丙型肝炎病毒基因型的新顺序及其作为治疗和诊断试剂的用处的制作方法

专利名称：：丙型肝炎病毒基因型的新顺序及其作为治疗和诊断试剂的用处的制作方法
技术领域：
：本发明涉及丙型肝炎病毒(hepatitisCvirus，HCV)基因型的新顺序及其作为治疗和诊断试剂的用途。本发明涉及对应于新的2型2d亚型的编码区域的新的核苷酸和氨基酸顺序，对应于HCV3a型的型特异性的顺序，对应于新的3c亚型的编码区域的新顺序，和对应于HCV4型和5型5a亚型的编码区域的新顺序；制备它们的方法，以及它们用于诊断，预防和治疗的用途。本发明的技术问题是提供HCV4型和5型以及HCV2型和3型新的变种的Core，E1，E2，NS3，NS4和NS5区域的新的型特异性顺序。这些新的HCV顺序能用于诊断生物样品中2型和/或3型和/或4型和/或5型HCV基因型的存在。此外，这些新的型特异性顺序的获得能提高HCV检测的总灵敏度而且也证实能用于治疗用途。已发现丙型肝炎病毒(HCV)是非甲非乙型肝炎的主要病原。覆盖几种原型分离株的完整的基因组的cDNA克隆的顺序已被确定(Katoetal.，1990；Chooetal.，1991；Okamotoetal.，1991；Okamotoetal.，1992)。比较这些分离株表明核苷酸顺序的变异能用来区别至少两种不同基因型，1型(HCV-1和HCV-5)和2型(HC-J6和HC-J8)，其平均同源性约为68％。在每型中，至少存在两个平均同源性约79％的亚型(如以HCV-1和HCV-J为代表)。属于同一亚型的HCV基因组的平均同源性大于90％(Okamotoetal.，1992)。然而，HCV-T分离株的NS5区域的部分核苷酸顺序显示与已前公布的顺序至多只有67％的同源性，表明还存在另一种HCV类型(Morietal.，1992)。这种3型的部分的5’非转译区域(UR)，Core，NS3和NS5区域的部分已经公布，进一步确立了3型主基因型和它们的亚型之间的相同进化年代(Chanetal.，1992)。在临床标本中确定3型基因型可以通过用对NS5区域的型特异性引物的PCR法而实现。然而，成功的程度在很大程度上取决于顺序的变异和血清中存在的病毒效价。因此，在开放读码框架段常规的PCR，尤其对于3型和本发明所述的新的4型和5型和/或V组基因型(Chaet.al.，1992)，可以预见是不成功的。一种新的基于高度保守的5’UR的变异分型系统(LiPA)，经证实更有用，因为能确定5型主HCV基因型及其亚型(Stuyveretal.，1993)。选择高效价的分离株仅用2个引物便能获得用于克隆的PCR片段，而巢式(nested)PCR要求4个引物与新的3型，4型和5型基因型的未知顺序匹配。5’非转译区域(5’UR)的新顺序已由Bukh等人(1992)列出。对于其中一些，最近已有对E1区域的描述(Bukhetal.，1993)。与一组分离株其中包括Bukh等人(1992)所描述的DK12和HK10以及Chan等人(1991)描述并归类为3型的E-b1和E-b8，在5’UR中具有相似顺序的分离株的5’UR已有报导和描述。E1的羧基未端部分和NS5区域中作为组IV已由Cha等人进行描述(1992；WO92/19743)，而且也已由本申请的发明者在分离株BR56的5’UR中描述过并归类为3型(Stuyveretal.，1993)。本发明的目的是提供新的能用于确定HCV感染的新的HCV核苷酸和氨基酸顺序。本发明的另一目的是提供新的核苷酸和氨基酸HCV顺序，它们能将感染的生物液体分成不同的在基因组水平清楚地与类型和亚型相关联的血清学群。本发明的又一目的是提供新的核苷酸和氨基酸HCV顺序，以提高总的HCV检出率。本发明的再一目的是提供新的HCV顺序以用于设计HCV疫苗组合物。本发明的另一目的是提供用于治疗或诊断的药物组合物，它含有增高的抗由这些新HCV顺序编码的多肽的抗体。更具体地，本发明涉及一种组合物，它含有至少一种含至少5个，较佳8个或更多连续的核苷酸的聚核酸，核苷酸选自下列HCV顺序中的至少一种—3型HCV基因组顺序，更具体地在任一下列区域—跨HCV3a亚型的Core/E1区域的417至957的区域，—跨HCV3型的NS3区域的4664至4730的区域，—跨HCV3型的NS3/4区域的4892至5292的区域，—跨HCV3a亚型BR36亚群的NS5区域的8023至8235的区域，—HCV3c亚型基因组顺序，更具体地为上述特异区域的编码区域；—HCV2d亚型基因组顺序，更具体地为HCV2d亚型的编码区域；—HCV4型基因组顺序，较具体地为编码区域，更具体地为4a，4e，4f，4g，4h，4i和4j亚型的编码区域；—HCV5型基因组顺序，较具体地为HCV5型的编码区域，更具体地为编码Core，E1，E2，NS3和NS4的区域；其中核苷酸编号参照表1中所示的HCV核酸的编号，而且该聚核酸含有至少一个在上述区域与已知的HCV(1型、2型和3型)聚核酸顺序，或其互补顺序不同的核苷酸。应注意，在本发明的多聚核酸中的核苷酸差异可以在相应的由该多聚核酸编码的氨基酸顺序中造成或不造成氨基酸的差异。根据一个优选实施例，本发明涉及一种组合物，它含有至少一种编码一种HCV聚蛋白质(polyprotein)的多聚核酸，该多聚核酸含至少5个，较佳8个对应于至少一部分编码一种HCV聚蛋白质的HCV核苷酸顺序的核苷酸，该HCV聚蛋白质在其顺序中含有至少一种下列氨基酸残基L7，Q43，M44，S60，R67，Q70，T71，A79，A87，N106，K115，A127，A190，S130，V134，G142，I144，E152，A157，V158，P165，S177或Y177，I178，V180或E180或F182，R184，I186，H187，T189，A190，S191或G191，Q192或L192或I192或V192或E192，N193或H193或P193，W194或Y194，H195，A197或I197或V197或T197，V202，I203或L203，Q208，A210，V212，F214，T216，R217或D217或E217或V217，H218或N218，H219或V219或L219，L227或I227，M231或E231或Q231，T232或D232或A232或K232，Q235或I235，A237或T237，I242，I246，S247，S248，V249，S250或Y250，I251或V251或M251或F251，D252，T254或V254，L255或V255，E256或A256，M258或F258或V258，A260或Q260或S260，A261，T264或Y264，M265，I266或A266，A267，G268或T268，F271或M271或V271，I277，M280或H280，I284或A284或L284，V274，V291，N292或S292，R293或I293或Y293，Q294或R294，L297或I297或Q297，A299或K299或Q299，N303或T303，T308或L308，T310或F310或A310或D310或V310，L313，G317或Q317，L333，S351，A358，A359，A363，S364，A366，T369，L373，F376，Q386，I387，S392，I399，F402，I403，R405，D454，A461，A463，T464，K484，Q500，E501，S521，K522，H524，N528，S531，S532，V534，F536，F537，M539，I546，C1282，A1283，H1310，V1312，Q1321，P1368，V1372，V1373，K1405，Q1406，S1409，A1424，A1429，C1435，S1436，S1456，H1496，A1504，D1510，D1529，I1543，N1567，D1556，N1567，M1572，Q1579，L1581，S1583，F1585，V1595，E1606或T1606，M1611，V1612或L1612，P1630，C1636，P1651，T1656或I1656，L1663，V1667，V1677，A1681，H1685，E1687，G1689，V1695，A1700，Q1704，Y1705，A1713，A1714或S1714，M1718，D1719，A1721或T1721，R1722，A1723或V1723，H1726或G1726，E1730，V1732，F1735，I1736，S1737，R1738，T1739，G1740，Q1741，K1742，Q1743，A1744，T1745，L1746，E1747或K1747，I1749，A1750，T1751或A1751，V1753，N1755，K1756，A1757，P1758，A1759，H1762，T1763，Y1764，P2645，A2647，K2650，K2653或L2653，S2664，N2673，F2680，K2681，L2686，H2692，Q2695或L2695或I2695，V2712，F2715，V2719或Q2719，T2722，T2724，S2725，R2726，G2729，Y2735，H2739，I2748，G2746或I2746，I2748，P2752或K2752，P2754或T2754，T2757或P2757，该标记由一表示氨基酸残基字码的字母和根据Kato等人，1990表示氨基酸号码的数字组成。上述的每一个残基能在显示本发明的新氨基酸顺序的图2、5、7、11或12中任一幅图中找到，对于Core，E1、E2，NS3，NS4和NS5区域与HCV的其他型或亚型的已知顺序排成直线。更具体地，根据本发明在组合物中含有的多聚核酸含有至少5个，较佳8个或更多连续的核苷酸，它们对应于选自至少一种编码下列新HCV氨基酸顺序的HCV顺序的一个连续的核苷酸顺序—跨HCV2d亚型，3型(更具体为3a和3c亚型的新顺序)，新4型的亚型(更具体为4a，4e，4f，4g，4h，4i和4j亚型的新顺序)和5a亚型的HCV的Core/E1区域的氨基酸位置1至319的的新顺序，如图5所示；—跨5a亚型HCV的E1/E2区域的氨基酸位置328至546的新顺序，如图12所示；—跨HCV3型(更具体为3a亚型的新顺序)，和5a亚型的NS3/NS4区域的氨基酸位置1556至1764的新顺序，如图7或11所示；—跨HCV2d亚型，3型(更具体为新的3a和3c亚型)，新4型的亚型(更具体为4a，4e，4f，4g，4h，4i和4j亚型)和5a亚型的NS5B区域的氨基酸位置2645至2757的新顺序，如图2所示，使用上面提及的LiPA系统，选择了具高滴度3型丙型肝炎病毒的巴西献血者，具高滴度4型HCV的加蓬病人，和一个具高滴度5型HCV的比利时病人。以前未曾报导过的Core，E1，NS5和NS4区域的核苷酸顺序，在本发明的框架下进行分析。任一种4型分离株的编码顺序(除了Core区域)在本发明中是第一次报导。对新的3型分离株还分析了NS5b区域。在确定了NS5b顺序后，与Mori等人(1992)所述的Ta和Tb亚型的比较成为可能，而3型顺序可被鉴别为3a型基因型。依照NS5和E1区域中的同源性，新的4型分离株被分成10个亚型，新的2型和3型顺序可与以前描述的由从比利时和荷兰收集到的血清中2亚型或3亚型区分开。术语“(多)聚核酸”指单链或双链核酸顺序，它含有至少5个连续核苷酸至完整的核苷酸顺序(例如，至少6，7，8，9，10，11，12，13，14，15或更多的连续核苷酸)。长度上长达约100核苷酸的多聚核酸常被称为寡核苷酸。多聚核酸可以由脱氧核糖核酸或核糖核酸，核苷酸类似物或经修饰的核苷酸组成，或也可用于治疗目的。多聚核酸也可含有可用于克隆目的，或体内治疗或预防的双链的cDNA克隆。术语“多聚核酸组合物”指任何一种本质上含该多聚核酸的组合物。该组合物可以是诊断性或治疗性的。表述“对应于……的核苷酸”指与特定的HCV顺序中指定的核苷酸或区域同源或互补的核苷酸。术语“编码区域”指编码HCV聚蛋白质的HCV基因组的区域。事实上，它包括除了5’非转译区域和3’非转译区域之外的全部基因组。术语“HCV聚蛋白质”指HCV-J分离株(Katoetal.，1990)的HCV聚蛋白质。位置330处的腺嘌呤残基(Katoetal.，1990)是引发长HCV聚蛋白质合成的ATG密码子的第一个残基，该聚白质是HCV-J和其他1b型分离株中的3010个氨基酸，HCV-1和其他1a型分离株中的3011个氨基酸，以及2型分离株HC-J6和HC-J8中的3033氨基酸(Okamotoetal.，1992)。在本发明中，在核酸水平上将该腺嘌呤定为位置1，同时在氨基酸水平将该甲硫氨酸定为位置1。因为1a型分离株在NS5a区域含一个额外氨基酸，所以1a型和1b型的编码顺序在Core，E1，NS3，和NS4区域其有同样的编号，但在NS5b区域有差别，如表1所示。与1型分离株相比，2型分离株在E2区域有4个额外氨基酸，在NS5区域含17或18个额外氨基酸，因而在NS3/4区域和NS5b区域与1型分离株的编号有差别，如表1所示。1表1本发明中所用的HCV核苷酸和氨基酸编号体系(*)与其他原型分离株所用的编号的比较。例如，8352/8564指由Kato等人(1990)所述的核苷酸8352至核苷酸8564所指定的区域。因为本发明的编号系统从聚蛋白质的起始点开始，所以应减去Kato等人(1990)所述的5’非转译区域的329个核苷酸，因此相应区域的号码为从核苷酸8023(“8352-329”)至8235(“8564-329”)。术语“HCV型”对应于一组HCV分离株，其全基因组在核酸水平有大于74％的同源性，或其位于核苷酸位置7932和8271之间的NS5区域在核酸水平有大于74％的同源性，或其全HCV聚蛋白质在氨基酸水平有大于78％的同源性，或其位于氨基酸位置2645和2757之间的NS5区域在氨基酸水平有大于80％的同源性，与该群其他分离株的聚蛋白质相比，所说的编号是从HCV-J分离物(Ka-toetal.，1990)的长HCV聚蛋白质的第一个ATG密码子或第一个甲硫氨酸处开始。属于不同型的HCV的分离物的同源性，在核酸水平其全基因组同源性小于74％而在氨基酸水平小于78％。属于同一型又属于同一亚型的分离株，常在核酸水平具约92-95％同源性，而在氨基酸水平具95-96％同源性。那些属于同一型但不同亚型的分离株优选地在核酸水平具约79％同源性而在氨基酸水平具85-86％同源性。更佳地，HCV型的确定是根据其核苷酸距离的HCV分离株的分类法而得出的，详细计算细节如下(1)依据核苷酸7935和8274之间(Chooetal.，1991)或8261和8600(katoetal.，1990)之间或8342和8681之间(Okamotoetal.，1991)的NS5b区域的核酸顺序的系统发育分析，属于同一HCV型的分离株的核苷酸距离小于0.34，通常小于0.33，更常小于0.32，而属于同一亚型的分离株的核苷酸距离小于0.135，通常小于0.13，更常小于0.125，而属于同一型但不同亚型的分离株的核苷酸距离为0.135-0.34，常为0.1384-0.2477，更常为0.15-0.32，而属于不同HCV型的分离株的核苷酸距离大于0.34，常大于0.35，更常大于0.358。(2)依据核苷酸378和957之间的Core/E1区域的核酸顺序的系统发育分析，属于同一HCV型的分离株的核苷酸距离小于0.38，通常小于0.37，更常小于0.364，而属于同一亚型的分离株的核苷酸距离小于0.17，通常小于0.16，较常小于0.15，更常小于0.135，更经常小于0.134，因而属于同一型但不同亚型的分离株的核苷酸距离为0.15-0.38，常为0.16-0.37，更常为0.17-036，更经常为0.133-0.379，而属于不同HCV类型的分离株的核苷酸距离大于0.34，0.35，0.36，常大于0.365，更常大于0.37。(3)依据核苷酸4664和5292之间(Chooetal.，1991)或4993和5621之间(Katoetal.，1990)或5017和5645之间(Okamotoetal.，1991)的NS3/NS4区域的核酸顺序的系统发育分析，属于同一HCV型的分离株的核苷酸距离小于0.35，通常小于0.34，更常小于0.33，而属于同一亚型的分离株的核苷酸距离小于0.19，通常小于0.18，更常小于0.17，而属于同一型但不同亚型的分离株的核苷酸距离为0.17-0.35，常为0.18-0.34，更常为0.19-0.33，而属于不同HCV型的分离株的核苷酸距离大于0.33，常大于0.34，更常大于0.35。表2分子进化距离*由PHYLIP程序DNADIST产生的数字表示成最小值至最大值(平均值±标准差)。给出了属于同一亚型(分离株)，同一型中不同亚型(亚型)和不同型(型)的系统发育距离。在一个对已有的顺序进行的比较系统分析中，用3.5C版本的系统发育推断包PHYLIP(Felsenstein，1993)的DNADIST程序比较19781碱基对，并在此基础上计算该基因组不同区域的分子进化距离的范围。结果列于表2，并表明尽管在每个区域获得的距离大多数都与某一分离株的分类相吻合，但只有在340bp的NS5B区域获得的范围是不重迭的，因而是决定性的。但是，正如在本发明中所做的那样，对一给定分离株最终分类前，最好得到至少2个区域获得顺序信息。将一号码指定给不同型的HCV以及HCV型的命名是根据发现不同型的年月顺序。用于本发明的编号系统仍可根据国际惯例或标准而有所变动。例如，“4型”可改为“5型”或“6型”。术语“亚型”指一群HCV分离株，其全长聚蛋白质的同源性在核酸和氨基酸水平都大于90％，或其核苷酸位置7932和8271之间的NS5区域的在核酸水平的同源性，与同群的其他分离株的基因组的相应部分相比，大于90％，该编号从HCV聚蛋白质的起始密码子的腺嘌呤残基开始。属于同一型但不同亚型的HCV的同源性在核酸水平大于74％，在氨基酸水平大于78％。术语“BR36亚群”指一群HCV3a型分离株(BR36，BR33，BR34)，它们在位置8023至8235之间的NS5b区域，在SEQIDNo1，3，5，7，9，11中所示的顺序有95％，更佳95.5％，最佳96％的同源性。应理解，极为多变的区域，如E1、E2和NS4区域的同源性低于聚蛋白质的全基团组的平均同源性。使用这些标准，HCV分离株可以分成至少6型依据5’UR和位于7932和8271之间含部分NS5的编码区域的同源性，在1，2，3和4型中能清楚地区分几种亚型1a，1b，2a，2b，2c，2d，3a，3b，4a，4b，4c，4d，4e，4f，4g，4h，4i和4j。有关大多数已报导的分离株及其按本发明的分型系统所提出的分类，以及其他提出的分类的总结，列于表3。表3HCV分类OKA-MORINAKACHA原型MOTOO1aIIPtGIHCV-1，HCV-H，HC-J11bIIIIKIGIIHCV-J，HCV-BK，HCV-T，HC-JK1，HC-J4，HCV-CHINA1cHC-G92aIIIIIIK2aGIIIHC-J62bIVIVK2bGIIIHC-J82cS83，ARG6，ARG8，I10，T9832dNE923aVVK3GIVE-b1，Ta，BR36，BR33，HD10，NZL13bVIK3GIVHCV-TR，Tb3cBE984aZ4，GB809-44bZ14cGB116，GB358，GB215，Z6，Z74dDK134eGB809-2，CAM600，CAM7364fCAM622，CAM6274gGB5494hGB4384iCAR4/12054jCAR1/5014kEG295aGVSA3，SA4，SA1，SA7，SA11，BE956aHK1，HK2，HK3，HK4术语“互补”顺序指与所示顺序互补且能与所示顺序杂交的核苷酸顺序。本发明的组合物可含多种组合。例如，本发明的组合物可以含有—两个(或多个)来自同一区域的核酸，或—来自同一分离株或不同分离株的不同区域的2个(或多个)核酸，或—来自(同一分离株或不同分离株酸)同一区域和至少2个不同区域的核酸。本发明更具体地涉及一种上述的多聚核酸组合物，其中该多聚核酸对应于选自任何下列3型HCV基因组顺序的一个核苷酸顺序—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27(HD10，BR36或BR33顺序)所示的顺序任一相比，在跨Core/E1区域的位置417至957的区域中的同源性至少67％，较佳大于69％，更佳大于71％，再佳大于73％，最佳大于76％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27(HD10，BR36或BR33顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性至少65％，较佳大于67％，更佳大于69％，再佳大于70％，最佳大于74％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO147(代表3c型HCV的Core区域的位置1至346，顺序BE98)所示的顺序任一相比，在跨Core区域的位置1至378的区域中的同源性至少79％，较佳至少81％，最佳大于83％或更多，如图3所示；—一个3a型HCV的HCV基因组顺序，其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27(HD10，BR36或BR33顺序)所示的顺序任一相比，在跨Core/E1区域的位置417至957的区域中的同源性至少74％，较佳至少76％，最佳大于78％或更多，如图4所示；—一个3a型HCV的HCV基因组顺序，其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27(HD10，BR36或BR33顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性至少74％，较佳大于76％，最佳大于78％或更多，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO29(HCC153顺序)所示的顺序相比，在跨NS3区域的位置4664至4730的区域中的同源性大于73.5％，较佳大于74％，最佳75％或更多，如图6所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO29，31，33，35，37或39(HCC153，HD10，BR36顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS3/NS4区域的位置4892至5292的区域中的同源性大于70％，较佳大于72％，更佳大于74％，如图6或10所示；—一个3a型HCV的BR36亚群的HCV基因组顺序，其与SEQIDNO5，7，1，3，9或11(BR34，BR33，BR36顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS5区域的位置8023至8235的区域中的同源性大于95％，较佳大于95.5％，更佳96％，如图1所示；—一个3a型HCV的BR36亚群的HCV基因组顺序，其与SEQIDNO5，7，1，3，9或11(BR34，BR33，BR36顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS5B区域的位置8023至8192的区域中的同源性大于96％，较佳96.5％，最佳97％，如图1所示；—一个3c型HCV的HCV基因组顺序，特征是其与SEQIDNO149(BE98顺序)所示的顺序相比，在跨NS5B区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于79％，较佳81％，最佳83％，如图1所示；优先地，上述的基因组HCV顺序描述了来自所有上述顺序的编码区域的顺序。根据核苷酸距离分类体系(所述的核苷酸距离按上面所解释的那样计算)，该组合物的顺序选自—一个HCV基因组顺序，其特征是其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27所示的顺序相比，在跨Core/E1区域位置417至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.44，较佳小于0.40，最佳小于0.36，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其特征是其与SEQIDNO19，21，23，25或27所示的顺序相比，在跨E1区域位置574至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.53，较佳小于0.49，最佳小于0.45，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其特征是其与SEQIDNO147所示的顺序相比，在跨Core区域位置1至378之间的区域中的核苷酸距离小于0.15，较佳小于0.13，最佳小于0.11，如图3所示；—一个3a型HCV的HCV基因组顺序，其特征是其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27所示的顺序相比，在跨Core/E1区域位置417至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.3，较佳小于0.26，最佳小于0.22，如图4所示；—一个3a型HCV的HCV基因组顺序，其特征是其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27所示的顺序相比，在跨E1区域位置574至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.35，较佳小于0.31，最佳小于0.27，如图4所示；—一个3a型HCV的BR36亚群的HCV基因组顺序，其特征是其与SEQIDNO5，7，1，3，9或11所示的顺序相比，在跨NS5区域位置8023至8235之间的区域中的核苷酸距离小于0.0423，较佳小于0.042，最佳小于0.0362，如图1所示；—一个3c型HCV的HCV基因组顺序，其特征是其与SEQIDNO149所示的顺序相比，在跨NS5B区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.255，较佳小于0.25，更佳小于0.21，最佳小于0.17，如图1所示。