专利名称：：处理上位化学结构表征的方法
技术领域：
：本发明涉及用于分析由上位化学结构描述(诸如，马库什结构)编码的内容的方法。
背景技术：
：众所周知，无论人造或天然的，物质的性质均由其化学组成定义。因此，通常做法为使用描述与物质组成有关的性质或实用信息的化学结构表征。表征物质组成的化学结构可通过以下改变而得以改变1.化学结构支架(种类(genus))的原子构成，和/或2.将具有不同性质的结构片段(取代基群组)连接至共同结构核心。已发展一种通过使用上位化学结构表征来描述相似物质组成的有效方法。这些上位化学结构表征通过使用紧密集合的文字标示来修改相应上位化学结构表征，可描述近乎无限量的化学组成。用于建构这些上位化学结构表征的方法可分成两组1.基于用以合成化学库构件(constituents)的反应和前体的那些方法，和2.描述反应产物结构的方法。这些上位化学结构表征通常由以下说明组成(a)将具有不同二级结构要素的各种取代基基团(也称为R-基团)连接至核心支架；(b)允许或限制R-基团集合或上位结构核心的某些构件的原子组成的变化；(c)识别结构片段中的指定连接点，和(d)通过以组合方式将取代基群组连接至这些连接点来改变物质组成的说明。因为物质的化学组成专利的目的是揭示与具有特定化学结构设计的组成有关的实用信息且预防他人使用或出售具有相同或相似分子构建的产品，所以这些上位化学结构表征也常用于主张物质组成和/或其实用性。参见例如MarkushE.A.，美国专利第1，506，316号。基于判例法(caselaw)，术语“马库什结构”常用于描述物质组成专利申请案中的权利要求内容的化学结构表征。术语“马库什结构”也常用于描述定义组合化学库的内容和含有蛋白质、碳水化合物、DNA及RNA序列的集合的库内容的上位化学结构表征。然而，在这两种概念之间存在根本差异。举例而言，可通过以下使组合库的内容和含有由上位化学结构表征编码的蛋白质、碳水化合物、DNA及RNA序列的集合的库内容接近1.选择结构片段(取代基基团)的随机组合，和52.将这些结构片段随机连接在共同结构核心的各连接点。使用这种“化学结构空间”填充策略使这些随机枚举方法能够在共同结构核心周围建立均勻物质分布。相比之下，专利权利要求中的马库什结构定义反映与特定结构性质关系相关联的知识，且因此权利要求定义物质在化学结构空间上的不均勻分布。因此，虽然两个发明可共享共同结构核心，但这些不同专利中的权利要求可指定完全不同分子的产生且产生在化学结构空间上不重叠的物质分布。据此，尽管两个不同发明在马库什结构空间的相同部分中操作的事实，但发明人可关于物质的特定组成而被授予专利权。若不同专利申请案中的权利要求以不产生重叠物质组成的方式撰写，则产生此情况。检测不同专利中的权利要求语言是否会生成重叠发明为化学专利审查中的关键目标之一。据此，物质组成专利的申请审查致力于识别和审查具有相似马库什结构内容的专利。对于需要审查是否已授权的专利提供足够的自由度来主张不重叠的组成的专利申请案的发明人和申请人同样如此。因为对于显示相似马库什结构核心的物质组成而言，新的申请案描述侵犯已取得专利的化学结构空间的物质的可能性最高，所以已发展机械方法来识别显示相似马库什结构核心的先前技术文献。目前两个机器可读数据源可用于进行这些先前技术马库什结构查询其中之一为Marpat数据库(参见例如US4642762)，和另一个为如EP0451049中所述的MMS数据库。在这两个数据库中进行的马库什结构相似性查询识别数百文献并非罕见。因为知识产权的范畴由这些文献中的每一个马库什结构权利要求定义，所以确定这些先前技术文献群中任一马库什结构权利要求是否定义与新发明重叠的化学结构空间需要审查数百文献。因为无机械方法可用于此审查，所以各文献中的各马库什结构需要手工仔细审查并且目前该方法完全基于脑力枚举。下文中所用的术语“枚举”是指基于使马库什结构专利权利要求中定义的结构片段相连接的已知化学键结原理用于建构各个化学结构(化合物)的方法。