使用tlr7和/或tlr9抑制剂的治疗方法

专利名称：使用tlr7和/或tlr9抑制剂的治疗方法
技术领域：
本申请涉及调节免疫应答的组合物和方法，包括TLR7和/或TLR9的抑制剂，例如免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物。本申请还涉及用于预测和/或确定疾病对包括TLR7和/或TLR9的抑制剂的治疗的响应性的组合物和方法。背景一般可以将免疫分为先天免疫或获得性免疫。先天免疫应答通常在感染后立即发生，以提供对感染性疾病的早期屏障，而获得性免疫应答稍后发生，产生抗原特异性效应细胞和通常是长期的保护性免疫。先天免疫应答不产生持久的保护性免疫，但似乎在稍后出现的获得性免疫应答的产生中发挥作用。Toll样受体(TLR)是先天免疫应答所必需的，因为它们识别几种不同的抗原并引发免疫/炎性应答，例如细胞因子生成以及树突状细胞和巨噬细胞活化。尤其是TLR2、TLR3、TLR4、TLR7、TLR8和TLR9识别病毒或细菌配体，例如糖配体、单链或双链RNA和含有未甲基化的5’-CG-3’序列的多核苷酸。免疫刺激性核酸分子通过与哺乳动物TLR9受体相互作用以及经由哺乳动物TLR9受体的信号传导而刺激免疫应答。参见Hemmi等人(2002)Nat.1mmunol.3:196_200。哺乳动物DNA —般不具有免疫刺激活性，似乎是由于CG序列的低频率以及大部分CG序列具有甲基化的胞嘧啶。因此，哺乳动物免疫系统细胞似乎通过TLR9受体来区分细菌DNA和自身DNA。相反，TLR7是通过识别富含尿苷的单链RNA来感知病毒感染的主要受体之一。TLR7和TLR9在浆细胞样树突状细胞前体(I3DC)和B细胞中通过自身核酸的触发在系统性红斑狼疮(SLE)的发病中是关键的。这导致roc产生I型IFN以及B细胞产生抗DNA和抗RNP抗体，所述I型IFN的产生可通过患者血液中IFN调控基因(IFN-签名)的上调来检测，所述抗DNA和抗RNP抗体与来自死亡细胞的DNA或RNA形成免疫复合物(IC)(Barrat 和 Coffman，2008 ;Marshak_Rothstein，2006)。PDC 是含有核酸的 IC 诱导的 IFN-a的主要来源。一旦被自身DNA/染色质或含有snRNP的IC激活，PDC从血液迁移入发炎组织，包括皮肤和肾。已经提出IFN-a和PDC还促进特征为IFN-a签名的其他自身免疫疾病的发病。实际上，产生I型IFN的PDC分别在罹患糖尿病、皮肌炎和干燥综合征的人的胰腺、肌肉和唾液腺中累积，充分表明失调的PDC激活可能是自身免疫疾病的更普遍特征(Barrat和Coffman, 2008 ；Guiducci 等人，2009 ；Ueno 等人，2007)。

通常用强的免疫抑制性方案治疗SLE，包括细胞毒性药物、抗疟疾化合物和糖皮质激素(GC)。糖皮质激素对获得性和先天免疫功能具有强的抗炎效应。它们抑制B和T细胞应答以及单核细胞和中性粒细胞的效应功能。在细胞水平上，GC抑制NF-kB活性，被认为是GC发挥其抗炎效应的主要机制。在狼疮中，GC通常在每天基础上口服施用，因为通常的隔日方案不能维持疾病控制。当需要大于40mg/天的剂量时，患者接受静脉内甲基强的松龙(Solumedrol)脉冲疗法(例如，每天给予达30mg/kg/天或Ig/天的剂量,持续3天)。这种治疗可以短暂减少疾病活动，但通常不诱导减轻或预防终末器官损伤。SLE治疗需要比许多其他自身免疫疾病高得多的GC剂量的原因还不清楚。发明概述本发明涉及TLR9和/或TLR7的抑制剂(例如，免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物)及其使用方法。本文提供了治疗个体的自身免疫疾病的方法，该方法包括给所述个体施用有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中所述治疗基于样品中干扰素签名和/或炎性细胞因子的差异水平。本文还提供了治疗疾病的方法，包括:(a)选择样品中具有IFN签名和/或炎性细胞因子差异水平的个体；和(b)给选定个体施用有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂。本文还提供了评估具有疾病的个体是更可能响应还是更不可能响应包括有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂的治疗的方法，该方法包括评估样品中IFN签名和/或炎性细胞因子的差异水平，其中样品中IFN签名和/或炎性细胞因子的差异水平指示所述个体更可能响应或更不可能响应所述治疗。本文还提供了鉴定更可能响应或更不可能响应包括有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂的治疗的患病个体的方法，所述方法包括:(A)评估样品中的IFN签名和/或炎性细胞因子的差异水平；和(B)鉴定样品中具有IFN签名和/或炎性细胞因子差异水平的个体。本文还提供了治疗个体疾病的方法，包括给所述个体施用有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中所述治疗响应或治疗响应的缺乏由样品中干扰素签名和/或炎性细胞因子的差异水平指示。本文还提供了监测个体对包括有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂的疾病治疗的响应性或响应性缺乏的方法，其中响应性由样品中干扰素签名和/或炎性细胞因子的差异水平指示。本文还提供了基于样品中干扰素签名和/或炎性细胞因子的差异水平而将个体鉴定更适合继续治疗或更不可能适合继续疾病治疗的方法，其中治疗包括有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，IFN签名是I型IFN签名。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，样品中的IFN签名与参考的IFN签名相关。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，IFN签名包括样品中一种或多种生物标志物与参考相比的差异水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:BATF2、CMPK2、CXCLl0, DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITU IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、LY6E、MXl、OASl、0AS2、0AS3、OASL, OTOF, RSAD2、RIP4、SERPING1、TRM6、XAFl、cl02h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_71、ISG20、IFI16、IRF7 和 AM2。在某些实施方案中，IFN 签名包括样品中一种或多种生物标志物与参考相比的差异水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:BATF2、CMPK2、DDX60、EPSTI1、HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITl、IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、MX1、0AS1、0AS2、0AS3、0ASL、0T0F、RSAD2、RTP4、SERPING1、TRM6、XAFl、c 102h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_71、ISG20、IRF7 和 AIM2。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，炎性细胞因子的差异水平包括样品中一种或多种炎性细胞因子标志物的差异水平， 所述炎性细胞因子标志物选自由以下组成的组:IL-1 a、IL_1 ^、TNF-a、IL-6、and IL-17, IFN-a、IFN- o , IFN-A 1、IFN- A 2 和 IP-10。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，样品中的差异水平是一种或多种标志物与参考相比的高水平，并且高水平指示a)个体更可能响应治疗或b)个体被选择来治疗。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，样品中的差异水平是一种或多种标志物与参考相比的低水平，并且低水平指示a)个体更不可能响应治疗或b)个体不被选择来治疗。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，样品中的差异水平是一种或多种标志物与参考相比的高水平，并且高水平指示a)个体不响应于治疗或b)个体更不可能适合继续治疗。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，差异水平是一种或多种标志物与参考相比的低水平，并且低水平指示a)个体响应于治疗或b)个体更可能适合继续治疗。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，所述参考是具有疾病的第二个体或患者群体的IFN签名。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，所述参考是个体在开始治疗时的IFN签名。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，所述参考是没有疾病的第二个体或患者群体的IFN签名。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，所述样品是含有外周血细胞或皮肤组织的样品。在本文提供的任何方法或组合物的某些实施方案中，TLR7抑制剂和/或TLR9抑制齐U是由下式核苷酸序列组成的多核苷酸:5’-RyJGCNz-3’ (SEQID NO: 147)，其中每个R是核苷酸，Y是约0至10的整数，J是U或T，每个N是核苷酸，并且z是约I至约100的整数。在某些实施方案中，Y是0并且z是约I至约50。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂是由下式核苷酸序列组成的多核苷酸:5’-RY JGCNZ_3’ (SEQID NO: 147)，其中每个R是核苷酸，y是约0至10的整数，J是U或T，每个N是核苷酸，并且z是约I至约100的整数。在某些实施方案中，Y是0并且z是约I至约50，其包含下式核苷酸序列:5’ -S1S2S3S4I'其中S:、S2, S3和S4独立为G、I或7-脱氮-dG。