用于为抗egfr药物治疗鉴定非小细胞肺癌患者的组织学标志物的制作方法

用于为抗egfr药物治疗鉴定非小细胞肺癌患者的组织学标志物的制作方法
【专利摘要】本发明提供使用针对EGFR的药物(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗(cetuximab))治疗肺癌患者(尤其是具有SCC或PLC的NSCLC)的方法。另外，本发明提供根据组织学测定为使用针对EGFR药物(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗)的治疗鉴定或选择肺癌患者的方法。
【专利说明】用于为抗EGFR药物治疗鉴定非小细胞肺癌患者的组织学标志物
[0001]对相关申请的交叉引用
[0002]本申请要求2012年7月31日提交的国际专利申请N0.PCT/CN2012/079399的优先权,通过述及将其完整收入本文。
发明领域
[0003]本发明涉及治疗肺癌患者以及为用针对表皮生长因子受体(EGFR)的药物(诸如抗EGFR抗体治疗,例如西妥昔单抗(cetuximab))的治疗鉴定和选择肺癌患者。
[0004]背景
[0005]非小细胞肺癌(NSCLC)是一种常见的癌症，具有首要的全球死亡率但具有很少的有效治疗选项。NSCLC还是多种类型的疾病，主要亚型为腺癌(ADC，40% )，鳞状细胞癌(SCC，25?30% )，未分化大细胞癌(LCC，10?15 % )，腺鳞癌(多形癌或PLC)，肉瘤样癌(<5%)，等等。新批准的靶向疗法(NSCLC)带来了新的希望，包括靶向EGFR的酪氨酸激酶抑制剂(TKI)(例如厄洛替尼，吉非替尼(gefitinib)，等)和ALK(克唑替尼(crizotinib))。然而,两项主要的挑战限制这些药物的使用。首先，NSCLC患者中只有一个小子集响应该等治疗。具有在亚洲女性中更常见的EGFR激活性突变的患者(?10% )更有可能响应 EGFR-TKI (Lynch TJ, et al.N Engl J Med.2004 ;350: 2129-39 及 Paez JG, etal.Science.2004 ;304:1497-500)，而具有ALK-EML4融合的患者(3?5% )更有可能响应克唑替尼(Rodig SJ, et al.Curr Opin Investig Drugs.2010 ;11:1477-90)。其次，该等治疗总是导致快速形成药物抗性(Gazdar AF, Oncogene.2009 ；28Suppl 1: S24-31 ；Bean J, etal.Proc Natl Acad Sci U S A.2007 ； 104:20932-7 ;&Kubo T, et al.1nt J Cancer.2009 ；124:1778-84)。因此，迫切需要新的靶向药物来弥补现有的靶向治疗。本领域仍然需要针对NSCLC的有效疗法。
[0006]本发明的方法满足这种需要且提供用于有效治疗NSCLC的方法。
[0007]发明概述
[0008]本发明提供用于治疗肺癌的方法。在一些实施方案中，该肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。在一些实施方案中，该NSCLC为具有某些组织学的NSCLC，例如具有鳞状细胞癌(SCC)或腺鳞癌(多形癌或PLC)的NSCLC。在一个实施方案中，本发明提供用于治疗具有肺癌的患者的方法，其通过对该患者施用有效量的药物来进行。在一些实施方案中，该药物针对表皮生长因子受体(EGFR)。在一些实施方案中，该药物靶向EGFR。在一些实施方案中，该药物靶向EGFR下游的信号传导途径。在一些实施方案中，该药物为EGFR的配体的拮抗剂或抗体，例如表皮生长因子(EGF)，转化生长因子a (TGF α ), HB-EGF，双调蛋白(amphiregulin), β细胞素(betacellulin),上皮促分裂原(epigen),和/或表调蛋白(epiregulin)的拮抗剂或抗体。在一些实施方案中，该药物为小分子。在一些实施方案中，该药物针对由EGFR和ErbB受体家族的另一种成员(诸如EfbB2/Her2/neu)形成的异二聚体。在一些实施方案中，该药物针对由EGFR形成的同二聚体。在一些实施方案中，该药物为针对EGFR的抗体或抗体样治疗剂实体(抗EGFR抗体治疗)，例如西妥昔单抗。在另一个实施方案中，本发明提供用于治疗具有肺癌诸如NSCLC的患者的方法，其通过测定NSCLC的组织学并当该NSCLC为鳞状细胞癌(SCC)或腺鳞癌(PLC)时用针对EGFR的抗体(例如西妥昔单抗)治疗患者来进行。
[0009]在另一个实施方案中，本发明提供用于鉴定针对EGFR的治疗的响应者和/或不响应者肺癌患者的方法，其包括在来自具有肺癌的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，其中该肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗治疗)的响应者，而该NSCLC为腺癌(ADC)或大细胞癌(LCC)的测定结果指示针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗治疗)的不响应者。
[0010]在另一个实施方案中，本发明提供用于为在有需要的患者中治疗肺癌确定治疗方案的方法。该方法包括在来自具有肺癌的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，其中所述肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗治疗)的响应者，而该NSCLC为ADC或LCC的测定结果指示针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗治疗)的不响应者，并当该NSCLC为SCC或PLC时，用针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗)治疗所述患者。
[0011]在另一个实施方案中，本发明提供用于改变或修改针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗)的治疗方案的方法，其包括在来自正在接受治疗(例如标准护理肺癌治疗或西妥昔单抗)的具有肺癌的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，并根据肺癌的组织学改变该治疗方案。例如，当所述肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC时，继续针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗)的治疗方案，或当所述NSCLC为ADC或LCC时，中止所述治疗方案。
