专利名称：用于产生糖蛋白的宿主细胞的选择和用途的制作方法
用于产生糖蛋白的宿主细胞的选择和用途本申请要求于2010年4月7日提交的美国申请序列号61/321，863的优先权。先前申请的披露内容被视为本申请的披露内容的一部分(并且通过引用结合在此)。本发明是针对选择用于产生糖蛋白的宿主细胞的方法、宿主细胞以及其他相关的方法、细胞和糖蛋白。
背景技术：
一种典型的糖蛋白产品就复杂性而言实质上不同于一种典型的小分子药物。附接至一种糖蛋白的氨基酸主链上的糖结构在可以在结构上以许多方式而变化，这些许多方式包括序列、分支、糖含量以及非均匀性。因此，糖蛋白产品可以是具有许多结构多样分子的复杂的非均匀混合物，这些结构多样分子自身具有复杂的聚糖结构。糖基化作用不仅增加了分子的结构复杂性，而且影响或调节了糖蛋白的许多生物和临床属性。
发明概述在蛋白质上的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物、聚糖组分)的出现是许多因素的极其复杂的相互作用的结果。在此描述的方法部分地依赖于在从选择的细胞群体制成的蛋白质上的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物、聚糖组分)的特性的多重观察分析(multi-observational analysis)。这些方法允许按照不同的细胞群体对其制造的蛋白质赋予复杂的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物、聚糖组分)的能力而比较它们的能力。细胞群体质量属性概况提供了在细胞群体之间(甚至是对于十分相似的细胞系)的令人惊讶地强大的区别。因此，在此描述的这些方法可以用来选择一种适当的宿主细胞以用于产生靶糖蛋白(例如，用于产生一种市售的生物治疗糖蛋白的生物仿制或生物再造产品)，例如，在此描述的方法可以用来鉴定和/或选择一种宿主细胞以用于产生生物仿制或生物再造产品，该生物仿制或生物再造产品最佳地匹配了其中产生该市售的生物治疗糖蛋白的宿主细胞的糖基化特性，例如，在其中产生该市售的生物治疗糖蛋白的宿主细胞群体并不为生物仿制或生物再造产品的制造者所知的情况下。在多个方面，使用在此描述的方法选择了用于产生一种靶糖蛋白的适当的宿主细胞群体。在一方面，本发明的特点为一种制造具有选择的翻译后修饰(例如，选择的糖结构、聚糖补充物、聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的糖蛋白或提供或选择一个细胞群体(例如CHO细胞群体)例如以用于制造具有选择的翻译后修饰(例如，选择的糖结构、聚糖补充物、聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的糖蛋白的方法。该方法包括(a)直接或间接获得用于产生所述糖蛋白的一个细胞群体的个性特征，其中该个性特征是通过在此描述的一种方法而获得或确定的，例如，通过(i)针对第一细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为翻译后修饰的一个值，该值是多个区别观察值(例如，多个不同基因的表达水平，或多个不同的糖结构、聚糖结构、聚糖组分或它们的组合的表达水平)的函数，由此为所述第一细胞群体提
供一组值；(ii)针对第二细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为翻译后修饰的一个值，该值是多个区别观察值(例如，多个不同基因的表达水平，或多个不同的糖结构、聚糖结构、聚糖组分或它们的组合的表达水平)的函数，由此为所述第二细胞群体提
供一组值；(iii)将针对选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物、聚糖组分或它们的组合)的一个值与针对所述第一细胞群体的该组值和针对所述第二细胞群体的该组值进行比较；并且(iv)响应于所述比较，选择所述第一或第二细胞群体。在一个实施方案中，该方法是一种提供或选择一个细胞群体(例如CHO细胞群体)例如以用于制造具有选择的翻译后修饰(例如，选择的糖结构、聚糖补充物、聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的糖蛋白的方法，并且该方法进一步包括(b)培养所述选择的细胞群体。在一个实施方案中，该方法是一种制造具有选择的翻译后修饰(例如，选择的糖结 构、聚糖补充物、聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的糖蛋白的方法，并且该方法进一步包括(b)在所述选择的细胞群体中制造具有选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物或聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的糖蛋白。在一个实施方案中，该方法可以进一步包括在步骤(b)之前，对所鉴定的细胞群体进行基因修饰以便表达所述糖蛋白，例如，将编码全部或部分的所述糖蛋白的核酸引入所述鉴定的细胞群体之中。在一个实施方案中，获得了针对多个，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10个细胞群体
的一组值。在一个实施方案中，在所述多个细胞群体中的所述细胞群体各自来自相同的种类、组织以及细胞类型，尽管在多个实施方案中这些细胞群体可能因天然获得的或有意诱发的突变而有所不同。在一些实施方案中，在所述多个细胞群体中的细胞群体各自源于不同的细胞系。在一个实施方案中，在所述多个细胞群体中的细胞群体各自源于特定细胞系的不同的单细胞克隆。在一个实施方案中，在所述多个细胞群体中的所述细胞群体各自是一个紧密相关的细胞群体。在一个实施方案中，这些细胞群体中的每个细胞群体共享一种共同的祖先细胞，其中该祖先细胞并不是生物的一部分，例如，该祖先细胞是一种培养细胞或一种细胞系的生成细胞(founder cell)。典型地，该共同的祖先细胞是已经从多细胞生物(例如，昆虫或动物，例如，哺乳动物或灵长类)中去除的一种细胞，例如，培养细胞，作为共同的祖先细胞，不包括自其取得该共同的祖先细胞的动物或动物祖先的前体细胞。在一个实施方案中，细胞群体各自源于一种共同的祖先细胞，并且多个细胞群体中的细胞群体没有任何一个具有以下的有意诱发的突变，即该突变使编码合成、附接或修饰一种聚糖的蛋白质的基因失活。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体各自源于一个共同的祖先细胞，并且多个细胞群体中的细胞群体没有任何一个具有在编码一种蛋白质的基因中的有意诱发的失活突变，该蛋白质选自糖基转移酶(例如，MGATl (GlcNAc Tl)、α甘露糖苷酶II、ΙΙχ、α甘露糖苷酶IB、α甘露糖苷酶IA、FucTl_9、葡糖苷酶(例如，GCS1、GANAB)、一种针对生物合成或定位或转运的前体、GNE (例如，葡萄糖胺(UDP-N-乙酰基)-2-表异构酶/N-乙酰甘露糖胺)、高尔基体m)P磷酸酶、UDP-GlcNAc转运蛋白、UAP-I (UDP-N-乙酰己糖胺焦磷酸化酶)、PGM-3-葡萄糖磷酸变位酶3、NAGK-N-乙酰基-D-葡糖胺激酶、GNPNATI-磷酸葡萄糖胺-N-乙酰转移酶I、UGP-2-UDP-葡萄糖焦磷酸化酶2、UGDH-UDP-葡萄糖6-脱氢酶GAlK-I-半乳糖激酶-UPGM-I-葡萄糖磷酸变位酶-I、GCK-葡萄糖激酶)，该蛋白质是改变例如伴侣蛋白(BiP、SNARE、cpn、hsp)、EDEM (ER降解性甘露糖苷酶样蛋白)、MANEA、以及甘露糖受体通过ER和高尔基体(golgi )的定位或运输的靶标。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体各自源于一个共同的祖先细胞，并且多个细胞群体中的细胞群体没有任何一个具有以下的有意诱发的失活突变，即该突变调节一种聚糖代谢物(例如，在此描述的代谢物)的水平。在一个实施方案中，这些细胞群体不是源于Pro-5细胞系。在一个实施方案中，细胞群体未被修饰成(例如，未化学诱变成)对凝集素是抗性的。在一个实施方案中，所选择的翻译后修饰是一种选择的聚糖补充物或聚糖组分。
在一个实施方案中，糖蛋白是一种治疗性生物产品，例如，治疗性抗体、Fe-受体融合物、激素、细胞因子。在一个实施方案中，糖蛋白是一种市售的治疗性生物产品的生物仿制或生物再造型式。在一个实施方案中，对于每个细胞群体的观察值包括对基因的表达水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个观察值。在一个实施方案中，对于每个细胞群体的观察值包括关于聚糖代谢物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个观察值。在一个实施方案中，该方法(例如(i)至(iv))包括(i)针对多个细胞群体中的每个细胞群体，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况(一个概况)，其中一个答案表示为翻译后修饰并且是对于多个观察值的一个操作产物，所述获得的概况形成多个区别概况；(ii)获得一种选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物、聚糖组分或它们的组合)的个性特征；(iii)将所获得的概况与在(ii)中所获得的个性特征进行比较；(iv)响应于比较(例如，当所获得的概况和在(ii)中所获得的个性特征显示出彼此具有预选关系时，例如，前者包括后者)而选择该多个细胞群体之一以用于产生主题糖蛋白；选择或提供该细胞群体以制造所述糖蛋白和/或在所述选择的细胞群体中制造具有所选择的翻译后修饰(例如，糖结构)的所述糖蛋白。在一些实施方案中，该方法进一步包括将编码所有或部分的所述糖蛋白的核酸引入所述鉴定的细胞群体之中。在一个实施方案中，所述细胞群体的个性特征是直接获得的。在一个实施方案中，所述细胞群体的个性特征是间接获得的。在一个实施方案中，一个答案的维度小于观察值数目的维度。在一个实施方案中，该方法包括相比于观察值数目降低该答案的维度的一种操作。在一个实施方案中，该比较与答案’ 一起作出，其中答案’相比于该答案具有至少少一个的维度。在一个实施方案中，该方法包括相比于一个答案降低答案’的维度的一种操作。在一些实施方案中，一个基础观察值表示为聚糖结构、糖结构、聚糖组分或聚糖补充物。这样一个实施方案可以具有以下特性中的一种或多种在所述获得的概况中的答案是基于第一和第二观察值并且所述第一观察值是第一翻译后修饰(例如，聚糖结构、糖结构、聚糖组分或聚糖补充物)的水平，而第二观察值是第二翻译后修饰(例如，聚糖结构、糖结构、聚糖组分或聚糖补充物)的水平；该比较包括将所选择的翻译后修饰(例如，糖结构)与所述多个概况的维度表示进行比较，其中在每个维度中的轴代表糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的一个不同方面，例如，其中针对第一维度的轴代表聚糖A的水平并且针对第二维度的轴代表聚糖B的水平。在一些实施方案中，一个基础观察值不表不为聚糖结构而是(例如)表不为一个或多个基因的表达水平。在这样的实施方案中，该操作不仅给出一个答案而且表述出就聚糖结构而言的该答案。