一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒的制作方法
【专利摘要】一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在于：包括PCR反应液A、PCR反应液B、Taq/UNG酶混合液、阳性对照和阴性对照；其中，所述PCR反应液A包括10×PCR?buffer、外显子19缺失突变的引物和探针、T790M突变的引物和探针、L861Q突变的引物和探针、外显子2的引物和探针、MgCl2、dNTPs和无菌蒸馏水；所述PCR反应液B包括10×PCR?buffer、外显子20插入突变的引物和探针、S768的引物和探针I、L858R的引物和探针、G719X的引物和探针、MgCl2、dNTPs和无菌蒸馏水。本发明可用于检测人表皮生长因子受体突变基因。
【专利说明】一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒
【技术领域】
[0001] 本发明属体外诊断试剂领域，具体地，涉及一种试剂盒，更具体地，涉及一种人表 皮生长因子受体突变基因（29种）检测的试剂盒。
【背景技术】
[0002] 非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC)是一种严重威胁人类健康 的恶性肿瘤，尽管手术和化疗技术不断提高，但患者的预后仍较差，5年存活率小于20 %。 目前，以人表皮生长因子受体（epithelium growth factor recptor，EGFR)为祀点的分子 靶向治疗已成为治疗NSCLC最重要的方式。
[0003] EGFR是原癌基因 C-erbB-Ι的表达产物，基因定位于第7号染色体上，属于跨膜受 体酪氨酸激酶。EGFR与其配体结合后，能激活下游信号通路，调节肿瘤细胞的增殖、分化、血 管生成及凋亡抑制，从而调控一系列肿瘤生物学行为。
[0004] 目前临床上使用的针对EGFR的靶向药物是EGFR酪氨酸激酶抑制剂（EGFR-TKI)， EGFR-TKI通过抑制EGFR自身磷酸化而阻断EGFR信号传导通路，从而抑制肿瘤细胞增殖分 化，实现靶向治疗。EGFR-TKI的疗效与EGFR基因突变状况密切相关，EGFR基因突变主要集 中在外显子18?21上，包括敏感突变和耐药突变。因此，EGFR基因外显子18?21突变 检测可以很好的预测分子靶向药物的治疗效果，对指导临床开展NSCLC的个体化靶向治疗 具有重要意义。
[0005] 目前，针对EGFR基因突变的检测方法主要有直接测序法、探针杂交法、高分辨率 熔解曲线法和ARMS荧光定量PCR等方法。
[0006] 直接测序法步骤繁琐、周期长且灵敏度低，不适合应用于临床检测。探针杂交法对 杂交的条件非常敏感，需要严格控制实验条件。分辨率熔解曲线法在检测缺失突变时效果 较差。荧光定量PCR法具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应 等优点，市场上已有该类产品。但是，对同一样本需要同时进行8管PCR反应才能对29个 突变型进行检测，检测成本高，时效性不强。
[0007] 当前，迫切需要开发一种异性强、灵敏度高、操作简单、经济方便、检测通量高和时 效性强的EGFR基因突变检测试剂盒。
【发明内容】
[0008] 本发明旨在克服上述缺陷，提供一种特异性强、灵敏度高、操作简单、经济方便、检 测通量高和时效性强的试剂盒。
[0009] 本发明提供的一种试剂盒，其特征在于：包括PCR反应液A、PCR反应液B、Taq/UNG 酶混合液、阳性对照和阴性对照；
[0010] 其中，PCR反应液A包括10XPCR buffer、外显子19缺失突变的引物和探针、T790M 突变的引物和探针、L861Q突变的引物和探针、外显子2的引物和探针、MgCl2、dNTPs和无菌 蒸馏水；
[0011] 上述外显子19缺失突变的引物和探针的序列为如SEQ ID NO. 1、SEQ ID NO. 2、 SEQ ID NO. 3、SEQ ID NO. 4、SEQ ID NO. 5、SEQ ID NO. 6、SEQ ID NO. 7、SEQ ID NO. 8、SEQ ID NO. 9、SEQ ID NO. 10 所示的序列，
[0012] 具体地，外显子19缺失突变型上游引物19F1 :
[0013] 5， -TAAAATTCCCGTCGCTATCAAAACGA-3，；
[0014] 外显子19缺失突变型上游引物19F2 :
[0015] 5， -ATTCCCGTCGCTATCAAAATATCGA-3';
[0016] 外显子19缺失突变型上游引物19F3 :
