专利名称：用于心房颤动和中风的风险管理的遗传标志的制作方法
用于心房颤动和中风的风险管理的遗传标志引言心律失常(Cardiac arrhythmia)是一组其中心脏的电活动性(electrical activity)是不规则的或者比正常更慢或更快的医疗病症(medical condition)。一些心律失常是威胁生命的，并且可引发心搏骤停(cardiac arrest)或猝死。其他心律失常引起或诱发加重的症状或疾病，包括中风。纤维性颤动(Fibrillation)是心律失常的严重形式， 其中心肌因缺乏收缩细胞(contractile cell)功能的一致性而呈现不规则或震颤运动。纤维性颤动可影响心房(心房颤动(AF)或心房扑动(AFI))或心室(心室颤动(VF))。心房颤动(AF)是异常心律(心律失常)，其牵涉两个小的上心室(心房)。正常心脏的心搏在由窦房结在心房中产生电的传遍心脏并且引发心肌收缩和血液泵出后开始。 在AF中，窦房结的有规律的电脉冲被导致不规则心脏搏动的紊乱、快速的电脉冲替代。心房颤动是最常见的心律失常。发生心房颤动的风险随年龄增加而增加-AF影响 4%的80岁的个体。个体可在AF与正常节律之间自发交替变化(阵发性心房颤动)或可继续以AF作为主心律(dominant cardiac rhythm)而不回复至正常节律(慢性心房颤动)。 心房颤动通常是无症状的，但可导致心悸、昏厥、胸痛或甚至心力衰竭的症状。当心房颤动导致太快或太慢的心率时，此类症状尤其常见。此外，心房的无规律运动(erratic motion of the atria)导致血郁(淤滞)，其增加可从心脏游移至脑和其他区域的血块的风险。因此，AF是中风的重要风险因子，心房颤动的最可怕的并发症。心房颤动的症状可用减慢心率的药物治疗。几种药物以及电击复律可用于将AF 转变成正常心律。手术和基于导管的治疗还可用于阻止某些个体的心房颤动。通常给患有 AF的人提供血液稀释剂例如华法林以保护他们免受中风。具有2次或更多次已鉴定的心房颤动发作的任何患者被认为具有复发心房颤动。基于在无治疗的情况下发作终止的时间，将所述复发心房颤动进一步分类为阵发性和持久性的。当心房颤动在7天内，最常见地M小时内自发结束时，心房颤动被认为是阵发性的。持久性或慢性心房颤动是已确立超过7天的AF。阵发性与慢性或已确立的 AF的区别基于AF的反复性发作的历史和当前发作的持续时间(Levy S.，J Cardiovasc Electrophysiol. 8 Suppl, S78-82(1998))。孤立性心房颤动(LAF)被定义为在没有心肺疾病的临床或回声心动图发现的情况下的心房颤动。心房颤动通常伴随与快速心率或栓塞相关的症状。快速和不规则心率可被视为心悸、体力不支(exercise intolerance)，并且偶尔产生心绞痛以及呼吸短促的充血或水肿症状。有时心律失常可被视为与中风或短暂性脑缺血发作(transient ischemic attack) (TIA)的发作等同。通常靠常规身体检查或心电图(ECG/EKG)来鉴定心房颤动，因为其在一些情况下可能是无症状的。阵发性心房颤动是心律失常的间歇性发生并且可能难以诊断。 发作可在睡眠中或在运动中发生，并且它们的间歇性性质可能需要长期心电图监护仪(ECG monitoring)(例如动态心电图监护仪(Holter monitor))来进行诊断。基于心电图(每当怀疑不规则心脏搏动时常规进行的检查)诊断心房颤动。特征发现包括P波的不存在、它们的位置中的无组织的电活动性和因冲动至心室的不规则传导引起的R-R间期的不规则性。如果怀疑有阵发性AF，那么可通过使用Holter监测(连续 ECG记录，进行M小时或更长时间)，记录发作。虽然AF的许多病例没有明确的原因，但其可以是多种其他问题的结果(参见下文)。因此，常规地测定肾功能和电解质以及促甲状腺激素和血细胞计数。通常进行胸肺 X光检查。在与胸痛相关的急性发作AF中，可能需要心肌肌钙蛋白或损害心肌的其他标志。因为可能进行抗凝血药药物疗法，通常进行凝固研究(INR/aPTT)。可能需要经食道超声心动图(transesophageal echocardiogram)来鉴定任何心内血栓(Fuster V.,等人， Circulation. ； 104,2118-2150(2001)) 心房扑动(AFI)的特征在于心房内异常的快速心律。显示心房扑动的患者通常也经历心房颤动以及反之亦然(Waldo, Α.，Progr Cardiovasc Disease, 48 :41-56 (2005)) 因此在机械学和生物学上，AF和AFI可能高度相关。AF(和AFI)与几种心脏原因相关联，但另外可在正常心脏中发生。已知的关联性包括高血压、二尖瓣狭窄(例如因风湿性心脏病或二尖瓣脱垂而引起的)、二尖瓣反流、心脏手术、冠脉疾病、肥厚性心肌病、过度饮酒(“酗酒”或“假期心脏(holiday heart)”)、甲状腺功能亢进、迷走神经的超刺激(通常表现在大量进食(“暴食”))、肺脏病理学(例如肺炎、肺癌、肺栓塞、结节病(Sarcoidosis))、心包炎、强烈的情绪混乱和先天性心脏病。心脏的正常电传导系统允许由心脏的窦房结(SA结)产生的冲动传播至并且刺激心肌(心脏的肌肉)。当心肌被刺激时，其收缩。心肌的有序刺激允许心脏高效收缩，从而允许血液被泵至身体。在心房颤动中，由窦房结产生以提供心脏的有节律收缩的规则冲动被由更大面积的心房组织产生的快速随机产生的放电湮没。心房中有组织的电脉冲产生心房收缩；这样的冲动的缺乏(如在心房颤动中)产生瘀血流动(特别是在心耳中)并且诱发凝血。凝块从心房的逐出导致栓塞物，并且所产生的损伤与循环携带其的位置相关。至大脑的栓塞物产生心房颤动的最可怕的并发症中风，然而栓塞物也可存在于肠系膜循环(供应腹器的循环)或手指(足趾)中，产生器官特异性损伤。心房颤动的治疗以两个主要目的为导向(i)预防暂时循环不稳定性；(ii)预防中风。用于实现前者的最常见方法包括速率和节律控制，然而抗凝作用通常是实现后者理想的方法(Prystowsky E. N.