这样一个实施方案可以具有以下特性中的一种或多种·在所述获得的概况中的答案是基于第一和第二观察值并且所述第一和第二观察值中的至少一个不是表示为翻译后结构(例如，糖结构)，而是表示为与翻译后结构(例如，糖结构)相关的一个参数，并且该操作提供了表示为翻译后结构(例如，糖结构、聚糖补充物或聚糖组分)的一个答案；在所述获得的概况中的答案是基于第一和第二观察值并且所述第一观察值是第一代谢物的水平，而第二观察值是第二代谢物的水平；比较包括将针对所选择的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的答案与所述多个所获得的区别概况的η维度描绘进行比较，其中每个维度中的轴与糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的一个不同方面相关，例如，其中针对第一维度的轴与聚糖A的水平相关并且针对第二维度的轴与聚糖B的水平相关。该方法需要“获得”步骤，例如，获得一个概况或获得一个选择的翻译后修饰的个性特征。获得该方法可以包括许多要素中的一个。在一个实施方案中，获得一个值包括使样品经受一个过程，该过程导致该样品或另一种物质(例如，在分析中使用的分析纯试剂或装置)中的物理变化。这样的方法包括分析方法，例如，包括以下各项中的一个或多个的一种方法，即使一种物质(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)与另一种物质分离；将一种分析物或其片段或其他衍生物与另一种物质(例如，缓冲剂、溶剂或反应物)合并；或者改变一种分析物或其片段或其他衍生物的结构，例如通过断裂或形成在该分析物或一种试剂的第一与第二原子之间的共价或非共价键。在其他实施方案中，例如在方法包括产生糖蛋白、或培养细胞、收获糖蛋白或纯化糖蛋白，或者导致方法中所使用的一个实体(例如，细胞、糖蛋白或试剂)的转化的另一个步骤的实施方案中，该获得步骤可能是在没有这样的转化的情况下可以(例如)通过检查、t匕较或从另一方接收信息而产生的一个步骤。在一个实施方案中，获得一个概况包括进行化学或物理分析以便确定该概况。在一个实施方案中，获得一个概况包括从另一方接收关于该概况的信息。在一个实施方案中，获得一个翻译后修饰的个性特征包括进行化学或物理分析以便确定该个性特征。在一个实施方案中，获得一个翻译后修饰的个性特征包括从一种药物的说明中(例如，从包装说明书中)选择该个性特征。
在一个实施方案中，获得一个翻译后修饰的个性特征包括从一个列表或表格中选择该个性特征。在一个实施方案中，获得一个翻译后修饰的个性特征包括从另一方接收关于该翻译后修饰的个性特征的信息。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为聚糖结构。在一个实施方案中，一个观察值的水平是4，4, 1,0,0.在一个实施方案中，一个观察值是4，4，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，1，2，O的水平。 在一个实施方案中，一个观察值是5，5，I, O, O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, O, O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, I, O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, 3，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，6，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，6，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，3，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，4，O的水平。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为不同于聚糖结构、聚糖补充物或聚糖组分。在一个实施方案中，一个观察值是基因表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是糖基转移酶表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是代谢物水平。在一个实施方案中，一个观察值是UMP水平。在一个实施方案中，一个观察值是GTP水平。在一个实施方案中，一个观察值是UDP-Gal水平。在一个实施方案中，一个观察值是⑶P-Fuc水平。如在此的别处所论述，在此描述的方法可以与一系列细胞群体(例如，来自一个亲本细胞系的不同细胞株或来自一个亲本细胞株的不同分离物)一起使用。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是CHO细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是CHO Kl细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是CHO S细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是DG44细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是DHFR(_)细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是CHO GS细胞系。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的操作适合于在这些方法中使用。
在一个实施方案中，该操作是多个观察值的算法组合。在一个实施方案中，该操作是针对多个观察值的一个模型的拟合。在一个实施方案中，该模型是线性模型。在一个实施方案中，该操作包括使对于源于信息源(例如，列表、表格或数据库，例如，公众可获取的数据库)的观察值的多个值有关(例如，相关、关联或相等同)。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的答案适合在这些方法中使用。在一个实施方案中，该答案是在多个基因的表达水平上的一个操作产物，例如，其中该多个基因中的至少一个编码形成所选择的翻译后修饰的一种蛋白质；该多个基因中的至少一个编码降低所选择的翻译后修饰的水平的一种蛋白质；该答案是在ST3GAL3和·ST3GAL4水平上的操作产物。在另一方面，本发明的特点为一种从相同细胞类型的多个分离物(例如，来自CHO细胞群体的分离物)提供或选择一个细胞群体以用于制造具有选择的翻译后修饰(例如，选择的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的糖蛋白的方法。该方法包括(a)获得一个选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物、聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的个性特征；(b)例如通过使用在此描述的方法，获得一个评估，即所述细胞类型的所述多个分离物各自产生所述选择的翻译后修饰的能力，(C)从所述多个分离物选择一个分离物，(d)任选地培养所述选择的细胞群体；从而提供一个细胞群体。在一个实施方案中，该方法进一步包括(b)培养所述选择的细胞群体。在一个实施方案中，该方法进一步包括(b)在所述选择的细胞群体中制造具有选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物或聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的一种糖蛋白。在一个实施方案中，该方法可以进一步包括在步骤(b)之前，对所鉴定的细胞群体进行基因修饰以表达所述糖蛋白，例如，将编码所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鉴定的细胞群体之中。在一个实施方案中，获得了针对多个，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10个细胞群体
的一组值。在一个实施方案中，在所述多个细胞群体中的所述细胞群体各自来自相同的种类、组织以及细胞类型，尽管在多个实施方案中这些细胞群体可能因天然获得的或有意诱发的突变而有所不同。在一些实施方案中，在所述多个细胞群体中的细胞群体各自源于不同的细胞系、不同的细胞株或不同的克隆。在一个实施方案中，在所述多个细胞群体中的细胞群体各自源于特定细胞系的不同的单细胞克隆。在一个实施方案中，在所述多个细胞群体中的所述细胞群体各自是一个紧密相关的细胞群体。
在一个实施方案中，细胞群体中的每个细胞群体共享一种共同的祖先细胞，其中该祖先细胞并不是生物的一部分，例如，该祖先细胞是一种培养细胞或一种细胞系的生成细胞。典型地，该共同的祖先细胞是已经从多细胞生物(例如，昆虫或动物，例如，哺乳动物或灵长类)中去除的一种细胞，例如，培养细胞，作为共同的祖先细胞，不包括自其取得该共同的祖先细胞的动物或动物祖先的前体细胞。在一个实施方案中，细胞群体各自源于一种共同的祖先细胞，并且多个细胞群体中的细胞群体没有任何一个具有以下的有意诱发的突变，即该突变使编码合成、附接或修饰一种聚糖的蛋白质的基因失活。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体各自源于一个种共同的祖先细胞，并且多个细胞群体中的细胞群体没有任何一个具有在编码一种蛋白质的基因中的有意诱发的失活突变，该蛋白质选自糖基转移酶(例如，MGATl (GlcNAcTl)、α甘露糖苷酶II、ΙΙχ, α甘露糖苷酶IB、α甘露糖苷酶IA、FucTl-9、葡糖苷酶(例如，GCSU GANAB)、针对生物合成或定位或转运的前体、GNE (例如，葡萄糖胺(UDP-N-乙酰基)-2_表异构酶/N-乙酰甘露糖胺)、高尔基体UDP磷酸酶、UDP-GlcNAc转运蛋白、UAP-I(UDP-N-乙酰己糖胺焦磷酸化酶)、PGM-3-葡萄糖磷酸变位酶3、NAGK-N-乙酰基-D-葡糖 胺激酶、GNPNATI-磷酸葡萄糖胺-N-乙酰基转移酶I、UGP-2-UDP-葡萄糖焦磷酸化酶2、UGDH-UDP-葡萄糖6-脱氢酶GAlK-I-半乳糖激酶-I、PGM_1_葡萄糖磷酸变位酶-I、GCK_葡糖激酶)，该蛋白质是改变例如，伴侣蛋白(BiP、SNARE、cpn、hsp)、EDEM (ER降解性甘露糖苷酶样蛋白)、MANEA、甘露糖受体通过ER和高尔基体的定位或运输的靶标。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体各自源于一种共同的祖先细胞，并且多个细胞群体中的细胞群体没有任何一个具有以下的有意诱发的失活突变，即该突变调节一种聚糖代谢物(例如，在此描述的代谢物)的水平。在一个实施方案中，这些细胞群体不是源于Pro-5细胞系。在一个实施方案中，这些细胞群体未被修饰成(例如，未化学诱变成)对凝集素是抗性的。在一个实施方案中，所选择的翻译后修饰是一种选择的聚糖补充物或聚糖组分。在一个实施方案中，糖蛋白是一种治疗性生物产品，例如，治疗性抗体、Fe-受体融合物、激素、细胞因子。在一个实施方案中，糖蛋白是一种市售的治疗性生物产品的生物仿制或生物再造型式。在一个实施方案中,对于每个细胞群体的观察值包括对基因的表达水平的至少2、
