检测水稻稻瘟病菌基础抗性的基因型表达分子标记及应用的制作方法
【专利摘要】本发明提供了检测水稻稻瘟病菌基础抗性的基因型表达分子标记及应用，可用于水稻对稻瘟病菌基础抗性的鉴定。该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID No.1，利用本发明所述引物对，以水稻基因组DNA为模板进行PCR扩增，可以得到与水稻对稻瘟病菌基础抗性基因紧密连锁的基因型分子标记。通过PCR扩增分析可以明确该标记的有无可以判断水稻对稻瘟病菌基础抗性的有无，能够用于水稻对稻瘟病菌基础抗性有无的检测。该基因型分子标记带型简单、分布较密等特点具有SSR不可比拟的优势，能快速精确检测亚种内品种间的多态性，具有广阔的应用前景。
【专利说明】检测水稻稻瘟病菌基础抗性的基因型表达分子标记及应用
【技术领域】
[0001] 本发明涉及生物分子标记领域，特别涉及检测水稻稻瘟病菌基础抗性的基因型表 达分子标记及应用。
【背景技术】
[0002] 基因型是指生物的遗传型，即控制性状的基因组合类型，是生物体从它的亲本获 得全部基因的总和。一个生物体的性状是很多的，而控制这些性状的全部基因就称为生物 体基因型。但一般是指生物体被研究性状的有关基因组成，它是性状表现的内在因素，基因 型通过杂交实验来鉴定。如豌豆高杆的基因型可用DD或Dd表示，矮杆可用dd表示。
[0003] 尽管有大量的分子标记技术已经被开发用于植物抗性鉴定，但是对于通过开发基 因型分子标记来鉴定植物抗性的分子标记目前还没有报道，由于基因型决定表型，加之我 们已有芯片技术已发现大量的基因型是与水稻基础抗性相关，因此，开发基因型分子标记 能准确快速鉴定植物基础抗性，较其他中性分子标记更能直接准确判断水稻基础抗性。
【发明内容】
[0004] 为解决上述现有技术存在的问题，本发明的目的在于提供检测水稻稻瘟病菌基础 抗性的基因型表达分子标记及应用，可用于水稻对稻瘟病菌基础抗性的鉴定。利用本发明 的引物对，以水稻基因组DNA为模板进行PCR扩增，可以得到与水稻对稻瘟病菌基础抗性基 因紧密连锁的基因型分子标记，该标记在本发明中命名为M3。通过PCR扩增分析可以明确 该标记的有无可以判断水稻对稻瘟病菌基础抗性的有无，能够用于水稻对稻瘟病菌基础抗 性有无的检测。该基因型分子标记带型简单、分布较密等特点具有SSR不可比拟的优势，能 快速精确检测亚种内品种间的多态性，具有广阔的应用前景。本领域技术人员可以理解，在 水稻抗瘟性鉴定中，除了通过上述PCR扩增的方法获得本发明的分子标记外，也可以通过 传统的水稻人工接种水稻品种的抗瘟性鉴定方法得到本发明的分子标记。传统水稻抗瘟性 鉴定方法容易受环境条件特别是温度、湿度和人为因素的影响，而本发明的分子标记能够 克服环境条件的影响，提商鉴定的准确性和效率。
[0005] 为达到上述目的，本发明的技术方案为：
[0006] 一种检测水稻稻瘟病菌基础抗性的基因型表达分子标记，该分子标记的核苷酸序 列为 SEQ ID No. 1。
[0007] 进一步的，所述检测水稻稻瘟病菌基础抗性的基因型表达分子标记的引物对为：
[0008] Prim3-F ：TCGCATCAGCATTCAACGAAC ；
[0009] Prim3-R :CGAAGAGGTTCTCGCCGTAG。
[0010] 进一步的，所述检测水稻稻瘟病菌基础抗性的基因型表达分子标记的方法为：以 抗病和感病水稻总DNA为模板，用上述引物进行PCR扩增，PCR扩增条件为95°C预变性 3min、94°C变性lmin、55°C退火lmin、72°C延伸lmin，72°C延伸lOmin。扩增产物经3%琼脂 糖凝胶电泳检测，将目的条带的大小与分子标记进行对比，含有分子标记的水稻具备对稻 瘟病菌基础抗性。
[0011] 进一步的，所述分子标记在水稻稻瘟病菌基础抗性检测及鉴定方面的应用。
[0012] 相对于现有技术，本发明的有益效果为：
[0013] 本发明以水稻对稻瘟病菌基础抗性的基因型分子标记可用于水稻基础抗性鉴定。
