肝癌易感基因分型检测基因芯片的制作方法

专利名称：肝癌易感基因分型检测基因芯片的制作方法
技术领域：
本发明涉及一种核酸分型检测产品，具体的说，涉及一种用于检测肝癌易感基因分型的 基因芯片。
背景技术：
肝癌是我国常见恶性肿瘤之一，死亡率高，在恶性肿瘤死亡顺位中仅次于胃、食道而居 第三位；在部份地区的农村中则占第二位，仅次于胃癌。我国每年死于肝癌约11万人，占全 世界肝癌死亡人数的45%。
肝癌的发生与基因有密切关系，例如半胱氨酸9、停泊蛋白2等，这些基因变化将会 改变个体患肝癌的风险。高发病率、高死亡率和与基因之间的关系，使得人们对于肝癌易感 基因的分型研究产生了巨大的动力。
最早常用的分型技术是southern杂交，这种技术实验设备要求比较简单，但是过程却十 分复杂，涉及到大量的试剂，容易出现错误，可控性比较差。到了80年代，随着内切酶技术 的进步，HFLP技术成了主流的分型方式，这种方法利用内切酶的酶切反应代替了杂交反应， 使得实验过程被大大简化，实验的重复性得到提高。但是这种方法有一个缺陷，分型过于依 赖内切酶的种类和数量，当两种基因型的差别不足以引起已知内酶切的酶切位点的改变，就 会导致分型失败。如公开号为的专利CN101078027，公开了一种与肝癌相关的ESR1基因多态 性检测方法，其中就用到了酶切技术进行基因分型检测。不过随着PCR技术的发展，这个问 题得到了很好的解决，特异性PCR技术加上荧光显色技术成为了现在比较常见的分型方式， 操作简单、分型准确。随着人类基因组计划的完工，这种技术在肝癌的分型应用上越来越显 得疲惫了，因为肝癌是一种多基因疾病，涉及到很多易感基因，而这种技术的通量较低，耗 时多，费用高。
现在主力研究的肝癌易感基因分型技术是芯片技术，这种技术是利用生物基因芯片，结 合PCR技术和计算机技术，同时优化了 southern技术中的杂交反应，提高效率、固化条件、 简化过程，从而很好地避免了内切酶的限制和特异性PCR的低效，最后结果通过计算机分析， 能够客观准确。
随着认知水平的不断提高，对于分型的要求也越来越高，特别是芯片分型技术的核心一 基因芯片。全局性、高通量、高特异性、微型化的芯片将对未来的基因分型工作产生巨大的 推动作用。

发明内容
本发明提供一种用于肝癌易感基因分型检测的基因芯片。通过大量的总结归纳，选择了 已知的与肝癌相关的25个易感基因的48个非同义突变位点，设计一组探针，每个位点对应 两个探针，检测位点处于探针中间位置。将这些探针固定在芯片上，制备成肝癌易感基因分 型芯片。
本发明公开的一种用于肝癌易感基因分型检测基因芯片，包括固体支持物及支持物上固 定的基因检测探针，所述的基因检测探针参照25个肝癌易感基因的48个非同义突变位点设 计；所述的25个易感基因如下
1、 EGFL3; 2、 TP73; 3、 EN01; 4、 TNFRSF1B; 5、 MASP2; 6、 CASP9; 7、 FGR; 8、 SEPN1; 9、 E2F2; 10、 P離l; 11、 ST画1; 12、 MUTYH; 13、扁；14、 THEA; 15、 GSTM1; 16、 PHGDH; 17、 DEFA1; 18、 DEFB1; 19、 MTMR9; 20、 FDFT1; 21、 NAT1;22、 D0K2; 23、 EPHX2; 24、 ADRR3; 25、 BNIP3L。
上述基因芯片，所述的根据48个非同义位点设计的检测探针有96个，序列如下: 1、位点EGFL3-I， rs947345
ProbeO 1: CTGACACCCAGGGGGCAGC,
Probe02: CTGAC ACCCGGGGGGC AGC;
2、 位点EGFL3-H， rs7553399
Probe03: CACTGGCACAGCTGCTCAC ， Probe04: CACTGGCACCGCTGCTCAC;
3、 位点EGFL3-ni， rs41303857 Probe05: GGCAGCTAAAGCCGGTCCA, Probe06: GGCAGCTAAGGCCGGTCCA;
4、 位点TP73， rs34147948
Probe07: CTTCCACCT-GGAGGGCAT， Probe08: CTTCCACCTGGGAGGGCAT;
5、 位点EN01-I， rsl1544517
Probe09: TGCCAGTCCCGGCGTTCAA， Probel0: TGCCAGTCCTGGCGTTCAA;
6、 位点ENOl-II， rsl 1544509
Probell: GCTGGCCATCCAGGAGTTC， Probel2: GCTGGCCATGCAGGAGTTC;
7、 位点TNFRSF1B-I， rs歸1622 Probel3: ATGCAAGCAGGGATGCAGT, Probe 14: ATGCAAGCATGGATGCAGT;
8、 位点TNFRSFIB-II， rs2228494 Probel5: AGCTGTAACATGGTGGCC， Probel6: AGCTGTAACGTGGTGGCC;
9、 位点MASP2-I， rs2273343
Probel7: GCGACCACCACTGCCACAA， Probel8: GCGACCACCGCTGCCACAA;
10、 位点MASP2-U， rs41307788 Probel9: TGGTTGTGGCAGTGGTGGT， Probe20: TGGTTGTGGTAGTGGTGGT;
11、 位点CASP9-I， rs230國
Probe21: CGAAGCCAACCCTAGAAAA, Probe22: CGAAGCCAATCCTAGAAAA;
12、 位点CASP9-I1， rs2308938 Probe23: CTAGAAAACCTTACCCCAG， Probe24: CTAGAAAACTTTACCCCAG;
13、 位点CASP9-m， rs2308950 Probe25: ACTTCTGCCATGAGTCCGG， Probe26: ACTTCTGCCGTGAGTCCGG;
14、 位点CASP-IV， rs9282624 Probe27: CTCCAACATCGACTGTGAG，Probe28: CTCCAACATGGACTGTGAG;
15、 位点FGR-I， rs35334091
Probe29: CACGTAGTTCCTGGGAATG， Probe30: CACGTAGTTGCTGGGAATG;
16、 位点FGR國II， rs34597831
Probe31: GTCACTTACATATTGTTCA， Probe32: GTCACTTACGTATTGTTCA;
17、 位点SEPN1， rs56169842
Probe33: GTGAGCTGAACATGTTC AC ， Probe34: GTGAGCTGAGC ATGTTC AC;
18、 位点E2F2國I， rs3218170
Probe3 5: ACCAGACCTAGGAAGCAGC ， Probe36: ACC AGACCTGGGAAGC AGC;
19、 位点E2F2國I1， rs41306580 Probe37: TTCCCAGGTATGGTGGGGT， Probe38: TTCCCAGGTCTGGTGGGGT;
20、 位点PINK1， rs56297806
Probe39: CGAGACGCTGGCAGGGCTT, Probe40: CGAGACGCTTGC AGGGCTT;
21、 位点STMNl-I， rs3209829
Probe41: AC AAAGAATCC AAAGACCC, Probe42: ACAAAGAATTC AAAGACCC;
22、 位点ST画l-II， rsll538121 Probe43: TTCTCAGCCCTCGGTCAAA， Probe44: TTCTCAGCCTTCGGTCAAA;
23、 位点MUTYH-1， rsl 140507 Probe45: CTGCTAAGCCGGTACGACC, Probe46: CTGCTAAGCTGGTACGACC;
24、 位点MUTYH-II， rs3219489 Probe47: CACTGGACACTGCCACCTG, Probe48: CACTGGACAGTGCCACCTG;
25、 位点MUTYH-III， rs3219494 Probe49: AACAGCCAGAGACCTGTAT, Probe50: AAC AGCC AGGGACCTGTAT;
26、 位点MUTYH-IV， rs3219496 Probe51: CAGCAAGTCATGGATAATT， Probe52: CAGCAAGTCCTGGATAATT;
27、 位点MUTYH-V， rsl 1545695 Probe53: CCTCTATCGCCTTTGGCCA， Probe54: CCTCTATCGTCTTTGGCCA;
