梯牧草变应原和用于调节免疫反应的方法和用途

梯牧草变应原和用于调节免疫反应的方法和用途
【专利摘要】本发明涉及梯牧草蛋白质和肽、其子序列、部分、同源物、变体及衍生物以及梯牧草蛋白质和肽的方法和用途。方法包括例如调节免疫反应；针对变态反应、过敏性疾病或变应性疾病保护受试者或治疗受试者；和在受试者中诱导针对变应原的免疫耐受性。
【专利说明】梯牧草变应原和用于调节免疫反应的方法和用途
[0001] 相关申请信息
[0002] 本申请要求2012年2月7日提交的申请系列号61/596, 156和2012年12月7日 提交的申请系列号61/734, 886的优先权，所述两份申请均通过引用的方式明确地完整并 入本文。
[0003] 政府咨助
[0004] 本发明接受来自美国国家健康研究所合同NIH-NIAIDHHSN272200700048C的政府 资助。美国政府在本发明中享有某些权利。
[0005] 序列表
[0006] 本申请含有已经通过EFS-Web以ASCII格式提交并因而通过引用方式完整并入的 序列表。2013年2月6日创建的所述ASCII副本命名为051501-0420334_SL. txt并且大小 为 1，444, 840 比特。

【技术领域】
[0007] 本发明涉及梯牧草（TG)蛋白质和肽、其子序列、部分、同源物、变体及衍生物，及 这类蛋白质和肽的方法和用途，包括调节免疫反应、针对变态反应、过敏性疾病或变应性疾 病保护受试者或治疗受试者和在受试者中诱导针对变应原的免疫耐受性的方法。
[0008] 简介
[0009] 过敏性疾病如鼻炎和哮喘整体上对患者和社会造成明显负担（1)。最近的研究已 经估计美国和西欧高达至20%的人群患有这些疾病（2, 3)。尽管这种高发生率，但是现存 疗法大多是对症的，并且免疫疗法治疗仅在部分患者中成功并且可能与明显的安全顾虑相 关（4)。因此，过敏研究中大部分工作投向开发更安全和更有效的免疫治疗。
[0010] T细胞在过敏性疾病的发病机理中发挥重要作用。然而，视作过敏性T细胞反应的 潜在免疫原的蛋白质传统上限于诱导IgE反应的那些。过敏性呼吸道疾病与高水平的针对 某些过敏性蛋白质的IgE抗体和升高水平的浸润靶组织的嗜酸性粒细胞相关（5)。Th2细 胞因子（IL-4、IL-5和IL-13 ;(6))的产生调节这些事件，因为它们对转向由正在的B细胞 产生IgE至关重要并促进有助于气道病变的嗜酸性粒细胞和其他炎性细胞内流。
[0011] 尽管Th2细胞及其相关细胞因子在过敏性呼吸道疾病发病机理中的重要性，对被 视为触发T细胞反应的抗原的研究迄今大多限于已知结合IgE抗体（7,8)并诱导IgE介导 的速发型超敏反应的那些抗原（9)。梯牧草（TG)花粉是一种吸入性变应原，其中已经显示 针对所述吸入型变应原的主要IgE反应性变应原触发Th2反应。如本文中公开，已经令人 惊讶地发现梯牧草蛋白质由不依赖于IgE反应性（包括IgG反应性蛋白质）的Th2反应识 别。
[0012] 概述
[0013] 本文中公开了新的梯牧草（TG)蛋白质和肽，以及这类新梯牧草蛋白质和肽的方 法和用途。描述的梯牧草蛋白质和肽包括抗原和变应原。本文中还公开了梯牧草蛋白质、 肽、其子序列、部分、同源物、变体及衍生物以及此类梯牧草蛋白质和肽的方法和用途。
[0014] 根据本发明，提供了包含梯牧草蛋白质或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物 的氨基酸序列、由其组成或基本上由其组成的蛋白质和肽。在某些实施方案中，梯牧草蛋 白质包含表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的蛋白质或 肽的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物、由其组成或基本上由其组成。在 其他实施方案中，梯牧草蛋白质或肽不由表1中SEQ ID N0s:204、205、206、207、208、209、 210、211、212、213、282、283、284、285、286、287、289、290、291、292、293、294、295、296、489、 490 或 491 所示的序列组成；和 / 或不由表 4 中 SEQ ID N0s:1517、1542、1598、1679、1761、 1849、1850、1851、1935、2040、2116、2133 或 2134 所示的序列组成。
[0015] 在某些实施方案中，蛋白质或肽激发、刺激、诱导、促进、增加或增强抗变应原免疫 反应。在其他的某些实施方案中，蛋白质或肽减少、降低、抑制、阻抑或破坏抗变应原免疫 反应。在本文所述的蛋白质和肽的特定方面，抗变应原免疫反应是抗梯牧草变应原反应。 在另外的某些实施方案中，蛋白质或肽激发、刺激、诱导、促进、增加或增强针对变应原（例 如，梯牧草变应原，如表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2 (按出现顺序分别是 SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6所述的氨 基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物）的免疫耐受性（去敏化）。在某些方 面，抗变应原应答或免疫耐受性包括T细胞反应，例如Th2细胞反应（例如，记忆T细胞反 应）。在具体的实施方案中，蛋白质或肽是IgG抗原。
[0016] 在不同的实施方案中，蛋白质或肽包含具有以下可读框标示的蛋白质或肽的氨基 酸序列或者其子序列、部分、同源物、变体或衍生物、由其组成或基本上由其组成：M. 693、 M. 692、M. 125、M. 714、M. 721、M. 705、M. 591、M. 418、M. 689、M. 644、M. 414、M. 624、M. 617、 M. 704、M. 331、M. 604、M. 291、M. 151、M. 498、M. 561、M. 399、M. 603、M. 226、M. 636、M. 473、 M. 437、M. 634、M. 676、M. 422、M. 431、M. 387、M. 722、M. 610、M. 574、M. 531、M. 305、M. 282、 Μ· 271、Μ· 159、Μ· 83、Μ· 348、Μ· 285、Μ· 288、Μ· 287、Μ· 212、Μ· 715、Μ· 725、Μ· 694、Μ· 701、Μ· 595、 Μ· 718、Μ· 720、Μ· 723、Μ· 648、Μ· 662、Μ· 576、Μ· 618、Μ· 631、Μ· 682、Μ· 421、Μ· 654、Μ· 393、 Μ· 669、Μ· 625、Μ· 655、Μ· 524、Μ· 570、Μ· 341、Μ· 342、Μ· 450、Μ· 343、Μ· 639、Μ· 555、Μ· 546、 Μ· 606、Μ· 628、Μ· 248、Μ· 466、Μ· 328、Μ· 695、Μ· 658、Μ· 560、Μ· 548、Μ· 269、Μ· 728、Μ· 653、 Μ· 759、Μ· 765、Μ· 747、Μ· 763、Μ· 733、Μ· 651、Μ· 677、Μ· 597、Μ· 547、Μ· 761、Μ· 571、Μ· 562、 Μ· 657、Μ· 738、Μ· 734、Μ· 621、Μ· 741、Μ· 177、Μ· 579、Μ· 513、Μ· 446、Μ· 388、Μ· 391、Μ· 593、 Μ· 506、Μ· 395、Μ· 381、Μ· 372、Μ· 619、Μ· 656、Μ· 525、Μ· 698、Μ· 699、Μ· 439、Μ· 630、Μ· 708、 Μ· 620、Μ· 758、Μ· 764、Μ· 746、Μ· 762、Μ· 716、Μ· 726、ΜΝ· 66、Μ· 717、Μ· 727、Μ· 719、Μ· 724、 Μ· 577、Μ· 8、Μ· 235、Μ· 678、Μ· 675、Μ· 641、Μ· 499、Μ· 583、Μ· 649、Μ· 6、Μ· 29、Μ· 34、Μ· 183、 Μ· 101、Μ· 149、Μ· 164、Μ· 129、Μ· 45、Μ· 116、Μ· 165、Μ· 146、Μ· 69、Μ· 123、Μ· 107、Μ· 3、Μ· 113、 Μ· 204、Μ· 174、Μ· 178、Μ· 191、Μ· 580、Μ· 587、Μ· 594、Μ· 539、Μ· 569、Μ· 588、Μ· 615、Μ· 578、 Μ· 352、Μ· 514、Μ· 419、Μ· 443、Μ· 540、Μ· 640、Μ· 642、Μ· 646、Μ· 627、Μ· 626、Μ· 645、Μ· 652、 Μ· 650、Μ· 559、Μ· 622、Μ· 565、Μ· 567、Μ· 581、Μ· 609、Μ· 182、Μ· 134、Μ· 283、Μ· 297、Μ· 367、Μ· 84、 Μ· 189、Μ· 586、Μ· 496、Μ· 255、Μ· 