参考图1，通常做法为通过根据马库什结构权利要求定义识别特定种类(genus)的精确分子结构且通过根据专利权利要求定义识别权利要求语言中指定用于连接取代基群组的连接点使该选择可枚举来开始所述枚举方法。在此背景下，术语“可枚举的结构片段”是指具有离散化学体系结构(discretechemicalarchitectures)和离散连接点的构件块(buildingblock)的集合。同样，术语“枚举就绪的结构片段”是指通过将离散化学体系结构和离散连接点分配给各构件块而使之可枚举的许多构件块集合。视给定种类(genus)中连接点的数目而定，此方法通常生成许多各具有离散分子体系结构的起点。在此背景下，术语可枚举的结构片段是指许多具有离散化学体系结构和离散连接点的构件块集合。接着可通过根据权利要求语言依次连接具有特定分子拓扑的片段，自这些起点中的任一个建立离散式样(discretespecies)(单个化合物)。对各连接点重复该方法，直至用完由专利的权利要求语言定义的所有条件为止(参见例如JohnΜ.Barnard,GeoffΜ.Downs,AnnettevonScholley-Pfab禾口RobertD.BrownJournalofMolecularGraphicsandModeling，第18卷，第4-5期，2000，第452-463页)。然而，无论该方法花费多少时间，所有这些脑力枚举方法均为不完全且主观的，因为上位化学结构描述一般可编码近乎无限量的组成。因此，因为这种开放式的性质，所以不可能针对数百经审查的专利文献列出近乎无限量的可能的枚举产物。据此，用于分析由马库什结构编码的内容的所有已知的方法依赖于部分枚举。(AntonFliri,DiscoveryKnowledge&Informatics2007,Presentation,2007年4月24日；SzabolcsCs印regi等人，UGM2007Presentations，2007年6月21日)。手工专利审查的另一限制起因于专利权利要求中马库什结构定义的复杂性。此外，因为对于定义专利权利要求中马库什结构定义的命名无标准；所以对比不同来源的文献需要将不同文献中所用的术语转译成通用格式。该转译步骤需要专业知识，因为确定不同术语之间的结构等效性需要评估不同马库什结构之间的拓扑关系。此评估进一步复杂化，因为该分析可能会遇到用于描述具有相似物理化学性质的化学结构片段的集合的开放式且不明确的术语。举例而言，上位术语“烷基”常用以描述链长中的每个可能具有四个不同性质(flavor)的无限量的碳原子和碳原子排列之间的无限量的排列。同样，上位术语“杂芳基”用以编码近乎无限量的基于芳族碳的各含有一或多个杂原子的环体系。(参见例如BurtonA.Leland等人，J.Chem.Inf.Comput.Sci.；第3卷，期，1997，第62-70页)。这些化学拓扑描述的复杂性之外，专利中的权利要求文字常以非标准化方式通过定义这些术语的离散子集来限制这些不明确术语的范畴。这些子集的定义又可受发明人在权利要求语言中识别特定结构性质关系的动机影响或反映专利审查员所规定的要求。在此方面，这些开放式且不明确的定义的准确识别可采用独立马库什结构分析的形式。因为所涉及的复杂性，所以由不同马库什结构权利要求定义的化学物质的识别和对比代表化学专利审查的最耗费资源的活动之一。同样复杂且费时的是分析自由使用权(freedomtooperate)并解释由上位化学结构表征编码的结构功能信息。此外，因为脑力枚举结果的生成是一种累人、费时且易出错的方法，所以公认在审查物质的化学组成专利期间所犯的错误会影响所主张的知识产权的质量和价值。因此，尽管以马库什结构的形式编码的知识产权的无限价值，但目前获得此信息受到限制。更坏的是，现代制造方法和工艺快速增加由上位化学结构表征编码的新信息量。据此，需要研制可有助于马库什结构权利要求分析的机械方法。