28、 位点MUTYH-VI， rs35352891 Probe55: AGAGCTCTGCCACCTGTGT, Probe56: AGAGCTCTGTCACCTGTGT;29、 位点JUN， rs9989
Probe57: TGGCGTCCACGGCCAACAT， Probe58: TGGCGTCCATGGCCAACAT;
30、 位点THEA-I， rs34630746 Probe59: TCCATACCCATCGCAGGTG， Probe60: TCCATACCCGTCGCAGGTG;
31、 位点THEA-II， rs41294808 Probe61: TCTCCAACCACACATCCCG， Probe62: TCTCCAACCGCACATCCCG;
32、 位点THEA-III， rs34148246 Probe63: CTGATCTCCAAGGACAGCA， Probe64: CTGATCTCCGAGGACAGCA;
33、 位点THEA-IV， rsl2403630 Probe65: GCCTCTGGCACGAGGGGGA， Probe66: GCCTCTGGCGCGAGGGGGA;
34、 位点GSTM1-I, rs3211206 Probe67: ATTTCCTCGCCTATGATGT， Probe68: ATTTCCTCGTCTATGATGT;
35、 位点GSTMl-II， rsl065411 Probe69: TGAGCCCAACTGCTTGGAC， Probe70: TGAGCCCAAGTGCTTGGAC;
36、 位点PHGDH， rsl801955
Probe71: GGGGAGACCAGGCACGTCA， Probe72: GGGGAGACCTGGCACGTCA;
37、 位点DEFB1-I， rs56270143 Probe73: TGTTACAGAGGGAAGGCCA， Probe74: TGTTACAGATGGAAGGCCA;
38、 位点DEFBl-II， rs55874920 Probe75: TTCAAGGCACCTGTTACAG, Probe76: TTCAAGGCAGCTGTTACAG;
39、 位点DEFBl-III， rs56051220 Probe77: CCTGCCCGACCTTTACCAA， Probe78: CCTGCCCGATCTTTACCAA;
40、 位点MTMR9, rsl7851952 Probe79: GCTGTGCACAGTCAGCCTA， Probe80: GCTGTGCACTGTCAGCCTA;
41、 位点FDFT1， rsl1549147
Probe81: CTTGCTACAAGTATCTCAA ， Probe82: CTTGCTACAGGTATCTCAA;
42、 位点NAT1-I， rsl805065
Probe83: TCCCGTACACACTGTTCCT, Probe84: TCCCGTACATACTGTTCCT;
43、 位点NATl-II， rsl3306041Probe85: AGTACAACCAGGAGGGGGC， Probe86: AGTACAACCGGGAGGGGGC;
44、 位点DOK2， rs2242241
Probe87: TTCTCTGCTGCTGGCTGGC， Probe88: TTCTCTGCTTCTGGCTGGC;
45、 位点EPHX2-I， rs751141
Probe89: GCTAGGACCCGGTAACCTG， Probe90: GCTAGGACCTGGTAACCTG;
46、 位点EPHX2國n， rs35169320 Probe91: AGAATACCAACTCTCGGGA， Probe92: AGAATACCACCTCTCGGGA;
47、 位点ADRB3， rs36031925 Probe93: CCGGACTTTCGCAGCGCCT， Probe94: CCGGACTTTTGCAGCGCCT;
48、 位点BNIP3L， rsl055806
Probe95: ATCCACAATGGAGACATGG ， Probe96: ATCCACAATTGAGACATGG。
所述的基因检测探针在固体支持物上的固定方式如下固体支持物经过醛基化修饰，每 个基因检测探针在合成时加上氨基化修饰，通过氨基和醛基的结合将基因检测探针固定在固 体支持物上。 一个优选例是所述的固体支持物可以是玻片。
本发明应用生物易感基因分析原理，结合PCR技术和计算机技术，同时优化了 southern 技术中的杂交反应，提高效率、固化条件、简化过程，从而很好地避免了内切酶的限制和特 异性PCR的低效；最后结果通过计算机分析，能够客观准确地进行多个肝癌易感性基因的分 析。
具体实施例
下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。
应当理解，下面实施例中未说明的常规条件和方法，通常按照所属领域实验人员常规采
用方法如萨姆布鲁克和拉塞尔主编的《分子克隆实验指南》第三版，或按照制造厂商所建 议的步骤和条件。
实施例l:合成探针
向生物寡核苷酸链合成公司(如Sangon)定制发明内容中所提及的探针。
实施例2:制作基因芯片
(1) 探针准备
将探针用3X的柠檬酸缓冲液(SSC)统一配制成1500nM终浓度，4'C密封保存。
(2) 玻片准备
1、 将玻片垂直放置在玻璃架上，然后把架子放在玻璃缸内。
2、 用50克NaOH溶解于200ml去离子水，再加上300ml 95%乙醇(不要用100%的乙醇)， 配制500ml的碱性洗液，把玻片完全浸没在洗液中至少2个小时。
3、 用去离子水全面冲洗浸泡过的箔片5次，最后在去离水中完全浸没摇洗5分钟。4、 用35ml多聚L赖氨酸(poly-L-lysine)、 35ml灭菌过滤的PBS和280ml的去离子水配 制350ml修饰液。
5、 将第三步中玻片洗净以后迅速放入修饰液中，轻轻摇动l小时，注意减少暴露在空气 中的时间。
6、 把修饰处理过的玻片插进一个装有干净去离子水的缸中，上下抽动5次，把玻片转移 到一个低速离心机中，旋转是玻片干燥，5分钟。用铝箔包裹干燥的玻片，防止灰尘，放进 真空干燥炉中，45°C， 10分钟。室温密封保存， 一般在一个月以后使用。
(3)芯片制备
1、 将样本放置于96孔板中，用基因芯片点样仪，每针吸装lul探针，把探针点在多聚L 赖氨酸处理过的玻片，点样量为5nl，每组探针点在相邻位置，便于观察。
2、 用玻片水合舱和金属加热板对玻片进行再次水合化和快速干燥的处理。将玻片的点样 面对着水蒸气5-15秒，然后点样面背着加热器5秒。
3、 UV交联。用紫外线是DNA交联到玻片上，照射能量为60mJ。
4、 配置封闭液。将6克丁二酸酐放入3-甲基-2-吡咯烷酮溶液中，定容335ml，再加入15ml 1M的硼酸钠溶液。
5、 迅速把第三步完成的玻片浸没于封闭液中，15分钟。结束以后把玻片放入刚沸过的水 中，晃动3-5次，浸没2分钟。然后将玻片放入95%的乙醇中，上下提拉3-5次，离心甩干。
实施例3:杂交反应与检测结果
(1) 点样杂交
配制杂交液，包括0.02。/。SDS、 5XSSC、 50%去离子甲酰胺、0.1% N-laurysarosine、 50 mmol'L-l磷酸钠、pH7.0、 2%封闭剂。
用移液枪将2ul Dig标记的档样本PCR扩增产物吸加到10ul杂交液中，95X:预变性2分 钟，然后在冰上冷却5分钟。将待杂交混合液置于芯片上的探针区域，并盖上盖玻片(防止水 分在杂交过程中蒸发)，置于42'C的杂交炉内1.5小时。
杂交后小心拿出玻片，浸入盛有洗液1 (2XSSC， 0.1%SDS)的玻片槽，玻片点样面朝 下，保证芯片阵列区的安全，将玻片在洗液中晃动2-3次，移入盛有洗液2 (1XSSC)的玻 片槽中，轻柔地摇晃玻片槽2-3分钟，再将玻片移入盛有洗液3 (0.2xSSC) 2分钟，然后离 心甩干玻片。实验过程均应在室温。
(2) 显色
6mg 二氨基联苯胺(DAB)溶于10mlTBS (0.05M pH7.6)，再加入O.lml浓度为3%的 H202，过滤掉沉淀物，配制成显色液。取lml显色液，控制显色时间10-15分钟，然后用1 XPBS溶液清洗，终止反应。最后通过基因芯片扫描仪，读取芯片上的信息。
(3) 结果判断
利用计算机进行灰度指分析，同组探针中，如果第一个探针和第二个探针的杂交信号比 值<0.33，基因型为第二种探针对应的纯合型；大于3.0，基因型为第一种探针对应得纯合型； 1.5到0.67，基因型为杂合型；其余情况视为实验失败，重复实验。序列表
〈110〉上海裕隆基因科技中心有限公司 〈120〉肝癌易感基因分型检测基因芯片 〈勝96
〈210> 1 <211〉 19 〈212>醒 <213>人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因EGFL3的SNP突变位点rs947345设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为ProbeOl。