[0017] 5，-ATTCCCGTCGCTATCAAGGATCGA-3';
[0018] 外显子19缺失突变型上游引物19F4 :
[0019] 5' -TCCCGTCGCTATCAAGGAGCTC-3' ；
[0020] 外显子19缺失突变型上游引物19F5 :
[0021] 5，-TCCCGTCGCTATCAAGGAGCAAT-3，；
[0022] 外显子19缺失突变型上游引物19F6 :
[0023] 5，-TTCCCGTCGCTATCAAGGAACAT-3，；
[0024] 外显子19缺失突变型上游引物19F7 :
[0025] 5，-TTCCCGTCGCTATCAAGGAACAGA-3';
[0026] 外显子19缺失突变型上游引物19F8 :
[0027] 5，-TTCCCGTCGCTATCAAGGAACCA-3';
[0028] 外显子19缺失突变型下游引物19R :
[0029] 5， -AGGTGAGGCAGATGCCCAG-3，；
[0030] 外显子19缺失突变型探针19P :
[0031] 5; -CCAACAAGGAAATCCTC-3;；
[0032] 其中，5 ^端标记FAM荧光报告基团，3 ^端标记BHQ1荧光淬灭基团；
[0033] 上述T790M突变的引物和探针的序列为如SEQ ID N0. 11、SEQ ID N0. 12、SEQ ID NO. 13所示的序列，
[0034] 具体地，T790M突变型上游引物20F4 :
[0035] 5，-TCCACCGTGCAGCTCATGCA-3';
[0036] T790M突变型下游引物20R :
[0037] 5; -GTCCTCCAAGTAGTTC-3;；
[0038] T790M插入突变型探针20P1 :
[0039] 5; -TTCGGCTGCCTCCTGGAC-3;；
[0040] 其中，5'端标记J0E荧光报告基团，3'端标记BHQ1荧光淬灭基团；
[0041] 上述 L861Q 突变的引物和探针为如 SEQ ID N0. 14、SEQ ID N0. 15、SEQ ID N0. 16 所示的序列，
[0042] 具体地，L861Q突变型上游引物21F1 :
[0043] 5; -CAGATTTTGGGCTGGCCAAACAGC-3;；
[0044] L861Q突变型下游引物21R :
[0045] 5，-GACATCACTCTGGTGGGT-3，；
[0046] L861Q 突变型探针 21P1 :
[0047] 5; -GGAGGCAAAGTGCCTATC-3;；
[0048] 其中，5'端标记R0X荧光报告基团，3'端标记BHQ1荧光淬灭基团；
[0049] 上述外显子2的引物和探针为如SEQ ID N0. 17、SEQ ID N0. 18、SEQ ID N0. 19所 示的序列，
[0050] 具体地，外显子2上游引物EF :
[0051] 5， -TGCCAAGGCACGAGTAACAAG-3，；
[0052] 外显子2下游引物ER :
[0053] 5; -TCCAAATTCCCAAGGACCAC-3;；
[0054] 外显子2探针EP :
[0055] 5，-CTCAGCCTCCAGAGGATG-3，；
[0056] 其中，5'端标记CY5荧光报告基团，3'端标记BHQ1荧光淬灭基团。
[0057] 此外，本发明涉及的PCR反应液B包括10XPCR buffer、外显子20插入突变的引 物和探针、S768的引物和探针I、L858R的引物和探针、G719X的引物和探针、MgCl 2、dNTPs 和无菌蒸馏水。
[0058] 上述外显子20插入突变的引物和探针为如SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 21、SEQ ID NO. 22、SEQ ID NO. 23、SEQ ID NO. 24 所示的序列，
[0059] 具体地，外显子20插入突变型上游引物20F1 :
[0060] 5，-AGCGTGGACAACCCCCACACGT-3，；
[0061] 外显子20插入突变型上游引物20F2 :
[0062] 5， -GTGGACAACCCCCACGGGTTGTGC-3';
[0063] 外显子20插入突变型上游引物20F3 :
[0064] 5，-ATGGCCAGCGTGCCAGCGTGGGAC-3，；
[0065] 外显子20插入突变型下游引物20R :
[0066] 5， -TGAGCAGGTACTGGGTGCC-3';
[0067] 外显子20探针20P :
[0068] 5; -TTCGGCTGCCTCCTGGAC-3 ;；
