用于治疗和诊断癌症的组合物和方法

用于治疗和诊断癌症的组合物和方法
【专利摘要】本申请公开了用于治疗和诊断癌症的组合物和方法。例如，示例性组合物包含一种或多种癌症相关的抗体、多肽、多核苷酸、抗原呈递细胞等。所公开的组合物例如在疾病，尤其是癌症的诊断、预防和/或治疗中是有用的。
【专利说明】用于治疗和诊断癌症的组合物和方法
[0001]相关申请的交叉引用
[0002]本申请根据35U.S.C.§ 119(e)要求2012年I月4日提交的美国临时申请第61/583，033号、2011年10月14日提交的美国临时申请第61/547，342号和2011年6月21日提交的美国临时申请第61/499，534号的权益，每一篇专利申请都通过引用全文并入本文。
[0003]关于序列表的声明
[0004]与本申请相关的序列表以文本格式提供来替代纸印本，并在此通过引用并入本说明书中。含有序列表的文本文档的名称为0NCF_001_03W0_ST25.txt。该文本文档创建于2012年6月19日，大小为88KB，并通过EFS-Web以电子方式提交。
[0005]发明背景
发明领域
[0006]本发明通常涉及癌症的治疗和诊断。更具体而言，本发明涉及包含抗体和抗原结合片段的药物和诊断组合物，所述抗体和抗原结合片段能与癌症相关蛋白(例如，癌因子(oncofactor))特异性结合。本发明还涉及包含癌症相关多核苷酸、多肽、表达载体、宿主细胞等的药物和诊断组合物。
[0007]相关技术的描述
[0008]癌症在世界范围内都是一个重大的健康问题。尽管在癌症的检测和治疗上已取得进展，但是目前还没有普遍有效的预防和/或治疗方法。目前的通常基于联合化疗、外科手术和/或放射疗法的治疗方法，为相对非选择性的，并且一直在很多患者中被证实存在不足。具体来说，化疗会产生很多副作用，这在某些情况下是如此严重以至于限制可被给予的剂量，并因此阻碍了可能有效的药物的使用。而且，癌症常常会发展出对化疗药的抗性。
[0009]尽管进行了相当多的研究，但在很多人类癌症类型的有效诊断和治疗中仍存在巨大的障碍。因此，本领域内仍然有对检测和治疗这类癌症的备选方法和改进方法的需求。本发明满足了这些需求并进一步提供了其它相关的优点。
[0010]发明概述
[0011]根据本发明的一方面，提供了包含药学可接受的载体和分离的抗体或其抗原结合片段的药物组合物，所述抗体或其抗原结合片段能与选自以下的序列特异性结合:ILlf5(SEQ ID NO:1)、CCBP2(SEQ ID NO:2)、IL1R2(SEQ ID NO:3)、IL1RAPL1(SEQ IDN0:4)、IL18BP(SEQ ID NO:5)、CLEC2B(SEQ ID NO:6)、C4BPA(SEQ ID NO:7)、C4BPB(SEQ IDNO:8), SERPINII (SEQ ID NO: 9)、ILlRAP 同种型 I (SEQ ID NO: 10)、ILlRAP 同种型 2 (SEQID NO:11)、GPRl(SEQ ID NO:12)、GPR4(SEQ ID NO:13)、GPRl5(SEQ ID NO:14)、GPR32(SEQID NO: 15), GPR34(SEQ ID NO: 16)、GPR183 (SEQ ID NO: 17)、SERPINA4 (SEQ ID NO: 18),SERPINB5(SEQ ID NO:19)、SEMA4B(SEQ ID NO:20)、SEMA4D(SEQ ID NO:21)、CCL14(SEQ IDNO:22)、NKTR(SEQ ID NO:23)和 SFTPD(SEQ ID N0:24)。在另一方面，提供了包含药学可接受的载体和分离的抗体或其抗原结合片段的无内毒素的药物组合物，所述抗体或其抗原结合片段能与选自以下的序列特异性结合:ILlf5 (SEQ ID N0:1)、CCBP2(SEQ ID NO: 2),IL1R2(SEQ ID NO:3), IL1RAPL1(SEQ ID NO:4)、IL18BP(SEQ ID NO:5)、CLEC2B(SEQ IDN0:6)、C4BPA(SEQ ID NO: 7)、C4BPB (SEQ ID NO: 8)、SERPINI I (SEQ ID NO:9), ILlRAP 同种型 I (SEQ ID NO: 10)、ILlRAP 同种型 2 (SEQ ID NO: 11) ,GPRl (SEQ ID NO: 12)、GPR4 (SEQ IDNO:13)、GPRl5(SEQ ID NO:14)、GPR32(SEQ ID NO:15)、GPR34(SEQ ID NO:16)、GPR183(SEQID NO:17)、SERPINA4(SEQ ID NO:18)、SERPINB5(SEQ ID NO:19)、SEMA4B(SEQ ID NO:20)、SEMA4D (SEQ ID NO: 21)、CCL14 (SEQ ID NO: 22)、NKTR(SEQ ID NO:23) SFTPD (SEQ IDNO:24)。
[0012]在另外的方面，提供了在患有癌症或有患癌风险的患者中使用的经配制用于静脉注射的药物组合物，所述组合物包含药学可接受的载体和分离的抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段能与选自以下的序列特异性结合:ILlf5 (SEQ ID NO:1)、CCBP2(SEQ ID N0:2)、IL1R2(SEQ ID NO:3), ILlRAPLI(SEQ ID NO:4)、IL18BP(SEQ IDN0:5)、CLEC2B(SEQ ID NO:6)、C4BPA(SEQ ID NO:7)、C4BPB(SEQ ID NO:8)、SERPINII(SEQID NO: 9)、ILlRAP 同种型 I (SEQ ID NO: 10)、ILlRAP 同种型 2 (SEQ ID NO: 11) ,GPRl (SEQ IDNO: 12), GPR4(SEQ ID NO: 13)、GPRl5 (SEQ ID NO: 14)、GPR32 (SEQ ID NO: 15)、GPR34 (SEQID N0:16)、GPR183(SEQ ID NO:17)、SERPINA4(SEQ ID NO:18)、SERPINB5(SEQ ID NO:19)、SEMA4B (SEQ ID NO: 20)、SEMA4D (SEQ ID NO: 21)、CCL14 (SEQ ID NO: 22)、NKTR(SEQ IDNO:23)和 SFTPD(SEQ ID NO:24)。
[0013]在具体的方面，组合物包含一种或多种抗体或其抗原结合片段，其中所述一种或多种抗体中的每一种或其抗原结合片段都能与选自以下的序列特异性结合:ILlf5(SEQ IDN0:1),CCBP2(SEQ ID NO:2) ,IL1R2 (SEQ ID NO:3) ,ILIRAPLI (SEQ ID NO:4) aL18BP(SEQ IDN0:5)、CLEC2B(SEQ ID NO:6)、C4BPA(SEQ ID NO:7)、C4BPB(SEQ ID NO:8)、SERPINII(SEQID NO: 9)、ILlRAP 同种型 I (SEQ ID NO: 10)、ILlRAP 同种型 2 (SEQ ID NO: 11) ,GPRl (SEQ IDNO: 12), GPR4(SEQ ID NO: 13)、GPRl5 (SEQ ID NO: 14)、GPR32 (SEQ ID NO: 15)、GPR34 (SEQID N0:16)、GPR183(SEQ ID NO:17)、SERPINA4(SEQ ID NO:18)、SERPINB5(SEQ ID NO:19)、SEMA4B (SEQ ID NO: 20)、SEMA4D (SEQ ID NO: 21)、CCL14 (SEQ ID NO: 22)、NKTR(SEQ IDNO:23)和 SFTPD(SEQ ID NO:24)。