[0012]本发明提供为用针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗)的治疗选择具有肺癌的患者的方法，其包括在来自患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，其中该肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗治疗)的响应者，而该NSCLC为ADC或LCC的测定结果指示针对EGFR的治疗(例如西妥昔单抗治疗)的不响应者，并为用针对EGFR的药物(例如西妥昔单抗)的治疗选择那些测定为具有SCC或PLC的患者。
[0013]本发明提供为用针对EGFR的药物(例如西妥昔单抗)治疗肺癌的确定或评估提供有用信息的方法。该方法包括在来自患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，并给根据肺癌的组织学提供治疗的确定或评估的实体提供组织学的测定结果。在一些实施方案中，该肺癌为NSCLC。
[0014]本发明提供试剂盒。该试剂盒包括一种或多种适合于测定肺癌的组织学的试剂，和任选的关于利用该组织学结果来确定肺癌的治疗的指令，例如当该肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC时，该测定结果指示响应者，而当该NSCLC为ADC或LCC时，该测定结果指示针对EGFR的药物(例如西妥昔单抗)的不响应者。
[0015]附图简述
[0016]图1显示代表性NSCLC-HuPrime模型对西妥昔单抗的响应。为LU1204(SCC)，LU2505 (ADC)，LU1901 (LCC)，和LU1235 (PLC)显示了媒介对照(圆形)和Img/小鼠西妥昔单抗(方形)的肿瘤尺寸。LU1235先前有记载。
[0017]图2显示代表性NSCLC HuPrime?模型中西妥昔单抗的药效学研究。图1中所示西妥昔单抗单剂治疗，并在为生物标志物PERK的IHC分析显示的时间点收获肿瘤样品。图2A描绘IHC图像，而图2B是显示IHC得分的柱形图。
[0018]图3显示西妥昔单抗的抗肿瘤活性，连同EGFR，AREG和EREG的基因表达。自顶部至底部的小图:AT/AC，EGFR，AREG和EREG。红色块为SCC，而蓝色块为非SCC肿瘤。含有黑色边框的块具有EGFR突变。
[0019]图4 显示四种代表性 NSCLC-HuPrime 模型(LU357，LU1204, LU1513，和 LU387)的EGFR-1HC 染色。
[0020]图5显示NSCLC的组织学亚型一代表性图像。
[0021]发明详述
[0022]本发明部分基于下述发现，即抗EGFR抗体治疗有效治疗NSCLC，尤其是具有某些组织学亚型的NSCLC。因而，本发明提供用针对EGFR的药物治疗NSCLC患者(尤其是具有SCC或PLC的NSCLC)的方法。
[0023]根据本发明，“针对EGFR的药物”指能改变EGFR信号传导途径的活性的组合物，诸如能提高，降低，消除，增强，延迟，减小，或阻断EGFR信号传导途径的活性的组合物。在一些实施方案中，该组合物在DNA水平，转录水平，翻译水平，翻译后水平，和/或蛋白质水平针对EGFR，或者EGFR信号传导途径的一种或多种成分。该组合物可特异性靶向EGFR，或至少靶向EGFR。在一些实施方案中，该组合物能引起EGFR和/或EGFR信号传导途径中的成分的基因阻抑和/或基因沉默，例如敲低或敲除EGFR和/或EGFR信号传导途径中的成分。在一些实施方案中，该组合物能改变EGFR蛋白活性，诸如改变EGFR对其配体的结合活性和/或其诱导下游信号传导途径的能力。在一些实施方案中，该药物为EGFR的配体的拮抗剂或抗体，例如表皮生长因子(EGF)，转化生长因子a (TGFa)，HB_EGF，双调蛋白，β细胞素，上皮促分裂原，和/或表调蛋白的拮抗剂或抗体。在一些实施方案中，该药物可靶向EGFR和/或配体及阻断配体-受体结合。在一些实施方案中，该药物能引起受体和/或配体的构象变化及降低或灭活EGFR介导的细胞信号传导。在一些实施方案中，该药物针对由EGFR和ErbB受体家族的另一种成员(诸如EfbB2/Her2/neu)形成的异二聚体，或由两个EGFR分子形成的同二聚体。EGFR信号传导途径记载于Sechacharyulu et al.(Targeting theEGFR signaling pathway in cancer therapy, Expert Opin Ther Targets, 2012January,16 (I):15-31) ；0da et al.(A comprehensive pathway map of epidermal growth factorreceptor signaling, Molecular Systems B1logy 1:2005.0010);及 Development EGFRSignaling Pathway (Pathway Maps, Thomson Reuters, 2012),将其每一篇完整收入本文用于所有目的。
[0024]在一些实施方案中，该药物包含小分子。如本文中使用的，术语“小分子”指具有小于500MW的分子量的分子，其中该药物为非肽或肽剂。在一些实施方案中，该药物包含蛋白质或多肽。在一些实施方案中，该药物包含杂合分子。在一些实施方案中，该药物为抗体。在一些实施方案中，该药物为抗EGFR抗体。在一些实施方案中，该药物为抗EGFR配体抗体。在一些实施方案中，该药物为人源化抗EGFR配体抗体。在一些实施方案中，该抗体为单克隆抗体。
