猪13号染色体上与产仔数相关的snp位点及其引物的制作方法
【专利摘要】本发明涉及与猪产仔数性状相关的SNP位点，具体涉及猪13号染色体上一个与产仔数相关的SNP位点及其引物，属生物【技术领域】。该SNP位点为基因组版本NCBI?Build?Sscrofa10.2的Chr13:11714625；该位点的等位基因为T和C，有C/C、T/C和T/T三种基因型，该位点及其侧翼序列如SEQ?ID?NO:1所示。扩增该分子标记位点的引物及延伸引物为：Chr13-2-PCRU：5’-ATA?ACC?CTG?TTA?CAT?TAC?CCT?ATA?TTC?C-3’；Chr13-2-PCRL：5’-AAA?AGT?AAA?ATA?TGA?CTG?TTT?GGA?AGG-3’；Chr13-2-SNPU：5’-TGA?CTG?ACT?GAC?TGA?CTG?ACT?GAC?TGC?ATA?GTA?GAC?CAG?CTC?CCC?TAT?TT-3’。带有T/T基因型的猪产仔数高于T/C和C/C基因型。本发明的有益效果在于：运用全基因组重测序方法，能够快速、批量地筛选与性状相关的SNP位点或候选基因，Chr13:11714625这个位点能够作为遗传标记用于猪的遗传育种提高母猪的产仔数。
【专利说明】猪13号染色体上与产仔数相关的SNP位点及其引物
【技术领域】:
[0001]本发明涉及与猪产仔数性状相关的SNP位点，具体涉及猪13号染色体上一个与产仔数相关的SNP位点及其引物，属生物【技术领域】。
【背景技术】:
[0002]猪的产仔数性状是猪繁殖性状的主要组成部分，提高猪产仔数对提高养猪业的总体经济效益意义重大。但产仔数属于遗传力很低的数量性状，难以用常规育种技术进行遗传改良。我国的太湖猪以高产而闻名，窝产仔数比大多数其它中国地方猪种以及国外猪种的窝产仔数多4-5头(《中国猪品种志》张仲葛主编，上海科技出版社，1986)。二花脸猪是太湖猪的一种，是世界上繁殖力最高的猪种。太湖猪中与高产仔数相关的多态位点，能够作为遗传标记用于提高母猪的产仔数。
[0003]国内外研究人员采用全基因组扫描和候选基因的方法对产仔数性状进行QTL定位及候选基因的研究。Li 等人(Li, K., J.Ren, et al.Anim Genet.2009.40(6): 963-966)利用覆盖了猪19条染色体的183个微卫星标记对与猪产仔数相关的总产仔数，产活仔数，产死仔数进行QTL (Quantitative Trait Locus,数量性状基因座)定位。他们研究了 299个杜洛克猪与中国二花脸猪杂交的F2代，在6，7，8和15号染色体上定位了与总产仔数，产活仔数和产死仔数相关的QTL。
[0004]Rothschild 等(Rothischild, M.，Jacobson, D.et al.Proc Natl Acad Sci U SA.1996.93(1):201-205)通过候选基因法，利用包括中国梅山系太湖猪在内的两个极端品种杂交，发现I号染色体上雌激素受体座位的一个基因(ESR)与高产仔数主效基因连锁。通过雌激素受体基因座位的RFLPs分析，认为具有3.7kb条带的纯合型母猪(BB型)比具有4.3kb条带的纯合型母猪`(AA型)初产时要多2.3头(P〈0.01)，每胎平均多产1.5头(Ρ〈0.01)。目前已报道与产仔数相关的基因还有0PN(US6410227B1)，PRLR(Tomas, A.，J.Casellas, et al.J Anim Sc1.2006.84 (8): 1991-1998), FSHβ (Zhao, Y.Li N, et al.SciChina C Life Sc1.1998.41(6):664-668)和 RBP4(Spotter, A.，S.Muller, et al.ReprodDomest Anim.2009.44(1):100-105)等。