，Am J Cardiol. ；85, 3D-11D (2000) ；van Walraven C，等人， Jama. 288,2441-2448(2002)).用于速率控制即用于使心率减少至正常的常用方法包括β 受体阻滞剂(例如，美托洛尔)、强心苷类(例如，地高辛)和钙通道阻滞剂(例如，维拉帕米)。所有此类药物疗法通过减慢脉冲从心房产生以及从心房至心室的传导来起作用。其他常用药物包括奎尼丁、氟卡尼、普罗帕酮、丙吡胺、索他洛尔和胺碘酮。节律控制可通过电击复律，即通过施用DC电击(DC electrical shock)或利用化学心脏复律(chemical cardioversion)，使用药物例如安碘达隆，普罗帕酮和氟卡尼来实现。中风的预防措施包括抗凝血药。抗凝血药的代表性实例为达肝素(例如，法安明)、那肝素(例如，Orgaran)、依诺肝素(例如，Lovenox)、肝素(多种)、亭扎肝素(例如， ^moh印)、华法林(例如，香豆定)。有时利用阿司匹林或氯吡格雷治疗某些患有孤立性心房颤动的患者。有证据表明阿司匹林与氯吡格雷，当一起使用时，是有效的，但组合仍然不及华法林(Connolly S.，等人.Lancet. ；367，1903-1912 (2006))。(2)已显示新型抗凝血药希美加群以与华法林相同的功效阻止预防中风，而无需与华法林相关的困难的监控过程并且具有可能更少的不利的出血事件。不幸地，希美加群和其他相似的抗凝血药(通常称为直接凝血酶抑制剂)仍未得到广泛批准。确定谁应当或不应当接受利用华法林的抗凝作用并不容易。CHADS2评分是测定中风的风险度(从而应当对其进行抗凝治疗)的最佳验证的方法。UK NICE指南被选择用以替代算法逼近。潜在问题是如果患者具有低于2 %的年中风风险，那么与服用华法林相关的风险超过获得中风的风险(Gage B. F.等人，Mroke 29,1083-1091 (1998)) 心房颤动有时可利用治疗控制。然而心房颤动的自然趋势是变成慢性病症。慢性 AF导致增加的死亡率。患有心房颤动的患者处于显著增加的中风风险中。心房颤动在老年人中是很常见的。在发达国家，由于日益增大的老年个体群体，患有心房颤动的患者的数目在下一个50年中可能增加(GoA.S.等人，Jama. ,285, 2370-2375(2001)) (3)。在Framingham研究中，发生AF的终身危险对于40岁及以上的男性和女性为1/4。AF的终身风险非常高(1/6)。根据包括AF作为最初出院诊断的病例的全国出院调查(National Hospital Discharge Survey) (1996-2001)的数据，发现 45%的患者是男性，并且男性的平均年龄为66. 8岁，女性的平均年龄为74. 6岁。纳入的人种细分经发现为71. 2%的白人、5. 6%的黑人、2%的其他人种以及20%未指明人种。此外，非洲裔美国人患者平均比其他种族年轻得多。男性的发病率在从年龄15-44岁的患者每年 20. 58/100, 000个人至年龄85及以上的患者每年1203/100，000个人的范围内。从1996至 2001年，以AF为首要列出的诊断的住院治疗增加34%。中风是常见且严重的疾病。在美国每年有超过600，000个个体患中风并且超过 160，000个死于中风相关原因(Sacco,R. L.等人，Stroke 28,1507-17 (1997)) 此外，在美国每年有300，000多个个体呈现短暂性脑缺血发作(轻微中风形式)。在西方国家，中风是严重残疾的首要原因和死亡的第三大原因(Bonita, R.，Lancet 339,342-4(1992))。年龄达到40岁的个体的终身风险超过10%。中风的临床表型是复杂的但大体上分为缺血性中风(占80-90 % )和出血性中风(10-20 % ) (CapIan，L. R. Caplan ‘ s Stroke:A Clinical Approach, 1-556 (Butterworth-Heinemann，2000))。缺血性中风被进一步细分为大血管闭塞性疾病 (large vessel occlusive disease)(此处称为颈动脉中风)(通常因颈总动脉和颈内动脉的动脉粥样硬化牵连而引起的)、小血管闭塞性疾病(small vessel occlusive disease) (被认为是脑内小终动脉的非动脉粥样硬化狭窄)和因由通常在心房颤动或局部缺血性(动脉粥样硬化性)心脏病的背景中的心脏产生的血块而引起的心源性中风(Adams， H.P.，Jr.等人，Stroke 24,35-41(1993))。因此，中风似乎不是一种疾病而是反映发病
ii^Mft^lSE (Alberts, Μ. J. Genetics of Cerebrova scular Disease, 386 (Futura Publishing Company,Inc. , New York,1999) ；Hassan,A. & Markus,H. S. Brain 123,1784-812(2000)).然而，所有中风形式都共有风险因子例如高血压、糖尿病、血脂质过多和吸烟(Sacco, R. L.等人，Mroke 28,1507-17(1997) ；Leys, D.等人，J. Neurol. 249， 507-17 Q002))。中风的家族史也是独立的风险因子，这表明存在可与环境因素相互作用的遗传因子(Hassan，A.& Markus，H. S. Brain 123,1784-812(2000) ；Brass，L.M.& Alberts， Μ. J. Baillieres Clin. Neurol. 4，221—45(1995))。
