专利名称：一种cyp1a1基因多态性检测特异性引物和液相芯片的制作方法
技术领域：
本发明属于分子生物学领域，涉及医学和生物技术，具体的是涉及一种CYPlAl基因多态性检测特异性引物和液相芯片。
背景技术：
P450 (Cytochromes P450)是外源性化学物质在体内生物转换第一时相最主要的代谢酶，前致癌物进入体内经CYP450催化(包括环氧化、脱环基化、氧化、还原、水解等多种类型的化学过程)，转变成亲电子化合物攻击细胞内生物大分子，启动致癌或致突变过程。细胞色素CYP450是一组结构和功能相关的超家族基因编码的同工酶，属于血红蛋白类酶，其亚家族成员CYPlAl与吸烟诱导的肺癌关系密切。CYPlAl是CYP450家族的一个重要成员，位于人类第15对染色体，有7个外显子。CYPlAl的主要编码产物芳烃轻化酶(aryl hy2drocarbon hydroxlylase, AHH),是代谢激活烟草中多种前致癌物如多环芳经(polycyclic aromatic hydro-carbons, PAHs)和芳香胺的主要酶类，主要在肺组织中表达，CYPlAl基因多态性与肿瘤的关系正日益受到重视。本发明目标检测的CYPlAl基因多态性位点，如表所示
权利要求
1.一种CYPlAl基因多态性检测液相芯片，其特征是，包括有 (A).针对CYPlAl基因不同多态性位点分别设计的野生型和突变型的ASPE引物每种ASPE引物由5’端的tag序列和3’端针对目的基因多态性位点的特异性引物序列组成，所述特异性引物序列为:针对T109C位点的SEQ ID NO. 17及SEQ ID NO. 18 ;针对T97C位点的SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20 ;针对 133_134insT位点的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22 ；针对 T201A 位点的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ ID NO. 24 ;针对 C240A 位点的 SEQ ID NO. 25 及SEQ ID NO. 26 ;针对 A242G 位点的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28 ;针对 C248A 位点的 SEQID NO. 29 及 SEQ ID NO. 30 ;和 / 或针对 G135T 位点的 SEQ ID NO. 31 和 SEQ ID NO. 32 ;所述 tag 序列选自 SEQ ID NO. I SEQ ID NO. 16 ； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 33 SEQ ID NO. 48，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).用于扩增出需要检测的、具有相应多态性位点的目标序列的引物。
2.根据权利要求I所述的CYPlAl基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述扩增引物为针对 T109C 位点的 SEQ ID NO. 49 和 SEQ ID NO. 50 ;针对 T97C 位点的 SEQ ID NO. 51 和SEQ ID NO. 52 ;针对 133-134insT、T201A、C240A、A242G、C248A 位点的 SEQ ID NO. 53 和 SEQID NO. 54 ;和 / 或针对 G135T 位点的 SEQ ID NO. 55 和 SEQ ID NO. 56。
3.根据权利要求I所述的CYPlAl基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述ASPE引物为针对T109C位点的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 17组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对T97C位点的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 19组成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对133_134insT位点的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 22组成的序列；针对T201A位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 24组成的序列；针对C240A位点的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 26组成的序列；针对A242G位点的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 27组成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ ID NO. 28组成的序列；针对C248A位点的由SEQ ID NO. 13和SEQ ID NO. 29组成的序列及由SEQ ID NO. 14和SEQ ID NO. 30组成的序列；和/或针对G135T 位点的由 SEQ ID NO. 15 和 SEQ ID NO. 31 组成的序列及由 SEQ ID NO. 16 和 SEQ IDNO. 32组成的序列。
4.根据权利要求I所述的CYPlAl基因多态性检测液相芯片，其特征是， (A).所述ASPE引物为针对T109C位点的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 17组成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ ID NO. 18组成的序列；针对T97C位点的由SEQ ID NO. 3和SEQID NO. 19组成的序列及由SEQ ID N0.4和SEQ ID NO. 20组成的序列；针对133_134insT位点的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 21组成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 22组成的序列；针对T201A位点的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 23组成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 24组成的序列；针对C240A位点的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 25组成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 26组成的序列；针对A242G位点的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 27组成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ ID NO. 28组成的序列；针对C248A位点的由 SEQ ID NO. 13 和 SEQ ID NO. 29 组成的序列及由 SEQ ID NO. 14 和 SEQ ID NO. 30组成的序列；和针对G135T位点的由SEQ ID NO. 15和SEQ ID NO. 31组成的序列及由SEQID NO. 16和SEQ ID NO. 32组成的序列。
(B).有anti-tag序列包被的、具有不同颜色编码的微球,所述anti-tag序列与微球连接中间还设有间隔臂序列；所述anti-tag序列选自SEQ ID NO. 33 SEQ ID NO. 48，且所述anti-tag序列能相应地与(A)中所选的tag序列互补配对； (C).所述扩增引物为针对T109C位点的SEQID NO. 49和SEQ ID NO. 50 ;针对T97C位点的 SEQ ID NO. 51 和 SEQ ID NO. 52 ;针对 133_134insT、T201A、C240A、A242G、C248A 位点的 SEQ ID NO. 53 和 SEQ ID NO. 54 ;和针对 G135T 位点的 SEQ ID NO. 55 和 SEQ ID NO. 56。
5.根据权利要求1-4任一项所述的CYPlAl基因多态性检测液相芯片，其特征是，所述间隔臂为5-10个T。
6.一种用于CYPlAl基因多态性检测的特异性引物，其特征是，所述特异性引物序列为:针对 T109C 位点的 SEQ ID NO. 17 和 SEQ ID NO. 18 ;针对 T97C 位点的 SEQ ID NO. 19 和SEQ ID NO. 20 ;针对 133_134insT 位点的 SEQ ID NO. 21 和 SEQ ID NO. 22 ;针对 T201A 位点的 SEQ ID NO. 23 和 SEQ ID NO. 24 ;针对 C240A 位点的 SEQ ID NO. 25 和 SEQ ID NO. 26 ;针对 A242G 位点的 SEQ ID NO. 27 和 SEQ ID NO. 28 ;针对 C248A 位点的 SEQ ID NO. 29 和 SEQID NO. 30 ;和 / 或针对 G135T 位点的 SEQ ID NO. 31 和 SEQ ID NO. 32。
全文摘要
本发明公开了一种CYP1A1基因检测液相芯片和特异性引物，该液相芯片主要包括有每种由5’端的tag序列和3’端针对目的基因突变位点的特异性引物序列组成的ASPE引物，所述特异性引物序列为针对T109C位点的SEQ ID NO.17和SEQ ID NO.18；针对T97C位点的SEQ ID NO.19和SEQ ID NO.20；针对133-134insT位点的SEQ ID NO.21和SEQ ID NO.22；针对T201A位点的SEQ ID NO.23和SEQ ID NO.24；针对C240A位点的SEQ ID NO.25和SEQ ID NO.26；针对A242G位点的SEQ ID NO.27和SEQ ID NO.28；针对C248A位点的SEQ ID NO.29和SEQ ID NO.30；和/或针对G135T位点的SEQ ID NO.31和SEQ ID NO.32；有anti-tag序列包被的微球；扩增引物。本发明所提供的检测液相芯片的检测结果与测序法的吻合率高达100％，实现多个突变位点的野生型和突变型并行检测。
文档编号C12Q1/68GK102912001SQ20111021903
公开日2013年2月6日 申请日期2011年8月2日 优先权日2011年8月2日
发明者许嘉森, 何嘉英 申请人:广州益善生物技术有限公司