1.一种药物组合物，所述药物组合物包含：
a.1-8x1013个aav9病毒载体基因组/ml(vg/ml)；
b.少于约7％的空病毒衣壳；
c.少于约100ng/ml宿主细胞蛋白/1x1013vg/ml；
d.少于约5x106pg/ml残余宿主细胞dna/1x1013vg/ml；
并且其中所述1-8x1013个aav9病毒载体基因组/ml中至少约80％是功能性的。
2.如权利要求1所述的组合物，其中所述aav9病毒载体包含编码运动神经元存活(smn)蛋白的多核苷酸。
3.如权利要求1所述的组合物，其中所述aav9病毒载体包含编码甲基-cpg结合蛋白2(mecp2)蛋白的多核苷酸。
4.如权利要求1所述的组合物，其中所述aav9病毒载体包含编码靶向超氧化物歧化酶1(sod1)的短发夹rna(shrna)的多核苷酸。
5.如权利要求2所述的组合物，其中所述aav9病毒载体包含经修饰的aav2itr、鸡β-肌动蛋白(cb)启动子、巨细胞病毒(cmv)即刻/早期增强子、经修饰的sv40晚期16s内含子、牛生长激素(bgh)聚腺苷酸化信号和未经修饰的aav2itr。
6.如权利要求2或5所述的组合物，其中所述多核苷酸编码seqidno:2的smn蛋白。
7.如权利要求2、5或6中任一项所述的组合物，其中所述aav9病毒载体包含seqidno:1。
8.如权利要求1-7中任一项所述的组合物，所述组合物包含1.7-2.3x1013aav9vg/ml。
9.如权利要求1-8中任一项所述的组合物，所述组合物包含1.9-2.1x1013aav9vg/ml。
10.如权利要求1-9中任一项所述的组合物，所述组合物包含约2x1013aav9vg/ml。
11.如权利要求1-10中任一项所述的组合物，所述组合物包含少于约5％的空衣壳。
12.如权利要求1-11中任一项所述的组合物，所述组合物包含少于约3％的空衣壳。
13.如权利要求1-12中任一项所述的组合物，所述组合物包含少于约1％的空衣壳。
14.如权利要求1-13中任一项所述的组合物，所述组合物包含以下或由以下组成：1-2x1014vg的所述aav9病毒载体。
15.如权利要求1-14中任一项所述的组合物，所述组合物包含以下或由以下组成：1.1x1014vg的所述aav9病毒载体。
16.如权利要求1-15中任一项所述的组合物，所述组合物由1.7x1014vg的所述aav9病毒载体组成。
17.如权利要求1-16中任一项所述的组合物，其中使用体外细胞测定或体内动物模型测量功能性病毒载体基因组的百分比。
18.一种水性药物配制品，所述水性药物配制品包含：包含编码运动神经元存活(smn)蛋白的多核苷酸的aav9病毒载体、tris缓冲液、氯化镁、氯化钠和泊洛沙姆(例如泊洛沙姆188)，其中所述药物组合物不包含防腐剂。
19.如权利要求18所述的配制品，其中所述aav9病毒载体还包含经修饰的aav2itr、鸡β-肌动蛋白(cb)启动子、巨细胞病毒(cmv)即刻/早期增强子、经修饰的sv40晚期16s内含子、牛生长激素(bgh)聚腺苷酸化信号和未经修饰的aav2itr。
20.如权利要求18或19所述的配制品，其中所述多核苷酸编码seqidno:2的smn蛋白。
21.如权利要求18-20中任一项所述的配制品，其中所述aav9病毒载体包含seqidno:1。
22.如权利要求18-21中任一项所述的配制品，其中所述tris缓冲液浓度为约10-30nm，例如约20mm。
23.如权利要求18-22中任一项所述的配制品，其中所述配制品的ph为约7.7至约8.3，例如约ph8.0(例如通过usp<791>测量)。
24.如权利要求18-23中任一项所述的配制品，其中所述氯化镁浓度为约0.5-1.5mm，例如约1mm。
25.如权利要求18-24中任一项所述的配制品，其中所述氯化钠浓度为约100-300mm，例如约200mm。
26.如权利要求18-25中任一项所述的配制品，其中所述配制品包含约0.005％w/v泊洛沙姆188。
27.如权利要求18-26中任一项所述的配制品，其中所述配制品的渗透压摩尔浓度为390-430mosm/kg(例如通过usp<785>测量)。
28.如权利要求18-27中任一项所述的配制品，其中所述aav9病毒载体是在如权利要求1-17中任一项所述的组合物中。
29.一种治疗有需要的患者的i型脊髓性肌萎缩(sma)的方法，所述方法包括通过鞘内或静脉内途径给所述患者施用如权利要求18-28中任一项所述的配制品或如权利要求2或5-17中任一项所述的组合物，其中所述患者：
a.九月龄或更小；
b.体重至少约2.6kg；
c.具有双等位基因smn1无效突变或缺失；以及
d.具有至少一个功能性smn2拷贝。