[0014]在某些方面，组合物是95%、96%、97%、98%或99%无内毒素的。
[0015]在本发明的更具体的实施方案中，本发明的分离的抗体或抗原结合片段是单克隆抗体或抗原结合片段。
[0016]在本发明的另一具体的实施方案中，本发明的分离的抗体或抗原结合片段是人源化的抗体或抗原结合片段。
[0017]在又一具体的实施方案中，本发明的抗体或抗原结合片段与毒素缀合，所述毒素包括但不限于:蓖麻毒素、相思子毒素、白喉毒素、霍乱毒素、白树毒素、假单胞菌外毒素、志贺毒素和美洲商陆抗病毒蛋白。
[0018]在另一具体的实施方案中，本发明的抗体或抗原结合片段与放射性核素缀合，所述放射性核素包括但不限于:90Y> 123I> 125I>1311> 186Re, 188Re,211At 和 212Bi0
[0019]根据本发明的另一方面，提供了这样的药物组合物，其包含药学可接受的载体和分离的SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的多肽，或SEQ ID NOs: 1_24中任一个所示的多肽的片段或变体，或编码任一种前述多肽的分离的多核苷酸，所述变体与SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的多肽具有至少70%、80%、90%或95%的同一性。当然，应当认识到的是，其它成分，诸如免疫刺激剂等，可以存在于本发明的药物组合物中。还应当认识到的是，在利用本发明的多核苷酸的实施方案的情况下，多核苷酸可以存在于，例如，表达载体、宿主细胞等中。
[0020]根据本发明的另一方面，提供了治疗有需要的个体内的癌症的方法，其包括给予所述个体本发明所述的药物组合物。待治疗的癌症本质上可以为与本发明的序列相关的任何癌症类型，包括但不限于:肝癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、肾癌、和皮肤癌(例如，黑素瘤)，以及血液癌症(例如，白血病、淋巴瘤等)。
[0021]在另一方面，本发明提供了这样的方法，其涉及能与SEQ ID N0s:l-24中任一个所示的序列特异性结合的分离的抗体或抗原结合片段在制备用于治疗癌症的药物中的用途。
[0022]在另一方面，本发明提供了这样的方法，其涉及包含SEQ ID NOs:1-24中任一个所示的序列的分离的多肽或其片段或变体在制备用于治疗癌症的药物中的用途，所述变体与SEQ ID NOs:1-24中任一个所示的序列具有至少90%的同一性。
[0023]在另一方面，本发明提供了这样的方法，其涉及分离的多核苷酸在制备用于治疗癌症的药物中的用途，所述多核苷酸编码SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的氨基酸序列，或编码SEQ ID NOs: 1-24所示序列的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs: 1_24所示序列具有至少90%的同一性。
[0024]在另一方面，本发明提供了这样的方法，其涉及与多核苷酸互补的寡核苷酸在制备用于治疗癌症的药物中的用途，所述多核苷酸编码SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的氨基酸序列，或编码SEQ ID NOs: 1-24所示序列的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs:1-24所不序列具有至少90%的同一丨丨生。在某些实施方案中,所述寡核苷酸是反义寡核苷酸、RNAi分子、核酶或另一抑制性核酸分子。
[0025]根据本发明的另一方面，提供了检测患者体内癌症的存在与否的方法，其包括以下步骤:(a)从所述患者获得生物样品；(b)将所述生物样品接触能够与SEQ ID NOs:1-24中任一个所示的多肽特异性结合的抗体或抗原结合片段；(c)检测所述样品中能与所述抗体或抗原结合片段结合的多肽的量；以及(d)将多肽的所述量与预定的阈值比较，并从中确定所述患者体内癌症的存在与否。
[0026]根据本发明的另一方面，提供了检测患者体内癌症的存在与否的方法，其包括以下步骤:(a)从所述患者获得生物样品；(b)将所述生物样品接触能与多核苷酸杂交的寡核苷酸，其中所述多核苷酸编码SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的多肽，或编码SEQ IDNOs:1-24中任一个所示多肽的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs: 1_24中任一个所示多肽具有至少90%的同一性；(c)检测所述样品中能与所述寡核苷酸杂交的多核苷酸的量；以及(d)将能与所述寡核苷酸杂交的多核苷酸的量与预定的阈值比较，并从中确定所述患者体内癌症的存在与否。
[0027]在另一方面，本发明提供了包含至少一种分离的抗体或其抗原结合片段和检测试剂的诊断试剂盒，所述抗体或其抗原结合片段能与SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的序列特异性地结合，其中所述检测试剂包含报告基团。
[0028]在另一方面，本发明提供了包含至少一种能与多核苷酸杂交的寡核苷酸的诊断试剂盒，其中所述多核苷酸编码SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的多肽，或编码SEQ IDNOs: 1-24中任一个所示序列的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs: 1_24中任一个所示多肽具有至少90%的同一性。在一个方面，提供了治疗患者体内癌症的方法，其包括以下步骤:(a)检测患者的生物样品中SEQ ID NOs:1-24中任一个所示的多肽的量；(b)将所述多肽的量与预定的阈值比较，并从中确定所述患者体内癌症的存在与否；以及(c)将权利要求1-14中任一项所述的组合物给予步骤(b)中确定患有癌症的个体。
[0029]在某些方面，提供了治疗患者体内癌症的方法，其包括以下步骤:(a)从所述患者获得生物样品；(b)将所述生物样品接触能与多核苷酸杂交的寡核苷酸，其中所述多核苷酸编码SEQ ID NOs:1-24中任一个所示的多肽，或编码SEQ ID NOs: 1_24中任一个所示序列的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示多肽具有至少90%的同一性；(c)检测所述样品中能与所述寡核苷酸杂交的多核苷酸的量；(d)将能与所述寡核苷酸杂交的多核苷酸的量与预定的阈值比较，并从中确定所述患者体内癌症的存在与否；以及(e)将权利要求1-14中任一项所述的组合物给予步骤(d)中确定患有癌症的个体。