在一些实施方案中，多核苷酸由下式核苷酸序列组成:5’ -RyJGCKq S1S2S3S4L0-Sj (SEQID NO: 148),其中每个R、K和L是核苷酸，Y是约0至10的整数，J是U或T，S:、S2, S3和S4独立为G或能够预防G-四联体形成和/或预防Hoogsteen碱基配对的分子，a是约I至约20的整数,并且P是约I至约20的整数。例如，多核苷酸包含下式核苷酸序列:5’ -S1S2S3S4I'其中S:、S2、S3和S4独立为G、I或7-脱氮-dG。在某些实施方案中，S:、S2、S3和S4中的一个或多个是I。在某些实施方案中，Sp S2、S3和S4是6。在一些实施方案中，多核苷酸包含下式核苷酸序列:5’ -GIG G-3’。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，TLR7抑制剂和/ 或 TLR9 抑制剂是式5’-E|；JGCFUTCCTGGASiS2S3S4TT3(p-3’ (SEQ ID NO:152)，其中每个E、F和3是核苷酸，;、9和f是约0至10的整数，J是U或T，Sp S2, S3和S4独立为G、I或7-脱氮-dG。在本文提供的任何方法或组合物的某些实施方案中，一种或多种核苷酸包括修饰。在某些实施方案中，所述修饰是2’-糖修饰。在某些实施方案中，2’ -糖修饰是2' -0-甲基糖修饰或2’-0-甲氧基乙基糖修饰。在某些实施方案中，多核苷酸包括所有2’ -脱氧核糖多核苷酸。在某些实施方案中，多核苷酸是2’ -脱氧核糖多核苷酸和2’ -糖修饰嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸是2’ -脱氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲基糖多核苷酸嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸是2’-脱氧核糖多核苷酸和2’-0-甲氧基乙基糖多核苷酸嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸具有至少一个包括修饰的磷酸酯键的核苷酸。在某些实施方案中，多核苷酸仅包括硫代磷酸酯键。
在包含其中S1、S2、S3和S4独立G、I或7-脱氮-G的式Sj-S1S2S3S4I的本文提供的任何方法或组合物的某些实施方案中，核苷酸都是脱氧核糖核苷酸。在包含其中S1' S2,S3和S4独立G、I或7-脱氮-G的式5’ -S1S2S3S4I’的某些实施方案中，核苷酸都是2’ -脱氧核糖核苷酸。例如，对于其中TLR7和/或TLR9抑制剂是包含其中每个R、K和L是核苷酸，J是U或T，Y是约0至10的整数，a是约I至约20的整数，并且P是约I至约20的整数的式R Y JGCK a GIGGL 0-3’ (SEQ ID NO:146)的核苷酸序列的多核苷酸的方法和组合物，序列中GIGG部分的每个核苷酸是2’ -脱氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脱氧鸟苷并且I是2’ -脱氧肌苷)。类似地，在一些实施方案中，其中I是肌苷并且Z’是7-脱氮G的GGGG、GIGG或GZ’ GG基序中的每个核苷酸是2’ -脱氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脱氧鸟苷，I是2’ -脱氧肌苷并且Z’是7-脱氮-2’ -脱氧鸟苷)。本文还提供了调节个体免疫应答的方法，包括给所述个体施用足以调节所述个体免疫应答的量的多核苷酸，其中所述多核苷酸选自由以下组成的组:SEQ ID NO:64-78,SEQID NO:123-135和SEQ ID NO: 141-145。在一些实施方案中，所述多核苷酸包括由以下组成的组之一:SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ IDNO:78, SEQ ID NO: 141、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO: 144。在一些实施方案中，多核苷酸包括由以下组成的组之一:SEQ ID NO:73,SEQ IDNO:134、SEQ ID NO:143和SEQ IDNO:144。在某些实施方案中，调节个体免疫应答治疗和/或预防疾病。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，免疫应答得到抑制。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，TLR7依赖性免疫应答得到抑制。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，TLR9依赖性免疫应答得到抑制。在任何方法的其他实施方案中，TLR7和TLR9依赖性免疫应答得到抑制。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，疾病是自身免疫疾病。在某些实施方案中，自身免疫疾病的一个或多个症状得到改善。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，自身免疫疾病的发展得到预防或延迟。在某些实施方案中，自身免疫疾病选自由以下组成的组:系统性红斑狼疮(SLE)、类风湿性关节炎、皮肌炎和干燥综合征。在本文提供的任何方法的某些实施方案中，疾病伴随炎症。在某些实施方案中，炎症是无菌炎症。在某些实施方案中，无菌炎症是肝 脏的无菌炎症。本发明还涵盖包含由SEQ ID NO:64_78、123-135和141-145组成的组(33个序列)的一个或多个的多核苷酸。本发明还涵盖由SEQ IDNO:64-78、123-135和141-145组成的组(33个序列)的一个组成的多核苷酸。在一些实施方案中，多核苷酸的组成全部是2’_脱氧核糖多核苷酸。在一些实施方案中，多核苷酸的一个或多个核苷酸包括修饰。在一些实施方案中，修饰包括2’-糖修饰。在这些实施方案的子集中，2’-糖修饰包括2' -0-甲基糖修饰或2’-0-甲氧基乙基糖修饰。在某些实施方案中，多核苷酸的组成全部是2’-脱氧核糖多核苷酸。在某些实施方案中，多核苷酸是2’ -脱氧核糖多核苷酸和2’ -糖修饰嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸是2’ -脱氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲基糖多核苷酸嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸是2’ -脱氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲氧基乙基糖多核苷酸嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸具有至少一个包括修饰的磷酸酯键的核苷酸。在某些实施方案中，多核苷酸仅包括硫代磷酸酯键。 本发明还涉及优选用于实施本发明方法的试剂盒。本发明试剂盒一般包括本发明的免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物(一般在适当容器中)，并且还可以包括免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物在个体免疫调节中的使用说明书。在一些实施方案中，试剂盒还包括另一种治疗剂。本公开内容提供了治疗个体自身免疫疾病的方法，包括给所述个体施用有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中在治疗开始时在来自所述个体的样品中存在与来自健康受试者的对照样品相比升高的炎症基因表达模式。在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含选自由SEQ IDNO:1-78,80-108和110-145组成的组的核苷酸序列或者由选自由SEQ IDNO:1-78,80-108和110-145组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸，或者是包含选自由SEQ ID N0:64-78、123-135和141-145组成的组的核苷酸序列或者由选自由SEQ ID NO:64-78,123-135和141-145组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸。在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:RyJGCK a GIGGL P-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每个 R、K 和 L 是核苷酸，J 是 U 或 T，y 是约0至10的整数，a是约I至约20的整数，并且P是约I至约20的整数。在一些实施方案中，序列的GIGG的每个核苷酸是2’ -脱氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脱氧鸟苷并且I是2’_脱氧肌苷)。在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含选自由以下组成的组的核苷酸序列或者由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸:SEQ ID NO:67,SEQ ID NO:68、SEQ ID NO:69、SEQID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:14USEQ ID NO:143和SEQ ID NO:1440在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含选自由以下组成的组的核苷酸序列或者由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸:SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78、SEQ IDNO:143 和 SEQ ID NO:144。在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含选自由以下组成的组的核苷酸序列或者由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸:SEQ ID NO:73,SEQ ID NO: 134,SEQID NO:143和SEQ ID NO:144。在一些实施方案中，多核苷酸的组成全部是2’-脱氧核糖多核苷酸。在一些实施方案中，多核苷酸的一个或多个核苷酸包括修饰。在一些实施方案中，修饰包括2’-糖修饰。在这些实施方案的子集中，2’-糖修饰包括2' -0-甲基糖修饰或2’ -0-甲氧基乙基糖修饰。