDNA Library Construction Kit(ClonTech)提供的试剂盒说明书,以λTriplEX2为载体,构建盐生杜氏藻的cDNA噬菌体文库。
4.基因的全长克隆(Cloning of Full-length cDNA)通过对大量不同物种(包括衣藻、酵母、大肠杆菌等)的3-磷酸甘油脱氢酶进行比较,确定了部分氨基酸保守序列。据此设计简并引物,采用RACE方法(Gibco试剂盒,NY,USA)进行cDNA全长克隆,分三个阶段进行(1)使用简并引物,以Poly A+RNA为模板,进行RT-PCR扩增以寡核苷酸5′GTN GGN TCN GGN GCI TGG G 3′(SEQ ID NO3)为正向引物寡核苷酸5′CNG CDA TRT TNG CIC CCA T 3′(SEQ ID NO4)为反向引物,以Poly A+RNA为模板,进行RT-PCR扩增,扩增条件为94℃5分钟,随后94℃ 30秒、55℃ 30秒、72℃ 1分钟进行35个循环,最后以72℃延伸5分钟。电泳检测PCR扩增产物,获得的片段长度约为0.45kb,回收片段连接到购买的T-easy载体上,用SP6或T7作为通用引物,采用终止荧光标记(Big-Dye,Perkin-Elmer,USA)的方法,在ABI377测序仪(Perkin-Elmer,USA)上进行测序,测得一个457bp序列。
将该序列及其编码蛋白质序列用BLAST程序在Non-redundantGenBank+EMBL+DDBJ+Swissprot+Superdate+PIR数据库进行核苷酸和蛋白质同源性检索,结果发现它与千屈菜的3-磷酸甘油脱氢酶基因有较高的同源性,证实了简并引物的正确。
(2).RACE根据以上序列分析设计5’RACE引物5’TAC GGG ACA CCA TCT GGC TAA TGA G 3’(SEQ ID NO5);3’RACE引物5’TGC ACA GCC GTG CGC ATG GT3’(SEQ ID NO6);使用SMARTTM RACE cDNA Amplification Kit(Clontech),按照操作手册进行,得到盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因的5’和3’端序列。
(3).PCR扩增得到3-磷酸甘油脱氢酶基因编码区(过程同(1))。
在拼接得到全长(包括完整的开放读框)的基础上,进一步设计引物以寡核苷酸5’CTT GGC AGC AGA ACA GTG AGG3’(SEQ ID NO7)为正向引物;寡核苷酸5’TGT GGT TGC TTA GTA GTA GTC GTT C 3’(SEQ ID NO8)为反向引物,以用常规方法抽提的盐生杜氏藻总RNA为模板,进行RT-PCR扩增,然后按常规方法以PCR扩增产物进行克隆、测序。结果验证了盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶蛋白的全长编码序列的正确性。
盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因全长序列如SEQ ID NO1所示,其中读框位置是1-2103位。
atgcttctcc agaaaggaaa cattggcaag gggatcgccc agcctgtgca gcgccgagga 60gtgccctcag ccttgcgcca cgccccgctt gcgaacaagg tcgccacccc agcggtcgct 120ccccaaggcc tcttgaggcc tatcctgagt gaaaggggca gcccagcgtt gctgaagcgc 180caacgggcgc tggatgtcgt gttgcgcgct gcggagaccg agcaggaggc ggagaatgcc 240ggcacggtgg tgcccgggga tgggtgggag agcttccccc cgcccccgta cgagccctct 300gagcaggtcc tcgacctgtg gcagcaggcg gatgccgtgt gtttcgatgt ggaccgcacc 360gtgacaactg acgcctcagt tggcctgctg gccaagttca tgggcatcga ggatgaggca 420cagtccctga cggagcaggc caacaggggc gagatcaacc tcaccaaggc ctttgaggat 480cgcctggcca aactgaactt cacccccaca gacattgacc gattccttga ggagcaccct 540gctcacaccc gcctggttcc gggtgtggag aacctcattg cagccctgaa ggctcgtgga 600gtggaggtgt tcctcatctc tggcggcttc agggagatgg ccctgcccat tgcttcccac 660ctcaagatcc ctgcaaagaa cgtgttctgc aacaccatgt cctggcagct ggacgaccat 720ggtgagcccg tccgcctgca gggcctggac atgacccgcg ccgcagagag ccacttcaaa 780tcgcgcgcta ttgagcgcat taggaggaag tacccctaca acaacatcat