[0030]在另一方面，所述癌症选自肝癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、肾癌、皮肤癌和血液癌症。通过参照以下的详细描述和附图，本发明的这些方面和其它方面将会变得显而易见。本文中公开的所有参考文献在此都通过引用全文并入，如同每一篇参考文献都单独并入一样。
【专利附图】

【附图说明】
[0031]图1显示了来自代表性的混合肿瘤淋巴细胞培养(MTLC)测定的结果。RajiB淋巴瘤细胞用PBMCs共培养，并用不同浓度的重组ILlf5多肽处理。
[0032]图2显示了来自代表性MTLC测定的结果。Raji B淋巴瘤细胞用PBMCs共培养，并用不同浓度的重组IL1RAP2多肽处理。
[0033]图3显示了来自代表性MTLC测定的结果。Raji B淋巴瘤细胞用PBMCs共培养，并用不同浓度的重组CCL14多肽处理。
[0034]图4显示了来自代表性免疫组织化学(IHC)测定的结果。与正常的导管上皮、血管和基质中的ILlf5表达相比，浸润性导管癌乳腺癌细胞中的ILlf5表达增加。
[0035]图5显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的结肠组织中的ILlf5表达相比，腺癌结肠癌细胞中的ILlf5表达增加。
[0036]图6显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的前列腺和基质中的ILlf5表达相比，腺癌前列腺癌细胞中的ILlf5表达增加。
[0037]图7显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的肺泡组织中的ILlf5表达相比，鳞状细胞癌、腺癌和乳头状腺癌肺癌细胞中的ILlf5表达增加。
[0038]图8显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的导管上皮、血管和基质中的GPR183表达相比，浸润性导管癌乳腺癌细胞中的GPR183表达增加。
[0039]图9显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的结肠组织中的GPR183表达相t匕，腺癌结肠癌细胞中的GPR183表达增加。
[0040]图10显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的肺泡组织中的GPR183表达相t匕，鳞状细胞癌和腺癌肺癌细胞中的GPR183表达增加。[0041]图11显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的乳腺导管上皮、血管和基质中的ILlRAP表达相比，浸润性导管癌乳腺癌细胞中的ILlRAP表达增加。
[0042]图12显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的肺泡中的ILlRAP表达相比，肺癌细胞中的ILlRAP表达增加。 [0043]图13显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的乳腺导管上皮、血管和基质中的CCL14表达相比，浸润性导管癌乳腺癌细胞中的CCL14表达增加。
[0044]图14显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的前列腺和基质中的CCL14表达相比，前列腺腺癌中的CCL14表达增加。
[0045]图15显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的肺泡中的CCL14表达相比，肺癌细胞中的CCL14表达增加。
[0046]图16显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的乳腺导管上皮、血管和基质中的SEMA4D表达相比，浸润性导管癌乳腺癌细胞中的SEMA4D表达增加。
[0047]图17显示了来自代表性IHC测定的结果。与正常的乳腺导管上皮、血管和基质中的IL1R2表达相比，浸润性导管癌乳腺癌细胞中的IL1R2表达增加。
[0048]图18显示了来自代表性MTLC测定的结果。RajiB淋巴瘤细胞用PBMCs共培养，并用不同浓度的重组IL1R2多肽处理。
[0049]图19显示了来自代表性T细胞增殖测定的结果。Raji B淋巴瘤细胞用PBMCs共培养，并用不同浓度的重组ILlf5多肽处理。测量了 ILlf5对T细胞增殖的影响。
[0050]序列标识符的概述
[0051]SEQ ID NO:1 是蛋白 ILlf5 的氨基酸序列(NP_036407.1)。
[0052]SEQ ID NO:2 是蛋白 CCBP2 的氨基酸序列(NP_001287.2)。
[0053]SEQ ID NO:3 是蛋白 IL1R2 的氨基酸序列(NP_004624.1)。
[0054]SEQ ID NO: 4 是蛋白 IL1RAPL1 的氨基酸序列(NP_055086.1)。
[0055]SEQ ID NO:5 是蛋白 IL18BP 的氨基酸序列(NP_766630.2)。
[0056]SEQ ID NO:6 是蛋白 CLEC2B 的氨基酸序列(NP_005118.2)。
[0057]SEQ ID NO:7 是蛋白 C4BPA 的氨基酸序列(NP_000706.1)。
[0058]SEQ ID NO:8 是蛋白 C4BPB 的氨基酸序列(NP_000707.1)。
[0059]SEQ ID NO: 9 是蛋白 SERPINI I 的氨基酸序列(NP_005016.1)。
[0060]SEQ ID NO: 10 是蛋白 ILlRAP 同种型 I 的氨基酸序列(NP_002173.1)。
[0061]SEQ ID NO: 11 是蛋白 ILlRAP 同种型 2 的氨基酸序列(NP_608273.1)。
[0062]SEQ ID NO: 12 是蛋白 GPRl 的氨基酸序列(NP_005270.2)。
[0063]SEQ ID NO: 13 是蛋白 GPR4 的氨基酸序列(NP_005273.1)。
[0064]SEQ ID NO: 14 是蛋白 GPRl5 的氨基酸序列(NP_005281.1)。
[0065]SEQ ID NO: 15 是蛋白 GPR32 的氨基酸序列(NP_001497.1)。
[0066]SEQ ID NO: 16 是蛋白 GPR34 的氨基酸序列(NP_005291.1)。
[0067]SEQ ID NO: 17 是蛋白 GPR183 的氨基酸序列(NP_004942.1)。
[0068]SEQ ID NO: 18 是蛋白 SERPINA4 的氨基酸序列(NP_006206.2)。
[0069]SEQ ID NO: 19 是蛋白 SERPINB5 的氨基酸序列(NP_002630.2)。
[0070]SEQ ID NO:20 是蛋白 SEMA4B 的氨基酸序列(NP_064595.2)。[0071]SEQ ID NO:21 是蛋白 SEMA4D 的氨基酸序列(NP_006369.3)。