471、Μ· 575、Μ· 163、Μ· 314、Μ· 194、Μ· 294、Μ· 472、Μ· 369、 Μ· 104、Μ· 206、Μ· 24、Μ· 469、Μ· 420、Μ· 444、Μ· 697、Μ· 687、Μ· 713、Μ· 638、Μ· 673、Μ· 700、Μ· 702、 Μ· 707、Μ· 710、Μ· 683、Μ· 670、Μ· 643、Μ· 663、Μ· 664、Μ· 666、Μ· 748、Μ· 731、Μ· 735、Μ· 750、 Μ· 752、Μ· 756、Μ· 754、Μ· 608、Μ· 740、Μ· 39、Μ· 303、Μ· 389、Μ· 390、Μ· 284、Μ· 201、Μ· 28、Μ· 364、 Μ· 344、Μ· 74、Μ· 180、Μ· 317、Μ· 298、Μ· 192、Μ· 77、Μ· 92、Μ· 144、Μ· 9、Μ· 296、Μ· 187、Μ· 172、 Μ· 72、Μ· 38、Μ· 239、Μ· 289、Μ· 240、Μ· 214、Μ· 365、Μ· 614、Μ· 598、Μ· 632、Μ· 633、Μ· 616、Μ· 690、 Μ. 607、Μ. 672、Μ. 545、Μ. 671、Μ. 272、Μ. 301、Μ. 202、Μ. 492、Μ. 647、Μ. 457、Μ. 686、Μ. 495、 Μ· 486、Μ· 729、Μ· 760、Μ· 668、Μ· 599、Μ· 417、Μ· 635、Μ· 584、Μ· 592、Μ· 709、Μ· 489、Μ· 392、 Μ· 347、Μ· 458、Μ· 464、Μ· 415、Μ· 520、Μ· 410、Μ· 467、Μ· 494、Μ· 374、Μ· 118、Μ· 346、Μ· 318、 Μ· 519、Μ· 600、Μ· 254、Μ· 438、Μ· 479、Μ· 523、Μ· 380、Μ· 480、Μ· 371、Μ· 482、Μ· 261、Μ· 108、 Μ· 260、Μ· 556、Μ· 461、Μ· 400、Μ· 474、Μ· 490、Μ· 491、Μ· 401、Μ· 470、Μ· 409、Μ· 435、Μ· 553、 Μ· 537、Μ· 402、Μ· 481、Μ· 483、Μ· 554、Μ· 538、Μ· 234、Μ· 237、Μ· 264、Μ· 563、Μ· 566、Μ· 532、 Μ· 557、Μ· 573、Μ· 549、Μ· 550、Μ· 551、Μ· 558、Μ· 463、Μ· 684、Μ· 739、Μ· 637、Μ· 517、Μ· 712、 Μ· 732、Μ· 711、Μ· 730、Μ· 736、Μ· 737、Μ· 247、Μ· 13、Μ· 57、Μ· 61、Μ· 47、Μ· 43、Μ· 32、Μ· 518、 Μ. 267、Μ. 73、Μ. 270、Μ. 150、Μ. 366、Μ. 679、Μ. 680、Μ. 230、Μ. 530、Μ. 667、Μ. 505、Μ. 488、Μ. 445、 Μ· 436、Μ· 508、Μ· 688、Μ· 613、Μ· 487、Μ· 552、Μ· 572、Μ· 336、Μ· 534、Μ· 213、Μ· 384、Μ· 220、 Μ· 147、Μ· 127、Μ· 145、Μ· 33、Μ· 110、Μ· 173、Μ· 50、Μ· 249、Μ· 18、Μ· 5、Μ· 25、Μ· 394、Μ· 329、 Μ· 330、Μ· 345、Μ· 323、Μ· 316、Μ· 130、Μ· 131、Μ· 203、Μ· 227、Μ· 128、Μ· 70、Μ· 292、Μ· 526、Μ· 585、 Μ· 681、Μ· 685、Μ· 596、Μ· 660、Μ· 674、Μ· 703、Μ· 504、Μ· 515、Μ· 521、Μ· 493、Μ· 497、Μ· 509。 Μ· 533、Μ· 484、Μ· 302、Μ· 478、Μ· 222、Μ· 691、Μ· 510、Μ· 119、Μ· 535、Μ· 543、Μ· 528、Μ· 529、 Μ· 373、Μ· 590、Μ· 361、Μ· 432、Μ· 477、Μ· 408、Μ· 568、Μ· 589、Μ· 462、Μ· 516、Μ· 522、Μ· 412、Μ· 4、 Μ. 256、Μ. 56、Μ. 55、Μ. 64、Μ. 22、Μ. 148、Μ. 205、Μ. 332、Μ. 171、ΜΕ. 3566、ΜΕ. 4276、ΜΕ. 4056、 ΜΕ. 3805、ΜΕ. 3720、ΜΕ. 3916、ΜΕ. 3855、ΜΕ. 1412、ΜΕ. 4234、ΜΕ. 4088、ΜΕ. 4115、ΜΕ. 4210、 ΜΕ. 3897、ΜΕ. 4229、ΜΕ. 4231、ΜΕ. 4280、ΜΕ. 4281、ΜΕ. 1571、ΜΕ. 4190、ΜΕ. 4230、ΜΕ. 3882、 ΜΝ. 82、ΜΝ. 124、ΜΝ. 169、ΜΝ. 185、ΜΝ. 140、ΜΝ. 201、ΜΝ. 193、ΜΝ. 183、ΜΝ. 184、ΜΝ. 173、ΜΝ. 210、 ΜΝ. 206、ΜΝ. 136、ΜΝ. 94、ΜΝ. 83、ΜΝ. 14、ΜΝ. 3、ΜΝ. 46、ΜΝ. 17、ΜΝ. 20、ΜΝ. 12、ΜΝ. 35、ΜΝ. 15、 ΜΝ. 38、ΜΝ. 74、ΜΝ. 41、ΜΝ. 67、ΜΝ. 27、ΜΝ. 75、ΜΝ. 47、ΜΝ. 33、ΜΝ. 86、ΜΝ. 59、ΜΝ. 8、ΜΝ. 51、ΜΝ. 62、 ΜΝ. 56、ΜΝ. 30、ΜΝ. 81、ΜΝ. 91、ΜΝ. 36、ΜΝ. 71、ΜΝ. 80、ΜΝ. 76、ΜΝ. 96、ΜΝ. 106、ΜΝ. 90、ΜΝ. 57、 ΜΝ. 25、ΜΝ. 108、ΜΝ. 186、ΜΝ. 58、ΜΝ. 6、ΜΝ. 77、ΜΝ. 107、ΜΝ. 203、ΜΝ. 204、ΜΝ. 211、ΜΝ. 205、 ΜΝ. 68、ΜΝ. 98、ΜΝ. 93、ΜΝ. 113、ΜΝ. 123、ΜΝ. 69、ΜΝ. 178、ΜΝ. 182、ΜΝ. 4、ΜΝ. 166、ΜΝ. 167、 ΜΝ. 172、ΜΝ. 168、ΜΝ. 105、ΜΝ. 39、ΜΝ. 194、ΜΝ. 195、ΜΝ. 101、ΜΝ. 116、ΜΝ. 181、ΜΝ. 97、ΜΝ. 54、 ΜΝ. 156、ΜΝ. 117、ΜΝ. 163、ΜΝ. 175、ΜΝ. 102、ΜΝ. 202、ΜΝ. 157、ΜΝ. 119、ΜΝ. 114、ΜΝ. 92、ΜΝ. 88、 ΜΝ. 153、ΜΝ. 95、ΜΝ. 128、ΜΝ. 122、ΜΝ. 118、ΜΝ. 99、ΜΝ. 72、ΜΝ. 214、ΜΝ. 219、ΜΝ. 220、ΜΝ. 199、 ΜΝ. 224、ΜΝ. 218、ΜΝ. 215、ΜΝ. 207、ΜΝ. 223、ΜΝ. 221、ΜΝ. 222、ΜΝ. 216、ΜΝ. 162、ΜΝ. 142、ΜΝ. 158、 ΜΝ. 141、ΜΝ. 53、ΜΝ. 111、ΜΝ. 112、ΜΝ. 120、ΜΝ. 130、ΜΝ. 132、ΜΝ. 127、ΜΝ. 121、ΜΝ. 139、ΜΝ. 146、 ΜΝ. 64、ΜΝ. 87、ΜΝ. 89、ΜΝ. 37 或 ΜΝ. 164。
[0017] 如本文中公开，在某些实施方案中蛋白质和肽具有约5-10、10-15、15-20、20-25、 25-30、30-35、35-40、45-50、50-60、60-70、70-80、90-100、100-125、125-150、150-175、 175-200、200-250、250-300个或更多个氨基酸残基的长度。在其他实施方案中，蛋白质和肽 具有直至25个氨基酸长度或7至20 ;8至30 ;8至25 ;8至20 ;9至30 ;9至25 ;9至20 ;10 至30 ; 10至25 ; 10至30个氨基酸残基的长度。
[0018] 蛋白质和肽包括分离和纯化的形式。蛋白质和肽还包括固定在基材上的那些，以 及固定在基材上的氨基酸序列、子序列、部分、同源物、变体和衍生物。
[0019] 蛋白质和肽可以包含于组合物（例如，药物组合物）。在具体的实施方案中，药物 组合物适用于特异性或非特异性免疫疗法，或是疫苗组合物。
[0020] 提供编码蛋白质或肽（TG蛋白质或肽）或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物 的分离核酸（包括分离的核酸）。在一个实施方案中，核酸编码表1 (按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2 (按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4 (按出现顺序分别是 SEQ ID N0S1443-2264)或表6中所示的蛋白质或肽的氨基酸序列或其子序列、部分、同源 物、变体或衍生物。