3、4、5、6、7、8、9、10或更多个观察值。在一个实施方案中，对于每个细胞群体的观察值包括关于聚糖代谢物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个观察值。在一个实施方案中，该方法(例如⑴至(iv))包括(i)针对多个细胞群体中的每个细胞群体，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况(一个概况)，其中一个答案表示为翻译后修饰并且是对于多个观察值的一个操作产物，所述获得的概况形成多个区别概况；(ii)获得一个选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物、聚糖组分)的个性特征；(iii)将所获得的概况与在(ii)中所获得的个性特征进行比较；(iv)响应于比较(例如，当所获得的概况和在(ii)中所获得的个性特征显示出彼此具有预选关系时，例如，前者包括后者)而选择该多个细胞群体之一以用于产生主题糖蛋白；选择或提供该细胞群体以制造所述糖蛋白和/或在所述选择的细胞群体中制造具有所选择的翻译后修饰(例如，糖结构)的所述糖蛋白。在一些实施方案中，该方法进一步包括对所鉴定的细胞群体进行基因修饰以表达所述糖蛋白，例如，将编码所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鉴定的细胞群体之中。在一个实施方案中，所述细胞群体的个性特征是直接获得的。在一个实施方案中，所述细胞群体的个性特征是间接获得的。在一个实施方案中，一个答案的维度小于观察值数目的维度。在一个实施方案中，该方法包括相比于观察值数目降低该答案的维度的一种操作。在一个实施方案中，比较与答案’ 一起作出，其中答案’相比于该答案具有至少少一个的维度。 在一个实施方案中，该方法包括相比于一个答案降低答案’的维度的一种操作。在一些实施方案中，一个基础观察值表示为聚糖结构、糖结构、聚糖组分或聚糖补充物。这种实施方案可以具有以下特性中的一种或多种在所述获得的概况中的答案是基于第一和第二观察值并且所述第一观察值是第一翻译后修饰(例如，聚糖结构、糖结构、聚糖组分或聚糖补充物)的水平，而第二观察值是第二翻译后修饰(例如，聚糖结构、糖结构、聚糖组分或聚糖补充物)的水平；该比较包括将所选择的翻译后修饰(例如，糖结构)与所述多个概况的维度表示进行比较，其中在每个维度中的轴代表糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的一个不同方面，例如，其中针对第一维度的轴代表聚糖A的水平并且针对第二维度的轴代表聚糖B的水平。在一些实施方案中，一个基础观察值不表不为聚糖结构而是(例如)表不为一个或多个基因的表达水平。在这样的实施方案中，该操作不仅给出一个答案而且表述出就聚糖结构而言的答案。这样一个实施方案可以具有以下特性中的一种或多种在所述获得的概况中的答案是基于第一和第二观察值并且所述第一和第二观察值中的至少一个不表示为翻译后结构(例如，糖结构)，而是表示为与翻译后结构(例如，糖结构)相关的一个参数，并且该操作提供了表示为翻译后结构(例如，糖结构、聚糖补充物或聚糖组分)的一个答案；在所述获得的概况中的答案是基于第一和第二观察值并且所述第一观察值是第一代谢物的水平，而第二观察值是第二代谢物的水平；比较包括将针对所选择的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的答案与所述多个所获得的区别概况的η维度描绘进行比较，其中每个维度中的轴与糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的一个不同方面相关，例如，其中针对第一维度的轴与聚糖A的水平相关并且针对第二维度的轴与聚糖B的水平相关。该方法需要“获得”步骤，例如，获得一个概况或获得一个选择的翻译后修饰的个性特征。获得该方法可以包括许多要素中的一个。在一个实施方案中，获得一个值包括使样品经受一个过程，该过程导致该样品或另一种物质(例如，在分析中使用的分析纯试剂或装置)中的物理变化。这样的方法包括分析方法，例如，包括以下各项中一个或多个的一种方法，即使一种物质(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)与另一种物质分离；将一种分析物或其片段或其他衍生物与另一种物质(例如，缓冲剂、溶剂或反应物)合并；或者改变一种分析物或其片段或其他衍生物的结构，例如通过断裂或形成在该分析物或一种试剂的第一与第二原子之间的共价或非共价键。在其他实施方案中，例如在方法包括产生糖蛋白、或培养细胞、收获糖蛋白或纯化糖蛋白，或者导致方法中所使用的一个实体(例如，细胞、糖蛋白或试剂)的转化的另一个步骤的实施方案中，该获得步骤可能是在没有这种转化的情况下可以(例如)通过检查、比较或从另一方接收信息而产生的一个步骤。在一个实施方案中，获得一个概况包括进行化学或物理分析以便确定该概况。在一个实施方案中，获得一个概况包括从另一方接收关于该概况的信息。在一个实施方案中，获得一个翻译后修饰的个性特征包括进行化学或物理分析以便确定该个性特征。 在一个实施方案中，获得一个翻译后修饰的个性特征包括从一种药物的说明中(例如，从包装说明书中)选择该个性特征。在一个实施方案中，获得一个翻译后修饰的个性特征包括从一个列表或表格中选择该个性特征。在一个实施方案中，获得一个翻译后修饰的个性特征包括从另一方接收关于该翻译后修饰的个性特征的信息。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为聚糖结构。在一个实施方案中，一个观察值是4，4，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，4，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，5，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，1，3，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，6，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，6，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，3，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，4，O的水平。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为不同于聚糖结构、聚糖补充物或聚糖组分。在一个实施方案中，一个观察值是基因表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是糖基转移酶表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是代谢物水平。
在一个实施方案中，一个观察值是UMP水平。在一个实施方案中，一个观察值是GTP水平。在一个实施方案中，一个观察值是UDP-Gal水平。在一个实施方案中，一个观察值是⑶P-Fuc水平。如在此的别处所论述，在此描述的方法可以与一系列细胞群体(例如，来自一个亲本细胞系的不同细胞株或来自一个亲本细胞株的不同分离物)一起使用。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是CHO细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是CHO Kl细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是CHO S细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是DG44细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是DHFR(_)细胞系。在一个实施方案中，多个细胞群体中的细胞群体之一是CHO GS细胞系。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的操作适合在这些方法中使用。在一个实施方案中，该操作是多个观察值的算法组合。在一个实施方案中，该操作是针对多个观察值的一个模型的拟合。·在一个实施方案中，该模型是线性模型。在一个实施方案中，该操作包括使对于源于信息源(例如，列表、表格或数据库，例如，可公用的数据库)的观察值的多个值有关(例如，相关、关联或相等同)。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的答案适合在这些方法中使用。在一个实施方案中，该答案是在多个基因的表达水平上的一个操作产物，例如，其中该多个基因中的至少一个编码形成所选择的翻译后修饰的一种蛋白质；该多个基因中的至少一个编码降低所选择的翻译后修饰的水平的一种蛋白质；该答案是在ST3GAL3和ST3GAL4水平上的一个操作产物。在另一方面，本发明的特点为一种选择或评估一种细胞(例如)以用于制造具有一个选择的翻译后修饰的糖蛋白的方法。该方法包括(a)直接或间接获得用于产生所述糖蛋白的一个细胞群体的个性特征，其中该个性特征是通过以下各项来确定的，即(i)针对第一细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为翻译后修饰的一个值，该值是多个区别观察值(例如，多个不同基因的表达水平，或例如具有选择的聚糖结构的多个不同的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的表达水平)的函数，由此为所述第一细胞群体提供一组值；(ii)针对第二细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为翻译后修饰的一个值，该值是多个区别观察值的函数，由此为所述第二细胞群体提供一组值；(iii)将针对选择的翻译后修饰(例如,糖结构、聚糖补充物或聚糖组分,例如具有选择的聚糖结构)的一个值与针对所述第一细胞群体的该组值和针对所述第二细胞群体的该组值进行比较；并且(iv)响应于所述比较而选择所述第一或第二细胞群体；从而选择或评估所述细胞，其中(I)步骤(i和/或ii)包括培育一个细胞群体、进行化学或物理分析以提供一个答案，例如，进行化学或物理分析以提供一个观察值。在一个实施方案中，该方法(例如⑴至(iv))包括(i)针对多个细胞群体中的每个细胞群体，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况，其中一个答案表示为翻译后修饰并且是对于多个观察值的一个操作产物，所述获得的概况形成多个区别概况；(ii)获得一个选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物、聚糖组分)的个性特征；(iii)将所获得的概况与在(b)中所获得的个性特征进行比较；(iv)响应于比较(例如，当所获得的概况和在(b)中所获得的个性特征显示出彼此具有预选关系时，例如，前者包括后者)而选择该多个细胞群体之一以用于产生主题糖蛋白，