[0072]SEQ ID NO:22 是蛋白 CCL14 的氨基酸序列(NP_116739.1)。
[0073]SEQ ID NO:23 是蛋白 NKTR 的氨基酸序列(NP_005376.2)。
[0074]SEQ ID NO:24 是蛋白 SFTPD 的氨基酸序列(NP_003010.4)。
[0075]发明的详细描述
[0076]本发明通常涉及装载于药学可接受的载体中，用于单独或与一种或多种其它治疗形式相结合给予细胞或动物的药物组合物和/或本文公开的其它组合物，所述药物组合物包含一种或多种癌因子抗体、多核苷酸、多肽、T细胞。更具体而言，如本文所公开的，本发明的多核苷酸和多肽序列表示癌因子序列，并且在癌症的检测和治疗中是有用的重要靶标。因此，本发明的示例性方面包括但不限于，所描述的癌因子序列和相关的结合剂(例如，抗体)在癌症的检测和/或治疗中的多种用途。
[0077]除非有明确相反指示，本发明的实施可采用本【技术领域】内常规的病毒学、免疫学、微生物学、分子生物学方法和重组DNA技术，为了说明的目的，下文中描述了其中很多方法和技术。这些技术在文献中有充分的讲解。参见，例如，Sambrook, et al., MolecularCloning: A Laboratory Manual (分子克隆:实验手册)(第 2 版，1989) ；Maniatis etal., Molecular Cloning: A Laboratory Manual (分子克隆:实验手册)(1982) ；DNACloning: A Practical Approach (DNA 克隆:操作方法)，vol.1&II (D.Glover, ed.)；Oligonucleotide Synthesis (寡核苷酸合成)(N.Gait, ed.，1984) ；Nucleic AcidHybridization (核酸杂交)(B.Hames & S.Higgins, eds., 1985) !Transcription andTranslation (转录和翻译)(B.Hames & S.Higgins, eds., 1984) ; Animal Cell Culture (动物细胞培养)(R.Freshney, ed.，1986) ；Perbal, A Practical Guide to MolecularCloning (分子克隆操作指南)(1984)。
[0078]本文中引用的所有出版物、专利、专利申请(无论是上文还是下文提到的)在此都通过引用全文并入本文。
[0079]本说明书和所附权利要求中所用的单数形式“a( —)”、“an(—个)”和“the(该)”包括复数形式，除非文中明确指示不包括复数。
[0080]抗体、其片段及其它结合剂
[0081]如同所指出的，根据一个方面，本发明提供了包含结合剂(如抗体及其抗原结合片段)的药物组合物，所述结合剂展现出对本文中公开的癌症相关序列(例如，癌因子)或其一部分、变体或衍生物的免疫结合。
[0082]更具体而言，在某些优选的实施方案中，本发明的药物组合物包含能与选自以下的癌症相关多肽序列特异性结合的抗体和/或抗原结合片段:ILlf5 (SEQ ID NO:1)、CCBP2(SEQ ID N0:2)、 IL1R2(SEQ ID NO:3),ILlRAPLI(SEQ ID NO:4)、 IL18BP(SEQ IDN0:5)、CLEC2B(SEQ ID NO: 6)、C4BPA (SEQ ID NO: 7)、C4BPB (SEQ ID NO: 8)、SERPINI I (SEQID NO: 9)、ILlRAP 同种型 I (SEQ ID NO: 10)、ILlRAP 同种型 2 (SEQ ID NO: 11) ,GPRl (SEQ IDNO: 12), GPR4(SEQ ID NO: 13)、GPRl5 (SEQ ID NO: 14)、GPR32 (SEQ ID NO: 15)、GPR34 (SEQID N0:16)、GPR183(SEQ ID NO:17)、SERPINA4(SEQ ID NO:18)、SERPINB5(SEQ ID NO:19)、SEMA4B (SEQ ID NO: 20)、SEMA4D (SEQ ID NO: 21)、CCL14 (SEQ ID NO: 22)、NKTR(SEQ IDNO:23)和 SFTPD(SEQ ID NO:24)。[0083]如果抗体或其抗原结合片段能与本发明的多肽在可检测的水平上(例如，在ELISA测定中)起反应，并且在相似的条件下不与不相关的多肽可检测地起反应，则将该抗体或其抗原结合片段说成能与该多肽“特异性结合”、“免疫结合”和/或“发生免疫反应”。本文中所用的免疫结合通常是指免疫球蛋白分子和该免疫球蛋白特异性针对的抗原之间发生的非共价相互作用类型。可以用相互作用的解离常数(Kd)来表示免疫结合相互作用的强度或亲和力，其中Kd越小表示亲和力越高。可以用本领域内公知的方法对所选多肽的免疫结合特性进行定量。一种这类方法需要测量抗原结合位点/抗原复合物形成和解离的速率，其中那些速率取决于复合物伴侣的浓度、相互作用的亲和性和等同影响双向速率的几何参数。因此，可以通过计算浓度和结合与解离的实际速率来确定“结合速率常数” (kon)和“解离速率常数”(kMf)。kMf/k?的比值使得能够消去与亲和力无关的所有参数，并且因 此等于解离常数 Kd。通常，参见，Davies et al.(1990) Annual Rev.Biochem.59:439-473。
[0084]抗体的“抗原结合位点”或“结合部分”是指免疫球蛋白分子参与抗原结合的部分。抗原结合位点由重链(“H”)和轻链(“L”)的N末端可变区(“V”)的氨基酸残基形成。重链和轻链的V区内的三个高度不同的节段被称为“高变区”，其插在称为“骨架区”或“FR”的较保守的侧翼节段之间。因此，术语“FR”是指天然见于免疫球蛋白高变区之间并邻近高变区的氨基酸序列。在抗体分子中，轻链的三个高变区和重链的三个高变区在三维空间中彼此相对排布形成抗原结合表面。所述抗原结合表面与结合的抗原的三维表面互补，并且每条重链和轻链的三个高变区被称为“互补决定区”或“⑶R”。
[0085]在优选的实施方案中，结合剂是抗体或其抗原结合片段。可以通过本领域技术人员已知的多种技术中的任何技术来制备抗体。参见,例如,Harlow and Lane, Antibodies:ALaboratory Manual (抗体:实验手册)，Cold Spring Harbor Laboratory, 1988。通常，可以通过细胞培养技术产生抗体，包括如本文所述产生单克隆抗体，或通过将抗体基因转染入合适的细菌或哺乳动物细胞宿主，以允许产生重组抗体。在一种技术中，首先将包含多肽的免疫原注射入多种哺乳动物(例如，小鼠、大鼠、兔、绵羊或山羊)的任何一种体内。在该步骤中，本发明的多肽可以不经过修饰作为免疫原。可选择地，尤其是对于相对短的多肽而言，如果将多肽连接至诸如牛血清白蛋白或钥孔虫戚血兰素的载体蛋白，则可以引起较强的免疫应答。优选按照合并了一次或多次加强免疫的预定安排将免疫原注射进动物宿主内，并定期地对动物取血。然后，例如，通过使用与适合的固相载体偶联的多肽的亲和层析从该抗血清中纯化所述多肽的特异性多克隆抗体。