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中风的常见形式的遗传定子(genetic determinant)仍然知之甚少。存在引起中风的罕见孟德尔形式的特定基因例如CADASIL(脑常染色体显性动脉病合并皮层下梗塞及脑白质病)中的 Notch3 基因(Tournier-Lasserve,E.等人.，Nat. Genet. 3，256-9 (1993)； Joutel, Α.等人.，Nature 383，707-10 (1996))、遗传性脑出血伴淀粉样变的冰岛类型的胱抑素C(Palsdottir，Α.等人.，Lancet 2，603-4 (1988))、遗传性脑出血的荷兰类型中的 APP(Levy, Ε.等人.，Science 248,1124-6(1990))和具有遗传性海绵状血管瘤的患者的 KRITl 基因(Gunel，M.等人·，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92,6620-4(1995) ；Sahoo, Τ.等人.，Hum. Mol. Genet. 8,2325-33(1999))的突变的实例。中风的这些罕见形式中没有一个在动脉粥样硬化的背景中发生，从而相应的基因不可能在最频繁地与动脉粥样硬化共发生的中风的常见形式中起作用。对于卫生保健制度非常重要的是发展预防中风的策略。一旦中风发生，不可逆的细胞死亡在由受中风影响的血管供应的很大一部分脑中发生。不幸地，死亡的神经元不能复活或被干细胞群体替代。因此，需要首先防止中风发生。虽然我们已知增加中风风险的某些临床风险因子(上文中列出的)，但对于确定更精确地确定中风风险的牵涉中风的遗传因子存在未满足的需要。此外，如果易感等位基因在一般群体中是常见的并且基于它们的存在预测疾病的特异度较低，则需要另外的基因座例如保护性基因座来有意义地预测疾病状态的倾向。还存在对用于防止首次中风或已遭受先前中风或短暂性脑缺血发作的个体的再次中风的治疗剂的巨大需要。AF是中风的独立风险因子，其使风险度增加约5倍。归因于AF的中风的风险随年龄增长而增加。AF是造成约15-20%的所有中风的主要原因。AF也是中风复发和中风严重性的独立风险因子。最近的报导显示患有AF并且未用抗凝血药治疗的人具有2. 1倍增加的复发中风的风险度以及2. 4倍增加的复发严重中风的风险度。已报导患有由AF引发的中风的人与患由其他原因引发的中风的人相比较2. 23倍增加的卧床不起的概率。需要理解导致增加的对AF和中风的易感性的易感因子(susc印tibi 1 ity factor)。针对AF的有危险的变体的鉴定可以例如用于评估哪些个体处于特别高的发生AF 和随后中风的风险中。此外，可给患AF并且为AF和/或中风的有危险的易感性变体的携带者的个体施用预防性治疗。最后，AF和/或中风的有风险的变体的鉴定可导致用于药物治疗的新型靶的鉴定以及新型治疗措施的开发。发明_既述如本文中所描述的，已显示某些多态型标志与心房颤动、心房扑动和中风的风险相关联。所述标志用在很多诊断应用中，如本文进一步所描述的所述标志还可用于涉及用于诊断用途的标志、用于诊断用途的系统和装置的开发的某些方面，以及用于包括基于它们的关于此类变体的遗传状态选择个体的方法。本发明的这些和其他方面在本文中进行了更详细的描述。在一个方面，本发明涉及用于确定对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的方法，所述方法包括获得关于人个体的序列数据，并且鉴定至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对所述病症的不同易感性关联，和根据所述序列数据确定对所述病症的易感性， 其中所述至少一个多态型标志选自 rs7193343、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888, rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 以与其处于连锁不平衡中的标志。如本文中进一步详细描述的，多态型标志可包括在核苷酸水平上包含一个或多个核苷酸的变异。因此，标示特定多态型，特别是关于多态型的特定等位基因的序列数据标示存在于表征所述多态型的特定多态型位点上的核苷酸。对于包含单个核苷酸的多态型(所谓的单核苷酸多态型(SNP))，序列数据从而包括至少多态型的单核苷酸特征的序列。本发明在另一个方面涉及用于确定人个体的对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的方法，包括确定至少一个多态型标志在获自个体的核酸样品中或在来自个体的基因型数据集中的存在或不存在，其中所述至少一个多态型标志选自 rs7193343、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、 rs2935888, rs4560443、rs6010770和rs7733337以及与其处于连锁不平衡中的标志，并且其中所述至少一个等位基因的存在的确定标示着对所述病症的易感性。本发明还涉及用于评估人个体的对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的方法，包括(i)就SEQ ID NO :1中的至少一个多态型标志获得关于个体的序列信息，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对所述病症的不同易感性关联；(ii)鉴定至少一个等位基因在所述至少一个多态型标志中的存在或不存在， 所述多态型标志与人中增加的所述病症发生关联；其中所述至少一个等位基因的存在的确定将所述个体鉴定为具有升高的对所述病症的易感性，并且其中所述至少一个等位基因的不存在的确定将个体鉴定为不具有所述增加的易感性。本发明还提供用于确定对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的方法，所述方法包括获得关于人个体的序列数据，并且鉴定至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对病症的不同易感性关联，和根据序列数据确定对病症的易感性，其中所述至少一个多态型标志是与人ZFHX3基因关联的标志。