<400> 1
ctgacaccca gggggcagc 19
〈210〉 2 〈211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因EGFL3的SNP突变位点rs947345设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe02。
〈400〉 2
etgacacccg gggggcagc 19
〈210〉 3 〈211〉 19 <212> DNA <213〉人工序列 <220>
<223〉根据肝癌易感基因EGFL3的SNP突变位点rs7553399设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe03。
<400〉 3
cactggcaca gctgctcac 19
〈210〉 4 〈211〉 19 〈212〉 DNA <213>人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因EGFL3的SNP突变位点rs7553399设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe04。2009 <400〉 4
cactggcacc gctgctcac 19
<210> 5 <211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因EGFL3的SNP突变位点rs41303857设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe05。
<400〉 5
ggcagctaaa gccggtcca 19
<210〉 6 <211〉 19 <212〉 DNA 〈213〉人工序列 <220〉
<223〉根据肝癌易感基因EGFL3的SNP突变位点rs41303857设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe06。
〈400〉 6
ggcagctaag gccggtcca 19
<210〉 7 〈211> 18 〈212> DNA <213〉人工序列 〈220>
<223>根据肝癌易感基因TP73的SNP突变位点rs34147948设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe07。
〈400> 7
cttccacctg gagggcat 18
〈210〉 8 〈211〉 19 <212>廳 <213〉人工序列 〈220〉
<223>根据肝癌易感基因TP73的SNP突变位点rs34147948设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe08。〈400〉 8
cttccacctg ggagggcat 19
〈210〉 9 〈211〉 19 〈212〉腿 〈213〉人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因EN01-I的SNP突变位点rsl1544517设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe09。
<400> 9
tgccagtccc ggcgttcaa 19
〈210〉 10 〈211> 19 〈212〉纖 〈213>人工序列 <220>
〈223〉根据肝癌易感基因EN01-I的SNP突变位点rsl1544517设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为ProbelO。
〈400〉 10
tgccagtcct ggcgttcaa 19
<210> 11 〈211〉 19 〈212〉 ■ <213>人工序列 <220>
<223>根据肝癌易感基因ENOl-II的SNP突变位点rsl1544509设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probell。
〈400〉 11
gctggccatc caggagttc 19
〈210〉 12 〈211〉 19 〈212〉 DNA 〈213>人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因ENOl-II的SNP突变位点rsl1544509设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probel2。
〈400> 12gctggccatg caggagttc 19
〈210> 13 <211〉 19 〈212〉 DNA 〈213>人工序列 〈220〉
<223>根据肝癌易感基因TNFRSF1B-I的SNP突变位点rsl061622设计探针，以用作肝癌易 感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probel3。
〈400〉 13
atgcaagcag ggatgcagt 19
〈210〉 14 〈211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因TNFRSF1B-I的SNP突变位点rsl061622设计探针，以用作肝癌易 感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probel4。
〈400〉 14
atgcaagcat ggatgcagt 19
〈210〉 15 <211〉 18 〈212〉醒 〈213〉人工序列 <220〉
<223〉根据肝癌易感基因TNFRSF1B-II的SNP突变位点rs2228494设计探针，以用作肝癌易 感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probel5。
<400> 15
agctgtaaca tggtggcc 18
〈210〉 16 〈211〉 18 〈212〉廳 〈213〉人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因TNFRSF1B-II的SNP突变位点rs2228494设计探针，以用作肝癌易 感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probel6。
〈400〉 16
agctgtaacg tggtggcc 18〈210> 17 <211〉 19 <212〉腿 〈213>人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因MASP2-I的SNP突变位点rs2273343设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probel7。
〈400〉 17
gcgaccacca ctgccacaa 19
〈210〉 18 〈211〉 19 〈212> DNA <213〉人工序列 <220〉
〈223>根据肝癌易感基因MASP2-I的SNP突变位点rs2273343设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probel8。 〈400> 18
gcgaccaccg ctgccacaa 19
〈210〉 19 <211> 19 〈212>腿 <213〉人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因MASP2-II的SNP突变位点rs41307788设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probel9。
〈400> 19
tggttgtggc agtggtggt 19
〈210> 20 〈211〉 19 〈212〉 DNA 〈213>人工序列 <220〉
<223〉根据肝癌易感基因MASP2-II的SNP突变位点rs41307788设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe20。
<400> 20
tg卿ggt agtggtggt 19 〈210〉 21〈211〉 19 〈212〉腿 〈213〉人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因CASP9-I的SNP突变位点rs2308941设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe21。