30.如权利要求29所述的方法，其中所述aav9病毒载体包含经修饰的aav2itr、鸡β-肌动蛋白(cb)启动子、巨细胞病毒(cmv)即刻/早期增强子、经修饰的sv40晚期16s内含子、牛生长激素(bgh)聚腺苷酸化信号和未经修饰的aav2itr。
31.如权利要求29或30所述的方法，其中所述多核苷酸编码seqidno:2的smn蛋白。
32.如权利要求29-31中任一项所述的方法，其中所述aav9病毒载体包含seqidno:1。
33.如权利要求29-32中任一项所述的方法，所述方法包括以约1-2.5x1014vg/kg的剂量施用所述病毒载体。
34.如权利要求29-33中任一项所述的方法，所述方法包括以约1.1x1014vg/kg的剂量施用所述病毒载体。
35.如权利要求33或34所述的方法，其中使用ddpcr测量病毒载体基因组的数量。
36.如权利要求29-35中任一项所述的方法，其中所述患者体重不超过约8.5kg。
37.如权利要求29-36中任一项所述的方法，其中所述患者在smn2基因的至少一个拷贝的外显子7中没有c.859g>c取代。
38.如权利要求29-37中任一项所述的方法，其中在6月龄之前给所述患者施用所述治疗。
39.如权利要求29-38中任一项所述的方法，其中在一个或多个sma症状发作之前给所述患者施用所述治疗，所述sma症状选自肌张力减退、运动技能延迟、头部控制不良、圆肩姿势和关节活动过度。
40.如权利要求29-39中任一项所述的方法，其中所述患者的抗aav9抗体效价为1:100或低于1:100，如在施用前通过elisa结合免疫测定法测定的。
41.如权利要求29-40中任一项所述的方法，其中所述患者的抗aav9抗体效价为1:50或低于1:50，如在施用前通过elisa结合免疫测定法确定的。
42.如权利要求29-41中任一项所述的方法，其中所述患者在施用后具有如通过elisa结合免疫测定法确定的高于1:100的抗aav9效价，并且监测约1-8周或直到效价降低到低于1:100。
43.如权利要求29-42中任一项所述的方法，其中所述患者在施用后具有如通过elisa结合免疫测定法确定的高于1:100的抗aav9效价，并且监测约1-8周或直到效价降低到低于1:50。
44.如权利要求29-39中任一项所述的方法，其中所述患者在施用前或施用后具有如通过elisa结合免疫测定法确定的高于1:100的抗aav9效价，并且例如在施用前或施用后切换到配方喂养。
45.如权利要求29-39中任一项所述的方法，其中所述患者在施用前或施用后具有如通过elisa结合免疫测定法确定的高于1:50的抗aav9效价，并且例如在施用前或施用后切换到配方喂养。
46.如权利要求29-45中任一项所述的方法，其中所述患者在施用后具有如通过elisa结合免疫测定法确定的高于1:100的抗aav9效价，并使用血浆置换术治疗。
47.如权利要求29-46中任一项所述的方法，其中所述患者在施用后具有如通过elisa结合免疫测定法确定的高于1:50的抗aav9效价，并使用血浆置换术治疗。
48.如权利要求29-47中任一项所述的方法，其中所述患者在施用前血小板计数高于约67,000个细胞/ml或高于约100,000个细胞/ml，或高于约150,000个细胞/ml。
49.如权利要求29-48中任一项所述的方法，其中所述患者在施用后血小板计数低于约67,000个细胞/ml，或低于约100,000个细胞/ml，或低于约150,000个细胞/ml，并且监测约1-8周或直到血小板计数增加到约67,000个细胞/ml，或高于约100,000个细胞/ml，或高于约150,000个细胞/ml。
50.如权利要求29-49中任一项所述的方法，其中所述患者在施用后血小板计数低于约67,000个细胞/ml，并用血小板输注治疗。
51.如权利要求29-50中任一项所述的方法，其中所述患者在施用前没有血小板减少。
52.如权利要求29-51中任一项所述的方法，其中所述患者在施用后出现血小板减少，并被监测约1-8周或直到患者没有血小板减少。
53.如权利要求29-52中任一项所述的方法，其中所述患者在施用后出现血小板减少，并且用血小板输注治疗。
54.如权利要求29-53中任一项所述的方法，其中在施用所述病毒载体前，所述患者具有少于约0.176ug/ml的肌钙蛋白i水平。
55.如权利要求29-54中任一项所述的方法，其中在施用所述病毒载体后监测所述患者的肌钙蛋白i的水平。
56.如权利要求54或权利要求55所述的方法，其中在施用后进行心脏监测，直到所述患者的肌钙蛋白i水平低于约0.176ug/ml。
57.如权利要求29-56中任一项所述的方法，其中所述患者在施用前肝功能正常。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述患者在施用前的肝转氨酶水平低于约8-40u/l。
