与辣椒抗根结线虫基因Me1紧密连锁的分子标记、及其SSR引物和应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及分子标记领域，具体涉及与辣椒抗根结线虫基因 Mel紧密连锁的分子 标记、及其SSR引物和应用。
【背景技术】
[0002] 根结线虫严重危害辣椒，根结线虫主要危害我国南方的辣椒生产，但近年来 随着北方保护地生产面积的增加、复种指数的提高、连作重茬现象普遍，使得线虫病害 向北方地区迅速蔓延。根结线虫引起的农作物损失中90%以上都是由南方根结线虫 (M. incognita)、花生根结线虫（M.arenaria)、爪唾根结线虫（M.javanica)及北方根结线 虫（Ehapla)四个最常见种引起的，以南方根结线虫危害最重。辣椒根结线虫防治化学防 治容易污染环境、物理防治高耗能并效果不明显。因此培育抗病品种是防治线虫的一种有 效的方法。利用传统的育种方法一般容易受环境影响、选择效率低。开发与抗病基因连锁 的分子标记，利用分子标记辅助选择育种是近年发展起来的高效育种手段。目前，在辣椒上 已经发现并且命名的抗线虫的基因至少有6个，基因 n，Mel，Me2, Me3, Me4, Me5,均为显性 单基因控制，其中Me3与Me4连锁，Me3对温度稳定。
[0003] Me3与Me4的分子遗传定位已完成，将其定位到同一条染色体上，相差9. 9cM，并开 发了一个与紧密连锁的AFLP标记，与之间的遗传距离仅2. 7± I. 7cM。基因 Mel的分子遗传 定位还没有报道，因为Mel基因发现较早，抗病性强（接近免疫），因此对该基因的分子标记 的研宄和利用更有意义。
【发明内容】
[0004] 本发明的目的在于提供一种与辣椒抗根结线虫基因 Mel紧密连锁的分子标记。
[0005] 本发明的再一目的是提供用于鉴定辣椒根结线虫抗性的SSR引物对。
[0006] 根据本发明的可用于辅助抗根结线虫Mel基因选择的分子标记通过以下步骤获 得：
[0007] 本发明以辣椒抗病品种DH330 (Mel)和感病品种0516及其构建的BCl群体为试 验材料，研宄辅助辣椒根结线虫抗基因 Mel选择的分子标记。利用SNP标记筛选与Mel基 因连锁的分子标记，利用连锁最紧密的两侧SNP标记对应的unigene比对到辣椒CM334和 Zunla 基因组信息 9 号染色体上（http://passport. pepper, snu. ac. kr/ ? t = PGENOME/ ; http://peppersequence, genomics, cn/page/species/index. jsp)，获取两标记之间的 DNA 序列并利用其开发SSR标记，共开发233对SSR引物，经过初筛，其中6对在双亲及群体中表 现多态性。通过与BCl群体抗根结线虫的表型对应，将目标基因定位在SSR标记24-20和 ZY6-13之间0. 21Mb (物理区间250. 08~250. 29Mb)，遗传距离分别为1. 825和0. 753cM。 利用这两对分子标记在新的BCl群体中进行抗根结线虫鉴定，可以有效地用来辅助育种工 作。
[0008] SSR标记24-20在材料中DH330 (Mel)扩增片段大小225bp，在感病材料0516以及 分离群体的感病材料中的大小为210bp。
[0009] SSR标记ZY6-13在材料中DH330 (Mel)扩增片段大小175bp，在感病材料0516以 及分离群体的感病材料中的大小为181bp。
[0010] 本申请的用于特异性筛选辣椒根结线虫抗性的SSR引物，其信息如下所示。
[0011]
【主权项】
1. 与抗根结线虫Mel基因连锁的分子标记，其特征在于，所述分子标记的遗传距离分 别为 L 825 和 0? 753cM。
2. 用于鉴定辣椒根结线虫抗性的SSR引物对，其特征在于，所述SSR引物对分别为： SSR24-20， PF ：3? - accaataccatgtcaagaaccac-5, ,PRiSj - ccagagagcttagacacccc-5,； SSRZY6-13 ： PF :3' -caagatggctaaatcacaagtca-S'，PR3' -accgcgttttcttttcttttgtS'。
3. -种鉴定辣椒根结线虫抗性的方法，其特征在于，所述方法包括使用一对或两队以 下引物对进行扩增的步骤： SSR24-20， PF ：3? - accaataccatgtcaagaaccac-5, ,PRiSj - ccagagagcttagacacccc-5,； SSRZY6-13 ： PF :3' -caagatggctaaatcacaagtca-S'，PR3' -accgcgttttcttttcttttgtS'。
【专利摘要】本发明涉及分子标记领域，具体涉及与辣椒抗根结线虫基因Me1紧密连锁的分子标记、及其SSR引物和应用。本发明提供的分子标记实现了在苗期对辣椒植株抗根结线虫鉴定，大大缩短了育种时间。通过本发明的两个分子标记可对辣椒根结线虫抗性进行鉴定，提高了育种效率。相比较国内外已发现的其它分子标记，本发明的分子标记24-20和ZY6-13与辣椒抗根结线虫基因Me1紧密连锁，遗传距离分别为1.825和0.753cM，在辣椒抗根结线虫育种中有重要意义。
【IPC分类】C12Q1-68, C12N15-11
【公开号】CN104862411
【申请号】CN201510309297
【发明人】张宝玺, 王立浩, 张正海, 王学瑛
【申请人】中国农业科学院蔬菜花卉研究所
【公开日】2015年8月26日
【申请日】2015年6月8日