catggttgga 840gatggcttca gtgacctgga ggccatgcag ggctcccccg atggagcaga tgccttcatc 900tgcttcggtg gcgtcatgca acgacctgcc gtggccagcc aggccgactg gtttgtgcgc 960tcatacgatg agctgatggc caagctgaag cgctacaagg tgaccatggt gggctccggg1020gcctgggcct gcacagccgt gcgcatggtg gcccagagca cagcagaggc cgcccagctg1080ccaggctccg tgttcgagaa ggaggtgacc atgtgggtgc acgaggagaa gcactccggc1140cgcaacctga tcgagtacat caacgagaac catgagaacc ccatctactt gcctggcatt1200gacctgggcg agaacgtcaa ggccacctcc gatttgatcg aggcggtccg tggcgctgat1250gccctcatct tctgcgcacc ccatcaattc atgcatggca tttgcaagca gctggctgct1320gcgcgcgtcg tcggccgcgg cgtgaaggcc atcagcttga ccaagggcat gcgtgtgcgt1380
gctgagggcc cgcagctcat tagccagatg gtgtcccgta tcctgggcat cgactgctca1440gtgctcatgg gtgctaacat tgctggcgac attgccaagg aggagctgtc tgaggctgtg1500attgcctatg ccaaccgcga gtctggcagc ctgtggcagc agctgttcca gcgcccctac1560ttcgccatta acctgcttgc ggatgtgccg ggcgctgaga tgtgcggtac cctgaagaac1620atcgtggctg tgggcgcagg cattggtgac ggcctgggcg taggccccaa cagtaaagcc1680tccatcctgc gacaaggcct gagtgagatg aggaagttct gcaagttcat ctccccctca1740gtgcgcgatg acaccttctt cgagtcctgc ggtgtagctg atttgattgc cagcagctat1800ggcggccgca acaggcgcgt ggctgaggcc tgggcccaga agaggatcgc tggtgatgac1860caggtcacgt tcgagaagct tgagaaggag atgctgaacg gccagaagct gcagggtgtg1920ctaacaagcg acgaggtcca agaaatcctg cacgcacgtg gctgggagct ggaattcccc1980ttgttcacca ccatcaacag aatcatccat ggcgaggtcc caccaaccat gatcttgagg2040taccgcgtgg cctgctccat gcccagcatg cctccagctc gccgtgtagt gaacgactac2100tactaa 2106(SEQ ID N01)盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因编码一个由701个氨基酸构成3-磷酸甘油脱氢酶,其序列如SEQ ID NO2所示。
1MLLQKGNIGK GIAQPVQRRG VPSALRHAPL ANKVATPAVA PQGLLRPILS51ERGSPALLKR QRALDVVLRA AETEQEAENA GTVVPGDGWE SFPPPPYEPS101EQVLDLWQQA DAVCFDVDRT VTTDASVGLL AKFMGIEDEA QSLTEQANRG151EINLTKAFED RLAKLNFTPT DIDRFLEEHP AHTRLVPGVE NLIAALKARG201VEVFLISGGF REMALPIASH LKIPAKNVFC NTMSWQLDDH GEPVRLQGLD251MTRAAESHFK SRAIERIRRK YPYNNIIMVG DGFSDLEAMQ GSPDGADAFI301CFGGVMQRPA VASQADWFVR SYDELMAKLK RYKVTMVGSG AWACTAVRMV351AQSTAEAAQL PGSVFEKEVT MWVHEEKHSG RNLIEYINEN HENPIYLPGI401DLGENVKATS DLIEAVRGAD ALIFCAPHQF MHGICKQLAA ARVVGRGVKA451ISLTKGMRVR AEGPQLISQM VSRILGIDCS VLMGANIAGD IAKEELSEAV501IAYANRESGS LWQQLFQRPY FAINLLADVP GAEMCGTLKN IVAVGAGIGD551GLGVGPNSKA SILRQGLSEM RKFCKFISPS VRDDTFFESC GVADLIASSY601GGRNRRVAEA WAQKRIAGDD QVTFEKLEKE MLNGQKLQGV LTSDEVQEIL651HARGWELEFP