用于测定人免疫缺陷病毒（hiv）的方法、组合物和试剂盒的制作方法
【专利摘要】本发明涉及组合物、方法和试剂盒，它们用于测定样品中存在或不存在HIV，特别是用于测定HIV-1M组、HIV-1O组和/或HIV-2，特别是用于同时测定HIV-1M组、HIV-1O组和HIV-2。
【专利说明】用于测定人免疫缺陷病毒(HIV)的方法、组合物和试剂盒
【技术领域】
[0001]本发明涉及HIV并且包括用于检测它的方法、组合物和试剂盒。
【背景技术】
[0002]由于其遗传物质中的频繁突变，人免疫缺陷病毒(HIV)是一种遗传上多变的病毒。存在两种主要的基因型并且被指定为I型和2型。HIVl型(HIV-1)在世界范围内是最普遍的并且被分为多个组和多个亚型，其中M组B亚型是最常见的。在美国，HIV-1M组的其他常见的亚型是:A、C、D、F和G。此外，这些亚型的基因组重组自然出现，产生了病毒的循环重组形式(HIV CRF)ο两种最常见的CRF是CRFOl (AE)和CRF02 (AG)。据信与M组和HIV-2相比，HIV-10组较不常见。 [0003]实现多种遗传变异体检测的一种常用的成熟方法是由保守的基因组区域设计探针或，如果不可行的话，则设计各自具有不同特异性的多种探针。然而后一种方法可能会降低测定灵敏度。
[0004]生物学测试检测大范围的病原体的遗传变异体的能力被定义为特异性。具有高特异性的测试能够在一次测试运行中检测大量的遗传变异体并且因此是理想的，因为它们提供了高水平的病原体安全性并且节约成本。测试灵敏度被定义为每单位样品能够检出的病原体的最低浓度，并且常常数字地表示为LOD (检出限)。LOD越低测试灵敏度越高。测试灵敏度和特异性通常被认为是互斥的，因为可能难以开发出一种兼具高灵敏性和高特异的生物学检测。
[0005]因此，仍然需要用于检测HIV的组合物和方法。
【发明内容】
[0006]一方面，提供了包括如下列出的核苷酸序列或其互补序列的分离的核酸分子:
[0007]5， -agg ccc tgc atg tac tgg gtg_3，(SEQ ID NO:1)；
[0008]5，-agg tcc tgc ctg tac tgg atg_3，(SEQ ID NO:2)；
[0009]5，-agg ccc tgc ctg ctg tgg atg_3，(SEQ ID NO:3)；
[0010]5， -agg tcc tgc atg cac tgg atg_3，(SEQ ID NO:4)；
[0011]5，-agg ccc tgc atg tac tgg atg_3，(SEQ ID NO:5);或
[0012]5， -tcc ctt ate tgc cct ggt ggt aac gg-3， (SEQ ID NO:6)。
[0013]另一方面，本发明提供了包括如下列出的核苷酸序列的分离的核酸分子:
[0014]5，-agg pcc tgc mtg pwc tgg atg_3，(SEQ ID NO:7)；
[0015]其中P=通用核苷酸；m=a或c ;并且w=a或t。
[0016]在一些方面，本发明提供了包括如下列出的核苷酸序列的分离的核酸分子:
[0017]5，-agg pnn tgn atg pan tgg atg_3，(SEQ ID NO:8);或
[0018]5，-agg pnn tgn ntg ptn tgg atg_3，(SEQ ID NO:9)；
[0019]其中p=通用核苷酸并且η=具有C-5修饰的胞苷或胞苷类似物。[0020]在其他方面，本发明提供了包括如下列出的核苷酸序列的分离的核酸分子:
[0021]5’ -agg pnn tgn atg pan tgg atg_3，(SEQ ID NO: 10);或
[0022]5， -agg pnn tgn ntg ptn tgg atg_3，(SEQ ID NO:11)；
[0023]其中p=通用核苷酸并且n=具有C-5修饰的胞苷类似物。
[0024]在更进一步的方面，本发明提供了包括如下列出的核苷酸序列的分离的核酸分子:
[0025]5，-agg pcc tgc atg pac tgg atg_3，(SEQ ID NO: 12);或
[0026]5， -agg pcc tgc ctg ptc tgg atg_3，(SEQ ID NO:13)；
[0027]其中p=通用核苷酸。
[0028]在其他方面，本发明提供了包括如下列出的核苷酸序列的分离的核酸分子:
【权利要求】
1.一种分尚的核酸分子,包括以下列出的核苷酸序列: 5， -agg pnn tgn atg pan tgg atg_3，(SEQ ID NO:10);或 5， -agg pnn tgn ntg ptn tgg atg_3，(SEQ ID NO:11)； 其中P=通用核苷酸并且η=具有C-5修饰的胞苷类似物。
2.根据权利要求1所述的分离的分子，其中，P是6H，8H-3，4-二氢嘧啶并[4，5_c][1,2]噁嗪-7-酮，其中η是5-(1-丙炔基)-2’ -脱氧胞苷。
3.根据权利要求1所述的分离的分子，其中，用FAM/BHQ-1标记所述分子。
4.一种包括权利要求1所述的分子的组合物，其中，所述组合物进一步包括具有在SEQID NO: 14中列出的序列的第一正向引物和具有在SEQ ID NO: 15中列出的序列的第一反向引物，其中所述第一正向引物和所述第一反向引物在PCR条件下各自能够退火至目标序列从而来扩增所述目标序列。
5.根据权利要求4所述的组合物，其中，所述组合物进一步包括:具有在SEQID NO:6中列出的序列的寡核苷酸探针、具有在SEQ ID NO: 16中列出的序列的第二正向引物和具有在SEQ ID NO:17中列出的序列的第一反向引物。
6.一种用于扩增目标序列的方法，所述方法包括: 使权利要求4所述的组合物与所述目标序列在PCR条件下接触。
7.一种用于测定样品中的HIV的方法，所述方法包括: (a)用在样品中的核酸模板、使用包括在SEQID NO: 14中列出所述序列的正向引物和包括在SEQ ID NO: 15中列所述序列的反向引物进行PCR;以及 (b)使由所述正向引物和所述反向引物产生的扩增子与具有包括在SEQID NO: 10中列出所述序列的第一寡核苷酸和包括在SEQ ID NO: 11中列出所述序列的第二寡核苷酸的接触，其中所述扩增子的检测表示在所述样品中存在所述HIV。
8.一种包括权利要求1所述的分离的分子的试剂盒。
9.一种包括权利要求4所述的组合物的试剂盒。
10.一种包括权利要求5所述的组合物的试剂盒。
【文档编号】C12Q1/68GK103635575SQ201280028651
【公开日】2014年3月12日 申请日期:2012年6月14日 优先权日:2011年6月15日
【发明者】达努塔·夫龙斯卡, 凯瑟琳·舒斯特, 莱斯利·特雷姆利特 申请人:盖立复治疗公司