59.如权利要求58所述的方法，其中所述肝转氨酶选自丙氨酸转氨酶(ast)、天冬氨酸转氨酶(alt)及其组合。
60.如权利要求29-59中任一项所述的方法，其中所述患者在施用前的胆红素水平低于3.0mg/dl、肌酐水平低于1.8mg/dl、hgb水平在8-18g/dl之间、和/或白细胞计数少于约20000个/mm3。
61.如权利要求29-60中任一项所述的方法，其中所述病毒载体在tris缓冲盐水中施用。
62.如权利要求29-61中任一项所述的方法，其中所述病毒载体在约5-20ml/kg、约10-20ml/kg或约5.5-6.5ml/kg的tris缓冲盐水中施用。
63.如权利要求29-62中任一项所述的方法，其中经约45-75分钟输注所述病毒载体。
64.如权利要求29-63中任一项所述的方法，其中经约60分钟输注所述病毒载体。
65.如权利要求63或权利要求64所述的方法，其中所述输注包括注射泵。
66.如权利要求29-65中任一项所述的方法，其中在施用所述病毒载体前至少24小时给所述患者施用口服类固醇。
67.如权利要求29-66中任一项所述的方法，其中在施用所述病毒载体后给所述患者施用口服类固醇至少30天。
68.如权利要求67所述的方法，其中所述口服类固醇每日施用一次。
69.如权利要求67所述的方法，其中所述口服类固醇每日施用两次。
70.如权利要求66-69中任一项所述的方法，其中在施用所述病毒载体后监测所述患者的alt和/或ast的升高水平，并且其中在30天后继续施用所述口服类固醇，直到ast和/或alt水平低于正常上限的两倍或低于约120iu/l。
71.如权利要求66-70中任一项所述的方法，其中给所述患者施用口服类固醇直到ast和/或alt水平低于正常上限的两倍或低于约120iu/l。
72.如权利要求66-70中任一项所述的方法，其中所述口服类固醇以约1mg/kg的剂量施用。
73.如权利要求66-71中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在ast和alt低于正常上限的两倍或低于约120iu/l后，渐减所述口服类固醇施用。
74.如权利要求73所述的方法，其中所述渐减包括阶梯式递增至0.5mg/kg/天，持续2周，然后是0.25mg/kg/天，再持续2周。
75.如权利要求66-73中任一项所述的方法，所述方法包括以约1mg/kg的剂量施用所述口服类固醇30天，并且然后渐减降至0.5mg/kg/天，持续2周，然后是0.25mg/kg/天，再持续2周。
76.如权利要求66-75中任一项所述的方法，其中所述口服类固醇是泼尼松龙或等效物。
77.如权利要求29-76中任一项所述的方法，所述方法包括给所述患者施用肌肉增强剂或神经保护剂。
78.如权利要求29-77中任一项所述的方法，所述方法包括给所述患者施用靶向smn的反义寡核苷酸。
79.如权利要求29-78中任一项所述的方法，所述方法包括给所述患者施用努辛生。
80.如权利要求29-79中任一项所述的方法，所述方法包括给所述患者施用司达鲁单抗。
81.如权利要求29-80中任一项所述的方法，其中使用chop-intend量表来确定功效。
82.一种治疗具有i型脊髓性肌萎缩(sma)、具有或没有疾病发作的儿科患者的方法，所述方法包括给所述患者施用包含如权利要求2或5-28中任一项所述的腺相关病毒(aav)载体的组合物或配制品。
83.一种治疗有需要的患者的雷特综合征的方法，所述方法包括通过鞘内或静脉内途径给所述患者施用如权利要求3或8-17中任一项所述的组合物。
84.一种治疗有需要患者的肌萎缩侧索硬化症(als)的方法，所述方法包括通过鞘内或静脉内途径给所述患者施用如权利要求4或8-17中任一项所述的组合物。
85.一种治疗患有i型sma的患者的方法，所述方法包括：
a.确定所述患者的体重；
b.获得包含aav9病毒载体药物组合物小瓶的试剂盒，其中所述试剂盒包含以下数量的小瓶：
c.其中每个小瓶中的病毒载体浓度为约2.0x1013vg/ml；
d.其中所述aav9病毒载体包含编码smn蛋白的多核苷酸；以及
e.将来自所述小瓶的aav9病毒载体施用给所述患者。
86.如权利要求85所述的方法，其中所述aav9病毒载体包含突变的aav2itr、鸡β-肌动蛋白(cb)启动子、巨细胞病毒(cmv)即刻/早期增强子、经修饰的sv40晚期16s内含子、牛生长激素(bgh)聚腺苷酸化信号和aav2itr。
87.如权利要求85或86所述的方法，其中所述多核苷酸编码seqidno:2的smn蛋白。
88.如权利要求85-87中任一项所述的方法，其中所述aav9病毒载体包含seqidno:1。