LFTTINRIIH GEVPPTMILR YRVACSMPSM PPARRVVNDY701Y(SEQ ID NO2)实施例2盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶蛋白的结构和功能将盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因全长序列及其编码蛋白用BLAST程序在Non-redundant GenBank+EMBL+DDBJ+PDB和Non-redundant GenBank cdstranslations+PDB+SwissProt+PIR数据库进行核苷酸和蛋白质同源性检索,结果发现在氨基酸水平上,它与千屈菜(Cuphea lanceolata)的3-磷酸甘油脱氢酶基因蛋白(Swissprot Accession No.P52425)有45.9%的相同性和58.4%的相似性。
将盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶蛋白的氨基酸在blocks数据库(http//www.blocks.fhcrc.org)中检索结构域,发现在氨基酸序列中存在3-磷酸甘油脱氢酶蛋白的所有模块,对应模块号为IPB001652A、IPB001652B、IPB001652C、IPB001652D、IPB001652E、IPB001652F、IPB001652G、IPB001652H,分布如下
在该氨基酸序列中存在3-磷酸甘油脱氢酶蛋白功能模块,因此可预见其具有3-磷酸甘油脱氢酶蛋白的相应功能。
实施例3盐生杜氏藻cDNA文库大规模测序和表达谱芯片的构建(High ThroughputSequencing of cDNA Library and Construction of Expression Microarray)对所得的盐生杜氏藻cDNA文库中的克隆进行序列测定,用所测得的靶序列构建表达谱芯片。将测序所得的克隆子溶解于3×SSC溶液中,使用Cartesian公司的Cartesian 7500点样仪及TeleChem公司的硅烷化玻片,按公司提供的使用说明书操作。点样后玻片经水合、干燥、UV交连,再分别用SDS、水处理10分钟,晾干备用。
实施例4盐生杜氏藻表达谱芯片的筛选(Screening of the Expression Microarry)使用0.5mol/l、1.5mol/l、4.5mol/l浓度的NaCl溶液分别处理盐生杜氏藻2小时后,提取不同盐浓度处理后的盐生杜氏藻mRNA,分别用Cy3-dUTP和Cy5-dUTP标记,与表达谱芯片杂交,用General Scanning公司的ScanArray 3000扫描芯片,用Axon公司的Genepix 3.01软件分析荧光信号强度。
表达谱芯片杂交结果显示,有若干基因的表达量与盐生杜氏藻的生长盐浓度呈高度相关。其中,3-磷酸甘油脱氢酶基因为其中一条。其具体数据分为三组第一组为cy5(4M)、cy3(1.5M)标记的;第二组为cy5(4M)、cy3(0.5M)标记的;第三组为cy5(1.5M)、cy3(0.5M)标记的。三组标记荧光信号强度的自然对数ln(cy5/cy3)的平均值为0.3,这说明随着盐浓度的变化,该基因的表达差异在2倍左右。
综上所述,3-磷酸甘油脱氢酶为一未见报道的新型耐盐相关蛋白。
实施例5盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因表达载体的构建根据盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因的全长编码序列,设计扩增出完整编码阅读框的引物(对应于SEQ ID NO1中最前20bp和最后20bp),经PCR扩增后,将盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因cDNA克隆至中间载体pBluescript(购自Stratagene公司),进一步克隆到双元表达载体pBI 121(购自Clontech公司),在保证阅读框的前提下鉴定好的表达载体,在将其转入农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)中,获得阳性克隆,用于转化模式植物烟草。
实施例6利用叶盘法转化烟草按如下步骤转化烟草(1)用无菌牙签挑取YEB选择平板上的实施例5中制备的农杆菌阳性克隆,接种于2M LYEB液体(Sm+,Kan+),28℃,200rpm振荡培养24-36小时;(2)室温下4,000g离心10分钟;(3)弃上清,菌体用1/2 MS液体培养基悬浮,稀释到原体积的5-20倍,使菌液的OD600在0.5左右;(4)取生长两周左右的烟草的无菌叶片,去掉其主叶脉,将其剪成约1cm2见方的小叶片;(5)将叶片放入制备好的菌液中,浸泡2-5分钟,在无菌滤纸上吸干菌液;(6)把经侵染的叶片放于MS培养基上,28℃暗培养48小时;(7)将叶片转到愈伤培养基(MS+6-BA 1.0mg/L+NAA 0.1mg/L+Kan 50mg/L+羧卞青霉素250mg/L)上,25-28℃光照下培养,7-15天可见愈伤组织的形成;(8)约20天后可见分化芽长出,带芽长大后,切下,置于生根培养基(1/2MS+NAA 0.5mg/L+Kan 25mg/L)上进行生根培养,2-7天左右生根;待根系发达后,将植株取出,用无菌水洗净附着的固体培养基,移入土壤中,刚开始用玻璃罩罩几天,待植株健壮后再取下玻璃罩,温室中培养。