因为目前用于达到此目的的方法是基于脑力枚举的结果，所以能够进行马库什结构枚举的机械方法将减少与马库什结构权利要求的脑力分析有关的不确定性且因此减少伴随的专利诉讼风险。同样，建立不同专利文献中马库什结构描述的机械可处理翻译的方法将减少对比不同文献中马库什结构权利要求描述的时间。此外，用于枚举马库什结构的机械方法可用于识别并对比由专利权利要求定义的马库什结构组成的分布特征，且因此使专利审查更准确。此外，用于枚举马库什结构的方法也可用于制作新专利申请案中权利要求的语言。同样，用于枚举马库什结构的方法也可用于希望彻底分析自由使用权的任何人。此外，用于枚举马库什结构的方法也可用于识别在上位化学结构表征(诸如，组合库)中编码的结构功能信息。最终，用于使马库什结构文字说明中不明确且开放式语义术语成为机器可读形式的方法可不仅用于枚举上位化学结构表征，且也提供能够对比上位化学结构表征的内容的机械可处理标准。在此方面的术语内容是指可按照与上位化学结构描述相关的描述和文字说明形成的所有个别化学结构总和。附图简要说明图1为上位化学结构表征的示意图；图2为将用于审查马库什结构之间的内容相似性关系的各基本方法的功能偶联7的例示性流程图；图3为例如通过使用用于分类来源于马库什结构翻译的枚举结果的化学结构指纹的分层分级器获得的指纹相似性判定的例示图；图4为使用分层分级器获得的指纹相似性判定的例示图，展示来源于多个马库什结构权利要求的被枚举的式样(enumeratedspecies)的化学结构指纹的对比；和图5a-5m展示含有可枚举马库什结构拓扑描述符(descriptor)的库(结构片段库)的实例，所述库用于将马库什结构拓扑信息(诸如，匪S数据库中所用的MKST拓扑信息)转译成可枚举形式。图6a和6b图解说明被定义器翻译的描述符的实例。图7图解说明针对开放式术语生成的取代基片段的技术描述符的实例。图8a和8b图解说明用于枚举市售的数据库的用户生成的权利要求规则的实例。图9a-9n图解说明用于转译语义术语成可枚举形式的结构片段库的实例。图10展示通过将特定结构片段与由例如专利WO218333中所呈现的马库什结构定义的马库什结构拓扑信息相关联而生成的枚举规则的实例。
发明内容图2说明包含编号为1-6的用于审查结构实用性关系信息的方法的综合图，该信息由物质的化学组成专利和获取结构功能信息的上位化学结构表征中的马库什结构描述进行编码。在本发明的一方面中，方法2、3、4和6的应用可用于生成不同来源的文献的马库什结构拓扑信息与马库什结构权利要求信息的可对比翻译。这些翻译可被如下使用，审查专利文献中能够对马库什结构进行内容分析的方法，例如分析专利查询结果，用于确定自由使用权的方法，和与由不同马库什结构描述的化学结构有关的分子性质的确定和对比。本发明这种分类方面的示例说明展示于图3中。因为这些翻译可生成来自不同文献的马库什结构表征的机器可读翻译，所以这些方法可用于将马库什结构权利要求的不同语义表述机器辅助转译成通用格式。由综合图的方法5提供的本发明的另一方面是通过经由主张特定马库什结构枚举严格确定专利申请案中马库什结构权利要求的范畴来减小与复杂马库什结构信息的脑力分析结果有关的不确定性。因此，本发明的此方面具有用于确定与专利诉讼相关的风险的隐含实用性和评估知识产权价值的实用性。通过综合图的方法6提供的本发明的另一方面是经由提取马库什结构表征中编码的结构性质关系信息在数据开采应用中的实用性，其例如可包含计算与所枚举的式样相关的分子性质和识别结构性质相似性关系。通过综合图的方法2提供的本发明的另一方面是翻译用于在文献和在匪S及Marpat数据库中阐明马库什结构权利要求描述的上位、不明确且开放式术语成为机器可读形式的能力。因此，本发明具有用于建立化学结构片段拓扑描述符并含有这些结构片段集合的数据库的实用性，并意味着也具有在用于枚举上位化学结构表征的方法中的实用性。本发明的另一方面涉及方法5b和4c用于分析复杂结构实用性和结构性质关系的用途，其是经由建立用于建构物质的化学组成专利权利要求中马库什结构权利要求或者描述文献中上位结构功能观察的上位化学结构表征的基于文字和化学结构片段的说明的特征指纹来实现。综合图的方法5b通过使用结构片段的指纹和文字开采导出信息(诸如与主张的发明的权利要求来源、性质或实用性相关的信息)的指纹实现与被枚举的式样相关的信息的对比，表示为物质组成专利中实用性的共同革新频率(co-inventionfrequencies)0因此，方法5b具有用于确定某些