[0021] 还提供表达本文所述的蛋白质或肽的细胞。在多种实施方案中，细胞表达一种梯 牧草蛋白质，所述梯牧草蛋白质包含表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按 出现顺序分别是SEQ ID N0S621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264) 或表6中所示的蛋白质或肽的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物、由其 组成或基本上由其组成。在某些方面，细胞是真核细胞或原核细胞并且可以是哺乳动物细 胞、昆虫细胞、真菌细胞或细菌细胞。
[0022] 包括本发明蛋白质和肽的方法和用途及药物。在多种实施方案中，提供了调节受 试者中针对变应原的免疫反应的方法和用途。在一个实施方案中，方法或用途包括向受试 者施用（递送）下述量的本文所述的蛋白质，所述量足以调节受试者中针对该变应原的免 疫反应。
[0023] 这类方法、用途和药物还包括调节细胞针对变应原的免疫活性；和去敏化、诱导、 激发、增加或改善细胞中针对变应原的免疫耐受性。在特定实施方案中，方法或用途包括使 细胞与下述量的上述任一个实施方案的蛋白质或肽接触，所述量足以调节细胞针对该变应 原（例如，针对肽或蛋白质衍生的变应原）的免疫活性或向受试者施用肽或蛋白质衍生的 变应原以去敏化、诱导、激发增加或改善针对该变应原的免疫耐受性或以调节受试者中针 对该变应原的免疫反应（例如，肽或蛋白质衍生的变应原）。
[0024] 本发明蛋白质、肽、子序列、部分、同源物、变体及它们的衍生物合适作为例如用于 特异性免疫疗法的试剂。在多种实施方案中，适合作为试剂的蛋白质或肽包含表1(按出现 顺序分别是SEQ ID N0S1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按 出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的蛋白质或肽的氨基酸序列或其子 序列、部分、同源物、变体或衍生物、由其组成或基本上由其组成。
[0025] 这类方法、用途和药物还包括降低过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病 风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的保护作用。在一 个实施方案中，方法或用途包括向受试者施用一定量的蛋白质或肽，所述量足以降低风险 过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反 应、过敏性疾病或变应性疾病的保护作用。过敏反应或变态反应的非限制性例子包括过敏 性肺泡炎、过敏性支气管肺曲霉菌病、过敏性结膜炎、过敏性鼻感冒、过敏性皮炎、过敏性血 管炎和过敏性鼻炎。
[0026] 这类方法、用途和药物另外地包括治疗过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性 疾病。在一个实施方案中，方法或用途包括向受试者施用一定量的蛋白质或肽，所述量足以 治疗受试者的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病。
[0027] 在这类方法、用途和药物中，肽或蛋白质可以衍生自或基于该变应原或可以衍生 自或基于一种变应原，所述变应原源自与该变应原相同的生物。更具体地，例如，蛋白质或 肽可以衍生自或基于造成过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的变应原或所述 肽衍生自一种变应原，所述变应原属于与所述造成过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应 性疾病的变应原相同的生物。另外，例如，蛋白质或肽可以基于或衍生自表1(按出现顺序 分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按出现 顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列或其子序列、部分、同源 物、变体或衍生物。
[0028] 在多种实施方案中，方法或用途去敏化或诱导、激发、增加或改善受试者针对表 1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、 表4(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中的变应原的免疫耐受性。在多 种其他实施方案中，方法或用途去敏化或诱导、激发、增加或改善受试者针对表1(按出现 顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按 出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列或其子序列、部分、同 源物、变体或衍生物的免疫耐受性。
[0029] 如本文中所述，蛋白质、肽、方法、用途或药物可以包括通过任何手段全身性、区域 性或局部施用或递送。在特定方面，将蛋白质或肽经皮肤、皮下、表皮、皮内、肌内、静脉内、 经口、粘膜、通过吸入或经鼻施用。还如本文中所述，蛋白质、肽、方法、用途或药物可以包括 细胞与蛋白质或肽反复接触多次或向受试者施用蛋白质或肽多次。
[0030] 蛋白质和肽可以用于诊断和检测方法和用途中。在一个实施方案中，在受试者中 检测变态反应或诊断过敏时，方法或用途包括使来自受试者的细胞（其可以是离体或体内 细胞）与如本文中所述的蛋白质或肽接触；并确定该蛋白质或肽是否调节来自所接触细胞 的免疫反应或活性。如果该蛋白质或肽调节来自所接触细胞（其可以是离体或体内细胞） 的免疫反应或活性，则检测到变态反应或表示该受试者具有变态反应或过敏。在特定方面， 通过分析超敏反应或应答，如皮肤免疫超敏反应确定对免疫反应或活性的调节。
[0031] 本发明的受试者包括哺乳动物，如人。在具体的实施方案中，受试者已经显示过 敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的症状或患有过敏反应、变态反应、过敏性 疾病或变应性疾病。在更具体的实施方案中，受试者已具有针对梯牧草变应原或禾草目 (Poales)另一种牧草的过敏反应或变态反应。在另外的具体实施方案中，受试者已具有针 对变应原的过敏反应或变态反应，所述变应原源自梯牧草或由其产生，如表1 (按出现顺序 分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按出现 顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的变应原或氨基酸序列或其子序列、部 分、同源物、变体或衍生物。在其他的具体实施方案中，受试者已经具有针对源自梯牧草或 由其产生的选自Phi pl、Phl p5、Phl p6的变应原或与之同源的变应原或抗原的过敏反应 或变态反应。
[0032] 附图简沭
[0033] 图1显示已知的变应原未说明针对完整花粉提取物的总T细胞反应。使用 IL-5ELISP0T测定法，对覆盖10种主要TG变应原的重叠肽的35份集合体（平均20种肽/ 集合体）连同完整TG提取物筛查来自过敏供体的PBMC的识别作用。对TG提取物具有每 百万个输入PBMC > 100SFC的IL-5T细胞反应的大部分供体显示与小图A中所示相似的反 应模式，几种集合体激发强烈IL-5反应。然而，一些供体显示如小图B中所示的反应模式， 其中检测到针对提取物的剧烈反应，但是未检测到针对来自已知变应原的肽的反应。总体 上，如小图C中所显示，33%的供体对肽集合体无反应，尽管提取物反应强烈（η = 21)。
[0034] 图2Α-2Β显示使用来自过敏供体的汇集血清时TG提取物的2D凝胶电泳和免疫印 迹分析。将TG花粉提取物在2D凝胶上电泳并用考马斯亮兰染色（Α)。将平行电泳的第二 凝胶转印并用来自8位TG过敏供体的血清集合体探测以鉴定与人IgE和IgG反应的蛋白 质。抗IgE-红色，抗IgG-绿色，双重反应性-黄色（B)。
[0035] 图3A-3B显示大部分TG特异性T细胞靶向新的抗原。A)显示来自过敏供体和非 过敏供体的PBMC针对来自已知抗原和新抗原的肽集合体的IL-5反应率的条图。空心棒表 示来自过敏供体的反应率，实线表示来自正常供体的反应（每个供体组η = 20)。B)显示 正常患者和过敏患者中靶向新抗原（浅灰色）与已知变应原（深灰色）的产生IL-5的Τ 细胞的总数的条图。
[0036] 图4显示新梯牧草抗原（NTGA)由TG过敏供体识别的百分数。显示响应于新梯牧 草抗原（NTGA)衍生肽刺激而产生IL-5的供体的百分数的条图。NTGA根据如X-轴上所示 的抗体反应性归类。短划线表示被视为变应原的> 20%的最小识别阈值。
[0037] 图5显示记忆Τ细胞是体外扩充后IL-5T细胞反应的来源。在体外TG刺激后扩 充14日后，测量幼稚Τ细胞和记忆Τ细胞中响应于TG提取物（TG)、支配性已知肽集合体 (TG Ρ20)和新肽集合体（NTGA Ρ19)的IL-5产生（η = 6)。