本发明还涉及筛查用于评估对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的候选标志的方法，包括分析选自经诊断患有所述病症的人个体的群体 rs7193343、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、 rs4560443、rs6010770和rs7733337以及与其处于连锁不平衡中的标志的多态型标志的至少一个等位基因的频率，其中与人个体的对照群体中所述至少一个等位基因的频率相比较，经诊断患有所述病症的人个体的群体中所述至少一个等位基因的频率的显著差异标示着所述标志可用作所述病症的易感性标志。在另一个方面中，本发明涉及鉴定用于评估人个体的对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的标志的方法，所述方法包括(1)鉴定SEQ ID NO :1内的至少一个多态型标志或至少一个与SEQ ID NO :1内的至少一个标志处于连锁不平衡中的多态型标志；(2)获得关于一组经诊断患有所述病症的个体的至少一个多态型标志的序列信息；和(3)获得关于一组对照个体的至少一个多态型标志的序列信息；其中与对照组中至少一个等位基因的频率相比较经诊断患有所述病症的个体的至少一个多态型中至少一个等位基因的频率的显著差异的确定标示着所述至少一个多态型对于评估对所述症状的易感性是有用的。
本发明还涉及预测经诊断患有选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的个体的预后的方法，所述方法包括获得关于人个体的核酸序列数据，并且鉴定选自 rs7193343、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、 rs4560443、rs6010770和rs7733337以及与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对所述病症的不同易感性关联，和根据所述序列数据预测所述病症的预后。本发明在其他方面涉及估量人个体对用于预防、治疗和/或减轻与病症相关的症状(选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风)的治疗剂的反应的概率的方法， 包括获得关于人个体的核酸序列数据，并且鉴定选自rS7193343、rS10077199、rS10490066、 rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 以及与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对治疗剂的反应的不同概率关联，和根据所述序列数据测定对治疗剂的阳性反应的概率。本发明还提供了用于本文中描述的诊断应用的试剂盒。因此，在一个方面，本发明涉及用于估量对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的试剂盒，所述试剂盒包含用于选择性检测个体的基因组中至少一个多态型标志的至少一个等位基因的试剂，其中所述多态型标志选自rs7193343、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、 rsl0519674、rsl394796、rs2935888、rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 以及与其处于连锁不平衡中的标志，并且数据集合包括至少一个多态型与对所述病症的易感性之间的关联数据。本发明还提供了寡核苷酸探针在制备用于诊断和/或评估对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的诊断剂中的用途，其中所述探针能够与其核苷酸序列由SEQ ID NO :1给出的核酸的区段杂交，并且其中所述区段在长度上为15至 500个核苷酸。本发明的计算机实现方面包括计算机可读介质以及计算机系统和装置。一个方面涉及具有用于测定对选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的易感性的计算机可执行指令的计算机可读介质，该计算机可读介质包括(1)标示着至少一个多态型标志的数据；和(2)存储在计算机可读介质上并且适合于用处理器执行以确定所述至少一个多态型标志发生病症的风险的例程；其中所述至少一个多态型标志选自rs7193343、 rsl0077199、 rsl0490066、 rsl0516002、 rsl0519674、 rsl394796、 rs2935888、 rs4560443、 rs6010770和rs7733337以及与其处于连锁不平衡中的标志。另一个计算机实现方面涉及用于测定人个体中选自心律失常(选自心房颤动和心房扑动)和中风的病症的遗传指标的装置，其包括处理器，和计算机可读存储器，其具有适合在处理器上执行用以就至少一个多态型标志分析至少一个人个体的标志和/或单倍型信息的计算机可执行指令，所述多态型标志选自rs7193343、rsl0077199、rsl0490066、 rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 以及与其处于连锁不平衡中的标志，并且基于标志或单倍型信息产生输出，其中所述输出包括至少一个标志或单倍型的易感性的测量作为人个体的所述病症的遗传指标。本发明的这些和其他方面在下文中进行了详细描述。将要描述具体的实施方案，