在本申请中，对4种都属于3a型的不同的分离株BR33，BR34，BR36，HCC153和HD10(SEQIDNO1，3，5，7，9，11，13，15，17，19，21，23，25，27，29，31，35，37或39)，公开了编码E1蛋白的抗原性的外域(ectodomain)的E1顺序，和NS4抗原决定基区域和一部分NS5区域。其中该E1顺序与Cha等人(1992；WO92/19743)公开的E1的羧基端信号锚(signal-anchor)顺序并不重迭。同样在本发明范围中的是新的3c亚型的顺序(分离株BE98在Core和NS5区域的SEQIDNO147，149，(参见图3和图1))。最后本发明还涉及一种新的3a亚型的顺序，如SEQIDNO217所示(参见图1)。同样包括在本发明中的是选自任一核苷酸顺序并赋于任一上述的SEQID编号的聚核酸的顺序变异体，其中该顺序变异体含有缺失和/或插入一个或多个核苷酸，主要在寡核苷酸的末端(3′或5′端)，或者某些非必需核苷酸被其他核苷酸(包括修饰核苷酸和/或肌苷)替换，例如，一个1型或2型顺序可以通过将某些1型或2型顺序的核苷酸用3型的型特异性核苷酸替换而修饰成3型顺序，如图1(NS5区域)，图3(Core区域)，图4(Core/E1区域)，图6和10(NS3/NS4区域)所示。根据另一实施例，本发明涉及一种如上定义的多聚核酸组合物，其中所述的多聚核酸对应于选自任何下列5型HCV基因组顺序的一个核苷酸顺序—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO41，43，45，47，49，51，53(PC顺序)或151(BE95顺序)所示的顺序任一相比，在跨Core区域的位置1至573的区域中的同源性大于85％，较佳大于86％，最佳大于87％，如图9和3所示。—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO41，43，45，47，49，51，53(PC顺序)，153或155(BE95，BE100顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性大于61％，较佳大于63％，更佳大于65％，再佳大于66％，最佳大于67％(如69和71％)，如图4所示。—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO55，57，197或199(PC顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS3区域的位置3856至4209的区域中的同源性大于76.5％，较佳大于77％，最佳大于78％，如图6或10所示。—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO157(BE95顺序)所示的顺序相比，在跨E1/E2区域的位置980至1179的区域中的同源性大于68％，较佳大于70％，最佳大于72％，如图13所示。—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO59或61(PC顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS4区域的位置4936至5296的区域中的同源性大于57％，较佳大于59％，最佳大于61％，如图6或10所示。—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO159或161(BE95或BE96顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS5B区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于93％，较佳大于93.5％，最佳大于94％，如图1所示。优先地，上述的基因组HCV顺序描述了来自所有上述顺序的编码区域的顺序。根据核苷酸距离分类体系(所述的核苷酸距离按上面所解释的那样计算)，该组合物的顺序选自—与上述的5型顺序相比，E1区域的核苷酸距离小于0.53，较佳小于0.51，最佳小于0.49；—与上述的5型顺序相比，Core区域的核苷酸距离小于0.3，较佳小于0.28，最佳小于0.26；—与上述的5型顺序相比，NS5B区域的核苷酸距离小于0.072，较佳小于0.071，最佳小于0.070。在5′UR中，具有与Bukh等人(1992)在5′UR中所述的一群包括SA1，SA3和SA7的分离株相似顺序的分离株已由Cha等人(1992；WO92/19743)报导并作为V群的5′UR和NS5区域描述。该群分离株属于本发明所述的5a型(SEQIDNO41，43，45，47，49，51，53，55，57，59，61，151，153，155，157，159，161，197和199)。同样包括在本发明中的是选自任一核苷酸顺序并赋于任一上述的SEQID编号的聚核酸的顺序变异体，其中该顺序变异体含有缺失和/或插入一个或多个核苷酸，主要在寡核苷酸的末端(3′或5′端)，或者某些非必需核苷酸(即对区别不同基因型HCV非必需的核苷酸)被其他核苷酸(包括修饰核苷酸和/或肌苷)替换，例如，一个1型或2型顺序可以通过将某些1型或2型顺序的核苷酸用5型的类型特异性核苷酸替换而修饰成5型顺序，如图3(Core区域)，图4(Core/E1区域)，图10(NS3/NS4区域)，图14(E1/E2区域)所示。另一群包括BU74和BU79在内的，在5′UR中具有与Bukh等人(1992)在5′UR中所述的含Z6和Z7的分离株类似顺序的分离株，被本申请的发明者在5′UR中描述并归类为一种新的4型(Stuyveretal.，1993)。在本发明中公开了编码顺序，包括若干属于该群的新的加蓬分离株的Core，E1和NS5顺序(SEQIDNO106，108，110，112，114，116，118，120，和122)。根据另一实施例，本发明涉及一种如上定义的组合物，其中该多聚核酸对应于一种选自任一下列4型HCV基因组顺序的核苷酸顺序—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO118，120或122(GB358，GB549，GB809顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性大于66％，较佳大于68％，最佳大于70％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO118，120或122(GB358，GB549，GB809)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于71％，较佳大于72％，最佳大于74％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO163或165(GB809，CAM600顺序)所示的顺序任一相比，在跨Core/E1区域的位置1至378的区域中的同源性大于92％，较佳大于93％，最佳大于94％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4c亚型)，其与SEQIDNO183，185或187(GB116，GB215，GB809顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于85％，较佳大于86％，更佳大于86.5％，最佳大于87％，大于88或大于89％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4a亚型)，其与SEQIDNO189(GB908顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于81％，较佳大于83％，最佳大于85％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4e亚型)，其与SEQIDNO167或169(CAM600，GB908顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于85％，较佳大于87％，最佳大于89％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4f亚型)，其与SEQIDNO171或173(CAMG22，CAMG27顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于79％，较佳大于81％，最佳大于83％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4g亚型)，其与SEQIDNO175(GB549顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于84％，较佳大于86％，最佳大于88％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4h亚型)，其与SEQIDNO177(GB438顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于83％，较佳大于85％，最佳大于87％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4i亚型)，其与SEQIDNO179(CAR4/1205顺序)所示的顺序任一相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于76％，较佳大于78％，最佳大于80％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4j？亚型)，其与SEQIDNO181(CAR4/901顺序)所示的顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于84％，较佳大于86％，最佳大于88％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO106，108，110，112，114或116(GB48，GB116，GB215，GB358，GB549，GB809顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于73％，较佳大于75％，最佳大于77％，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4c亚型)，其与SEQIDNO106，108，110或112(GB48，GB116，GB215，GB358顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于88％，较佳大于89％，最佳大于90％，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4e亚型)，其与SEQIDNO116或201(GB809或CAM600顺序)所示的顺序任一相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于88％，较佳大于89％，最佳大于90％，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4f亚型)，其与SEQIDNO203(CAMG22顺序)所示的顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于87％，较佳大于89％，最佳大于90％，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4g亚型)，其与SEQIDNO114(GB549顺序)所示的顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于85％，较佳大于87％，最佳大于89％，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4h亚型)，其与SEQIDNO207(GB437顺序)所示的顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于86％，较佳大于87％，更佳大于88％，最佳大于89％，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4i亚型)，其与SEQIDNO209(CAR4/1205顺序)所示的顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于84％，较佳大于86％，最佳大于88％，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4j亚型)，其与SEQIDNO211(CAR1/501顺序)所示的顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于81％，较佳大于83％，最佳大于85％，如图1所示；优先地，上述的基因组HCV顺序描述了来自所有上述顺序的编码区域的顺序。根据核苷酸距离分类体系(所述的核苷酸距离按上面所解释的那样计算)，该组合物的顺序选自—一个HCV基因组顺序(4型)，其特征是其与SEQIDNO118，120或122所示的顺序任一相比，在跨Core/E1区域位置1至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.52，0.50，0.4880，0.46，0.44，0.43，最佳小于0.42，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4型)，其特征是其与SEQIDNO118，120或122所示的顺序任一相比，在跨E1区域位置379至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.39，0.36，0.34，0.32，最佳小于0.31，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4c亚型)，其特征是其与SEQIDNO183，185或187所示的顺序任一相比，在跨E1区域位置379至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.27，0.26，0.24，0.22，0.20，0.18，0.17，0.162，0.16，最佳小于0.15，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4a亚型)，其特征是其与SEQIDNO189所示的顺序相比，在跨E1区域位置349至957的之间的区域中的核苷酸距离小于0.30，0.28，0.26，0.24，0.22，0.21，最佳小于0.205，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4e亚型)，其特征是其与SEQIDNO167或169所示的顺序任一相比，在跨E1区域位置379至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.26，0.25，0.23，0.21，0.19，0.17，0.165，最佳小于0.16如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4f亚型)，其特征是其与SEQIDNO171或173所示的顺序任一相比，在跨E1区域位置379至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.26，0.24，0.22，0.20，0.18，0.16，0.15，最佳小于0.14，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4g亚型)，其特征是其与SEQIDNO175所示的顺序任一相比，在跨E1区域位置379至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.20，0.19，0.18，0.17，最佳小于0.16，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4h亚型)，其特征是其与SEQIDNO177所示的顺序相比，在跨E1区域位置379至957的之间的区域中的核苷酸距离小于0.20，0.19，，0.18，0.17，最佳小于0.16，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4i亚型)，其特征是其与SEQIDNO179所示的顺序相比，在跨E1区域位置379至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.27，0.25，0.23，0.21，最佳小于0.16，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4i亚型)，其特征是其与SEQIDNO181所示的顺序相比，在跨E1区域位置379至957之间的区域中的核苷酸距离小于0.19，0.18，0.17，0.165，最佳小于0.16，如图4所示；—一个HCV基因组顺序(4型)，其特征是其与SEQIDNO106，108，110，112，114或116所示的顺序相比，在跨NS5区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.35，0.34，0.32，最佳小于0.30，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4c亚型)，其特征是其与SEQIDNO106，108，110或112所示的顺序任一相比，在跨NS5区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.18，0.16，0.14，0.135，0.13，0.1275，最佳小于0.125，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4e型)，其特征是其与SEQIDNO116或201所示的顺序任一相比，在跨NS5区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.15，0.14，0.135，0.13，最佳小于0.125，如图1所示；—一个HCV基因组顺序，其特征是其与SEQIDNO203所示的顺序相比，在跨NS5区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.15，0.14，0.135，0.13，最佳小于0.125，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4g亚型)，其特征是其与SEQIDNO114所示的顺序相比，在跨NS5区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.17，0.16，0.15，0.14，0.13，最佳小于0.125，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4h亚型)，其特征是其与SEQIDNO207所示的顺序相比，在跨NS5区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.155，0.15，0.145，0.14，0.135，0.13，最佳小于0.125，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4i亚型)，其特征是其与SEQIDNO209所示的顺序任一相比，在跨NS5区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.17，0.16，0.15，0.14，0.13，最佳小于0.125，如图1所示；—一个HCV基因组顺序(4j亚型)，其特征是其与SEQIDNO211所示的顺序任一相比，在跨NS5区域位置7932至8271之间的区域中的核苷酸距离小于0.21，0.20，0.29，0.18，0.17，0.16，0.15，0.14，0.13，最佳小于0.125，如图1所示。同样包括在本发明中的是选自任一核苷酸顺序并赋于任一上述的SEQID编号的聚核酸的顺序变异体，其中该顺序变异体含有缺失和/或插入一个或多个核苷酸，主要在寡核苷酸的末端(3′或5′端)，或者某些非必需核苷酸(即对于区别不同基因型的HCV非必需的核苷酸)被其他核苷酸(包括修饰核苷酸和/或肌苷)替换，例如，一个1型或2型顺序可以通过将某些1型或2型顺序的核苷酸用4型的型特异性核苷酸替换而修饰成4型顺序，图3(Core区域)，图4(Core/E1区域)，图10(NS3/NS4区域)，图14(E1/E2区域)所示。本发明还涉及如SEQIDNO193(GB724顺序)中所示的顺序。将GB48，GB116，GB215，GB358，GB549和GB809的NS5或E1顺序对齐排成直线后，可以清楚地将这些分离株分成4型中的3个亚型，GB48，GB116，GB215和GB358属于4c亚型，GB549属于4g亚型而GB809属于4e亚型。在NS5顺序中，GB809(4e型)与4c亚型分离物之间的核酸同源性(85.6-86.8％)高于其与GB549(4g亚型)之间的同源性(79.7％)，而GB549与其他两种亚型的同源性相近(与4c亚型的同源性为78.8-80％，与4e亚型的同源性为79.7％)。在E1顺序中，4c亚型与4g和4e亚型之间的核酸同源性相同，为75.2％，而4g与4e之间的同源性为78.4％。然而在氨基酸水平，4e亚型与4c亚型的同源性一般(80.2％)，而4g亚型与4c(83.3％)和4e(84.1％)的同源性更大。根据另一实施例，本发明涉及一种如上定义的组合物，其中该多聚核酸对应于一种选自任一下列2d型HCV基因组顺序的核苷酸顺序—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO(NE92)143所示的顺序相比，在跨Core/E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于78％，较佳大于80％，最佳大于82％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO143(NE92)所示的顺序相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性大于74％，较佳大于76％，最佳大于78％，如图4所示；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO145(NE92)所示的顺序相比，在跨NS5B区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于87％，较佳大于89％，最佳大于91％，如图1所示；优选地，上述基因组HCV顺序描述来自所有上述顺序的编码区域。根据核苷酸距离分类系统(所述的核苷酸距离如上所述进行计算)，该组合物的该顺序选自—对于E1区域(574-957)，与任一上述特异的顺序的核苷酸距离小于0.32，较佳小于0.31，最佳小于0.30；—对于Core区域(1-378)，与任一上述的顺序的核苷酸距离小于0.08，较佳小于0.07，最佳小于0.06；—对于NS5B区域，与任一上述特异的顺序的核苷酸距离小于0.15，较佳小于0.13，最佳小于0.12。与某一SEQIDNO所示的顺序同源的本发明的聚核酸顺序可用本领域任一已知的技术定性并分离，例如通过型或亚型特异性引物扩增，在稍严格或稍不严格的条件下用型或亚型特异性的探针杂交，血清学筛选法(参见实施例4和11)，或通过LiPA分型体系。来自在本发明申请的实施例，图和顺序表中没有描述过的区域的上述的基因组的多聚核酸顺序，可以用本领域已知的任何技术获得，如用来自本发明的型或亚型特异性的适当引物进行扩增的技术。本发明还涉及一种如上定义的组合物，其中该多聚核酸能作为引物用于扩增某一分离株的核酸，该分离株属于引物所来自的基因型。作为本发明的这种体现的引物的例子是HCPr152，如表7所示(SEQIDNO79)。术语“引物”指一个单链DNA寡核苷酸顺序，它能作为合成引物延伸物的起始点，该延伸物与待拷贝的核酸链是互补的。引物的长度和顺序必须使之能引发延伸产物的合成。较佳地，引物约为5-50核苷酸。具特异性的长度和顺序取决于所需的DNA或RNA靶标的复杂性，以及引物使用的条件如温度和离子强度。事实上，扩增引物并不一定需要和相应的模板顺序完全配对以保证适当的扩增。这一点在文献中有广泛记载(Kwoketal.，1990)。使用的扩增方法可以是聚合酶链反应(PCR；Saikietal.，1988)，连接酶链反应(LCR；Landgrenetal.，1988；Wu&Wal-lace，1989；Barany，1991)，基于核酸顺序的扩增(NASBA；Guatellietal.，1990；Compton，1991)，基于转录的扩增体系(TAS；Kwohetal.，1989)，链置换扩增(SDA；Duck，1990；Walkeretal.，1992)或通过Qβ复制酶的扩增(Lizardietal.，1988；Lomelietal.，1989)或其他任何合适的方法，以利用引物延伸来扩增核酸分子。在扩增中，可以用标记引物或通过掺入标记核苷酸方便地标记扩增产物。标记物可以是同位素(32P，35S等)或非同位素(生物素，地高辛配基等)。扩增反应重复20-80次，较佳在30-50次。本发明还涉及一种如上定义的组合物，其中该多聚核酸能作为杂交探针用于含该核苷酸顺序的核酸的特异性检测和/或分类，其中该寡核苷酸可以是标记过的或附着于一固相基质。术语“探针”指单链的顺序特异性寡核苷酸，其顺序与待检测的HCV基因型的靶顺序是上补的。较佳地，这些探针长约5-50核苷酸，更佳地约为10-25核苷酸。术语“固相载体”指任何可以和寡核苷酸探针偶合的基质，只要它保留杂交特征而且杂交背景水平低。通常，固相基质是微量滴定板，膜(如尼龙或硝基纤维素)或微球(珠)。在施用于膜上或固定之前，可以方便地修饰核酸探针以协助固定或改善杂交效率。