[0025]在一些实施方案中，该药物为抗EGFR抗体。在一些实施方案中，该药物为西妥昔单抗或其功能性变体或衍生物。抗EGFR抗体的非限制性例子记载于PCT公开文本 N0.W0/2011/140151， W0/2007/058823， W0/2011/080209， W0/2010/080463，W0/2012/020059, W0/2011/080209, W0/2011/059762, W0/2011/152525, W0/2011/140254,W0/2010/034441, W0/2011/156617, W0/2005/090407, W0/2013/006547, W0/2008/140493,W0/2011/156617，美国专利 N0.5942602，6129915，7723484，7618631，7598350，及美国专利申请公开文本 N0.20100166755, 20080274114, 20130142812, 20110158987, 20120107234,20110117110,20110287002,20120149879,20120282633,20100009390,20050238640,20060154334，20120231021和20130149299，通过述及将其每一篇完整收入本文用于所有目的。
[0026]另外，本发明还提供根据患者的组织学亚型为某些抗EGFR抗体治疗选择NSCLC患者的方法，例如具有SCC或PLC的NSCLC适合于针对EGFR的治疗，诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗。根据本发明，术语“针对EGFR的治疗”指使用针对EGFR的药物的治疗。
[0027]在一个实施方案中，本发明提供用于在患者中治疗肺癌的方法，其包括测定肺癌的组织学。在一个实施方案中，该方法进一步包括当该肺癌为NSCLC，且该NSCLC为鳞状细胞癌(SCC)或腺鳞癌(多形癌或PLC)时，用针对EGFR的药物治疗该患者。在一个实施方案中，该方法包括用针对EGFR的药物治疗患者。在一些实施方案中，该针对EGFR的药物为抗EGFR抗体，诸如西妥昔单抗或其功能性变体。
[0028]在另一个实施方案中，本发明提供用于鉴定响应者和不响应者患者的方法，其包括在来自具有肺癌的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，其中所述肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)的响应者，而该NSCLC为腺癌(ADC)或大细胞癌(LCC)的测定结果指示针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)的不响应者。
[0029]在另一个实施方案中，本发明提供用于为在有需要的患者中治疗肺癌确定治疗方案的方法。该方法包括在来自具有NSCLC的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学。该肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)的响应者，而该NSCLC为ADC或LCC的测定结果指示针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)的不响应者。然后当该NSCLC为SCC或PLC时，用针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗)治疗该患者。
[0030]在另一个实施方案中，本发明提供用于为具有肺癌的患者改变或修改针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗)的治疗方案的方法，其包括在来自接受肺癌标准护理或针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗,例如西妥昔单抗)、具有肺癌的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，并根据肺癌的组织学改变或修改治疗方案。例如，当所述肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC时，继续针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗)的治疗方案，或者当所述NSCLC为ADC或LCC时，中止针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗)的治疗方案。
[0031]在另一个实施方案中，本发明提供用于为用针对EGFR的药物的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗)选择具有肺癌的患者的方法，其包括在来自患者的生物学样品中测定肺癌的组织学。该肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)的响应者，而该NSCLC为ADC或LCC的测定结果指示针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)的不响应者。为针对EGFR的治疗(诸如用抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗的治疗)选择测定为具有SCC或PLC的患者。
[0032]该肺癌为NSCLC，其该NSCLC为SCC或PLC的组织学测定结果指示针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)的响应者。该NSCLC为ADC或LCC的组织学测定结果指示针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)的不响应者。在一些实施方案中，在针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)之前进行肺癌组织学测定。在一些实施方案中，在针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)期间进行肺癌组织学测定。在一些实施方案中，在针对EGFR的治疗(诸如抗EGFR抗体治疗，例如西妥昔单抗治疗)之后进行肺癌组织学测定。
[0033]根据本发明的响应者为展现治疗功效的个体，而不响应者不展现治疗功效。短语“测定治疗功效”或“测定治疗的功效”及其变型可包括用于确定治疗对受试者提供益处的任何方法。术语“治疗功效”及其变型一般变现为与疾病有关的一种或多种体征或症状的缓解，而且可以由本领域技术人员容易地确定。“治疗功效”也可以指通常与疾病的标准或非标准治疗(即用于治疗癌症的化疗或放疗)有关的毒性的体征和症状的预防或改善。治疗功效的测定通常是适应证和疾病特异性的，而且可包括本领域已知或可得的、用于确定治疗对患者提供有益效果的任何方法。例如，治疗功效的证据可包括但不限于疾病或适应证的消退，对于癌症，这可包括但不限于肿瘤尺寸，肿瘤转移，等的缩小和减轻等。而且，治疗功效还可包括受试者整体健康的总体改善,诸如但不限于患者生活质量的提高,预测受试者存活率的升高，沮丧的减轻或适应证再发生率的降低(消退时间的延长)(参见例如Physicians’ Desk Reference(2010))。
