一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒的制作方法
【专利摘要】本发明公开了一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试剂盒。所述试剂盒包括元件甲和元件乙；元件甲由用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rs11076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rs13041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rs10863790的SNP的物质和用于检测rs号为rs1044516的SNP的物质组成。元件乙为通用芯片。本发明的试剂盒可以快速、准确地检测多个SNP位点，降低非综合征性唇腭裂的发生。
【专利说明】一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点 及检测试剂盒
【技术领域】
[0001] 本发明涉及一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点及检测试 剂盒。
【背景技术】
[0002] 非综合征性唇腭裂是一种口腔颌面部畸形，它的发病率约为1/700,是人类最常见 的先天性畸形之一。它不仅影响患者的面容，而且给患者及其家庭造成极大的精神负担和 严重的心理障碍。目前，国际上普遍认为非综合征性唇腭裂是一种复杂的多基因遗传病，是 遗传因素和环境因素综合作用的结果。
[0003] 单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，SNP)是由单个核苷酸的改 变而引起的DNA序列的改变，造成染色体基因组的多样性。SNP分布广、密度高，已成为继限 制性片段长度多态性（RFLP)标志和微卫星即短串联重复（STR)标志后的第三代遗传标志， 在肿瘤、糖尿病等复杂疾病的研究中起重要作用。其中，全基因组关联分析（Genome Wide Association Study，GWAS)是研究这类复杂疾病易感基因的重要手段。
[0004] 非综合征性唇腭裂作为一种复杂的多基因遗传病，其发病原因复杂，涉及的基因 数量较多，是多个遗传变异位点与环境因子共同作用的结果。根据国际上公开报道的非综 合征性唇腭裂GWAS成果，已有TGF、IRF6等多个基因的SNP位点与非综合征性唇腭裂相关。 因此，在中国人群中研究非综合征性唇腭裂的易感基因，并且对相关易感位点进行检测对 于提高我国人口素质，降低综合征性唇腭裂的发生率具有重要意义。
【发明内容】
[0005] 本发明的目的是提供一组用于检测非综合征性唇腭裂遗传易感性的多态性位点 及检测试剂盒。
[0006] 本发明提供了一种辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂 盒，包括用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质。
[0007] 所述试剂盒还包括用于检测rs号为rsll076790的SNP的物质、用于检测rs号 为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为 rs742214的SNP的物质中的一种或几种。
[0008] 所述试剂盒具体可包括元件甲；所述元件甲由用于检测rs号为rs8049367的SNP 的物质、用于检测rs号为rsll076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的 物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rsl3041247的SNP的 物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物 质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质 和用于检测rs号为rsl044516的SNP的物质组成。
[0009] 所述试剂盒还可包括元件乙；所述元件乙为分别固定有20种探针的通用芯片；所 述20种探针均为单链DNA分子，通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签；所述tagB标签 为tagBl标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、tagB7标签、 tagB8 标签、tagB9 标签、tagB 10 标签、tagB 11 标签、tagB 12 标签、tagB 13 标签、tagB 14 标 签、tagB 15标签、tagB 16标签、tagB 17标签、tagB 18标签、tagB 19标签或tagB20标签；所 述tagBl标签与序列表的序列1自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB2标签 与序列表的序列3自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB3标签与序列表的序 列6自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB4标签与序列表的序列8自5'末端 第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB5标签与序列表的序列10自5'末端第1至25位 核苷酸反向互补；所述tagB6标签与序列表的序列12自5'末端第1至25位核苷酸反向互 补；所述tagB7标签与序列表的序列13自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB8 标签与序列表的序列16自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB9标签与序列表 的序列17自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagBlO标签与序列表的序列19自 5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagBll标签与序列表的序列21自5'末端第1 至25位核苷酸反向互补；所述tagB12标签与序列表的序列23自5'末端第1至25位核苷 酸反向互补；所述tagB13标签与序列表的序列26自5'末端第1至25位核苷酸反向互补； 所述tagB14标签与序列表的序列28自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB15 标签与序列表的序列30自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB16标签与序列 表的序列31自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB17标签与序列表的序列34 自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB18标签与序列表的序列36自5'末端第 1至25位核苷酸反向互补；所述tagB19标签与序列表的序列38自5'末端第1至25位核 苷酸反向互补；所述tagB20标签与序列表的序列40自5'末端第1至25位核苷酸反向互 补。
[0010] 所述试剂盒具体可由所述元件甲和所述元件乙组成。
[0011] 本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为 rsll076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为 rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种在制备 辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