[0038] 图6Α-6Β显示可以直接离体检测到针对常规TG抗原和新TG抗原的Τ细胞反应。 Α)显示基于CXCR3(Thl)和CCR4(Th2)表达所分选的Th2T细胞亚类的FACS图。Β)来自过 敏供体的Th2细胞响应于TG提取物、支配性已知肽集合体（TG P20)和新肽集合体（NTGA P19)的IL-5产生，如离体方式所测量（η = 8)。
[0039] 图7显示响应于TG提取物、PHA、TG Ρ20和NTGA Ρ19的IL-4、IL-5、IL-13和全部 Th2细胞因子（IL-4、5和13合并）产生。将TG刺激的细胞与IL-2 -起体外培养14日。 细胞用TG提取物、支配性已知TG肽集合体和新TG肽集合体（TG P20和NTGA P19)和PHA 再刺激。通过ELISP0T测量Th2细胞因子产生以确定最佳读出系统。
[0040] 图8A-8B显示鉴定T细胞反应性抗原和表位的阳性肽集合体的反卷积。测量响应 于单种肽来自过敏个体PBMC的IL-5产生。A)每种测试抗原的识别事件数目（定义为被至 少一个位患者以幅度彡20SFC识别的一种肽）。B)针对来自每种阳性抗原的肽的IL-5反 应的幅度总和。
[0041] 详细描沭
[0042] 如本文中公开，针对梯牧草（TG)变应原的T细胞反应与TG花粉过敏个体中的IgE 水平和T细胞反应不相关。另外，还如本文中公开，所研究的三分之一患者没有针对任何已 知IgE反应性蛋白质的Th2细胞反应，尽管针对完整TG提取物具有强烈反应。本发明部分 地涉及如下发现：除诱导IgE的已知变应原之外，TG花粉提取物还含有新的T细胞抗原。 [0043] 因而，根据本发明，提供了新梯牧草蛋白质和新梯牧草肽、及其子序列、部分、同源 物、变体和衍生物。如本文所述的梯牧草蛋白质或肽可以包括任何梯牧草蛋白质或肽或其 子序列、部分、同源物、变体或衍生物。在某些实施方案中，如本文所述的梯牧草蛋白质或肽 可以包括新的梯牧草蛋白质或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。
[0044] 在具体的实施方案中，本文所述的梯牧草蛋白质或肽包含下述蛋白质或肽、由 其组成或基本上由其组成，其中所述蛋白质或肽具有表1(按出现顺序分别是SEQ ID NOS: 1-620)中所述的可读框氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物（例如， 表1中的氨基酸序列（按出现顺序分别是SEQ ID N0S: 1-620)的全部或部分）。在其他实 施方案中，梯牧草蛋白质或肽包含表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S1-620)、表2(按出现 顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4 (按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或 表6中所示的蛋白质或肽的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物（例如，表 1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、 表4(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1443-2264)或表6的氨基酸序列的全部或部分）、由 其组成或基本上由其组成。在某些实施方案中，梯牧草蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、 变体或衍生物包含具有以下可读框标示的蛋白质或肽的氨基酸序列或者其子序列、部分、 同源物、变体或衍生物、由其组成或基本上由其组成：M. 693、M. 692、M. 125、M. 714、M. 721、 M. 705、M. 591、M. 418、M. 689、M. 644、M. 414、M. 624、M. 617、M. 704、M. 331、M. 604、M. 291、 M. 151、M. 498、M. 561、M. 399、M. 603、M. 226、M. 636、M. 473、M. 437、M. 634、M. 676、M. 422、 Μ· 431、Μ· 387、Μ· 722、Μ· 610、Μ· 574、Μ· 531、Μ· 305、Μ· 282、Μ· 271、Μ· 159、Μ· 83、Μ· 348、Μ· 285、 Μ· 288、Μ· 287、Μ· 212、Μ· 715、Μ· 725、Μ· 694、Μ· 701、Μ· 595、Μ· 718、Μ· 720、Μ· 723、Μ· 648、 Μ· 662、Μ· 576、Μ· 618、Μ· 631、Μ· 682、Μ· 421、Μ· 654、Μ· 393、Μ· 669、Μ· 625、Μ· 655、Μ· 524、 Μ· 570、Μ· 341、Μ· 342、Μ· 450、Μ· 343、Μ· 639、Μ· 555、Μ· 546、Μ· 606、Μ· 628、Μ· 248、Μ· 466、 Μ· 328、Μ· 695、Μ· 658、Μ· 560、Μ· 548、Μ· 269、Μ· 728、Μ· 653、Μ· 759、Μ· 765、Μ· 747、Μ· 763、 Μ· 733、Μ· 651、Μ· 677、Μ· 597、Μ· 547、Μ· 761、Μ· 571、Μ· 562、Μ· 657、Μ· 738、Μ· 734、Μ· 621、 Μ· 741、Μ· 177、Μ· 579、Μ· 513、Μ· 446、Μ· 388、Μ· 391、Μ· 593、Μ· 506、Μ· 395、Μ· 381、Μ· 372、 Μ· 619、Μ· 656、Μ· 525、Μ· 698、Μ· 699、Μ· 439、Μ· 630、Μ· 708、Μ· 620、Μ· 758、Μ· 764、Μ· 746、 Μ· 762、Μ· 716、Μ· 726、ΜΝ· 66、Μ· 717、Μ· 727、Μ· 719、Μ· 724、Μ· 577、Μ· 8、Μ· 235、Μ· 678、Μ· 675、 Μ· 641、Μ· 499、Μ· 583、Μ· 649、Μ· 6、Μ· 29、Μ· 34、Μ· 183、Μ· 101、Μ· 149、Μ· 164、Μ· 129、Μ· 45、 Μ· 116、Μ· 165、Μ· 146、Μ· 69、Μ· 123、Μ· 107、Μ· 3、Μ· 113、Μ· 204、Μ· 174、Μ· 178、Μ· 191、Μ· 580、 Μ· 587、Μ· 594、Μ· 539、Μ· 569、Μ· 588、Μ· 615、Μ· 578、Μ· 352、Μ· 514、Μ· 419、Μ· 443、Μ· 540、 Μ. 640、Μ. 642、Μ. 646、Μ. 627、Μ. 626、Μ. 645、Μ. 652、Μ. 650、Μ. 559、Μ. 622、Μ. 565、Μ. 567、 Μ· 581、Μ· 609、Μ· 182、Μ· 134、Μ· 283、Μ· 297、Μ· 367、Μ· 84、Μ· 189、Μ· 586、Μ· 496、Μ· 255、Μ· 471、 Μ· 575、Μ· 163、Μ· 314、Μ· 194、Μ· 294、Μ· 472、Μ· 369、Μ· 104、Μ· 206、Μ· 24、Μ· 469、Μ· 420、Μ· 444、 Μ· 697、Μ· 687、Μ· 713、Μ· 638、Μ· 673、Μ· 700、Μ· 702、Μ· 707、Μ· 710、Μ· 683、Μ· 670、Μ· 643、 Μ· 663、Μ· 664、Μ· 666、Μ· 748、Μ· 731、Μ· 735、Μ· 750、Μ· 752、Μ· 756、Μ· 754、Μ· 608、Μ· 740、Μ· 39、 Μ· 303、Μ· 389、Μ· 390、Μ· 284、Μ· 201、Μ· 28、Μ· 364、Μ· 344、Μ· 74、Μ· 180、Μ· 317、Μ· 298、Μ· 192、 Μ· 77、Μ· 92、Μ· 144、Μ· 9、Μ· 296、Μ· 187、Μ· 172、Μ· 72、Μ· 38、Μ· 239、Μ· 289、Μ· 240、Μ· 214、 Μ· 365、Μ· 614、Μ· 598、Μ· 632、Μ· 633、Μ· 616、Μ· 690、Μ· 607、Μ· 672、Μ· 545、Μ· 671、Μ· 272、 Μ. 301、Μ. 202、Μ. 492、Μ. 647、Μ. 457、Μ. 686、Μ. 495、Μ. 486、Μ. 729、Μ. 760、Μ. 668、Μ. 599、 Μ· 417、Μ· 635、Μ· 584、Μ· 592、Μ· 709、Μ· 489、Μ· 392、Μ· 347、Μ· 458、Μ· 464、Μ· 415、Μ· 520、 Μ· 410、Μ· 467、Μ· 