[0014] 根据水稻对稻瘟病菌基础抗性侯选基因序列的特点，可以开发一定的基因型分子 标记。该分子标记解决了传统方法鉴定水稻基础抗性的方法，避免了传统方法鉴定水稻基 础抗性时受环境条件以及接种时人为因素的影响而使鉴定结果不准确，本发明的分子标记 具有快速、准确、不受环境和人为因素的干扰，能快速了解所鉴定的水稻品种是否具有基础 抗性。本发明以水稻对稻瘟病菌基础抗性的基因型分子标记可用于植物抗性基因的发掘等 方面。通过本发明的分子标记，可充分挖掘水稻基础抗性资源，为解决水稻抗瘟性育种资源 匮乏提供重要的信息。
【专利附图】
【附图说明】
[0015] 图1是基因型分子标记检测水稻品种Iiyub和丽江新团黑谷水稻品种电泳图。
[0016] 其中,M为Marker,泳道1为水稻品种Liyub,泳道2为水稻品种丽江新团黑谷,泳 道3为阴性对照。
【具体实施方式】
[0017] 下面结合附图及【具体实施方式】对本发明方案做进一步详细描述：
[0018] 本发明所用的水稻品种为云南传统地方品种月亮谷，该品种是一个中抗水稻品 种，通过稻瘟病菌强致病菌株接种该水稻品种后提取水稻总RNA，获得稻瘟病菌侵染月亮 谷转录组芯片，通过大量分析，发现月亮谷在受到稻瘟病菌侵染12h时，基因的表达量极 大地上调。在此基础上，设计了本发明所用的基因型表达分子标记M3,用于扩增水稻基因 0s07g0124900。具体步骤如下：
[0019] (1)分别提取一个抗病水稻品种月亮谷的基因组DNA和一个感病水稻品种丽江新 团黑谷的基因组DNA
[0020] (2)采用基因型表达分子标记Prim3引物对分别对抗病水稻品种基因组DNA和感 病水稻品种基因组DNA进行PCR扩增，PCR扩增条件为95°C预变性3min、94°C变性lmin、 55°C退火 lmin、72°C延伸 lmin，72°C延伸 lOmin。
[0021] (3)用3 %琼脂糖凝胶分离检测PCR产物。
[0022] (4)将PCR扩增产物进行测序，所得序列进行比对，分析所检测抗病水稻品种DNA 扩增产物基因型和感病水稻品种DNA扩增序列是否有无本发明所涉及得的基因型表达分 子标记，以判断水稻对稻瘟病菌基础抗性的有无。
[0023] 如图1所示，为本发明基因型分子标记检测水稻品种Iiyub和丽江新团黑谷水稻 品种电泳图。
[0024] 其中,M为Marker,泳道1为水稻品种Liyub,泳道2为水稻品种丽江新团黑谷,泳 道3为阴性对照。
[0025] 以上所述，仅为本发明的【具体实施方式】，但本发明的保护范围并不局限于此，任何 不经过创造性劳动想到的变化或替换，都应涵盖在本发明的保护范围之内。因此，本发明的 保护范围应该以权利要求书所限定的保护范围为准。
[0026]
【权利要求】
1. 一种检测水稻稻瘟病菌基础抗性的基因型表达分子标记，其特征在于，该分子标记 的核苷酸序列为SEQ ID No. 1。
2. 根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述检测水稻稻瘟病菌基础抗性的 基因型表达分子标记的引物对为： Prim3-F ：TCGCATCAGCATTCAACGAAC ； Prim3-R :CGAAGAGGTTCTCGCCGTAG。
3. 根据权利要求2所述的分子标记，其特征在于，所述检测水稻稻瘟病菌基础抗性的 基因型表达分子标记的方法为：以抗病和感病水稻总DNA为模板，用上述引物进行PCR扩 增，PCR扩增条件为95°C预变性3min、94°C变性lmin、55°C退火lmin、72°C延伸lmin，72°C 延伸lOmin，扩增产物经3%琼脂糖凝胶电泳检测，将目的条带的大小与分子标记进行对 t匕，含有分子标记的水稻具备对稻瘟病菌基础抗性。
4. 权利要求1-3任一权利要求所述分子标记在水稻稻瘟病菌基础抗性检测及鉴定方 面的应用。
【文档编号】C12Q1/68GK104404152SQ201410723122
【公开日】2015年3月11日 申请日期:2014年12月3日 优先权日:2014年12月3日
【发明者】李成云, 杨静, 梁美玲, 刘林, 朱有勇 申请人:云南农业大学