[0012] 本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为 rsll076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号 为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rsl3041247的SNP的物质、用于检测rs号 为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为 rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质和用于检测rs号为 rsl044516的SNP的物质在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试 剂盒中的应用。
[0013] 本发明还保护用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为 rsll076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号 为rs2235371的SNP的物质、用于检测rs号为rsl3041247的SNP的物质、用于检测rs号 为rs7078160的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为 rs742214的SNP的物质、用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质、用于检测rs号为 rsl044516的SNP的物质和分别固定有20种探针的通用芯片在制备辅助评价待测者发生非 综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用；
[0014] 所述20种探针均为单链DNA分子，通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签；所 述tagB标签为tagBl标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6标签、 tagB7 标签、tagB8 标签、tagB9 标签、tagBlO 标签、tagBll 标签、tagB12 标签、tagB13 标签、 tagB14 标签、tagB 15 标签、tagB 16 标签、tagB 17 标签、tagB 18 标签、tagB 19 标签或 tagB20 标签；所述tagBl标签与序列表的序列1自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB2 标签与序列表的序列3自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB3标签与序列表 的序列6自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB4标签与序列表的序列8自5' 末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB5标签与序列表的序列10自5'末端第1至25 位核苷酸反向互补；所述tagB6标签与序列表的序列12自5'末端第1至25位核苷酸反 向互补；所述tagB7标签与序列表的序列13自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述 tagB8标签与序列表的序列16自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB9标签与 序列表的序列17自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagBlO标签与序列表的序 列19自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagBll标签与序列表的序列21自5' 末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB12标签与序列表的序列23自5'末端第1至 25位核苷酸反向互补；所述tagB13标签与序列表的序列26自5'末端第1至25位核苷酸 反向互补；所述tagB14标签与序列表的序列28自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所 述tagB15标签与序列表的序列30自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB16标 签与序列表的序列31自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB17标签与序列表 的序列34自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB18标签与序列表的序列36自 5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB19标签与序列表的序列38自5'末端第1 至25位核苷酸反向互补；所述ta gB20标签与序列表的序列40自5'末端第1至25位核苷 酸反向互补。
[0015] 以上任一所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一 对为序列表的序列25所不的单链DNA分子和序列表的序列26所不的单链DNA分子组成的 引物对，其中另一对为序列表的序列27所不的单链DNA分子和序列表的序列28所不的单 链DNA分子组成的引物对。
[0016] 以上任一所述用于检测rs号为rsll076790的SNP的物质由两对引物组成，其中 一对为序列表的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成 的引物对，其中另一对为序列表的序列23所不的单链DNA分子和序列表的序列24所不的 单链DNA分子组成的引物对。
[0017] 以上任一所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成，其中一 对为序列表的序列29所不的单链DNA分子和序列表的序列30所不的单链DNA分子组成的 引物对，其中另一对为序列表的序列31所不的单链DNA分子和序列表的序列32所不的单 链DNA分子组成的引物对。
[0018] 以上任一所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成，其中一 对为序列表的序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的 引物对，其中另一对为序列表的序列11所不的单链DNA分子和序列表的序列12所不的单 链DNA分子组成的引物对。
[0019] 以上任一所述用于检测rs号为rsl3041247的SNP的物质由两对引物组成，其中 一对为序列表的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成 的引物对，其中另一对为序列表的序列39所不的单链DNA分子和序列表的序列40所不的 单链DNA分子组成的引物对。
[0020] 以上任一所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成，其中一 对为序列表的序列33所不的单链DNA分子和序列表的序列34所不的单链DNA分子组成的 引物对，其中另一对为序列表的序列35所不的单链DNA分子和序列表的序列36所不的单 链DNA分子组成的引物对。
[0021] 以上任一所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成，其中一 对为序列表的序列17所不的单链DNA分子和序列表的序列18所不的单链DNA分子组成的 引物对，其中另一对为序列表的序列19所不的单链DNA分子和序列表的序列20所不的单 链DNA分子组成的引物对。
[0022] 以上任一所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成，其中一 对为序列表的序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引 物对，其中另一对为序列表的序列7所不的单链DNA分子和序列表的序列8所不的单链DNA 分子组成的引物对。