494、Μ· 374、Μ· 118、Μ· 346、Μ· 318、Μ· 519、Μ· 600、Μ· 254、Μ· 438、Μ· 479、 Μ· 523、Μ· 380、Μ· 480、Μ· 371、Μ· 482、Μ· 261、Μ· 108、Μ· 260、Μ· 556、Μ· 461、Μ· 400、Μ· 474、 Μ· 490、Μ· 491、Μ· 401、Μ· 470、Μ· 409、Μ· 435、Μ· 553、Μ· 537、Μ· 402、Μ· 481、Μ· 483、Μ· 554、 Μ· 538、Μ· 234、Μ· 237、Μ· 264、Μ· 563、Μ· 566、Μ· 532、Μ· 557、Μ· 573、Μ· 549、Μ· 550、Μ· 551、 Μ· 558、Μ· 463、Μ· 684、Μ· 739、Μ· 637、Μ· 517、Μ· 712、Μ· 732、Μ· 711、Μ· 730、Μ· 736、Μ· 737、 Μ· 247、Μ· 13、Μ· 57、Μ· 61、Μ· 47、Μ· 43、Μ· 32、Μ· 518、Μ· 267、Μ· 73、Μ· 270、Μ· 150、Μ· 366、Μ· 679、 Μ. 680、Μ. 230、Μ. 530、Μ. 667、Μ. 505、Μ. 488、Μ. 445、Μ. 436、Μ. 508、Μ. 688、Μ. 613、Μ. 487、 Μ· 552、Μ· 572、Μ· 336、Μ· 534、Μ· 213、Μ· 384、Μ· 220、Μ· 147、Μ· 127、Μ· 145、Μ· 33、Μ· 110、Μ· 173、 Μ· 50、Μ· 249、Μ· 18、Μ· 5、Μ· 25、Μ· 394、Μ· 329、Μ· 330、Μ· 345、Μ· 323、Μ· 316、Μ· 130、Μ· 131、 Μ· 203、Μ· 227、Μ· 128、Μ· 70、Μ· 292、Μ· 526、Μ· 585、Μ· 681、Μ· 685、Μ· 596、Μ· 660、Μ· 674、Μ· 703、 Μ· 504、Μ· 515、Μ· 521、Μ· 493、Μ· 497、Μ· 509、Μ· 533、Μ· 484、Μ· 302、Μ· 478、Μ· 222、Μ· 691、 Μ· 510、Μ· 119、Μ· 535、Μ· 543、Μ· 528、Μ· 529、Μ· 373、Μ· 590、Μ· 361、Μ· 432、Μ· 477、Μ· 408、 Μ· 568、Μ· 589、Μ· 462、Μ· 516、Μ· 522、Μ· 412、Μ· 4、Μ· 256、Μ· 56、Μ· 55、Μ· 64、Μ· 22、Μ· 148、 Μ. 205、Μ. 332、Μ. 171、ΜΕ. 3566、ΜΕ. 4276、ΜΕ. 4056、ΜΕ. 3805、ΜΕ. 3720、ΜΕ. 3916、ΜΕ. 3855、 ΜΕ. 1412、ΜΕ. 4234、ΜΕ. 4088、ΜΕ. 4115、ΜΕ. 4210、ΜΕ. 3897、ΜΕ. 4229、ΜΕ. 4231、ΜΕ. 4280、 ΜΕ. 4281、ΜΕ. 1571、ΜΕ. 4190、ΜΕ. 4230、ΜΕ. 3882、ΜΝ. 82、ΜΝ. 124、ΜΝ. 169、ΜΝ. 185、ΜΝ. 140、 ΜΝ. 201、ΜΝ. 193、ΜΝ. 183、ΜΝ. 184、ΜΝ. 173、ΜΝ. 210、ΜΝ. 206、ΜΝ. 136、ΜΝ. 94、ΜΝ. 83、ΜΝ. 14、 ΜΝ. 3、ΜΝ. 46、ΜΝ. 17、ΜΝ. 20、ΜΝ. 12、ΜΝ. 35、ΜΝ. 15、ΜΝ. 38、ΜΝ. 74、ΜΝ. 41、ΜΝ. 67、ΜΝ. 27、ΜΝ. 75、 ΜΝ. 47、ΜΝ. 33、ΜΝ. 86、ΜΝ. 59、ΜΝ. 8、ΜΝ. 51、ΜΝ. 62、ΜΝ. 56、ΜΝ. 30、ΜΝ. 81、ΜΝ. 91、ΜΝ. 36、ΜΝ. 71、 ΜΝ. 80、ΜΝ. 76、ΜΝ. 96、ΜΝ. 106、ΜΝ. 90、ΜΝ. 57、ΜΝ. 25、ΜΝ. 108、ΜΝ. 186、ΜΝ. 58、ΜΝ. 6、ΜΝ. 77、 ΜΝ. 107、ΜΝ. 203、ΜΝ. 204、ΜΝ. 211、ΜΝ. 205、ΜΝ. 68、ΜΝ. 98、ΜΝ. 93、ΜΝ. 113、ΜΝ. 123、ΜΝ. 69、 ΜΝ. 178、ΜΝ. 182、ΜΝ. 4、ΜΝ. 166、ΜΝ. 167、ΜΝ. 172、ΜΝ. 168、ΜΝ. 105、ΜΝ. 39、ΜΝ. 194、ΜΝ. 195、 ΜΝ. 101、ΜΝ. 116、ΜΝ. 181、ΜΝ. 97、ΜΝ. 54、ΜΝ. 156、ΜΝ. 117、ΜΝ. 163、ΜΝ. 175、ΜΝ. 102、ΜΝ. 202、 ΜΝ. 157、ΜΝ. 119、ΜΝ. 114、ΜΝ. 92、ΜΝ. 88、ΜΝ. 153、ΜΝ. 95、ΜΝ. 128、ΜΝ. 122、ΜΝ. 118、ΜΝ. 99、 ΜΝ. 72、ΜΝ. 214、ΜΝ. 219、ΜΝ. 220、ΜΝ. 199、ΜΝ. 224、ΜΝ. 218、ΜΝ. 215、ΜΝ. 207、ΜΝ. 223、ΜΝ. 221、 ΜΝ. 222、ΜΝ. 216、ΜΝ. 162、ΜΝ. 142、ΜΝ. 158、ΜΝ. 141、ΜΝ. 53、ΜΝ. 111、ΜΝ. 112、ΜΝ. 120、ΜΝ. 130、 ΜΝ. 132、ΜΝ. 127、ΜΝ· 121、ΜΝ· 139、ΜΝ· 146、ΜΝ· 64、ΜΝ· 87、ΜΝ· 89、ΜΝ· 37 或 ΜΝ· 164。本文中 所述的前述和其他TG蛋白质和肽可以用于多种方法和用途中，包括本文中公开的方法和 用途。
[0045] 在具体的实施方案中，蛋白质或肽包含表1中所述的梯牧草氨基酸序列（SEQ ID NOS 1-620)或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物、由其组成或基本上由其组成。所 述同源物可以与表 1(SEQ ID N0S1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的相应梯牧草氨基酸序列具有至少65 %、70 %、75 %、80 %、85 %、 90%或95%同源性或同一性。这类子序列可以是7至30个氨基酸长度，并且任选地进一 步其中至少 7 个氨基酸与表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S1443-2264)或表6中所示的相应梯牧草氨基酸序列的至少7个连续氨基酸具有至 少75 %或至少80%、85 %、90%同一性或同源性。另外，子序列可以是7至25个氨基酸长 度，如 7 至 20 ;8 至 30 ;8 至 25 ;8 至 20 ;9 至 30 ;9 至 25 ;9 至 20 ;10 至 30 ;10 至 25 ;10 至 30个氨基酸长度并且其中该子序列的至少8个如至少9、10、11、12、13、14或15个氨基酸 与表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或 表6中所示的相应梯牧草氨基酸序列的至少8个，如至少9、10、11、12、13、14或15个连续 氨基酸分别具有至少75%、如至少80%、85%、90%同一性或同源性。在多个方面，蛋白质 或肽不由表 1 中 SEQ ID N0s:204、205、206、207、208、209、210、211、212、213、282、283、284、 285、286、287、289、290、291、292、293、294、295、296、489、490 和 / 或 491 所示的序列组成。 [0046] 在另外的具体实施方案中，蛋白质或肽包含表2(SEQ ID N0S621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)、表6中所示的氨基酸序列或其变体或衍生物、由其组成或基本上由 其组成。变体可以是较长的肽，例如，具有直至30个氨基酸长度并包含如表2 (SEQ ID N0S621-1442)、表4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的相应氨基酸序列。变体也可 以包括7至30个氨基酸长度的肽并包括至少7个氨基酸的子序列，所述至少7个氨基酸与 表2 (SEQ ID N0S 621-1442)、表4 (SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的相应氨基酸序 列的至少7个连续氨基酸具有至少75%同一性或同源性，如至少80 %或85 %同一性或同源 性。较长的变体肽可以具有直至25个氨基酸长度，如直至24、23、22、21、20、19或19个氨 基酸长度。变体可以是7至25个氨基酸长度如7至20 ;8至30 ;8至25 ;8至20 ;9至30 ; 9至25 ;9至20 ; 10至30 ; 10至25 ; 10至30个氨基酸长度的肽并且其中所述子序列具有至 少8、9或10个氨基酸，所述至少8、9或10个氨基酸分别与表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的相应氨基酸序列的至少8、9或10个连续氨基酸 具有至少75% (如至少80%或85%)同一性或同源性。在多个方面，蛋白质或肽不由表4 中 SEQ ID N0s:1517、1542、1598、1679、1761、1849、1850、1851、1935、2040、2116、2133 和 / 或2134所示的序列组成。