在某些实施方案中，多核苷酸的组成全部是2’ -脱氧核糖多核苷酸。在某些实施方案中，多核苷酸是2’-脱氧核糖多核苷酸和2’-糖修饰嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸 是2’ -脱氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲基糖多核苷酸嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸是2’ -脱氧核糖多核苷酸和2’ -0-甲氧基乙基糖多核苷酸嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸具有至少一个包括修饰的磷酸酯键的核苷酸。在某些实施方案中，多核苷酸仅包括硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，所述方法还包括在施用步骤之前选择具有升高的炎症基因表达模式的个体。在一些优选的实施方案中，TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂以有效实现以下结果的一个或多个的量施用:i)降低来自个体的治疗后样品中的炎症基因表达模式；ii)降低自身免疫疾病的临床疾病活动量度；iii)降低自身免疫疾病的血清学疾病量度；和iv)增加来自个体的治疗后外周血单核细胞样品中的浆细胞样树突状细胞。在一些实施方案中，血清学疾病量度包括补体水平。在一些实施方案中，血清学疾病量度包括抗核抗原抗体，包括由以下组成的组的一个或多个:抗dsDNA、抗Sm (Smith抗原)、抗组蛋白、抗RNP、抗Ro (SSA)和抗La (SSB)。在一些实施方案中，所述方法还包括施用第二治疗剂。在一些优选的实施方案中，第二治疗剂选自由以下组成的组:皮质类固醇、非留体抗炎药(NSAID)、IFN-a抑制剂和抗疟疾药。在一些实施方案中，个体是人患者。在一些实施方案中，自身免疫疾病是系统性红斑狼疮(SLE)或皮肤性红斑狼疮(CLE)。在一些实施方案中，自身免疫疾病选自由以下组成的组:SLE、系统性硬化、多肌炎、皮肌炎、类风湿性关节炎和干燥综合征。本公开内容还提供了治疗个体的自身免疫疾病的方法，该方法包括给所述个体施用有效减少所述个体糖皮质激素使用量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中在治疗开始时在来自所述个体的样品中存在与来自健康受试者的对照样品相比升高的炎症基因表达模式。本公开内容还提供了评估具有自身免疫疾病的个体是否可能响应包括有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂的治疗的方法，所述方法包括测量来自所述个体的样品中的炎症基因表达1旲式，其中与来自健康受:试者的对照样品相比升闻的炎症基因表达1旲式指不所述个体可能响应所述治疗。此外，本公开内容提供了监测具有自身免疫疾病的个体对包括有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂的治疗的响应性的方法，所述方法包括测量来自所述个体的治疗如样品和治疗后样品中的炎症基因表达1吴式，其中当所述治疗后样品中的所述炎症基因表达模式与所述治疗前样品相比降低时，确定所述个体响应所述治疗。在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含选自由SEQ IDNO: 1-78,80-108和110-145组成的组的核苷酸序列或者由选自由SEQ IDNO:1-78,80-108和110-145组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸，或者是包含选自由SEQ ID NO:64-78,123-135和141-145组成的组的核苷酸序列或者由选自由SEQ ID NO:64-78、123-135和141-145组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸。在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:RY JGCK a GIGGL 0-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每个R、K和L是核苷酸，J是U或T，Y是约0至10的整数，a是约I至约20的整数，并且P是约I至约20的整数。在一些实施方案中，序列的GIGG的每个核苷酸是2’ -脱氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脱氧鸟苷并且I是2’ -脱氧肌苷)。在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含选自由以下组成的组的核苷酸序列或者由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸:SEQ ID NO:67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO:7USEQ ID NO: 73, SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO:144。在一些实施方案中，TLR7 和 / 或TLR9抑制剂是包含选自由以下组成的组的核苷酸序列或者由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸:SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78、SEQ IDNO:143 和SEQ ID NO: 144。在一些实施方案中，TLR7和/或TLR9抑制剂是包含选自由以下组成的组的核苷酸序列或者由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成的多核苷酸:SEQ ID NO:73,SEQ ID NO:134, SEQ ID NO:143和SEQ ID NO:144。在一些实施方案中，多核苷酸的组成全部是2’ -脱氧核糖多核苷酸。在一些实施方案中，多核苷酸的一个或多个核苷酸包括修饰。在一些实施方案中，修饰包括2’ -糖修饰。在这些实施方案的子集中，2’-糖修饰包括2' -0-甲基糖修饰或2’-0-甲氧基乙基糖修饰。在某些实施方案中，多核苷酸的组成全部是2’ -脱氧核糖多核苷酸。在某些实施方案中，多核苷酸是2’ -脱氧核糖多核苷酸和2 ’ -糖修饰嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸是2 ’ -脱氧核糖多核苷酸和2 ’ -0-甲基糖多核苷酸嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸是2’-脱氧核糖多核苷酸和2’-0_甲氧基乙基糖多核苷酸嵌合序列。在某些实施方案中，多核苷酸具有至少一个包括修饰的磷酸酯键的核苷酸。在某些实施方案中，多核苷酸仅包括硫代磷酸酯键。在一些实施方案中，个体是人患者。在一些实施方案中，自身免疫疾病是系统性红斑狼疮(SLE)或皮肤性红斑狼疮(CLE)。在一些实施方案中，自身免疫疾病选自由以下组成的组:SLE、系统性硬化、多肌炎、皮肌炎、类风湿性关节炎和干燥综合征。而且，本公开内容提供了前述段落中提供的任何方法的实施方案，其中升高的炎症基因表达模式包括干扰素(IFN)签名，包括样品中一种或多种生物标志物与对照样品相比升高的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:BATF2、CMPK2、CXCLlO, DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITU IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、LY6E、MXl、OASl、0AS2、0AS3、OASL, OTOF, RSAD2、RTP4、SERPING1、TRIM6, XAFl、cl02h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_71、ISG20、IFI16、IRF7 和 AM2。在一些实施方案中，升高的炎症基因表达模式包括干扰素(IFN)签名，包括样品中一种或多种生物标志物与对照样品相比升高的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:BATF2、CMPK2、DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITU IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、MXl、OASl、0AS2、0AS3、OASL, OTOF, RSAD2、RTP4、SERPINGU TRIM6、XAFl、cl02h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_7UISG20.1RF7和AM2。在一些实施方案中，升高的炎症基因表达模式包括样品中一种或多种细胞因子与对照样品相比升高的水平，所述细胞因子选自由以下组成的组:IL_la、IL-1P , TNF- a、IL-6、IL-17、IFN-a , IFN- w , IFN- A 1、IFN_ 入 2和IP-10。在一些实施方案中，升高的炎症基因表达模式包括样品中一种或多种生物标志物与对照样品相比升高的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组=IFITl (具有34肽重复序列-1的胰岛素诱导的蛋白)、OASL(2' -5'-寡腺苷酸合成酶样)、LY6E (淋巴细胞抗原6复合物，基因座E)、0AS2(2' -5'-寡腺苷酸合成酶)、0AS3 (2' -5'-寡腺苷酸合成酶)、IFI44(丙型肝炎微管聚合 蛋白)、MX1(粘液病毒抗性1)、G1P3(干扰素、a-诱导蛋白或IF1-6-16)、PRKR (干扰素-a -可诱导的双链RNA依赖性的蛋白激酶)、IFIT4 (具有34肽重复序列4的胰岛素诱导的蛋白)、PLSCRl (磷脂爬行酶I)、C10RF29(造骨细胞中表达的假定蛋白，类似于IFI44)、HSXIAPAF1 (XIAP-相关因子-1)、G1P2 (干扰素、a -诱导蛋白或 IF1-15K)、Hs.17518 (Cig5 或 Viperin)、IRF7(干扰素调节因子 7)、CD69 (早期 T 细胞激活抗原)、LGALS3BP(凝集素，半乳糖苷结合性的、可溶性的，3结合蛋白)、ILlRN(白介素_1受体拮抗剂)、AP0BEC3B (佛波醇蛋白I样)、RGS1 (G-蛋白信号传导I的调节剂)、AGRN(集聚蛋白)、EREG(上皮调节蛋白)、THBSl (血小板反应蛋白I)、ETSl (v-ets成红细胞增多症病毒E26致癌基因同系物I)、ADAM9(A解聚素和金属蛋白酶结构域9)、SERPING1 (丝氨酸或半胱氨酸蛋白酶抑制剂(Cl抑制剂))和FCGRlA(IgG的Fe片段，高亲和性Ia受体)。