13特别是当它们涉及多态型变体和单倍型的选择和用途时。应当理解下列本文中描述的特征的所有组合也被涉及，即使特征的组合在本文中相同的句子或段落中未被明确发现。这特别地包括本文中公开的所有标志在本文中描述的本发明的所有方面中单独地或组合地用于单个地或于单倍型中分析的用途。本发明的程序、用途或方法在一些实施方案中还包括给经测定处于增加的发生心律失常或中风的风险中的个体施用组合物的步骤，所述组合物包含至少一种有效地治疗或预防心律失常或中风，或预防与心律失常或中风相关的症状的治疗剂。因此，本发明可用于确定个体是否适合于特定治疗模式。应当理解，本文中描述的特征的全部组合被涉及，即使在本文中相同句子和段落中未明确地发现特征的组合。这特别地包括本文中公开的全部标志单独地或组合地用于在本文中描述的本发明的所有方面进行单个地分析或在单倍型中分析的用途。附图概述本发明的上述和其它目的、特征和有利方面由以下本发明的优选实施方案的更具体的描述将变得透彻。
图1提供了举例说明利用本文中描述的风险变体的计算机实现的系统的示图。发明详述定义除非另外指出，否则核酸序列以5'至3'方向从左向右书写。说明书中引用的数值范围包括界定范围的数字并且包括界定范围内的每一个整数或任意非整数分数。除非另外定义，否则本文中使用的全部技术和科学术语具有与本发明所属领域的技术人员的通常理解相同的意义。在本说明书中下列术语将具有所指出的意义如本文中所描述的“多态型标志”，有时称为“标志”意指基因组多态型位点。每个多态型标志在多态型位点上具有特定等位基因的至少2个序列差异特征。因此，多态型标志的遗传关联性(genetic association)意指存在与该特定多态型标志的至少一个特定等位基因的关联性。所述标志可包括基因组中发现的任何变型的任何等位基因，包括SNP、小卫星或微卫星、易位和拷贝数变异(插入、缺失、重复)。多态型标志在群体中可具有任何可测量的频率。为了定位疾病基因，具有高于5-10%的群体频率的多态型标志通常最为有用。然而，多态型标志还可具有更低的群体频率，例如1-5%的频率或甚至更低的频率，特别是拷贝数变异(CNV)。在本发明书中，术语将被用来包括具有任何群体频率的多态型标志。“等位基因”意指染色体上给定的基因座(位置)的核苷酸序列。因此多态型标志等位基因意指染色体上标志的组成(即，序列)。个体的基因组DNA对于任何给定的多态型标志包含2个等位基因(例如，等位基因特异性序列)，代表各染色体上标志的每一个拷贝。本文中使用的核苷酸的序列码是:A = 1、C = 2、G = 3、T = 4。对于微卫星等位基因，将 CEPH 样品(Centred' Etudes du Polymorphisme Humain、基因组数据库、CEPH 样品 1347-02)用作参照，将该样品中各微卫星的较短等位基因设置为0并且根据该参照给其它样品中所有其它等位基因编号。因此，例如等位基因1比CEPH样品中的所述较短等位基因长Ibp，等位基因2比CEPH样品中的所述较短等位基因长2bp，等位基因3比CEPH样品中的所述较短等位基因长3bp等，以及等位基因-1比CEPH样品中的所述较短等位基因短lbp，等位基因-2比CEPH样品中的所述较短等位基因短2bp等。本文中所述的序列共核苷酸错读(Sequence conucleotide ambiguity)是如 IUPAC-IUB所提出的。此类代码与由EMBL、GenBank和MR数据库使用的代码兼容。
权利要求
1.确定人个体的对选自心律失常和中风的病症的易感性的方法，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，所述方法包括获得关于人个体的序列数据，并且鉴定至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对所述病症的不同易感性关联，和根据所述序列数据确定对所述病症的易感性，其中所述至少一个多态型标志选自 rs7193343、rs7618072、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、 rs2935888, rs4560443, rs6010770和rs7733337以及与其处于连锁不平衡中的标志。
2.权利要求1的方法，其中所述序列数据是核酸序列数据。
3.权利要求1或2的方法，其包括获得关于至少2个多态型标志的核酸序列数据。
4.前述权利要求的任一项的方法，其中所述获得核酸序列数据包括从人个体获得生物样品或基因型数据集并且分析该样品或数据集的至少一个多态型标志的序列。
5.权利要求4的方法，其中所述基因型数据集包括针对所述至少一个多态型标志的所述病症的至少一个风险测量。
6.权利要求4的方法，其中所述基因型数据集包含针对所述至少一个多态型标志的心律失常的至少一个风险测量的查找表。
7.权利要求4-6的任一项的方法，其中分析至少一个多态型标志的序列包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因的存在或不存在。
8.权利要求1的方法，其中所述序列数据是氨基酸序列数据。
9.权利要求8的方法，其包括确定在由所述多态型标志编码的氨基酸序列中是否存在氨基酸置换。
10.前述权利要求的任一项的方法，其中易感性的确定包括将所述序列数据与数据库相比较，所述数据库包含所述至少一个多态型标志与对所述病症的易感性之间的关联数据。
11.前述权利要求的任一项的方法，其中所述获得核酸序列数据包括从既存记录获得核酸序列信息。
12.前述权利要求的任一项的方法，其中所述至少一个多态型标志选自表5和表7中所示的标志。
13.权利要求1-11的任一项的方法，其中所述至少一个多态型标志选自rs7193343和与其处于连锁不平衡中的标志。
14.权利要求13的方法，其中所述至少一个多态型标志选自标志rsl6971447、 rsl6971471、rs7193343、rs719353、rs719354、rs2106261、rsl548374、rs879324、 rs8057081、rsl2932445 和 rs9940321。
15.前述权利要求的任一项的方法，其中所述至少一个多态型标志为rs7193343。