[0047] 如本文所用，"抗原"指一种物质，包括但不限于当施用至受试者时激发、诱导、刺 激、促进或增强免疫反应的蛋白或肽。由抗原激发的免疫反应可以包括，但不限于B细胞反 应或T细胞反应。免疫反应可以包括针对特定抗原具有特定模式的淋巴因子/细胞因子产 生（例如，Thl、Th2)、体液反应（例如，抗体产生）或其组合的细胞反应。例如，如果先前暴 露于变应原（即，致敏或超敏）的受试者与该变应原再次接触，则过敏性哮喘可能形成，原 因在于以CD4+T淋巴细胞分泌的2型细胞因子（例如，IL-4、IL-5、IL-9和/或IL-13)产 生增加为特征的Th2反应。
[0048] 如本文所用，"表位"指当施用至受试者时激发免疫反应的抗原区域或部分。在 具体的实施方案中，表位可以由梯牧草蛋白质或肽（例如，表1(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1-620)、表2 (按出现顺序分别是SEQ ID NOS 621-1442)、表4 (按出现顺序分别是SEQ ID N0S1443-2264)或表6中的氨基酸序列的全部或部分）的区域或部分组成。在更具体的 实施方案中，表位可以由表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按出现顺序分 别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所 示的TG蛋白质或肽的区域或部分组成。在特定方面，表位是T细胞表位，S卩，激发、刺激、诱 导、促进、增加或增强T细胞活性、功能或反应的表位。
[0049] 抗原、表位、变应原、或其组合物可以调节不利或异常的炎症反应。如本文所述的 抗原、表位、变应原或其组合物可以通过例如使免疫反应移向损害性较小的Thl表型改变 Th2反应。即，改变（或调节）的免疫反应可以减少、抑制、阻抑或降低对抗原、表位或变 应原的敏感性（去敏化）或针对抗原、表位或变应原引起的炎症反应（例如，过敏、哮喘、 皮疹、哮鸣、咳嗽、眼刺激等）的敏感性（例如，表1(SEQ ID N0S1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽）。
[0050] 因此，抗原、变应原的非限制性例子是具有确定的氨基酸序列并包含T细胞表位 即激发、刺激、诱导、促进、增加或增强Τ细胞反应或活性的肽和蛋白质。使用任何种类的测 定法（例如Τ细胞增殖测定法、淋巴因子分泌测定法、Τ细胞无反应性研究等），可以分析抗 原和变应原以确定它们是否包含至少一个Τ细胞表位。
[0051] 术语"变应原"指通过已暴露动物（例如，人）的细胞或免疫系统激发、诱导、刺激、 或增强免疫反应的抗原。抗原是如下情况的变应原：特异性免疫反应是对抗原形成增强的 敏感性或超敏反应，但是抗原本身一般不是内在有害的。变应原是因此特定类型的抗原，所 述抗原可以在受试者中造成增强或增加的敏感性或超敏反应形成。例如，变应原可以在预 先具有倾向的患者中激发IgE抗体的产生。然而，如本文中公开的变应原不需要激发IgE 抗体的产生。由变应原激发的反应的其他例子包括T细胞反应或活性，如产生淋巴因子、细 胞因子或对其他细胞的效应子功能。由变应原引起的反应还例如在Mol. Biol, of Allergy and Immunology, R. Bush 编著，Immunology and Allergy Clinics of North American Series(1996年8月）中描述。虽然术语"变应原"和"抗原"具有不同的含义，但是本文中 对"变应原"的提及包括对"抗原"的提及并且本文中对"抗原"的提及包括对"变应原"的 提及。
[0052] -般，变应原是有机物质，如蛋白质、肽、核苷酸、糖、脂类、脂肪、核酸和其组合或 混合物。如本文所用的变应原包括但不限于特定变应原蛋白、变应原蛋白的混合物，变应原 的提取物、化学或遗传方式制造的变应原或其任意组合（例如，表1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表 6 中所示的 TG 蛋白质或肽）。
[0053] 在某些实施方案中，本文所述的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体及衍 生物（例如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽）刺激、诱导、促进、增加或增强免疫反应。在 具体的实施方案中，蛋白质或肽是T细胞抗原、变应原或表位。在另外的具体实施方案中， 蛋白质或肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物激发、刺激、促进、诱导或增强T细胞反 应，所述T细胞反应可以包括但不限于Th2细胞反应。在其他的具体实施方案中，TG蛋白 质或肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物调节、抑制或减少T细胞反应，所述T细胞反 应可以包括但不限于Th2细胞反应。在某些实施方案中，T细胞反应是抗变应原免疫反应， 包括但不限于抗TG免疫反应。
[0054] 如本文所用，术语"免疫反应"包括Τ细胞介导的（细胞）免疫反应和/或Β细胞 介导的（体液）免疫反应或细胞反应和体液反应。示例性免疫反应包括Τ细胞反应，例如， 淋巴因子产生、细胞因子产生和细胞毒性。Τ-细胞反应包括Thl反应和/或Th2反应。此 夕卜，术语"免疫反应"包括通过T细胞活化间接实现的反应,例如抗体产生（体液反应）和 细胞因子应答细胞（例如，嗜酸性粒细胞、巨噬细胞）的活化。参与免疫反应的免疫细胞包 括淋巴细胞，如T细胞（⑶4+、⑶8+、Thl细胞和Th2细胞、记忆T细胞）和B细胞；抗原呈递 细胞（例如，专职抗原呈递细胞如树突细胞、巨噬细胞、B淋巴细胞、朗格汉斯细胞、和非专 职抗原呈递细胞如角质形成细胞、内皮细胞、星形细胞、成纤维细胞、少突胶质细胞）；天然 杀伤（NK)细胞；髓样细胞、如巨噬细胞、嗜酸性粒细胞、肥大细胞、嗜碱性粒细胞和粒细胞。
[0055] 如本文中所述，可以应答于抗原（变应原）而产生特定免疫球蛋白（Ig)同种型。 例如，"IgG抗原"指诱导IgG抗体应答的抗原。同样地，"IgE抗原"指诱导IgE抗体应答的 抗原；"IgA抗原"指诱导IgA抗体应答的抗原等。在某些实施方案中，应答于抗原而产生 的这种免疫球蛋白（Ig)同种型抗原也可以激发其他同种型的产生。例如，IgG抗原可以诱 导IgG抗体反应联合一种或多种IgE、IgA、IgM或IgD抗体应答。因此，在某些实施方案中， IgG抗原可以在不诱导IgE、IgA、IgM或IgD抗体应答的情况下诱导IgG抗体应答。
[0056] 本发明涵盖用于降低、减少、预防针对抗原或变应原如TG抗原或变应原的敏化或 超敏化形成的方法和用途。因此，在其他实施方案中，蛋白质或肽、其子序列、部分、同源物、 变体或衍生物（例如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽）减少、抑制、阻抑或降低T细胞反应，所述 Τ细胞反应可以包括但不限于Th2细胞反应。在某些实施方案中，Τ细胞反应是抗变应原免 疫反应,如记忆Τ细胞反应。
[0057] 根据本发明的另一个方面，提供一种TG蛋白质或肽、其子序列、部分、同源物、变 体或衍生物，其中所述蛋白质或肽激发、刺激、诱导、促进、增加或增强抗变应原免疫反应。 在另一个方面，提供一种TG蛋白质或肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，其中所述 蛋白质或肽减少、降低、抑制、阻抑或破坏抗变应原免疫反应。
[0058] 如本领域技术人员将理解，如本文所述的蛋白质或其子序列、部分、同源物、变体 或衍生物（例如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽）可以激发、刺激、诱导、促进、增加或增强抗变 应原免疫反应的某些要素，而同时或依次地减少、缩减、抑制、阻抑或降低抗变应原反应的 其他要素。在一个非限制性的例子中，蛋白质或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物（例 如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264) 或表6中所示的TG蛋白质或肽）可以激发、刺激、诱导、促进、增加或增强调节型T细胞的 增殖，而减少、缩减、抑制、阻抑或降低促炎淋巴因子/细胞因子的产生。