从而选择或评估所述细胞，其中步骤(i)包括培育一个细胞群体、进行化学或物理分析以提供一个答案，例如，进行化学或物理分析以提供一个观察值；步骤(ii)包括进行化学或物理分析以提供所述个性特征；步骤(iii)包括提供作为一个η维度空间的该概况的表示并且将该个性特征与所述空间进行比较；或者任选地,该方法进一步包括培养所述选择的细胞。如在此的别处所论述，一个观察值可以是表示为例如具有选择的聚糖结构(例如，在此披露的一种聚糖结构)的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为不同于例如具有选择的聚糖结构的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分，例如，基因表达(例如，在此所论述的一种基因)或代谢物(例如，在此所论述的一种代谢物)的水平。如在此的别处所论述，在此描述的方法可以与一系列细胞群体(例如，CHO或在此描述的其他细胞群体)一起使用。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的操作适合在这些方法中使用，例如，在此所论述的操作，例如，算法组合或线性模型。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的答案适合在这些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作为在多个基因的表达水平上的一个操作产物的一个答案。如在此的别处所论述，答案和/或观察值的类型可以是在此描述的一个或多个基因的表达水平。在另一方面，本发明的特点是一种提供一个细胞群体(例如)以用于制造具有选择的翻译后修饰的糖蛋白的方法。该方法包括(a)针对多个细胞群体中的每个细胞群体，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况，其中一个答案表示为翻译后修饰并且是对于多个观察值的一个操作产物，所述获得的概况形成多个区别概况；(b)获得选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物或聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的个性特征；(C)将所获得的概况与在(b)中所获得的个性特征进行比较；
(d)响应于比较(例如，当所获得的概况和在(b)中所获得的个性特征显示出彼此具有预选关系时，例如，前者包括后者)而选择该多个细胞群体之一以用于产生主题糖蛋白；并且(e)培养所述选择的细胞群体以提供所述群体。如在此的别处所论述，一种方法可能需要一个或多个“获得”步骤，例如，获得一个概况或获得一个选择的翻译后修饰的个性特征。在一个实施方案中，获得一个值包括使样品经受一个过程，该过程导致该样品或另一种物质(例如，在分析(例如在此描述的这种分析)中使用的分析纯试剂或装置)中的物理变化。在其他实施方案中，例如在方法包括产生糖蛋白、或培养细胞、收获糖蛋白或纯化糖蛋白，或者导致方法中所使用的一个实体(例如，细胞、糖蛋白或试剂)的转化的另一个步骤的实施方案中，该获得步骤可能是在没有这种转化的情况下可以(例如)通过检查、比较或从另一方接收信息而产生的一个步骤。
如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为例如具有选择的聚糖结构(例如，在此披露的一种聚糖结构)的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为不同于聚糖结构，例如，基因表达(例如，在此所论述的一种基因)或代谢物(例如，在此所论述的一种代谢物)的水平。如在此的别处所论述，在此描述的方法可以与一系列细胞群体(例如，CHO或在此描述的其他细胞群体)一起使用。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的操作适合在这些方法中使用，例如，在此所论述的操作，例如，算法组合或线性模型。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的答案适合在这些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作为在多个基因的表达水平上的一个操作产物的一个答案。如在此的别处所论述，答案和/或观察值的类型可以是在此描述的一个基因或多个基因的表达水平。在另一方面，本发明的特点是一种监控用于制造具有选择的翻译后修饰的糖蛋白的产生过程的方法。该方法包括(a)针对第一细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为翻译后修饰的一个值，该值是多个区别观察值(例如，多个不同基因的表达水平，或例如具有选择的聚糖结构的多个不同的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的表达水平)的函数，由此为所述第一细胞群体提供一组值；(b)将针对选择的翻译后修饰(例如，糖结构、聚糖补充物或聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的一个值与针对所述第一细胞群体的该组值进行比较；并且(C)如果该比较显示出与该组值的第一预选关系，例如，该组值包括该个性特征，则进行第一选项，例如，继续培养；而如果该比较显示出与该组值的第二预选关系，例如，该组值不包括该个性特征，则进行第二选项，例如，中止当前的培养条件或在新的一组条件下进行培养。在一个实施方案中，该方法包括(a)针对产生细胞的一个等分部分，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况，其中一个答案表示为翻译后修饰并且是对于多个观察值的一个操作产物；(b)将选择的翻译后修饰(例如，糖结构)的个性特征与所述概况进行比较；
(c)如果该比较显示出与该概况的第一预选关系，例如，该概况包括该个性特征，则进行第一选项，例如，继续培养；而如果该比较显示出与该概况的第二预选关系，例如，该概况不包括该个性特征，则进行第二选项，例如，中止当前的培养条件或在新的一组条件下进行培养。在一个实施方案中，所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物是一种生物治疗性糖蛋白(例如，市售的生物治疗性糖蛋白)的聚糖组分和/或聚糖补充物，并且如果该概况包括所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的个性特征，则继续培养所述CHO细胞，(例如)以便产生所述生物治疗性糖蛋白的一种生物再造或生物仿制糖蛋白。在一个实施方案中，所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物是一种生物治疗性糖蛋白(例如，市售的生物治疗性糖蛋白)的聚糖组分和/或聚糖补充物，并且如果该概况不包括所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的个性特征，则进行第二选项，例如，选择具有包括所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的一个概况的一个不同的CHO细胞群体，(例如)以便产生所述生物治疗性糖蛋白的一种生物再造或生物仿制糖蛋白。在一个实施方案中，所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物是一种生物治疗性糖蛋白(例如，市售的生物治疗性糖蛋白)的聚糖组分和/或聚糖补充物，并且如果该概况包括所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的个性特征，则继续培养所述CHO细胞，(例如)以便产生所述生物治疗性糖蛋白。在一个实施方案中，所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物是一种生物治疗性糖蛋白(例如，市售的生物治疗性糖蛋白)的聚糖组分和/或聚糖补充物，并且如果该概况不包括所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的个性特征，则进行第二选项，例如，中止当前的培养条件或在一组新的条件(例如，导致包括所述选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的个性特征的一个概况的条件)下进行培养，以便产生所述生物治疗性糖蛋白。如在此的别处所论述，方法可能需要一个或多个“获得”步骤，例如，获得一个概况或获得一个选择的翻译后修饰的个性特征。在一个实施方案中，获得一个值包括使样品经受一个过程，该过程导致该样品或另一种物质(例如，在分析(例如在此描述的这种分析)中使用的分析纯试剂或装置)中的物理变化。在其他实施方案中，例如在方法包括产生糖蛋白、或培养细胞、收获糖蛋白或纯化糖蛋白，或者导致在方法中所使用的一个实体(例如，细胞、糖蛋白或试剂)的转化的另一个步骤的实施方案中，该获得步骤可能是在没有这种转化的情况下可以(例如)通过检查、比较或从另一方接收信息而产生的一个步骤。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为聚糖结构(例如，在此披露的一种聚糖结构)。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为不同于聚糖结构，例如，基因表达(例如，在此所论述的一种基因)或代谢物(例如，在此所论述的一种代谢物)的水平。如在此的别处所论述，在此描述的方法可以与一系列细胞群体(例如，CHO或在此描述的其他细胞群体)一起使用。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的操作适合在这些方法中使用，例如，在此所论述的操作，例如，算法组合或线性模型。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的答案适合在这些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作为在多个基因的表达水平上的一个操作产物的一个答案。
如在此的别处所论述，答案和/或观察值的类型可以是在此描述的一个或多个基因的表达水平。在另一方面，本发明的特点是一种选择用于在细胞群体中制造的糖蛋白的方法。该方法包括(a)针对一个细胞群体，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况，其中一个答案表示为糖结构并且是对于多个观察值的一个操作产物；(b)获得多个糖结构的个性特征；(C)将所获得的概况与在(b)中所获得的个性特征进行比较；(d)响应于比较(例如，当(b)中所获得的个性特征和所获得的概况显示出彼此具有预选关系时，例如，前者包括后者)而选择该多个糖结构之一以用于在所述细胞群体中产生；并且 (e)在所述细胞群体中制造具有所选择的糖结构的一种糖蛋白。如在此的别处所论述，一种方法可能需要一个或多个“获得”步骤，例如，获得一个概况或获得一个选择的翻译后修饰的个性特征。在一个实施方案中，获得一个值包括使样品经受一个过程，该过程导致该样品或另一种物质(例如在分析(例如在此描述的这种分析)中使用的分析纯试剂或装置)中的物理变化。在其他实施方案中，例如在方法包括产生糖蛋白、或培养细胞、收获糖蛋白或纯化糖蛋白，或者导致方法中所使用的一个实体(例如，细胞、糖蛋白或试剂)的转化的另一个步骤的实施方案中，该获得步骤可能是在没有这种转化的情况下可以(例如)通过检查、比较或从另一方接收信息而产生的一个步骤。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为聚糖结构(例如，在此披露的一种聚糖结构)。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为不同于聚糖结构，例如，基因表达(例如，在此所论述的一种基因)或代谢物(例如，在此所论述的一种代谢物)的水平。如在此的别处所论述，在此描述的方法可以与一系列细胞群体(例如，CHO或在此描述的其他细胞群体)一起使用。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的操作适合在这些方法中使用，例如，在此所论述的操作，例如，算法组合或线性模型。