16.用于确定人个体的对选自心律失常和中风的病症的易感性的方法，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，所述方法包括确定至少一个多态型标志的至少一个等位基因在获自个体的核酸样品中或在来自个体的基因型数据集中的存在或不存在，其中所述至少一个多态型标志选自 rs7193343、rs7618072、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、 rsl0519674、rsl394796、rs2935888, rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 以与其处于连锁不平衡中的标志，并且其中所述至少一个等位基因的存在的确定标示着对所述病症的易感
17.权利要求16的方法，其还包括评估包含至少2个多态型标志的至少一个单倍型在个体中的频率。
18.权利要求17或18的方法，其中所述至少一个多态型标志选自表5和表7中所示的 标志ο
19.权利要求18的方法，其中所述至少一个多态型标志为rs7193343。
20.前述权利要求的任一项的方法，其中所述至少一个等位基因与人中增加的对所述病症的易感性关联。
21.权利要求14的方法，其中所述至少一个等位基因或单倍型的存在标示着相对风险度为至少1. 10、至少1. 11、至少1. 12、至少1. 13、至少1. 14、至少1. 15、至少1. 16、至少 1. 17、至少1. 18、至少1. 19或至少1. 20的增加的易感性。
22.权利要求20或权利要求21的方法，其中所述至少一个等位基因选自rs7193343 的T等位基因、rs7618072的T等位基因、rsl0077199的T等位基因、rsl0490066的A等位基因，、rsl0516002的A等位基因、rsl0519674的G等位基因、rsl394796的C等位基因、 rs2935888的T等位基因、rs4560443的T等位基因、rs6010770的G等位基因和rs7733337 的T等位基因。
23.权利要求1-19的任一项的方法，其中所述至少一个等位基因与人中减少的对所述病症的易感性关联。
24.前述权利要求的任一项的方法，其还包括将易感性报告给至少一个实体，所述实体选自个体、个体的监护人、基因服务提供商、医生、医疗机构和医疗保险公司。
25.确定人个体的对选自心律失常和中风的病症的易感性的方法，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，包括i.获得关于个体的选自 rs7193343、rs7618072、rsl0077199、rsl0490066、 rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 的至少一个多态型标志的序列信息，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对所述病症的不同易感性关联； .鉴定与增加的所述病症的发生关联的所述至少一个多态型标志的至少一个等位基因在人中的存在或不存在；其中所述至少一个等位基因的存在的确定将个体鉴定为具有增加的对所述病症的易感性，和其中所述至少一个等位基因的不存在的确定将所述个体鉴定为不具有增加的易感性。
26.权利要求25的方法，其中所述至少一个多态型标志选自rs7193343和与其处于连锁不平衡中的标志。
27.权利要求沈的方法，其中所述至少一个多态型标志选自标志rsl6971447、 rsl6971471、rs7193343、rs719353、rs719354、rs2106261、rsl548374、rs879324、 rs8057081、rsl2932445 和 rs9940321。
28.确定对选自心律失常和中风的病症的易感性的方法，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，所述方法包括获得关于人个体的序列信息，并且鉴定至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对所述病症的不同易感性关联，和根据所述序列数据确定对所述病症的易感性，其中所述至少一个多态型标志是与人ZFHX3基因关联的标志。
29.权利要求观的方法，其中所述至少一个多态型标志选自rs7193343和与其处于连锁不平衡中的标志。
30.权利要求四的方法，其中所述至少一个多态型标志选自标志rsl6971447、 rsl6971471、rs7193343、rs719353、rs719354、rs2106261、rsl548374、rs879324、 rs8057081、rsl2932445 和 rs9940321。
31.鉴定用于评估人个体的对选自心律失常和中风的病症的易感性的标志的方法，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，所述方法包括a.鉴定SEQID NO 1内的至少一个多态型标志或至少一个与SEQ ID NO 1内的至少一个标志处于连锁不平衡中的多态型标志；b.获得关于一组经诊断患有所述病症的个体的所述至少一个多态型标志的序列信息；和c.获得关于一组对照个体的所述至少一个多态型标志的序列信息；其中经诊断患有所述病症的个体的至少一个多态型中至少一个等位基因的频率与对照组中所述至少一个等位基因的频率相比较的显著差异的确定标示着所述至少一个多态型对于评估对所述症状的易感性是有用的。
32.权利要求31的方法，其中经诊断患有所述病症的个体中所述至少一个多态型中至少一个等位基因的频率与对照组中所述至少一个等位基因的频率相比较的增加标示着所述至少一个多态型对于评估增加的对所述症状的易感性是有用的。
33.权利要求31的方法，其中经诊断患有所述病症的个体中所述至少一个多态型中所述至少一个等位基因的频率与对照组中所述至少一个等位基因的频率相比较的减少标示着所述至少一个多态型对于评估减少的对所述症状的易感性或对抗所述病症的保护作用是有用的。