[0059] "抗变应原"、"抗蛋白质"或"抗肽免疫反应"指对该蛋白质或肽（例如，变应原） 特有或特异的免疫反应。在这些情况下，反应由蛋白质或肽，例如，变应原（例如，TG蛋白质 或肽），特异性触发（激发、刺激、增加、引起或引发）。虽然"抗变应原"免疫反应是由给定 的变应原特异性触发，但是免疫反应本身可能以如本文中所述的免疫反应（如Τ细胞（细 胞）免疫反应和/或Β细胞（体液）免疫反应）的总体特征为特征。
[0060] 如本文中公开，TG蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可以激发、刺 激、诱导、促进、增加或增强针对抗原的免疫耐受性，所述抗原包括变应原（例如，表1 (SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表 6 中所示 的TG蛋白质或肽）。在某些实施方案中，本文所述的TG蛋白质、肽、其子序列、部分、同源 物、变体或衍生物可以激发、刺激、诱导、促进、增加或增强针对变应原的免疫耐受性。因而 在某些实施方案中，本文所述的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可以有 效用于或治疗（例如，治疗性治疗）过敏反应或变应性免疫反应，包括但不限于受试者继发 暴露或后续暴露于抗原或变应原后的变态反应。在具体的实施方案中，因使用或施用TG蛋 白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物而激发、刺激、引起、引发、增加或增强的免 疫耐受性可以涉及调节T细胞活性，包括但不限于⑶4+T细胞、⑶8+T细胞、Thl细胞、Th2细 胞和调节型T细胞（Tregs)和记忆T细胞。例如，因使用或施用TG蛋白质、肽、其子序列、部 分、同源物、变体或衍生物（例如，表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2 (按出 现顺序分别是SEQ ID NOS 621-1442)，表4(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1443-2264)或 表6中所示的TG蛋白质或肽）而激发、刺激、引起、引发、增加或增强的免疫耐受性-T细胞 产生的炎性淋巴因子/细胞因子。因而，根据本发明的某些方面，提供了激发、刺激、诱导、 促进、增加或增强针对抗原或变应原（例如，TG蛋白质或肽）的免疫耐受性的TG蛋白质、 肽、子序列、部分、同源物、变体及其衍生物。
[0061] 因此，提供了诱导受试者中针对变应原的免疫耐受性的方法和用途。在一个实施 方案中，方法或用途减少受试者中由针对变应原的变态反应引起或与之相关的生理状况、 病症、病患、疾病、症状或并发症的发生、频率、严重性、进展或持续时间。因而，在多种实施 方案中，诱导免疫耐受性可以针对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变 应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症保护受试或治疗受试者。
[0062] 如本文中公开，激发Th2免疫反应的TG蛋白质和抗原令人惊讶地不是先验的IgE 反应性。因而，提供了向受试者提供特异性免疫疗法的方法和用途，其中向受试者施用一定 量的为IgG、IgA、IgM或IgD抗原的蛋白质或肽。在一个特定实施方案中，方法或用途包括 向受试者施用一定量的为IgG抗原的蛋白质或肽。
[0063] 在本发明方法和用途的某些实施方案中，变应原是TG蛋白质或肽。在更具体的实 施方案中，变应原是表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2 (按出现顺序分别是 SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示 的蛋白质或肽的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。在其他非限制性实 施方案中，变应原包含表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列、由其组成或基本上由其组成。
[0064] 在本发明方法和用途的其他实施方案中，变应原不是梯牧草蛋白质或肽。这类变 应原的非限制性例子包括来自牧草、树、尘螨、昆虫、花粉的蛋白质和肽，所述牧草、树、尘 螨、昆虫、花粉包括但不限于桤木、链格孢属（Alternaria)腐败真菌、美洲蟑螂、美洲屋尘 螨、灰、烟曲霉（Aspergillus fumigatus)、百慕大草（Bermuda grass)、样树、草芦（Canary grass)、猫、草本分枝孢子菌（Cladosporium herbarum)、线杉、柏树、麥椰、犬、英国车前草、 欧洲屋尘螨、三裂叶豚草、日本扁柏、长叶早熟禾、多年生黑麦草（Lolium perenne)、鸭茅、 产黄青霉（Penicillium chrysogenum)、大果刺柏、珍珠柴、黑麦草、黄花草或白橡。
[0065] 过敏反应指受试者中接触受试者先前已经暴露并已经被其致敏的特定抗原（例 如，变应原）后的局部或总体反应。抗原（例如，变应原）与致敏淋巴细胞（T细胞）和/ 或抗体的免疫相互作用可以产生炎症和组织损伤。过敏是一种不利的免疫应答或反应，所 述免疫应答或反应可能因此对自身组织和细胞造成损伤，通常通过炎症反应造成损伤。 [0066] 过敏的一个非限制性例子是哮喘。哮喘，可以是外源性哮喘或过敏性哮喘（也称 作反应性气道病），是以总体可逆的气道阻塞为特征的肺部炎性疾病。过敏性哮喘的非限制 性特征包括升高的血清IgE浓度、肺嗜酸粒细胞增多、气道高反应性、气道粘液产生过量和 以细支气管周围胶原蛋白沉积和气道平滑肌质量增加为特征的气道重建。其他示例性过敏 反应或炎性病症包括过敏性肺泡炎、过敏性支气管肺曲霉菌病、过敏性皮炎、湿疹、过敏性 结膜炎、过敏性鼻感冒、过敏性血管炎、鼻窦炎和过敏性鼻炎。
[0067] 指称免疫反应所用的超敏反应或高反应性意指其中抗原或变应原激发过大免疫 反应的异常反应或状况。例如，过敏性哮喘可以因反复暴露于触发有害免疫反应如支气管 壁中持续炎症的气源变应原产生，所述有害免疫反应可以转而在呼吸系统中造成结构改变 和功能改变。在变应原接触致敏受试者（例如，已经暴露于该变应原的那些受试者）后，免 疫反应依赖于偏向于辅助T细胞（Th) 2表型的⑶4+T淋巴细胞。产生Th2细胞因子，例如， IL-4、IL-5、IL-9和IL-13,并且据信这些细胞因子促进哮喘发病机理。例如，IL-4驱动有利 于Th2的辅助T细胞反应，导致增强产生IgE ;IL-5和IL-13,其中IL-5连同粒细胞巨噬细 胞集落刺激因子（GM-CSF)和IL-3 -起对于产生嗜酸性粒细胞是重要，IL-13是作为与临床 哮喘密切关联的下游病理生理特征的气道高反应性和粘膜化生所需要的。全部这些细胞因 子，与TGF-β -起，已经涉及气道重建。增加的气道嗜酸性粒细胞数目还与病情严重性相 关，不过尚不彻底理解嗜酸性粒细胞在哮喘病理学中的作用（见，例如，Lee等人，Science 305:1773(2004) :Humbles 等人，Science 305:1776 (2004))。所产生的结构性变化和形态 计量变化（重建）包括上皮纤维化、杯状细胞增生和化生，这产生功能性后果，如哮喘气道 的扩张性丧失、支气管高反应性（甚至在变应原不存在的情况下），和1秒时间间隔用力呼 气量的加速进行性下降。Th2细胞因子也可以引发并活化嗜酸性粒细胞以释放认为有助于 观察到的组织损伤、重建和高反应性的促炎物质、脂质介体和其他细胞因子。
[0068] 如本文所用，术语"耐受性"、"失能"或"抗原（变应原）特异耐受"指通过变应原 或抗原降低、丧失、抑制、阻抑或减少T细胞对T细胞受体介导的刺激作用。降低可以导致 T细胞对变应原或抗原的反应性降低或无反应性（不敏感性）。这种不敏感性通常是抗原 特异的并且在已经停止暴露于抗原肽后持续。例如，T细胞中的耐受性以缺少淋巴因子/ 细胞因子产生，例如，IL-2、IFN-Y或TNF-β为特征。当T细胞暴露于抗原或变应原并在 第二信号（共刺激信号）不存在的情况下接受第一信号（T细胞受体或CD-3介导的信号） 时，T细胞失能出现。在这些条件下，细胞再暴露于相同抗原或变应原（甚至再暴露在共刺 激分子存在的情况下出现）导致细胞因子产生失败和随后T细胞增殖失败。因而，产生淋 巴因子/细胞因子失败阻止增殖。然而，如果随细胞因子（例如，IL-2) -起培养，则耐受 的T细胞可以增殖。例如，也可以通过使T淋巴细胞不能产生IL-2观察到T细胞失能，如 通过ELISA或通过使用指示细胞系的增殖测定法所测量。