89.如权利要求85-88中任一项所述的方法，其中所述aav病毒载体以约1.0x1014-2.5x1014vg/kg的剂量通过输注施用。
90.如权利要求85-89中任一项所述的方法，其中所述aav病毒载体以约1.1x1014vg/kg的剂量通过输注施用。
91.如权利要求89或权利要求90所述的方法，其中经约45-70分钟输注所述病毒载体。
92.如权利要求89-91中任一项所述的方法，其中经约60分钟输注所述病毒载体。
93.如权利要求89-92中任一项所述的方法，其中所述输注包括注射泵。
94.如权利要求85-93中任一项所述的方法，其中使用ddpcr测量病毒载体基因组的数量。
95.如权利要求85-94中任一项所述的方法，其中通过ddpcr测量aav9病毒载体的剂量效价。
96.如权利要求85-95中任一项所述的方法，所述方法包括施用以下剂量体积：
97.一种用于治疗患有i型脊髓性肌萎缩(sma)的患者的试剂盒，所述试剂盒包含含有如权利要求2或5-17中任一项所述的组合物或如权利要求18-28中任一项所述的配制品的小瓶。
98.一种试剂盒，所述试剂盒包含含有约5.5ml或约8.3mlaav9病毒载体的小瓶，所述aav9病毒载体包含编码运动神经元存活(smn)蛋白的多核苷酸，并以约2.0x1013vg/ml的浓度配制在20mmtris、1mmmgcl2、200mmnacl、0.005％w/v泊洛沙姆188中，ph7.7-8.3，例如约8.0。
99.如权利要求98所述的试剂盒，其中所述aav9病毒载体包含突变的aav2itr、鸡β-肌动蛋白(cb)启动子、巨细胞病毒(cmv)即刻/早期增强子、经修饰的sv40晚期16s内含子、牛生长激素(bgh)聚腺苷酸化信号和aav2itr。
100.如权利要求98或权利要求99所述的试剂盒，其中所述多核苷酸编码seqidno:2的smn蛋白。
101.如权利要求98-100中任一项所述的试剂盒，其中所述aav9病毒载体包含seqidno:1。
102.如权利要求98-101中任一项所述的试剂盒，其中使用ddpcr测量病毒载体基因组的数量。
103.一种治疗i型sma的方法，所述方法包括通过静脉内输注给有需要的患者施用一定体积的如权利要求2或5-17中任一项所述的组合物或如权利要求18-28中任一项所述的配制品。
104.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为2.6-3.0kg，所述体积为16.5ml。
105.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为3.1-3.5kg，所述体积为19.3ml。
106.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为3.6-4.0kg，所述体积为22.0ml。
107.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为4.1-4.5kg，所述体积为24.8ml。
108.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为4.6-5.0kg，所述体积为27.5ml。
109.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为5.1-5.5kg，所述体积为30.3ml。
110.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为5.6-6.0kg，所述体积为33.0ml。
111.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为6.1-6.5kg，所述体积为35.8ml。
112.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为6.6-7.0kg，所述体积为38.5ml。
113.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为7.1-7.5kg，所述体积为41.3ml。
114.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为7.6-8.0kg，所述体积为44.0ml。
115.如权利要求103所述的方法，其中如果所述患者的体重为8.1-8.5kg，所述体积为46.8ml。
116.一种制造aav病毒载体的方法，所述方法包括：
a.培养粘附细胞；
b.用一种或多种质粒转染所述粘附细胞以能够产生所述aav病毒载体；