这种修饰可包括均聚物加尾，与不同的活性基因如脂族基，NH2基，SH基，羧基结合，或和生物素或半抗原结合。本发明还涉及一种如上定义的组合物的用途，即用于检测可能含有HCV的生物样品中一种或多种HCV基因型的存在，更具体地检测具有如上所述的核苷酸顺序的任何HCV基因型的核酸的存在，它包括至少下列步骤(i)尽可能地抽提样品核酸，(ii)用至少一种上述的引物或任一其他的HCV2d亚型，HCV3型，HCV4型，HCV5型，或通用HCV引物尽可能地扩增核酸，(iii)在适当条件下，尽可能在变性条件下，将杂交生物样品的核酸与一种或更多种如上所述，且较佳附着于一固相基质的该探针杂交，其中该核酸可能在扩增中或扩增后被标记，(iv)在适当条件下洗涤，(v)检测形成的杂交物，(vi)根据观察到的杂交模式推断一种或多种HCV基因型的存在。较佳地，该技术可针对Core或NS5B区域进行。术语“核酸”也指被分析链，而且对应于单链或双链核酸分子。该被分析链较佳为正链或负链RNA，cDNA或经扩增的cDNA。术语“生物样品”指任何含HCV核酸顺序的生物样品(组织或体液)，而且更具体地指血清或血浆样品。术语“HCV2d亚型引物”指能特异性地扩增样品中的HCV2d亚型顺序的引物(参见实施例部分或图)。术语“HCV3型引物”指能特异性地扩增样品中的HCV3型顺序的引物(参见实施例部分和图)。术语“HCV4型引物”指能特异性地扩增样品中的HCV4型基因组的引物。术语“通用HCV引物”指与任何HCV基因组的保守区域互补的寡核苷酸顺序。术语“HCV5型引物”指能特异性地扩增样品中的HCV5型基因组的引物。表述“适当的”杂交和洗涤条件应理解为是严格的而且是本领域众所周知的(如Maniatisetal.，MolecularCloningALaboratoryManual，NewYork，ColdSpringHarborLaboratory，1982)。然而，根据杂交溶液(SSC，SSPE等)，这些探针应在适当的温度下杂交以获得足够的特异性。术语“标记的”指使用标记过的核酸。这包括使用在扩增的聚合酶步骤中掺入的标记核苷酸，如Saiki等人(1988)或Bej等人(1990)所述，或使用标记引物，或用本领域熟练技术人员已知的任何其他方法。本发明的方法包括任何上述的探针和下列组分的接触步骤—一生物样品，其中存在供杂交的核酸，—或纯化的在生物样品中所含的核酸，—或来自纯化核酸的单拷贝，—或来自纯化核酸的扩增拷贝，其中该组分或该探针附着于固相基质。表述“以观察到的杂交模式推断一种或多种HCV基因型的存在”指通过分析一组寡核苷酸探针的结合模式而鉴别出样品中HCV基因组的存在。单链探针能提供有关样品中HCV基因组存在与否的有用信息。另一方面，因为自然界中HCV基因组的变异性普通存在，所以极少会有一种能唯一地鉴别出某一特定HCV基因组的探针。相反，可以从一组寡核苷酸探针的结合模式而推断出某HCV基因型的同一性，这些寡核苷酸探针对不同HCV基因组的(不同)片段是特异性的。取决于这些寡核苷酸探针的选择，每种已知的HCV基因型在使用探针的特异组合时都会形成特定杂交模式。每种HCV基因型也能与任何其他用同样引物扩增的HCV基因型区分开，取决于选用的寡核苷酸探针。将对某含一种或多种未知HCV顺序的样品使用阳性杂交探针时产生的模式与预期的杂交模式表比较，可以清楚地推断出在该样品中存在的HCV基因型。因此，本发明涉及一种如上定义的方法，其中一种或多种杂交探针选自SEQIDNO1，3，5，7，9，11，13，15，17，19，21，23，25，27，29，31，33，35，37，39，41，43，45，47，49，51，53，55，55，57，59或61，106，108，110，112，114，116，118，120，122，143，145，147，149，151，153，155，157，159，161，163，165，167，169，171，173，175，177，179，181，183，185，187，198，191，193，195，197，199，201，203，205，207，209，211，213，215，217，222，269含其顺序变异体中任一种，其中该顺序变异体含有缺失和/或插入一个或多个核苷酸，主要在其末端(3′或5′)，或者某些非必需核苷酸(即对于区分基因型不必需的核苷酸)被其他核苷酸(包括修饰核苷酸肌苷)替换，或者该变异体含任何上述寡核苷酸探针的互补部分，或该变异体含核糖核酸而不是脱氧核糖核酸，只要该变异体探针能和它所衍生而来的寡核苷酸探针有同样特异性地杂交。为了将经扩增的HCV基因组互相区分开，靶聚核酸与一组针对局限于该HCV聚核酸上HCV基因型区域的顺序特异性DNA探针进行杂交。大多数这种探针对HCV基因组的大多数的型特异性区域，但是某些可用来与超过一种HCV基因型杂交。根据杂交溶液(SSC，SSPE等)，这些探针应在其合适温度下严格地杂交以获得足够的特异性。但是，通过稍加修饰DNA探针，如通过在其末端(3′或5′)加上或删去一个或几个核苷酸，或者用其他核苷酸(包括修饰核苷酸或肌苷)替换某些非必需核苷酸(即对于区分型不必需的核苷酸)，这些探针或其变异体会在同样的杂交条件下(即同样温度和同样杂交溶液)特异性地杂交。同样，改变所用探针的数量(浓度)对于获得更特异的杂交结果可能有利。在该文中应注意，同样长度的探针，无论其GC含量，在TAMC1溶液中在近似同样温度下的将特异地杂交(Jacobsetal.，1988)。用于本发明的检测寡核苷酸探针和样品中的核酸顺序之间形成的杂交物的目的的适当的试验方法包括任何本领域已知的试验方式，如传统的点杂交法，三明治夹心杂交法或反向杂交法。例如检测可以用点杂交法完成，其中未标记的扩增样品结合于膜，膜在适当的杂交和洗涤条件下掺入至少一种标记探针，并监测结合探针的存在。另一种优选的方法是“反向”点杂交法，其中经扩增顺序含标记物。在该方法中，未标记的寡核苷酸探针结合于固相支承物，并在适当的严格杂交和随后洗涤条件下暴露于标记样品。应理解，依靠在样品核酸和本发明的寡核苷酸探针之间形成杂交物的任何其他试验方法均可被采用。根据一个好的实施例子，检测生物样品中所含的一种或多种HCV基因组的方法包括将来自生物样品的经扩增的HCV核酸拷贝与已经固定在固相支承物上呈平行线的寡核苷酸探针接触的步骤。根据该优越的方法，探针在株系探针分析(LineProbeAssay，LiPA)法中固定。这是一种反向杂交法(Saikietal.，1989)，使用膜条，在上面几种寡核苷酸探针(包括阴性或阳性对照寡核苷酸)呈平行线状可方便地被施用。本发明因而还涉及一种固体支承物，较佳为膜条，在其表面携有一种或多种上述呈平行线偶合的探针。LiPA是一种非常快速而且受用户喜受的杂交试验。结果可以在扩增开始后4小时读到。在扩增中通常将一非同位素的标记物掺入扩增产物，在扩增和碱性变性后，扩增产物与探针在膜上接触，杂交反应进行约1-1.5小时，然后检测杂交的多聚核酸。从产生的杂交模式可以用肉眼观察推出HCV型，但使用专用软件更好。Li-PA法与商业上可购得的检测设备完全共容，从而能非常可靠地自动地解释结果。所有这些优点使LiPA法能可靠地用于常规环境下的HCV检测。LiPA对于检测不同HCV基因型的存在特别有利。本发明还涉及一种检测和鉴别新的，不同于已知HCV基因组的HCV基因型的方法，它包括步骤—根据上述的方法，确定生物样品中的核苷酸属于何种HCV基因型，—当观察到某样品并不产生与表3中所示的杂交模式相符的杂交模式时，对相应于待确定的新HCV基因型的异常杂交探针的HCV基因组顺序进行测序。本发明还涉及如上所述的组合物的用途，其用于检测含HCV的生物样品中一种或多种HCV基因型的存在，它包括步骤(i)尽可能地提样品核酸，(ii)用至少一种上述的引物扩增核酸，(iii)对扩增产物测序，(iv)从测得的顺序通过与所有已知的HCV顺序比较，推断出HCV的基因型存在。本发明还涉及一种组合物，它含有或由至少一种肽或多肽组成，该肽或多肽含有至少5个氨基酸的连续顺序，该连续顺序对应于至少一种上述的HCV基因组顺序所编码的连续氨基酸顺序并且至少有一个氨基酸不同于表3所示的已知的HCV(1型和/或2型和/或3型)聚蛋白顺序或其突变蛋白质顺序。应注意，在氨基酸顺序水平，一个氨基酸差别(对于已知HCV氨基酸顺序)是必要的，还意味着本发明的多肽对应的多聚核酸具有一个造成氨基酸差别的核苷酸差别(对于已知HCV多聚核酸顺序)。新的氨基酸顺序，正如从公开的核苷酸顺序(见SEQIDNO1-62和106-123和143-218，223和270)推出的那样，对于NS4区域其与1型和2型的原型顺序的同源性仅为59.9-78％；对于E1区域，其与1型和2型的原型顺序的同源性仅为53.9-68.8％。因为已知NS4区域含有几种抗原决定基，如在专利申请EP-A-0,489,968中已确定性质，又因为E1蛋白预期是作为病毒被膜的一部分受到免疫攻击的而且预期含有抗原决定基，所以新的3型，4型和5型分离株的NS4和E1抗原决定基与1型和2型分离株的抗原决定基很不相同。这一点已由实施例4中的NS4合成肽的型特异性和实施例11中重组E1蛋白的型特异性说明。将新的2d亚型，3型，4型和5型(见SEQIDNO1-62和106-123和143-218，223和270)的氨基酸顺序与1a，1b，2a和2b型的厚型顺序匹配对齐后，可以描述型和亚型特异性的可变区域，如图5和7所示。至于来自本发明的多肽的突变蛋白，表4总结了能作为上述的某些突变蛋白的基础的氨基酸替换情况。本发明的肽较佳含有本发明的新的HCV顺序中的至少5个连续HCV氨基酸，但是更佳含有至少8个连续氨基酸，至少10个或至少15个氨基酸(如至少9，11，12，13，14，20或25个氨基酸)。表4氨基酸同义组Ser(S)Ser，Thr，Gly，AsnArg(R)Arg，His，Lys，Glu，GlnLeu(L)Leu；Ile，Met，Phe，Val，TyrPro(P)Pro，Ala，Thr，GlyThr(T)Thr，Pro，Ser，Ala，Gly，His，GlnAla(A)Ala，Pro，Gly，ThrVal(V)Val，Met，Ile，Tyr，Phe，Leu，ValGly(G)Gly，Ala，Thr，Pro，SerIle(I)Ile，Met，Leu，Phe，Val，Ile，TyrPhe(F)Phe，Met，Tyr，Ile，Leu，Trp，ValTyr(Y)Tyr，Phe，Trp，Met，Ile，Val，LeuCys(C)Cys，Ser，Thr，MetHis(H)His，Gln，Arg，Lys，Glu，ThrGln(Q)Gln，Glu，His，Lys，Asn，Thr，ArgAsn(N)Asn，Asp，Ser，GlnLys(K)Lys，Arg，Glu，Gln，HisAsp(D)Asp，Asn，Glu，GlnGlu(E)Glu，Gln，Asp，Lys，Asn，His，ArgMet(M)Met，Ile，Leu，Phe，Val可以通过经典的化学合成法制备本发明的多肽，尤其是片段。合成可以在均质溶液或固相中进行。例如，可以使用的均质溶液中的合成技术，此技术在E.Wun-sh编辑的“Methodederorganischenchemie”(有机化学方法)一书，卷15-I和II，(THIEME，stuttgart1974)，由Houbenweyl描述。本发明的多肽还可以根据Atherton和Shepard在他们的题为“Solidphasepeptidesynthesis”一书(IRLPress，Oxford，1989)中所述的方法进行固相制备。本发明的多肽还可用Maniatis等人所述的重组DNA技术制备，见MolecularCloningALaboratoryManual，NewYork，ColdSpringHarborlaboratory，1982)。本发明还具体涉及一种如上定义的多肽或肽组合物，其中该连续顺序在其顺序中含有至少一种下列氨基酸残基L7，Q43，M44，S60，R67，Q70，T71，A79，A87，N106，K115，A127，A190，S130，V134，G142，I144，E152，A157，V158，P165，S177或Y177，I178，V180或E180或F182，R184，I186，H187，T189，A190，S191或G191，Q192或L192或I192或V192或E192，N193或H193或P193，W194或Y194，H195，A197或I197或V197或T197，V202，I203或L203，Q208，A210，V212，F214，T216，R217或D217或E217或V217，H218或N218，H219或V219或L219，L227或I227，M231或E231或Q231，T232或D232或A232或K232，Q235或I235，A237或T237，I242，I246，S247，S248，V249，S250或Y250，I251或V251或M251或F251，D252，T254或V254，L255或V255，E256或A256，M258或F258或V258，A260或Q260或S260，A261，T264或Y264，M265，I266或A266，A267，G268或T268，F271或M271或V271，I277，M280或H280，I284或A284或L284，V274，V291，N292或S292，R293或I293或Y293，Q294或R294，L297或I297或Q297，A299或K299或Q299，N303或T303，T308或L308，T310或F310或A310或D310或V310，L313，G317或Q317，L333，S351，A358，A359，A363，S364，A366，T369，L373，F376，Q386，I387，S392，I399，F402，I403，R405，D454，A461，A463，T464，K484，Q500，E501，S521，K522，H524，N528，S531，S532，V534，F536，F537，M539，I546，C1282，A1283，H1310，V1312，Q1321，P1368，V1372，V1373，K1405，Q1406，S1409，A1424，A1429，C1435，S1436，S1456，H1496，A1504，D1510，D1529，I1543，N1567，D1556，N1567，M1572，Q1579，L1581，S1583，F1585，V1595，E1606或T1606，M1611，V1612或L1612，P1630，C1636，P1651，T1656或I1656，L1663，V1667，V1677，A1681，H1685，E1687，G1689，V1695，A1700，Q1704，Y1705，A1713，A1714或S1714，M1718，D1719，A1721或T1721，R1722，A1723或V1723，H1726或G1726，E1730，V1732，F1735，I1736，S1737，R1738，T1739，G1740，Q1741，K1742，Q1743，A1744，T1745，L1746，E1747或K1747，I1749，A1750，T1751或A1751，V1753，N1755，K1756，A1757，P1758，A1759，H1762，T1763，Y1764，P2645，A2647，K2650，K2653或L2653，S2664，N2673，F2680，K2681，L2686，H2692，Q2695或L2695或I2695，V2712，F2715，V2719或Q2719，T2722，T2724，S2725，R2726，G2729，Y2735，H2739，I2748，G2746或I2746，I2748，P2752或K2752，P2754或T2754，T2757或P2757，其中，该命名由用一字符表示氨基酸残基的一个字母，和根据Kato等人(1990)的编号法表示氨基酸号码的数字两部分组成，如表1所示(与其他分离株的比较)。同时参见图2，5，7，和11中的编号(氨基酸顺序的直线排列)。在本发明的这组独特的和新的氨基酸残基中，发现下列残基对于根据本发明中所用的HCV分类系统所得的下列HCV型是特异的—Q208，R217，E231，I235，I246，T264，I266，A267，F271，K299，L2686，Q2719，它们对本发明的HCV2d亚型顺序是特异的，如图5和2所示；—Q43，S60，R67，F182，I182，H187，A190，S192，L192，W194，V202，L203，V219，Q231，D232，A237，T254，M280，Q299，T303，L308，和/或L313，它们对本发明的HCV3型的Core/E1区域是特异的，如图5所示；—D1556，Q1579，L1581，S1584，F1585，E1606，V1612，P1630，C1636，T1656，L1663，H1685，E1687，G1689，V1695，Y1705，A1713，A1714，A1721，V1723，H1726，R1738，Q1743，A1744，E1747，I1749，A1751，A1759和/或H1762，它们对本发明的HCV3型顺序的NS3/4区域是特异的，如图7所示；—K2665，D2666，R2670，它们对本发明的HCV3型的NS5B区域是特异的，如图2所示；—L7，A79，A127，S130，E152，V158，S177或Y177，V180或E180，R184，T189，Q192或E192或I192，N193或H193，I197或V197，I203，A210，V212，E217，H218，H219，L227，A232，V249，I251或M251，D252，L255或V255，E256，M258或V258或F258，A260或Q260，M265，T268，V271，V274，M280，I284，N292或S292，Q294，L297或I297，T308，A310或D310或V310或T310，和G317，它们对于本发明的HCV4型顺序的Core/E1区域是特异的，如图5所示；—P2645，K2650，K2653，G2656，V2656，T2668，N2673或N2673，K2681，H2686，D2691，L2692，Q2695或L2695或I2695，Y2704，V2712，F2715，V2719，I2722，S2725，G2729，Y2735，G2746或I2746，P2752或K2752，Q2753，P2754或T2754，T2757或P2757，它们对本发明的HCV4型顺序的NS5B区域是特异的，如图2所示；—M44，Q70，A87，N106，K115，V137，G142，P165，I178，F251，A299，N303，Q317，它们对本发明的HCV4型顺序的Core/E1区域是特异的，如图5所示；—L333，S351，A358，A359，A363，S364，A366，T369，L373，F376，Q386，I387，S392，I399，F102，I403，R405，D454，A461，A463，T464，K484，Q500，E501，S521，K522，H524，N528，S532，V534，F537，M539，I546，它们对本发明的HCV5型顺序的E1/E2区域是特异的，如图12所示；—C1282，A1283，V1312，Q1321，P1368，V1372，K1405，Q1406，S1409，A1424，A1429，C1435，S1436，S1456，H1496，A1504，D1510，D1529，I1543，N1567，M1572，V1595，T1606，M1611，L1612，I1656，V1667，A1681，A1700，A1713，S1714，M1718，D1719，T1721，R1722，A1723，G1726，F1735，I173G，S1737，T1739，G1740，K1742，T1745，L1746，K1747，A1750，V1753，N1755，A1757，D1758，T1763和Y1764，它们对本发明的HCV5型顺序的NS3/NS4区域是特异的，如图7所示；—A2647，L2653，S2674，F2680，T2724，R2726，Y2730，H2739，它们对本发明的HCV5型顺序的NS5B区域是特异的，如图2所示；—A256，P1631，V1677，Q1704，E1730，V1732，Q1741和T1751，它们对本发明的HCV3型和5型顺序是特异的，如图5和7所示；—T71，A157，I227，T237，T240，Y250，V251，S260，M271，T2673，T2722，I2748，它们对本发明的HCV3型和4型顺序是特异的，如图5和2所示；—V192，Y194，A197，P249，S250，R294，它们对本发明的HCV4型和5型顺序是特异的，如图5所示；—I293，它对本发明的HCV4型和2d亚型顺序是特异的，如图5所示；—D217和R294，它们对本发明的HCV3型，4型和5型顺序是特异的，如图5所示；—L192，它对本发明的HCV3型和2d型顺序是特异的，如图5所示；—G191和T197，它们对本发明的HCV3型，4型和2d亚型顺序是特异的，如图5所示；—K232，它对本发明的HCV2d亚型和5型顺序是特异的，如图5所示。其中命名由一个字母，它清楚地以一字符方式表示氨基酸，和根据Kato等人(1990)的编号法表示氨基酸号码的数字两部分组成。请参见表1(与其他分离株的比较)，以及图2(NS5区域)，图5(Core/E1区域)，图7(NS3/NS4区域)，图12(E1/E2区域)。某些上述的氨基酸可以含于型或亚型特异性的表位中。例如，M231(在5型中检测到)指231位上的甲硫氨酸。在3型分离株的同样的231位上存在谷氨酰胺(Q)，而在1型分离株上，该位被精氨酸占据，而在2型分离株中被赖氨酸(K)或天冬酰胺(N)占据(见图5)。根据本发明的这种具体体现的肽或多肽可以被标记，或附着于固相基质，或偶合于载体分子如生物素，或与适当的佐剂混合。已表明核心蛋白中的可变区域(图5中的V-CORE)对于血清分型是有用的(Machidaetal.，1992)。公开的5型顺序在该区域的顺序具型特异性特征。氨基酸70至78之间的肽显示了下列对本发明的顺序特异的顺序(见图5)QPTGRSWGQ(SEQIDNO93)RSEGRTSWAQ(SEQIDNO220)和RTEGRTSWAQ(SEQIDNO221)另一个优选的V-Core横跨区域是跨3c亚型位置60至78的肽，其顺序为SRRQPIPRARRTEGRSWAQ(SEQIDNO268)将4种基因型的E1氨基酸顺序排成直线后，可鉴别出5个型特异性的可变区域(V1至V5)，如图5所示。V1区域包括氨基酸193至203，这是E1蛋白的氨基末端的10个氨基酸。可以推断出下列特异顺序，如图5所示LEWRNTSGLYVL(SEQIDNO83)VNYRNASGIYHI(SEQIDNO126)QHYRNISGIYHV(SEQIDNO127)EHYRNASGIYHI(SEQIDNO128)IHYRNASGIYHI(SEQIDNO224)VPYRNASGIYHV(SEQIDNO84)VNYRNASGIYHI(SEQIDNO225)VNYRNASGVYHI(SEQIDNO226)VNYHNTSGIYHL(SEQIDNO227)QHYRNASGIYHV(SEQIDNO228)QHYRNVSGIYHV(SEQIDNO229)IHYRNASDGYYI(SEQIDNO230)LQVKNTSSSYMV(SEQIDNO231)V2区域含氨基酸213至223。在V2区域中可以找到下列独特的顺序，如图5所示VYEADDVILHT(SEQIDNO85)VYETEHHILHL(SEQIDNO129)VYEADHHIMHL(SEQIDNO130)VYETDHHILHL(SEQIDNO131)VYEADNLILHA(SEQIDNO86)VWQLRAIVLHV(SEQIDNO232)VYEADYHILHL(SEQIDNO233)VYETDNHILHL(SEQIDNO234)VYETENHILHL(SEQIDNO235)VFETVHHILHL(SEQIDNO236)VFETEHHILHL(SEQIDNO237)VFETDHHIMHL(SEQIDNO238)VYETENHILHL(SEQIDNO239)VYEADALILHA(SEQIDNO240)V3区域含氨基酸230至242。可从图5推断出下列独特的V3区域顺序VQDGNTSTCWTPV(SEQIDNO87)VQDGNTSACWTPV(SEQIDNO241)VRVGNQSRCWVAL(SEQIDNO132)VRTGNTSRCWVPL(SEQIDNO133)VRAGNVSRCWTPV(SEQIDNO134)EEKGNISRCWIPV(SEQIDNO242)VKTGNQSRCWVAL(SEQIDNO243)VRTGNQSRCWVAL(SEQIDNO244)VKTGNQSRCWIAL(SEQIDNO245)VKTGNVSRCWIPL(SEQIDNO247)VKTGNVSRCWISL(SEQIDNO248)VRKDNVSRCWVQI(SEQIDNO249)V4区域包括氨基酸248和257。可从图5推断出下列独特的V4区域顺序VRYVGATTAS(SEQIDNO89)APYIGAPLES(SEQIDNO135)APYVGAPLES(SEQIDNO136)AVSMDAPLES(SEQIDNO137)APSLGAVTAP(SEQIDNO90)APSFGAVTAP(SEQIDNO250)VSQPGALTKG(SEQIDNO251)VKYVGATTAS(SEQIDNO252)APYIGAPVES(SEQIDNO253)AQHLNAPLES(SEQIDNO254)SPYVGAPLEP(SEQIDNO255)SPYAGAPLEP(SEQIDNO256)APYLGAPLEP(SEQIDNO257)APYLGAPLES(SEQIDNO258)APYVGAPLES(SEQIDNO259)VPYLGAPLTS(SEQIDNO260)APHLRAPLSS(SEQIDNO261)APYLGAPLTS(SEQIDNO262)区域V5包括氨基酸294至303。可从图5推断出下列独特的V5区域的肽RPRRHQTVQT(SEQIDNO91)QPRRHWTTQD(SEQIDNO138)RPRRHWTTQD(SEQIDNO139)RPRQHATVQN(SEQIDNO92)RPRQHATVQD(SEQIDNO263)SPQHHKFVQD(SEQIDNO264)RPRRLWTTQE(SEQIDNO265)PPRIHETTQD(SEQIDNO266)如图12所示，跨氨基酸位置471至484的5a型的E2区域(HVR-2)中的可变区域，根据本发明也是一种优选的肽，其顺序如下TISYANGSGPSDDK(SEQIDNO267)上面给出的肽清单特别适用于开发疫苗和诊断目的。