[0086]例如，使用Kohlerand Milstein, Eur.J.1mmunol.6:511-519，1976 的技术和其改进可以制备目的抗原性多肽的特异性单克隆抗体。简单而言，这些方法涉及制备能产生具有所需特异性(即，与目的多肽的反应性)的抗体的永生化细胞系。例如，可以由从如上所述免疫过的动物获得的脾细胞产生这类细胞系。然后，例如，通过与骨髓瘤细胞融合伴侣，优选与和免疫过的动物同基因的骨髓瘤细胞融合伴侣进行融合而使所述脾细胞永生化。可以利用多种融合技术。例如，可以用非离子去垢剂使脾细胞和骨髓瘤细胞结合几分钟，然后以低密度接种于可支持杂交细胞生长而不支持骨髓瘤细胞生长的选择培养基上。优选的选择技术利用HAT(次黄嘌呤、氨基蝶呤、胸腺嘧啶脱氧核苷)选择。足够的时间后，通常约1-2周后，观察杂交细胞的集落。选择单一集落，并测试它们的培养物上清液对多肽的结合活性。优选具有高反应性和特异性的杂交瘤细胞。[0087]可以从生长的杂交瘤集落的上清液中分离单克隆抗体。此外，可以利用多种技术提高产量，例如将杂交瘤细胞系注射进诸如小鼠的合适的脊椎动物宿主的腹腔中。随后，可以从腹水或血液中收获单克隆抗体。通过诸如层析法、凝胶过滤法、沉淀法和提取法的常规技术可以从抗体中除去污染物。本发明的多肽可以用于例如亲和层析步骤的纯化过程中。
[0088]多种包含抗原结合位点的、能表现出抗体分子的免疫结合特性的、治疗上有用的分子在本领域内是已知的。蛋白水解酶木瓜蛋白酶优先切割IgG分子，产生数个片段，所述片段中的2个(“F(ab)”片段)各包含共价异二聚体，所述共价异二聚体包含完整的抗原结合位点。胃蛋白酶能切割IgG分子，提供数个片段，所述片段包括含有两个抗原结合位点的“F(ab’)2”片段。通过优选蛋白水解切割IgM，和极少情况下的IgG或IgA免疫球蛋白分子，可以产生“Fv”片段。然而，更通常情况下，使用本领域内已知的重组技术获得Fv片段。Fv片段包括非共价VH::Vl异二聚体，该异二聚体包含保留了天然抗体分子的许多抗原识别和结合能力的抗原结合位点。Inbar et al.(1972)Proc.Nat.Acad.Sc1.USA69:2659-2662;Hochman et al.(1976)Biocheml5:2706-2710;和 Ehrlich etal.(1980)Biocheml9:4091-4096。
[0089]单链Fv( “sFv”)多肽是从融合基因表达的共价连接的VH::Vl异二聚体，所述融合基因包含通过肽编码接头连接的Vl编码基因。Huston et al.(1988)Proc.Nat.Acad.Sc1.USA85(16): 5879-5883。已经描述了多种识别用于将来自抗体V区的天然聚集但化学上分离的轻多肽链和重多肽链转化为sFv分子的化学结构的方法，所述sFv分子会折叠成基本上类似于抗原结合位点的结构的三维结构。参见，例如，Huston等的美国专利第5，091，513号和第5，132，405号；和Ladner等的美国专利第4，946，778号。
[0090]每个上述分子都包含分别插在重链和轻链FR组之间的重链和轻链⑶R组，所述FR组为CDR提供支持并且限定了 CDR相对于彼此的空间关系。如本文所用的术语“CDR组”是指重链或轻链V区的三个高变区。从重链或轻链的N末端开始，将这些区分别表示为“CDR1”、“⑶R2”和“⑶R3”。 因此，抗原结合位点包括6个⑶R，包含来自每条重链和轻链V区的⑶R组。在本文中，包含单一⑶R(例如，⑶R1XDR2或⑶R3)的多肽在本文中被称为“分子识别单元”。多个抗原-抗体复合物的晶体学分析已经证实，CDR的氨基酸残基与结合的抗原形成广泛接触，其中最广泛的抗原接触是与重链CDR3的接触。因此，所述分子识别单元主要负责抗原结合位点的特异性。
[0091]如本文所用的术语“FR组”是指为重链或轻链V区的⑶R组的⑶R提供骨架的四条侧翼氨基酸序列。一些FR残基可以接触结合的抗原；然而，FR主要负责将V区折叠为抗原结合位点，尤其是直接邻近CDR的FR残基。在FR中，某些氨基酸残基和某些结构特征是高度保守的。在这点上，所有的V区序列都包含约90个氨基酸残基的内部二硫环。当V区折叠成结合位点时，CDR表现为突出的环状基序，该环状基序形成抗原结合表面。普遍公认存在FR的保守结构区，其影响CDR环到某些“典范”结构的折叠形状，与具体的CDR氨基酸序列无关。而且，已知某些FR残基参与非共价的结构域间接触，该结构域间接触使抗体重链和轻链的相互作用稳定。
[0092]很多包含来自非人免疫球蛋白的抗原结合位点的“人源化”抗体分子已有描述，包括具有以下成分的嵌合抗体:与人恒定结构域融合的啮齿动物V区及其相关CDR(Winteret al.(1991) Nature349:293-299;Lobuglio et al.(1989)Proc.Nat.Acad.Sc1.USA86:4220-4224; Shaw et al.(1987) J Immunol.138:4534-4538;和 Brown et al.(1987)Cancer Res.47:3577-3583)、在与合适的人抗体恒定结构域融合之前接枝到人支持FR内的啮齿动物 CDR(Riechmann et al.(1988) Nature332:323-327; Verhoeyen et al.(1988)Science239:1534-1536;和 Jones et al.(1986)Nature321:522-525)以及由重组镶饰的(veneered)啮齿动物FR支持的啮齿动物CDR(欧洲专利公开第519，596号，于1992年12月23日公布)。这些“人源化”分子被设计为将对啮齿动物抗人抗体分子的不希望的免疫应答降至最低，该免疫应答限制了那些部分在人接受体中的治疗应用的持续时间和功效。
[0093] 如本文所用的术语“镶饰的FR”和“重组镶饰的FR”是指用人FR残基选择性地取代来自例如啮齿动物重链或轻链V区的FR残基，目的是提供包含基本上保留了所有天然FR多肽折叠结构的抗原结合位点的异基因分子。镶饰技术基于下述理解，抗原结合位点的配体结合特性主要由抗原结合表面内的重链和轻链⑶R组的结构和相对排布决定。Davies etal.(1990)Ann.Rev.Biochem.59:439-473。因此，只有仔细保持CDR结构、它们彼此间的相互作用和它们与其余的V区结构域的相互作用，才可以在人源化抗体中保留抗原结合特异性。通过使用镶饰技术，用人残基选择性地取代了容易被免疫系统遇到的外部(例如，溶剂可及的)FR残基，从而提供包含弱免疫原性或基本上无免疫原性的镶饰表面的杂合分子。
[0094]镶饰的方法利用Kabat等人在第4版的Sequences of Proteins ofImmunological Interest(U.S.Dept, of Health and Human Services, U.S.GovernmentPrinting Office, 1987)中编辑的人抗体可变结构域的可获得的序列数据、对Kabat数据库的更新，以及其它可进入的美国数据库和外国数据库(核酸和蛋白质)。V区氨基酸的溶剂可及性可从人和鼠抗体片段的已知的三维结构推断出。在镶饰鼠抗原结合位点中有两个通用的步骤。首先，将目的抗体分子可变结构域的FR与从上述来源获得的对应的人可变结构域的FR序列比较。然后将最同源的人V区逐个残基地与对应的鼠氨基酸比较。利用本领域内公知的重组技术将鼠FR中与人对应部分不同的残基取代为人部分中存在的残基。仅对至少部分暴露的(溶剂可及的)部分进行残基转换，并且应当当心对V区结构域的三级结构可能具有重大影响的氨基酸残基的取代，例如脯氨酸、甘氨酸和带电荷的氨基酸。