[0023] 以上任一所述用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质由两对引物组成，其中 一对为序列表的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成 的引物对，其中另一对为序列表的序列15所不的单链DNA分子和序列表的序列16所不的 单链DNA分子组成的引物对。
[0024] 以上任一所述用于检测rs号为rsl044516的SNP的物质由两对引物组成，其中一 对为序列表的序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引 物对，其中另一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA 分子组成的引物对。
[0025] 每对引物中的一条引物的末端具有突光标记，例如在5'末端具有TAMRA突光标 记。
[0026] 对于rs号为rs8049367的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rsll076790 的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rs4791774的SNP来说G为风险等位基因。对 于rs号为rs2235371的SNP来说C为风险等位基因。对于rs号为rsl3041247的SNP来 说T为风险等位基因。对于rs号为rs7078160的SNP来说A为风险等位基因。对于rs号 为rs596731的SNP来说G为风险等位基因。对于rs号为rs742214的SNP来说C为风险等 位基因。对于rs号为rsl0863790的SNP来说A为风险等位基因。对于rs号为rsl044516 的SNP来说C为风险等位基因。对于某个SNP来说，如果非综合征性唇腭裂患者携带某个 等位基因的频率高于健康者携带该等位基因的频率，该等位基因为风险等位基因。
[0027] 在非综合征性唇腭裂的遗传风险性的研究领域，目前还没有针对中国人群进行大 规模、系统性地研究。本发明的发明人对极大样本量的中国人群进行研究，一方面发现了若 干新的与非综合征性唇腭裂相关的SNP位点，另一方面验证了已被报道的若干SNP位点与 非综合征性唇腭裂的关联。本发明的发明人进一步提供了用于评价非综合征性唇腭裂的遗 传风险性的基于10个SNP位点的引物对，以及包括引物对和通用芯片的试剂盒。非综合征 性唇腭裂作为一种复杂的多基因遗传病，其涉及的易感位点较多，传统的SNP检测方法通 量较低。本发明提供的试剂盒支持高通量，可以快速、准确地检测多个SNP易感位点，对中 国人群进行非综合征性唇腭裂易感性的筛查，能有效地起到风险预警、早期诊断的作用，从 而预防和降低非综合征性唇腭裂的发生。
【专利附图】
【附图说明】
[0028] 图1为通用芯片的点阵排布示意图。
[0029] 图2为第一位待测者的检测结果。
[0030] 图3为第二位待测者的检测结果。
[0031] 图4为第三位待测者的检测结果。
[0032] 图5为第四位待测者的检测结果。
【具体实施方式】
[0033] 以下的实施例便于更好地理解本发明，但并不限定本发明。下述实施例中的实验 方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自 常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平 均值。
[0034] 实施例1、10个SNP位点与非综合征性唇腭裂的遗传风险的关联分析
[0035] 通过全基因组关联分析，在中国人群（5646位知情同意的志愿者，其中非综合征 性唇腭裂患者2521位，健康者3125位）中确立了 10个SNP位点与非综合征性唇腭裂的遗 传风险的相关性。10个SNP位点的信息和关联分析结果见表1。
[0036] 表 1
[0037]
【权利要求】
1. 一种辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒，包括用于检测 rs号为rs8049367的SNP的物质。
2. 如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述用于检测rs号为rs8049367的SNP 的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列 26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另一对为序列表的序列27所示的单链DNA分子 和序列表的序列28所示的单链DNA分子组成的引物对。
3. 如权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括用于检测rs号为 rsll076790的SNP的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为 rs596731的SNP的物质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种。
4. 如权利要求3所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包括元件甲；所述元件甲由用 于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rsll076790的SNP的物质、用 于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质、用于 检测rs号为rsl3041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质、用于 检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、用于检测 rs号为rsl0863790的SNP的物质和用于检测rs号为rsl044516的SNP的物质组成。
5. 如权利要求4所述的试剂盒，其特征在于： 所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列27所不的单链DNA分子和序列表的序列28所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rsll076790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列23所不的单链DNA分子和序列表的序列24所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列31所不的单链DNA分子和序列表的序列32所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成 的引物对； 所述用于检测rs号为rsl3041247的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列39所不的单链DNA分子和序列表的序列40所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列35所不的单链DNA分子和序列表的序列36所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列19所不的单链DNA分子和序列表的序列20所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列7所不的单链DNA分子和序列表的序列8所不的单链DNA分子组成的 引物对； 所述用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列15所不的单链DNA分子和序列表的序列16所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rsl044516的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的 引物对。