〈400〉 21
cgaagccaac cctagaaaa 19
〈210> 22 〈211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因CASP9-I的SNP突变位点rs2308941设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe22。
<400〉 22
cgaagccaat cctagaaaa 19
<210> 23 <211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 <220〉
<223〉根据肝癌易感基因CASP9-II的SNP突变位点rs2308938设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe23。
<400〉 23
ctagaaaacc ttaccccag 19
〈210〉 24 <211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因CASP9-II的SNP突变位点rs2308938设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe24。
〈400〉 24
ctagaaaact ttaccccag 19
〈210> 25 〈211〉 19<212> ■ <213〉人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因CASP9-III的SNP突变位点rs2308950设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe25。
〈400> 25
acttctgcca tgagtccgg 19
〈210〉 26
<211> 19 〈212〉腿 <213>人工序列 〈220>
〈223>根据肝癌易感基因CASP9-III的SNP突变位点rs2308950设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe26。
<400〉 26
acttctgccg tgagtccgg 19
〈210〉 27 〈211〉 19 〈212> DNA 〈213>人工序列 <220>
〈223>根据肝癌易感基因CASP-IV的SNP突变位点rs9282624设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe27。
〈400〉 27
ctccaacatc gactgtgag 19
〈210> 28 <211> 19 〈212> DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因CASP-IV的SNP突变位点rs9282624设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe28。
<400> 28
ctccaacatg gactgtgag 19
〈210〉 29 〈211> 19 〈212〉 DNA〈213〉人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因FGR-I的SNP突变位点rs35334091设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe29。
〈400〉 29
cacgtagttc ctgggaatg 19
<210〉 30 <211〉 19 <212> DNA <213>人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因FGR-I的SNP突变位点rs35334091设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe30。
<400〉 30
cacgtagttg ctgggaatg 19
〈210〉 31 〈211〉 19 〈212〉 DNA 〈213>人工序列 <220>
〈223〉根据肝癌易感基因FGR-II的SNP突变位点rs34597831设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe31。
〈400〉 31
gtcacttaca tattgttca 19
〈210〉 32 〈211〉 19 <212〉腿 〈213〉人工序列 <220>
〈223〉根据肝癌易感基因FGR-II的SNP突变位点rs34597831设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe32。
〈400〉 32
gtcacttacg tattgttca 19
〈210〉 33 〈211〉 19 〈212〉腿 <213〉人工序列〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因SEPN1的SNP突变位点rs56169842设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe33。
<400〉 33
gtgagctgaa catgttcac 19
〈210〉 34
<211〉 19
〈212> DNA <213〉人工序列 <220>
〈223>根据肝癌易感基因SEPN1的SNP突变位点rs56169842设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe34。
〈400> 34
gtgagctgag catgttcac 19
〈210〉 35 <211> 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 <220〉
<223>根据肝癌易感基因E2F2-I的SNP突变位点rs3218170设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe35。
<400〉 35
accagaccto ggaagcagc 19
〈210〉 36 <211〉 19 〈212〉醒 〈213>人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因E2F2-I的SNP突变位点rs3218170设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe36。
〈400〉 36
accagacctg ggaagcagc 19
<210〉 37 〈211〉 19 <212〉 DNA <213〉人工序列 〈220〉〈223〉根据肝癌易感基因E2F2-II的SNP突变位点rs41306580设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe37。
〈400〉 37
ttcccaggta tggtggggt 19
〈210〉 38 〈211> 19 〈212〉醒 〈213〉人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因E2F2-II的SNP突变位点rs41306580设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe38。
〈400〉 38
ttcccaggtc tggtggggt 19
〈210〉 39 〈211〉 19 〈212〉廳 〈213〉人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因PINK1的SNP突变位点rs56297806设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe39。
〈400〉 39
cgagacgctg gcagggctt 19
〈210〉 40 〈211〉 19 〈212〉 ■ 〈213>人工序列 <220〉
<223〉根据肝癌易感基因PINK1的SNP突变位点rs56297806设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe40。
〈400〉 40
cgagacgctt gcagggctt 19
〈210〉 41 <211> 19 〈212〉 DNA 〈213>人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因STMN1-I的SNP突变位点rs3209829设计探针，以用作肝癌易感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe41。 <400> 41