c.裂解所述粘附细胞以分离所述aav病毒载体；
d.酸化和澄清(c)的细胞裂解物；
e.使用阳离子交换色谱(cex)纯化(d)的产物；
f.使用切向流过滤(tff)过滤(e)的产物；
g.在氯化铯(cscl)缓冲液中超速离心(f)的产物；以及
h.从(g)的产物中收集所述aav病毒载体。
117.如权利要求116所述的方法，其中所述aav为aav9。
118.如权利要求116或117所述的方法，其中所述aav为自互补的(scaav)。
119.如权利要求116-118中任一项所述的方法，其中所述粘附细胞为hek293细胞。
120.如权利要求116-119中任一项所述的方法，其中在培养前选择所述粘附细胞用于粘附。
121.如权利要求116-120中任一项所述的方法，其中所述选择包括多次传代培养所述粘附细胞以选择用于粘附。
122.如权利要求116-121中任一项所述的方法，其中所述粘附细胞接种于生物反应器中用于培养。
123.如权利要求122所述的方法，其中所述生物反应器为可提供细胞培养基的连续循环的大型生物反应器。
124.如权利要求122或123所述的方法，其中所述生物反应器为200m2或333m2生物反应器。
125.如权利要求122或123所述的方法，其中所述生物反应器为500m2生物反应器。
126.如权利要求122-125中任一项所述的方法，其中将所述粘附细胞添加到再循环培养基袋中的培养基中，并例如使用蠕动泵循环通过所述生物反应器。
127.如权利要求126所述的方法，其中当所述粘附细胞接种于生物反应器中用于培养时，蠕动泵送是连续的。
128.如权利要求122-127中任一项所述的方法，其中所述接种密度为约8,000-12,000个细胞/cm2。
129.如权利要求122-128中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括将转染培养基添加到再循环培养基袋中，并且例如使用蠕动泵使所述转染培养基循环通过所述生物反应器。
130.如权利要求126-129中任一项所述的方法，其中所述循环，例如蠕动泵送，发生在15℃-25℃之间。
131.如权利要求116-130中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括使所述粘附细胞与腺病毒辅助质粒(phelp)接触。
132.如权利要求116-131中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括使所述粘附细胞与编码aavrep基因的质粒接触。
133.如权利要求116-132中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括使所述粘附细胞与编码aavcap基因的质粒接触。
134.如权利要求116-133中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括使所述粘附细胞与在同一质粒(paav)上编码aavrep基因和aavcap基因的质粒接触。
135.如权利要求132或权利要求134所述的方法，其中所述aavrep基因为rep2。
136.如权利要求133或134所述的方法，其中所述aavcap基因为cap9。
137.如权利要求116-135中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括使所述粘附细胞与转染剂聚乙烯亚胺(pei)接触。
138.如权利要求137所述的方法，其中pei与所述质粒中的至少一种的重量比小于1:1。
139.如权利要求137所述的方法，其中pei与所述质粒中的至少一种的重量比为约1:1。
140.如权利要求116-139中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括使所述粘附细胞与不含血清的转染培养基接触。
141.如权利要求116-140中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括使所述粘附细胞与不含钙的转染培养基接触。
142.如权利要求116-141中任一项所述的方法，其中所述转染步骤包括使所述粘附细胞与不含谷氨酰胺的转染培养基接触。
143.如权利要求116-142中任一项所述的方法，其中所述转染步骤进行10-60分钟。
144.如权利要求116-143中任一项所述的方法，其中所述转染步骤进行10-30分钟。
145.如权利要求116-144中任一项所述的方法，其中所述转染步骤进行小于30分钟。
146.如权利要求116-145中任一项所述的方法，其中所述转染步骤进行20-30分钟。