实施例7转酵母3-磷酸甘油脱氢酶基因工程菌高产甘油
(1)表达载体构建根据盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因的全长编码序列(SEQ ID NO1),设计扩增出完整编码读框的引物正向引物为5′CGCAGGATCCGATGGTTGGAGATGGCTTCAG3′(SEQ ID NO9)反向引物为5′CGTGGAGCTCTGTGGTTGCTTAGTAGTAGTCGTTC3′(SEQ ID NO10)并在正反引物上分别引入BamHI以及SacI限制性酶切位点。盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶基因的全长基因经PCR扩增后,克隆至表达载体pRS426-CUP(购自Clontech公司),在保证阅读框正确的前提下鉴定表达载体,将其转入模式生物酿酒酵母。
(2)电转化法转化酿酒酵母A.用无菌牙签挑取YEPD平板中酿酒酵母单菌落于2mL液体YEPD培养基中,28℃,200rpm振荡培养过夜。
B.次日转入200mLYEPD培养基中28℃,200rpm振荡培养直至OD600=1.0~1.3之间。
C.将细胞转移至50mL离心管中4000rpm,4℃离心10min,弃取上清。
D.将等体积的去离子水加入离心管中,重悬细胞,4000rpm,4℃离心10min。弃取上清。
E.将一半体积的去离子水加入离心管中,重悬细胞,4000rpm,4℃离心10min。弃取上清。
F.将一半体积的1M山梨醇加入离心管中,重悬细胞,4000rpm,4℃离心10min。弃取上清。
G.将500μL的1M山梨醇加入离心管。
H.将100μL感受态酵母细胞与100ng质粒DNA混匀,加入至0.1cm电击杯中冰浴20min,放置于BioRed电穿孔仪中按25μF,1500V电击。
I.然后迅速加入1mL 1M山梨醇,混匀后将部分细胞涂布于选择平板上(无尿嘧啶培养基)30℃培养3~6天,从而获得转入3-磷酸甘油脱氢酶的酵母菌株。
(3)转基因酵母的甘油测定在1μM~100μM Cu2+诱导条件下,通过甘油试剂盒(购自r-Biopharm公司或说明所用的试剂和测定方法)所提供的操作说明,测定在GPDH基因表达时甘油的产量。
结果表明,转入3-磷酸甘油脱氢酶的酵母菌株的甘油产量比对照(未3-磷酸甘油脱氢酶的酵母菌株)高5倍。此外,转入3-磷酸甘油脱氢酶的酵母菌株经诱导后,其细胞裂解物在对应于约76KDa处有一明显的3-磷酸甘油脱氢酶条带。
实施例8盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的分离、纯化及酶活测定1、酶的纯化所有层析过程都于室温(20℃左右)在Pharmacia公司的FPLC系统(III型)上进行。
1.1培养条件盐生杜氏藻的培养分为三个阶段0.17M NaCl连续的光照培养,1周;0.5M NaCl以5%或者10%的接种量将第一阶段的盐藻接种在新的培养基上,相同培养条件,1周;1.0M NaCl将二阶段的盐藻接在1.0M NaCl的培养基上连续培养5天,期间摇床培养,光照周期为light∶dark=16∶8h,光照强度为150umol·m-2·s-l,培养的过程中要通5%的CO2。培养物总体积约6L。1.2酶的粗提取培养1周的藻在4500×g离心收集,得鲜重约6g。加100mL A液(TDG buffer(pH6.9)100mM Tris,1mM DTT,2.5%(v/v)甘油)。冰浴超声破碎,超声功率200W,每次作用时间8s,间隔30s,共作用10次。4℃ 40000×g离心30min,取上清液作为粗提液。
1.3 PEG分级在不停搅拌的条件下缓缓加入50%的PEG8000储液,至PEG终浓度为15%,静置30min。40000×g离心30min,取上清,加入MgCl2至10mmol/L,再加入PEG储液至终浓度为25%,静置60min。以上所有操作都在冰浴下进行。4℃ 40000×g离心30min,取沉淀复溶于60mL A液,用于DEAE离子交换层析。
1.4 DEAE离子交换层析DEAE Sepharose Fast Flow柱(10cm×1.6cm)经A液平衡后加酶液,流速1mL/min。上柱后先用40mL A液洗去未吸附的蛋白,然后以100mL A液对100mL B液(A液+1.0mol/L NaCl)进行0~1.0mol/L NaCl线性梯度洗脱,流速1.5mL/min。3-磷酸甘油脱氢酶活性部分约在0.24~0.3mol/L的NaCl处洗脱。
1.5 Blue Sepharose CL-6B拟亲和层析收集DEAE Sepharose Fast Flow柱上洗脱的3-磷酸甘油脱氢酶液在4℃不停搅拌的条件下加MgCl2至10mmol/L,再缓缓加入PEG 8000储液,至PEG终浓度为25%,静置60min。4℃ 40000×g离心30min,取沉淀复溶于6mL A液。酶液上至A液平衡过的Blue Sepharose CL-6B柱(2cm×0.8cm),上样流速为0。再用C液(A液+5mmol/L NADH)洗脱,洗脱流速0.2mL/min。收集洗脱下来的酶液。