acaaagaatc caaagaccc 19
〈210〉 42 <211> 19 〈212> DNA <213〉人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因STMN1-I的SNP突变位点rs3209829设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe42。
〈400〉 42
acaaagaatt caaagaccc 19
〈210〉 43 〈211〉 19 <212> DNA 〈213〉人工序列 〈220>
<223>根据肝癌易感基因STMN1-II的SNP突变位点rsl1538121设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe43。
<400> 43
ttcteagccc tcggtcaaa 19
〈210〉 44 <211> 19 <212〉醒 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因STMN1-II的SNP突变位点rsl1538121设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe44。
〈400> 44
ttctcagcct tcggtcaaa 19
〈210〉 45 〈211> 19 <212〉 DNA 〈213>人工序列 〈220〉
〈223>根据肝癌易感基因MUTYH-1的SNP突变位点rsl 140507设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe45。〈400〉 45
ctgctaagcc ggtacgacc 19
〈210〉 46 <211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因MUTYH-1的SNP突变位点rsl140507设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe46。
〈400〉 46
ctgctaagct ggtacgacc 19
〈210〉 47 〈211> 19 <212〉薩 〈213〉人工序列 〈220>
<223>根据肝癌易感基因MUTYH-II的SNP突变位点rs3219489设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe47。
〈400〉 47
cactggacac tgccacctg 19
〈210〉 48 〈211〉 19 <212> DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因MUTYH-II的SNP突变位点rs3219489设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe48。
<400〉 48
cactggacag tgccacctg 19
<210> 49 <211> 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因MUTYH-III的SNP突变位点rs3219494设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe49。〈400〉 49
aacagccaga gacctgtat 19
<210〉 50 <211〉 19 〈212〉薩 <213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因MUTYH-III的SNP突变位点rs3219494设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe50。
〈400〉 50
aacagccagg gacctgtat 19
〈210〉 51 <211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因MUTYH-IV的SNP突变位点rs3219496设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe51。
〈400〉 51
cagcaagtca tggataatt 19
<210> 52 〈211〉 19 <212> DNA <213〉人工序列 〈220〉
〈223>根据肝癌易感基因MUTYH-IV的SNP突变位点rs3219496设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe52。
〈400〉 52
cagcaagtcc tggataatt 19
〈210〉 53 〈211〉 19 〈212> DNA 〈213〉人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因MUTYH-V的SNP突变位点rsl1545695设计探针，以用作肝癌易 感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe53。
〈400〉 53cctctatcgc ctttggcca 19
〈210> 54
<211〉 19 〈212〉腿 〈213〉人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因MUTYH-V的SNP突变位点rsl1545695设计探针，以用作肝癌易 感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe54。
〈400〉 54
cctctatcgt ctttggcca 19
〈210> 55 〈211〉 19 <212〉 DNA 〈213>人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因MUTYH-VI的SNP突变位点rs35352891设计探针，以用作肝癌易 感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe55。
〈400〉 55
agagctctgc cacctgtgt 19
〈210> 56 <211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
<223>根据肝癌易感基因MUTYH-VI的SNP突变位点rs35352891设计探针，以用作肝癌易 感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe56。
〈400> 56
agagctctgt cacctgtgt 19
〈210> 57
<211〉 19
〈212〉 DNA <213>人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因JUN的SNP突变位点rs9989设计探针，以用作肝癌易感基因分型 检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe57。
〈400〉 57
tggcgtccac ggccaacat 19<210> 58
〈211〉 19
<212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220>
<223〉根据肝癌易感基因JUN的SNP突变位点rs9989设计探针，以用作肝癌易感基因分型 检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe58。
〈400〉 58
tggcgtccat ggccaacat 19
<210> 59 〈211〉 19 <212〉醒 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因THEA-I的SNP突变位点rs34630746设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe59。
〈400〉 59
tccataccca tcgcaggtg 19
<210〉 60 〈211〉 19 <212〉 DNA <213>人工序列 <220>
<223>根据肝癌易感基因THEA-I的SNP突变位点rs34630746设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe60。
〈400〉 60
tccatacccg tcgcaggtg 19
<210〉 61 〈211> 19 〈212〉丽 <213〉人工序列 〈220〉