[0095]以这种方式，得到的“镶饰”鼠抗原结合位点因而被设计成保留了鼠CDR残基、实质上邻近CDR的残基、被认定为是包埋的或大部分包埋的(溶剂不可及的)残基、据信参与重链和轻链结构域之间的非共价(例如，静电或疏水)接触的残基，以及来自FR的保守结构区、据信可影响CDR环的“典范”三级结构的残基。然后，这些设计标准被用于制备将鼠抗原结合位点的重链和轻链的CDR都整合到存在于人类中的FR中的重组核苷酸序列，该重组核苷酸序列能被用来转染哺乳动物细胞，用于表达展现出所述鼠抗体分子的抗原特异性的重组人抗体。
[0096]在本发明的另一实施方案中，本发明的单克隆抗体可以与一种或多种治疗剂偶联。就这一点而言，合适的药剂包括放射性核素、分化诱导物、药物、毒素以及以上的衍生物。优选的放射性核素包括9°Y、1231、1251、m1、186Re、188Re、211At和212Bi0优选的药物包括氨甲蝶呤以及嘧啶和嘌呤类似物。优选的分化诱导物包括佛波酯和丁酸。优选的毒素包括蓖麻毒素、相思子毒素、白喉毒素、霍乱毒素、白树毒素、假单胞菌外毒素、志贺毒素和美洲商陆抗病毒蛋白。
[0097]可以将治疗剂直接地或间接地(例如，通过接头基团)与合适的单克隆抗体偶联(例如，共价键合)。当试剂和抗体中的每一个都具有能与另一个反应的取代基时，试剂和抗体之间的直接反应是可能的。例如，一个上的诸如氨基或巯基的亲核基团可能能与另一个上的诸如酐或酰卤的含羰基基团反应或与含有良好离去基团(例如，卤化物)的烃基反应。
[0098]可选择地，通过接头基团将治疗剂和抗体偶联是可取的。接头基团的功能可以是间隔物来使抗体与试剂保持距离，从而避免结合能力的干扰。接头基团也可以增加试剂或抗体上的取代基的化学反应性，并因此增强偶联效率。化学反应性的增加也可以促进试剂或试剂上的官能团的使用，否则将无法实现。
[0099]对本领域技术人员显而易见的是，包括同功能的和异功能的在内的多种双功能或多功能试剂(例如描述于Pierce Chemical C0., Rockford, IL目录中的那些)可以用作接头基团。例如，可以通过氨基、羧基、巯基或氧化的碳水化合物残基实现偶联。有多篇参考文献描述了这类方法，例如，Rodwell等的美国专利第4，671，958号。
[0100]如果当治疗剂脱离本发明的免疫缀合物的抗体部分时更有效，则可能需要使用在细胞内化过程中或细胞内化后可切割的接头基团。多种不同的可切割的接头基团已有描述。试剂从这些接头基团的细胞内释放机制包括通过以下机制切割:二硫键的还原(例如，Spitler的美国专利第4，489，710号)、对光不稳定的键的照射(例如,Senter等的美国专利第4，625，014号)、衍生氨基酸侧链的水解(例如，Kohn等的美国专利第4，638，045号)、血清补体介导的水解(例如，Rodwell等的美国专利第4，671，958号)和酸催化的水解(例如，Blattler等的美国专利第4，569，789号)。
[0101]将多于一种试剂与抗体偶联是可取的。在一个实施方案中，将多个试剂分子与一个抗体分子偶联，在另一个实施方案中，可以将多于一类试剂与一种抗体偶联。不考虑特定实施方案，可以用很多方法制备具有多于一种的试剂的免疫缀合物。例如，可以将多于一种的试剂直接与抗体分子偶联，`或可以使用提供多个连接位点的接头。可选择地，可以使用载体。
[0102]载体可以以多种方式携带试剂，包括直接或通过接头基团共价键合。合适的载体包括诸如白蛋白(例如，Kato等人的美国专利第4，507，234号)的蛋白、肽和诸如氨基葡聚糖(例如，Shih等人的美国专利第4，699，784号)的多糖。载体还可以通过非共价键合或通过包封，如在脂质体囊泡(例如，美国专利第4，429，008号和第4，873，088号)中携带试剂。放射性核素试剂特异的载体包括放射性卤化小分子和螯合化合物。例如，美国专利第4，735，792号公开了代表性的放射性卤化小分子及其合成。放射性核素螯合物可以从螯合化合物形成，所述螯合化合物包括含有氮和硫原子作为用于结合金属或金属氧化物、放射性核素的配位原子的化合物。例如，Davison等人的美国专利第4，673，562号公开了代表性的螯合化合物及其合成。
[0103]提供上述抗体类型和用于制备相同抗体的方案是为了说明目的而非以限制方式提供。应当理解，这些方法和很多其它方法在本领域内是已知的，且是为了生产和表征抗体和其它结合剂而被建立，并且这些方法可被用于本发明的背景下。
[0104]多狀纟目合物
[0105]本发明的另一方面提供了癌症相关的多肽。在某些相关的实施方案中，例如，在用于治疗癌症的药物和/或疫苗组合物中使用该多肽。[0106]本文所用的术语“多肽”以其常规意义使用，即氨基酸的序列。多肽并不受限于产物的具体长度；因此，肽、寡肽和蛋白均包括在多肽的定义中，并且此类术语在本文中可互换使用，除非明确指出并非如此。该术语也非指或排除多肽的表达后修饰，例如，糖基化、乙酰化、磷酸化等修饰以及本领域内已知的其它修饰，包括天然存在的或非天然存在的修饰。多肽可以是整个蛋白或其子序列。本发明背景下的具体的目的多肽是包含表位，即基本上负责多肽的免疫原性且能够引起免疫应答的抗原决定簇的氨基酸子序列。
[0107]在本发明的某些组合物和方法中，优选的多肽包括SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的多肽，或其中任一个的变体或片段，如与SEQ ID NOs:1-24中任一个具有至少70%、80%、90%或95%同一性的变体。
[0108]本发明的多肽在本文中有时称为癌症相关的蛋白或肿瘤多肽或癌因子多肽，例如其在肿瘤样品中表达和/或活性水平的增加作为其癌症关联的指征。因此，在某些实施方案中，术语“癌因子”、“肿瘤多肽”或“癌症相关的多肽”通常可交换使用，并且是指本发明的多肽序列，或编码这类多肽的多核苷酸序列，如利用本文提供的代表性试验所测定的，其以超过正常组织中表达水平的至少两倍、优选至少五倍的水平，在很大比例的肿瘤样品中表达和/或有活性，例如优选大于所测试肿瘤样品的约20%，更有选大于约30%，且最优选大于约50%或更高。本发明的在肿瘤细胞中表达和/或活性水平增加的癌因子多肽具有作为诊断标志物以及治疗靶标的特定功效，如下文进一步描述。
[0109]在某些实施方案中，本发明组合物和/或方法中使用的多肽是免疫原性的，即，它们在免疫测定(诸如ELISA或T细胞刺激测定)中与来自癌症患者的抗血清和/或T细胞可检测地起反应。免疫原活性的筛查可以利用本领域技术人员熟知的技术进行。例如，此类筛查可以利用诸如 Harlow and Lane, Antibodies:A Laboratory Manual, Cold SpringHarbor Laboratory, 1988中描述的方法的技术进行。在一个示例性的实例中，可将多肽固定在固相载体上并使其与患者血清接触，从而允许血清内的抗体与固定的多肽结合。随后去除未结合的血清，并利 用例如，经1251标记的蛋白A检测结合的抗体。