147.如权利要求116-146中任一项所述的方法，其中所述转染步骤进行15-30分钟。
148.如权利要求116-147中任一项所述的方法，其中所述裂解步骤包括全细胞裂解。
149.如权利要求116-148中任一项所述的方法，其中所述裂解步骤包括使用补充有核酸内切酶的裂解缓冲液。
150.如权利要求149所述的方法，其中所述核酸内切酶是benzonase。
151.如权利要求116-150中任一项所述的方法，其中所述裂解步骤包括使用补充有吐温的裂解缓冲液。
152.如权利要求116-151中任一项所述的方法，其中所述裂解步骤在15℃-25℃之间进行。
153.如权利要求116-152中任一项所述的方法，所述方法进一步包括在(d)的酸化步骤前冷冻步骤(c)的细胞裂解物。
154.一种从细胞培养物裂解物中纯化aav病毒载体的方法，所述方法包括以下步骤：
a.酸化和澄清所述细胞裂解物；
b.使用阳离子交换色谱(cex)纯化(a)的产物；
c.通过切向流过滤来过滤(b)的产物；
d.使用2-4m氯化铯(cscl)缓冲液超速离心(c)的产物；
e.从(d)的产物中收集所述aav病毒载体；
f.通过切向流过滤来过滤(e)的产物。
155.如权利要求116-154中任一项所述的方法，其中所述酸化步骤包括将所述细胞裂解物酸化至约3.0-4.0的ph。
156.如权利要求116-155中任一项所述的方法，其中所述酸化步骤包括将所述细胞裂解物酸化至约3.3-3.7的ph。
157.如权利要求116-156中任一项所述的方法，其中所述酸化步骤包括将所述细胞裂解物酸化至约3.4-3.6的ph。
158.如权利要求116-157中任一项所述的方法，其中所述酸化步骤包括将所述细胞裂解物酸化至约3.5的ph。
159.如权利要求116-158中任一项所述的方法，其中所述超速离心在40,000-50,000rpm之间进行。
160.如权利要求116-159中任一项所述的方法，其中所述超速离心在约43,000-46,000rpm之间进行。
161.如权利要求116-160中任一项所述的方法，其中所述超速离心在15℃-25℃之间进行。
162.如权利要求116-161中任一项所述的方法，其中所述超速离心进行16-24小时。
163.如权利要求116-162中任一项所述的方法，其中所述超速离心进行20-24小时。
164.如权利要求116-168中任一项所述的方法，其中所述cscl的浓度为约3m。
165.如权利要求116-164中任一项所述的方法，其中所述细胞裂解物在所述酸化步骤前与吐温孵育。
166.如权利要求116-165中任一项所述的方法，其中所述细胞裂解物在所述酸化步骤前与吐温孵育约8-20小时。
167.如权利要求116-166中任一项所述的方法，其中所述澄清步骤包括使所述细胞裂解物通过深度过滤器进行过滤。
168.如权利要求116-167中任一项所述的方法，其中所述澄清步骤包括使所述细胞裂解物通过0.45微米过滤器进行过滤。
169.如权利要求116-168中任一项所述的方法，其中所述cex包括磺酰基树脂。
170.如权利要求116-169中任一项所述的方法，其中至少一个tff步骤包括使用分子量截留值300kdamw的纤维素膜，并将所述阳离子交换步骤的洗脱液体积减少至少六倍。
171.如权利要求116-170中任一项所述的方法，其中至少一个tff步骤包括使用分子量截留值约300kdamw的纤维素膜。
172.如权利要求116-171中任一项所述的方法，其中所述cscl缓冲液包含约3mcscl。
173.如权利要求116-172中任一项所述的方法，其中所述cscl缓冲液包含tris、mgcl2和泊洛沙姆188。
174.如权利要求116-173中任一项所述的方法，其中所述cscl缓冲液包含约20mmtris。
175.如权利要求116-174中任一项所述的方法，其中所述cscl缓冲液包含约2mmmgcl2。
176.如权利要求116-175中任一项所述的方法，其中所述cscl缓冲液包含泊洛沙姆188，任选地包含约约0.2％w/v泊洛沙姆188。
177.如权利要求116-176中任一项所述的方法，其中所述cscl缓冲液在约ph7.5-8.5之间。
178.如权利要求116-177中任一项所述的方法，其中所述cscl缓冲液在约ph7.9-8.2之间。
179.如权利要求116-178中任一项所述的方法，其中从超速离心的细胞裂解物中收集所述aav病毒载体后，空病毒衣壳数量低于总病毒衣壳数量的7％。
180.如权利要求116-179中任一项所述的方法，其中从超速离心的细胞裂解物中收集所述aav病毒载体后，空病毒衣壳数量低于总病毒衣壳数量的5％。