如在此描述的方法中的别处所论述，许多类型的答案适合在这些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作为在多个基因的表达水平上的一个操作产物的一个答案。如在此的别处所论述，答案和/或观察值的类型可以是在此描述的一个或多个基因的表达水平。在一方面,本披露的特点是一种包括针对预选的细胞群体(例如,CHO细胞)的一个细胞群体的分离物的多个记录的数据库，其中每个记录包括用于所述预选的细胞类型的一个独特的分离物(与多个分离物中的其他分离物相反)的一个识别符以及用于对于该分离物而言是独特的一个细胞群体质量属性概况的一个识别符，并且其中对于该分离物而言，针对每一条目的所述细胞群体质量属性概况是独特的(与多个分离物中的其他分离物相反)。在一个实施方案中，预选的细胞类型是CHO或在此描述的其他细胞群体。一个数据库包括多个记录，该多个记录中的每个记录对应于预选的细胞群体(例如，CHO细胞)的一个细胞群体的一个分离物，其中所述多个记录包括第一记录，该第一记录包括用于所述预选的细胞类型的第一分离物的一个识别符以及用于针对所述第一分离物的第一细胞群体质量属性概况的一个识别符，第二记录，该第二记录包括用于所述预选的细胞类型的第二分离物的一个识别符以及用于针对第二分离物而言是独特的第二细胞群体质量属性概况的一个识别符，其中在所述多个记录中的每个记录中的细胞群体质量属性概况对于多个分离物中的每个分离物来说是不同的，不同于针对多个分离物中的每个其他分离物的细胞群体质量属性概况。在一个实施方案中，数据库包括针对至少5、10或20个分离物的记录。 在一方面，本发明的特点是一种制造具有选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的糖蛋白，或从多个CHO群体提供或选择一个CHO细胞群体(例如)以用于制造具有选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的糖蛋白的方法。该方法包括(a)直接或间接获得用于产生所述糖蛋白的一个CHO细胞群体的个性特征，其中该个性特征是通过在此描述的一种方法而获得或确定的，例如，通过(i)针对第一 CHO细胞群体(例如，在此描述的CHO细胞群体)的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为聚糖组分和/或聚糖补充物的一个值，该值是多个区别观察值的函数，这些区别观察值包括多个基因的表达水平以及多个不同的糖结构、聚糖结构、聚糖组分、聚糖补充物或它们的组合的表达水平，由此为所述第一 CHO细胞群体提供一组值；(ii)针对第二 CHO细胞群体(例如，在此描述的CHO细胞群体)的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为聚糖组分和/或聚糖补充物的一个值，该值是多个区别观察值的函数，这些区别观察值包括多个基因和/或代谢物的表达水平以及多个不同的糖结构、聚糖结构、聚糖组分、聚糖补充物或它们的组合的表达水平，由此为所述第二 CHO细胞群体提供一组值，其中所述第二 CHO细胞群体(例如)因天然获得的或有意诱发的突变而不同于所述第一 CHO细胞群体；(iii)将针对选择的聚糖组分或聚糖补充物的一个值与针对所述第一 CHO细胞群体的该组值和针对所述第二 CHO细胞群体的该组值进行比较；(iv)响应于所述比较而选择所述第一或第二 CHO细胞群体。在一个实施方案中，所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物是一种生物治疗性糖蛋白(例如，市售的生物治疗性糖蛋白)的聚糖组分和/或聚糖补充物，并且所选择的CHO细胞群体具有一组值，这组值指示产生具有该市售的生物治疗性糖蛋白的聚糖组分和/或聚糖补充物的糖蛋白。在一个实施方案中，该糖蛋白是一种治疗性抗体、Fe-受体融合物、激素、细胞因子。在一个实施方案中，该糖蛋白是一种市售的治疗性生物产品的生物仿制或生物再造型式。在一个实施方案中，该方法是一种提供或选择一个CHO细胞群体(例如)以用于制造具有选择的翻译后修饰(例如，选择的糖结构、聚糖补充物、聚糖组分，例如具有选择的聚糖结构)的糖蛋白的方法，并且该方法进一步包括(b)培养所述选择的CHO细胞群体。在一个实施方案中，该方法是一种制造具有选择的聚糖补充物和/或聚糖组分的糖蛋白的方法，并且该方法进一步包括(b)在所述选择的CHO细胞群体中制造具有选择的聚糖补充物和/或聚糖组分的一种糖蛋白。在一个实施方案中，该方法可以进一步包括在步骤(b)之前，对所鉴定的CHO细胞群体进行基因修饰以便表达所述糖蛋白，例如，将编码所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鉴定的CHO细胞群体之中。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是CHO Kl细胞系。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是CHO S细胞系。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是DG44细胞系。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是DHFR(_)细胞系。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是CHO GS细胞系。 在一个实施方案中，获得了针对多个，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10个CHO细胞群体一组值。在一个实施方案中，获得了针对包括CHO Kl细胞系、CHO S细胞系、DG44细胞系以及DHFR(-)细胞系的多个CHO细胞群体的一组值。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为聚糖结构(例如，在此披露的一种聚糖结构)。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为基因表达(例如，在此所论述的一种基因)或代谢物(例如，在此所论述的一种代谢物)的水平。在一个实施方案中，对于每个CHO细胞群体的观察值包括对基因的表达水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个观察值。在一个实施方案中，对于每个细胞群体的观察值包括关于聚糖代谢物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个观察值。在一个实施方案中，一个观察值是4，4，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，4，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，5，I, O, O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, O, O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, I, O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, 2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, 3，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，6，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，6，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，3，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，4，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是糖基转移酶表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是代谢物水平。在一个实施方案中，一个观察值是UMP水平。
在一个实施方案中，一个观察值是GTP水平。在一个实施方案中，一个观察值是UDP-Gal水平。在一个实施方案中，一个观察值是⑶P-Fuc水平。在一方面，本发明的特点是一种制造具有选择的聚糖补充物和/或聚糖组分的糖蛋白，或提供或选择一个CHO细胞群体(例如)以用于制造具有选择的聚糖补充物和/或聚糖组分的糖蛋白的方法。该方法包括(i)针对多个CHO细胞群体中的每个CHO细胞群体，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况(一个概况)，其中一个答案表示为翻译后修饰并且是对于多个观察值的一个操作产物，所述获得的概况形成多个区别概况；(ii)获得聚糖补充物和/或聚糖组分的个性特征；
(iii)将所获得的概况与在(ii)中所获得的个性特征进行比较；(iv)响应于比较(例如，当所获得的概况和所获得的所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的个性特征显示出彼此具有预选关系时，例如，前者包括后者)而选择该多个CHO细胞群体之一以用于产生主题糖蛋白；选择或提供该CHO细胞群体以便制造所述糖蛋白和/或在所述选择的CHO细胞群体中制造具有所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物的所述糖蛋白。在一些实施方案中，该方法进一步包括将编码所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述选择的CHO细胞群体之中。在一个实施方案中，所选择的聚糖组分和/或聚糖补充物是一种生物治疗性糖蛋白(例如，市售的生物治疗性糖蛋白)的聚糖组分和/或聚糖补充物，并且所选择的CHO细胞群体具有一组值，这组值指示产生具有该市售的生物治疗性糖蛋白的聚糖组分和/或聚糖补充物的糖蛋白。在一个实施方案中，该糖蛋白是一种治疗性抗体、Fe-受体融合物、激素、细胞因子。在一个实施方案中，该糖蛋白是一种市售的治疗性生物产品的生物仿制或生物再造型式。在一个实施方案中，该方法是一种提供或选择一个CHO细胞群体(例如)以用于制造具有选择的聚糖补充物和/或聚糖组分的糖蛋白的方法，并且该方法进一步包括培养所述选择的CHO细胞群体。在一个实施方案中，该方法是一种制造具有选择的聚糖补充物和/或聚糖组分的糖蛋白的方法，并且该方法进一步包括在所述选择的CHO细胞群体中制造具有选择的聚糖补充物和/或聚糖组分的一种糖蛋白。在一个实施方案中，该方法可以进一步包括对所选择的CHO细胞群体进行基因修饰以便表达所述糖蛋白，例如，将编码所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鉴定的CHO细胞群体之中。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是CHO Kl细胞系。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是CHO S细胞系。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是DG44细胞系。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是DHFR(_)细胞系。