[0034]抗EGFR抗体治疗可包括使用抗EGFR抗体或抗体样治疗剂(包括但不限于具有一个或多个抗EGFR CDR的任何分子)的任何治疗。在一个实施方案中，抗EGFR抗体治疗包括任何已批准的抗EGFR抗体，例如西妥昔单抗(也称作erbitux)或其生物类似物或衍生物，例如完全人的抗EGFR抗体,等。西妥昔单抗(在北美洲由ImClone和Bristol-MyersSquibb销售，在世界其它地方由Merck KGaA销售)是一种重组，人/小鼠嵌合单克隆抗体，其阻断表皮生长因子(EGF)受体(EGFR)的活化。可以通过静脉内输注给予西妥昔单抗来治疗转移性结直肠癌及头和颈癌。在一些实施方案中，在PH 7.0至7.4的无菌、无色液体中配制西妥昔单抗。在一些实施方案中，以2mg/mL的浓度以100mg(50mL)或200mg(10mL)任一配制西妥昔单抗。在一些实施方案中，在单次使用管形瓶中配制西妥昔单抗。在一些实施方案中，西妥昔单抗配制剂包括8.48mg/mL氯化钠，1.88mg/mL磷酸氢二钠七水合物，
0.41mg/mL磷酸二氢钠单水合物，和注射用无菌水。用于施用西妥昔单抗的方法和配制剂是医学领域技术人员熟知的，而且涵盖任何公知的西妥昔单抗的施用方法，西妥昔单抗的剂量给药方案或西妥昔单抗的配制剂以用于本发明方法。使用西妥昔单抗的详细组合物和方法记载于美国专利N0.8075916,N0.7977336,N0.6217866，通过述及完整收录其每一篇用于所有目的。
[0035]用于测定癌症的组织学的方法是本领域公知的，而且本领域技术人员能使用任何已知方法来测定癌症样品的SCC，PLC, ADC或LCC组织学。
[0036]鳞状细胞肺癌(SCC)通常为位于中央的大细胞癌(非小细胞肺癌或NSCLC)，其常常具有引起副甲状腺激素相关蛋白(PTHrP)异位生成的副肿瘤综合征，导致高钙血症。这主要是由于吸烟。SCC细胞为大的，平的且以高细胞质对核比分层。关键诊断特征包括存在胞质内角蛋白，这可以联系细胞间桥的存在和鳞状珠形成。大多数SCC细胞出现于主，叶，段或亚段支气管内的中央，但是一些存在于更加周围的部位。肿瘤块一般延伸入气道的内腔，伴有侵入下面的壁。鳞状细胞癌要求存在下述至少一项:角蛋白，角蛋白珠或细胞间桥。
[0037]肺的腺癌(ADC)是肺癌的一种常见的组织学形式，其含有某些独特的恶性组织体系结构，细胞学，或分子特征，包括腺和/或导管形成和/或生成大量的粘液。腺癌是终身不吸烟者中最常见的肺癌类型。腺癌是高度异质的肿瘤，而且当前认识几种主要组织学亚型:腺泡腺癌，乳头状腺癌，支气管肺泡腺癌，具有粘蛋白生成的实体腺癌，和混合类型。肺的腺癌趋于粘蛋白染色阳性，因为它衍生自肺的粘液生成腺。与其它腺癌类似，如果这种肿瘤分化较好(低级)，那么它会类似正常腺结构。分化较差的腺癌不会类似正常腺(高级)，而且会通过看出它们粘蛋白(由腺生成)染色阳性来检测。腺癌要求存在鳞屑(I印idic)样式(先前的支气管肺泡样式)，腺泡样式(明确腺形成)，乳头状样式，没有基质核的乳头状结节(微乳头状样式)或其它方面未分化的癌瘤的两个连续高倍视野中的超过五个细胞中有细胞内含粘蛋白液泡(实体样式)。因为大多数ADC是组织学异质的，所以它们一般落入混合范畴。肿瘤通常出现于较小的周围气道(不同于带有软骨的支气管)，但是能在更加中央的部位找到它们。ADC的关键诊断特征包括腺形成-在那里肿瘤细胞围绕中央腔排列-和/或粘蛋白生成。
[0038]大细胞肺癌(LCC)指源自肺中转化上皮细胞的未分化恶性赘生物的异质群。实际上，LCC是一种“排除式诊断”，即肿瘤细胞缺乏会将赘生物归类为小细胞癌，鳞状细胞癌，腺癌，或其它更加具体的肺癌组织学类型的光学显微镜特征，例如，病变细胞不是柱形的，不含粘液，不显示鳞状分化，且没有神经内分泌特性或小细胞特征。LCC与小细胞肺癌(SCC)的区别主要在于退化细胞更大，细胞质对核大小比更大，及缺乏“椒盐”染色质。肿瘤趋于由具有丰富细胞质，大核和明显核仁的大细胞组成，而且它们可存在于周围或中央。LCC的变型包括透明细胞癌，巨细胞癌和大细胞神经内分泌癌(LCNEC)。最新版本的世界卫生组织肺癌组织学分型大纲包括LCC的几种变型，包括(a)基底细胞样，(b)透明细胞，(c)淋巴上皮瘤样，(d)杆状表型，和(e)大细胞神经内分泌癌。另外，新系统下认识到称作“组合大细胞神经内分泌癌”或c-LCNEC的“亚变型”。要指派为c-LCNEC，肿瘤必须含有至少10%LCNEC细胞与至少10%其它形式NSCLC的组合。
[0039]肺多形癌是一种罕见的上皮肿瘤且具有攻击性临床过程。肺多形癌的研究少有记载，参见 Kaira et al.(Pulmonary Pleomorphic Carcinoma:A ClinicopathologicalStudy Including EGFR Mutat1n Analysis,Journal of Thoracic Oncology:April2010-Volume 5-1ssue 4-pp 460-465)。
[0040]可使用任何合适测试来测定癌症的组织学。此类测试和检查包括但不限于肺癌的常见体征和症状，霍纳(Horner)综合征，上腔静脉综合征，副肿瘤综合征，病历和体检，成像测试，胸部X射线，计算机断层照相(CT)扫描，磁共振成像(MRI)扫描，正电子发射断层照相(PET)扫描,骨扫描,痰细胞学，穿刺活检,支气管镜检查术,支气管内超声，内窥镜食道超声，纵隔镜检查术和纵隔切开术，胸腔穿刺术，胸腔镜检查术，免疫组织化学，分子测试，验血，肺功能测试，或自其衍生的任何合适方法。用于测定癌症组织学的方法的非限制性例子记载于 Walter et al.(The Histology of Lung Cancer, Thorax, 1955, 10:107)；Nicholson et al.(Standards and Datasets for Reportin Cancers Dataset forlung cancer histophathology reports(3rd Edit1n), The Royal College ofPathoglogistsj April 2011) ；Travis et al.