在一些实施方案中，IFN签名是SLE签名的一部分。在一些实施方案中，SLE签名包括样品中一种或多种生物标志物与对照样品相比升高的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:GTPBP2、PCTAIRE2BP、DNAPTP96、GPR84、B4GALT5、FRAT2 和 PAFAH1B。在一些实施方案中，SLE签名包括样品中一种或多种生物标志物与对照样品相比升高的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:表IB (185个标志物)、表2B (1253个标志物)、表3B (18个标志物)和表4(6个标志物)，U.S.7，608，395的全部(如说明书中重复的)。在一些实施方案中，SLE签名包括样品中一种或多种生物标志物与对照样品相比降低的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:表IA (160个标志物)、表2A(1751个标志物)和表3A(27个标志物)，U.S.7，608，395的全部(如说明书中重复的)。在一些实施方案中，升高的水平指比对照样品大至少2.0倍、至少2.25倍、至少2.5倍或至少3倍、至少3.5倍、至少4倍、至少5倍或至少10倍的表达水平变化。在其他实施方案中，降低的水平指比对照样品小至少50%、小至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的表达水平。在一些实施方案中，一种或多种生物标志物包括至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或25种生物标志物。在一些实施方案中，来自健康受试者的对照样品包括来自至少10、15、20或25名健康人受试者的PBMC。在一些实施方案中，样品包括外周血单核细胞(PBMC)或皮肤组织。在一些实施方案中，通过测量从生物标志物的基因表达的mRNA来确定升高的炎症基因表达模式。在其他实施方案中，通过测量从生物标志物的基因的蛋白表达来确定升高的炎症基因表达模式。在一些实施方案中，通过选自但不限于由以下组成的组的技术来确定升高的炎症基因表达模式:nanostring分析、酶联免疫吸附测定(ELISA)和流式细胞术。本公开内容还提供了用于前述段落的方法的组合物，包括用于治疗个体自身免疫疾病的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中在治疗开始时在来自所述个体的样品中存在与来自健康受试者的对照样品相比升高的炎症基因表达模式，其中所述TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:RYJGCK a GIGGL P -3’ (SEQ ID NO:146)，其中每个R、K和L是核苷酸，J是U或T，y是约0至10的整数，a是约I至约20的整数，并且^是约I至约20的整数。在一些实施方案中，序列的GIGG的每个核苷酸是2’-脱氧核糖核苷酸(例如，G是2’ -脱氧鸟苷并且I是2’ -脱氧肌苷)。本公开内容还提供了用于前述段落的方法的组合物，包括用于治疗个体自身免疫疾病的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中在治疗开始时在来自所述个体的样品中存在与来自健康受试者的对照样品相比升高的炎症基因表达模式，其中TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:5’ -Nm-N2N2N1CGN1N2N3-Nm-S, (SEQ ID NO:205)，其中CG是寡核苷酸基序，即CpG、CfpG、C*pG*或CpG%其中C是胞嘧啶，C*是嘧啶核苷酸衍生物，G是鸟苷，G*是嘌呤核苷酸衍生物A1是核苷酸衍生物或抑制寡核苷酸基序活性的非核苷酸键修饰，N2-N3在每次出现时是核苷酸、核苷酸衍生物或抑制寡核苷酸基序活性的非核苷酸键修饰，N1-N3在每次出现时是核苷酸或核苷酸衍生物，并且Nm和Nm在每次出现时是核苷酸、核苷酸衍生物或非核苷酸键。本公开内容还提供了用于前述段落的方法的组合物，包括用于治疗个体自身免疫疾病的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中在治疗开始时在来自所述个体的样品中存在与来自健康受试者的对照样品相比升高的炎症基因表达模式，其中TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸=XaCCN1N2N3YbN4GGGZc^SEQ ID NO:206)，其中:每个C是胞苷或其衍生物，其中至少一个C是胞苷衍生物；每个G是鸟苷或其脱氮衍生物；Xa是a核苷酸长度的任何核苷酸序列，其中a是0-12的整数，并且每个核苷酸的选择独立于Xa中的任何其他核苷酸；Yb是b核苷酸长度的任何核苷酸序列，其中b是0-21的整数，并且每个核苷酸的选择独立于Yb中的任何其他核苷酸；Z。是c核苷酸长度的任何核苷酸序列，其中c是0-12(包含)的整数，并且每个核苷酸的选择独立于Z。中的任何其他核苷酸；并且K、N2, N3和N4各自独立为任何核苷酸。附图简述

图1A-C描绘了用单独 的R848或在测试IRP存在下刺激TLR7配体之后小鼠脾细胞中的IL-6水平(pg/ml)。
图 2A-D 显示了在以 IOmpk 和 IOOmpk 施用 SEQ ID NO:42 或 SEQ IDNO: 109 (IRS)之后(A，B)和以 90mpk 施用 SEQ ID NO:42、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:134、SEQ ID NO:143 和 SEQ IDNO:144 之后(C，D)大鼠体重随时间的增加
/减轻。图3A-B显示了以所示剂量施用SEQ ID NO:42⑷和SEQ ID NO:109⑶之后随时间的相对于给药前的百分比体重增加。图3C显示以100mg/kg施用SEQ ID NO:42、SEQID NO:79, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 134、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO:144 之后随时间的相对于给药前的百分比体重增加。图 4A-D 显示了以 100mg/kg 施用 SEQ ID NO:42、SEQ ID NO: 79、SEQID NO: 73、SEQID NO: 134、SEQ ID NO:143和SEQ ID NO: 144之后肝、心、肾或脾的器官重量。图5A-B显示了当用单独的R848或在测试IRP存在下刺激时与单独R848相比产生的IL-6的百分比(A)和当用单独的CpG-1SS或在测试IRP存在下刺激时与单独CpG-1SS相比产生的IL-6的百分比(B)。图6A-B分别显示了在脾细胞和B细胞中与单独的R848相比产生的IL_6的百分比或当用单独的R848或在测试IRP存在下刺激时产生的IL-6的水平(pg/ml)。图6C和D分别显示了在脾细胞和B细胞中与单独的CpG-1SS相比产生的IL-6的百分比或当用单独的CpG-1SS或在测试IRP存在下刺激时产生的IL-6的水平(pg/ml)。图7A显示了当用单独的CpG-1SS或在测试IRP存在下刺激时与单独CpG-1SS相比产生的IL-6的百分比。图7B显示了当用单独的R848或在测试IRP存在下刺激时与单独R848相比产生的IL-6的百分比。图7C-D显示了当用单独的流感病毒(C)或HSV(D)或在测试IRP存在下刺激时与单独病毒相比产生的IFN-a的百分比。图8A显示了与 用单独的CpG-1SS或在测试IRP存在下刺激时相比产生的IFN-a的水平。图8B-C显示了当用单独DNA-1C(B)或RNP-1C(C)或在测试IRP存在下刺激时与单独DNA-1C相比产生的IFN- a的水平。图9A-B显示了当用HSV刺激时I3DC中测试IRP的IC50值。图9C和D显示了当用流感病毒刺激时roc中测试IRP的IC90值。图1OA显示了用单独的TLR9L HSV或TLR71FLU或者在各种浓度的SEQ ID NO:73存在下刺激的人PDC的剂量响应曲线。图1OB显示了当用单独的流感病毒或在测试IRP存在下刺激时与单独病毒相比产生的IFN-a的百分比。图1OC和D显示了当用单独CpG-1SS或在测试IRP存在下刺激时与单独CpG-1SS相比产生的IL-6的水平(pg/ml)或产生的IL-6的百分比。图1lA-B显示了肝和肾中测试IRP的组织浓度。图1lC和D显示了 SEQ ID NO:73和SEQ ID NO:109在测试剂量下在肝、肾、脾和心中的组织浓度。图12A-B显示了 SEQ ID NO:73在测试剂量下在肝、肾、脾和心中随时间的组织浓度。图12C和D显示了在研究结束时SEQ ID NO:73和109在肝、肾和脾中的组织浓度。图13A-D显示了 PDC诱导的IFN签名在与循环血液PDC严格相关的GC治疗的SLE患者中的表达水平。(A)纯化的PDC经单独培养或者与Flu或纯化抗RNP-1C单独或与GC(10_5M)或IRS —起培养，并在3h时测定IFN-a分泌。(B)上图:未治疗(n = 30)、5-1Omg(n = 29)或20_30mg(n = 6)每日口服强的松和IV甲基强的松龙脉冲(3个连续剂量，n = 6)的SLE患者中的干扰素模块表达水平(IFN模块内转录物的平均值)。中图和下图:未治疗(n = 13)、以 5-10mg 每日口服 GC(n = 27)、每日口服 GC20_30mg(n = 16)和 IV脉冲后一天(n = 6)的SLE患者中血液PDC和单核细胞数目。(C) PDC在IV脉冲后I天和6天之前的代表性流式细胞分析。(D)上:在健康对照(n = 9)、IV脉冲(n = 26)之前和脉冲之后第I (n = I)和第8天(n = 2)的SLE患者中平均干扰素模块水平表达(Nanostring,参见图17)的定量。下:在IV脉冲之前(D0，n = 10)和在脉冲之后第I天(n = 9)和第6天(n = 2)的⑶IIc群体患者中的PDC频率。数据描绘为平均值土SEM。图14A-G显示GC由于其缺乏对TLR诱导的NF_kB激活的活性而没有影响TLR7&9-活化I3DC的活力。(A-D)如所示培养纯化的PDC并在24小时之后评估活力。(A)用单独GC(K)-5M或I(T6M)或如所示培养H)C。显示了 6-12个独立供体的平均值土SEM。**p ( 0.01单独TLRL相对于与IRS —起培养。(B)用单独的GC(10_5M)或如所示培养TOC。