在一个实施方案中，多个CHO细胞群体中的CHO细胞群体之一是CHO GS细胞系。在一个实施方案中，获得了针对多个，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10个CHO细胞群体一组答案。在一个实施方案中，获得了针对包括CHO Kl细胞系、CHO S细胞系、DG44细胞系以及DHFR(-)细胞系的多个CHO细胞群体一组答案。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为聚糖结构(例如，在此披露的一种聚糖结构)。如在此的别处所论述，一个观察值可以表示为基因表达(例如，在此所论述的一种基因)或代谢物(例如，在此所论述的一种代谢物)的水平。在一个实施方案中，对于每个CHO细胞群体的观察值包括对基因的表达水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个观察值。在一个实施方案中，对于每个CHO细胞群体的观察值包括关于聚糖代谢物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多个观察值。在一个实施方案中，一个观察值是4，4，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，4，I, 1，O的水平。·在一个实施方案中，一个观察值是4，5，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是4，5，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，5，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，1，0，0的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, I, O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是5，6，I, 3，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，6，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，6，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，I, 1，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，2，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，3，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是6，7，1，4，O的水平。在一个实施方案中，一个观察值是糖基转移酶表达水平。在一个实施方案中，一个观察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表达水平。 在一个实施方案中，一个观察值是代谢物水平。在一个实施方案中，一个观察值是UMP水平。在一个实施方案中，一个观察值是GTP水平。在一个实施方案中，一个观察值是UDP-Gal水平。在一个实施方案中，一个观察值是⑶P-Fuc水平。如在此的别处所论述，许多类型的观察值适合在这些方法中使用，例如，在此所论述的操作，例如，算法组合或线性模型。如在此的别处所论述，许多类型的答案适合在这些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作为在多个基因的表达水平上的一个操作产物的一个答案。如在此的别处所论述，答案和/或观察值的类型可以是在此描述的一个或多个基因的表达水平。标题和识别符(例如，(a)、(b)、⑴等)仅是为了易于阅读本说明书和权利要求而呈现的。本说明书或权利要求中标题或识别符的使用并不要求步骤或要素按照字母或数字顺序或它们被呈现的顺序来进行。根据以下详细说明、并且根据权利要求书，本发明的其他特征和优点将是清楚的。
首先简要描述附图图I是来自分离的糖蛋白的聚糖的说明性色谱图，这些聚糖通过LC和LC/MS进行释放、标记以及分析；图2是来自CHO克隆的产品的分布的说明性LC数据的描绘；图3是用于针对每个细胞类型CHO KUCHO SXHO DG44以及DHfr(-)的细胞群体质量属性概况(CPQAP)的PCA分析的标绘图；
图4是表达水平的描绘；图5是表达水平的描绘；图6是利用ST3GAL3表达来计算所产生的聚糖5，6，I, 2，O水平的线性模型；图7是与来自每个细胞系背景的克隆(每个点)之间的糖基化相关的转录本分布的描绘，每个细胞系背景是针对每个转录本而聚类的；图8是糖相关基因的转录本的PCA分析的描绘，这些糖相关基因源于来自CHO细胞系背景的每个克隆，圆形表示CHOKl、三角形表示CH0S、加号表示DG44 ；图9是在用于四个细胞类型中的每个的细胞群体质量属性概况上重叠的未知物的描绘。如在此所使用的，“获得一个值”是指导致对该值的拥有的任何过程。在一个实施方案中，这个值是通过(例如)在一个样品(例如，糖蛋白样品、细胞提取物或细胞样品(例如，细胞系))上进行一个或多个物理转化步骤而“直接获得”。这个过程因此导致该样品或另一种物质(例如，在该过程中使用的分析纯试剂或装置)中的物理变化。作为举例，这样的方法包括分析方法；制备方法；以及细胞操作，例如，从细胞中提取或纯化组分(例如核酸，如mRNA或DNA，或蛋白质)，或培养细胞。这些方法典型地包括以下各项的一个或多个使一种物质(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)与另一种物质分离；将一种物质(例如，分析物或其片段或其他衍生物)与另一种物质(例如，缓冲剂、溶剂或反应物)合并；或者改变一种分析物或其片段或其他衍生物的结构，例如通过断裂或形成在该物质(例如，一种分析物)的第一原子与第二原子之间的一个共价或非共价键。该值也可以“间接获得”。间接获得包括(例如)从另一方(例如，直接获得该值的一方)接收该值。典型地，甚至是在由间接获得来表征的实施方案中，某一方使一个样品经受如上文所描述的一个过程，该过程导致该样品或另一种物质中的物理变化。在一个实施方案中，实践评估方法的一方指导另一方来进行这个过程，并且(例如)实践该方法的一方接收该值。在一个实施方案中，一个值可以是一个细胞或细胞系是否具有一个特征或具有何种程度的一个特征的表达，该特征例如聚糖结构相关特征，例如，转录本的水平、制造具有预选的聚糖结构的糖蛋白的能力、聚糖结构的预选水平、第一与第二聚糖结构的预选比或在预选位置处的预选的聚糖结构。“细胞群体质量属性概况”(CPQAP)包括针对一个细胞群体的一组答案。一组答案包括至少两个答案。典型地，一组答案包括针对第一细胞(例如，一个细胞群体的第一分离物或等分部分)的答案以及针对第二细胞(例如，该细胞群体的第二分离物或等分部分)的答案。表示为翻译后修饰(例如，聚糖结构)的一个答案是关于多个观察值(例如，测量结果或确定的特征)的操作产物。一个操作使这些观察值与翻译后修饰(例如，聚糖结构)有关。在一个实施方案中，这些观察值表示为翻译后修饰(例如，聚糖结构)。在一个实施方案中，观察值不表示为翻译后修饰(例如，聚糖结构)，例如，它们被表示为基因表达，并且操作也将它们转换成翻译后修饰(例如，聚糖结构)的单位。示例性操作包括将一或多个观察值与翻译后修饰(例如，聚糖结构)相关联，例如通过使用一个查表或等效工具；将观察值用作一个模型(例如，线性模型)中的输入，该模型使观察值与翻译后修饰(例如聚糖结构)产生关系；或例如当观察值自身表示为翻译后修饰(例如，聚糖结构)时，例如通过相加将观察值合并。可以通过主成分分析获得观察值。如果包括一个细胞群体质量属性概况的这组答案被视作视为连续的，则可以将其直观化/分析为定义由该细胞群体占据的一个离散空间。例如，这组答案能够以η维度进行描绘并且占据η维度的空间，例如，如果以3个维度进行描绘，那么该组定义一个3维度的空间。 如在此所使用的术语“在多个区别细胞群体质量属性概况中”，该多个中的每个细胞群体质量属性概况都不同于该多个中的其他每个CPQAP，例如，第一概况的至少一个答案不同于第二概况的至少一个答案。在一个实施方案中，一个答案是翻译后修饰(例如，糖结构)的状态的直接指示，例如，糖结构的存在或水平，一个细胞具有X水平的聚糖X以及y水平的聚糖I。一个选择的翻译后修饰例如糖结构(例如，存在于参考蛋白质上的糖结构)是将要在一种蛋白质上包括的翻译后修饰(例如，糖结构)。如果这组答案包括所选择的翻译后修饰(例如，糖结构)，或者换言之，如果所选择的糖结构落在该细胞群体质量属性概况之内，则可以选择该细胞群体用于产生具有所选择的翻译后修饰(例如，糖结构)的糖蛋白。该翻译后修饰(例如，糖结构)与多个细胞群体质量属性概况的比较允许选择一个细胞群体来优化具有所选择的翻译后修饰(例如，糖结构)的一种蛋白质的产生。如在此使用的“区别分离物”是指第一个细胞或第一组细胞与第二个细胞或第二组细胞之间的关系。区别分离物具有共同的细胞祖先，但每个区别分离物的生成细胞被分开至少1、10、20、50、100、500、1，000、5，000或10，000个细胞分裂周期。为了进行说明，一个亲本细胞分裂而给出两个Fl细胞，每个Fl细胞分裂而给出两个F2细胞，每个F2细胞分裂而给出两个F3细胞。在亲本细胞与F3细胞之间存在三个细胞分裂周期。典型地，该共同的细胞祖先是一种已经从多细胞生物(例如，昆虫或动物，例如，哺乳动物或灵长类)中去除的细胞，例如，培养细胞，作为共同的细胞祖先，不包括自其取得该共同的细胞祖先的动物或动物祖先的前体细胞。如在此所使用的“观察值”是对于一种参数的一个值，例如，对于和细胞的特性有关的一种参数的测量结果、确定的或观察的值。如在此所使用的“紧密相关的细胞群体”是指具有一种或多种、以及在多个实施方案中两种或更多种、或全部以下特性的细胞群体它们来自相同的种类；它们来自相同的组织类型；它们具有相同的细胞类型(例如，它们是基质细胞)；它们具有相同的转化状态(例如，都被转化并且在培养中显示出基本上永生的生长或者均不能永生化生长，或者彼此在选择的介质上都具有在2X之内的生长率)。在多个实施方案中，它们的生成细胞彼此被分开少于1000个细胞分裂周期，并且在多个实施方案中是少于500或100个细胞分裂周期。如在此所使用的“糖结构”是指一种糖蛋白的聚糖补充物的一个或多个要素或是指一种选择的聚糖结构。糖结构可以(例如)是指单个单糖、单个聚糖组分(例如，高甘露糖结构的存在)，或者是指一种糖蛋白的整个聚糖补充物，或一个特殊的聚糖结构(例如，高甘露糖聚糖组分)。如在此所使用的“聚糖补充物”是指一种糖蛋白的所有聚糖组分。在具有单个糖基化位点的蛋白质情况下，附着到其上的聚糖组分形成聚糖补充物。在具有一个以上的糖基化位点的蛋白质情况下，聚糖补充物是由附着在所有位点的聚糖组分构成的。“聚糖补充物的组分”是指构成聚糖补充物的聚糖组分的子集，例如，附着到它的糖基化位点或它们各自的糖基化位点的一个或多个聚糖组分。聚糖补充物可以是混合物中所有糖蛋白的所有聚糖组分的平均值。聚糖补充物也可以是在一种糖蛋白混合物之内与糖型相关的所有聚糖组 分。如在此所使用的“聚糖组分”，是指一个糖部分，例如，附着到蛋白质一个位点处的的单糖、低聚糖或多糖(例如，二糖、三塘、四糖等等)。在多个实施方案中，该附着是共价的并且聚糖组分是经由N或O连接至该蛋白质。聚糖组分可以是经由糖苷键而彼此附着的单糖的链。聚糖组分可以是直链的或支链的。如在此所使用的“聚糖结构”是指聚糖补充物、聚糖补充物的组分或聚糖组分的结构。