1.6 QHP柱层析上柱前所有溶液抽气,过滤,以A液平衡QHP柱。Blue Sepharose层析收集的酶液10000×g离心以除去不溶物后上柱。先用2mL A液洗柱,然后用A液对B液进行0~1.0mol/L NaCl线性梯度结合阶梯式地洗脱,流速0.5mL/min。3-磷酸甘油脱氢酶约在0.33mol/L NaCl处洗脱下来。
2、酶活性的测定测定正反应,即DHAP还原能力。反应液中包括缓冲液pH6.9包括(33mM的Hepes,34mM的Tricine,33mM的Mes)0.2mM NAD(P)H,1mM DHAP,50~100μL酶液(视活力高低加适当体积),总体积为1ml。反应以加入辅酶开始,反应温度为25℃。用BACKMAN DU7200分光光度计在340nm处测定单位时间内OD值的变化。在上述条件下,每分钟将1uM的NAD(P)H转化成1uM的NAD(P)所需要的酶量为一个酶活单位(U)。
结果表明,分离出的3-磷酸甘油脱氢酶具有磷酸甘油脱氢活性。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考,就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解,在阅读了本发明的上述讲授内容之后,本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改,这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
序列表<110>四川川大光耀生物工程有限公司四川大学<120>盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶及共编码序列<130>014956<160>10<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>2106<212>DNA<213>盐生杜氏藻(Dunaliella salina)<400>1atgcttctcc agaaaggaaa cattggcaag gggatcgccc agcctgtgca gcgccgagga60gtgccctcag ccttgcgcca cgccccgctt gcgaacaagg tcgccacccc agcggtcgct 120ccccaaggcc tcttgaggcc tatcctgagt gaaaggggca gcccagcgtt gctgaagcgc 180caacgggcgc tggatgtcgt gttgcgcgct gcggagaccg agcaggaggc ggagaatgcc 240ggcacggtgg tgcccgggga tgggtgggag agcttccccc cgcccccgta cgagccctct 300gagcaggtcc tcgacctgtg gcagcaggcg gatgccgtgt gtttcgatgt ggaccgcacc 360gtgacaactg acgcctcagt tggcctgctg gccaagttca tgggcatcga ggatgaggca 420cagtccctga cggagcaggc caacaggggc gagatcaacc tcaccaaggc ctttgaggat 480cgcctggcca aactgaactt cacccccaca gacattgacc gattccttga ggagcaccct 540gctcacaccc gcctggttcc gggtgtggag aacctcattg cagccctgaa ggctcgtgga 600gtggaggtgt tcctcatctc tggcggcttc agggagatgg ccctgcccat tgcttcccac 660ctcaagatcc ctgcaaagaa cgtgttctgc aacaccatgt cctggcagct ggacgaccat 720ggtgagcccg tccgcctgca gggcctggac atgacccgcg ccgcagagag ccacttcaaa 780tcgcgcgcta ttgagcgcat taggaggaag tacccctaca acaacatcat catggttgga 840gatggcttca gtgacctgga ggccatgcag ggctcccccg atggagcaga tgccttcatc 900
tgcttcggtg gcgtcatgca acgacctgcc gtggccagcc aggccgactg gtttgtgcgc 960tcatacgatg agctgatggc caagctgaag cgctacaagg tgaccatggt gggctccggg 1020gcctgggcct gcacagccgt gcgcatggtg gcccagagca cagcagaggc cgcccagctg 1080ccaggctccg tgttcgagaa ggaggtgacc atgtgggtgc acgaggagaa gcactccggc 1140cgcaacctga tcgagtacat caacgagaac catgagaacc ccatctactt gcctggcatt 1200gacctgggcg agaacgtcaa ggccacctcc gatttgatcg aggcggtccg tggcgctgat 1260gccctcatct tctgcgcacc ccatcaattc atgcatggca tttgcaagca