[0069] 其中，5'端标记FAM荧光报告基团，3'端标记BHQ1荧光淬灭基团；
[0070] 上述 S768 的引物和探针 I 为如 SEQ ID NO. 25、SEQ ID NO. 26、SEQ ID N0. 27 所示 的序列，
[0071] 具体地，S768I突变型上游引物20F5 :
[0072] 5， -TAGCCTACGTGATGGCCATC-3';
[0073] S768I突变型下游引物20R:
[0074] 5，-TGAGCAGGTACTGGGTGCC-3';
[0075] 外显子20探针20P :
[0076] 5; -TTCGGCTGCCTCCTGGAC-3 ;；
[0077] 其中，5'端标记J0E荧光报告基团，3'端标记BHQ1荧光淬灭基团；
[0078] 上述 L858R 的引物和探针为如 SEQ ID N0. 28、SEQ ID N0. 29、SEQ ID N0. 30 所示 的序列，
[0079] 具体地，L858R突变型上游引物21F2 :
[0080] 5; -GATTTTGGGCGGGCCAAAC-3;；
[0081] L858R突变型下游引物21R :
[0082] 5，-GACATCACTCTGGTGGGT-3，；
[0083] L858R突变型探针21P :
[0084] 5，-GGAGGCAAAGTGCCTATC-3';
[0085] 其中，5'端标记R0X荧光报告基团，3'端标记BHQ1荧光淬灭基团；
[0086] 上述 G719X 的引物和探针为如 SEQ ID N0. 31、SEQ ID N0. 32、SEQ ID N0. 33、SEQ ID NO. 34、SEQ ID NO. 35 所示的序列，
[0087] 具体地，G719X突变型（G719A)上游引物18F1 :
[0088] 5，-ATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGGCCT-3，；
[0089] G719X 突变型（G719S)上游引物 18F2 :
[0090] 5; -GAATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGAG-3 ;；
[0091] G719X 突变型（G719C)上游引物 18F3 :
[0092] 5， -ATTCAAAAAGATCAAAGTGCTGTG-3，；
[0093] G719X突变型下游引物18R :
[0094] 5; -CTTTCTACCTTCTGGGATC-3 ;；
[0095] G719X突变型探针18P :
[0096] 5; -GTGCGTTCGGCACGGTG-3 ;；
[0097] 其中，5'端标记CY5荧光报告基团，3'端标记BHQ1荧光淬灭基团。
[0098] 在本发明中，外显子19缺失突变、T790M突变、L861Q突变、外显子2的引物和探针 的浓度为10-100 μ M。
[0099] 在本发明中，外显子20插入突变、S768I、L858R和G719X的引物和探针的浓度为 10-100 μΜ〇
[0100] 在本发明中，MgCl2的浓度为25-100mM。
[0101] 在本发明中，dNTPs 为选自 25-100mM dATP、25-100mM dGTP、25-100mM dCTP、 12. 5-50mM dUTP、12. 5-50mM dTTP中的一种或几种的混合物。
[0102] 在本发明中，Taq/UNG酶混合液包括5-20U/ μ L耐热DNA聚合酶和1-10U/ μ L尿 嘧啶DNA糖基化酶。
[0103] 在本发明中，阴性对照为生理盐水；
[0104] 在本发明中，阳性对照为含有G719X、外显子19缺失突变型、外显子20插入突变 型、T790M、L861Q、S768I、L858R和exon2的线性化重组质粒的生理盐水。
[0105] 此外，根据上述方法提供的试剂盒能应用于检测人表皮生长因子受体突变基因。
[0106] 本发明的作用和效果
[0107] 本发明采用多色荧光PCR的技术，将同一样本进行2管PCR扩增，以EGFR基因常 见的29种突变类型（如表1所示）作为检测目标。
[0108] 能实现对高突变率的Exonl9缺失突变和Exon21的L858R突变检测，也能对低突 变率的L861Q、T790M、S768I、G719X及Exon20插入突变检测，同时还可通过exon2基因对 检测过程进行质量控制，可有效实现对EGFR突变的监控，满足用药前的筛查要求。
[0109] 表1 29种EGFR基因突变
[0110]
【权利要求】