6.如权利要求5所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括元件乙；所述元件乙为 分别固定有20种探针的通用芯片； 所述20种探针均为单链DNA分子，通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签； 所述tagB标签为tagBl标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6 标签、tagB7 标签、tagB8 标签、tagB9 标签、tagBlO 标签、tagBll 标签、tagB12 标签、tagB13 标签、tagB 14标签、tagB 15标签、tagB 16标签、tagB 17标签、tagB 18标签、tagB 19标签或 tagB20丨不签； 所述tagBl标签与序列表的序列1自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB2 标签与序列表的序列3自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB3标签与序列表 的序列6自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB4标签与序列表的序列8自5' 末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB5标签与序列表的序列10自5'末端第1至25 位核苷酸反向互补；所述tagB6标签与序列表的序列12自5'末端第1至25位核苷酸反 向互补；所述tagB7标签与序列表的序列13自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述 tagB8标签与序列表的序列16自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB9标签与 序列表的序列17自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagBlO标签与序列表的序 列19自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagBll标签与序列表的序列21自5' 末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB12标签与序列表的序列23自5'末端第1至 25位核苷酸反向互补；所述tagB13标签与序列表的序列26自5'末端第1至25位核苷酸 反向互补；所述tagB14标签与序列表的序列28自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所 述tagB15标签与序列表的序列30自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB16标 签与序列表的序列31自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB17标签与序列表 的序列34自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB18标签与序列表的序列36自 5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB19标签与序列表的序列38自5'末端第1 至25位核苷酸反向互补；所述tagB20标签与序列表的序列40自5'末端第1至25位核苷 酸反向互补。
7. 如权利要求4或5或6所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒还包括记载有如下 评判标准的载体： 对于rs号为rs8049367的SNP来说C为风险等位基因；对于rs号为rsll076790的 SNP来说C为风险等位基因。；对于rs号为rs4791774的SNP来说G为风险等位基因；对 于rs号为rs2235371的SNP来说C为风险等位基因；对于rs号为rsl3041247的SNP来 说T为风险等位基因；对于rs号为rs7078160的SNP来说A为风险等位基因；对于rs号为 rs596731的SNP来说G为风险等位基因；对于rs号为rs742214的SNP来说C为风险等位 基因；对于rs号为rsl0863790的SNP来说A为风险等位基因；对于rs号为rsl044516的 SNP来说C为风险等位基因。
8. 用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rsll076790的SNP的 物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物 质和用于检测rs号为rs742214的SNP的物质中的一种或几种在制备辅助评价待测者发生 非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
9. 用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rsll076790的SNP的 物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的物 质、用于检测rs号为rsl3041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物 质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、 用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质和用于检测rs号为rsl044516的SNP的物质 在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风险性的试剂盒中的应用。
10. 如权利要求9所述的应用，其特征在于： 所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列27所不的单链DNA分子和序列表的序列28所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rsll076790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列23所不的单链DNA分子和序列表的序列24所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列31所不的单链DNA分子和序列表的序列32所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成 的引物对； 所述用于检测rs号为rsl3041247的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列39所不的单链DNA分子和序列表的序列40所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列35所不的单链DNA分子和序列表的序列36所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列19所不的单链DNA分子和序列表的序列20所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列7所不的单链DNA分子和序列表的序列8所不的单链DNA分子组成的 引物对； 所述用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列15所不的单链DNA分子和序列表的序列16所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rsl044516的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的 引物对。