[0110]如本领域技术人员公认的，本文所公开的多肽的免疫原性部分也包括在本发明内。本文所用的“免疫原性部分”是本发明免疫原性多肽的片段，其自身能与识别该多肽的B细胞和/或T细胞表面抗原受体发生免疫学反应(即，特异性结合)。免疫原性部分通常可以利用公知的技术，例如 Paul,Fundamental Immunology, 3rd ed., 243-247 (Raven Press,1993)及其中所引用的参考文献中总结的技术鉴定。此类技术包括筛查能与抗原特异性抗体、抗血清和/或T细胞系或克隆起反应的多肽。如本文所用的，如果抗血清和抗体与抗原特异性结合(即，它们在ELISA或其它免疫测定中与蛋白起反应，但不与不相关的蛋白可检测地起反应)，则它们是“抗原特异性的”。可以按本文所述，以及利用公知的技术制备此类抗血清和抗体。
[0111]在一个示例性的实施方案中，本发明多肽的免疫原性部分是这样的部分，其以本质上不低于全长多肽的反应性的水平与抗血清和/或T细胞起反应(例如，在ELISA和/或T细胞反应性测定中)。优选地，免疫原性部分的免疫原性活性水平是全长多肽的免疫原性的至少约50%，优选至少约70%且最优选大于约90%。在一些情况下，优选的免疫原性部分将被鉴定为具有大于对应的全长多肽免疫原性活性的免疫原性活性水平，例如，具有大于约100%或150%或更高的免疫原性活性。[0112]在其它实施方案中，本发明利用本文所示的多肽组合物(例如SEQ ID NOs: 1-24中所示的多肽)的多肽片段，该多肽片段包含至少约5、10、15、20、25、50或100个连续的氨基酸或更多的氨基酸(包括所有中间长度)。
[0113]在其它实施方案中，本发明利用本文所描述的组合物和方法当中的本文所描述的多肽组合物的变体。本发明通常包括的多肽变体通常沿其长度与本文所示的多肽序列展现至少约 70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98% 或 99% 或更高的同一性(按下文描述所测定的)。
[0114]当术语多肽“变体”在本文使用时，是指这样的多肽，其通常通过一个或多个取代、缺失、添加和/或插入而不同于本文具体公开的多肽。这些变体可以是天然存在的或可以是合成产生的，例如，通过利用本文所述和/或本领域内公知的多种技术中的任何一种修饰一个或多个本发明的上述多肽序列并评估其免疫原活性。
[0115]在很多情况下，变体包含保守取代。“保守取代”是指氨基酸被具有相似性质的另一个氨基酸取代，这样肽化学领域技术人员会预测到多肽的二级结构和亲水性基本上不会被改变。如上文所描述的，可以在本发明的多核苷酸和多肽的结构内进行修饰，并且仍可获得编码具有所需特性(例如，免疫原性)的变体或衍生多肽的功能分子。当希望改变多肽的氨基酸序列来产生等同的或甚至改进的本发明的多肽的免疫原性变体或多肽部分时，本领域技术人员通常会根据表1改变一个或多个编码DNA序列的密码子。 [0116]例如，在蛋白结构中，某些氨基酸可以被其它的氨基酸取代，而不会造成与诸如，例如抗体的抗原结合区或底物分子上的结合位点的结构的交互式结合能力的明显损失。因为是蛋白的相互作用能力和性质限定了该蛋白的生物功能活性，所以可以在蛋白序列中进行某些氨基酸序列取代，也当然可以在其基本的DNA编码序列中进行取代，而仍然获得具有相似性质的蛋白。因此，已考虑到可以在所公开的组合物的肽序列或编码所述肽的相应DNA序列中进行各种改变，而不会造成其生物功效或活性的明显损失。
[0117]表1
【权利要求】
1.用于治疗癌症的分离的抗体或抗原结合片段，其能够与SEQID N0s:l-24中任一个所示的序列特异性结合。
2.用于治疗癌症的分离的多肽或其片段或变体，所述多肽包含SEQID NOs: 1-24中任一个所示的序列，所述变体与所述多肽具有至少90%的同一性。
3.用于治疗癌症的分离的多核苷酸，其编码SEQID NOs: 1-24中任一个所示的氨基酸序列，或编码SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示序列的片段或变体，所述变体与SEQ IDNOs: 1-24中任一个所不序列具有至少90%的同一性。
4.用于治疗癌症的与多核苷酸互补的寡核苷酸，所述多核苷酸编码SEQID NOs:1-24中任一个所示的氨基酸序列，或编码SEQ ID NOs: 1-24所示序列的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs: 1-24所示序列具有至少90%的同一性。
5.无内毒素的药物组合物，其包含药学可接受的载体和分离的抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段能够与选自以下的序列特异性结合:ILlf5(SEQ ID NO:1),CCBP2(SEQ ID N0:2)、 IL1R2(SEQ ID NO:3)、 IL1RAPL1(SEQ ID NO:4)、 IL18BP(SEQ IDN0:5)、CLEC2B(SEQ ID NO:6)、C4BPA(SEQ ID NO:7)、C4BPB(SEQ ID N0:8)、SERPINI1(SEQID NO: 9)、ILlRAP 同种型 I (SEQ ID NO: 10)、ILlRAP 同种型 2 (SEQ ID NO: 11) ,GPRl (SEQ IDNO: 12), GPR4(SEQ ID NO: 13)、GPRl5 (SEQ ID NO: 14)、GPR32 (SEQ ID NO: 15)、GPR34 (SEQID N0:16)、GPR183(SEQ ID NO:17)、SERPINA4(SEQ ID NO:18)、SERPINB5(SEQ ID NO:19)、SEMA4B (SEQ ID NO: 20)、SEMA4D (SEQ ID NO: 21)、CCL14 (SEQ ID NO: 22)、NKTR(SEQ IDNO:23)和 SFTPD(SEQ ID NO:24)。
6.在患有癌症或有患癌风险的患者中使用的经配制用于静脉注射的药物组合物，所述组合物包含药学可接受的载体和分离的抗体或其抗原结合片段，所述抗体或其抗原结合片段能够与选自以下的序列特异性结合:ILlf5 (SEQ ID N0:1)、CCBP2(SEQ ID NO: 2),IL1R2(SEQ ID NO:3), IL1RAPL1(SEQ ID NO:4)、IL18BP(SEQ ID NO:5)、CLEC2B(SEQ IDN0:6)、C4BPA(SEQ ID NO: 7)、C4BPB (SEQ ID N0:8)、SERPINI1 (SEQ ID NO:9)、ILlRAP 同种型 I (SEQ ID NO: 10)、ILlRAP 同种型 2 (SEQ ID NO: 11) ,GPRl (SEQ ID NO: 12)、GPR4 (SEQ IDNO:13)、GPRl5(SEQ ID NO:14)、GPR32(SEQ ID NO:15)、GPR34(SEQ ID NO:16)、GPR183(SEQID N0:17)、SERPINA4(SEQ ID NO:18)、SERPINB5(SEQ ID NO:19)、SEMA4B(SEQ ID NO:20)、SEMA4D(SEQ ID NO:21)、CCL14(SEQ ID NO:22)、NKTR(SEQ ID NO:23)和 SFTPD(SEQ IDNO:24)。
