一种纳米细菌16sRNA基因的鉴定方法_2

文档序号:9447817阅读:来源:国知局
五所述的按TaKaRaPMD18-TVector使用手册D101A进行操作,扩增 片段克隆到PMD-18T的具体方法为:
[0047] (1)在微量离屯、管中配制下列DNA溶液,全量为5y1;
[0048]pMD18-TorpMD19-TVector1y1
[0049]Controllnse;rt 1U1
[0050]地2〇 3y1
[0051]似加入 5y1 (等量)的SolutionI;
[0052] (3) 16°C反应 30 分钟;
[005引(4)全量(10y1)加入至100y1JM109感受态细胞中冰中放置30分钟;
[0054] (5) 42 °C加热45秒钟后,再在冰中放置1分钟;
[005引 (6)加入890y1S0C培养基,37 °C振荡培养60分钟;
[0056] (7)在含有X-Gal、IPTG、Amp的心琼脂平板培养基上培养,形成单菌落,计数白色、 蓝色菌落;
[0057] 做挑选白色菌落,使用PCR法确认载体中插入片段的长度大小。
[005引本发明利用从标本中分离培养出纳米细菌的菌液,根据基因库中纳米细菌leSrRNA基因序列设计引物,扩增出特异性片段,经过胶回收、T载体克隆、基因测序和 比对,结果发现所获得的特异性片段与基因库中的纳米细菌的leSrRNA基因高度一致: Identities= 1387/1409(98%),Gaps= 4/1409(0% ),证实了从培养液中提取出的特异 性片段即是纳米细菌的leSrRNA,也又一次证实纳米细菌是有生命的微生物。
【附图说明】
[0059] 图1是本发明实施例提供的纳米细菌16SRNA基因的鉴定方法流程图。
【具体实施方式】
[0060] 为了使本发明的目的、技术方案及优点更加清楚明白,W下结合实施例,对本发明 进行进一步详细说明。应当理解,此处所描述的具体实施例仅仅用W解释本发明,并不用于 限定本发明。
[0061] 下面结合附图及具体实施例对本发明的应用原理作进一步描述。
[0062] 如图1所示,本发明是运样实现的,一种纳米细菌16sRNA基因的鉴定方法包括:
[0063]S101、根据纳米细菌 16sRNA基因序列(GeneBankaccessionnumber:X98419)设 t\对弓I物女曰下:5, 一aac邑aac邑act邑邑邑邑c邑邑ca邑邑c-3, ;5, 一cacccca邑tc邑ct邑accc-3,,进行弓| 物合成,PrimerName:A,LotNo:AW09639,TM:66. 00;PrimerName:B,LotNo:AW09640, TM:64. 13 ;
[0064]S102、提取纳米细菌全基因组DM,具体包括:
[0065] (1)制备菌液,用于提取纳米细菌全基因组DM的菌液可W有S种不同的来源:① 从III型前列腺炎患者EPS中获得;②从前列腺结石中获得;③从标本的培养液中获得;
[0066] (2)按TIANDZ公司细菌DNA0UT使用手册VI. 3进行操作;
[0067]S103、用合成的引物进行PCR扩增;
[0068]S104、按TIANDZ公司柱式DNABACK使用手册V2. 2进行操作,回收特异性扩增片 段;
[0069]S105、按TaKaRaPMD18-TVector使用手册D101A进行操作,扩增片段克隆到 PMD-18T;
[0070]S106、转化的质粒进行核巧酸测序,将测序结果与纳米细菌16SRNA序列进行比 较,鉴定新分离的纳米细菌。
[0071] 进一步,S102所述的S种不同来源的菌液的制备方法分别为:
[007引(1)取Im化PS,用生理盐水稀释5倍,经0. 45um滤器过滤,4°C离屯、40min(20, 000Xg),弃上清,留取管底1ml充分混匀,再用无菌生理盐水稀释5倍,经0. 22um滤器过 滤,4°C离屯、40min(20,000Xg),弃上清,留取管底沉淀,加入1当量盐酸0. 5mr混匀,37°C放 置30min;加入1MTris0. 5ml中和,22000g离屯、40min,留沉淀备用;
[007引 似手术中无菌采取患者的结石标本,在1N肥1中浸泡30min,W去除矿物质,加 入0. 5MTriS进行中和,娠碎结石,用生理盐水配成5 %浓度,用0. 22ym滤膜过滤,4°C离屯、 40min(20000Xg),留沉淀备用。
[0074] 做标本培养4周后,培养管底部出现白色菌群沉淀,将培养管中的培养基大部分 弃去,留取管底部分lOOul,彻底混匀后,移入离屯、管中,加入适量生理盐水,22000g离屯、 40min;去上清,沉淀中加入1当量盐酸0. 5ml混匀,37°C放置30min;加入1MTris0. 5ml 中和,22000g离屯、40min,留沉淀备用。