[0005]应用QTL定位方法可以定位与性状紧密连锁的区域，但是需要研究几代家系的很多个体，周期长，费时费力，在一般的实验室无法完成，而且有些QTL定位很宽泛。利用候选基因法对性状进行研究，相对来说简单直接，但是利用候选基因法主要研究的是外显子区域的突变，而很多发挥重要功能的突变很可能在内含子或者其它功能区域；有些复杂性状是受到多基因调控的；不能检出所有的QTL，而且有些用候选基因法研究的基因并没有找到QTL的定位。
[0006]随着技术的发展和成熟，基因组及基因注释越来越完善。由于测序技术的快速发展，测序成本的降低，能够利用全基因组测序或者转录组测序对性状相关基因或突变位点进行批量筛选。本发明选择二花脸猪(太湖猪的一种)，藏猪，巴马香猪，莱芜猪，滇南小耳猪等5个中国地方猪种以及野猪进行了全基因组重测序。希望从中筛选出与高产仔数相关的SNPs (single nucleotide polymorphisms,单核苷酸多态性)位点作为遗传标记用于猪的遗传育种，以提高母猪的产仔数。
【发明内容】
:
[0007]本发明的目的是提供猪13号染色体上一个与产仔数相关的SNP位点及其引物。
[0008]本发明选择了二花脸猪(太湖猪的一种)，藏猪，巴马香猪，莱芜猪，及滇南小耳猪5个中国地方猪种以及野猪进行了全基因组重测序。6个猪种的重测序个体数分别为11个，11个，9个，10个，10个和10个。重测序数据跟参考基因组(NCBI Build Sscrofal0.2)进行比对，利用SAMTools软件进行SNPs位点的提取。发明人比较了二花脸猪与其它5个猪种，在13号染色体上发现一个SNP位点(基因组版本NCBI Build Sscrofal0.2的Chrl3:11714625)与猪的产仔数相关。该位点的等位基因为T和C，有C/C、T/C和T/T三种基因型。该位点及其侧翼序列(SEQ ID NO:1)为:
[0009]
【权利要求】
1.猪13号染色体上一个与产仔数相关的SNP位点，其特征在于:该SNP位点为基因组版本 NCBI Build Sscrofal0.2 的 Chrl3:11714625，该位点的等位基因为 T 和 C，有 C/C、T/C和T/T三种基因型。
2.权利要求1的SNP位点，其中所述三种基因型特征在于:带有T/T基因型的猪产仔数高于带有T/C和C/C基因型的猪。
3.权利要求1的SNP位点，其中所述等位基因T为提高猪产仔数的有益等位基因。
4.权利要求1的SNP位点，其特征在于:该SNP位点及其侧翼序列如SEQID NO:1所/Jn ο
5.权利要求1-4的SNP位点，其中所述猪为太湖猪的后代。
6.以猪的DNA为模板扩增包含权利要求1-5所述SNP位点在内的核苷酸序列片段。
7.以猪的DNA为模板对包含权利要求1-5所述SNP位点在内的核苷酸序列片段进行测序。
8.扩增权利要求1所述SNP位点的引物及延伸引物为:
Chrl3-2-PCRU:5’ -ATA ACC CTG TTA CAT TAC CCT ATA TTC C-3’ ；
Chrl3-2-PCRL:5’ - AAA AGT AAA ATA TGA CTG TTT GGA AGG-3’ ；
Chrl3-2-SNPU:5’ -TGA CTG ACT GAC TGA CTG ACT GAC TGC ATA
GTA GAC CAG CTC CCC TAT TT-3’。
【文档编号】C12N15/11GK103757003SQ201310727898
【公开日】2014年4月30日 申请日期:2013年12月26日 优先权日:2013年12月26日
【发明者】张亚平, 黄路生, 谢海兵, 任军, 艾华水, 徐丹 申请人:中国科学院昆明动物研究所, 江西农业大学