gctggctgct 1320gcgcgcgtcg tcggccgcgg cgtgaaggcc atcagcttga ccaagggcat gcgtgtgcgt 1380gctgagggcc cgcagctcat tagccagatg gtgtcccgta tcctgggcat cgactgctca 1440gtgctcatgg gtgctaacat tgctggcgac attgccaagg aggagctgtc tgaggctgtg 1500attgcctatg ccaaccgcga gtctggcagc ctgtggcagc agctgttcca gcgcccctac 1560ttcgccatta acctgcttgc ggatgtgccg ggcgctgaga tgtgcggtac cctgaagaac 1620atcgtggctg tgggcgcagg cattggtgac ggcctgggcg taggccccaa cagtaaagcc 1680tccatcctgc gacaaggcct gagtgagatg aggaagttct gcaagttcat ctccccctca 1740gtgcgcgatg acaccttctt cgagtcctgc ggtgtagctg atttgattgc cagcagctat 1800ggcggccgca acaggcgcgt ggctgaggcc tgggcccaga agaggatcgc tggtgatgac 1860caggtcacgt tcgagaagct tgagaaggag atgctgaacg gccagaagct gcagggtgtg 1920ctaacaagcg acgaggtcca agaaatcctg cacgcacgtg gctgggagct ggaattcccc 1980ttgttcacca ccatcaacag aatcatccat ggcgaggtcc caccaaccat gatcttgagg 2040taccgcgtgg cctgctccat gcccagcatg cctccagctc gccgtgtagt gaacgactac 2100tactaa 2106<210>2<211>701<212>PRT<213>盐生杜氏藻(Dunaliella salina)<400>2
Met Leu Leu Gln Lys Gly Asn Ile Gly Lys Gly Ile Ala Gln Pro Val1 5 10 15Gln Arg Arg Gly Val Pro Ser Ala Leu Arg His Ala Pro Leu Ala Asn20 25 30Lys Val Ala Thr Pro Ala Val Ala Pro Gln Gly Leu Leu Arg Pro Ile35 40 45Leu Ser Glu Arg Gly Ser Pro Ala Leu Leu Lys Arg Gln Arg Ala Leu50 55 60Asp Val Val Leu Arg Ala Ala Glu Thr Glu Gln Glu Ala Glu Asn Ala65 70 75 80Gly Thr Val Val Pro Gly Asp Gly Trp Glu Ser Phe Pro Pro Pro Pro85 90 95Tyr Glu Pro Ser Glu Gln Val Leu Asp Leu Trp Gln Gln Ala Asp Ala100 105 110Val Cys Phe Asp Val Asp Arg Thr Val Thr Thr Asp Ala Ser Val Gly115 120 125Leu Leu Ala Lys Phe Met Gly Ile Glu Asp Glu Ala Gln Ser Leu Thr130 135 140Glu Gln Ala Asn Arg Gly Glu Ile Asn Leu Thr Lys Ala Phe Glu Asp145 150 155 160Arg Leu Ala Lys Leu Asn Phe Thr Pro Thr Asp Ile Asp Arg Phe Leu165 170 175Glu Glu His Pro Ala His Thr Arg Leu Val Pro Gly Val Glu Asn Leu180 185 190Ile Ala Ala Leu Lys Ala Arg Gly Val Glu Val Phe Leu Ile Ser Gly195 200 205Gly Phe Arg Glu Met Ala Leu Pro Ile Ala Ser His Leu Lys Ile Pro210 215 220Ala Lys Asn Val Phe Cys Asn Thr Met Ser Trp Gln Leu Asp Asp His225 230 235 240Gly Glu Pro Val Arg Leu Gln Gly Leu Asp Met Thr Arg Ala Ala Glu245 250 255Ser His Phe Lys Ser Arg Ala Ile Glu Arg Ile Arg Arg Lys Tyr Pro