技术领域：
中的实用性与化学结构设计之间的关联性的实用性。因此，本发明具有用于表征专利文献中所揭示的创新的前景和范畴的实用性。综合图的方法6的另一方面为其用于实现被枚举的式样的结构片段指纹与由不同专利文献的权利要求文字指定的结构片段指纹的对比的实用性。此方面能够同时考虑由大量马库什结构定义的大范围的权利要求关系。本发明的此方面描绘于图4中。此图说明具有来源于不同专利中不同马库什结构的枚举结构指纹分层丛集的丛集树形图，以及将与不同专利权利要求相关的式样(species)的结构相似性关系转译成通用格式。由该格式，可将多个来自不同参考文献的权利要求相互比较。因此，本发明具有比较分析在各创新领域中定义物质组成的专利权利要求的实用性。综合图包含方法1-6的组合。方法1由步骤Ia-Id组合组成以生成并储存马库什结构描述符。综合图的步骤Ia的实现将来源于经由用户界面导入的结构或文本查询的马库什结构相关的查询结果发送至含有针对查询结果的马库什结构拓扑信息的马库什结构数据库(诸如，MMS或Marpat马库什结构数据库或其等效物)。综合图的步骤Ib将马库什结构拓扑信息自马库什结构数据库导入马库什结构拓扑定义器。马库什结构拓扑定义器将马库什结构拓扑信息翻译成可枚举马库什结构拓扑描述符。这样的描述符的实例在图6a和6b中说明。综合图的步骤Ic将可枚举马库什结构拓扑描述符导入间歇性数据库。该间歇性数据库实现可枚举马库什结构拓扑描述符的储存、撷取和处理。综合图的步骤Id将可枚举马库什结构拓扑描述符导入“马库什结构枚举器”。综合图的方法2由步骤2a_d组合组成以建立并储存取代基片段拓扑描述符。步骤2a识别已由马库什结构拓扑定义器自马库什结构数据库(诸如，“匪S”或“Marpat”马库什结构数据库)导入的取代基定义的上位、不明确且开放式术语。另一选择为，步骤2a也可识别存在于专利文献的权利要求文字、专利申请案的权利要求文字和用户翻译的上位化学结构说明的描述中的上位、不明确且开放式术语。综合图的步骤2b构建“超原子定义器”用以实现将上位、开放式且不明确术语自动或经用户引导地翻译成可枚举取代基片段拓扑描述符。这是通过用由先前技术专利申请案中描述的在上位、开放式且不明确取代基定义范畴内或在考虑用于用户分析的物质组成发明的范畴内的结构片段组成的一系列取代基片段拓扑描述符置换上位、开放式且不明确取代基定义来进行的。图7图解说明取代基片段技术描述符的实例，其中开放式术语“酰基”被置换为具有离散化学体系结构和离散连接点的结构片段。在该实例中，前三个描述符实例包含烷基，第四个实例是链烯基，和第五个实例是炔基。综合图的步骤2c实现将取代基片段拓扑描述符导出至一或多个数据库，实现结构片段拓扑描述符的储存、撷取和处理。综合图的步骤2d通过马库什结构枚举器自所述数据库导入取代基结构片段拓扑描述符。综合图的方法3由步骤3a_d的第三组合组成，用于用户引导的建立(creation)和枚举就绪的拓扑描述符的储存。步骤3a通过使用能够绘制化学结构表征的市售软件(诸如，ChemdrawUsis或Marvin)以枚举就绪形式翻译上位化学结构拓扑描述。步骤3a也提供用于建立翻译的另一选择，其是通过自MMS或Marpat数据库导入马库什结构拓扑信息并使用机器辅助转译法或用户引导的方式(诸如，来源于ChemdraW、MDL的工具，STN,DARC，KMS索引站或Marvin)通过建立马库什结构拓扑描述符将所导入的马库什结构拓扑信息转译成枚举就绪形式进行。