[00巧]进一步,S102所述的按TIANDZ公司细菌DNA0UT使用手册VI. 3进行操作,具体方 法为:
[0076] (1)如果试剂盒内的溶液A和溶液B产生沉淀,需要65°C预热沉淀溶解,摇匀待 用;
[0077]似将0. 1-1. 5血过夜培养的菌液转移到1. 5血塑料离屯、管中,室溫 12000-15000g离屯、1分钟沉淀细菌,弃上清;
[007引 做加入600yL溶液A到细菌沉淀中,吹打均匀;
[0079] (4)加入150yL溶液B到离屯、管中,颠倒数次混匀后溶液中将有白色丝状悬浮物 产生,溶液B比较粘稠,可W在天平上称取150-160mg,也可W将1血枪头剪去一截再吸取;
[0080] (5)室溫放置3-5分钟。如果放置在65°C,可W提高DM产量10-20% ;
[0081] (6)加入200iiL自备氯仿,震荡混匀10-30秒,溶液将呈乳白色;
[008引 (7) 12000-15000g室溫离屯、2分钟,上清透明,中间层有白膜,小屯、转移上清到新 的1. 5mL塑料离屯、管中,避免触及中间层的白膜;
[0083] (8)在约750yL上清液中加入1倍体积的异丙醇,用手上下颠倒30秒混匀,此时 一般将有絮状DNA沉淀出现,室溫下12000-15000g离屯、3分钟,弃上清,管底将有微小DNA 沉淀;
[0084] (9)沉淀用1血75%乙醇清洗2次后,短暂离心吸弃残留的液体约50yL,立即加 入50-100yL自备的TE缓冲液溶解DNA沉淀;
[0085] (10)如果在第4步没有加RNaseA,或加后还有残留的RNA污染,可W加入5-15化 RNaseA溶液,37°C保溫30分钟,直接取5-10yL电泳检测DNA,如果需要测0D,则必须将降 解的RNA通过乙醇沉淀去除;
[0086] 进一步,S103所述的用合成的引物进行PCR扩增,具体包括:
[0087] (l)PCR反应体系:
[0088] TaKa民a E.X Tag(5U,/ul) 化25y] 1〇xEX Tag BuffeWMg2 + Free) 却1 Mgcl2(25mM) 4jil dNTP Mixoire(各2.5mM ) 4pl 麓献Dm 2 Sng 割#l(2QuM) lul 引物2(20uM) Ijil
[0089] ddH20 up1:050.u'l
[0090] 似PCR反应条件:
[0091]
[0092] (3)结果检测:反应结束后取5y1反应产物,琼脂糖凝胶电泳检测;
[0093] 进一步,S104所述的按TIANDZ公司柱式DNABACK使用手册V2. 2进行操作,回收 特异性扩增片段的具体方法为:
[0094] (1)切取含DNA片段的琼脂糖凝胶lOOmg左右,尽可能多地把多余的胶切除,否则 会影响回收效率,放入1. 5mL离屯、管中,用移液枪头捣碎,按重量比为1 :3到1 :5的比例加 入通用溶胶液;
[0095] (2)将离屯、管在手中摇晃约5分钟使胶完全溶化,其间可W振荡数次W促进琼脂 糖凝胶的溶化,如果所加通用溶胶液体积大于500y以可适当增加溶胶时间;
[0096] (3)将离屯、管中的溶液转移到高载量离屯、吸附柱中,套上液体收集管,静置3分 钟,12000-15000g离屯、1分钟并倒掉收集管中的液体,若一次加不完,可分两次加入并离 屯、;
[0097] (4)加入500yL通用洗柱液于离屯、柱中,12000-15000g离屯、1分钟,倒弃收集管 中的废液;
[009引 妨重复第(4)步操作1次;
[0099] (6) 12000-15000g离屯、1分钟W去除离屯、柱中的残留液体;
[0100] (7)将离屯、柱置于一新的干净的离屯、管中,加25-50yL50-65°C预热的P册.0的 TE溶液,静置3分钟,12000-15000g离屯、1分钟;
[010。 (8)离屯、管底部所得溶液即为纯化的DNA溶液,可立即用于后续实验或者放冰箱 长期保存。
[0102] 进一步,S105所述的按TaKaRaPMD18-TVector使用手册D101A进行操作,扩增 片段克隆到PMD-18T的具体方法为:
[010引 (1)在微量离屯、管中配制下列DNA溶液,全量为5y1 ;
[0104]pMD18-TorpMD19-TVector 1y1
[0105]Controllnse;rt 1y1
[010引 地20 3y1
[0107]似加入 5y1 (等量
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