260 265 270Tyr Asn Asn Ile Ile Met Val Gly Asp Gly Phe Ser Asp Leu Glu Ala275 280 285Met Gln Gly Ser Pro Asp Gly Ala Asp Ala Phe Ile Cys Phe Gly Gly290 295 300Val Met Gln Arg Pro Ala Val Ala Ser Gln Ala Asp Trp Phe Val Arg305 310 315 320Ser Tyr Asp Glu Leu Met Ala Lys Leu Lys Arg Tyr Lys Val Thr Met325 330 335Val Gly Ser Gly Ala Trp Ala Cys Thr Ala Val Arg Met Val Ala Gln340 345 350Ser Thr Ala Glu Ala Ala Gln Leu Pro Gly Ser Val Phe Glu Lys Glu355 360 365Val Thr Met Trp Val His Glu Glu Lys His Ser Gly Arg Asn Leu Ile370 375 380Glu Tyr Ile Asn Glu Asn His Glu Asn Pro Ile Tyr Leu Pro Gly Ile385 390 395 400Asp Leu Gly Glu Asn Val Lys Ala Thr Ser Asp Leu Ile Glu Ala Val405 410 415Arg Gly Ala Asp Ala Leu Ile Phe Cys Ala Pro His Gln Phe Met His420 425 430Gly Ile Cys Lys Gln Leu Ala Ala Ala Arg Val Val Gly Arg Gly Val435 440 445Lys Ala Ile Ser Leu Thr Lys Gly Met Arg Val Arg Ala Glu Gly Pro450 455 460Gln Leu Ile Ser Gln Met Val Ser Arg Ile Leu Gly Ile Asp Cys Ser465 470 475 480Val Leu Met Gly Ala Asn Ile Ala Gly Asp Ile Ala Lys Glu Glu Leu485 490 495Ser Glu Ala Val Ile Ala Tyr Ala Asn Arg Glu Ser Gly Ser Leu Trp500 505 510Gln Gln Leu Phe Gln Arg Pro Tyr Phe Ala Ile Asn Leu Leu Ala Asp515 520 525
Val Pro Gly Ala Glu Met Cys Gly Thr Leu Lys Asn Ile Val Ala Val530 535 540Gly Ala Gly Ile Gly Asp Gly Leu Gly Val Gly Pro Asn Ser Lys Ala545 550 555 560Ser Ile Leu Arg Gln Gly Leu Ser Glu Met Arg Lys Phe Cys Lys Phe565 570 575Ile Ser Pro Ser Val Arg Asp Asp Thr Phe Phe Glu Ser Cys Gly Val580 585 590Ala Asp Leu Ile Ala Ser Ser Tyr Gly Gly Arg Asn Arg Arg Val Ala595 600 605Glu Ala Trp Ala Gln Lys Arg Ile Ala Gly Asp Asp Gln Val Thr Phe610 615 620Glu Lys Leu Glu Lys Glu Met Leu Asn Gly Gln Lys Leu Gln Gly Val625 630 635 640Leu Thr Ser Asp Glu Val Gln Glu Ile Leu His Ala Arg Gly Trp Glu645 650 655Leu Glu Phe Pro Leu Phe Thr Thr Ile Ash Arg Ile Ile His Gly Glu660 665 670Val Pro Pro Thr Met Ile Leu Arg Tyr Arg Val Ala Cys Ser Met Pro675 680 685Ser Met Pro Pro Ala Arg Arg Val Val Asn Asp Tyr Tyr690 695 700<210>3<211>19<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<220>
<221>misc_feature<222>(1)..(19)<223>n=a,t,c,g<400>3
gtnggntcng gngcrtggg 19<210>4<211>19<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<220>