34.预测经诊断患有选自心律失常和中风的病症的个体的预后的方法，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，所述方法包括获得关于人个体的序列数据，并且鉴定选自rs7193;343、rs7618072、rsl0077199、 rsl0490066、rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、rs4560443、rs6010770 和 rs7733337以及与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对所述病症的不同易感性关联， 禾口根据所述序列数据预测所述病症的预后。
35.评估人个体对用于预防、治疗和/或减轻病症相关的症状的治疗剂的反应的概率的方法，所述病症选自心律失常和中风，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，所述方法包括获得关于人个体的序列数据，并且鉴定选自rs7193;343、rs7618072、rsl0077199、 rsl0490066、rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、rs4560443、rs6010770 和 rs7733337以及与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志的至少一个等位基因，其中所述至少一个多态型标志的不同等位基因与人中对所述治疗剂的反应的不同概率关联，和根据所述序列数据确定对所述治疗剂的阳性反应的概率。
36.权利要求35的方法，其中所述治疗剂是抗凝血药、抗心律不齐药、心率控制剂、心脏复律试剂或心律控制剂。
37.权利要求35或36的方法，其中所述治疗剂选自华法林、肝素、低分子肝素、因子fe 抑制剂、凝血酶抑制剂、钠通道阻滞剂、β阻滞剂、钾通道阻滞剂和钙通道阻滞剂。
38.权利要求35-37的任一项的方法，其中所述治疗剂选自华法林、希美加群、肝素、依诺肝素、达肝素、亭扎肝素、阿地肝素、纳屈肝素、瑞肝素、磺达肝素、依达肝素、来匹卢定、比伐卢定、阿加曲班、达那肝素、丙吡胺、莫雷西嗪、普鲁卡因胺、奎尼丁、利多卡因、美西律、妥卡尼、苯妥英、恩卡尼、氟卡尼、普罗帕酮、阿义马林、西苯唑啉、地他义铵、艾司洛尔、普萘洛尔、美托洛尔、阿普洛尔、阿替洛尔、卡维地洛、比索洛尔、醋丁洛尔、纳多洛尔、吲哚洛尔、拉贝洛尔、氧烯洛尔、喷布洛尔、噻吗洛尔、倍他洛尔、cartelol、索他洛尔、左布诺洛尔、胺碘酮、阿齐利特、溴苄铵、多非利特、替地沙米、伊布利特、司美利特、N-乙酰基普鲁卡因胺、尼非卡兰盐酸化物、维那卡兰、氨巴利特、维拉帕米、贝米拉地尔、地尔硫草、地高辛、腺苷、伊布利特、胺碘酮、普鲁卡因胺、丙胺苯丙酮和氟卡尼。
39.前述权利要求的任一项的方法，其中所述中风是缺血性中风。
40.前述权利要求39的方法，其中所述缺血性中风是心因性中风。
41.前述权利要求1-38的任一项的方法，其中所述病症是心房颤动或心房扑动。
42.前述权利要求的任一项的方法，其还包括在个体的样品中确定至少一个生物标志。
43.权利要求42的方法，其中所述生物标志是选自血纤蛋白D-二聚体、凝血酶原激活片段1. 2(F1. 2)、凝血酶-抗凝血酶III复合物(TAT)、纤维蛋白肽A(FPA)、脂蛋白-结合的磷脂酶A2(lp-PLA2)、β -血小板球蛋白、血小板因子4、Ρ-选择蛋白、von Willebrand因子、促尿钠排泄肽(BNP)、基质金属蛋白酶-9 (MMP-9)、PARK7、二磷酸核苷激酶(NDKA)、tau、 神经元特异烯醇化酶、B-型神经营养生长因子、星形胶质细胞蛋白S-100b、神经胶质原纤维酸性蛋白质、C反应蛋白、血清淀粉样蛋白A、基质金属蛋白酶-9、血管和细胞内细胞粘附分子、肿瘤坏死因子α和白细胞介素，包括白细胞介素-1、-6和-8的蛋白质生物标志。
44.用于评估对选自心律失常和中风的病症的易感性的试剂盒，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，所述试剂盒包括用于在个体的基因组中选择性检测至少一个多态型标志的至少一个等位基因的试剂， 其中所述多态型标志选自 rs7193343、rs7618072、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、 rsl0519674、rsl394796、rs2935888, rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 和与其处于连锁不平衡中的标志，和包含所述至少一个多态型与对所述病症的易感性之间的关联数据的数据集合。
45.权利要求44的试剂盒，其中所述数据集合在计算机可读介质中。
46.权利要求44或45的试剂盒，其中所述试剂盒包含用于检测个体的基因组中不超过 100个的等位基因的试剂。
47.权利要求46的试剂盒，其中所述试剂盒包含用于检测个体的基因组中不超过20个的等位基因的试剂。
48.寡核苷酸探针在用于诊断和/或评估对选自心律失常和中风的病症的易感性的诊断试剂的制备中的用途，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，其中所述探针能够与其核苷酸序列由SEQ ID NO :1给出的核酸的区段杂交，并且其中所述区段在长度上为15-500 个核苷酸。
49.权利要求48的用途，其中所述探针能够与其杂交的核酸的区段包含多态型位点。
50.权利要求49的用途，其中所述多态型位点选自标志rs16971447、rs 16971471、 rs7193343、rs719353、rs719354、rs2106261、rsl548374、rs879324、rs8057081、rsl2932445 和 rs9940321o