<223>根据肝癌易感基因THEA-II的SNP突变位点rs41294808设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe61。
〈400〉 61
tctccaacca cacatcccg 19〈210> 62
〈211〉 19
<212> ■ <213>人工序列 〈220>
<223>根据肝癌易感基因THEA-II的SNP突变位点rs41294808设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe62。
<400> 62
tctccaaccg cacatcccg 19
〈210〉 63
〈211〉 19
〈212> DNA 〈213〉人工序列 <220〉
<223〉根据肝癌易感基因THEA-III的SNP突变位点rs34148246设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe63。
<400> 63
ctgatctcca aggacagca 19
<210〉 64 <211〉 19 〈212>廳 〈213〉人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因THEA-III的SNP突变位点rs34148246设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe64。
〈400〉 64
ctgatctccg aggacagca 19
〈210> 65 〈211> 19 〈212〉 DNA <213>人工序列 <220〉
<223〉根据肝癌易感基因THEA-IV的SNP突变位点rsl2403630设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe65。
〈400> 65
gcctctggca cg鄉ggga 19 〈210〉 66〈211> 19 〈212〉腿 〈213>人工序列 <220>
〈223〉根据肝癌易感基因THEA-IV的SNP突变位点rsl2403630设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe66。
〈400〉 66
gcctctggcg cgaggggga 19
〈210〉 67 〈211〉 19 <212> ■ <213>人工序列 〈220〉
〈223>根据肝癌易感基因GSTM1-I的SNP突变位点rs3211206设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe67。
〈400〉 67
atttcctcgc ctatgatgt 19
〈210〉 68 〈211〉 19 〈212〉醒 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因GSTM1-I的SNP突变位点rs3211206设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe68。
<400> 68
atttcctcgt ctatgatgt 19
〈210〉 69 〈211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223>根据肝癌易感基因GSTM1-II的SNP突变位点rsl065411设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe69。
〈400> 69
tgagcccaac tgcttggac 19
〈210〉 70 〈211〉 19<212> DNA <213>人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因GSTM1-II的SNP突变位点rsl065411设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe70。
〈400〉 70
tgagcccaag tgcttggac 19
<210〉 71 〈211〉 19 〈212〉 DNA <213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因PHGDH的SNP突变位点rsl801955设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe71。
〈400〉 71
gggg3gacca ggcacgtca 19
<210> 72 <211> 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因PHGDH的SNP突变位点rsl801955设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe72。
<400〉 72
ggggagacct ggcacgtca 19
<210〉 73 〈211〉 19 〈212> ■ <213〉人工序列 〈220>
〈223〉根据肝癌易感基因DEFB1-I的SNP突变位点rs56270143设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe73。
〈400> 73
tgttacagag ggaaggcca 19
〈210〉 74 〈211〉 19 〈212〉画〈213>人工序列 〈220〉
〈223>根据肝癌易感基因DEFB1-I的SNP突变位点rs56270143设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe74。
<400〉 74
tgttacagat ggaaggcca 19
〈210〉 75 〈211> 19 <212〉 DNA <213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因DEFB1-II的SNP突变位点rs55874920设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe75。
〈400〉 75
ttcaaggcac ctgttacag 19
〈210〉 76
〈211> 19 〈212〉腿 <213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因DEFBl-II的SNP突变位点rs55874920设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe76。
〈400> 76
ttcaaggcag ctgttacag 19
<210〉 77 〈211〉 19 〈212> DNA 〈213〉人工序列 〈220>
<223>根据肝癌易感基因DEFB1-III的SNP突变位点rs56051220设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe77。
<400> 77
cctgcccgac ctttaccaa 19
<210〉 78 〈211> 19 〈212〉腿 〈213>人工序列<220>
〈223>根据肝癌易感基因DEFBl-III的SNP突变位点rs56051220设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe78。
〈400〉 78
cctgcccgat ctttaccaa 19
<210> 79 〈211〉 19 〈212〉 DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
<223>根据肝癌易感基因MTMR9的SNP突变位点rsl7851952设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe79。
〈400〉 79
gctgtgcaca gtcagccta 19
〈210〉 80 〈211〉 19 〈212〉 DNA <213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因MTMR9的SNP突变位点rsl7851952设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe80。
〈400〉 80
gctgtgcact gtcagccta 19
<210> 81 〈211〉 19 <212> DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
<223>根据肝癌易感基因FDFT1的SNP突变位点rsl1549147设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe81。