综合图的步骤3b通过建立枚举就绪的拓扑描述符与马库什结构文字信息之间的关联以生成枚举规则。举例而言，可在特定马库什结构核心拓扑描述符(种类(genus))之间建立用户引导的关联。用户引导的关联也可建立在核心马库什结构拓扑描述符的连接点与根据物质的化学组成专利权利要求的文字的取代基群组的拓扑描述符之间。附图8a和8b步骤图解说明用于枚举匪S数据库的用户生成的权利要求规则的实例。图9a-9n图解说明用于转译可能出现在专利权利要求的语义术语“烷基为和在MMS数据库中的相应语义术语“CHK”成可枚举形式的结构片段库的实例。步骤3b将枚举规则导出至枚举规则数据库。步骤3c将枚举就绪的马库什结构拓扑描述符导出至马库什结构拓扑描述符数据库。步骤3d将枚举就绪的拓扑描述符导入马库什结构枚举器。综合图的方法4由步骤4a_b的组合组成以建立并储存权利要求规则指纹。综合图的步骤4a由用于自动建构“枚举规则”的方法组成，其是通过使用由与上位化学结构表征相关的结构功能信息或由物质的化学组成专利的专利权利要求所提供的文字说明的机器可读翻译实现核心马库什结构拓扑描述符(种类(genus))的识别、核心马库什结构拓扑描述符的连接点的识别和连接点上取代基结构片段描述符的组合的识别。综合图的步骤4b实现枚举规则数据库中的枚举规则的储存和撷取。综合图的步骤4c生成枚举规则的结构片段拓扑指纹且将结构片段拓扑指纹储存于权利要求规则指纹数据库中。指纹的实例在图6中说明。综合图的步骤4d实现用于指纹分析的权利要求规则指纹的就绪和将权利要求规则指纹导出至指纹分析器。权利要求规则指纹的就绪可包含指纹的标准化，指纹的标准化又可能会需要识别专利权利要求中的术语之间的语义等效性并将不同语义术语转译成标准术语。参见例如诸如ChemMedChem2007；2(12)1774-82中Fllri等人所述的那些方法的方法。综合图的步骤4e将枚举规则从枚举规则数据库导入马库什结构枚举器。综合图的方法5由步骤5a_b的组合组成以建立并命名各式样(species)。综合图的步骤5a将枚举就绪的马库什结构拓扑描述符自步骤Id和3d所产生的数据库记录导入马库什结构枚举器。其也实现由步骤2d所生成的取代基结构片段拓扑描述符的导入和由步骤4e所生成的枚举规则的导入。步骤5a进一步包括使用随机选择的取代基群组以枚举规则定义的方式将枚举就绪的马库什结构拓扑描述符反复连接至取代基结构片段拓扑描述符的方法。综合图的步骤5b将注册码分配至被枚举的式样且将注册号与产生式样(species)的枚举规则信息、定义化学结构的拓扑描述符和定义产生被枚举的式样的马库什结构符号来源的信息相关联。步骤5b进一步包括将相关联的信息导出至被枚举的化合物数据库的方法。步骤5b还在被枚举的化合物数据库中建立被枚举的式样的化学结构拓扑指纹。此特征包含将式样(species)的结构拓扑指纹和产生该式样的枚举规则与定义主张该式样的马库什结构来源的信息相关联的方法。将相关联的信息储存于数据库中用于指纹分析。伴随本文的计算机程序列表附录包含完成前述步骤(procedure)的枚举器的一个具体实施方式的Java执行程序文件。10方法6由步骤6a_b的组合组成以识别被枚举的结构之间的关系并翻译观察的结果。综合图的步骤6a将结构拓扑指纹从数据库导入指纹和规则分析器，并导入准备用于指纹分析的枚举规则指纹。步骤6a还包含识别指纹相似性的方法，诸如使用市售丛集算法进行指纹概况对比或指纹分层丛集的方法，诸如Wards方法或UPGMA以及市售数据分析平台，诸如Spotfire。步骤6b翻译来源于指纹相似性关系分析的结果以在用户接口上视觉显示或使用其它报导仪器使最终用户可获得。展示于图5a_5m中的实例说明超原子库的部分，其能够枚举定义取代基群组的上位化学结构表征，诸如含有氮原子与2个如专利的权利要求中可能定义的取代基的所有可能组合的杂原子环体系。展示于这些图中的实例识别结构片段和各结构片段的连接点(描写成含有数字1或2的菱形)。