同样属于本发明的包括任何一种在其肽链中含有至少5个连续的来自上述肽的氨基酸的任何合成的肽或多肽。根据具体例子，本发明涉及一种如上定义的组合物，其中该连续顺序选自任何下列HCV3型氨基酸顺序—一个顺序，其与SEQIDNO14，16，18，20，22，24，26或28(HD10，BR36，BR33顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨Core/E1区域的位置140至319的区域中的同源性大于72％，较佳大于74％，更佳大于77％，最佳大于80或84％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO14，16，18，20，22，24，26或28(HD10，BR36，BR33顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于70％，较佳大于72％，更佳大于75％，最佳大于81％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO148(3c型，BE98)所示的氨基酸顺序相比，在跨Core区域的位置1至110的区域中的同源性大于86％，较佳大于88％，最佳大于90％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO30，32，34，36，38或40(HCC153，HD10，BR33顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨NS3/NS4区域的位置1646至1764的区域中的同源性大于76％，较佳大于78％，最佳大于80％，如图7和11所示；—一个顺序，其与SEQIDNO14，16，18，20，22，24，26，28(HD10，BR36，BR33顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨Core/E1区域的位置140至319的区域中的同源性大于81％，较佳大于83％，最佳大于86％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO14，16，18，20，22，24，26，或28(HD10，BR36，BR33顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于81.5％，较佳大于83％，最佳大于86％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO150(3c型BE98)所示的氨基酸顺序相比，在跨NS5B区域的位置2645至2757的区域中的同源性大于86％，较佳大于88％，最佳大于90％，如图2所示；根据另一个例子，本发明涉及一种如上定义的组合物，其中该连续顺序选自任何下列HCV4型氨基酸顺序—一个顺序，其与SEQIDNO118，120和122(GB358，GB549，GB809顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨Core/E1区域的位置127至319的区域中的同源性大于80％，较佳大于82％，最佳大于84％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO118，120和122(GB358，GB549，GB809顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨Core/E1区域的位置140至319的区域中的同源性大于73％，较佳大于75％，最佳大于78％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO118，120和122(GB358，GB549，GB809顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于85％，较佳大于86％，最佳大于87％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO106，108，110，112，114或116(GB48，GB116，GB215，GB358，GB549，GB809顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨NS5B区域的位置2645至2757的区域中的同源性大于73％，较佳大于74％，最佳大于75％，如图2所示；—一个顺序，它具有SEQIDNO164或166(GB809和CAM600顺序)在Core/E1区域所示的顺序，如图5所示；—一个顺序，它具有SEQIDNO168，170，172，174，176，178，180，182，184，186，188或190(CAM600，GB809，CAMG22，CAM27，GB549，GB438，CAR4/1205，CAR4.901，GB116，GB215，GB958，GB809-4顺序)在E1区域所示的任一顺序，如图5所示；—一个顺序，它具有SEQIDNO192，194，196，198，200，202，204，206，208，210，212(GB358，GB724，BE100，PC，CAM600，CAMG22，等)在NS5B区域所示的任一顺序。上述4型肽的多肽含有至少一种选自任何4型HCV聚蛋白的氨基酸顺序，除了不选自Core顺序，如Simmonds等人所公开的那样(1993，EG-29，参见图5)。另一方面，本发明涉及一种如上定义的组合物，其中该连续顺序选自任何下列HCV5型氨基酸顺序—一个顺序，其与SEQIDNO42，44，46，48，50，52或54(PC顺序)和152(BE95)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨Core区域的位置1至191的区域中的同源性大于93％，较佳大于94％，最佳大于95％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO42，44，46，48，50，52或54(PC顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于73％，较佳大于74％，最佳大于76％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO42，44，46，48，50，52，54，154，156，(BE95，BE100)(PC顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨Core/E1区域的位置1至319的区域中的同源性大于78％，较佳大于80％，最佳大于83％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO56或58(PC顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨NS3区域的位置1286至1403的区域中的同源性大于90％，较佳大于91％，最佳大于92％，如图7或11所示；—一个顺序，其与SEQIDNO60或62(PC顺序)所示的氨基酸顺序任一相比，在跨NS3/4区域的位置1646至1764的区域中的同源性大于66％，较佳大于68％，最佳大于70％，如图7或11所示；另一方面，本发明涉及一和如上定义的组合物，其中连续顺序选自任何下列HCV2d型氨基酸顺序—一个顺序，其与SEQIDNO144(NE92)所示的氨基酸顺序相比，在跨Core/E1区域的位置1至319的区域中的同源性大于83％，较佳大于85％，最佳大于87％，如图5所示；—一个顺序，其与SEQIDNO144(NE92)所示的氨基酸顺序相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于79％，较佳大于81％，最佳大于84％，如图12所示；—一个顺序，其与SEQIDNO146(NE92)所示的氨基酸顺序相比，在跨NS5B区域的位置2645至2757的区域中的同源性大于95％，较佳大于96％，最佳大于97％，如图4所示。本发明还涉及一种重组载体，尤其是用于克隆和/或表达的，其中该重组载体含有一个载体顺序，一个合适的原核，真核或病毒启动子顺序，后面跟着如上定义的核苷酸顺序，当以裸DNA形式注入该重组载体能在原核或真核宿主中或活哺乳动物中表达任何一种如上定义的HCV2型和/或HCV3型和/或HCV4型和/或HCV5型衍生多肽，而且更具体地，重组载体能表达任何下列HCV2d型，3型，4型或5型的跨下列氨基酸位置的多肽；—对于表达Core蛋白，从位置1开始并在位置70和326之间的区域的任一位置上终止的多肽，更具体地，多肽跨位置1-70，1-85，1-120，1-150，1-191，1-200，对于表达Core和E1蛋白，多肽跨位置1-263，1-326；—对于表示E1，以位置117和192之间区域中任一位置开始并终止于位置263和326之间区域任一位置的多肽，或具有被认为膜锚(membraneanchor)缺失的形式(位置264至293±8个氨基酸)；—对于表达NS4区域，从位置1556和1688之间区域中任一位置开始并终止于位置1739和1764之间区域中任一位置的多肽，更具体地，对于表达NS4a抗原，多肽从1658开始并终止于1711，更具体地，对于表达NS4b蛋白或其部分，多肽从位置1712开始并终止于位置1743和1972之间，比如1712-1743，1712-1764，1712-1782，1712-1972，1712-1782和1902-1972。术语“载体”可包括质粒、粘性末端质粒(cosmid)、噬菌体或病毒。为了在细菌，如大肠杆菌，或真核细胞，如酿酒酵母，或培养的脊椎或无脊椎宿主如昆虫细胞，中国仓鼠卵巢细胞(CHO)，COS，BHK和MDCK细胞中表达本发明的多肽，可实施下列步骤—用重组载体转化适当的细胞宿主，其中编码本发明的多肽中的一种多肽的核苷酸顺序已在适当调控件的控制下插入，尤其是可被细胞宿主的聚合酶识别的启动子以及，当宿主是原核时，能使该核苷酸顺序在该细胞宿主中表达的适当的核糖体结合位点(RBS)；当宿主是真核时，可以提供任何人工的信号顺序或前/后顺序，也可使用天然的HCV信号顺序，例如，对于表达E1，可以使用起始于氨基酸117和170之间并终止于氨基酸191的信号顺序，对于表达NS4，可以使用起始于氨基酸1646和1659之间的信号顺序，—在能使该插入表达的条件下培养该转化的细胞宿主。本发明还涉及一种如上定义的组合物，其中所述的多肽是一种由如上所述的表达载体表达的重组多肽。本发明还涉及一种如上定义的组合物，它在哺乳动物，尤其人，对HCV免疫的方法中使用，包括施用足够量的可以伴有药学上可接受的佐剂组合物，以产生免疫反应，更具体的是一种疫苗组合物，它含有来自Core，E1或NS4区域的HCV3型多肽，和/或HCV4型和/或HCV5型多肽和/或HCV2d型多肽。本发明还涉及借助上述方法用上述组合物在免疫反应中产生的抗体，所述抗体与上述任何多肽起反应，所述抗体较满意地为一单克隆抗体。按照经典的方法，一方面可用抗本发明的HCV多肽或其突变蛋白或其上述片断免疫的动物(特别是小鼠或大鼠)的脾细胞易于产生的杂交瘤，另一方面也可用骨髓瘤细胞系的细胞的杂交瘤，来制备本发明的单克隆抗体，根据杂交瘤产生识别原先用于免疫动物的多肽的单克隆抗体的能力来进行选择。本发明的抗体可被酶、荧光素或放射活性型的合适标记物所标记。按本发明这个较佳实施方案的单克隆抗体可以是用重组DNA技术制得的小鼠单克隆抗体的具有人的属性的译本，与编码H和L链的小鼠和/或人基因组DNA顺序的部分或编码H和L链的cD-NA克隆脱离。或者，按本发明的这个较佳实施方案的单克隆抗体可以是人的单克隆抗体。按本发明实施方案的这些抗体也可来自感染3型、4型或5型HCV或接种抗HCV疫苗的患者的外周血淋巴细胞。这样的人单克隆抗体可用例如严重联合免疫缺陷(SCID)小鼠的人外周血淋巴细胞(PBL)重集聚来制备(最近的综述见Duchoseletal.，1992)。本发明还涉及本发明的蛋白质，其突变蛋白或从中得到的肽在用全技能克隆化方法选择重组抗体中的应用(Perssonetal.，1991)。抗来自某种基因型的肽的抗体可用于检出这些HCV基因型，或用作治疗剂。本发明还涉及将上面限定的组合物具体用到免疫检测中，以检测倾向含HCV生物样品中存在的HCV，该用法至少包括以下步骤(i)在能使免疫复合物形成的合适条件下，将待分析HCV抗体存在的生物样品与最好为固定化形式的上述任何组合物接触，其中所述多肽可以是通过抗生蛋白链菌素(streptavidin)或抗生物素蛋白复合物共价结合于固体基质上的生物素酰多肽；(ii)除去未结合成分；(iii)培养与异源抗体形成的免疫复合物，该免疫复合物特异性地与待分析样品中存在的抗体结合，所述异源抗体已与在适当条件下可检出的标记物相结合；(iv)用肉眼或光密度测定法检测所述免疫复合物的存在并从观察到的杂交模式推断所存在的HCV血清型。本发明还涉及将上面限定的组合物具体用到血清型检测中，以检测倾向含HCV的生物样品中存在的一种或一种以上HCV血清学型别，更特别地合在一个试验方法中检出待测的E1和NS4抗原或不同类型的抗体，该用法至少包括以下步骤(i)在能使免疫复合物形成的合适条件下，将待分析HCV抗体或一种或一种以上血清型抗原存在的生物样品与固定化形式的至少一种上述任何组合物接触；(ii)除去未结合成分；(iii)培养用异源抗体形成的免疫复合物，该免疫复合物特异性地与待分析样品中存在的抗体结合，所述异源抗体已与在适当条件下可检出的标记物相结合；(iv)用肉眼或光密度测定法检测所述免疫复合物的存在并从观察到的结合模式推断所存在的一种或一种以上HCV血清型。本发明还涉及将上面限定的组合物固定化在固相基质上，具体用在反向杂交试验中，特别是以平行线状固定化到固相载体如膜条上，以按上述方法检出HCV基因型的存在。因此，本发明还涉及用于测定在有含HCV倾向的生物样品中所存在的上述HCV基因型的试剂盒，该试剂盒包含—含选自上述引物或任何基他HCV3型和/或HCV4型、和/或HCV5型的一种引物，或通用的HCV引物的可能至少一种引物组合物；—至少一种上述探针组合物，所述探针以固定化在固相基质上为佳，更佳地为固定化在一种同样的膜条上；—一种缓冲剂或产生缓冲作用，使这些探针和可能扩增的产物之间的杂交反应能进行所必需的成分；—检测上述杂交产生的杂交体的方法；—可能还包括用于从观察到的杂交模式推断存在于样品中的HCV基因型的自动扫描和阐明装置。基因型也可用上面限定的型特异性抗体来检测，这种抗体偶联在任何多核苷酸顺序上，它以后可用PCR扩增以检出所形成的免疫复合物(Immuno-PCR，Sanoetal.，1992)。本发明还涉及用于测定在倾向含HCV抗体的生物样品中所存在的上述HCV抗体的试剂盒，该试剂盒包含—至少一种上述多肽组合物，以与其他多肽或来自HCV1型、HCV2型或其他型的HCV的肽相结合为宜，所述多肽以固定化在固相基质上为佳，更佳地为固定化在一种同样的膜条上；—一种缓冲剂或产生缓冲作用，使这些多肽和存在于生物样品中的抗HCV抗体之间的结合反应能进行所必需的成分；—检测上述结合产生的免疫复合物的方法；—可能还包括用于从观察到的结合模式推断存在于样品中的HCV基因型的自动扫描和阐明装置。图1从带有SEQIDNO1，5，9的克隆推断的3a型分离株BR34、BR36和BR33；4型分离株GB48，GB116，GB215，GB358，GB549，GB809，CAM600，CAMG22，GB438，CAR4/1205，CAR1/501(SEQIDNO.106，108，110，112，114，116，201，203，205，207，209和211)；5a型分离株BE96和BE96(SEQIDNO159和161)和带有从分离株HCV-1，HCV-J，HC-J6，HC-J8，T1和T9的相应区域已知的顺序的核苷酸7932和8271之间的区域的2d型分离株NE92(SEQIDNO145)，及表3所示其他分离株，每种类型分离株同源核苷酸顺序的线性排列。图2如图1所示从3a亚型克隆BR34(SEQIDNO2，4)，BR36(SEQIDNO6，8)和BR33(SEQIDNO10，12)，3c亚型克隆BE98(SEQIDNO150)和4型克隆GB48(SEQIDNO107)，GB116(SEQIDNO109)，GB215(SEQIDNO111)，GB358(SEQIDNO113)，GB549(SEQIDNO115)GB809(SEQIDNO117)；CAM600，CAMG22，GB438，CAR4/1205，CAR1/501(SEQIDNO202，204，206，208，210，212)；5a型克隆BE95和BE96(SEQIDNO160和162)；及具有从分离株HCV-I、HCV-J、HCV-J8、T1和T9相应区域已知顺序的氨基酸2645-2757之间区域2d亚型分离株NE92(SEQIDNO146)，及表3所示其他顺序的核酸顺序推断的氨基酸顺序的线性排列。图3在核苷酸1和500位之间的核心区域具有1型、2型、3型和4型序列相应区域已知顺序的分离株NE92，BE98，GB358，GB809，CAM600，GB724，BE95(SEQIDNO143，147，191，163，165，193和151)的2d，3c，4和5a型核苷酸顺序的线性排列。图4具有1型和2型和3型相应区域已知顺序的的，2d亚型分离株NE92(SEQIDNO143)、4型分离株GB358(SEQIDNO118和187)，GB549(SEQIDNO120和175)，和GB809-2(SEQIDNO122和169)，GB809-4，BG116，GB215，CAM600，CAMG22，CAMG27，GB438，CAR4/1205，CAR4/901(SEQIDNO189，183，185，167，171，173，177，179，181)的核苷酸顺序，在核苷酸379和957之间区域的3a亚型分离株HD10，BR36，和BR33，(SEQIDNO13，15，17(HD10)，19，21(BR36)和23，25或27(BR23)和5a亚型分离株BE95和BE100(SEQIDNO143和195)的顺序的线性排列。图5从具有1a型(HCV-1)，1b型(HCV-J)，2a型(HC-JG)，2b型(HC-J8)，NZL1，HCV-TR，3a型(E-b1)的7-89位和4a型(EG-29)的8-88位已知顺序的1-319之间区域的分离株BR33，BR36，HD10，GB358，GB549，和GB809，PC或BE95，CAM600和GB724(SEQIDNO14，20，24，119或192，121，123或164，54或152，166和194)的核心/E1区域的新的HCV核苷酸顺序推断的氨基酸顺序的线性排列。V-核心，在核心蛋白具有型特异性特征的可变区域；V1，E1蛋白的可变区域1；V2，E1蛋白的可变区域2，V3，E1蛋白的可变区域3；V4，E1蛋白可变区域4；V5，E1蛋白的可变区域5。图6具有分离株HCV-1，HCV-J，HC-J6，和HC-J8，EB1，EB2，EB6和EB7相应区域已知顺序的，从核苷酸4664-5292之间NS3/4区域，具有SEQIDNO29，31，35，37和39的克隆推断的分离株HCCL53，HD10和BR36的核苷酸顺序的线性排列。图7从分离株BR36(SEQIDNO36，38和40)和BE95(SEQIDNO270)的NS3/NS4区域的新HCV核苷酸顺序推断的氨基酸顺序的线性排列。NS4-1表示合成为NS4区域合成肽1的区域；NS4-5表示合成为NS4区域合成肽5的区域；NS4-7表示合成为NS4区域合成肽7的区域。图8三种LiPA选择的(Stuyveretal.1993)3型血清在Inno-LIAHCVAbII试验(Innogenetics)(左)和NS4-LIA试验上的反应性。按如表4所示原型分离株顺序1型(HCV-1)、2型(HC-J6)和3型(BR36)合成NS4-1、NS4-5和NS4-7肽，用于NS4-LIA试验，如所指明的那样，以平行线施加于膜条上。1.血清BR33；2.血清HD10；3.血清DKH。图9从5a亚型分离株BE95的血清(PC-2-1(SEQIDNO41)，PC-2-6(SEQIDNO43)，PC-4-1(SEQIDNO45)，PC-4-6(SEQIDNO47)，PC-3-4(SEQIDNO49)，和PC-3-8(SEQIDNO51))得到的PCR片断PC-2、PC-3和PC-4得到的核心/E1克隆的核苷酸顺序。表示分离株BE95的核心和E1区域的同源顺序，表示为具有SEQIDNO53.Y，C或T，R，A或G，S，C或G的PC/E1。图10具有分离株HCV-1、HCV-J、HCV-J6和HC-J8相互区域已知顺序的，有核苷酸3856-5292之间NS3/4区域的SEQIDNO197和199(PC顺序，也见于SEQIDNO55，57，59)和SEQIDNO35，37和39(BR36序列)的克隆的核苷酸顺序的线性排列。图11具有分离株HCV-1、HCV-J、HCV-J6和HC-J8相应区域已知的，有从氨基酸1286-1764之间NS3/4区域的SEQIDNO56和58的5a亚型BE95分离株PC克隆的氨基酸顺序的线性排列。图12具有分离株HCV-1、HCV-J、HCV-J6和HC-J8，NZL1和HCV-TR(见表3)相应区域已知顺序的跨越328-546位的E1/E2区域上5a亚型分离株BE95(SEQIDNO158)的氨基酸顺序的线性排列。图13具有如表3所示HCV已知顺序的E1/E2区域上5a亚型分离株BE95(SEQIDNO157)的核苷酸顺序的线性排列。实施例1HCV3型的NS5b区域用INNO-LiPAHCV研究盒(Stuyveretal.，1993)从一些巴西供血者中选择的3型血清在HCV抗体ELISA(InnotestHCVAbII；Innogenetics)和/或在INNO-LIAHCVAbII确证试验(Innogenetics)中为阳性。只有第一轮PCR反应(stutveretal.1993)后阳性的血清保留用于进一步研究。按所描述的(stuyveretal.1993)，逆转录和套式的PCRRNA从50μl血清中提取出来，进行cDNA合成。该cDNA用作PCR模板，为进行PCR，将总体积增至50μl，含每种引物各10pmole、3μl10×Pfu缓冲液2(stratagene)和2.5UPfuDNA聚合酶(Stratagene)。将cDNA扩增于94℃1分钟、50℃1分钟和72℃2分钟共45个循环。电泳分离扩增产物，并离析、克隆和按所描述的(Stuyveretal.，1993)测序。从如下公开的序列(Morietal.1992)选择NS5区域中3a型和3b型特异的引物3a型HCPr161(+)5’-ACCGGAGGCCAGGAGAGTGATCTCCTCC-3’(SEQIDNO63)和HCPr162(-)5’-GGGCTGCTCTATCCTCATCGACGCCATC-3’(SEQIDNO64)；3b型HCPr163(+)5’-GCCAGAGGCTCGGAAGGCGATCAGCGCT-3’(SEQIDO65)和HCPr164(-)5’-GAGCTGCTCTGTCCTCCTCGACGCCGCA-3’(SEQIDNO66)采用株系探针试验(LiPA)(Stuyveretal.，1993)，选择7个高滴度3型血清，随后用引物HCPr161/162作3型顺序分析，用HCPr163/163作3b型顺序分析。用3b引物无-血清呈阳性。选择用3a引物从血清BR3b(BR3b-23)、血清BR33(BR33-2)和血清BR34(BR34-4)得到的NS5PCR片断，用于克隆化筛选。从PCR片断得到如下顺序从片断BR34-4BR34-4-20(SEQIDNO1)，BR34-4-19(SEQIDNO3)从片断BR36-23BR36-23-18(SEQIDNO5)，BR36-23-20(SEQIDNO7)从片断BR33-2BR33-2-17(SEQIDNO9)，BR33-2-21(SEQIDNO11)有已知顺序的含SEQIDNO1，5和9的顺序的线性排列见图1。推断的氨基酸顺序的线性排列见图2。3个分离株彼此非常接近(约95％相互同源)，和公开的3a型的顺序也很接近(Morietal.1992)但与1型和2型顺序仅仅是远的关系(表5)。因此，清楚地证明，LiPA选择的3型血清的NS5顺序真正来自3型基因组。此外，通过分析血清BR34的NS5区域，对此未测得如stuyveretal.(1993)所描述的5′UR顺序，进一步证明在用LiPA的分型和从核苷酸顺序推断的基因分型之间有极好的相关性。实施例2HCV3型的核心/E1区域在线性排列HCV-1(Chooetal.，1991)，HCV-J(Katoetal.，1990)，HC-J6(Okamotoetal.，1991)，和HC-J8(Okamotoetal.，1992)的顺序后，在那些极少顺序变化的区域选择PCR引物。在392DNA/RNA合成仪(APPliedBiosystems)上合成引物HCPr23(+)5′-CTCATGGGGTACATTCCGCT-3′(SEQIDNO67)和HCPr54(-)5′-TATTACCAGTTCATCATCATATCCCA-3′(SEQIDNO68)。选择这样的引物扩增编码140-319氨基酸的核苷酸397-957的顺序(katoetal.，1990)从核心的羧基端的52个氨基酸和E1的128个氨基酸(katoetal.，1990)。如所描述的那样(Stuyveretal.，1993)，将扩增产物BR36-9、BRR33-1和HD10-2进行克隆化。从PCR片断得到如下克隆从片断HD10-2HD10-2-5(SEQIDNO13)，HD10-2-14)(SEQIDNO15)，HD10-2-21(SEQIDNO17)从片断BR36-9BR36-9-13(SEQIDNO19)，BR36-9-20(SEQIDNO21)，从片断BR33-1BR33-1-10(SEQIDNO23)，BR33-1-19(SEQIDNO25)，BR33-1-20(SEQIDNO27)。具有已知的E1顺序，含SEQIDNO13，19和23的3型E1核苷酸顺序(HD10、BR36、BR33)的线性排列见图4。从血清HD10和BR36得到的E1克隆中检出4种变异体，而在BR33，仅发现2种。