181.如权利要求116-200中任一项所述的方法，其中从超速离心的细胞裂解物中收集所述aav病毒载体后，空病毒衣壳数量低于总病毒衣壳数量的3％。
182.如权利要求116-201中任一项所述的方法，其中从超速离心的细胞裂解物中收集所述aav病毒载体后，空病毒衣壳数量低于总病毒衣壳数量的1％。
183.如权利要求179-182中任一项所述的方法，其中通过auc测量空病毒衣壳数量。
184.如权利要求116-183中任一项所述的方法，其中使用注射器从超速离心的细胞裂解物中收集所述aav病毒载体。
185.如权利要求116-184中任一项所述的方法，其中在第二tff步骤之后收集的aav病毒载体储存在包含tris、mgcl2、nacl和泊洛沙姆188的溶液中。
186.如权利要求185所述的方法，其中所述溶液包含约20mmtris。
187.如权利要求185或权利要求186所述的方法，其中所述溶液包含约1mmmgcl2。
188.如权利要求185-187中任一项所述的方法，其中所述溶液包含约200mmnacl。
189.如权利要求185-188中任一项所述的方法，其中所述溶液包含约0.005％w/v泊洛沙姆188。
190.如权利要求185-189中任一项所述的方法，其中所述溶液在约ph7.5-8.5之间。
191.如权利要求185-190中任一项所述的方法，其中所述溶液在约ph7.7-8.3之间。
192.如权利要求116-191中任一项所述的方法，其中在第二tff后收集的aav病毒载体含有少于约30μg/g或少于约20μg/g的cscl。
193.如权利要求116-192中任一项所述的方法，其中在第二tff后收集的aav病毒载体的浓度大于或等于约3x1013vg/ml。
194.如权利要求116-193中任一项所述的方法，其中使用洗涤剂絮凝从所述细胞裂解物中去除宿主细胞蛋白和/或宿主细胞dna。
195.如权利要求116-194中任一项所述的方法，其中所述aav病毒载体包含编码运动神经元存活(smn)蛋白的多核苷酸。
196.如权利要求116-195中任一项所述的方法，其中所述aav病毒载体包含突变的aav2itr、鸡β-肌动蛋白(cb)启动子、巨细胞病毒(cmv)即刻/早期增强子、经修饰的sv40晚期16s内含子、牛生长激素(bgh)聚腺苷酸化信号和aav2itr。
197.如权利要求195或权利要求196所述的方法，其中所述多核苷酸编码seqidno:2的smn蛋白。
198.如权利要求195-196中任一项所述的方法，其中所述aav病毒载体包含seqidno:1。
199.如权利要求195-198中任一项所述的方法，其中编码smn蛋白的质粒、编码paav的质粒和编码phelp的质粒以1:1:1的比例转染。
200.如权利要求116-194中任一项所述的方法，其中所述aav病毒载体包含编码mecp2蛋白的多核苷酸。
201.如权利要求116-194中任一项所述的方法，其中所述aav病毒载体包含编码靶向sod1的shrna的多核苷酸。
202.一种通过施用根据权利要求116-199中任一项所述的方法制备的aav9病毒载体治疗患有1型sma的患者的方法，所述aav9病毒载体包含编码smn蛋白的多核苷酸。
203.一种通过施用根据权利要求116-194或200中任一项所述的方法制备的aav9病毒载体治疗患有雷特综合征的患者的方法，所述aav9病毒载体包含编码mecp2蛋白的多核苷酸。
204.一种通过施用根据权利要求116-194或201中任一项所述的方法制备的aav9病毒载体治疗患有als的患者的方法，所述aav9病毒载体包含编码靶向sod1的shrna的多核苷酸。
205.一种根据权利要求116-199中任一项所述的方法制造的aav9病毒载体，所述aav9病毒载体包含编码smn蛋白的多核苷酸。
206.一种药物组合物，所述药物组合物包含根据权利要求116-199中任一项所述的方法制备的aav9病毒载体，所述aav9病毒载体包含编码smn蛋白的多核苷酸。
207.一种水性药物组合物，所述水性药物组合物包含aav9病毒载体，所述aav9病毒载体包含编码smn蛋白的多核苷酸、tris缓冲液、氯化镁溶液和氯化钠溶液，其中所述药物组合物不包含防腐剂，并且其中所述组合物根据权利要求116-199中任一项所述的方法制备。
208.一种根据权利要求116-194或200中任一项所述的方法制造的aav9病毒载体，所述aav9病毒载体包含编码mecp2蛋白的多核苷酸。
209.一种药物组合物，所述药物组合物包含根据权利要求116-194或200中任一项所述的方法制备的aav9病毒载体，所述aav9病毒载体包含编码mecp2蛋白的多核苷酸。
210.一种根据权利要求116-194或201中任一项所述的方法制造的aav9病毒载体，所述aav9病毒载体包含编码靶向sod1的shrna的多核苷酸。