(Internat1nal Associat1n for theStudy of Lung Cancer/American Thoracic Society/European Respiratory Societyinternat1nal multidisciplinary classificat1n of lung adenocarcinoma.JThorac Oncol 2011 ；6:244-285);世界卫生组织(Tumours of the lung, pleura, thymusand heart.Lyons:1ARC Press,2004) ；Tan et al.(A5_MicroRNA Signature for LungSquamous Cell Carcinoma Diagnosis and hsa_miR-31for Prognosis, Imaging, Diagnosis，Prognosis，DO1:10.1158/1078-0432.CCR-11-0419) ；Bishop et al.(ρ40(ΔΝρ63)is Super1r top63for the Diagnosis of Pulmonary Squamous Cell Carcinoma, ModPathol.2012 ；25(3):405-415)；及 Iwasaki et al.(Pulmonary PleomorphicCarcinoma:Diagnosis Using Small B1psy Specimens, Journal of ThoracicOncology: September 2010-Volume 5-1ssue 9_p 1492)，通过述及将其每一篇完整收入本文用于所有目的。
[0041]用于获得生物学样品的方法是本领域公知的，而且可以釆用用于获得生物学样品的任何标准方法。可用于本发明方法的生物学样品包括但不限于血清，血液，血浆，全血及其衍生物，皮肤，毛发，毛囊，唾液，口腔粘液，阴道尿液，汗液，泪液，上皮组织，尿液，精子，精液，精液浆，前列腺液，射精前液(Cowper氏液)，排泄物/分泌物，活检，腹水，脑脊液，淋巴，和组织提取物样品或活检(参见例如Clinical Proteomics:Methods andProtocols, Vol.428in Methods in Molecular B1logy,Ed.Antonia Vlahou(2008))。在一个实施方案中，本发明的生物学样品包括肺的任何细胞或组织样品，例如NSCLC的就地或循环或迀移细胞。在另一个实施方案中，本发明的生物学样品包括肺的细胞或组织样品的任何提取物或部分或完整级分，例如NSCLC的就地或循环或迀移细胞。
[0042]在一些实施方案中，适合于通过本发明的方法来治疗的患者为亚洲血统。在一些实施方案中，该患者为亚洲血统，具有展现SCC或PLC组织学的NSCLC。在一些实施方案中，该患者为东亚血统。
[0043]在一些实施方案中，抗EGFR抗体治疗(例如西妥昔单抗)可以与一种或多种化疗齐U，放射治疗剂，化学放射治疗剂，或靶向治疗剂共施用。
[0044]在一些实施方案中，化疗剂包括但不限于长春碱(vinblastine)，长春新减(vincristine),放线菌素 D (dactinomycin)，柔红霉素(daunorubicin)，多柔比星(doxorubicin)，依托泊苷(etoposide)，光神霉素(mithramycin)，帕利他赛(paclitaxel)，多西他赛(docetaxel)，顺钼(cisplatin)，卡钼(carboplatin)，氟尿啼唳(fluorouracil)，亚叶酸(folinic acid)和依立替康(irinotecan)。
[0045]在一些实施方案中，祀向治疗剂包括但不限于贝伐单抗(bevacizumab)，曲妥单抗(trastuzumab)，厄洛替尼(erlotinib)，帕尼单抗(panitumumab)，索拉非尼(sorafenib)，英夫利昔单抗(infliximab)，阿达木单抗(adalimumab)，巴利昔单抗(basiliximab)，达克珠单抗(daclizumab)和奥马珠单抗(omalizumab)。
[0046]在一些实施方案中，以约40Gy至约80Gy的剂量施用放射治疗剂。在一些实施方案中，剂量为约50Gy至约70Gy，在一些实施方案中，剂量为约50Gy至约65Gy。在一些实施方案中，以约50Gy，约55Gy，约60Gy或约65Gy的剂量施用放射疗法。
[0047]在还有另一个实施方案中，本发明提供为例如用抗EGFR抗体治疗(例如用西妥昔单抗)的NSCLC治疗或治疗功效的预测，确定，评估或监测提供有用信息的方法。该方法包括在来自患者的生物学样品中测定NSCLC的组织学并给根据NSCLC的组织学提供治疗和/或治疗功效的确定，预测，或评估的实体提供组织学的测定结果。如果组织学为SCC或PLC，那么该实体可提供应当使用或应当继续用抗EGFR抗体治疗的治疗(例如西妥昔单抗)的决定。如果组织学为ADC或LLC，那么该实体可提供不应当使用或应当中止用抗EGFR抗体治疗的治疗(例如西妥昔单抗)的决定。
[0048]本发明提供试剂盒。该试剂盒包括一种或多种用于测定NSCLC的组织学的试剂和任选的关于利用该组织学结果来确定NSCLC患者的治疗(例如抗EGFR抗体治疗)的指令。例如，当NSCLC为SCC或PLC时，该测定结果指示响应者，而当NSCLC为ADC或LCC时，该测定结果指示抗EGFR抗体治疗的不响应者。
实施例
[0049]实施例1:NSCLC_SCC PDX对西妥昔单杭的高响应率(RR)
[0050]因为对于可能的响应者缺乏令人信服的预测性生物标志物，所以虽然数项临床试验指示在一些患者中的临床好处，但是西妥昔单抗尚未批准用于治疗非小细胞肺癌(NSCLC)(Pirker R, et al.Lancet.2009 ；373:1525-31 ；Khambata-Ford S，et al.J ClinOncol.2010 ;28:918-27 ;及 O’Byrne KJ, et al.Lancet Oncol.2011 ;12:795_805)。为了探索西妥昔单抗响应的预测性生物标志物，我们自具有不同NSCLC组织学亚型(包括腺癌(ADC)，鳞状细胞癌(SCC)，多形癌(PLC)和大细胞癌(LCC)，等)的亚洲患者建立了患者衍生异种移植物O3DX)的大型集合。有趣的是，虽然NSCLC具有25%的总体移植采纳率(takerate)，但是SCC的采纳率为?31 %，接近ADC的?17 %的两倍，这一现象可能对于肿瘤转移潜力和预后具有生物学意义。