7.如权利要求5或权利要求6所述的组合物，其中所述组合物包含一种或多种抗体或其抗原结合片段。
8.如权利要求5至7中任一项所述的组合物，其中所述组合物包含一种或多种抗体或其抗原结合片段，其中所述一种或多种抗体的每一种或其抗原结合片段都能够与选自以下的序列特异性结合:ILlf 5 (SEQ ID NO:1), CCBP2 (SEQ ID NO: 2)、IL1R2(SEQ ID NO: 3)、IL1RAPL1 (SEQ ID NO:4)、IL18BP(SEQ ID NO:5)、CLEC2B(SEQ ID NO:6)、C4BPA(SEQ IDN0:7)、C4BPB(SEQ ID N0:8)、SERPINI1 (SEQ ID NO:9)、ILlRAP 同种型 I (SEQ ID NO: 10)、ILlRAP 同种型 2 (SEQ ID NO: 11)、GPRl (SEQ ID NO: 12)、GPR4 (SEQ ID NO: 13)、GPRl5 (SEQID NO: 14), GPR32(SEQ ID NO: 15), GPR34 (SEQ ID NO: 16)、GPR183 (SEQ ID NO: 17)、SERPINA4(SEQ ID NO:18)、SERPINB5(SEQ ID NO:19)、SEMA4B(SEQ ID NO:20)、SEMA4D(SEQID N0:21)、CCL14(SEQ ID NO:22)、NKTR(SEQ ID NO:23)和 SFTPD(SEQ ID NO:24)。
9.如权利要求5所述的组合物，其中所述组合物是95%无内毒素的。
10.如权利要求5所述的组合物，其中所述组合物是98%无内毒素的。
11.如权利要求5或权利要求6所述的组合物，其中所述分离的抗体或抗原结合片段是单克隆抗体或抗原结合片段。
12.如权利要求5或权利要求6所述的组合物，其中所述分离的抗体或抗原结合片段是人源化抗体或抗原结合片段。
13.如权利要求5或权利要求6所述的组合物，其中所述抗体或抗原结合片段与毒素缀口 o
14.如权利要求13所述的组合物，其中所述毒素选自:蓖麻毒素、相思子毒素、白喉毒素、霍乱毒素、白树毒素、假单胞菌外毒素、志贺毒素和美洲商陆抗病毒蛋白。
15.如权利要求5或权利要求6所述的组合物，其中所述抗体或抗原结合片段是与放射性核素缀合的单克隆抗体或抗原结合片段。
16.如权利要求15所述的组合物，其中所述放射性核素选自:9°Y、1231、1251、m1、186Re、188Re^211At 和 212Bi。
17.药物组合物，其包含药学可接受的载体和一种或多种分离的SEQID NOs: 1-24中任一个所示的多肽，或SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的多肽的片段或变体，或分离的编码任一种前述多肽的多核苷酸，所述变体与SEQ ID NOs: 1-24中任一个所示的多肽具有至少90%的同一性。
18.如权利要求17所述的药物组合物，其中所述组合物还包含免疫刺激剂。
19.治疗有需要的个体内的癌症的方法，其包括给予所述个体权利要求1-14中任一项所述的药物组合物。
20.如权利要求19所述的方法，其中所述癌症选自:肝癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、肾癌、皮肤癌和血液癌症。
21.检测患者体内是否存在癌症的方法，其包括以下步骤: (a)获得来自所述患者的生物样品； (b)将所述生物样品接触能够与SEQID NOs: 1-24中任一个所示的多肽特异性结合的抗体或抗原结合片段； (c)检测所述样品中能够与所述抗体或抗原结合片段结合的多肽的量；以及 (d)将多肽的所述量与预定的阈值比较，并从中确定所述患者体内是否存在癌症。
22.如权利要求21所述的方法，其中所述癌症选自:肝癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、肾癌、皮肤癌和血液癌症。
23.检测患者体内是否存在癌症的方法，其包括以下步骤: (a)获得来自所述患者的生物样品； (b)将所述生物样品接触能与多核苷酸杂交的寡核苷酸，其中所述多核苷酸编码SEQID NOs:1-24中任一个所示的多肽，或编码SEQ ID NOs: 1_24中任一个所示多肽的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs:1-24中任一个所示多肽具有至少90%的同一性； (c)检测所述样品中能与所述寡核苷酸杂交的多核苷酸的量；以及 (d)将能与所述寡核苷酸杂交的多核苷酸的量与预定的阈值比较，并从中确定所述患者体内是否存在癌症。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述癌症选自:肝癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、肾癌、皮肤癌和血液癌症。
25.诊断试剂盒，其包含至少一种分离的抗体或其抗原结合片段以及检测试剂，所述抗体或其抗原结合片段能与SEQ ID NOs:1-24中任一个所示的序列特异性结合，其中所述检测试剂包含报告基团。
26.诊断试剂盒，其包含至少一种能与多核苷酸杂交的寡核苷酸，其中所述多核苷酸编码SEQ ID NOs:1-24中任一个所示的多肽，或编码SEQ ID NOs: 1_24中任一个所示序列的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs:1-24中任一个所示序列具有至少90%的同一性。
27.治疗患者体内癌症的方法，其包括以下步骤: (a)检测患者的生物样品中SEQID NOs:1-24中任一个所示的多肽的量； (b)将所述多肽的量与预定的阈值比较，并从中确定所述患者体内是否存在癌症；以及 (c)将权利要求1-14中任一项所述的组合物给予步骤(b)中确定患有癌症的个体。
28.如权利要求27所述的方法，其中所述癌症选自:肝癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、肾癌、皮肤癌和血液癌症。
29.治疗患者体内癌症的方法，其包括以下步骤: (a)从所述患者获得 生物样品； (b)将所述生物样品接触能与多核苷酸杂交的寡核苷酸，其中所述多核苷酸编码SEQID NOs:1-24中任一个所示的多肽，或编码SEQ ID NOs: 1_24中任一个所示序列的片段或变体，所述变体与SEQ ID NOs:1-24中任一个所示序列具有至少90%的同一性； (c)检测所述样品中能与所述寡核苷酸杂交的多核苷酸的量； (d)将能与所述寡核苷酸杂交的多核苷酸的量与预定的阈值比较，并从中确定所述患者体内是否存在癌症；以及 (e)将权利要求1-14中任一项所述的组合物给予步骤(d)中确定患有癌症的个体。
30.如权利要求29所述的方法，其中所述癌症选自:肝癌、胰腺癌、肺癌、乳腺癌、膀胱癌、肾癌、皮肤癌和血液癌症。
【文档编号】G01N33/50GK103608030SQ201280030497
【公开日】2014年2月26日 申请日期:2012年6月19日 优先权日:2011年6月21日
【发明者】莎拉·埃伦·沃伦, 卡尔·外斯曼 申请人:昂科发克特公司