专利名称：一种lpl基因snp检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种LPL基因 SNP检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
脂蛋白脂肪酶(lipoprteinlipase，LPL)是脂肪细胞、心肌细胞、骨骼肌细胞、乳腺细胞以及巨噬细胞等实质细胞合成和分泌的一种糖蛋白，分子量为60ku，含3% -8%碳水化合物。LPL生理功能是催化CM和VLDL核心的TG分解为脂肪酸和单酸甘油酯，以供组织氧化供能和贮存。LPL还参与VLDL和HDL之间的载脂蛋白和磷脂的转换，ApoC II为LPL 必备的辅因子，其C端第61-79位氨基酸具有激活LPL的作用。LPL基因位于第8染色体短臂8p22，长约351Λ，由10个外显子和9个内含子组成， 编码475个氨基酸残基的蛋白质。目前研究表明LPL的生理功能是分解脂蛋白核成分的甘油三酯，也分解磷脂如卵磷脂、磷脂酰乙醇胺，并促使脂蛋白之间转移胆固醇、磷脂及载脂蛋白，其代谢产物游离脂肪酸为组织提供能量，或再酯化为TG，储存在脂肪组织中。LPL基因位点存在多态性，主要分布在LPL基因内含子和侧翼序列中，这些多态性位点的存在直接影响脂蛋白酶的功能。本发明目标检测的LPL基因突变位点，如表所示
权利要求
1.一种LPL基因SNP检测液相芯片，其特征是，主要包括有(A).针对每种SNP分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由5’端的 tag序列和3’端针对目的基因SNP位点的特异性引物组成，所述野生型和突变型的特异性引物分别为针对T161G SNP位点的SEQ ID NO. 9及SEQ ID NO. 10、针对C 120G SNP位点的 SEQID NO. 11 及 SEQID NO. 12、针对 G113A SNP 位点的 SEQIDN0. 13 及 SEQID NO. 14、和 / 或针对 A178G SNP 位点的 SEQID NO. 15 及 SEQID NO. 16 ；所述 tag 序列选自 SEQ ID NO. 1-8 ；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 17 SEQ IDN0. 24中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).用于扩增出需要检测的、具有相应SNP位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求1所述的LPL基因SNP检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对 T161G SNP 位点的 SEQID NO. 25 及 SEQID NO. 26、针对 C 120G SNP 位点的 SEQIDN0. 27 及 SEQID NO. 28、针对 G113A SNP 位点的 SEQID NO. 29 及 SEQID NO. 30、和 / 或针对 A178G SNP 位点的 SEQID NO. 31 及 SEQID NO. 32。
3.根据权利要求1所述的LPL基因SNP检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为 由SEQID NO. 1和SEQID NO. 9组成的序列及由SEQID NO. 2和SEQID NO. 10组成的序列、由 SEQID NO. 3和SEQID NO. 11组成的序列及由SEQID NO. 4和SEQID NO. 12组成的序列、由 SEQID NO. 5和SEQID NO. 13组成的序列及由SEQID NO. 6和SEQID NO. 14组成的序列、和 /或由SEQID NO. 7和SEQID NO. 15组成的序列及由SEQID NO. 8和SEQID NO. 16组成的序列。
4.根据权利要求1所述的LPL基因SNP检测液相芯片，其特征是，(A)·所述ASPE引物为由SEQID NO. 1和SEQID NO. 9组成的序列及由SEQID NO. 2和 SEQID NO. 10组成的序列、由SEQID N0. 3和SEQID NO. 11组成的序列及由SEQIDN0. 4和 SEQID N0. 12组成的序列、由SEQID N0. 5和SEQID N0. 13组成的序列及由SEQID N0. 6和 SEQID N0. 14组成的序列、和由SEQID N0. 7和SEQID N0. 15组成的序列及由SEQID N0. 8和 SEQID N0. 16组成的序列；(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球，所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID N0. 17 SEQ IDN0. 24中的序列，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对；(C).所述扩增引物为针对T161GSNP位点的SEQ ID N0. 25及SEQ ID N0. 26、针对 C120G SNP 位点的 SEQID N0. 27 及 SEQID N0. 28、针对 G113A SNP 位点的 SEQIDN0. 29 及 SEQID N0. 30、和针对 A178G SNP 位点的 SEQID N0. 31 及 SEQID N0. 32。
5.根据权利要求1-4任一项所述的apoC3基因SNP检测液相芯片，其特征在于，所述间隔臂为5-10个T。
6.一种用于LPL基因SNP检测的特异性引物，其特征在于，包括有针对T161G SNP位点的 SEQID N0. 9 及 SEQID N0. 10、针对 C 120G SNP 位点的 SEQID NO. 11 及 SEQIDN0. 12、针对 G113A SNP 位点的 SEQ ID N0. 13 及 SEQ ID N0. 14、和 / 或针对 A178G SNP 位点的 SEQID N0. 15 及 SEQID N0. 16。
全文摘要
本发明公开了一种LPL基因SNP检测特异性引物和液相芯片，所述液相芯片包括有由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变的特异性引物组成的ASPE引物，所述特异性引物分别为针对T161G SNP位点的SEQ ID NO.9及SEQ ID NO.10、针对C120G SNP位点的SEQID NO.11及SEQID NO.12、针对G113A SNP位点的SEQIDNO.13及SEQID NO.14、和/或针对A178G SNP位点的SEQID NO.15及SEQID NO.16；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的LPL基因SNP检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，且除了能够检测单个位点突变情况，也能够同时并行检测多个突变位点的多态性情况，检测效果一致。
文档编号C12Q1/68GK102533953SQ201010591190
公开日2012年7月4日 申请日期2010年12月16日 优先权日2010年12月16日
发明者孙贤标, 朱泽尧, 秦会娟, 许嘉森 申请人:广州益善生物技术有限公司