当我们在一组随机选择的32种PDX模型中测试西妥昔单抗时，我们确认了它们中的一个子基响应西妥昔单抗(15/32)(定义为％ ΔΤ/Δ0<50%,47% )0通过仔细检查这组的组织病理学以及分子遗传性状，我们令人惊讶地发现所有响应性模型唯独属于SCC和PLC(分别为14/15和1/15)，与无一属于ADC(0/15)形成对比。相反，非响应者Λ T/Λ C>50 %)包括 ADC (7/17)，LCC (2/17)，和 SCC (7/17)。虽然响应者没有，但是1/7的非响应性SCC具有活化性KRASG12D突变。一种部分响应者具有ALK-EML4融合δτ/δο = 37% )0 一般而言，非响应性或部分响应性SCC趋于具有与较好的响应者(% ΛΤ/Λ(Χ20% )相比相对较低的EGFR表达。在较好的响应者中有包括活化性EGFR突变(删除，插入和点突变)的。总之，我们的数据看来提示亚洲SCC具有比亚洲ADC更高的移植采纳率和更高的西妥昔单抗响应率(RR)，其中可能的正面因子为更高EGFR表达和突变，及负面因子为KRAS突变，ALK融合和c-Met扩增。
[0051]在一般认为NSCLC是攻击性疾病的同时，在两种主要组织学亚型之间，SCC在转移和较差的预后方面甚至更具攻击性(What is non-small cell lung cancer, AmericanCancer Society，2012)。相信酪氨酸激酶抑制剂(TKI)治疗腺癌比SCC更加有效，因为TKI治疗好处的正面因子EGFR突变常常与腺癌有关(20%?40%) (Pao et al.，2009及Billahet al., 2011)且很少与 SCC 有关 ?3% ) (Sequest LV et al., 2011) ? 因为认为 EGFR 突变测试是ADC而非SCC的TKI治疗的预测性测试(NCCN临床实践指南)，或者换言之，大多认为TKI是除SCC外的ADC的治疗。因此，今天本质上没有针对SCC的明显靶向治疗。然而，导致这种观点的大多数临床研究大多是在西方及对高加索人患者进行的。这对于亚洲患者(例如中国人NSCLC患者)有多正确仍然有待确定。
[0052]所有这些使得为NSCLC患者提供别的治疗选项极其迫切，特别是那些已经在销售但尚未批准用于这种适应证的药物。在它们中有针对EGFR(也是两种已经批准的NSCLC药物(EGFR-TKI)的靶物)的单克隆抗体(包括西妥昔单抗和帕尼单抗)(还有未批准的Matuzumab)就是此类潜在选项。
[0053]西妥昔单抗是一种IgGl单克隆抗体。它靶向EGFR且阻断配体-受体结合，引起受体构象变化并灭活EGFR介导的细胞信号传导(Mendelsohn J, et al.J Clin Oncol.2003 ；21:2787-99)。它得到美国食品和药品管理局(FDA)批准用于治疗表达EGFR的转移性结肠直肠癌(mCRC)，或是作为单一药剂(用于依立替康/奥沙利钼不应性患者)或是与依立替康组合(用于依立替康不应性患者)(Ciardiello F，et al.N Engl J Med.2008 ；358:1160-74)，排除那些在密码子12和13处具有KRAS突变的(De Roock W，et al.LancetOncol.2011 ;12:594_603)。西妥昔单抗还批准作为与化疗(Vermorken JB, et al.N Engl JMed.2008 ；359:1116-27)和放射(Bonner JA, et al.N Engl J Med.2006 ；354:567-78)的组合治疗用于适应证具有局部晚期且处于复发/转移性疾病的头和颈鳞状细胞癌(SCC)。然而，它尚未批准用于治疗NSCLC，尽管在与化疗剂组合时临床试验(例如FLEX)在一些患者中指示抗肿瘤活性(Pirker R, et al.Lancet.2009 ；373:1525-31)。这是因为未能对于可能的响应者鉴定出令人信服的预测性生物标志物(BMS099) (Khambata-Ford S，et al.J ClinOncol.2010 ;28:918-27及O’Byrne KJ, et al.Lancet Oncol.2011 ; 12:795-805)，尽管最近的努力提示较高的EGFR-1HC得分证明更长的存活(Pirker R, et al.Lancet Oncol.2012 ；13:33-42)。
[0054]没有任何体外操作，患者衍生异种移植物(rox)反映患者的组织病理学和遗传概况，包括 NSCLC PDX 模型(Ding L, et al.Nature.2010 ；464:999-1005 ；MarangoniE, et al.Clin Cancer Res.2007 ; 13:3989-98 ;Nemati F, et al.Clin Cancer Res.2010 ；16:2352-62 ;Nemati F,et al.Anticancer Drugs.2010 ；21:25-32 ；Fichtner I,etal.Clin Cancer Res.2008 ; 14:6456-68 ;及 Hennessey PT,et al.PLoS One.2011 ；6:e20584)。PDX提高了临床前癌症模型的预测效力且使得能够发现靶向治疗剂的预测性生物标志物。先前记载了通过将初始亚洲NSCLC患者肿瘤组织移植入免疫受损的小鼠来建立 PDX 模型的大型集合(称作 NSCLC HuPrime⑧)(Yang M, et al.0vercoming drugresistance with tailored treatment regimen in patient derived xenografts fromnaive Asian NSCLC patients resistant to EGFR inhibitors.2012 ;提交)。这个集合使得能够紧密检查NSCLC亚型的性质及还能够基于一个随机选择组实施临床试验样研究。我们发现SCC亚型具有比ADC显著较高的移植率，还具有较高百分比的EGFR突变率，及特别是具有较高的针对西妥昔单抗治疗的响应率(RR)-在测试的NSCLC模型中，所有响应者至今几乎唯独是SCC，至少对于亚洲患者衍生模型而言。一组随机选择的移植模型的西妥昔单抗治疗证明不仅它们中的一个子基响应治疗，而且所有响应者至今令人惊讶地几乎唯独是SCC，提示SCC比非SCC显著更高的响应率(RR)，至少对于亚洲患者而言。另外，我们还鉴定出可能影响响应的一些因子，或是正面的或是负面的。此发现指示NSCLC-SCC可能是西妥昔单抗以及其它EGFR拮抗性单克隆抗体药物的较好疾病靶。这些观察结果可能潜在有助于在临床中对亚洲患者定义可能的NSCLC西妥昔单抗响应者。
[0055]材料和方法