〈400〉 81
cttgctacaa gtatctcaa 19
〈210〉 82 <211> 19 〈212〉腿 〈213〉人工序列 〈220〉〈223〉根据肝癌易感基因FDFT1的SNP突变位点rsl1549147设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe82。
〈400〉 82
cttgctacag gtatctcaa 19
〈210〉 83 〈211〉 19 <212〉 DNA <213>人工序列 〈220〉
〈223>根据肝癌易感基因NAT1-I的SNP突变位点rsl805065设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe83。
〈400〉 83
tcccgtacac actgttcct 19
〈210〉 84 〈211〉 19 〈212> DNA 〈213〉人工序列 <220>
〈223>根据肝癌易感基因NAT1-I的SNP突变位点rsl805065设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe84。
〈400〉 84
tcccgtacat actgttcct 19
<210〉 85 <211〉 19 〈212〉腿 〈213〉人工序列 〈220〉
<223>根据肝癌易感基因NAT1-II的SNP突变位点rsl3306041设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe85。
〈400〉 85
agtacaacca ggagggggc 19
〈210〉 86 〈211〉 19 〈212〉腿 〈213〉人工序列 〈220〉
<223〉根据肝癌易感基因NAT1-II的SNP突变位点rsl3306041设计探针，以用作肝癌易感基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe86。 〈400〉 86
agtacaaccg ggagggggc 19
〈210〉 87 〈211〉 19 <212>薩 〈213〉人工序列 <220>
〈223〉根据肝癌易感基因DOK2的SNP突变位点rs2242241设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe87。
〈400〉 87
ttctctgctg ctggctggc 19
<210> 88 <211> 19 〈212〉 DNA <213〉人工序列 <220〉
〈223>根据肝癌易感基因DOK2的SNP突变位点rs2242241设计探针，以用作肝癌易感基因 分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe88。
〈400> 88
ttctctgctt ctggctggc 19
<210〉 89
〈211〉 19
<212> DNA 〈213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因EPHX2-I的SNP突变位点rs751141设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe89。
〈400〉 89
gctaggaccc ggteacctg 19
<210〉 90 〈211> 19 <212〉腿 〈213>人工序列 <220>
<223〉根据肝癌易感基因EPHX2-I的SNP突变位点rs751141设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe90。<400> 90
gctaggacct ggtaacctg 19
〈210> 91
<211〉 19
<212〉 DNA <213〉人工序列 <220>
<223〉根据肝癌易感基因EPHX2-II的SNP突变位点rs35169320设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe91。
〈400〉 91
agaataccaa ctctcggga 19
〈210〉 92 〈211> 19 〈212〉腿 <213>人工序列 〈220>
<223>根据肝癌易感基因EPHX2-II的SNP突变位点rs35169320设计探针，以用作肝癌易感 基因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe92。
〈400〉 92
agaataccac ctctcggga 19
〈210> 93 〈211> 19 <212〉廳 〈213〉人工序列 <220>
〈223〉根据肝癌易感基因ADRB3的SNP突变位点rs36031925设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe93。
<400〉 93
ccggactttc gcagcgcct 19
<210〉 94 <211> 19 〈212〉 DNA <213〉人工序列 <220>
〈223〉根据肝癌易感基因ADRB3的SNP突变位点rs36031925设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe94。〈400> 94
ccggactttt gcagcgcct 19
〈210> 95
<211〉 19
〈212〉 DNA <213〉人工序列 〈220〉
〈223〉根据肝癌易感基因BNIP3L的SNP突变位点rsl055806设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe95。
<400〉 95
atccacaatg gagacatgg 19
〈210〉 96 <211〉 19 <212〉 DNA 〈213〉人工序列 <220〉
〈223〉根据肝癌易感基因BNIP3L的SNP突变位点rsl055806设计探针，以用作肝癌易感基 因分型检测基因芯片中相关检测探针序列，命名为Probe96。
<400〉 96
atccacaatt gagacatgg 19
权利要求
1.一种用于肝癌易感基因分型检测基因芯片，包括固体支持物及支持物上固定的基因检测探针；所述的基因检测探针包含25个肝癌易感基因的48个非同义突变位点；所述的25个易感基因如下1、EGFL3；2、TP73；3、EN01；4、TNFRSF1B；5、MASP2；6、CASP9；7、FGR；8、SEPN1；9、E2F2；10、PINK1；11、STMN1；12、MUTYH；13、JUN；14、THEA；15、GSTM1；16、PHGDH；17、DEFA1；18、DEFB1；19、MTMR9；20、FDFT1；21、NAT1；22、DOK2；23、EPHX2；24、ADRR3；25、BNIP3L。
2. 如权利要求1所述的基因芯片，其特征在于，所述的根据48个非同义位点设计的检测探 针有96个，序列如下1、位点EGFL3-I， rs947345ProbeOl: CTGACACCCAGGGGGCAGC， Probe02: CTGACACCCGGGGGGCAGC; 2、 位点EGFL3-II, rs7553399Probe03: CACTGGCACAGCTGCTCAC ， Probe04: CACTGGCACCGCTGCTCAC; 3、 位点EGFL3-HI， rs41303857 Probe05: GGCAGCTAAAGCCGGTCCA， Probe06: GGCAGCTAAGGCCGGTCCA; 4、 位点TP73， rs34147948Probe07: CTTCCACCT-GGAGGGCAT， Probe08: CTTCCACCTGGGAGGGCAT; 5、 位点ENOl-I， rsl1544517Probe09: TGCCAGTCCCGGCGTTCAA， Probel0: TGCCAGTCCTGGCGTTCAA; 6、 位点ENOl-II， rsl1544509Probel 1: GCTGGCCATCCAGGAGTTC， Probel2: GCTGGCCATGCAGGAGTTC; 7、 位点TNFRSF1B-I， rsl061622Probe 13: ATGCAAGCAGGGATGCAGT， Probel4: ATGCAAGCATGGATGCAGT; 8、 位点TNFRSFIB-II， rs2228494 Probe5: AGCTGTAACATGGTGGCC， Probel6: AGCTGTAACGTGGTGGCC; 9、 位点MASP2-I， rs2273343Probel7: GCGACCACCACTGCCACAA， Probel8.. GCGACCACCGCTGCCACAA;10、 