5-8个独立供体的平均值土SEM。(C-D)用单独的CpG-C或用p38MAP、PI3激酶或NF_kB抑制剂培养H)C。显示了 6-8个独立供体的平均值土SEM。(E-G)在如所示培养之后制备来自纯化PDC (E-F)或单核细胞(G)的核提取物，并评估NF-kB的转录活性。以0.5 y M使用IKK-2。数据显示为至少·4个独立实验的OD值(平均值土SEM)。图15A-D显示了体内TLR激活赋予PDC对GC治疗的更大抗性。(A，B)18小时后用分级剂量的地塞·米松和从血液(A)或脾(B)制备的细胞注射129只小鼠。在血液(A)中，数据表示为细胞数目/ml血液和脾⑶中总细胞总数。n = 6只小鼠每组。(C-D) 129只小鼠未治疗，或用Img单独的地塞米松或在CpG-C ISS(50ii g/小鼠)存在下治疗，或用CpG-CISS加IRSQOOii g/小鼠)治疗；血液中细胞数目/ml显示于(C),并且脾中细胞总数显示于(D)。两次独立实验的累积数据；显示了 n = 8只小鼠每组。绘制的数据代表平均值土平均值的标准误差**p≤0.01，_p ≤ 0.0Ol0图16A-D显示由于通过自身核酸的TLR7&9激活，PDC形式狼疮易感小鼠与WT小鼠相比对GC诱导的细胞死亡具有固有抗性。(A-B)正常(实心符号)和狼疮易感(空心符号)动物未治疗或用地塞米松治疗(GC)。18小时后评估血液(A，相对于取血前的倍变)和脾(B，相对于未治疗的倍变)中的细胞数目。显示了至少三次独立实验的累积数据。***p≤0.001指示两个狼疮品系与任一正常品系之间的差异。(C) (NZBxNZW)FJP (D)TLR7.Tg0 6只小鼠未治疗或用单独GC或在IRS或对照(CTRL) ODN(100 ii g/小鼠s.c.)存在下治疗，在GC治疗之前每3天给予一次，持续10天。在DEX后18小时评估脾中的活力。显示了两次独立实验的累积数据。图17显示了 GC治疗的SLE患者中PDC诱导的IFN签名的瞬时水平。纯化的人I3DC被单独培养或在Flu(2M0I)或分离自SLE患者的纯化抗RNP IC (单独或与GC组合(10_5M或10_6M或IRS(0.5iiM))存在下培养。3小时之后，测定细胞的IFN-a分泌，五名供体的累积数据显示为MFI (平均值土平均值的标准误差)。图18A-E显示了 TLR诱导的信号保护PDC免于GC诱导的细胞死亡。IRS抑制了 TLR7/9刺激的人PDC中的IFN- a生成，但没有诱导细胞死亡，并且外源性IFN- a在缺乏 NF-kB 激活下没有拯救 H)C。(A)纯化的人 PDC 用 CpG-C ISS (0.5 y M)、IL-3 (5ng/ml)、TNF-a (20ng/ml)、IL-7(10ng/ml)、FTL_3L (lOng/ml)单独(白色条柱)或在 GC (I(T5M)存在下(黑色条柱)培养。在24小时后评估活力。显示了五次独立实验中10名(左图)和13名(右图)独立供体的平均值土平均值的标准误差( 0.01，***p ( 0.001。P值介于CpG+GC和细胞因子+GC组之间。(B)纯化的人PDC用单独或与各种浓度的GC组合的CpG-CISS(0.5iiM)、Flu(2MOI)培养。在24小时后评估IFN-a的活力和生成。显示了 10名独立供体的平均值。(C，D)纯化的 PDC 用 CpG-C ISS (0.5 uM), Flu (2MOI)或 RNP-1C (0.5mg/ml)或在IRS (IiiM)存在下培养。(C)在24小时后评估活力。⑶通过ELISA测量IFN-a。显示了三次独立实验的累积数据。n = 10。(E)纯化的PDC用CpG-C ISS(0.5uM)在有或没有可溶性IFN-a (20ng/ml)下单独或在所示浓度的NF_kB抑制剂IKK-2存在下培养。24小时后评估活力。显示了 10名独立供体的平均值土平均值的标准误差。图19显示了 GC不影响I3DC中TLR诱导的p65磷酸化。负纯化的PDC未治疗或用CpG-C ISS (0.5 uM) (A)、Flu (2M0I) (B)单独或在 GC (I(T5M)或 NF-kB 抑制剂 IKK-2 (0.5 u M)存在下培养90分钟，然后立即将细胞固定，用PermBuffer III在冰上通透30分钟，并用Alexa-647抗人NF-kB p65 (pS529) (BD Bioscience)染色，然后通过流式细胞术分析。至少三次独立实验的代表性直方图。图20显示IRS显著降低了体内细胞因子的CpG-C ISS介导的诱导。129只小鼠未治疗或用CpG-C ISS(50iig/小鼠)单独或与IRS(50 yg/小鼠)一起治疗，6小时后收集血清。通过ELISA评价IFN-a和IL_6。n = 6只小鼠每组土平均值的标准误差。图21显示了狼疮易感小鼠中roc的增加的抗性是由于TLR7&9刺激。(A)(NZBxNZff)F1和(B) TLR7.Tgo 6只小鼠未治疗或用GC (0.5mg)单独或与IRS 一起治疗。在GC治疗之前每3天施用IRS (IOOii g/小鼠s.c.)，持续10天。在GC注射后18小时评估不同细胞子集的活力。数据指细胞数目/ml血液。两次独立实验的平均值累积数据土标准误差，n = 8~12小鼠/组。图22A-D显示了用TLR抑制剂治疗狼疮易感小鼠没有影响狼疮易感小鼠在缺乏GC时的体内活力，并且对GC治疗的WT小鼠没有任何影响。狼疮小鼠中PDC对GC诱导的细胞死亡的抗性需要细胞激活。(A) (NZBxNZW)F1* (B)TLR7.Tg。6只小鼠未治疗或用IRS (100 y g/小鼠s.c.)每3天治疗一次， 持续10天，在最后一次IRS施用后18小时通过流式细胞术测量脾中的细胞数目。数据指脾中细胞总数的平均值土平均值的标准误差，n = 6只小鼠每组。在血流中获得类似数据(未显示)。(C)如图16所示，129只小鼠未治疗或用GC0.5mg或GC加IRS (100 u g/小鼠s.c.)治疗。在GC注射后18小时评估I3DC的活力。n = 6只小鼠每组。⑶如图16，129或(NZBxNZW)F1狼疮易感动物(3周或16周大)未治疗或用GC治疗。在这里，基于小鼠重量调节GC剂量，3周大的小鼠接受0.25mg,而成年小鼠接受0.5mg。在18小时后评估血液和脾中的PDC细胞数目。对于每只小鼠,数据表示为与未治疗小鼠的变化倍数。图23A-C显示了用TLR抑制剂治疗狼疮易感小鼠减少了 IFN可诱导基因的水平。
(A)如图16所述治疗(NZBxNZW)F1小鼠，但是当小鼠接受IRS时，使用了不同剂量的GC(在这里以mg每只小鼠计算)⑶(NZBxNZW)FjP (C)TLR7.Tg』只小鼠未治疗或用IRS(100ii g/小鼠s.c.)每3天治疗一次，持续10天，在最后一次IRS注射后18小时收集脾。从动物的脾制备RNA，并且通过定量分析(Taqman)测量I型IFN调节基因的水平。n = 6-10只小鼠每组的平均值土平均值的标准误差。图24A-F显示皮肤损伤引起白细胞侵润和激活，包括PDC生成IFN-a和中性粒细胞分泌NET。(A)在经由带剥离的侵润后24小时通过流式细胞术表征了 29只小鼠皮肤中的细胞侵润物。将PDC鉴定为CD11C+PDCA1+120G8+，将cDC鉴定为CDllc+PDCAl-120G8-，将中性粒细胞鉴定为LY6G+(1A8)F480-，将皮肤巨噬细胞鉴定为F480+LY6G low，将T细胞鉴定为⑶4+⑶3+和⑶8+⑶3+。显示了至少10只小鼠的代表性FACS曲线。(B) 129只小鼠经带剥离，24小时后通过流式细胞分析评估PDC侵润细胞的IFN-a生成。中性粒细胞(LY6G+)和T细胞(⑶3+)用作阴性对照。经CpG-1SS刺激3小时的培养的骨髓衍生的PDC用作阳性对照。显示了具有类似结果的三次独立实验的代表。通过使用Ly6G检测中性粒细胞并使用SyTox染色DNA的免疫染色来确定中性粒细胞从(C)骨髓(作为灭活的中性粒细胞来源)或(D)带剥离后24小时的小鼠皮肤分离时形成NET的能力。通过使用特定染料的免疫染色来检测含有IL-37的DNA(E)或RNA(F)NET纤维的存在。显示了 10只小鼠的代表。图25A-B显示MyD88信号传导途径是上调I型IFN调节基因和促炎基因所必需的。A) 剥离的直方图)和年龄匹配的WT C57/BL6小鼠(黑色直方图)未经治疗(天然)或经带剥离以引发炎症。24小时后，分离皮肤活检并通过Taqman评价促炎基因水平。IFNAR+小鼠(剥离直方图)和年龄匹配的WT129小鼠(黑色直方图)未经治疗(天然)或经带剥离以引发炎症。24小时后，分离皮肤活检并通过Taqman评价促炎基因水平。显示了至少两次独立实验的累积数据n = 15-20每组(平均值土 SEM)。*p < 0.05 ;#p ^ 0.01 ；
( 0.001。仅显示了 C57/BL6和129只小鼠的天然(未治疗)组。显示了至少两次独立实验的累积数据n = 15-20(平均值土SEM)。*p彡0.05 ;#p彡0.01 彡0.001。图26A-B显示TLR7和TLR9的刺激对于皮肤炎症的诱导是必需的但对于皮肤损伤后的细胞侵润不是必需的。129只小鼠未治疗(天然，白色直方图)、带剥离(带，黑色直方图)或用双重TLR7和TLR9抑制剂SEQID NO:42 (IRS) (IOOu g ；sc)治疗后立即带剥离。A) 24小时后分离皮肤侵润细胞，并如图24A所示鉴定PDC和中性粒细胞。直方图显示了从2x2cm皮肤活检获得的总细胞数(n = 10只小鼠)(平均值土SEM)。B)通过Taqman评价基因表达水平。显示了至少两次独立实验的累积数据n = 10-15只小鼠(平均值土SEM)。*p ^ 0.05 ;**p ^ 0.01 ;***p < 0.001。

图27A-B显示PDC和中性粒细胞的激活对于带剥离损伤之后炎症基因爆发是关键的。129只小鼠未经治疗，或者经带剥离的PDC和/或中性粒细胞在带剥离之前使用特异性抗体清除。在第-2天和第0天(带剥离之前8小时)给小鼠注射用于清除roc的抗120G8Ab或用于清除中性粒细胞的抗GR1-LY6G Ab, 1.p.给予250iig。在血流和皮肤侵润液中都实现了超过95%的细胞清除。在带剥离后24小时，在皮肤侵润细胞(A)和皮肤活检