除了在40位(L-P)和125位(M-I)的突变外，全部都是不活动的第三字母变异。具有1型和2型原型顺序的3型E1区域(无核心)的同源性见表5。总计有复盖3个不同分离株的核心/E1区域的8个克隆被定序，并将E1部分与图5所示已知的基因型进行比较(表3)。推断的氨基酸顺序进行计算机分析后，检出在核心羧基末端的信号锚定顺序，它能通过模拟1b型(Hijikataetal.，1991)而促发LEWRN顺序前(图5，第192位)的裂解。HD10-2克隆之一的L-P突变存在于该信号锚定区域，潜在地削弱信号肽酶的识别(计算机预测)。在以前描述的序列中在此位置末发现这种替代的例子，因此这种突变可能来自逆转录酶或Pfu聚合酶的错误掺入。在HCV1a和2型中也存在的4个氨基末端潜在的N-偶联糖基化部位也保存在3型中。1b型的N-糖基化部位(aa250，katoetal.，1990)保持该亚型的独特特征。在所有3种HCV类型中保留着全部E1半胱氨酸和在279位上含天冬氨酸的推测的跨膜区域(aa264-293，计算机预测)。下面的高度可变区域可被去线性化V1从aa192-203(按ka-toetal.，1990计数)、V2(213-223)、V3(230-242)、V4(248-257)和V5(294-303)。这样的亲水性区域被认为暴露于宿主防御机制。因此，这种可变性可能由宿主的免疫反应所引起。在迄今已知的所有1b型分离株的V4区域和HC-J8(2b型)V5区域的另一些推测的N-偶联糖基化部位可能进一步有助于免疫反应的调节。因此，在本发明中对3型和4型顺序该区域的分析已成为保留在E1的V区的表位去线性化的手段，这对将来的疫苗和诊断发展将是关键性的。实施例3HCV3型的NS3/NS4区域对于NS3/NS4较宽区域，在HCV-1(Chooetal.，1991)、HCV-J(Katoetal.，1990)、HC-J6(Okamotoetal.，1991)和HCV-J8(Okamotoetal.，1992)的顺序线性排列后，在极少顺序可变性的区域选择如下引物系列(较小字体印刷体字母用于为克隆目的所加的核苷酸)系列AHCPr116(+)5’-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3’(SEQIDNO69)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列BHCPr116(+)5’-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3’(SEQIDNO69)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列CHCPr117(+)5’-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3’(SEQIDNO72)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列DHCPr117(+)5’-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3’(SEQIDNO72)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列EHCPr116(+)5’-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3’(SEQIDNO69)HCPr119(-)actagtcgactaRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG-3’(SEQIDNO73)系列FHCPr117(+)5’-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3’(SEQIDNO72)HCPr119(-)actagtcgactaRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG-3’(SEQIDNO73)系列GHCPr131(+)5’-ggaattctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG-3’(SEQIDNO74)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列HHCPr130(+)5’-ggaattctagACIGCITAYCARGCIACIGTITGYGC-3’(SEQIDNO75)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列IHCPr134(+)5’-CATATAGATGCCCACTTCCTATC-3’(SEQIDNO76)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列JHCPr131(+)5’-ggaattctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG-3’(SEQIDNO74)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWAR7TCCACA7-3’(SEQIDNO71)系列KHCPr130(+)5’-ggaattctagACIGCITAYCARGCIACIGTITGYGC-3’(SEQIDNO75)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列LHCPr134(+)5’-CATATAGATGCCCACTTCCTATC-3’(SEQIDNO76)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列MHCPr3(+)5’-GTGTGCCAGGACCATC-3’(SEQIDNO77)andHCPr4(-)5’-GACATGCATGTCATGATGTA-3(SEQIDNO78)系列NHCPr3(+)5’-GTGTGCCAGGACCATC-3’(SEQIDNO77)和HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列OHCPr3(+)5’-GTGTGCCAGGACCATC-3’(SEQIDNO77)和HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)在从3型血清获得的随机引发cDNA上，用引物系列A、B、C、D、E、F、G、H、I、J、K、L、M和N均不能获得PCR产物。用引物系列O，无片段可从3型血清扩增出来。然而，从BR36血清得到含少量弱染色条带的涂片。一些DNA片段顺序分析后，在琼脂糖凝胶上约300bp区提纯和克隆化，仅一个克隆，HCC153(SEQIDNO29)，显示出包含HCV信息。此顺序用于设计引物HCPr152。接着在几种血清上试验新的引物系列P。系列PHCPr152(+)5′-TACGCCTCTTCTATATCGGTTGGGGCCTG-3′(SEQIDNO79)和HCPr66(-)5′-CTATTATTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3′(SEQIDNO70)从血清BR36(BR36-20)和血清HD10(HD10-1)得到464-bpHCPr152/66片段。从这些PCR产物得到如下克隆从片段HD10-1HD10-1-25(SEQIDNO31)，HD10-1-3(SEQIDNO33)，从片段BR36-20BR36-20-164(SEQIDNO35)，BR36-20-165(SEQIDNO37)，BR36-20-166(SEQIDNO39)，从具有SEQIDNO29、31、33、35、37或39的克隆得到的核苷酸顺序在图6中显示与HCV其他型的原型分离株顺序呈线性排列。除了一个不活动的第三字母变异外，一个第二安母突变导致在推断的BR36氨基酸顺序的第175位上E被G取代(图7)。血清HD10克隆完全相同。两个3型分离物在此NS4区域近94％同源，与其他型的同源性列于表5。实施例4对型特异性肽的抗NS4反应的分析由于NS4序列包含重要的表位簇的信息，也由于抗此区域的抗体似乎极少显示交叉反应性(Chanetal.，1991)，因此值得化时间研究对此区域的型特异性抗体反应。对于3种基因型HCV-1(Chooetal.，1991)，HC-J6(Okamotoetal.，1991)和BR36(本发明)的每一种，合成了3种20肽，复盖从氨基酸1688-1743之间的表位区域(如表6所描绘的)。将合成的肽按平行线施加于膜条上。按关于INNO-LIAHCVAbII盒(Innogenetics，Antwerp)描述的方法进行抗NS4抗体检出和显色。肽合成在9050肽合成仪(Mil-lipore)上进行。在与15LiPA选择的3型血清孵育后，9个样品对至少2种不同型的NS4肽显示反应性，但清晰的阴性反应见于3种血清(血清BR33、HD30和DKH)对3型肽，而阴性(血清BR33和HD30)或不确定(血清DKH)见于对1型和2型NS4肽；3种受试血清对抗NS4抗体阴性(图8)。用被复如上所指明、如图8所示9种肽的相同膜条，还试验了38个1型血清(10个1a型、28个1b型)，11个2型血型910个2a型、1个2b型)，12个3a型血清和2个4型血清(用LiPA法测定)。如表8所示，血清以基因型特异性方式与NS4表位反应。这些结果表明，在某些患者血清中可检出型特异性抗NS4抗体。这样的基因型特异性合成肽可被用来发展血清分型试验，例如，上面所指出的9种肽的混合物，或合用从HCV4型或6型基因型或氨基酸1688-1743之间区域相应的新基因型而来的NS4肽、或至少6种基因型之一的氨基酸1688-1743之间的NS4区域的合成肽，合用E1蛋白质或其缺失型突变体，或至少一种基因合成E1肽。这些组合物可进一步用型特异性或蛋白质来扩展，它们包括例如核心蛋白的氨基酸68-91之间的区域，或更佳为氨基酸68-78之间的区域。此外，这种型特异性抗原可有益地用于改善现行的诊断筛选和确证试验和/或HCV疫苗。实施例5HCV5型的核心和E1区域从在前面所述原型线性探针试验(stuyveretal.，1993)中反应阳性的一组血清中选择出样品BE95，由于可检出高滴度HCVR-NA，因此可用单循环PCR使片段克隆化。由于尚无序列从5型的任何编码区揭示出来，因此在顺序HCV-1(Chooetal.，1991)，HCV-J(Katoetal.，1990)，HC-J6(Okamotoetal.，1991)，HC-J8(Okamotoetal.，1992)和本发明的3个顺序HD10、BR33和BR36线性排列后极少顺序变异的区域选择合成的寡核苷酸用于扩增(见图5，实施例2)。在392DNA/RNA合成仪(AppliedBiosys-tems)上合成如下引物系列系列1HCPr52(+)5’-atgTTGGGTAAGGTCATCGATACCCT-3’(SEQIDNO80)和HCPr54(-)5’-ctattaCCAGTTCATCATCATATCCCA-3’(SEQIDNO78)系列2HCPr41(+)5’-CCCGGGAGGTCTCGTAGACCGTGCA-3’(SEQIDNO81)和HCPr40(-)5’-ctattaAAGATAGAGAAAGAGCAACCGGG-3’(SEQIDNO82)系列3HCPr41(+)5’-CCCGGGAGGTCTCGTAGACCGTGCA-3’(SEQIDNO81)和HCPr54(-)5’-ccattaCCAGTTCATCATCATATCCCA-3’(SEQIDNO78)如所描述的(Stuyveretal.，1993)，应用这3系列引物扩增5型分离株PC的区域。系列1用于扩增E1区域，得片段PC-4，系列2被设计来产生核心区域，得到片段PC-2。系列3用于扩增核心和E1区域，得片段PC-3。将这些片段按所描述的(Stuyveretal.，1993)进行克隆化。从PCR片段得到如下克隆从片段PC-2PC-2-1(SEQIDNO41)，PC-2-6(SEQIDNO43)，从片段PC-4PC-4-1(SEQIDNO45)，PC-4-6(SEQIDNO47)，从片段PC-3PC-3-4(SEQIDNO49)，PC-3-8(SEQIDNO51)具有SEQIDNO41，43，45，47，49和51的顺序的线性排列见图9。从图5描绘的3个PCR片段的每一段克隆出的2个克隆中的每一个克隆可推断出一个合意的氨基酸顺序(PCC/E1；SEQIDNO54)，它迭盖核苷酸1-957之间的区域(Katoetal.，1990)。6个克隆彼此非常接近(相互同源约99.7％)。具有核心/E1区域已知核苷酸顺序的SEQIDNO53或151核苷酸顺序(从分离株BE95而来的PC/E1)的线性排列见图3。该克隆与1型、2型、3型和4型顺序的关系较远(表5)。实施例6HCV5型的NS3/NS4区域如实施例5所述，进行克隆分离株BE95的NS3/NS4区域的努力。在线性排列HCV-1(Chooetal.，1991)，HCV-J(Katoetal.，1991)，HC-J6(Okamtotetal.，1991)，和HC-J8(Okamotoetal.，1992)的顺序和从本发明的3型血清所得顺序(SEQIDNO31，33，35，37和39)之后，在极少顺序变异的区域选择以下引物系列；较小的印刷体字母用于为克隆目的而加的核苷酸系列AHCPr116(+)5’-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3’(SEQIDNO66)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列BHCPr116(+)5’-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3’(SEQIDNO69)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列CHCPr117(+)5’-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3’(SEQIDNO72)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列DHCPr117(+)5’-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3’(SEQIDNO72)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列EHCPr116(+)5’-ttttAAATACATCATGRCITGYATG-3’(SEQIDNO69)HCPr119(-)actagtcgactaRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG-3’(SEQIDNO73)系列FHCPr117(+)5’-ttttAAATACATCGCIRCITGCATGCA-3’(SEQIDNO72)HCPr119(-)actagtcgactaRTTIGCIATIAGCCG/TRTTCATCCAYTG-3’(SEQIDNO73)系列GHCPr131(+)5’-ggaattctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG-3’(SEQIDNO74)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列HHCPr130(+)5’-ggaattctagACIGCITAYCARGCIACIGTITGYGC-3’(SEQIDNO75)HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTICCACAT-3’(SEQIDNO70)系列IHCPr134(+)5’-CATATAGATGCCCACTICCTATC-3’(SEQIDNO76)HCPr66(-)5’-ctattaTIGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)系列JHCPr131(+)5’-ggaattctagaCCITCITGGGAYGARAYITGGAARTG-3’(SEQID74)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列KHCPr130(+)5’-ggaattctagACIGCITAYCARGCIACIGTITGYGC-3’(SEQIDNO75)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列LHCPr134(+)5’-CATATAGATGCCCACTTCCTATC-3’(SEQIDNO76)HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO71)系列MHCPr3(+)5’-GTGTGCCAGGACCATC-3’(SEQIDNO77)和HCPr4(-)5’-GACATGCATGTCATGATGTA-3’(SEQIDNO78)系列NHCPr3(+)5’-GTGTGCCAGGACCATC-3’(SEQIDNO77)和HCPr118(-)5’-actagtcgactaYTGIATICCRCTIATRWARTTCCACAT-3’(SEQIDNO系列OHCPr3(+)5’-GTGTGCCAGGACCATC-3’(SEQIDNO77)和HCPr66(-)5’-ctattaTTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT-3’(SEQIDNO70)用引物系列A、B、C、D、E、F、G、H、I、J、K、L、M和N在从3型血清获得的随机引发的cDNA上未能得到PCR产物。但是，系列O产生估测约1450个碱基对而不是预期的628个碱基对的似乎是PCR人为产物片段。虽然没有预期到PCR人为产物片段含有作为实验中目的物的基因或基因组的信息，仍作了努力以克隆化此人为产物片段，它被称作片断PC-1。从片段PC-1得到如下克隆PC-1-37(SEQIDNO59和SEQIDNO55)，PC-1-48(SEQIDNO61和SEQIDNO57)从克隆的5′和3′端得到的顺序见于SEQIDNOS55、57、59和61，含有SEQIDNO197和199的完整顺序见于图10与其他型HCV的原型分离株顺序一起作线性排列，而推断的氨基酸顺序的线性排列见于图11和7。令人吃惊地，PCR人为产物克隆含HCV信息。在HCV基因组内顺序的位置与邻近的1437个核苷酸的HCV顺序一致，估测其大小为克隆化的PCR人为产物片段。引物HCPr66在HCV基因组的预期位置上正确地引发。因此，引物HCPr3一定是在HCV基因组中其合理位置的上游809个核苷酸的位置上偶然错误引发。这是不可预测的，因为从5型的编码区域未得到顺序信息。实施例7HCV5型的E2区域选择血清BE95用于旨在扩增部分HCV5型E2区域的实验。在线性排列HCV-1(2)，HCV-J(1)，HC-J6(3)，和HC-J8(4)的顺序后，在那样极少顺序变化的区域选择PCR引物。将引物HCPr109(+)5′-TGGGATATGATGATGAACTGGTC-3′(SEQIDNO141)和HCPr14(-)5′-CCAGGTACAACCGAACCAATTGCC-3′(SEQIDNO142)合并以扩增E1/NS1区域的氨基末端区域，并在DNA/RNA合成仪(AppliedBiosystems)上进行合成。用引物HCPr109和HCPr14，产生了含相应于E1羧基末端的169个核苷酸和从编码E2氨基末端的区域而来的492个碱基的有661bp的PCR片段。具有已知顺序的含SEQIDNO158的5型E1/E2顺序的线性排列见图10。将推断的蛋白质顺序与不同的基因型进行比较(图12，氨基酸328-546)。在E1区域，未发现额外的结构重要的特点。和其他基因型相比，E2的氨基末端部分是高度可变的。在此E2区域，所有6个N-糖基化部位和所有7个半胱氨酸残基被转化。为了维持线性排列，对于3a型，必须在aa474和475之间引入间隔物(gap)，但对于2型，不必在aa480和481之间引入间隔物。实施例8HCV4型的NS5b区域从加蓬患者中选择出4型血清GB48、GB116、GB215和GB358(用株系探针试验(LiPA，Stuyveretal.，1993))，而GB549和GB809不能用此LiPA分型(用通用探针仅观察到杂交)。在对5′末端转译区的PCR反应第一循环(Stuyveretal.，1993)后，所有这些血清均呈阳性，被保留用于进一步研究。如实施例1所述，从血清分离出RNA，进行cDNA合成。在如下公开的顺序线性排列后选择NS5区域的通用探针HCPr206(+)5′-TGGGGATCCCGTATGATACCCGCTGCTTTGA-3′(SEQIDNO124)和HCPr207(-)5′-GGCGGAATTCCTGGTCATAGCCTCCGTGAA-3′(SEQIDNO125)；并在392DNA/RNA合成仪(AppliedBiosystems)上进行合成。用株系探针试验(LiPA)，选择了不能分类的4个高滴度4型血清和2型血清，随后用HCPr206/207系列引物进行分析。选择用这些引物从血清GB48(GB48-3)，血清GB116(GB116-3)，血清GB215(GB215-3)，血清GB358(GB358-3)，血清GB549(GB549-3)，和血清GB809(GB809-3)得到的NS5PCR片段，用于克隆选择。下面的顺序是从PCR片段得到的从片段GB48-3GB48-3-10(SEQIDNO106)从片段GB116-3GB116-3-5(SEQIDNO108)从片段GB215-3GB215-3-5(SEQIDNO110)从片段GB358-3GB358-3-5(SEQIDNO112)从片段GB549-3GB549-3-6(SEQIDNO114)从片段GB809-3GB809-3-1(SEQIDNO116)具有已知顺序的含SEQIDNO106，108，110，112，114和116的核苷酸顺序的线性排列见图1。具有已知顺序的含SEQIDNO107，109，111，113，115和117的推断的氨基酸顺序的线性排列见图2。用LiPA分型为4型的4个分离相互非常接近(约95％相互同源性)，但仅与1型、2型或3型顺序关系较远(例如，GB358显示与其他基因型65.6-67.7％的同源性，表4)。从血清GB549和GB809得到的顺序也显示与基因型1、2和3类似的同源性(与GB549为65.9-68.8％，与GB809为65.0-68.5％，表4)，但GB549或GB809与GB48，GB116，GB215和GB358组成的分离株的组之间，或GB549和GB809之间只有79.7-86.8％的中等度同源性(常在同一型的亚型之间观察到)。这些数据表明，在HCV基因型4型内发现3个新的亚型在本发明中，这3个亚型被称作4c亚型(以分离株GB48、GB116、GB215和GB358为代表)、4g亚型(以分离株GB549为代表)和4e亚型(以分离株GB809为代表)。NS5区域亚型间观察到的同源性似乎表示在4c和4e亚型间有较密切的关系，然而在E1区域观察到的同源性表示4g和4e亚型显示最为密切的关系(见实施例8)。实施例9HCV4型的核心/E1区域从3个4型新亚型的每一个中选出一个代表性的血清，用于在核心/E1区域的克隆化试验。将GB549(4g亚型)和GB809(4e亚型)和从4c亚型组选出的GB358分离株一起进行分析。合成寡核苷酸在将HCV-1(2)，HCV-J(1)，HC-J6(3)，和HC-J8(4)的顺序线性排列后，在极少顺序变异的那些区域选择引物。在392DNA/RNA合成仪(AppliedBiosystems)上合成引物HCPr52(+)5′-atgTTGGGTAAGGTCATCGATACCCT-3′，HCPr23(+)5′-CTCATGGGGTACATTCCGCT-3′，和HCPr54(-)5′CTATTACCAGTTCATCATCATATCCCA-3′。使用了引物系列HCPr23/54和HCPr52/54，但仅用引物系列HCPr52/54才能得到PCR片段。此引物系列扩增了编码氨基酸127-319的核苷酸379-957的顺序从核心的羧基末端起65个氨基酸和E1的128个氨基酸。按实施例1所述，将扩增产物GB358-4，GB549-4和GB809-4进行克隆化。从PCR片段得到如下克隆从片段GB358-4GB358-4-1(SEQIDNO118)从片段GB549-4GB549-4-3(SEQIDNO120)从片段GB809-4GB809-4-3(SEQIDNO122)具有已知顺序的含SEQIDNO118，120和122的4型核心/E1核苷酸顺序的线性排列见图4。表4中描绘了4型E1区域(不包括核心)与1型、2型、3型和5型原型顺序的同源性。对于非4型基因型的代表性分离株观察到53-66％的同源性。在4型内不同亚型之间E1区域中观察到的同源性范围从75.2％到78.4％。Sim-monds等(1993)描述的最近公开的埃及4型分离株的核心区域的顺序(例如图3中样品EG-29)不能与加蓬的NSB区域的顺序(如本发明所述)排成一列，可能属于不同的4型亚型此点可从核心顺序推断出。带有SEQIDNO119、121和123的推断的氨基酸顺序与图5中的其他原型顺序排成一列。此外，型特异性变异主要位于本发明称作易变的V区域，因此，4型特异性氨基酸或V区域在HCV4型的诊断和治疗上是有帮助的。实施例10HCV2型、3型和4型新亚型的核心/E1和NS5b区域从反应阴性但在前面描述的原型株系探针试验(stuyveretal.，1993)中异常的一组血清中选择样品NE92(2d亚型)，BE98(3c亚型)，CAM600和GB809(4e亚型)，CAMG22和CAMG27(4f亚型)，GB438(4h亚型)，CAR4/1205(4i亚型)，CAR1/501(4j亚型)，CAR1/901(4？亚型)，和GB724(4？亚型)。另一5a亚型分离株BE100也在C/E1区域作了分析，还有另一个5a型分离株BE96也在NS5b区域作了分析。