[0056]患者肿瘤样品，免疫受损的小鼠中的移植和化合物功效评估。自诊断为NSCLC的患者新鲜和手术切除的肿瘤组织的移植先前有记载(Yang M, et al.0vercoming drugresistance with tailored treatment regimen in patient derived xenograftsfrom naive iVsian NSCLC patients resistant to EGFR inhibitors.2012 ;提交)，而且得到了河北医科大学第四医院制度审查委员会的批准，自患者得到了知情同意书。所有涉及实验动物的研究是严格依照(美国)国家卫生研究院实验室动物护理和使用指南的推荐进行的。方案得到Crown B1science公司动物实验伦理委员会(Crown B1science IAQJC委员会)的批准。西妥昔单抗在已建立的NSCLC-PDX模型中的抗肿瘤活性的评估先前也有记载(Yang Mj et al.0vercoming drug resistance with tailored treatment regimenin patient derived xenografts from naive Asian NSCLC patients resistant to EGFRinhibitors.2012 ;提交)。每周两次监测肿瘤生长，并计算％ Λ T/Λ C值以评估肿瘤对治疗的响应(AT =治疗组的肿瘤体积变化，AC =对照组的肿瘤体积变化)。
[0057]热点癌基因突变分析。NSCL-PDX模型的EGFR基因热点分析先前有记载(Yang M, et al.0vercoming drug resistance with tailored treatmentregimen in patient derived xenografts from naive Asian NSCLC patientsresistant to EGFR inhibitors.2012 ;提交)。对于其它癌基因突变分析，PCR引物为:KRAS-外显子 2，正向:5’-TTATGTGTGACAT GTTCTAAT-3’ (SEQ ID NO:1);反向:5’ -AGAATGGTCCTGCACCAGTAA-3’(SEQ ID NO:2)。KRAS-夕卜显子 3，正向:5，-TCAAGTCCTTTGCCCATTTT-3’ (SEQ ID NO:3);反向:5，TGCATGGCATTAGCAAAGAC-3，(SEQID NO:4) o KRAS-外显子 4，正向:5’ -TTGTGGACAGGTTTTGAAAGA-3’ (SEQ ID NO:5);反向:5’ -AGAAGCAATGCCCTCTCAAG-3’ (SEQ ID NO:6)。EGFR-外显子 18，正向:5，-CATGGTGAGGGCTGAGGTGA-3’ (SEQ ID NO:7)，反向:5，-CCCCACCAGACCATGAGAGG-3’ (SEQID NO:8) o EGFR-外显子 19，正向:5，-GTGCATCGCTGGTAACATCCA-3’ (SEQ ID NO:9)，反向:5’ -GGAGATGAGCAGGGTCTAGAGCA-3’ (SEQ ID NO:10)。EGFR-外显子 20，正向:5，-CGCATTCATGCGTCTTCACC-3，(SEQ ID NO: 11)，反向:5，-CTATCCCAGGAGCGCAGACC-3，(SEQID NO:12) o EGFR-外显子 21，正向:5’-TGGCATGAACATGACCCTGAA-3’ (SEQ ID NO:13)，反向:5，-CAGCCTGGTCCCTGGTGTC-3’ (SEQ ID NO:14)。PI3K-外显子 1，正向:5，-CTCCACGACCATCATCAGG-3’ (SEQ ID NO:15)反向:5，-GATTACGAAGGTATTGGTTTAGACAG-3’ (SEQ ID NO:16)。PI3K-外显子 9，正向:5’ -GATTGGTTCTTTCCTGTCTCTG-3’ (SEQ ID NO:17)，反向:5’-CCACAAATATCAATTTACAACCATTG-3’ (SEQ ID NO: 18)，PI3K-外显子 20:正向:5’-TGGGGTAAAGGGAATCAAAAG-3’ (SEQ ID NO:19)，反向:5’-CCTATGCAATCGGTCTTTGC_3’ (SEQID NO:20)。AKT-外显子 3，正向:5，-ACATCTGTCCTGGCACAC-3，(SEQ ID NO:21)，反向:5’ -GCCAGTGCTTGTTGCTTG-3’ (SEQ ID NO:22)。BRAF-外显子 15，正向:5，-CTCTTCATAATGCTTGCTC-3，(SEQ ID NO:23)，反向:5，-GTGAATACTGGGAACTATG-3’ (SEQID NO:24)。ERK-外显子 2，正向:5’ -ACTTTACCAACT TGCCTTCT-3’ (SEQ ID NO:25)，反向:5’ -TCACAACAAACCATCCCT-3’ (SEQ ID NO:26)。ERK-外显子 8，正向:5，-TGCCTTACCCATAAC-3，(SEQ ID NO:27)，反向:5，-GGACCTTGAGGAACATAAT-3，(SEQID NO:28)。用于这些癌基因的PCR方法与先前记载用于EGFR突变分析的相同(YangM, et al.0vercoming drug resistance with tailored treatment regimen inpatient derived xenografts from naive Asian NSCLC patients resistant to EGFRinhibitors.2012 ;提交)。
[0058]NSCLC-HuPrime?,模型的EGFR和C-Met表达和基因拷贝分析。测定EGFR和C-Met表达和基因拷贝数的方法包括标准免疫组织化学(IHC)，Affy_U219，qRT-PCR，qPCR, SNP6 分析,它们先前都有记载(Yang M, et al.0vercoming drug resistance withtailored treatment regimen in patient derived xenografts from naive Asian NSCLCpatients resistant to EGFR inhibitors.2012 ;提交)。
[0059]结果