211.一种药物组合物，所述药物组合物包含根据权利要求116-194或201中任一项所述的方法制备的aav9病毒载体，所述aav9病毒载体包含编码靶向sod1的shrna的多核苷酸。
212.一种通过静脉内施用药物组合物治疗有需要的患者的i型sma的方法，所述药物组合物包含：
a.自互补aav9病毒载体，所述自互补aav9病毒载体包含经修饰的aav2itr、鸡β-肌动蛋白(cb)启动子、巨细胞病毒(cmv)即刻/早期增强子、经修饰的sv40晚期16s内含子、牛生长激素(bgh)聚腺苷酸化信号和未经修饰的aav2itr；
b.20mmtris，ph8.0；
c.1mmmgcl2；
d.200mmnacl；以及
e.0.005％泊洛沙姆188；
其中所述患者的体重为2.6kg至8.5kg。
213.如权利要求212所述的方法，其中所述组合物不包含防腐剂。
214.如权利要求212或213所述的方法，其中所述患者：
a.九月龄或更小；
b.体重至少约2.6kg；
c.具有双等位基因smn1无效突变或缺失；以及
d.具有至少一个功能性smn2拷贝。
215.一种适合或制造用于静脉内施用药物组合物的组合物，所述药物组合物包含：
a.自互补aav9病毒载体，所述自互补aav9病毒载体包含经修饰的aav2itr、鸡β-肌动蛋白(cb)启动子、巨细胞病毒(cmv)即刻/早期增强子、经修饰的sv40晚期16s内含子、牛生长激素(bgh)聚腺苷酸化信号和未经修饰的aav2itr；
b.20mmtris，ph8.0；
c.1mmmgcl2；
d.200mmnacl；以及
e.0.005％泊洛沙姆188。
216.如权利要求215所述的组合物，其中所述组合物不包含防腐剂。
217.如权利要求116-201中任一项所述的方法，其中以工业规模执行所述方法。
218.如权利要求116-201或217中任一项所述的方法，其中生产的aav产量大于5x1015vg、或大于8x1015vg或大于1x1016vg/制造批次。
219.如权利要求1-17、18-28、82-84或205-211中任一项所述的组合物或配制品，其中所述组合物或配制品包含以下中的至少一种：
a.少于约0.09ngbenzonase/1.0x1013vg，
b.少于约30μg/g(ppm)的铯，
c.约20-80ppm的泊洛沙姆188，
d.少于约0.22ngbsa/1.0x1013vg，
e.少于约6.8x105pg残余质粒dna/1.0x1013vg，
f.少于约1.1x105pg残余hcdna/1.0x1013vg，
g.少于约4ngrhcp/1.0x1013vg，
h.约ph7.7-8.3，
i.约390-430mosm/kg，
j.少于约600个尺寸≥25μm的颗粒/容器，
k.少于约6000个尺寸≥10μm的颗粒/容器，
l.约1.7x1013-2.3x1013vg/ml基因组效价，
m.感染效价为约3.9x108-8.4x1010iu/1.0x1013vg，
n.约100-300μg总蛋白/1.0x1013vg，
o.相对效力为约70％-130％，和
p.少于约5％的空衣壳。
220.如权利要求1-17、18-28、82-84或205-211中任一项所述的组合物或配制品，其中所述组合物或配制品包含以下中的至少一种：
a.约ph7.7-8.3，
b.约390-430mosm/kg，
c.少于约600个尺寸≥25μm的颗粒/容器，
d.少于约6000个尺寸≥10μm的颗粒/容器，
e.约1.7x1013-2.3x1013vg/ml基因组效价，
f.感染效价为约3.9x108-8.4x1010iu/1.0x1013vg，
g.约100-300μg总蛋白/1.0x1013vg，
h.普朗尼克f-68含量为约20-80ppm，
i.相对效力为约70％-130％，
j.在δ7smn小鼠模型中，在7.5x1013vg/kg的剂量下中值存活数大于或等于24天，
k.少于约5％的空衣壳，
l.且总纯度大于或等于约95％，以及
m.少于或等于约0.75eu/ml的内毒素。
221.如权利要求1-17、18-28、82-84或205-211中任一项所述的组合物或配制品，其中所述组合物或配制品包含以下中的至少一种：
a.少于约0.09ngbenzonase/1.0x1013vg，
b.少于约30μg/g(ppm)的铯，
c.约20-80ppm的泊洛沙姆188，
d.少于约0.22ngbsa/1.0x1013vg，
e.少于约6.8x105pg残余质粒dna/1.0x1013vg，
f.少于约1.1x105pg残余hcdna/1.0x1013vg，以及
g.少于约4ngrhcp/1.0x1013vg。