(B)中测量了基因表达水平。仅显示了未治疗的小鼠的天然组。显示了三次独立实验的累积数据n = 14只小鼠(平均值土SEM)。*p彡0.05 ;#p彡0.01 彡0.001。图28A-H显示狼疮易感(NZBxNZW)Fl小鼠在带剥离之后发展了严重且慢性的皮肤疾病，类似于人CLE。(A)狼疮易感小鼠(NZBxNZW) Fl和年龄匹配的129和C57/BL6小鼠经带剥离，并在24小时、4天和20天后收集皮肤活检，并评价基因表达(分析IRF7、ISG15和IFIT未I型IFN调节基因，并分析TNF-a、IL1-A、ILlB为炎症基因)。24小时的基因表达水平设为100，并与带剥离后4天和20天获得的水平相比较。显示了三次独立实验的累积数据 n = 10 (平均值土 SEM)*p ( 0.05 ;**p ( 0.01 ;***p ( 0.001。(B)在(NZBxNZff)Fpl29和C57/BL6小鼠中带剥离之后15-23天定量具有开放损伤的区域。至少两次独立实验的累积数据n = 15(平均值土SEM)。在带剥离之后15-23天的(C-H)来自(C)未接触(NZBxNZff)Fl小鼠的皮肤或来自(D) 129、(E)C57/BL6或(F-H) (NZBxNZff)Fl小鼠的皮肤的代表性切片。比例尺200 u m。图29A-G显示，PDC和TLR7&9信号传导是狼疮易感小鼠中皮肤疾病形成所需要的。(A)在(NZBxNZW)(未治疗)、用每周一次注射 SEQ ID NO:42 (IRS)治疗的(NZBxNZW)F1小鼠和其中在实验期间已经清除PDC的(NZBxNZW)F1小鼠(PDC清除的)中带剥离之后15-23天定量具有开放的肉眼可见损伤的区域。显示了至少两次独立实验的累积数据n =12(平均值土SEM)。来自(B)未接触(NZBxNZW)F1 (天然)的皮肤或来自在带剥离之后15-23天从(C)未治疗的(NZBxNZff)F1或(D-E)用IRS治疗的(NZBxNZff)F1或(F-G)清除了 PDC的(NZBxNZW) F1分离的皮肤的代表性切片。比例尺200 u m。图30A-E显示使用SEQ ID NO:42 (IRS)对具有慢性皮肤炎症的狼疮易感小鼠的治疗性治疗显著改善了 CLE样表型。(A)在未治疗的(NZBxNZW)F1小鼠或从第4_20天用IRS在治疗环境下治疗(图36中的治疗方案)的(NZBxNZW)F1小鼠中带剥离之后25-23天定量具有开放损伤的区域。两次独立实验的累积数据n = 12 (平均值土SEM)。来自(B，C)未治疗或(D，E)从第4天用SEQ ID NO:42 (IRS)治疗的(NZBxNZW)F1的皮肤的代表性切片。比例尺200 Um0图31A-B显示MyD88信号传导途径是上调白细胞侵润损伤皮肤中I型调节基因和促炎基因所必需的。A)MyD88+(剥离直方图)和年龄匹配的WT C57/BL6小鼠(黑色直方图)未经治疗(天然)或经带剥离以引发炎症。24小时之后，分离侵润白细胞并通过Taqman评价促炎基因水平。IFNAR+小鼠(剥离直方图)和年龄匹配的WT129小鼠(黑色直方图)未经治疗(天然)或经带剥离以引发炎症。24小时后，分离皮肤活检并通过Taqman评价促炎基因水平。显示了至少`两次独立实验的累积数据n = 15-20每组(平均值土SEM)。*p彡0.05 ;#p彡0.01 彡0.001。仅显示了 C57/BL6和129只WT小鼠的天然(未治疗)组。显示了至少两次独立实验的累积数据n= 15-20(平均值土SEM)。*p < 0.05 ;**p ^ 0.01 ;***p < 0.001。图32显示TLR7和TLR9刺激对于皮肤剥离后的细胞侵润不是必需的。如图26，129只小鼠未治疗(天然，白色直方图)、带剥离(带，黑色直方图)或用双重TLR7和TLR9抑制剂SEQ ID NO:42 (IRS) (IOOii g;sc)治疗后立即带剥离。24小时后分离皮肤侵润细胞，并如图24A鉴定细胞群。直方图显示了从2x2cm皮肤活检获得的总细胞数(n = 10只小鼠)(平均值±SEM) o图33显示TLR7和TLR9的刺激对于皮肤炎症的诱导是必需的。如图26描述的治疗129WT小鼠。在皮肤活检中通过Taqman测量基因。显示了至少两次独立实验的累积数据(n = 10-15 小鼠)(平均值 ±SEM).*p ( 0.05 ;***p ( 0.001。图34A-D显示(NZBxNZW)F1小鼠皮肤的带剥离引发了可以用SEQ IDNO:42 (IRS)抑制的强烈炎症反应。经由狼疮易感小鼠带剥离的炎症后皮肤细胞侵润液的表征。给(NZBxNZW)F1剃毛并未经治疗(A)或带剥离(B，C) ;24小时后，分离皮肤侵润细胞(B，C)并通过Taqman评价基因表达水平(D)。如图24A描述的表征了细胞。(C)直方图显示了从2x2cm皮肤活检获得的总细胞数(n = 8只小鼠)(平均值土SEM)。⑶(NZBxNZW)F1小鼠未经治疗(天然，白色直方图)、带剥离(带，黑色直方图)或用双重TLR7和TLR9抑制剂SEQID NO:42 (IRS)治疗后立即带剥离。24小时后，通过Taqman评价基因表达水平。显示了 n=6只小鼠(平均值土SEM)。*p彡0.05。图35A-F显示在带剥离之后20天的(NZBxNZW)F1中损伤的组织病理特征的详情。来自带剥离后15-23天的(NZBxNZW)F1的皮肤的代表性切片。(A-C)真皮具有纤维硬化和明显炎性侵润的增生和角化过度症(原始放大IOOx)。(D)特征为脂肪组织的炎性侵润液和变性改性的真皮表皮交界处的改变(原始放大IOOx)。(E，F)由淋巴细胞丰富的中性粒细胞(核尘用E中箭头指示)和 巨噬细胞(F中的框区)组成的更深真皮中的侵润液详情(原始放大400x)。图36显示有关在(NZBxNZff)F1中用TLR7&9抑制剂SEQ ID NO:42 (IRS)以及在PDC清除实验中的治疗方案的设计。在实验的整个过程中，在带剥离当天开始或者在损伤后4天疾病已经确立时(图30A、D、E)开始使用SEQ ID NO:42(IRS)。在两种情况下，一周施用两次SEQ ID NO:42 (IRS) (100 y g ;s.c.)。还描述了图29A、F、G中描述的PDC清除实验的时机。在第-2天和第0天(带剥离之前8小时)给予针对F1DC抗120G8的清除抗体(250 ug；1.p.),然后每周给予两次，持续实验整个期间。根据未治疗组中损伤进展，在初始带剥离之后15-23天之间停止实验。图37显示TLR7和TLR9信号传导是皮肤炎症诱导所必需的。(A) TLR7-/-(黑色直方图)和年龄匹配的WT C57/BL6小鼠(灰色直方图)未经治疗(天然)或经带剥离以引发炎症。24小时后，分离皮肤活检并通过Taqman评价促炎基因水平。显示了 n= 10只小鼠(平均值土 SEM) ；*p ^ 0.05.B) TLR9-/-经带剥离(黑色直方图)或在用双重TLR7和TLR9抑制剂IRS954 (IOOii g;sc)治疗后立即带剥离(虚线直方图)。年龄匹配的WT C57/BL6小鼠未经治疗(天然，白色直方图)或经带剥离(灰色直方图)。24小时后，分离皮肤活检并通过Taqman评价促炎基因水平。显示了 n = 10只小鼠(平均值土SEM) ;*p ( 0.05。图38A-B显示了(A)来自用(n = 18)或没用(n = 11)所述口服GC治疗的29例SLE患者的全血的模块水平分析。使用的疾病活动指数(SLEDAI)和疗法在下方指示。具有斜线的模块对应于基因低表达，而没有斜线的模块对应于基因的相对过表达，标准化为对照。(B)使用NanostringCounter系统评估健康供体和SLE患者中的纵向血液基因表达水平。Nanostring codeset中包括对应于12个IFN可诱导基因的探针(参见表I)。将基因表达水平标准化为对照基因和健康供体。显示了对应于8个患者纵向样品(单列)的Heatmap (log2刻度)。以2-3个月的间隔获得了对应于患者SLE184、190、212、252、133和231的样品。这些患者接受口服GC但不接受任何IV甲基强的松龙脉冲。在IV脉冲前一天、2次独立IV脉冲(标记为0)分析SLE 242，并在口服GC时另外2次。在IV脉冲前一天和后一天分析SLE249 (标记为*)并在口服GC时另外2次。仅在IV脉冲后一天没有IFN可诱导基因表达水平的降低。没有斜线:过表达。斜线:低表达。发明详述本发明提供了 TLR7和/或TLR9的抑制剂，例如免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物，以及使用这些抑制剂调节个体、特别是人的免疫应答的方法。在一些实施方案中，免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物包括免疫调节性序列(IRS)。在一些实施方案中，免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物包括未修饰的IRS。本发明的免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物特别抑制先天免疫应答，包括涉及经由TLR7和/或TLR9的信号传导的应答。本发明的免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物可以有效抑制人类细胞生成细胞因子，包括IFN-a和/或IL-6。本文描述的免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物还可以有效抑制经免疫刺激性核酸刺激的细胞的增殖和/或成熟。本文还提供了通过给个体施用本文描述的免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物来治疗和预防所述个体的自身免疫疾患和炎性疾患、例如慢性炎性疾患的方法。本文还提供了预测和/或确定疾病对包括TLR7和/或TLR9的抑制剂的治疗的响应性的方法。在一些实施方案中，免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物与另一种治疗剂组合施用。在一些实施方案中，其他治疗剂是皮质类固醇。在一些实施方案中，免疫调节性化合物和/或免疫调节性多核苷酸包括至少一种修饰的免疫调节性化合物。一般技术除非另外指示，本发明的实施将采用本领域技术内的、分子生物(包括重组技术)、微生物学、细胞生物学、化学和免疫学的常规技术。此类技术在如下文献中全面解释:例如 Molecular Cloning:ALaboratoryManual,第二版(Sambrook 等人，1989) ；01 igonucleotide Synthesis (M.J.Gait 编，1984) ；Animal Cell Culture (R.1.Freshney编，1987) ；Handbook of Experimental Immunology(D.M.ffeir&C.C.Blackwell编)；Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J.M.Miller&M.P.Calos 编，1987) ；CurrentProtocoIs in Molecular Biology(F.M.Ausubel 等人编，1987) ；PCR:ThePolymerase Chain Reaction, (Mullis 等人 编，1994) ；Current Protocols inImmunology (J.E.Coligan 等人编，1991) ；The Immunoassay Handbook (D.Wild 编，Stockton Press NY,1994) ；Bioconjugate Techniques(Greg T.Hermanson 编，AcademicPress,1996);和 Methods of Immunological Analysis (R.Masseyeff, W.H.Albert 和N.A.Staines编，Weinheim:VCH Verlags gesellschaft mbH，1993)。