1. 一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在于：包括PCR反应液A、PCR 反应液B、Taq/UNG酶混合液、阳性对照和阴性对照； 其中，所述PCR反应液A包括10XPCR buffer、外显子19缺失突变的引物和探针、 T790M突变的引物和探针、L861Q突变的引物和探针、外显子2的引物和探针、MgCl2、dNTPs 和无菌蒸馏水； 所述PCR反应液B包括10XPCR buffer、外显子20插入突变的引物和探针、S768的引 物和探针I、L858R的引物和探针、G719X的引物和探针、MgCl2、dNTPs和无菌蒸馏水。
2. 如权利要求1所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在于： 所述外显子19缺失突变的引物和探针的序列为如SEQ ID NO. 1、SEQ ID NO. 2、SEQ ID N0.3、SEQ ID N0.4、SEQ ID N0.5、SEQ ID N0.6、SEQ ID N0.7、SEQ ID N0.8、SEQ ID N0.9、 SEQ ID NO. 10所示的序列； 所述T790M突变的引物和探针的序列为如SEQ ID NO. 11、SEQ ID NO. 12、SEQ ID NO. 13 所示的序列； 所述L861Q突变的引物和探针为如SEQ ID NO. 14、SEQ ID NO. 15、SEQ ID NO. 16所示 的序列； 所述外显子2的引物和探针为如SEQ ID NO. 17、SEQ ID NO. 18、SEQ ID NO. 19所示的 序列。
3. 如权利要求1所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在于： 所述外显子20插入突变的引物和探针为如SEQ ID NO. 20、SEQ ID NO. 21、SEQ ID NO. 22、SEQ ID NO. 23、SEQ ID NO. 24 所示的序列； 所述S768的引物和探针I为如SEQ ID NO. 25、SEQ ID NO. 26、SEQ ID NO. 27所示的序 列； 所述L858R的引物和探针为如SEQ ID NO. 28、SEQ ID NO. 29、SEQ ID NO. 30所示的序 列； 所述 G719X 的引物和探针为如 SEQ ID NO. 31、SEQ ID NO. 32、SEQ ID NO. 33、SEQ ID NO. 34、SEQ ID NO. 35 所示的序列。
4. 如权利要求1所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在 于：所述外显子19缺失突变、T790M突变、L861Q突变、外显子2的引物和探针的浓度为 10-100 μM〇
5. 如权利要求1所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在于： 所述外显子20插入突变、S768I、L858R和G719X的引物和探针的浓度为10-100 μ M。
6. 如权利要求1所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在于： 所述MgCl2的浓度为25-100mM。
7. 如权利要求1所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在 于：所述 dNTPs 为选自 25-100mM dATP、25-100mM dGTP、25-100mM dCTP、12.5-50mM dUTP、 12. 5-50mM dTTP中的一种或几种的混合物。
8. 如权利要求1所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在于： 所述Taq/UNG酶混合液包括5-20U/ μ L耐热DNA聚合酶和1-10U/ μ L尿嘧啶DNA糖基化酶。
9. 如权利要求1所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特征在于： 所述阴性对照为生理盐水； 所述阳性对照为含有G719X、外显子19缺失突变型、外显子20插入突变型、T790M、 L861Q、S768I、L858R和人β-globin的线性化重组质粒的生理盐水。
10.如权利要求1-9任一所述的一种人表皮生长因子受体突变基因检测试剂盒，其特 征在于：用于检测人表皮生长因子受体突变基因。
【文档编号】C12Q1/68GK104087674SQ201410336176
【公开日】2014年10月8日 申请日期:2014年7月15日 优先权日:2014年7月15日
【发明者】宋冬梅, 刘军辉, 刘代新 申请人:江苏同科医药科技有限公司