高滴度HCVRNA可被检出，使能经PCR单循环克隆片段。因为尚未揭示这些亚型任何编码区的顺序，所以在HCV-1(Chooetal.，1991)，HCV-J(Katoetal.，1990)，HC-J6(Okamotoetal.，1991)，HC-J8(Okamotoetal.，1992)的顺序和本发明的其他新顺序线性排列后，在极少顺序变异的区域选择合成的寡核苷酸用于PCR扩增。使用上述引物系列1，2和3(见实施例5)，但仅用系列1可从所有分离株(除BE98、GB724和CAR1/501外)得到PCR片段。该引物系列扩增了编码氨基酸127-319(从核心的羧基末端起65个氨基酸和E1的128个氨基酸)的核苷酸379-957的顺序。用系列3，可扩增分离株NE92和BE98的核心/E1区域，用系列2，可扩增GB358、GB724、GB809和CAM600的核心区域。按实施例1所述，将扩增产物克隆化。从PCR片段得到如下克隆从分离株GB724，带有来自核心区的SEQIDNO193的克隆；从分离株NE92，带有SEQIDNO143的克隆；从分离株BE98，来自核心/E1区域的克隆；该区域部分顺序已被分析，并定为SEQIDNO147；从分离株CAM600，如图3所示，带有来自E1区域的SEQIDNO167或来自核心/E1区域的SEQIDNO165的克隆；从分离株CAMG22，如图4所示带有来自E1区域的SEQIDNO171的克隆；从分离株GB358，带有核心区域SEQIDNO191的克隆；从分离株CAMG27，带有来自核心/E1区域的SEQIDNO173的克隆；从分离株GB438，带有来自核心/E1区域的SEQIDNO177的克隆；从分离株CAR4/1205，带有来自核心/E1区域的SEQIDNO179的克隆；从分离株CAR1/901，带有来自核心/E1区域的SEQIDNO181的克隆；从分离株GB809，带有来自核心/E1区域的SEQIDNO189的克隆GB809-4，带有来自核心/E1区域的SEQIDNO169的克隆GB809-2，及带有来自核心区域的SEQIDNO163的克隆；从分离株BE100，如图4所示，带有来自核心/E1区域的SEQIDNO155的克隆。具有已知核心/E1顺序的这些核心/E1顺序的线性排列见图4。图5中，具有SEQIDNO144、148、164、168、170、172、174、178、180、182、190、192、194、156、166的推断的氨基酸顺序与其他原形顺序作线性排列。还有，型特异性变异主要位于本发明中称作可变的V区域，因此，2d、3c和4型特异性氨基酸或V区域在对HCV2d、3c型(亚型)或4型不同亚型的诊断和治疗上将是有帮助的。用引物HCPr206和HCPr207扩增分离株NE92，BE98，CAM600，CAMG22，GB438，CAR4/1205，CAR1/501，和BE96的NS5b区域(表7)。如实施例1那样，将相应的克隆进行克隆化和顺序分析，相应的顺序(其中BE98作了部分顺序分析)得到如下鉴定号NE92SEQIDNO145BE98SEQIDNO149CAM600SEQIDNO201CAMG22SEQIDNO203GB438SEQIDNO207CAR4/1205SEQIDNO209CAR1/501SEQIDNO211BE95SEQIDNO159BE96SEQIDNO161具有已知NS5b顺序的这些NS5b顺序的线性排列见图1。在图2中，具有SEQIDNO146、150、202、204、206、208、210、212、160和162的推断的氨基酸顺序与其他原型顺序作定线排列。还有，可观察到亚型特异性变异，因此，2d、3c型和4型特异性氨基酸或V区域在对HCV2d、3c型(亚型)或4型不同亚型的诊断和治疗上将是有帮助的。实施例11抗E1抗体(血清分型)的基因型特异反应性从含核苷酸第355位延伸到第978位的核心/E1区域的疫苗病毒结构(在前面的实施例中描述的核心/E1克隆包括引物HCPr52和HCPr54)表达E1蛋白，及表达从HCV聚蛋白的L119(起始子甲硫氨酸后)到W326的蛋白质。在合适的宿主细胞(如HeLa、RK13、HuTK-、HepG2)中表达时，通过HCV聚蛋白的氨基酸191和192之间的裂解通过加入高甘露糖型碳水化合物特征来修饰表达的蛋白质。因此，通过检测丙型肝炎患者血清，用Western印迹法可观察到30-32KDa糖蛋白。作为参考，从上述同样的方法也可表达从分离株HCV-B得到的基因型1b克隆，并从重组疫苗病毒vvHCV-11A表达。用含从重组疫苗病毒vvHCV-11A表达的1b型蛋白的细胞溶胞产物首次测试一组104个基因分型的血清的反应性，与感染野生型疫苗病毒(′E1/WT′)的RK13细胞的溶胞产物进行比较。将该溶胞产物以1/20稀释度包被常用的ELISA微量滴定板(Nuncmax-isorb)，留待与1/20稀释度的各自的血清反应。受试的这组血清由14个1a型、38个1b型、21个2型、21个3a型、9个4型血清和1个5型血清组成。然后用连接有过氧化物酶的羊抗人IgG检测人抗体，并检测酶活性。将E1和野生型溶胞产物的光密度值相除，去掉系数工作为判断值(cut-off)。结果见表A。起反应的血清为14个1a型血清中的11个(79％)、38个1b型血清中的25个(66％)、21个2型血清中的6个(29％)、21个3a型血清中的5个(24％)，9个4型或1个5型血清中无一起反应(0％)。这些实验清楚地显示抗E1抗体与感染1型的患者的1型E1蛋白反应的高优势(36/52(69％))(无论1a型或1b型)，而在非1型血清上的劣势或缺乏反应性(11/52(21％))。表A随后，分别将分离株BR36(3a型)和BE95(5a型)的核心/E1克隆重组到病毒vvHCV-62和vvHCV-63中。然后在从感染有重组病毒vvHCV-62和vvHCV-63的RK13细胞得到的细胞溶胞产物上试验一组基因分型的血清。试验按上面所述的进行，结果见下面给出的表(表B)。从这些结果可以清楚地看到，虽然出现一些交叉反应(特别是在1型和3型之间)，但是一个给定的血清所得到的值在其同源E1蛋白上通常高于另一基因型的E1蛋白。对于5型血清，无一5型血清对1型或3型蛋白起反应，而测试其同源5型蛋白时，显示3/5含抗E1抗体。因此，相当数量的血清在此简单的试验系统已能被作血清分型。与对型特异性NS4表位或来自HCV聚蛋白的其他型特异性部分的表位的反应性相结合，可发展一种血清分型试验，以区别HCV的主要型别。为了克服交叉反应性问题，本
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某些熟练技术人员可测定交叉反应表位的位置(例如，通过与合成肽反应的竞争)，可在血清分型测试中包括的组合物中除去引起交叉反应的表位，或将样品稀释，使其不能与交叉反应性抗体竞争。表B表5HCV新顺序与其它HCV已知型的同源性左面栏中指出的区域显示的核苷酸同源性(氨基酸同源性见括号内)表6.不同基因型的NS4顺序*，在每一基因型中保存的残基，划线部分氨基酸是型特异性的，斜体字氨基酸是3型和5型顺序独特的。表7表8NS4血清分型参考文献BaranyF(1991).GeneticdiseasedetectionandDNAamplificationusingclonedthermostableligase.ProcNatlAcadSciUSA88189-193.BejA，MahbubaniM，MillerR，DiCesareJ，HaffL，AtlasR(1990)MutiplexPCRamplificationandimmobilizedcaptureprobesfordetectionofbacterialpathogensandindicatorsinwater.MolCellProbes4353-365.BukhJ，PurcellR，MillerR(1992).Sequenceanalysisofthe5’noncodingregionofhepatitisCvirus.ProcNatlAcadSciUSA894942-4946.BukhJ，PurcellR，MillerR(1993).Atleast12genotypes...PNAS90，8234-8238.ChaT，BealE，IrvineB，KolbergJ，ChienD，KuoG，UrdeaM(1992)Atleastfiverelated，butdistinct，hepatitisCviralgenotypesexist.ProcNatlAcadSciUSA897144-7148.ChanS-W，SimmondsP，McOmishF，YapP，MitchellR，DowB，FollettE(1991)SerologicalresponsestoinfectionwiththreedifferenttypesofhepatitisCvirus.Lancet3381991.ChanS-W，McOmishF，HolmesE，DowB，PeuthererJ，FollettE，YapP，SimmondsP(1992)AnalysisofanewhepatitisCvirustypeanditsphylogeneticrelationshiptoexistingvariants.JGenVirol731131-1141.ChomczynskiP，SacchiN(1987)SinglestepmethodofRNAisolationbyacidguanidiniumthiocyanate-phenol-chloroformextraction.AnalBiochem162156-159.ChooQ，RichmanK，HanJ，BergerK，LeeC，DongC，GallegosC，CoitD，Medina-SelbyA，BarrP，WeinerA，BradleyD，KuoG，HoughtonM(1991)GeneticorganizationanddiversityofthehepatitisCvirus.ProcNatlAcadSciUSA882451-2455.ComptonJ(1991).Nucleicacidsequence-basedamplification.Nature，35091-92.DuchosalA，EmingS，FisherP(1992)Immunizationofhu-PBL-SCIDmiceandtheresueofhumanmonoclonalFabfragmentsthroughcombinatoriallibraries.Nature355258-262.DuckP(1990).Probeamplifiersystembasedonchimericcyclingoligonucleotides.Biotechniques9，142-147.GuatelliJ，WhitfieldK，KwohD，BarringerK，RichmanD，GengerasT(1990)Isothermal，invitroamplificationofnucleicacidsbyamultienzymereactionmodeledafterretroviralreplication.ProcNatlAcadSciUSA871874-1878.HijikataM，KatoN，OotsuyamaY，NakagawaM，ShimotohmoK(1991)GenemappingoftheputativestructuralregionofthehepatitisCvirusgenomebyinvitroprocessinganalysis.ProcNatlAcadSciUSA88，5547-5551.JacobsK，RudersdorfR，NeillS，DoughertyJ，BrownE，FritschE(1988)ThethermalstabilityofoligonucleotideduplexesissequenceindependentintetraalkylammoniumsaltsolutionsapplicationtoidentifyingrecombinantDNAclones.NuclAcidsRes164637-4650.KatoN，HijikataM，OotsuyamaY，NakagawaM，OhkoshiS，SugimuraT，ShimotohnoK(1990)MolecularcloningofthehumanhepatitisCvirusgenomefromJapanesepatientswithnon-A，non-Bhepatitis.ProcNatlAcadSciUSA879524-9528.KwohD，DavisG，WhitfieldK，ChappelleH，DimicheleL，GingerasT(1989).Transcription-basedamplificationsystemanddetectionofamplifiedhumanimmunodeficiencyvirustype1withabead-basedsandwichhybridizationformat.ProcNatlAcadSciUSA，861173-1177.KwokS，KelloggD，McKinneyN，SpasicD，GodaL，LevensonC，SiniskyJ，(1990).Effectsofprimer-templatemismatchesonthepolymerasechainreactionHumanimrnunodeficiencyviewstype1modelstudies.Nucl.AcidsRes.，18999.LandgrenU，KaiserR，SandersJ，HoodL(1988).Aligase-mediatedgenedetectiontechnique.Science2411077-1080.LizardiP，GuerraC，LomeliH，Tussie-LunaI，KramerF(1988)ExponentialamplificationofrecombinantRNAhybridizationprobes.Bio/Technology61197-1202.LomeliH，TyagiS，PrintchardC，LisardiP，KramerF(1989)Quantitativeassaysbasedontheuseofreplicatablehybridizationprobes.ClinChem351826-1831.MachidaA，OhnumaH，TsudaF，MunekataE，TanakaT，AkahaneY，OkamotoH，MishiroS(1992)Hepatology16，886-891.ManiatisT，FritschE，SambrookJ(1982)Molecularcloningalaboratorymanual.ColdSpringHarborLaboratoryPress，ColdSpringHarbor，NY.MoriS，KaroN，YagyuA，TanakaT，IkedaY，PetchclaiB，ChiewsilpP，KurimuraT，ShimotohnoK(1992)AnewtypeofhepatitisCvirusinpatientsinThailand.BiochemBiophysResComm183334-342.OkamotoH，OkadaS，SugiyamaY，KuraiK，IizukaH，MachidaA，MiyakawaY，MayumiM(1991)NucleotidesequenceofthegenomicRNAofhepatitisCvirusisolatedfromahumancarriercomparisonwithreportedisolatesforconservedanddivergentregions.JGenVirol722697-2704.OkamotoH，KuraiK，OkadaS，YamamotoK，LizukaH，TanakaT，FukudaS，TsudaF，MishiroS(1992)Full-lengthsequencesofahepatitisCvirusgenomehavingpoorhomologytoreportedisolatescomparativestudyoffourdistinctgenotypes.Virology188331-341.PerssonM，CaothienR，BurtonD(1991).Generationofdiversehigh-affinityhumanmonoclonalantibodiesbyrepertoirecloning.ProcNatlAcadSciUSA892432-2436.SaikiR，GelfandD，StoffelS，ScharfS，HiguchiR，HornG，MullisK，ErlichH(1988).Primer-directedenzymaticamplificationofDNAwithathermostableDNApolymerase.Science239487-491.SaikiR，WalshP，LevensonC，ErlichH(1989)GeneticanalysisofamplifiedDNAwithimmobilizedsequence-specificoligonucleotideprobes(1989)ProcNatlAcadSciUSA866230-6234.SanoT，SmithC，CantorC(1992)Immuno-PCRverysensitiveantigendetectionbymeansofspecificantibody-DNAconjugates.Science258120-122.SimmondsP，McOmshF，YapP，ChanS，LinC，DusheikoG，SaeedA，HolmesE(1993)，Sequencevariabilityinthe5’non-codingregionofhepatitisCvirusidentificationofanewvirustypeandrestrictionsonsequencediversity.JGenVirology，74661-668.StuyverL，Ros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iii)反意义是(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称＝“HCV引物HCPr66”(xi)顺序图说SEQIDNO70CTATTATTGTATCCCRCTGATGAARTTCCACAT33(2)SEQIDNO71信息(i)顺序特征(A)长度36个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义是(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称“HCV引物HCPr118”(xi)顺序图说SEQIDNO71ACTAGTCGACTAYTGATCCRCTATRWARTTCCACAT36(2)SEQIDNO72信息(i)顺序特征(A)长度25个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义非(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称＝“HCV引物HCPr117”(xi)顺序图说SEQIDNO72TTTTAAATACATCGCRCTGCATGCA25(2)SEQIDNO73信息(i)顺序特征(A)长度36个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义是(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称“HCV引物HCPr119”(xi)顺序图说SEQIDNO73ACTAGTCGACTARTTGCATAGCCKRTTCATCCAYTG36(2)SEQIDNO74信息(i)顺序特征(A)长度34个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义非(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称＝“HCV引物HCPr131”(xi)顺序图说SEQIDNO74GGAATTCTAGACCTCTGGGAYGARAYTGGAARTG34(2)SEQIDNO75信息(i)顺序特征(A)长度31个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义非(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称“HCV引物HCPr130”(xi)顺序图说SEQIDNO75GGAATTCTAGACGCTAYCARGCACGTTGYGC31(2)SEQIDNO76信息(i)顺序特征(A)长度23个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义非(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称＝“HCV引物HCPr34”(xi)顺序图说SEQIDNO76CATATAGATGCCCACTTCCTATC23(2)SEQIDNO77信息(i)顺序特征(A)长度16个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义是(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称“HCV引物HCPr3”(xi)顺序图说SEQIDNO77GTGTGCCAGGACCATC16(2)SEQIDNO78信息(i)顺序特征(A)长度20个碱基对(B)类型核酸酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义是(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称＝“HCV引物HCPr4”(xi)顺序图说SEQIDNO78GACATGCATGTCATGATGTA20(2)SEQIDNO79信息(i)顺序特征(A)长度29个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的非(iii)反意义非(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称“HCV引物HCPr152”(xi)顺序图说SEQIDNO79TACGCCTCTTCTATATCGGTTGGGGCCTG29(2)SEQIDNO80信息(i)顺序特征(A)长度26个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义非(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称＝“HCV引物HCPr52”(xi)顺序图说SEQIDNO80ATGTTGGGTAAGGTCATCGATACCCT26(2)SEQIDNO81信息(i)顺序特征(A)长度25个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义非(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称“HCV引物HCPr41”(xi)顺序图说SEQIDNO81CCCGGGAGGTCTCGTAGACCGTGCA25(2)SEQIDNO82信息(i)顺序特征(A)长度29个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的是(iii)反意义是(ix)特征(A)名称/键混合__特征(B)定位1..28(D)其他信息/标准名称＝“HCV引物HCPr40”(xi)顺序图说SEQIDNO82CTATTAAAGATAGAGAAAGAGCAACCGGG29(2)SEQIDNO83信息(i)顺序特征(A)长度12氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV3型的V1区域位置192-203(xi)顺序图说SEQIDNO83LeuGluTrpArgAsnThrSerGlyLeuTyrValLeu1510(2)SEQIDNO84信息(i)顺序特征(A)长度12氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV5型的V1区域位置192-203(xi)顺序图说SEQIDNO84ValProTyrArgAsnAlaSerGlyIleTyrHisVal1510(2)SEQIDNO85信息(i)顺序特征(A)长度11氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV3型的V2区域位置213-223(xi)顺序图说SEQIDNO85ValTyrGluAlaAspAspValIleLeuHisThr1510(2)SEQIDNO86信息(i)顺序特征(A)长度11氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV5型的V2区域位置213-223(xi)顺序图说SEQIDNO86ValTyrGluAlaAspAsnLeuIleLeuHisAla1510(2)SEQIDNO87信息(i)顺序特征(A)长度13氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV3型的V3区域位置230-242(xi)顺序图说SEQIDNO87ValGlnAspGlyAsnThrSerThrCysTrpThrProVal1510(2)SEQIDNO88信息(i)顺序特征(A)长度13氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV5型的V3区域位置230-242(xi)顺序图说SEQIDNO88ValMetThrGlyAsnValSerArgCysTrpValGlnIle1510(2)SEQIDNO89信息(i)顺序特征(A)长度10氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV3型的V4区域位置248-257(xi)顺序图说SEQIDNO89ValArgTyrValGlyAlaThrThrAlaSer1510(2)SEQIDNO90信息(i)顺序特征(A)长度10氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV5型的V4区域位置248-257(xi)顺序图说SEQIDNO90AlaProSerLeuGlyAlaValThrAlaPro1510(2)SEQIDNO91信息(i)顺序特征(A)长度10氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV3型的V5区域位置294-303(xi)顺序图说SEQIDNO91ArgProArgArgHisGlnThrValGlnThr1510(2)SEQIDNO92信息(i)顺序特征(A)长度10氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV5型的V5区域位置294-303(xi)顺序图说SEQIDNO92ArgProArgGlnHisAlaThrValGlnAsn1510(2)SEQIDNO93信息(i)顺序特征(A)长度9氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV5型的位置70-78(xi)顺序图说SEQIDNO93GlnProThrGlyArgSerTrpGlyGln15(2)SEQIDNO94信息(i)顺序特征(A)长度8氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(vi)最初来源(C)单分离株BR33和BR36(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV3型的V3区域位置230-237(xi)顺序图说SEQIDNO94ValGlnAspGlyAsnThrSerThr15(2)SEQIDNO95信息(i)顺序特征(A)长度8氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(vi)最初来源(C)单分离株HD10(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV3型的V3区域位置230-237(xi)顺序图说SEQIDNO95ValGlnAspGlyAsnThrSerAla15(2)SEQIDNO96信息(i)顺序特征(A)长度10氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(vi)最初来源(C)单分离株BR36(viii)蛋白质中位置(B)图位置HCV3型的V3区域位置248-257(xi)顺序图说SEQIDNO96ValLysTyrValGlyAlaThrThrAlaSer1510(2)SEQIDNO97信息(i)顺序特征(A)长度20氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(vi)最初来源(C)单分离株BR36(viii)基因组中位置(B)图位置HCV3型位置1688-1707(xi)顺序图说SEQIDNO97LeuGlyGlyLysProAlaIleValProAspLysGluValLeuTyrGln151015GlnTyrAspGlu20(2)SEQIDNO98信息(i)顺序特征(A)长度20氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(iii)假设的非(vi)最初来源(C)单分离株HD10(viii)基因组中位置(B)图位置HCV3型位置1688-1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i)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO247ValLysThrGlyAsnSerValArgCysTrpIleProLeu1510(2)SEQIDNO248信息(i)顺序特征(A)长度13个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO248ValLysThrGlyAsnValSerArgCysTrpIleSerLeu1510(2)SEQIDNO249信息(i)顺序特征(A)长度13个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO249ValArgLysAspAsnValSerArgCysTrpValGlnIle1510(2)SEQIDNO250信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO250AlaProSerPheGlyAlaValThrAlaPro1510(2)SEQIDNO251信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO251ValSerGlnProGlyAlaLeuThrLysGly1510(2)SEQIDNO252信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO252ValLysTyrValGlyAlaThrThrAlaSer1510(2)SEQIDNO253信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO253AlaProTyrIleGlyAlaProValGluSer1510(2)SEQIDNO254信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO254AlaGlnHisLeuAsnAlaProLeuGluSer1510(2)SEQIDNO255信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO255SerProTyrValGlyAlaProLeuGluPro1510(2)SEQIDNO256信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO256SerProTyrAlaGlyAlaProLeuGluPro1510(2)SEQIDNO257信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO257AlaProTyrLeuGlyAlaProLeuGluSer1510(2)SEQIDNO258信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO258AlaProTyrLeuGlyAlaProLeuGluSer1510(2)SEQIDNO259信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO259AlaProTyrValGlyAlaProLeuGluSer1510(2)SEQIDNO260信息(i)顺序特征(A)长度11个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO260AsnValProTyrLeuGlyAlaProLeuThrSer1510(2)SEQIDNO261信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO261AlaProHisLeuArgAlaProLeuSerSer1510(2)SEQIDNO262信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO262AlaProTyrLeuGlyAlaProLeuThrSer1510(2)SEQIDNO263信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO263ArgProArgGlnHisAlaThrValGlnAsp1510(2)SEQIDNO264信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO264SerProGlnHisHisLysPheValGlnAsp1510(2)SEQIDNO265信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO265ArgProArgArgLeuTrpThrThrGlnGlu1510(2)SEQIDNO266信息(i)顺序特征(A)长度10个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO266ProProArgIleHisGluThrThrGlnAsp1510(2)SEQIDNO267信息(i)顺序特征(A)长度14个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO267ThrIleSerTyrAlaAsnGlySerGlyProSerAspAspLys1510(2)SEQIDNO268信息(i)顺序特征(A)长度19个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型肽(xi)顺序图说SEQIDNO268SerArgArgGlnProIleProArgAlaArgArgThrGluGlyArgSer151015TrpAlaGln(2)SEQIDNO269信息(i)顺序特征(A)长度1443个碱基对(B)类型核酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型DNA(基因组)(iii)假设的非(iii)反意义非(ix)特征(A)名称/键CDS(B)定位1..1443(ix)特征(A)名称/键成熟_肽(B)定位1..1443(xi)顺序图说SEQIDNO269ACCATCACCACCGGAGCTTCTATCACATACTCCACTTACGGCAAGTTC48ThrIleThrThrGlyAlaSerIleThrTyrSerThrTyrGlyLysPhe151015CTTGCTGATGGAGGGTGTTCAGGCGGCGCGTATGACGTGATCATATGC96LeuAlaAspGlyGlyCysSerGlyGlyAlaTyrAspValIleIleCys202530GACGAGTGCCATTCCCAGGACGCCACCACCATTCTTGGGATAGGCACT144AspGluCysHisSerGlnAspAlaThrThrIleLeuGlyIleGlyThr354045GTCCTTGACCAGGCAGAGACGGCTGGAGCTAGGCTCGTCGTCTTGGCC192ValLeuAspGlnAlaGluThrAlaGlyAlaArgLeuValValLeuAla505560ACGGCCACCCCTCCCGGCAGTGTGACAACGCCCCACCCCAACATCGAG240ThrAlaThrProProGlySerValThrThrProHisProAsnIleGlu65707580GAAGTGGCCCTGCCTCAGGAGGGGGAGGTTCCCTTCTACGGCAGAGCC288GluValAlaLeuProGlnGluGlyGluValProPheTyrGlyArgAla859095ATTCCCCTTGCTTTTATAAAGGGTGGTAGGCATCTCATCTTCTGCCAT336IleProLeuAlaPheIleLysGlyGlyArgHisLeuIlePheCysHis100105110TCCAAGAAAAAATGTGATGAACTCGCCAAGCAACTGACCAGCCTGGGC384SerLysLysLysCysAspGluLeuAlaLysGlnLeuThrSerLeuGly115120125GTGAACGCCGTGGCATATTATAGAGGTCTAGACGTCGCCGTCATCCCC432ValAsnAlaValAlaTyrTyrArgGlyLeuAspValAlaValIlePro130135140ACAGCAGGAGACGTGGTCGTGTGCAGCACCGACGCGCTCATGACGGGA480ThrAlaGlyAspValValValCysSerThrAspAlaLeuMetThrGly145150155160TTCACCGGCGACTTTGATTCTGTCATAGACTGCAACTCCGCCGTCACT528PheThrGlyAspPheAspSerValIleAspCysAsnSerAlaValThr165170175CAGACGGTGGACTTCAGTCTGGATCCCACTTTTACCATTGAGACTACC576GlnThrValAspPheSerLeuAspProThrPheThrIleGluThrThr180185190ACAGTGCCCCAGGACGCAGTGTCCAGAAGCCAGCGTAGGGGCCGCACG624ThrValProGlnAspAlaValSerArgSerGlnArgArgGlyArgThr195200205GGGAGAGGTAGGCACGGCATATACCGGTATGTCTCGGCTGGAGAGAGA672GlyArgGlyArgHisGlyIleTyrArgTyrValSerAlaGlyGluArg210215220CCGTCTGACATGTTCGACTCCGTGGTGCTCTGTGAGTGCTACGATGCC720ProSerAspMetPheAspSerValValLeuCysGluCysTyrAspAla225230235240GGATGTGCGTGGTATGATCTGACTCCTGCCGAGACTACCGTGAGGTTG768GlyCysAlaTrpTyrAspLeuThrProAlaGluThrThrValArgLeu245250255CGCGCTTACATAAACACCCCCGGGCTCCCTGTCTGTCAGGACCATTTG816ArgAlaTyrIleAsnThrProGlyLeuProValCysGlnAspHisLeu260265270GAATTCTGGGAGGGGGTGTTCACGGGGCTCACTAACATCGACGCTCAC864GluPheTrpGluGlyValPheThrGlyLeuThrAsnIleAspAlaHis275280285ATGCTGTCACAGACCAAACAGGGTGGGGAGAATTTCCCATACCTTGTA912MetLeuSerGlnThrLysGlnGlyGlyGluAsnPheProTyrLeuVal290295300GCGTACCAAGCAACAGTCTGTGTTCGCGCGAAAGCGCCCCCCCCCAGC960AlaTyrGlnAlaThrValCysValArgAlaLysAlaProProProSer305310315320TGGGACACAATGTGGAAATGCATGCTCCGTCTCAAACCGACTTTAACT1008TrpAspThrMetTrpLysCysMetLeuArgLeuLysProThrLeuThr325330335GGCCCTACTCCCCTCTTGTACAGGCTGGGGCCCGTCCAGAATGAGATC1056GlyProThrProLeuLeuTyrArgLeuGlyProValGlnAsnGluIle340345350ACACTGACGCACCCCATCACCAAGTACATTATGGCTTGCATGTCTGCG1104ThrLeuThrHisProIleThrLysTyrIleMetAlaCysMetSerAla355360365GACTTGGAGGTCATTACCAGCACTTGGGTTCTGGTGGGGGGCGTTGTG1152AspLeuGluValIleThrSerThrTrpValLeuValGlyGlyValVal370375380GCGGCCCTGGCGGCCTACTGCTTGACGGTGGGTTCGGTAGCCATAGTC1200AlaAlaLeuAlaAlaTyrCysLeuThrValGlySerValAlaIleVal385390395400GGTAGGATCATCCTCTCTGGGAAACCTGCCATCATTCCCGATAGGGAG1248GlyArgIleIleLeuSerGlyLysProAlaIleIleProAspArgGlu405410415GCATTATACCAGCAATTTGATGAGATGGAGGAGTGCTCGGCCTCGTTG1296AlaLeuTyrGlnGlnPheAspGluMetGluGluCysSerAlaSerLeu420425430CCCTATATGGACGAGACACGTGCCATTGCCGGACAATTCAAAGAGAAA1344ProTyrMetAspGluThrArgAlaIleAlaGlyGlnPheLysGluLys435440445GTGCTCGGCTTCATCAGCACGACCGGCCAGAAGGCTGAAACTCTGAAG1392ValLeuGlyPheIleSerThrThrGlyGlnLysAlaGluThrLeuLys450455460CCGGCAGCCACGTCTGTGTGGAACAAGGCTGAGCAGTTCTGGGCCACA1440ProAlaAlaThrSerValTrpAsnLysAlaGluGlnPheTrpAlaThr465470475480TAC1443Tyr(2)SEQIDNO270信息(i)顺序特征(A)长度481个氨基酸(B)类型氨基酸(C)链单股(D)拓扑学线性(ii)分子类型蛋白质(xi)顺序图说SEQIDNO270ThrIleThrThrGlyAlaSerIleThrTyrSerThrTyrGlyLysPhe151015LeuAlaAspGlyGlyCysSerGlyGlyAlaTyrAspValIleIleCys202530AspGluCysHisSerGlnAspAlaThrThrIleLeuGlyIleGlyThr354045ValLeuAspGlnAlaGluThrAlaGlyAlaArgLeuValValLeuAla505560ThrAlaThrProProGlySerValThrThrProHisProAsnIleGlu65707580GluValAlaLeuProGlnGluGlyGluValProPheTyrGlyArgAla859095IleProLeuAlaPheIleLysGlyGlyArgHisLeuIlePheCysHis100105110SerLysLysLysCysAspGluLeuAlaLysGlnLeuThrSerLeuGly115120125ValAsnAlaValAlaTyrTyrArgGlyLeuAspValAlaValIlePro130135140ThrAlaGlyAspValValValCysSerThrAspAlaLeuMetThrGly145150155160PheThrGlyAspPheAspSerValIleAspCysAsnSerAlaValThr165170175GlnThrValAspPheSerLeuAspProThrPheThrIleGluThrThr180185190ThrValProGlnAspAlaValSerArgSerGlnArgArgGlyArgThr195200205GlyArgGlyArgHisGlyIleTyrArgTyrValSerAlaGlyGluArg210215220ProSerAspMetPheAspSerValValLeuCysGluCysTyrAspAla225230235240GlyCysAlaTrpTyrAspLeuThrProAlaGluThrThrValArgLeu245250255ArgAlaTyrIleAsnThrProGlyLeuProValCysGlnAspHisLeu260265270GluPheTrpGluGlyValPheThrGlyLeuThrAsnIleAspAlaHis275280285MetLeuSerGlnThrLysGlnGlyGlyGluAsnPheProTyrLeuVal290295300AlaTyrGlnAlaThrValCysValArgAlaLysAlaProProProSer305310315320TrpAspThrMetTrpLysCysMetLeuArgLeuLysProThrLeuThr325330335GlyProThrProLeuLeuTyrArgLeuGlyProValGlnAsnGluIle340345350ThrLeuThrHisProIleThrLysTyrIleMetAlaCysMetSerAla355360365AspLeuGluValIleThrSerThrTrpValLeuValGlyGlyValVal370375380AlaAlaLeuAlaAlaTyrCysLeuThrValGlySerValAlaIleVal385390395400GlyArgIleIleLeuSerGlyLysProAlaIleIleProAspArgGlu405410415AlaLeuTyrGlnGlnPheAspGluMetGluGluCysSerAlaSerLeu420425430ProTyrMetAspGluThrArgAlaIleAlaGlyGlnPheLysGluLys435440445ValLeuGlyPheIleSerThrThrGlyGlnLysAlaGluThrLeuLys450455460ProAlaAlaThrSerValTrpAsnLysAlaGluGlnPheTrpAlaThr465470475480Tyr权利要求1.一种组合物，其特征在于，含有至少一种含8个或更多连续核苷酸的多聚核酸，该连续核苷酸选自至少一种下列HCV顺序—HCV3型基因组顺序，更具体地为任一下列区域；—跨HCV3a亚型的Core/E1区域的位置417-957的区域，—跨HCV3亚型的NS3区域的位置4664-4730的区域，—跨HCV3亚型的NS3/4区域的位置4892-5292的区域，—跨HCV3a亚型的NS5区域的位置8023-8235的区域，—HCV3c亚型基因组顺序，—HCV2d亚型基因组顺序，—HCV4型基因组顺序，—HCV5a亚型的编码区域，其中核苷酸编号对应于表1所示的HCV核酸的编号，而且该核酸在上述区域或其互补区域至少一个与已知的HCV多聚核酸顺序不同的核苷酸。2.一种如权利要求1所述的组合物，其特征在于，该多聚核酸对应于选自任一列HCV基因组顺序的核苷酸顺序—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27所示的任一顺序相比，在跨Core/E1区域的位置417至957的区域中的同源性大于67％，较佳大于69％，最佳大于71％或更多；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO19，21，23，25或27所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性大于65％，较佳大于67％，最佳大于69％或更多；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO147所示的任一顺序相比，在跨Core区域的位置1至378的区域中的同源性大于79％，较佳大于81％，最佳大于83％或更多；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27所示的任一顺序相比，在跨Core/E1区域的位置417至957的区域中的同源性大于74％，较佳大于76％，最佳大于78％或更多；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO13，15，17，19，21，23，25或27所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性大于74％，较佳大于76％，最佳大于78％或更多；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO29所示的任一顺序相比，在跨NS3区域的位置4664至4730的区域中的同源性大于73.5％，较佳大于74％，最佳大于75％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO29，31，33，35，37或39所示的任一顺序相比，在跨NS3/NS4区域的位置4892至5292的区域中的同源性大于70％，较佳大于72％，最佳大于74％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO5，7，1，3，9或11所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置8023至8235的区域中的同源性大于95％，较佳大于95.5％，最佳大于96％；—一个HCV3a型BR36亚群的HCV基因组顺序，其与SEQIDNO5，7，1，3，9或11所示的任一顺序相比，在跨NS5B区域的位置8023至8192的区域中的同源性大于96％，较佳大于96.5％，最佳大于97％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO149所示的任一顺序相比，在跨NS5B区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于79％，较佳大于81％，最佳大于83％。3.