位点MASP2國I1， rs41307788 Probel9: TGGTTGTGGC AGTGGTGGT ， Probe20: TGGTTGTGGTAGTGGTGGT;11、 位点CASP9-I, rs2308941Probe21: CGAAGCC AACCCTAGAAAA ， Probe22: CGAAGCC AATCCTAGAAAA;12、 位点CASP9-I1， rs2308938 Probe23: CTAGAAAACCTTACCCCAG, Probe24: CTAGAAAACTTTACCCCAG;13、 位点CASP9隱m， rs2308950 Probe25: ACTTCTGCCATGAGTCCGG， Probe26: ACTTCTGCCGTGAGTCCGG;14、 位点CASP-IV， rs9282624 Probe27: CTCCAACATCGACTGTGAG, Probe28: CTCCAACATGGACTGTGAG;15、 位点FGR-I， rs35334091Probe29: CACGTAGTTCCTGGGAATG， Probe30: CACGTAGTTGCTGGGAATG;16、 位点FGR-II， rs34597831Probe31: GTCACTTACATATTGTTCA ， Probe32: GTCACTTACGTATTGTTCA;17、 位点SEPN1， rs56廳42Probe33: GTGAGCTGAACATGTTCAC， Probe34: GTGAGCTG AGC ATGTTC AC;18、 位点E2F2墨I， rs3218170Probe3 5: ACC AGACCTAGGAAGC AGC ， Probe36: ACC AGACCTGGGAAGC AGC;19、 位点E2F2-II, rs41306580 Probe37: TTCCCAGGTATGGTGGGGT， Probe38: TTCCC AGGTCTGGTGGGGT;20、 位点PINKl， rs56297806Probe39: CGAGACGCTGGCAGGGCTT, Probe40: CGAGACGCTTGCAGGGCTT;21、 位点ST顧l-I, rs3209829Probe41: AC AAAGAATCCAAAGACCC ， Probe42: ACAAAGAATTCAAAGACCC;22、 位点ST画l墨II， rsll538121 Probe43: TTCTCAGCCCTCGGTCAAA,Probe44: TTCTCAGCCTTCGGTCAAA;23、 位点MUTYH-1， rsl 140507 Probe45: CTGCTAAGCCGGTACGACC ， Probe46: CTGCTAAGCTGGTACGACC;24、 位点MUTYH-II， rs3219489 Probe47: CACTGGACACTGCCACCTG ， Probe48: CACTGGAC AGTGCCACCTG;25、 位点MUTYH-III， rs3219494 Probe49: AACAGCCAGAGACCTGTAT, Probe50: AACAGCCAGGGACCTGTAT;26、 位点MUTYH隱IV， rs3219496 Probe51: C AGC A AGTC ATGGATAATT ， Probe52: CAGCAAGTCCTGGATAATT;27、 位点MUTYH-V， rsll545695 Probe53: CCTCTATCGCCTTTGGCCA, Probe54: CCTCTATCGTCTTTGGCC A;28、 位点MUTYH-VI， rs35352891 Probe55: AGAGCTCTGCCACCTGTGT, Probe56: AGAGCTCTGTC ACCTGTGT;29、 位点JUN， rs9989Probe57: TGGCGTCCACGGCCAACAT, Probe5 8: TGGCGTCC ATGGCC AAC AT;30、 位点THEA-I， rs34630746 Probe59: TCCATACCCATCGCAGGTG, Probe60: TCC ATACCCGTCGC AGGTG;31、 位点THEA-II， rs41294808 Probe61: TCTCCAACCACACATCCCG, Probe62: TCTCCAACCGCACATCCCG;32、 位点THEA-III， rs34148246 Probe63: CTGATCTCCAAGGACAGCA' Probe64: CTGATCTCCGAGGAC AGC A;33、 位点THEA-IV， rsl2403630 Probe65: GCCTCTGGCACGAGGGGGA, Probe66: GCCTCTGGCGCGAGGGGGA;34、 位点GSTMl-I， rs3211206 Probe67: ATTTCCTCGCCTATGATGT, Probe68: ATTTCCTCGTCTATGATGT;35、 位点GSTMl-II， rsl065411 Probe69: TGAGCCC A ACTGCTTGGAC ， Probe70: TGAGCCC AAGTGCTTGGAC;36、 位点PHGDH， rsl801955Probe71: GGGGAGACC AGGC ACGTC A ， Probe72: GGGGAGACCTGGCACGTCA;37、 位点DEFBl-I， rs56270143Probe73: TGTTAC AGAGGGAAGGCCA ， Probe74: TGTTACAGATGGAAGGCCA;38、 位点DEFBl-II， rs55874920 Probe75: TTCAAGGCACCTGTTACAG， Probe76: TTCAAGGCAGCTGTTACAG;39、 位点DEFBl-III， rs56051220 Probe77: CCTGCCCGACCTTTACCAA， Probe78: CCTGCCCGATCTTTACCAA;40、 位点MTMR9， rsl7851952 Probe79: GCTGTGCACAGTCAGCCTA， Probe80: GCTGTGCACTGTCAGCCTA;41、 位点FDFT1， rsl 1549147 Probe81: CTTGCTACAAGTATCTCAA， Probe82: CTTGCTACAGGTATCTCAA;42、 位点NAT1-I， rsl805065Probe83: TCCCGTACACACTGTTCCT， Probe84: TCCCGTACATACTGTTCCT;43、 位点NATl國II， rsl3306041Probe85: AGTACAACCAGGAGGGGGC ， Probe86: AGTACAACCGGGAGGGGGC;44、 位点DOK2， rs2242241Probe87: TTCTCTGCTGCTGGCTGGC， Probe88: TTCTCTGCTTCTGGCTGGC;45、 位点EPHX2-I， rs751141Probe89: GCTAGGACCCGGTAACCTG, Probe卯GCTAGGACCTGGTAACCTG;46、 位点EPHX2-I1， rs35169320 Probe91: AGAATACCAACTCTCGGGA, Probe92: AGAATACCACCTCTCGGGA;47、 位点ADRB3， rs36031925Probe93: CCGGACTTTCGCAGCGCCT， Probe94: CCGGACTTTTGCAGCGCCT; 48、位点BNIP3L， rsl055806Probe95: ATCCACAATGGAGACATGG ， Probe96: ATCCACAATTGAGACATGG。
3. 如权利要求l所述的基因芯片，其特征在于，所述的基因检测探针在固体支持物上的固定方式如下固体支持物经过醛基化修饰，每个基因检测探针在合成时加上氨基化修饰，通过 氨基和醛基的结合将基因检测探针固定在固体支持物上。
4. 如权利要求2所述的基因芯片，其特征在于，所述的固体支持物可以是玻片。
全文摘要
本发明提供一种用于肝癌易感基因分型的基因芯片。该芯片主要通过设计肝癌相关的易感基因的探针，制备基因芯片。本发明克服了传统的分型方法效率低、操作复杂、可控性差、分型局限性大等缺点，采用现代生物基因芯片技术，制备所得通量大、效率高的分型芯片，能够最大限度的囊括已知的易感基因位点，提高检测灵敏度。通过本发明提供的肝癌易感基因分型芯片，能够帮助我们快速对样本进行基因分型，对于肝癌的循证医学的发展有极大的作用。
文档编号C40B40/06GK101565755SQ200910203530
公开日2009年10月28日 申请日期2009年5月22日 优先权日2009年4月22日
发明者汪宁梅, 穆宇豪, 穆海东, 顾杰锋, 飒 黎 申请人:上海裕隆基因科技中心有限公司