这些片段库通过杂原子数目分类且以含有1个杂原子的结构片段开始。图5a和5b中的第一组实例识别定义含有1个氮原子的环体系的结构片段。此系列片段可用于枚举定义含有1个氮原子且环大小为4-6个原子的杂环取代基群组的上位化学结构。因此，可通过根据上位化学结构表征提供的描述在种类(germs)的特定连接点使用超原子库片段(诸如，展示于图5a-5m中的片段)来建立由上位化学结构表征中的超原子库定义所定义的特定式样(species)。因此，举例而言，若在专利权利要求或上位化学结构表征的描述中未指定其它环状取代基，则展示于所说明的实例中的环状超原子实例的键价(bondingvalence)将为1，且专利权利要求中此环状超原子的拓扑邻域对应于N原子的最近邻域。仅出于限制文件大小的目的，展示于图5a-5m中的实例被限制为可用于建构含有4至6个环原子的环体系的超原子库。此限制不应解释为以任何方式限制此超原子库的范畴且在此状况下超原子库的描述采用独立马库什结构的形式。举例而言，若上位化学结构需要将枚举限于含有1至3个选自N、0或S的杂原子的环体系，则超原子库体系可建立具有5至6个原子的表示性实例的片段库。本发明的另一方面为可修改超原子库的内容。举例而言，必要时，考虑到含有两个以上杂原子且低于四个原子的环体系的化学不稳定性，可将选择用于进行快速比较枚举的默认超原子库的范畴限于含有环大小少于4个原子的片段的超原子库，除非最终用户请求添加这些超原子库定义至默认库中。图中说明的本发明的另一方面为根据定义片段库的结构的特定参数及其与用于MMS数据库中的术语的对应来组织超原子片段数据库，使得能够快速自动识别由上位化学结构和MMS数据库所用的超原子定义之间的对应并允许管理结构片段数据库并避免冗余。而本发明的第三方面为建立数据库模板以方便入新结构入口(theentryofnewstructures)并识别模板之间的结构关系。参考图5c_5e，下一组实例说明具有2个杂原子(包括必有的氮)的显示。内部基团用于允许在N、0和S之间选择杂原子。图中也包括对表示此基团的文件和此基团的连接的索引。仅在用户激活下才能见到对连接的索引。图5c的第一实例显示在环中具有5个原子。图5d和5e的第二实例显示6个原子。最终在图5f中显示内部上位基团GNOS的图。以图5g开始的最后一组实例在环中具有3个杂原子，包括这3个杂原子为氮的可能性。6个原子和3个氮的状况将构成同源图(homogeneousgraph)，因为从生物化学观点而言，该最后家族是重要的且对应于嘧啶基。相应结构含于图5i的图中。在专利权利要求的另一部分中，可定义类似杂环，但它们能够携带专利中定义的给定数目的可选取代基，在此状况下为R13。接着，所得图将与先前图不一样，但与该可选取代基的存在类似。图5j和5k的实例展示该状况仅针对具有1个氮的环且类似于图5a和5b的最初图。可选取代基由称为GHR13的新上位基团表示。该基团含有称为R13的另一子基团且在此状况下由专利定义。因此，在超原子数据库与专利数据库之间存在可能网关。以维持超原子数据库完全独立于专利数据库的方式动态建立名称GHR13。将注意到G13图含有对烷基和卤烷基子结构的提及，所述子结构由属于超原子数据库的链段的其它超原子表示。本发明的第四方面为建立含有例如描述出现例如在天然和非天然氨基酸或其衍生物中的构件块的结构片段集合、描述蛋白质序列的构件块的结构片段集合、描述DNA序列及其衍生物的构件块的结构片段集合、描述RNA序列的构件块的结构片段集合和描述碳水化合物或其衍生物的构件块的结构片段集合的超原子库，使得若因此需要相关联的马库什结构，则能够组合相关联的结构片段或构件块以建立特定蛋白质、DNA、RNA或碳水化合物序列。本说明书中所引用的所有公开案和专利申请案皆以引用的方式并入本文中，如各公开案或专利申请案经特定且个别指示以引入的方式并入。虽然已根据各优选的具体实例描述本发明，但熟习技工将了解在不偏离本发明的精神下可进行各种修改、取代、省略和变化。