聚糖结构的要素包括以下各项的一个或多个在一个或多个位点(例如，用于N-连接或O-连接糖基化作用的一个或多个位点)处的糖基化作用的存在、缺乏或水平；N-或 O-连接；长度(单糖部分的数目)；在一个链之内的单糖(例如，半乳糖基部分)的布置布局或位置；糖含量(例如，在一种特殊的聚糖中的单糖组分的量或比率)；糖序列(例如，在一个聚糖部分中的单糖亚单位的顺序)；末端或倒数第二个糖亚单位的存在、缺乏或数量；分支点的数目、布局以及类型(例如，平分型GlcNAc或甘露糖结构的存在、缺乏或数量)；复杂结构(例如，双触角结构、三触角结构、四触角结构等)的存在、缺乏或水平；高甘露糖或混合结构的存在、缺乏或水平单糖部分之间的关系(例如，在单糖部分、同分异构体以及分支点之间的连接)；选择的单糖(例如，半乳糖基部分、岩藻糖基部分、GIcNAc部分或甘露糖基部分)的存在、缺乏、位置或数目；选择的结构(例如，单半乳糖化、二半乳糖化或聚半乳糖化结构)的存在、缺乏、位置或数目；其他非限制性实例包括在天然发生的糖蛋白上发现的任何其他结构；以及跨过一个或多个位点的异质性或同质性(例如，跨过整个蛋白质的多样性，例如，对一种蛋白质的潜在糖基化位点的占据程度(例如，对在多个分子中的两个或更多个特定的蛋白质主链之间的相同的潜在糖基化位点的占据程度以及对一个蛋白质主链上的一个潜在糖基化位点相对于对相同的蛋白质主链上的一个不同的潜在糖基化位点的占据程度))。聚糖结构可以描述为第一聚糖结构与第二聚糖结构的存在、缺乏或数量的比较。例如，唾液酸的存在、缺乏或数量相对于岩藻糖的存在、缺乏或数量。在其他实例中，可以将唾液酸如N-乙酰神经氨酸的存在、缺乏或数量与(例如)唾液酸衍生物如N-羟乙酰神经氨酸的存在、缺乏或数量进行比较。聚糖结构能够以许多方式来进行描述、鉴定或测定。聚糖结构能够(例如)以定义的结构术语进行描述，例如通过化学名称、或通过功能或物理特性(例如，通过分子量或与纯化或分离有相关的参数，例如，在色谱柱或其他分离装置中的峰值的保留时间)。在多个实施方案中，作为举例，聚糖结构可以是来自多个聚糖结构的一个峰值或其他部分(代表一个或多个种类)，这多个聚糖结构源于(例如，来自酶消化的)糖蛋白。如在此所使用的“单糖”是指一个聚糖组分的基本单位，以及在多个实施方案中是通过糖基转移酶来转移至底物上的一个部分。如在此所使用的单糖包括天然和非天然发生的单糖。示例性得单糖部分包括葡萄糖(Glc)、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、甘露糖(Man)、 N-乙酰甘露糖胺(ManNAc)、半乳糖(Gal)、N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)、岩藻糖(Fuc)、唾液酸(NeuAc)和核糖以及它们的衍生物和类似物。不同单糖的衍生物是已知的。例如，唾液酸涵盖三十多种衍生物，其中N-乙酰神经氨酸和N-羟乙酰神经氨酸形成核心结构。唾液酸类似物的实例包括功能上模拟的唾液酸、但不被内源性宿主细胞唾液酸酶识别的那些。单糖类似物的其他实例包括但不限于N-菊芋糖基甘露糖胺(ManLev)、Neu5Ac α -甲基糖苷、Neu5Ac β -甲基糖苷、Neu5Ac α -苄基糖苷、Neu5Ac β -苄基糖苷、Neu5Ac α -甲基糖苷甲酯、Neu5Ac α -甲酯、9_0_乙酰-N-乙酰神经氨酸、9_0_乳酰-N-乙酰神经氨酸、N-叠氮乙酰甘露糖胺和其O-乙酰化的变体、以及Neu5Ac α -乙基硫苷。如在此所使用的“高甘露糖”是指一个或多个N-聚糖结构，包括分别含有3、4、5、
6、7、8 或 9 个甘露糖残基的 ΗΜ3、ΗΜ4、ΗΜ5、ΗΜ6、ΗΜ7、ΗΜ8 以及 ΗΜ9。细胞和细胞系在此描述的方法使用细胞来产生具有选择的翻译后修饰(例如，糖结构)的糖蛋白。下文是在此处描述的这些以及其他方法中有用的细胞和细胞系的实例。在此处描述的方法中有用的细胞可以是真核的或原核的，只要这种细胞提供了适当的酶或已经向其中加入了适当的酶来激活并附着(或去除)存在于细胞中的糖类、或存在于细胞培养基中的糖类、或被进料到细胞中的糖类。真核细胞的实例包括酵母、昆虫、真菌、植物以及动物细胞，尤其是哺乳动物细胞。适合的哺乳动物细胞包括任何正常的非永生、或正常的或异常的永生动物或人类细胞，包括由SV40 (C0S-7，ATCC CRL 1651)转化的猴肾CVl 系；人胚肾系(293) (Graham 等人，普通病毒学杂志(J. Gen. Virol )，36:59 (1977));幼仓鼠肾细胞(baby hamster kidney cell) (BHK, ATCC CCL 10);中国仓鼠卵巢(CHO),例如 DG44、DUKX-VlU GS-CHO (ATCC CCL 61、CRL 9096、CRL 1793 以及 CRL 9618)；小鼠睾丸支持细胞(TM4，Mather,繁殖生物学(Biol. R印rod. ) 23:243251 (1980));猴肾细胞(CV1ATCCCCL 70);非洲绿猴肾细胞(VER0-76，ATCC CRL 1587);人宫颈癌细胞(HeLa，ATCC CCL 2);布法罗大鼠肝细胞(BRL 3A, ATCCCRL 1442);人肺细胞(W138，ATCCCCL 75);人肝细胞(!fep G2, HB 8065);小鼠黑色素瘤细胞(NSO);小鼠乳腺肿瘤(MMT060562，ATCC CCL51)、TRI 细胞(Mather 等人，纽约科学院年刊(Annals N. Y. Acad. Sci.)383:4446(1982));犬肾细胞(MDCK) (ATCC CCL 34&CRL 6253),HEK 293 (ATCC CRL 1573)、WI-38 细胞(ATCC CCL75) (ATCC:美国典型培养物保藏中心(American Type CultureCollection)，Rockville, Md. )、MCF-7 细胞、MDA-MB-438 细胞、U87 细胞、A127 细胞、HL60细胞、A549细胞、SPlO细胞、DOX细胞、SHSY5Y细胞、Jurkat细胞、BCP-I细胞、GH3细胞、9L细胞、MC3T3细胞、C3H-10T1/2细胞、NIH-3T3细胞、C6/36细胞、人成淋巴细胞细胞系(例如，GEX)以及PER.C6r'细胞。在 Winnacker 的从基因到克隆(FROM GENES TO CLONES) (VCH出版社，纽约州纽约市，1987)中总体上论述了使用哺乳动物组织细胞培养来表达多肽。示例性植物细胞包括(例如)拟南芥、油菜籽、玉米、小麦、水稻、烟草等(Staub等人的 2000 年的《自然生物技术》(Nature Biotechnology) I (3) : 333-338 以及 McGarvey, P.B.等人的 1995 年的《生物技术》(Bio-Technology) 13 (13) :1484-1487 ；Bardor, Μ.等人的1999年的《植物科学发展趋势》(Trends in Plant Science)4(9) :376-380)。示例性昆虫细胞包括(例如)草地贪夜蛾Sf9、Sf21、粉纹夜蛾(Trichoplusia ni)等。示例性细菌细胞包括大肠杆菌。还可以选择各种酵母和真菌如毕赤酵母、甲醇毕赤酵母、多形汉逊酵母以及酿酒酵母。·培养某和加工在此所描述的这些方法可以包括确定和/或选择导致一种所希望的糖结构的产生的培养基组分或培养条件。可以确定的培养参数包括培养基组分、pH、补料条件、重量克分子渗透压浓度、二氧化碳水平、搅拌速率、温度、细胞密度、接种密度、计时、以及鼓泡速率(sparge rate)。生产参数方面的变化，像细胞培养的搅拌速度、细胞培养所处的温度、培养基中的组分、培养开始和停止时的时间、营养物供给的计时方面的变化(能够导致所产生的糖蛋白产物的一种聚糖特性的变化)。因此，在此描述的方法可以包括以下各项的一种或多种增加或降低搅拌细胞的速度、增加或降低细胞培养所处的温度、加入或去除培养基组分、以及改变培养开始和/或停止时的时间。如在此所使用的，对一种生产参数或其一种组合进行顺序选择表示选择一个第一参数(或组合)，然后选择一个第二参数(或组合)，例如，基于通过选择该第一生产参数所施加的一种约束。培养基在此描述的这些方法可以包括确定和/或选择一种培养基组分和/或一种培养基组分的浓度，它与一种所希望的糖结构呈正相关。取决于培养条件，可以在糖蛋白产生过程中或当在培养基中存在变化时添加或给予一种培养基组分。培养基组分包括直接添加至培养中的组分以及成为细胞培养的副产物的组分。培养基组分包括，例如缓冲剂、氨基酸含量、维生素含量、盐含量、矿物质含量、血清含量、碳源含量、脂质含量、核酸含量、激素含量、微量元素含量、氨含量、辅因子含量、指示剂含量、小分子含量、水解产物含量、以及酶调节剂的含量。牛理化学参数在此描述的方法可以包括选择与一个所希望的糖结构相关联的培养条件。这样的条件可以包括温度、pH、重量克分子渗透压浓度、剪力或搅拌速率、氧化作用、鼓泡速率(spurge rate)、生长容器、切向流动、D0、C02、氮、分批补料、氧化还原作用、细胞密度以及补料策略。表2中提供了可以选择的生理化学参数的实例。
W2
温度DOpHCO2
重量克分子渗透压浓度氮
剪力或搅拌速率分批补料
氧化作用氧化还原作用
起泡速率细胞密度
生长容器灌注培养
切向流补料策略
分批例如，这种生产参数可以是在酸性、中性或碱性的pH条件下培养细胞。温度可以选自从10° C至42° C。例如，大约28° C至36° C的温度不显著性地改变由在这些温度下所培养的细胞(例如，一种CHO细胞，例如，一种dhfr不足的CHO细胞)所产生的糖蛋白的半乳糖基化作用、岩藻糖基化作用、高甘露糖的产生、混合物的产生、或唾液酸化作用。另夕卜，减缓一种细胞的生长速率的任何方法也可能具有这种效应。因此，当不希望具有改变糖合成的这一生产参数时，可以选择减缓生长速率的这个范围或方法中的温度。在其他实施方案中，可以选择导致一个或多个所希望的聚糖特征的二氧化碳水平。CO2 水平可以是(例如)大约 5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、13%、15%、17%、20%、23% 以及 25%(和它们之间的范围)。在一个实施方案中，当希望降低藻糖基化作用时，可以在大约11%至25% (例如，大约15%)的CO2水平下培养细胞。CO2水平可以是人工来调节或者可以是一种细胞副产物。很多烧瓶、玻璃瓶(bottles)、反应器以及控制器允许细胞培养系统的生产和按比例放大。可以至少部分地基于与一种或多种所希望的聚糖特性的关联来选择系统。例如，细胞可以作为分批的、补料分批的、灌注的、或连续的培养物而生长。可以选择的生产参数包括，例如添加或去除培养基(包括何时(在培养时间过程中的早期、中期、或晚期)对培养基进行收获，以及收获培养基的频率如何);增加或降低搅拌细胞培养物的速度；增加或降低培养细胞所处的温度；添加或去除培养基，使得培养基密度得以调节；选择细胞培养开始或停止的时间；以及选择改变细胞培养参数所处的时间。可以对这样的参数进行选择以用于分批、补料分批、灌注、以及连续培养条件中的任何一种。糖蛋白主题糖蛋白包括天然发生和非天然发生的糖蛋白。代表性的糖蛋白包括抗体，例如，IgG抗体、IgM抗体、人源性抗体、人源化抗体、移植抗体和嵌合抗体以及它们的片段；融合蛋白，例如，包括人源性(或其他)抗体域(例如，Fe或恒定区域)的融合体；生长因子；激素；干扰素；细胞因子；细胞因子受体；可溶性血液组分，例如白蛋白、凝血因子、血细胞生成因子；酶；以及由表3中所列出的蛋白质代表的任何种类的蛋白质。还包括在此描述的任何糖蛋白或任何类别的糖蛋白的可溶性或活性片段。可以由在此描述的方法制造的示例性糖蛋白包括在表3中的那些。表3.