11.用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质、用于检测rs号为rsll076790的SNP 的物质、用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质、用于检测rs号为rs2235371的SNP的 物质、用于检测rs号为rsl3041247的SNP的物质、用于检测rs号为rs7078160的SNP的物 质、用于检测rs号为rs596731的SNP的物质、用于检测rs号为rs742214的SNP的物质、 用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质、用于检测rs号为rsl044516的SNP的物质和 分别固定有20种探针的通用芯片在制备辅助评价待测者发生非综合征性唇腭裂的遗传风 险性的试剂盒中的应用； 所述用于检测rs号为rs8049367的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列25所示的单链DNA分子和序列表的序列26所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列27所不的单链DNA分子和序列表的序列28所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rsll076790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列21所示的单链DNA分子和序列表的序列22所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列23所不的单链DNA分子和序列表的序列24所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rs4791774的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列29所示的单链DNA分子和序列表的序列30所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列31所不的单链DNA分子和序列表的序列32所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs2235371的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列9所示的单链DNA分子和序列表的序列10所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列11所示的单链DNA分子和序列表的序列12所示的单链DNA分子组成 的引物对； 所述用于检测rs号为rsl3041247的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列37所示的单链DNA分子和序列表的序列38所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列39所不的单链DNA分子和序列表的序列40所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rs7078160的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列33所示的单链DNA分子和序列表的序列34所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列35所不的单链DNA分子和序列表的序列36所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs596731的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列17所示的单链DNA分子和序列表的序列18所示的单链DNA分子组成的引物对，其中 另一对为序列表的序列19所不的单链DNA分子和序列表的序列20所不的单链DNA分子组 成的引物对； 所述用于检测rs号为rs742214的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列5所示的单链DNA分子和序列表的序列6所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列7所不的单链DNA分子和序列表的序列8所不的单链DNA分子组成的 引物对； 所述用于检测rs号为rsl0863790的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表 的序列13所示的单链DNA分子和序列表的序列14所示的单链DNA分子组成的引物对，其 中另一对为序列表的序列15所不的单链DNA分子和序列表的序列16所不的单链DNA分子 组成的引物对； 所述用于检测rs号为rsl044516的SNP的物质由两对引物组成，其中一对为序列表的 序列1所示的单链DNA分子和序列表的序列2所示的单链DNA分子组成的引物对，其中另 一对为序列表的序列3所示的单链DNA分子和序列表的序列4所示的单链DNA分子组成的 引物对； 所述20种探针均为单链DNA分子，通式为：NH2-TTTTTTTTTTTTTTT-tagB标签； 所述tagB标签为tagBl标签、tagB2标签、tagB3标签、tagB4标签、tagB5标签、tagB6 标签、tagB7 标签、tagB8 标签、tagB9 标签、tagBlO 标签、tagBll 标签、tagB12 标签、tagB13 标签、tagB 14标签、tagB 15标签、tagB 16标签、tagB 17标签、tagB 18标签、tagB 19标签或 tagB20丨不签； 所述tagBl标签与序列表的序列1自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB2 标签与序列表的序列3自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB3标签与序列表 的序列6自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB4标签与序列表的序列8自5' 末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB5标签与序列表的序列10自5'末端第1至25 位核苷酸反向互补；所述tagB6标签与序列表的序列12自5'末端第1至25位核苷酸反 向互补；所述tagB7标签与序列表的序列13自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述 tagB8标签与序列表的序列16自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB9标签与 序列表的序列17自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagBlO标签与序列表的序 列19自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagBll标签与序列表的序列21自5' 末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB12标签与序列表的序列23自5'末端第1至 25位核苷酸反向互补；所述tagB13标签与序列表的序列26自5'末端第1至25位核苷酸 反向互补；所述tagB14标签与序列表的序列28自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所 述tagB15标签与序列表的序列30自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB16标 签与序列表的序列31自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB17标签与序列表 的序列34自5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB18标签与序列表的序列36自 5'末端第1至25位核苷酸反向互补；所述tagB19标签与序列表的序列38自5'末端第1 至25位核苷酸反向互补；所述tagB20标签与序列表的序列40自5'末端第1至25位核苷 酸反向互补。
【文档编号】C12Q1/68GK104293968SQ201410573480
【公开日】2015年1月21日 申请日期:2014年10月23日 优先权日:2014年10月23日
【发明者】孙义民, 王怡瑞, 张岩, 徐友春, 邢婉丽, 程京 申请人:博奥生物集团有限公司, 清华大学