因此，意欲本发明的范畴仅受以下权利要求(包括它们的等效物)的范畴限制。计算机程序列表附录包含在随附光盘上的文件名称创津日期大小.classpath7/W20084:37PM4，262.project5/W20084:52PM516org.edipse.jdc.core,prefs5/W20084:52PM209core-assembly,xml6/10:07PM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的取代基群组，将所述枚举就绪的取代基结构片段拓扑描述符连接至所述枚举就绪的马库什结构核心拓扑描述符，以枚举所述式样。13.如权利要求12的方法，其进一步包括以下步骤使所述识别符号与生成式样的枚举规则信息、定义化学结构的拓扑描述符和定义生成所述被枚举的式样的马库什结构描述符的来源的信息相关联；和将所述相关联的信息导出到被枚举的化合物数据库中。14.如权利要求13的方法，其进一步包括以下步骤在所述被枚举的化合物数据库中建立被枚举的式样的化学结构拓扑指纹；将式样的所述结构拓扑指纹和该式样的识别符号与生成该式样的枚举规则和定义关于该式样的马库什结构来源的信息相关联；和将该相关联信息储存于数据库中。15.如权利要求11的方法，其中所述识别符号包括名称和注册码。16.用于确定和对比物质组成的上位化学结构描述内容的方法，其包括以下步骤从数据库撷取与各个被枚举的式样相关的化学结构指纹；测定所述式样之间的相对化学结构指纹相似性；将所述式样的识别符号与所述指纹相似性测定相关联；和显示所述指纹相似性测定。17.如权利要求16的方法，其中所述识别符号包括名称和注册码。18.如权利要求4的方法，其进一步包括通过用包含可枚举结构片段的取代基片段拓扑描述符置换所述取代基定义建立超原子片段库的步骤，用以将上位化学结构描述的取代基定义形式的术语翻译成可枚举取代基片段拓扑描述符。19.如权利要求18的方法，其进一步包括用包含氨基酸、蛋白质、DNA、RNA、碳水化合物或它们的衍生物的可枚举结构片段的片段拓扑描述符置换所述取代基定义的步骤。20.权利要求1的方法，其进一步包括建立来自不同文献的马库什结构拓扑描述的翻译的步骤以将其进行对比。21.如权利要求16的方法，其进一步包括计算所述式样的一种或多种分子性质并将所述相关联的分子性质信息储存于数据库中的步骤。22.如权利要求21的方法，其包括分析所述式样之间的分子性质相似性的步骤，其包含以下步骤撷取所述化学结构拓扑指纹；撷取所述式样分子性质；确定所述撷取的化学结构拓扑指纹之间的相似性；和确定所述分子性质之间的相似性。23.如权利要求16的方法，其中通过使用化学结构指纹概况对比的方法或丛集所述式样的所述指纹的方法测量所述相对化学结构指纹相似性。24.用于翻译、确定和对比物质组成的上位化学结构描述内容的方法，其包括以下步骤生成并储存马库什结构核心拓扑描述符；生成并储存马库什结构取代基片段拓扑描述符；通过建立马库什结构核心拓扑描述符、马库什结构取代基片段拓扑描述符和马库什结构核心拓扑描述符中针对马库什结构取代基片段拓扑描述符的连接点之间的关联性生成并储存枚举规则；根据所述枚举规则，通过将所选择的取代基片段拓扑描述符连接至所选择的马库什结构核心描述符来枚举各式样，分配识别符号给每个这样的式样并储存这样的识别符号；分配化学结构指纹给每个这样的式样，并储存所述式样化学结构指纹；测量所述式样之间的相对化学结构指纹相似性；将所述式样的所述识别符号与所述指纹相似性测量相关联；和显示所述指纹相似性测量。全文摘要本发明涉及由上位化学结构表征编码的信息的机器辅助分析和处理这些结构的方法。文档编号G01N1/00GK101971188SQ200880120811公开日2011年2月9日申请日期2008年10月16日优先权日2007年10月16日发明者A·弗利里,E·莫伊桑,M·诺尔特,P·贝尼裘申请人:狄克雷佩特公司