权利要求
1.一种制造具有选择的聚糖补充物或聚糖组分的糖蛋白的方法，该方法包括 (a)获得用于产生所述糖蛋白的一个细胞群体的个性特征，其中该个性特征是通过以下各项获得或确定的 (i)针对一个第一细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为一种聚糖补充物或聚糖组分的一个值，该值是多个区别观察值的一个函数，这些区别观察值包括多个不同基因的表达水平以及多个不同的糖结构、聚糖结构、聚糖组分或它们的组合的表达水平，由此为所述第一细胞群体提供一组值； ( )针对一个第二细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为一种聚糖补充物或聚糖组分的一个值，该值是多个区别观察值的一个函数，这些区别观察值包括多个不同基因的表达水平以及多个不同的糖结构、聚糖结构、聚糖组分或它们的组合的表达水平，由此为所述第二细胞群体提供一组值； (iii)将针对一种选择的聚糖补充物或聚糖组分的一个值与针对所述第一细胞群体的该组值和针对所述第二细胞群体的该组值进行比较；并且 (iv)响应于所述比较而选择所述第一或第二细胞群体；并且 (b)培养所述选择的细胞群体，从而制造具有所述选择的聚糖补充物或聚糖组分的所述糖蛋白。
2.如权利要求I所述的方法，进一步包括从该培养中分离所述糖蛋白。
3.如权利要求2所述的方法，进一步包括纯化所述糖蛋白。
4.如权利要求I所述的方法，进一步包括 (i)针对多个细胞群体中的每个细胞群体，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况(一个概况)，其中一个答案表示为一种聚糖补充物或聚糖组分并且是对于多个观察值的一个操作产物，所述获得的概况形成多个不同的概况； ( )获得一种选择的聚糖补充物或聚糖组分的个性特征； (iii)将所获得的概况与在(ii)中所获得的该个性特征进行比较； (iv)当所获得的概况包括在(ii)中所获得的该个性特征时，选择该多个细胞群体中的一个以便制造具有该选择的聚糖补充物或聚糖组分的所述糖蛋白。
5.如权利要求I所述的方法，进一步包括将编码所述糖蛋白的全部或部分的一种核酸弓I入所述鉴定的细胞群体之中。
6.一种制造具有选择的聚糖组分或聚糖补充物的糖蛋白的方法，该方法包括 (a)获得用于产生所述糖蛋白的一个CHO细胞群体的个性特征，其中该个性特征是通过以下各项获得或确定的 (i)针对一个第一 CHO细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为聚糖组分或聚糖补充物的一个值，该值是多个区别观察值的一个函数，这些区别观察值包括多个基因或代谢物的表达水平以及多个不同的糖结构、聚糖结构、聚糖组分、聚糖补充物或它们的组合的表达水平，由此为所述第一 CHO细胞群体提供一组值； ( )针对一个第二 CHO细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为聚糖组分或聚糖补充物的一个值，该值是多个区别观察值的一个函数，这些区别观察值包括多个基因或代谢物的表达水平以及多个不同的糖结构、聚糖结构、聚糖组分、聚糖补充物或它们的组合的表达水平，由此为所述第二 CHO细胞群体提供一组值，其中所述第二 CHO细胞群体因一个天然获得的或有意诱发的突变而不同于所述第一 CHO细胞群体； (iii)将针对一种选择的聚糖组分或聚糖补充物的一个值与针对所述第一CHO细胞群体的该组值和针对该第二 CHO细胞群体的该组值进行比较； (iv)响应于所述比较而选择所述第一或第二CHO细胞群体；并且 (b)培养所选择的CHO细胞群体，从而制造具有该选择的聚糖组分或聚糖补充物的所述糖蛋白。
7.如权利要求6所述的方法，其中该观察值是以下各项中的一种或多种4，4，1，0，0的水平;4, 4，I, 1,0的水平；4，5，1,0,0的水平；4，5，I, 1,0的水平；4，5，1,2,0的水平；5，5，I, O, O 的水平；5，6，I, O, O 的水平；5，6，I, I, O 的水平；5，6，I, 2，O 的水平；5，6，I, 3，O的水平；6，6，I, 1,0的水平；6，6，1,2,0的水平；6，7，I, 1,0的水平；6，7，1,2,0的水平；6，7，I, 3，O的水平；6，7，I, 4，O的水平；糖基转移酶的表达水平；在聚糖生物合成中涉及的基因的表达水平；代谢物的水平；UMP的水平；GTP的水平；UDP-Gal的水平；GDP_Fuc的水平。
8.如权利要求I所述的方法，其中获得了针对包括CHOKl细胞系、CHO S细胞系、DG44细胞系以及DHFR(-)细胞系的多个CHO细胞群体的一组值。
9.一种从来自一个细胞群体的多个分离物提供或选择一个细胞群体以用于制造具有选择的聚糖补充物或聚糖组分的糖蛋白的方法，该方法包括 (a)获得一种选择的聚糖补充物或聚糖组分的个性特征； (b)获得一个评估，即所述细胞群体的所述多个分离物各自产生所述聚糖补充物或聚糖组分的能力，并且 (C)从所述多个分离物中选择一个分离物，从而从一个细胞群体提供一个分离物以用于制造具有选择的聚糖补充物或聚糖组分的一种糖蛋白。
10.一种监控用于制造具有选择的翻译后修饰的糖蛋白的产生过程的方法，该方法包括 (a)针对一个第一细胞群体的多个分离物或等分部分中的每一者，获得表示为一种聚糖补充物或聚糖组分的一个值，该值是多个区别观察值的一个函数，这些区别观察值包括多个不同基因的表达水平以及多个不同的糖结构、聚糖补充物或聚糖组分的表达水平，由此为所述第一细胞群体提供一组值； (b)鉴定一种选择的聚糖补充物或聚糖组分； (C)将针对该选择的聚糖补充物或聚糖组分的一个值与针对所述第一细胞群体的该组值进行比较；并且 (d)如果该比较显示出针对所述第一细胞群体的该组值包括针对该选择的聚糖补充物或聚糖组分的该值，则进行第一选项，例如，继续培养；而如果该比较显示出该组值不包括针对该选择的聚糖补充物或聚糖组分的该值，则进行第二选项，例如，中止当前的培养条件或在一组新的条件下进行培养。
11.一种选择用于在细胞群体中制造的糖蛋白的方法，该方法包括 (a)针对一个细胞群体，获得包括一组答案的一个细胞群体质量属性概况，其中一个答案表示为一种聚糖补充物或聚糖组分并且是对于多个观察值的一个操作产物； (b)获得多个聚糖补充物或聚糖组分的个性特征；(C)将所获得的概况与在(b)中所获得的这些个性特征进行比较； (d)当在(b)中所获得的这些个性特征包括所获得的概况时，选择该多个聚糖补充物或聚糖组分之一以用于在所述细胞群体中产生；并且 (e)在所述细胞群体中制造具有所选择的糖结构的一种糖蛋白。
12.一种包括针对预选的细胞群体的一个细胞群体的分离物的多个记录的数据库，其中每个记录包括用于所述预选的细胞类型的一个独特的分离物的一个识别符以及用于针对该分离物而言是独特的一个细胞群体质量属性概况的一个识别符，并且其中对于该分离物而言，针对每一条目的所述细胞群体质量属性概况是独特的，与多个分离物中的其他分离物相反。
全文摘要
在此提供了一种制造具有选择的糖结构的糖蛋白的方法。
文档编号A61K45/00GK102917733SQ201180022322
公开日2013年2月6日 申请日期2011年4月7日 优先权日2010年4月7日
发明者B·E·柯林斯, J·杜夫纳, V·法鲁丁, N·巴纳戈尔, L·瑟尼拉坎塔皮赖, C·J·博斯克斯, G·骄陈如 申请人:动量制药公司