一种如权利要求1所述的组合物，其特征在于，该多聚核酸对应于选自任一下列HCV基因组顺序的核苷酸顺序—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO41，43，45，47，49，51，53或151所示的任一顺序相比，在跨Core区域的位置1至573的区域中的同源性大于85％，较佳大于86％，最佳大于87％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO41，43，45，47，49，51，53，153或155所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性大于61％，较佳大于63％，最佳大于65％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO55，57，197或199所示的任一顺序相比，在跨NS3区域的位置3856至4209的区域中的同源性大于76.5％，较佳大于77％，最佳大于78％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO157所示的任一顺序相比，在跨E1/E2区域的位置980至1179的区域中的同源性大于68％，较佳大于70％，最佳大于72％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO59或61所示的任一顺序相比，在跨NS4区域的位置4936至5296的区域中的同源性大于57％，较佳大于59％，最佳大于61％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO159或161所示的任一顺序相比，在跨NS5B区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于93％，较佳大于93.5％，最佳大于94％。4.一种如权利要求1所述的组合物，其特征在于，该多聚核酸对应于选自任一下列HCV基因组顺序的核苷酸顺序—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO118，120或122所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置574至957的区域中的同源性大于66％，较佳大于68％，最佳大于70％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO118，120或122所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于71％，较佳大于72％，最佳大于74％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO183，185或187所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于85％，较佳大于86％，最佳大于86.5％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO189所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于81％，较佳大于83％，最佳大于85％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO167或169所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于85％，较佳大于87％，最佳大于89％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO171或173所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于79％，较佳大于81％，最佳大于83％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO175所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于84％，较佳大于86％，最佳大于88％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO177所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于83％，较佳大于85％，最佳大于87％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO179所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于76％，较佳大于78％，最佳大于80％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO181所示的任一顺序相比，在跨E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于84％，较佳大于86％，最佳大于88％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO106，108，110，112，114或116所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于73％，较佳大于75％，最佳大于77％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO106，108，110或112所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于88％，较佳大于89％，最佳大于90％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO116或201所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于88％，较佳大于89％，最佳大于90％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO203所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于87％，较佳大于89％，最佳大于90％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO114所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于85％，较佳大于87％，最佳大于89％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO207所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于86％，较佳大于87％，最佳大于88％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO209所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于84％，较佳大于86％，最佳大于88％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO211所示的任一顺序相比，在跨NS5区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于81％，较佳大于83％，最佳大于85％。5.一种如权利要求1所述的组合物，其特征在于，该多聚核酸对应于选自任一下列HCV基因组顺序的核苷酸顺序—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO143所示的任一顺序相比，在跨Core/E1区域的位置379至957的区域中的同源性大于78％，较佳大于80％，最佳大于82％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO143所示的任一顺序相比，在跨Core/E1区域的位置574至957的区域中的同源性大于74％，较佳大于76％，最佳大于78％；—一个HCV基因组顺序，其与SEQIDNO145所示的任一顺序相比，在跨NS5B区域的位置7932至8271的区域中的同源性大于87％，较佳大于89％，最佳大于91％。6.一种如权利要求1-5所述的组合物，该多聚核酸能作为引物扩增某分离株的核酸，该分离株属于引物所来自的基因型。7.一种如权利要求1-5所述的组合物，其特征在于，该多聚核酸能作为杂交探针，用于某一含该核苷酸顺序的核酸的特异性检测和/或将其分类，其中该寡核苷酸可能被标记或附着于固相基质。8.一种如权利要求1-7所述的组合物的用途，即可在体外用于检测可能含HCV的生物样品中一种或多种HCV基因型的存在，更具体地检测具有如权利要求1-5中任一所述的核苷酸顺序的任何HCV基因型的核酸的存在，其特征在于，包括至少下列步骤(i)尽可能地抽提样品核酸，(ii)用至少一种如权利要求6的引物或任一其他的HCV2型，HCV3型，HCV4型，HCV5型，或通用HCV引物尽可能地扩增核酸，(iii)在适当条件下，尽可能在变性条件下，将杂交样品的核酸与一种或更多种如权利要求7所述且较佳附着于一固相基质的该探针杂交，其中该核酸可能在扩增中或扩增后被标记，(iv)在适当条件下洗涤，(v)检测形成的杂交物，(vi)根据观察到的杂交模式推断一种或多种HCV基因型的存在。9.一种组合物，其特征在于，含有至少一种在其顺序中含有HCV聚蛋白的至少5个连续氨基酸顺序的肽或多肽，该HCV聚蛋白由权利要求1-5中任一权利要求所述的任一多聚核酸编码。10.一种如权利要求9所述的组合物，其特征在于，该连续顺序在其顺序中含有至少一种下列氨基酸残基L7，Q43，M44，S60，R67，Q70，T71，A79，A87，N106，K115，A127，A190，S130，V134，G142，I144，E152，A157，V158，P165，S177或Y177，I178，V180或E180或F182，R184，I186，H187，T189，A190，S191或G191，Q192或L192或I192或V192或E192，N193或H193或P193，W194或Y194，H195，A197或I197或V197或T197，V202，I203或L203，Q208，A210，V212，F214，T216，R217或D217或E217或V217，H218或N218，H219或V219或L219，L227或I227，M231或E231或Q231，T232或D232或A232或K232，Q235或I235，A237或T237，I242，I246，S247，S248，V249，S250或Y250，I251或V251或M251或F251，D252，T254或V254，L255或V255，E256或A256，M258或F258或V258，A260或Q260或S260，A261，T264或Y264，M265，I266或A266，A267，G268或T268，F271或M271或V271，I277，M280或H280，I284或A284或L284，V274，V291，N292或S292，R293或I293或Y293，Q294或R294，L297或I297或Q297，A299或K299或Q299，N303或T303，T308或L308，T310或F310或A310或D310或V310，L313，G317或Q317，L333，S351，A358，A359，A363，S364，A366，T369，L373，F376，Q386，I387，S392，I399，F402，I403，R405，D454，A461，A463，T464，K484，Q500，E501，S521，K522，H524，N528，S531，S532，V534，F536，F537，M539，I546，C1282，A1283，H1310，V1312，Q1321，P1368，V1372，V1373，K1405，Q1406，S1409，A1424，A1429，C1435，S1436，S1456，H1496，A1504，D1510，D1529，I1543，N1567，D1556，N1567，M1572，Q1579，L1581，S1583，F1585，V1595，E1606或T1606，M1611，V1612或L1612，P1630，C1636，P1651，T1656或I1656，L1663，V1667，V1677，A1681，H1685，E1687，G1689，V1695，A1700，Q1704，Y1705，A1713，A1714或S1714，M1718，D1719，A1721或T1721，R1722，A1723或V1723，H1726或G1726，E1730，V1732，F1735，I1736，S1737，R1738，T1739，G1740，Q1741，K1742，Q1743，A1744，T1745，L1746，E1747或K1747，I1749，A1750，T1751或A1751，V1753，N1755，K1756，A1757，P1758，A1759，H1762，T1763，Y1764，P2645，A2647，K2650，K2653或L2653，S2664，N2673，F2680，K2681，L2686，H2692，Q2695或L2695或I2695，V2712，F2715，V2719或Q2719，T2722，T2724，S2725，R2726，G2729，Y2735，H2739，I2748，G2746或I2746，I2748，P2752或K2752，P2754或T2754，T2757或P2757，其中，该命名由用一字符表示氨基酸残基的一个字母，和根据Kato等人于1990年的编号法表示氨基酸号码的数字两部分组成，如表1所示。11.一种如权利要求9或10所述的组合物，其特征在于，该连续顺序选自任一下列HCV氨基酸顺序—一个顺序，其与SEQIDNO14，16，18，20，22，24，26或28所示的任一氨基酸顺序相比，在跨Core/E1区域的位置140至319的区域中的同源性大于72％，较佳大于74％，最佳大于77％；—一个顺序，其与SEQIDNO14，16，18，20，22，24，26或28所示的任一氨基酸顺序相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于70％，较佳大于72％，最佳大于75％；—一个顺序，其与SEQIDNO148所示的氨基酸顺序相比，在跨Core区域的位置1至110的区域中的同源性大于86％，较佳大于88％，最佳大于90％；—一个顺序，其与SEQIDNO30，32，34，36，38或40所示的任一氨基酸顺序相比，在跨NS3/NS4区域的位置1646至1746的区域中的同源性大于76％，较佳大于78％，最佳大于80％；—一个顺序，其与SEQIDNO14，16，18，20，22，24，26或28所示的任一氨基酸顺序相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于81.5％，较佳大于83％，最佳大于86％；—一个顺序，其与SEQIDNO150所示的任一氨基酸顺序相比，在跨NS5B区域的位置2645至2757的区域中的同源性大于86％，较佳大于88％，最佳大于90％。12.一种如权利要求9或10所述的组合物，其特征在于，该连续顺序选自任一下列HCV氨基酸顺序—一个顺序，其与SEQIDNO118，120，122所示的任一氨基酸顺序相比，在跨位置127至319的区域中的同源性大于80％，较佳大于82％，最佳大于84％；—一个顺序，其与SEQIDNO118，120或122所示的任一氨基酸顺序相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于73％，较佳大于75％，最佳大于78％；—一个顺序，其与SEQIDNO118，120或122所示的任一氨基酸顺序相比，在跨位置192至319的区域中的同源性大于85％，较佳大于86％，最佳大于87％。13.一种如权利要求9或10所述的组合物，其特征在于，该连续顺序选自任一下列HCV氨基酸顺序—一个顺序，其与SEQIDNO42，44，46，48，50，52，54或152所示的任一氨基酸顺序相比，在跨Core位置1至191的区域中的同源性大于93％，较佳大于94％，最佳大于95％；—一个顺序，其与SEQIDNO42，44，46，48，50，52，54或154或156所示的任一氨基酸顺序相比，在跨E1位置192至319的区域中的同源性大于73％，较佳大于74％，最佳大于76％；—一个顺序，其与SEQIDNO56或58所示的任一氨基酸顺序相比，在跨NS3位置1286至1403的区域中的同源性大于90％，较佳大于91％，最佳大于92％；—一个顺序，其与SEQIDNO60或62所示的任一氨基酸顺序相比，在跨NS3/4位置1646至1764的区域中的同源性大于66％，较佳大于68％，最佳大于70％。14.一种如权利要求9或10所述的组合物，其特征在于，该连续顺序选自任一下列HCV氨基酸顺序—一个顺序，其与SEQIDNO144所示的氨基酸顺序相比，在跨Core区域的位置1至319的区域中的同源性大于83％，较佳大于85％，最佳大于87％；—一个顺序，其与SEQIDNO144所示的氨基酸顺序相比，在跨E1区域的位置192至319的区域中的同源性大于79％，较佳大于81％，最佳大于84％；—一个顺序，其与SEQIDNO146所示的氨基酸顺序相比，在跨NS5B区域的位置2645至2757的区域中的同源性大于95％，较佳大于96％，最佳大于97％。15.一种如权利要求9-14所述的组合物，其特征在于，该顺序选自下列肽QPTGRSWGQ(SEQIDNO93)RSEGRTSWAQ(SEQIDNO220)RTEGRTSWAQ(SEQIDNO221)SRRQPIPRARRTEGRSWAQ(SEQIDNO268)LEWRNTSGLYVL(SEQIDNO83)VNYRNASGIYHI(SEQIDNO126)QHYRNISGIYHV(SEQIDNO127)EHYRNASGIYHI(SEQIDNO128)IHYRNASGIYHI(SEQIDNO224)VPYRNASGIYHV(SEQIDNO84)VNYRNASGIYHI(SEQIDNO225)VNYRNASGVYHI(SEQIDNO226)VNYHNTSGIYHL(SEQIDNO227)QHYRNASGIYHV(SEQIDNO228)QHYRNVSGIYHV(SEQIDNO229)IHYRNASDGYYI(SEQIDNO230)LQVKNTSSSYMV(SEQIDNO231)VYEADDVILHT(SEQIDNO85)VYETEHHILHL(SEQIDNO129)VYEADHHIMHL(SEQIDNO130)VYETDHHILHL(SEQIDNO131)VYEADNLILHA(SEQIDNO86)VWQLRAIVLHV(SEQIDNO232)VYEADYHILHL(SEQIDNO233)VYETDNHILHL(SEQIDNO234)VYETENHILHL(SEQIDNO235)VFETVHHILHL(SEQIDNO236)VFETEHHILHL(SEQIDNO237)VFETDHHIMHL(SEQIDNO238)VYETENHILHL(SEQIDNO239)VYEADALILHA(SEQIDNO240)VQDGNTSTCWTPV(SEQIDNO87)VQDGNTSACWTPV(SEQIDNO241)VRVGNQSRCWVAL(SEQIDNO132)VRTGNTSRCWVPL(SEQIDNO133)VRAGNVSRCWTPV(SEQIDNO134)EEKGNISRCWIPV(SEQIDNO242)VKTGNQSRCWVAL(SEQIDNO243)VRTGNQSRCWVAL(SEQIDNO244)VKTGNQSRCWIAL(SEQIDNO245)VKTGNVSRCWIPL(SEQIDNO247)VKTGNVSRCWISL(SEQIDNO248)VRKDNVSRCWVQI(SEQIDNO249)VRYVGATTAS(SEQIDNO89)APYIGAPLES(SEQIDNO135)APYVGAPLES(SEQIDNO136)AVSMDAPLES(SEQIDNO137)APSLGAVTAP(SEQIDNO90)APSFGAVTAP(SEQIDNO250)VSQPGALTKG(SEQIDNO251)VKYVGATTAS(SEQIDNO252)APYIGAPVES(SEQIDNO253)AQHLNAPLES(SEQIDNO254)SPYVGAPLEP(SEQIDNO255)SPYAGAPLEP(SEQIDNO256)APYLGAPLEP(SEQIDNO257)APYLGAPLES(SEQIDNO258)APYVGAPLES(SEQIDNO259)VPYLGAPLTS(SEQIDNO260)APHLRAPLSS(SEQIDNO261)APYLGAPLTS(SEQIDNO262)RPRRHQTVQT(SEQIDNO91)QPRRHWTTQD(SEQIDNO138)RPRRHWTTQD(SEQIDNO139)RPRQHATVQN(SEQIDNO92)RPRQHATVQD(SEQIDNO263)SPQHHKFVQD(SEQIDNO264)RPRRLWTTQE(SEQIDNO265)PPRIHETTQD(SEQIDNO266)TISYANGSGPSDDK(SEQIDNO267)16.一种重组载体，特别是用于克隆和/或表达的，其中该重组载体含有一个载体顺序，一个合适的原核、真核或病毒启动子顺序，后面跟着如权利要求1-5所定义的核苷酸顺序，当以裸DNA形式注入该重组载体时，能在原核或真核宿主中或活哺乳动物中表达按权利要求9-15任一项所述的HCV2型和/或HCV3型和/或HCV4型和/或5型衍生物多肽，而且更具体地，重组载体能表达任何下列HCV2型、HCV3型、4型或5型的跨下列氨基酸位置的多肽—对于核心蛋白的表达，从位置1开始并在位置70和326之间的区域的任一位置上终止的多肽，更具体地，多肽位置1-70、1-85、1-120、1-150、1-191、1-200，对于表达核心和E1蛋心，多肽跨位置1-263、1-326；—对于表达E1，从位置117和192之间区域中任一位置开始并终止于位置263和326之间区域任一位置，特别是从位置119-326的多肽，或具有被认为膜锚缺失的形式(位置264至293±8个氨基酸)；—对于表达NS4区域，多肽从位置1556和1688之间区域中任一位置开始，并终止于位置1739和1764之间任一位置，更具体地，对于表达NS4a抗原，多肽从1658开始并终止于1711，更具体地，对于表达NS4b蛋白或其部分，多肽位置从1712开始并终止于位置1743和1972之间，比如1712-1743，1712-1764，1712-1782，1712-1972，1712-1782和1902-1972。17.按权利要求9-15中任一项所述的组合物，其中所述多肽为用权利要求16所限定的表达载体所表达的重组多肽。18.按权利要求9-15中任一项所述的组合物，用于免疫哺乳动物，较佳为人，抗HCV，包括施用可能伴有药学上可接受的佐剂的足够量的组合物以产生免疫反应，更特别地是包括来自E1、核心、或NS4区域和/或4型和/或5型和/或2型多肽的HCV3型多肽的疫苗组合物。19.用按权利要求18的方法，用按权利要求9-15、17或18之一的组合物进行免疫反应产生的抗体，所述抗体与权利要求9-15、17或18之一所限定的多肽中的任一种发生反应。20.在体外实验中检测有含HCV倾向的生物样品中存在的HCV的方法，其特征在于至少包括以下步骤(i)在能使免疫复合物形成的合适条件下，将待分析HCV抗体存在的生物样品与最好为固定化形式的按权利要求9-15、17和18所述任何组合物接触，其中所述多肽较好为生物素酰多肽的形式，并且是通过抗生蛋白链菌素或抗生物素蛋白复合物共价结合于固相基质上的；(ii)除去未结合成分；(iii)培养用异源抗体形成的免疫复合物，该免疫复合物特异性地与待分析样品中存在的抗体结合，所述异源抗体已与在适当条件下可检出的标记物相结合；(iv)用肉眼或光密度测定法检测该免疫复合物的存在并从观察到的杂交模式推断所存在的HCV血清型。21.按权利要求9-15、17或18的组合物在血清型检测中检出有含HCV倾向的生物样品中存在的一种或一种以上HCV血清学类型，更特别地合在一个检测试验中检出待测的E1和NS4抗原或不同类型的抗体的用途，该用法至少包括以下步骤(i)在能使免疫复合物形成的合适条件下，将待分析HCV抗体或一种或一种以上血清型抗原存在的生物样品与固定化形式的权利要求9-15、17或18所述组合物中至少一种接触，其中所述多肽较好为生物素酰多肽形式，并通过抗生蛋白链菌素或抗生物素蛋白复合物共价结合于固相基质上；(ii)除去未结合成分；(iii)培养用异源抗体形成的免疫复合物，该免设复合物特异性地与待分析样品中存在的抗体结合，所述异源抗体与在适当条件下可检出的标记物相结合；(iv)用肉眼或光密度测定法检测所述免疫复合物的存在并从观察到的结合模式推断所存在的HCV血清型。22.用于测定存在于有含HCV基因型倾向的生物样品中的如权利要求1的任一项所定义的HCV基因型的试剂盒，其特征在于包括—含选自权利要求6中所定义的引物或任何其他HCV2型和/或HCV3型和/或HCV4型、和/或HCV5型的任何一种引物，或通用的HCV引物的可能至少一种引物组合物；—至少一种按权利要求7所述的探针组合物，较好地是与HCV1型、2型或其他HCV型的其他多肽或肽联用，所述探针以固定化在固相基质上为佳，更佳地为固定化在一种同样的膜条上；—一种缓冲液，或产生缓冲作用，使这些探针和可能扩增的产物之间的杂交反应能进行所必需的成分；—检测从上述杂交反应产生的杂交体的方法；—可能还包括用于从观察到的杂交模式推断存在于样品中的HCV基因型的自动扫描和阐明装置。23.用于测定存在于有含HCV抗体倾向的生物样品中的如权利要求9-15、17或18中任一项所述HCV抗体的试剂盒，其特征在于包括—按权利要求9-15、17或18中任一项所述的至少一种多肽组合物，所述多肽以固定化在固相基质上为佳，更佳地为固定化在一种同样的膜条上；—一种缓冲液，或产生缓冲作用，使这些多肽和存在于生物样品中的抗HCV抗体发生结合反应所必需的成分；—检测从上述结合反应产生的免疫复合物的方法；—可能还包括用于从观察到的结合模式推断存在于样品中的HCV基因型的自动扫描和阐明装置。全文摘要本发明涉及一种多聚核酸组合物，它含有至少一种含一个或更多连续核苷酸的多聚核酸，该连续核苷酸对应于新的HCV的核苷酸顺序。文档编号C12N15/41GK1108030SQ9419023公开日1995年9月6日申请日期1994年4月27日优先权日1993年4月27日发明者梅尔腾斯·吉尔特,施特伊弗·利埃万申请人:N·V·印诺吉耐迪克斯股份有限公司