51.具有用于测定对选自心律失常和中风的病症的易感性的计算机可执行指令的计算机可读介质，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，该计算机可读介质包括标示着至少一个多态型标志的数据；存储在计算机可读介质上并且适合于用处理器执行以针对所述至少一个多态型标志确定发生所述病症的风险的例程；其中所述至少一个多态型标志选自 rs7193343、rs7618072、rsl0077199、rsl0490066、 rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 和与其处于连锁不平衡中的标志。
52.权利要求51的计算机可读介质，其中所述介质包含标示着至少两个多态型标志的数据。
53.用于测定人个体中选自心律失常和中风的遗传指标的装置，所述心律失常选自心房颤动和心房扑动，其包括处理器；计算机可读存储器，其具有适合在处理器上执行用以就至少一个多态型标志分析至少一个人个体的标志和/或单倍型信息的计算机可执行指令，所述多态型标志选自 rs7193343、rs7618072、rsl0077199、rsl0490066、rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、 rs2935888, rs4560443、rs6010770和rs7733337以及与其处于连锁不平衡中的标志，并产生基于所述标志或单倍型信息的输出，其中所述输出包括至少一个标志或单倍型的易感性的测量作为人个体的所述病症的遗传指标。
54.权利要求53的装置，其中计算机可读存储器还包括标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个经诊断患有所述病症的个体中的频率的数据， 和标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个参照个体中的频率的数据，并且其中风险度测量基于人个体的至少一个标志和/或单倍型状态与标示着多个经诊断患有所述病症的个体的至少一个标志和/或单倍型频率的信息的数据的比较。
55.权利要求53的装置，其中计算机可读存储器还包括标示着发生与至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型关联的所述病症的风险的数据，并且其中人个体的风险度测量基于人个体的至少一个标志和/或单倍型状态与和至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型关联的所述病症的风险的比较。
56.权利要求53的装置，其中计算机可读存储器还包括标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个经诊断患有所述病症的个体中的频率的数据，以及标示着至少一个多态型标志的至少一个等位基因或至少一个单倍型在多个参照个体中的频率的数据，并且其中发生所述病症的风险度基于至少一个等位基因或单倍型在经诊断患有所述病症的个体中的频率与参照个体中的频率的比较。
57.权利要求53至56的任一项的装置，其中所述至少一个标志或单倍型包括至少一个选自表5和表7中所示的标志的标志。
58.权利要求53至57的任一项的装置，其中所述风险测量由比值比(OR)或相对风险 (RR)表征。
59.试剂用于治疗人个体中病症的用途，所述病症选自心房颤动、心房扑动、短暂性脑缺血发作和中风，所述人个体是已就选自rs7193343、rs7618072、rsl0077199、rsl0490066、 rsl0516002、rsl0519674、rsl394796、rs2935888、rs4560443、rs6010770 和 rs7733337 以及与其处于连锁不平衡中的标志的至少一个多态型标志的至少一个等位基因的存在而测试了的人个体。
60.权利要求59的用途，其中所述至少一个等位基因选自rs7193343的T等位基因、 rs7618072的T等位基因、rsl0077199的T等位基因、rsl0490066的A等位基因、rsl0516002 的A等位基因、rsl0519674的G等位基因、rsl394796的C等位基因、rs^35888的T等位基因、rs4560443的T等位基因、rs6010770的G等位基因和rs7733337的T等位基因。
61.权利要求59或权利要求60的用途，其中所述治疗剂选自华法林、希美加群、肝素、 依诺肝素、达肝素、亭扎肝素、阿地肝素、纳屈肝素、瑞肝素、磺达肝素、依达肝素、来匹卢定、 比伐卢定、阿加曲班、达那肝素、丙吡胺、莫雷西嗪、普鲁卡因胺、奎尼丁、利多卡因、美西律、 妥卡尼、苯妥英、恩卡尼、氟卡尼、普罗帕酮、阿义马林、西苯唑啉、地他义铵、艾司洛尔、普萘洛尔、美托洛尔、阿普洛尔、阿替洛尔、卡维地洛、比索洛尔、醋丁洛尔、纳多洛尔、吲哚洛尔、 拉贝洛尔、氧烯洛尔、喷布洛尔、噻吗洛尔、倍他洛尔、cartelol、索他洛尔、左布诺洛尔、胺碘酮、阿齐利特、溴苄铵、多非利特、替地沙米、伊布利特、司美利特、N-乙酰基普鲁卡因胺、 尼非卡兰盐酸化物、维那卡兰、氨巴利特、维拉帕米、贝米拉地尔、地尔硫草、地高辛、腺苷、 伊布利特、胺碘酮、普鲁卡因胺、丙胺苯丙酮和氟卡尼。
62.前述权利要求的任一项的方法、试剂盒、用途、介质或装置，其中标志之间的连锁不平衡由连锁不平衡测量r2和/或ID' I的特定数值表征。
63.前述权利要求的任一项的方法、试剂盒、用途、介质或装置，其中标志之间的连锁不平衡由至少0.1的r2的值表征。
64.前述权利要求的任一项的方法、试剂盒、用途、介质或装置，其中标志之间的连锁不平衡由至少0.2的r2的值表征。
全文摘要
本发明涉及通过评估多态型标志上经发现与患心律失常(包括心房颤动、心房扑动)和中风的风险关联的等位基因的存在或不存在来确定对这些病症的易感性的程序和方法。本发明还涉及包括用于评估此类标志的试剂的试剂盒，以及利用此类易感性标志的诊断方法、用途和步骤。
文档编号C12Q1/68GK102449165SQ201080022648
公开日2012年5月9日 申请日期2010年3月30日 优先权日2009年4月3日
发明者D·古德布雅特松, H·霍尔姆 申请人:解码遗传学私营有限责任公司