[0060]SCC具有比ADC显著更高的移植率。经在Balb/c裸鼠中皮下移植通过移植自未接受治疗的亚洲患者手术切除的肿瘤组织建立了一大组NSCLC PDX模型(YangM, et al.0vercoming drug resistance with tailored treatment regimen inpatient derived xenografts from naive Asian NSCLC patients resistant to EGFRinhibitors.2012 ;提交)。来自医院且用于移植的肿瘤组织是所有NSCLC组织病理学类型的，没有预先的包括或排除标准，由?47%的腺癌(ADC)，?33%的鳞状细胞癌(SCC)，3%的腺鳞癌(多形癌或PLC)，2%的大细胞癌(LCC)JP 15%的其它组成。ADC和SCC之间的分布率与患者群体中的(见上文)大致相似。一般而言，NSCLC 25%的整体米纳率与其他人报告的那些一致(Fichtner I, et al.Clin Cancer Res.2008 ; 14:6456-68)。有趣的是，SCC?31%的采纳率显著高于ADC的(?17% )。在这项实验中，PLC(腺鳞癌)的采纳率为?35%，而LCC为?50%，但是这二者的样本大小对于达到有意义还太小。从未报告SCC(P值0.002)超出ADC的统计学显著高采纳率(Fichtner I, et al.Clin CancerRes.2008 ； 14:6456-68)，而且暗示这两种主要组织学类型之间肿瘤生物学的根本差异，包括在模型中和可能在患者中SCC比ADC更加攻击性的生长表型和转移潜力(见上文)。报告了 PDX更像转移性肿瘤多于原发性肿瘤(Ding L, et al.Nature.2010 ;464:999-1005)，这可能也解释了 SCC比ADC高的采纳率。
[0061]为了确保模型的组织学，由其他病理学家独立且不知情地仔细检查模型肿瘤组织。还实施针对分化标志物的IHC染色以进一步确认模型的组织学，这汇总于表1，图5显示代表性图像。
[0062]表1:患者信息。
[0063]
【权利要求】
1.用于在患者中治疗肺癌的方法，其包括对该患者施用有效量的针对表皮生长因子受体(EGFR)的药物。
2.用于在患者中治疗肺癌的方法，其包括测定该肺癌的组织学并用针对表皮生长因子受体(EGFR)的药物治疗患者。
3.用于鉴定响应者和不响应者肺癌患者的方法，其包括在来自具有肺癌的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，其中所述肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示针对EGFR的药物的响应者，而该NSCLC为ADC或LCC的测定结果指示针对EGFR的药物的不响应者。
4.用于为在患者中治疗肺癌确定治疗方案的方法，其包括在来自具有肺癌的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，其中该肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示针对EGFR的药物的响应者，而该NSCLC为ADC或LCC的测定结果指示针对EGFR的药物的不响应者，并当该肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC时，用针对EGFR的治疗治疗所述患者。
5.用于评估针对EGFR的药物的肺癌治疗方案的方法，其包括在来自正在接受该药物的具有肺癌的患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，并根据肺癌的组织学修改治疗方案，其中当所述肺癌为NSCLC，且该NSCLC为SCC或PLC时，继续该治疗方案；或当所述NSCLC为ADC或LCC时，中止所述治疗方案。
6.为针对EGFR的药物的治疗选择具有肺癌的患者的方法,其包括在来自患者的生物学样品中测定肺癌的组织学，其中该肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)，且该NSCLC为SCC或PLC的测定结果指示该药物的响应者，而该NSCLC为ADC或LCC的测定结果指示该药物的不响应者，并为用抗EGFR抗体治疗的治疗选择那些测定为具有SCC或PLC的患者。
7.权利要求1或2的方法，其中该肺癌为非小细胞肺癌(NSCLC)。
8.权利要求1或2的方法，其中该NSCLC为SCC或PLC。
9.权利要求1-8任一项的方法，其中该药物为抗EGFR抗体。
10.权利要求1-9任一项的方法，其中该患者为亚洲血统。
11.权利要求ι-?ο任一项的方法，其中该药物与一种或多种化疗剂，放射治疗剂，化学放射治疗剂或靶向治疗剂共施用。
12.权利要求11的方法，其中所述化疗剂选自长春碱(vinblastine),长春新喊(vincristine),放线菌素 D (dactinomycin),柔红霉素(daunorubicin),多柔比星(doxorubicin)，依托泊苷(etoposide)，光神霉素(mithramycin)，帕利他赛(paclitaxel),多西他赛(docetaxel),顺钼(cisplatin),卡钼(carboplatin),氟尿卩密唆(fluorouracil),亚叶酸(folinic acid)和依立替康(irinotecan)。
13.权利要求11的方法，其中该祀向治疗剂选自贝伐单抗(bevacizumab),曲妥单抗(trastuzumab),厄洛替尼(erlotinib),帕尼单抗(panitumumab),索拉非尼(sorafenib),英夫利昔单抗(infliximab),阿达木单抗(adalimumab),巴利昔单抗(basiliximab),达克珠单抗(daclizumab)和奥马珠单抗(omalizumab)。
14.权利要求9-13任一项的方法,其中该抗EGFR抗体为西妥昔单抗(cetuximab)或其功能性变体。
15.为用针对EGFR的药物的肺癌治疗或治疗功效的确定，评估或监测提供有用信息的方法，其包括在来自患者的生物学样品中测定肺癌的组织学并给根据肺癌的组织学提供治疗或功效的确定或评估的实体提供组织学的测定结果。
【文档编号】A61K39/395GK104168921SQ201380015223
【公开日】2014年11月26日 申请日期:2013年7月31日 优先权日:2012年7月31日
【发明者】李其翔, 杨蒙蒙 申请人:中美冠科生物技术有限公司