<221>misc_feature<222>(1)..(19)<223>n=a,t,c,g<400>4cngcdatrtt ngcrcccat 19<210>5<211>25<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>5tacgggacac catctggcta atgag 25<210>6<211>20<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>6tgcacagccg tgcgcatggt20<210>7<211>21<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>7cttggcagca gaacagtgag g 21<210>8<211>25<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>8tgtggttgct tagtagtagt cgttc 25<210>9<211>31<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>9cgcaggatcc gatggttgga gatggcttca g31<210>10<211>35<212>DNA<213>人工序列<220>
<221>misc_feature<223>引物<400>10cgtggagctc tgtggttgct tagtagtagt cgttc3权利要求
1.一种分离的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶,其特征在于,该酶选自下组(a)具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽;(b)将SEQ ID NO2氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有3-磷酸甘油脱氢酶功能的由(a)衍生的多肽。
2.如权利要求1所述的酶,其特征在于,该多肽是具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽。
3.一种分离的多核苷酸,其特征在于,它包含一核苷酸序列,该核苷酸序列选自下组(a)编码如权利要求1所述的盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶的多核苷酸;(b)与多核苷酸(a)互补的多核苷酸。
4.如权利要求3所述的多核苷酸,其特征在于,该多核苷酸编码具有SEQ IDNO2所示氨基酸序列的多肽。
5.如权利要求3所述的多核苷酸,其特征在于,该多核苷酸的序列选自下组的一种(a)具有SEQ ID NO1中1-2103位的序列;(b)具有SEQ ID NO1中1-2106位的序列。
6.一种载体,其特征在于,它含有权利要求3所述的多核苷酸。
7.一种遗传工程化的宿主细胞,其特征在于,它含有权利要求6所述的载体。
8.一种多肽的制备方法,其特征在于,该方法包含(a)在适合表达的条件下,培养权利要求7所述的宿主细胞;(b)从培养物中分离出盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶。
9.一种改善植物耐盐性的方法,其特征在于,它包括步骤(1)提供携带表达载体的农杆菌,所述的表达载体含有3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列,所述的3-磷酸甘油脱氢酶选自下组(a)具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽;(b)将SEQ ID NO2氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有3-磷酸甘油脱氢酶功能的由(a)衍生的多肽。(2)将植物细胞或组织或器官与步骤(1)中的农杆菌接触,从而使3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列转入植物细胞,并且整合到植物细胞的染色体上;(3)选择出转入3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列的植物细胞或组织或器官;(4)将步骤(3)中的植物细胞或组织或器官再生成植株。
10.一种提高微生物甘油产量的方法,其特征在于,它包括步骤(1)构建带有3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列的表达载体,所述的3-磷酸甘油脱氢酶选自下组(a)具有SEQ ID NO2氨基酸序列的多肽;(b)将SEQ IDNO2氨基酸序列经过一个或多个氨基酸残基的取代、缺失或添加而形成的,且具有3-磷酸甘油脱氢酶功能的由(a)衍生的多肽。(2)通过热激法,电转化法等方法将表达载体导入微生物细胞内,从而使微生物细胞具有3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列。(3)选择出转入3-磷酸甘油脱氢酶DNA编码序列的微生物。
全文摘要
本发明提供了一种新的耐盐相关蛋白-盐生杜氏藻3-磷酸甘油脱氢酶,编码3-磷酸甘油脱氢酶的多核苷酸和经重组技术产生这种3-磷酸甘油脱氢酶的方法。本发明还公开了编码这种3-磷酸甘油脱氢酶的多核苷酸的用途。本发明还公开了此3-磷酸甘油脱氢酶用于改善植物耐盐性的方法。
文档编号A01H1/08GK1621517SQ20031010887
公开日2005年6月1日 申请日期2003年11月26日 优先权日2003年11月26日
发明者曹毅, 蒋彦, 李钢, 杨滔, 曾昌耀 申请人:四川川大光耀生物工程有限公司, 四川大学