定义如本文可互换使用的，术语“核酸”、“多核苷酸”和“寡核苷酸”包括单链DNA (ssDNA)、双链DNA (dsDNA)、单链RNA (ssRNA)和双链RNA (dsRNA)、修饰的多核苷酸和多核苷酸或其组合。多核苷酸可以是线性或环状构型，或者多核苷酸可以含有线性和环状区段。多核苷酸是一般通过磷酸二酯键结合的核苷的聚合物，但是多核苷酸中也可以使用替代键，例如硫代磷酸酯。核苷由与糖键合的嘌呤(腺嘌呤(A)或鸟嘌呤(G)或其衍生物)或嘧啶(胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)或尿嘧啶(U)或其衍生物)碱基组成。DNA中的四个核苷单位(或碱基)称为脱氧腺苷、脱氧鸟苷、胸腺嘧啶脱氧核苷和脱氧胞苷。核苷酸是核苷的磷酸酯。本文使用的术语“免疫刺激性核酸”或“免疫刺激性多核苷酸”指引起和/或促成可测量的免疫应答的核酸分子(例如，多核苷酸)，所述免疫应答如在体外、体内和/或离体测量的。可测量的免疫应答的实例包括但不限于抗原特异性抗体生成、细胞因子分泌、淋巴细胞群的激活或扩增，所述淋巴细胞群例如NK细胞、CD4+T淋巴细胞、CD8+T淋巴细胞、B淋巴细胞等。已知免疫刺激性核 酸(ISNA)序列刺激先天免疫应答，特别是细胞中通过TLR-9信号传导而发生的那些应答。如本领域已知的，免疫刺激性核酸(ISNA)可以分离自微生物来源，例如细菌，可以存在于核酸载体以用于基因疗法，或者可以使用本文描述和本领域已知的技术和设备合成。一般而言，免疫刺激性核酸序列包括至少一个CG 二核苷酸，该二核苷酸的C是未甲基化的。因此，在一些情况下，微生物感染和施用的DNA可以导致先天免疫应答的刺激。如本文使用的术语“免疫刺激性”或“刺激免疫应答”包括参与免疫反应的细胞类型的刺激和对特异性抗原物质的免疫应答的增强。通过免疫刺激性核酸刺激的免疫应答一般是“ThI型”免疫应答，相对于“Th2型”免疫应答。Thl型免疫应答通常特征是对抗原的“延迟型过敏性”反应和激活的巨噬细胞功能，并且可以通过Thl相关细胞因子增加的水平而在生化水平上检测，所述Thl相关细胞因子例如正^￥、11-2、11-12和1即-0。Th2型免疫应答一般与抗体生成(特别是IgE抗体生成)的高水平和增加的嗜伊红性粒细胞数目和激活以及Th2相关细胞因子(例如IL-4、IL-5和IL-13)的表达相关。本文使用的术语“先天免疫应答”或“先天免疫性”包括细胞或个体借此识别和应答病原体存在的多种先天抗性机制。如本文使用的，“先天免疫应答”包括当细胞识别病原体相关的分子模式或信号时发生的细胞内和细胞间事件和反应。先天性免疫应答中活性的细胞受体包括Toll样受体(TLR)家族，并且已经鉴定了几种TLR的微生物配体，如本文描述的。如本文使用的，术语“免疫调节性序列”或“IRS”指抑制和/或压制可测量的先天免疫应答的核酸序列，先天免疫应答如在体外、体内和/或离体测量的。如本文使用的，术语“免疫调节性序列”或“IRS”指包括修饰的核酸序列(即，修饰的IRS)以及不包括修饰的核酸(即，未修饰的IRS)。修饰的IRS可以包括对糖、碱基或骨架的修饰。如本文使用的，术语“免疫调节性多核苷酸”或“IRP”指包含至少一个抑制和/或压制可测量的先天免疫应答的IRS的多核苷酸，先天免疫应答如在体外、体内和/或离体测量的。如本文使用的，术语“免疫调节性多核苷酸”或“IRP”可以包括修饰的和/或未修饰的IRS。修饰的IRS可以包括对糖、碱基或骨架的修饰。TLR(例如TLR-7或9)的抑制包括但不限于在受体位点的抑制，例如通过阻断配体-受体结合以及抑制配体-受体结合之后的下游信号途径。可测量的先天免疫应答的实例包括但不限于细胞因子的分泌、淋巴细胞群(例如NK细胞、⑶4+T淋巴细胞、⑶8+T淋巴细胞、B淋巴细胞)的激活或扩增、细胞群(例如浆细胞样树突状细胞等)的成熟。如本文使用的，术语“免疫调节性化合物”或“IRC”指具有免疫调节活性并且包括包含IRS的核酸部分以及非核苷酸间隔物的分子。IRC可以由非核苷酸间隔物和包含不止一个IRS或由至少一个IRS组成的核酸部分组成。IRC可以包括修饰和/或未修饰的IRS。修饰的IRS可以包括对糖、碱基或骨架的修饰。因此，术语IRC包括包含一个或多个核酸部分的化合物，其至少一个包含与非核苷酸间隔物部分共价连接的IRS。术语“3’ ” 一般指多核苷酸或寡核苷酸中处于同一多核苷酸或寡核苷酸的另一区域或位置3’(下游)的区域或位置。术语“3’端”指多核苷酸的3’末端。术语“5’ ” 一般指多核苷酸或寡核苷酸中处于同一多核苷酸或寡核苷酸的另一区域或位置5’(上游)的区域或位置。术语“5’端”指多核苷酸的5’末端。术语“轭合物”指其中IRP和/或IRC连接的复合物。这种轭合物连接包括共价和/或非共价连接。“佐剂” 指当加入免疫原性剂例如抗原时非特异性地增强或加强暴露于该混合物的受体宿主中对该免疫原性剂的免疫应答的物质。术语“肽”指具有足以实现生物应答(例如抗体生成或细胞因子活性)的长度和组成的多肽，无论该肽是不是半抗原。通常，肽的长度是至少六个氨基酸残基。术语“肽”还包括修饰的氨基酸(无论是天然的还是非天然的)，这样的修饰包括但不限于磷酸化、糖基化、聚乙二醇化、脂化和甲基化。“递送分子”或“递送载体”是促进、允许和/或增强IRP和/或IRC至特定部位和/或以特定时间递送的化学部分。“个体”是哺乳动物，更优选是人。哺乳动物包括但不限于人、灵长类动物、农场动物、运动动物、啮齿类动物和宠物。物质的“有效量”或“足量”是足以实现有益或期望结果(包括临床结果)的量，因此，“有效量”取决于它所应用的上下文。在施用抑制TLR9依赖性免疫应答的组合物的上下文中，有效量是足以抑制或减少对经由TLR9的刺激的细胞应答的量。在施用抑制TLR7依赖性免疫应答的组合物的上下文中，有效量是足以抑制或减少对经由TLR7的刺激的细胞应答的量。有效量可以一次或多次施用来施用。如本文使用的，术语“共施用”指在时间上足够接近以调节免疫应答的至少两种不同的物质的施用。优选地，共施用指至少两种不同物质的同时施用。应答或参数的“压制”或“抑制”包括与除了感兴趣的条件或参数之外其他方面相同的情况相比或者与另一情况相比时减少应答或参数。例如，与例如单独免疫刺激性核酸诱导的细胞因子生成相比，包含抑制免疫刺激性核酸诱导的细胞因子生成的IRP的组合物减少细胞因子生成。作为另一个实例，与例如单独先天免疫应答产生的细胞因子的程度和/或水平相比，包含抑制与先天免疫应答相关的细胞因子生成的IRP的组合物降低细胞因子的程度和/或水平。TLR应答、例如TLR7或9应答的抑制包括但不限于受体部位的抑制，例如通过预防或阻断有效的配体-受体结合以及抑制例如有效的配体-受体结合之后的下游信号途径。应答或参数的“刺激”包括引发和/或增强该应答或参数。例如，免疫应答、例如先天免疫应答或Thl应答的“刺激”表示应答的增加，其可以源自应答的引发和/或增强。类似地，细胞因子或细胞类型(例如CTL)的“刺激”表示细胞因子或细胞类型(例如IL-6和/或TNF- a )的量或水平的增加。如本文使用和本领域公知的，“治疗”是获得有益或期望结果的方法，所述结果包括临床结果。出于本发明目的，有益或期望的临床结果包括但不限于无论是可检测还是不可检测的一种或多种症状的缓解或改善、疾病程度的减轻、疾病的稳定化(即，不恶化)状态、防止疾病扩散、疾病进程的延迟或减缓、疾病状态的改善或缓和、和免除(无论部分还是完全)。“治疗”还可以表示与未接受治疗的预期存活相比延长的存活。“减轻”疾病或疾患表示疾患或疾病状态的程度和/或不希望的临床表现与未治疗疾患相比被减少和/或进展的时间过程被减缓或延长。特别是在自身免疫疾病上下文中，如本领域技术人员公知的，减轻可以就在调节或减少不想要的免疫应答后立即发生。而且，减轻不一定通过施用一个剂量而发生，但经常就在施用一系列剂量后立即发生。因此，足以减轻应答或疾患的量可以一次或多次施用来施用。

如本文使用的，术语"生物标志物"指感兴趣的基因在转录(mRNA)或翻译(蛋白)水平上的差异表达。如本文使用的，术语“IFN签名”指一种或多种干扰素可诱导生物标志物的存在。在一些实施方案中，与基本上不受I型干扰素调节的一种或多种生物标志物的表达相比，干扰素可诱导生物标志物包括I型干扰素上调的基因。如本文使用的，“IFN签名”是升高的炎症基因表达模式的部分。如本文使用的，术语“升高的炎症基因表达模式”指作为炎性应答的部分不受调节的两种或多种生物标志物的存在:IFN签名的生物标志物；和其他生物标志物(例如,不是直接地干扰素可诱导的)。因此，术语“升高的炎症基因表达模式”涵盖IFN签名以及促炎介质例如趋化因子和趋化因子可诱导的生物标志物的升高水平(Crow和Kirou, ArthritisRes Ther, 2008 10:126，和 Fu 等人，Arthritis Res Ther，2008，10:R112)。例如，非干扰素可诱导生物标志物包括来自激活白细胞的签名，所述白细胞选自由嗜中性粒细胞、粒细胞、巨噬细胞和浆细胞组成的组。如本文使用的，术语“升高的炎症基因表达模式”是“自身免疫疾病签名”的部分，所述“自身免疫疾病签名”例如迄今充分描述的“SLE签名”。尽管称为“SLE签名”，但是许多生物标志物是许多其他系统性自身免疫疾病例如系统性硬化、多肌炎、皮肌炎、类风湿性关节炎和干燥综合征常见的。因此，本公开的组合物和方法用于多种系统性自身免疫疾病情况中。"相关"或"相关"表示以任何方式比较第一分析或方案的性能和/或结果与第二分析或方案的性能和/或结果。例如，可以使用第一分析或方案的结果来确定是否应该进行第二分析或方案。就基因表达分析或方案的实施方案而言，可以利用基因表达分析或方案的结果来确定是否应该进行特定的治疗方案。"预测"或"预测"在本文用来指个体可能有利地或不利地响应治疗方案的可能性。如本文使用的，"开始治疗时"或"基线"指在首次接触治疗时或之前的时间段。

如本文使用的，"基于"包括评估、确定或测量个体的本文描述的特征(并且优选地选择适合接受治疗的个体)。如本文使用的，"协助评估"的方法指帮助做出临床决定并且对于评估而言可以是或可以不是结论性的方法。如本文使用的，"可能响应"或"响应性"指任何种类的改善或临床或非临床的积极响应，选自但不限于无论是可检测还是不可检测的一种或多种症状的缓解或改善、疾病程度的减轻、疾病的稳定化(即，不恶化)状态、防止疾病扩散、疾病进程的延迟或减缓、疾病状态的改善或缓和、和免除(无论部分还是完全)。当标志物"用作基础"来选择、评价、测量或确定如本文描述的治疗方法时，在治疗之前和/或期间测量生物标志物，由临床医师使用获得的值来评估以下任何一种:(a)个体初始接受治疗的可能或合理的适合性；(b)个体初始接受治疗的可能或合理的不适合性；(C)对治疗的响应性；(d)个体继续接受治疗的可能或合理的适合性；(e)个体继续接受治疗的可能或合理的不适合性；(f)调节剂量；或(g)预测临床益处的可能性。如本领域技术人员公认的，临床环境中个体健康相关的生活质量的评价是明确的指示，即该参数用作初始、继续、调节和/或终止本文描述的治疗的施用的基础。
