一种与猪肉pH性状相关的SNP分子标记及其应用的制作方法
【专利摘要】本发明属于家畜分子标记制备【技术领域】，具体涉及一种与猪肉pH性状相关的SNP分子标记的制备与应用，从猪的miR-29原初转录本即miR-29-b2/c簇中克隆获得一种作为分子标记应用的与猪肉pH性状相关的基因片段，其核苷酸序列如序列表SEQ?ID?NO.1所示，在SEQ?ID?NO.1的632bp处有一个T632-C532的碱基替换，导致NcoI-RFLP多态性。本发明还公开了制备与猪肉质性状相关分子标记的方法以及制备的分子标记在猪肉猪肉pH性状多态性检测中的应用，为猪肉质性状的标记辅助选择提供了一个新的标记。
【专利说明】一种与猪肉PH性状相关的SNP分子标记及其应用
【技术领域】
[0001] 本发明属于家畜分子标记制备【技术领域】，具体涉及一种利用miR_29c原初转录本单核苷酸多态性预测猪肉质性状的方法及其分子标记，该方法具体与猪肉PH值相关的SNP分子标记有关。
技术背景
[0002]遗传学标记主要包括形态学标记、细胞学标记、生化标记和分子标记。分子标记因其直接从DNA水平上反应个体间的差异，几乎不受环境、发育阶段、组织等的影响(陈旭，张元悦.2006)。分子育种不仅能大大缩短育种年限还能减少育种过程中的人力物力消耗，而且分子标记呈现多样性，使其在动物育种中具有很大的潜力，因此分子育种在家畜育种被广泛应用。目前应用比较广泛的包括DNA指纹标记技术、微卫星标记、SNP标记等(于中伟.2009)。单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP),主要是指在基因组上由于单个核苷酸的变异而形成的遗传标记，其数量很多，多态性丰富。其检测方法包括PCR-SSCP，PCR-RFLP，测序及SNP芯片等。限制性内切酶片段长度多态性(RestrictionFragment Length Polymorphism, RFLP)是指由于不同品种(个体)基因组的限制性内切酶的酶切位点处的碱基发生突变，或酶切位点之间发生了碱基的插入、缺失等，导致酶切片段大小发生了变化，这种变化可以通过琼脂糖电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测，从而可比较不同品种(个体)的DNA水平的多态性(Beuzen N.D.，et al.2000)。
[0003]最近，科研人员提出了一个测评猪肉质量的新依据——猪肉的PH值，研究发现，高PH值和猪肉质量之间有着密切的联系，肉的pH可以用来作为评定肉新鲜度的参考指标。因此与肉的PH相关的基因可作为提高肉质性状的候选基因。miciORNA是一类存在于真核生物的18-24bp的非编码RNA(Lee et al, 1993)，它们在多种生物学过程中发挥重要的作用。MiR-29c位于9号染色体，参与多种不同的生命过程。研究结果表明miR-29在骨骼肌的发育过程中发挥重要的作用，miR-29可以促进骨骼肌分化(Wei Wei, et al.2013)，参与调节肌肉疾病(Perbellini et al.2010)。
[0004]目前，利用microRNA的单核苷酸多态性对猪肉质性状的分子标记研究很少，本发明在miR-29c原初转录本上找到的与猪肉pH相关的SNP属首次发现。
【发明内容】
[0005]本发明的目的在于克服现有技术的不足，提供一种与猪肉pH性状相关的单核苷酸多态性(SNP)分子标记。本发明另一个目的在于提供与猪肉PH性状相关的单核苷酸多态性分子标记的应用。
[0006]本发明的技术方案如下所述:
[0007] 申请人:从报道的猪miR-29b-2/c簇中克隆得到一种与猪肉pH性状相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如下所示:
[0008]
【权利要求】
1.一种与猪肉PH性状相关的SNP分子标记，其核苷酸序列如下所示:
2.扩增如权利要求1所述分子标记的引物组合，其DNA序列如下所示: 正向引物:AITTCTGCCCGGTCACGAGT， 反向引物:TCCCCCTACATCATAACCGA。 反转录miR-29c的特异引物:
3.权利要求1所述的分子标记在猪肉pH性状相关的SNP分子标记性状检测中的应用。
4.权利要求2所述的引物组合在猪肉pH性状相关的SNP分子标记性状检测中的应用。
5.一种与猪肉pH性状相关的SNP分子标记的制备方法，其特征在于下列步骤: 提取猪基因组DNA，根据的猪miR-29b-2/c簇序列信息，选取miR-29_b2/C初始转录本上下游各2000bp的序列设计PCR扩增引物组合，其核苷酸序列如SEQ ID NO:2和3所示，用该引物组合进行PCR扩增，得到752bp的扩增片段，其核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示，对所获得的PCR产物酶切分型，进行基因型与猪肉pH性状相关的SNP分子标记之间的关联分析。
【文档编号】C12N15/11GK103898231SQ201410156198
【公开日】2014年7月2日 申请日期:2014年4月17日 优先权日:2014年4月17日
【发明者】赵书红, 张维娅, 李新云, 曹建华, 朱猛进, 余梅 申请人:华中农业大学