如本文使用的，"样品"指含有待表征和/或鉴定的分子的组合物，例如所述表征和/或鉴定基于物理、生物化学、化学、生理和/或遗传特征。要理解，本文描述的本发明的方面和实施方案包括“由方面和实施方案组成”和/或“基本由方面和实施方案组成”。对"约"值或参数的提及在本文包括(和描述)与该值或参数本身相关的变化。例如，涉及"约X"的描述包括"X的x+/-l%"的描述。如本文和所附权利要求中使用的，除非上下文明确指明相反，否则单数形式"一个"、"或"和"该"包括复数指示对象。例如“一个” IRP包括一个或多个IRP。如对于本领域技术人员明显的，被评估、选择和/或接受治疗的个体是需要这种活动的个体。生物标志物本文评价的生物标志物包括但不限于表I中的生物标志物。在一些实施方案中，“IFN签名”包括表I中一种或多种生物标志物与参考相比升高的水平。在其他实施方案中，“ IFN签名”还可以包括一种或多种生物标志物与参考相比降低的水平。表I IFN模块基因列表
权利要求
1.一种治疗个体的自身免疫疾病的方法，该方法包括给所述个体施用有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中在治疗开始时在来自所述个体的样品中存在与来自健康受试者的对照样品相比升高的炎症基因表达模式，并且其中所述TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:R Y JGCK a GIGGL 0-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每个R、K和L是核苷酸，J是U或T，Y是约O至10的整数，a是约I至约20的整数，并且P是约I至约20的整数。
2.权利要求1所述的方法，还包括在所述施用步骤之前选择具有升高的炎症基因表达模式的个体。
3.权利要求1或2所述的方法，其中所述TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂以有效实现以下结果的一个或多个的量施用: a.降低来自所述个体的治疗后样品中的炎症基因表达模式； b.降低所述自身免疫疾病的临床疾病活动量度； c.降低所述自身免疫疾病的血清学疾病量度；和 d.增加来自所述个体的治疗后外周血单核细胞样品中的浆细胞样树突状细胞。
4.权利要求1-3任一项所述的方法，还包括施用第二治疗剂。
5.权利要求4所述的方法，其中所述第二治疗剂选自由以下组成的组:皮质类固醇、非甾体抗炎药(NSAID)、 IFN-a抑制剂和抗疟疾药。
6.一种治疗个体的自身免疫疾病的方法，该方法包括给所述个体施用有效减少所述个体糖皮质激素使用量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂，其中在治疗开始时在来自所述个体的样品中存在与来自健康受试者的对照样品相比升高的炎症基因表达模式，并且其中所述TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:R Y JGCK a GIGGL P-3’ (SEQID NO:146)，其中每个R、K和L是核苷酸，J是U或T，y是约0至10的整数，a是约I至约20的整数，并且P是约I至约20的整数。
7.一种评估具有自身免疫疾病的个体是否可能响应包括有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂的治疗的方法，所述方法包括测量来自所述个体的样品中的炎症基因表达模式，其中与来自健康受试者的对照样品相比升高的炎症基因表达模式指示所述个体可能响应所述治疗，并且其中所述TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:RY JGCK a GIGGLP-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每个 R、K 和 L 是核苷酸，J 是 U 或 T，y 是约0至10的整数，a是约I至约20的整数，并且P是约I至约20的整数。
8.—种监测具有自身免疫疾病的个体对包括有效量的TLR7抑制剂和/或TLR9抑制剂的治疗的响应性的方法，所述方法包括测量来自所述个体的治疗前样品和治疗后样品中的炎症基因表达模式，其中当所述治疗后样品中的所述炎症基因表达模式与所述治疗前样品相比降低时，确定所述个体响应所述治疗，并且其中所述TLR7和/或TLR9抑制剂是包含下式核苷酸序列的多核苷酸:R Y JGCK a GIGGL P-3’ (SEQ ID NO: 146)，其中每个R、K和L是核苷酸，J是U或T，Y是约0至10的整数，a是约I至约20的整数，并且P是约I至约20的整数。
9.权利要求1-8任一项所述的方法，其中所述个体是人患者。
10.权利要求1-9任一项所述的方法，其中所述自身免疫疾病是系统性红斑狼疮(SLE)或皮肤性红斑狼疮(CLE)。
11.权利要求1-10任一项所述的方法，其中所述多核苷酸包含选自由以下组成的组的核苷酸序列或者由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成:SEQ ID NO:7USEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78,SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO:144。[SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:68、SEQ IDNO:69, SEQ ID NO:7U SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:78、SEQ ID NO:14U SEQ ID NO:143 和SEQ ID NO:144]
12.权利要求1-10任一项所述的方法，其中所述多核苷酸包括选自由以下组成的组的核苷酸序列或者由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成:SEQ ID NO:73, SEQ ID NO:134、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO:144。
13.权利要求1-12任一项所述的方法,其中一个或多个核苷酸包括修饰。
14.权利要求13所述的方法，其中所述修饰包括至少一个硫代磷酸酯骨架修饰。
15.权利要求13所述的方法，其中所述修饰包括2’-糖修饰。
16.权利要求15所述的方法，其中所述2’-糖修饰包括2'-O-甲基糖修饰或2’-0_甲氧基乙基糖修饰。
17.权利要求1-16任一项所述的方法，其中所述升高的炎症基因表达模式包括干扰素(IFN)签名，包括样品中一种或多种生物标志物与所述对照样品相比升高的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:BATF2、CMPK2、CXCLlO, DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFIT1、IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、LY6E、MX1、0AS1、0AS2、0AS3、0ASL、OTOF, RSAD2、RTP4、SERPINGU TRIM6, XAFU cl02h055、Agencourt-7914287NIH_MCG_71、ISG20、IFI16、IRF7 和 A頂2。
18.权利要求1-16任一项所述的方法，其中所述升高的炎症基因表达模式包括干扰素(IFN)签名，包括样品中一种或多种生物标志物与所述对照样品相比升高的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:BATF2、CMPK2、DDX60、EPSTIU HERC5、HES4、IFI44、IFI44L、IFITl、IFIT3、IFITM3、ISG15、LAMP3、L0C26010、MX1、0AS1、0AS2、0AS3、OASL, OTOF、RSAD2、RTP4、SERPINGU TRIM6, XAFl、cl02h055、Agencourt-7914287NIH-MCG_71, ISG20、IRF7 和AIM20
19.权利要求1-16任一项所述的方法，其中所述升高的炎症基因表达模式包括所述样品中一种或多种细胞因子与所述对照样品相比升高的水平，所述细胞因子选自由以下组成的组:IL-1 a、IL-1 3、TNF-a、IL-6、IL-17、IFN-a、IFN-w、IFN-入 1、IFN-入 2 和 IP-1O0
20.权利要求1-19任一项所述的方法，其中所述样品包括外周血单核细胞(PBMC)或皮肤组织。
21.权利要求9-20任一项所述的方法，其中所述来自健康受试者的对照样品包括来自至少10名健康人受试者的PBMC。
22.权利要求1-21任一项所述的方法，其中所述升高的炎症基因表达模式还包括SLE签名，包括样品中一种或多种生物标志物与所述对照样品相比升高的水平，所述生物标志物选自由以下组成的组:GTPBP2、PCTAIRE2BP、DNAPTP96、GPR84、B4GALT5、FRAT2 和PAMHlB。
23.权利要求1-22任一项所述的方法，其中所述升高的炎症基因表达模式通过测量从所述生物标志物的基因表达的mRNA来确定。
24.权利要求1-22任一项所述的方法，其中所述升高的炎症基因表达模式通过测量从所述生物标志物的基因的蛋白表达来确定。
25.—种多核苷酸，包含选自由以下组成的组的核苷酸序列:SEQ ID NO:73, SEQ IDNO: 134、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO: 144。
26.—种多核苷酸，由选自由以下组成的组的核苷酸序列组成:SEQ ID NO:73, SEQ IDNO: 134、SEQ ID NO:143 和 SEQ ID NO: 144。
27.权利要求25或26所述的多核苷酸,其中一个或多个核苷酸包括修饰。
28.权利要求27所述的多核苷酸，其中所述修饰包括至少一个硫代磷酸酯骨架修饰。
29.权利要求27所述的多核苷酸，其中所述修饰包括2’-糖修饰。
30.权利要求29所述的多核苷酸，其中所述2’-糖修饰包括2'-O-甲基糖修饰或2’ -Q-甲氧基乙基糖修饰。
全文摘要
本申请涉及调节免疫应答的组合物和方法，包括TLR7和/或TLR9抑制剂，例如免疫调节性多核苷酸和/或免疫调节性化合物。本申请还涉及用于预测和/或确定疾病对包括TLR7和/或TLR9抑制剂的治疗的响应性的方法。
文档编号A61K48/00GK103153346SQ201180039126
公开日2013年6月12日 申请日期2011年6月16日 优先权日2010年6月16日
发明者F·巴拉特, R·L·考夫曼, C·圭杜奇 申请人:戴纳瓦克斯技术公司