[0069] 如本文所用，术语"免疫耐受性"指a)减少或降低的特异免疫反应水平（认为其至 少部分地由抗原特异性效应子T淋巴细胞、B淋巴细胞、抗体、组合介导）；b)特异性免疫反 应启动或进展延迟；或c)针对抗原或变应原的特异性免疫反应启动或进展的风险降低。与 其他抗原（变应原）相比偏好地激发针对某些抗原（变应原）的耐受性时，"特异性"免疫 耐受性出现。耐受性是活跃的抗原依赖性过程并且不同于非特异性免疫抑制和免疫缺陷。
[0070] "耐受性"的增加、改善、增强或诱导指与先前暴露于相同抗原时针对该抗原的反 应性相比，针对抗原的特异性免疫反应性的减少、降低、抑制、阻抑或限制或控制或清除。因 而在某些实施方案中，诱导受试者中针对变应原的免疫耐受性的方法或用途包括消除该受 试者针对该变应原的变态反应。受试者中针对变应原的免疫耐受性也可以通过减少受试者 针对该抗原或变应原的变态反应的出现、频率、严重性、进展或持续时间来反映。
[0071] 尽管耐受性可以合乎需要地指针对抗原或变应原无反应性，但是耐受性不需要是 完全无反应性并且可以仅是部分的，并且在任何情况下与先前暴露于某抗原或变应原（或 其表位）时针对相同抗原或变应原的反应性相比，由针对相同抗原或变应原的特异性免疫 反应性减少、抑制、阻抑或降低来反映。因而，在另一个实施方案中，诱导受试者中针对变应 原的免疫耐受性的方法或用途包括稳定或维持受试者中针对该变应原的变态反应的水平。
[0072] 可以通过本文所公开或技术人员已知的方法测量免疫耐受性（也称作脱敏）的诱 导和相对免疫耐受性量。例如，可以通过调节所述动物中的淋巴因子和/或细胞因子水平 测量免疫耐受性的诱导。因而，调节可以是细胞因子水平增加，例如细胞因子水平相对于所 述诱导之前增加至少1. 5、2、3倍或更多。可选地，调节作用可以是特定细胞因子水平下降， 例如细胞因子水平相对于所述诱导之前下降至少1. 5、2、3倍或更多。选定测量的淋巴因子 /细胞因子可以来自任何有关的淋巴因子/细胞因子，如IL-2、IL-5、IL-4、IL-6、IL-10、 IL-12、IL-13、TNF-a、IFN-γ、IFN-α、TGF-P、MCP-1、RANK-L 和 Flt3L。
[0073] 如本文中公开，本发明的肽和蛋白质可用于多种方法和用途，例如，"特异性"免疫 疗法中。术语"特异性"免疫疗法指对蛋白质或肽（例如变应原）特有或特异的疗法。为了 实现"特异性免疫疗法"，将抗原施用至受试者以实现受试者针对抗原（例如包括变应原） 的免疫耐受性。
[0074] 更具体地，可以通过施用一种抗原实施特异性免疫疗法，其中所述抗原从针对其 寻求免疫耐受性的抗原（例如变应原）衍生。可选地，免疫疗法可以通过使用下述抗原或 蛋白质的"非特异性"免疫疗法实施，其中所述抗原或蛋白质不同于针对其寻求免疫耐受性 的抗原。例如，如美国专利申请公开US2012/0100164A1中所述，所述专利涉及通过使用一 种抗原借助旁路抑制而治疗超敏性免疫反应，如过敏性鼻炎或哮喘，其中所述抗原与触发 待治疗个体中超敏性免疫反应的变应原无关，条件是该抗原从包含"触发性"变应原（例如 Phi pl、5或6)的来源材料（例如牧草花粉）可获得。
[0075] 因此，在不同的实施方案中，施用的TG抗原和针对其寻求免疫耐受性的抗原（例 如变应原）可以是相同或不同的TG蛋白质。在一个实施方案中，方法或用途包括向受试者 施用一定量的TG蛋白质或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，所述量足以激发、 刺激、诱导、促进、增加、增强或增进受试者中针对变应原的免疫耐受性。在一个方面，将TG 抗原在特异性免疫疗法期间施用至受试者以治疗该受试者针对相同TG抗原的过敏反应。 在一个不同方面，将TG抗原在特异性免疫疗法期间施用至受试者以治疗该受试者针对不 同TG抗原的过敏反应。在一个实施方案中，方法包括向受试者施用一定量编码梯牧草蛋白 质或肽的全部或部分（例如，T细胞表位）的核酸或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物， 所述量足以激发、刺激、诱导、促进、增加、增强或增进受试者中针对变应原的免疫耐受性。 在多种实施方案中，特异性免疫疗法的方法或用途减少，抑制、阻抑或减少针对该蛋白质或 肽（例如，变应原）的敏感性或（超）敏感性，或激发、刺激、增加、诱导、促进或改善该蛋白 质或肽（例如，变应原）的耐受性。一般，例如借助皮下注射向受试者施用蛋白质或肽，例 如，变应原。
[0076] 方法和用途包括多剂量方案。例如，方法或用途可以始于小剂量变应原，并且反复 接触或施用时增加剂量。
[0077]抗原（例如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽）（包括如本文所述的变应原）的变体或衍 生物或抗原或变应原的子序列或部分包括结构上相似和功能上相似的分子（例如，表1 (按 出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S621-1442)、表 4 (按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中的氨基酸序列的全部或部分）。如 果某抗原或变应原的变体、衍生物或子序列能够激发可以使用本文所述和本领域技术人员 已知的方法（包括动物模型和体外测定法）确定的可检测或可计量免疫反应，即便与无变 异/非衍生或天然的序列相比，所述免疫反应是减弱的免疫反应，则该变体、衍生物或子序 列在功能上类似于所述抗原或变应原序列。例如，免疫反应可以通过定量性和/或定性确 定淋巴因子/细胞因子产生（例如，由T细胞产生）、抗体产生（包含类别和/或同种型）、 细胞动员、移行或运动性来确定，并且任选地以体内方式确定，如抗原/变应原免疫反应性 的动物模型。与非变异/非衍生化/天然的全长抗原或变应原相比，抗原或变应原的变体、 衍生物或子序列的免疫反应可以通过分析特定量值（如淋巴因子/细胞因子产生、免疫球 蛋白产生、细胞动员、移行、运动性等）来确定并且可以大于、小于或相当于非变异/非衍生 化/天然的全长抗原或变应原的免疫反应的5 %、10 %、15 %、或20 %或25 %之内。例如，可 以根据本文所述或本领域技术人员已知的方法确定Thl淋巴因子/细胞因子（如IFN- γ、 IL-2 和 TNF-β )和 Th2 细胞因子（如 IL-4、IL-5、IL-9、IL-10 和 IL-13)的水平。
[0078] 如本文中公开，蛋白质和肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物包括与一种 或多种示例性蛋白质和肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物（例如，表1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 中所示的 TG 序 列）具有全部或至少部分序列同一性的那些。术语"同一性"和"同一的"及其语法变意指 两个或更多个提到的实体是相同的（例如，肽或多核苷酸分子）。因此，在两种蛋白质、肽、 其子序列、部分、同源物、变体或衍生物同一的情况下，它们具有相同的氨基酸序列。同一性 可以是在限定的序列范围（区域或结构域）内。"具有同源性或同一性的范围、区域或结构 域"意指两个或更多个提到的实体的一部分共享同源性或是相同的。
[0079] 同一性可以通过比较所比对序列中的每个位置确定。氨基酸序列之间同一性程 度随序列共有的位置处（即在指定区域范围内）的相同或匹配氨基酸的数目变化而变 化。可以使用如本领域已知的多种算法实施最佳序列比对以比较同一性，所述算法包括在 http: //clustalw. genome, ad. ip 处可获得的 ClustalW程序、Smith 和￥&七61'1]^11，1981，八(1￥· Appl. Math 2:482 的局部同源性算法、Needleman 和 Wunsch, 1970, J. Mol. Biol. 48:443 的 同源性比对算法、Pearson 和 Lipman，1988, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444 的相似性搜 索方法和这些算法的计算机化执行（如美国威斯康星州麦迪逊遗传学计算机组（Genetics Computer Group)威斯康星遗传学软件包（Wisconsin Genetics Software Package)中的 GAP、BESTFIT、FASTA和 TFASTA)。也可以使用 Altschul 等人，1990, J. Mol. Biol. 215:403-10 中描述的BLAST算法（使用公开默认设置）确定序列同一性。执行BLAST分析的软件可以从 国家生物技术信息中心(经互联网httD://www. ncbi. nlm. nih. gov/)获得。计算序列同一 性百分数（同源性）的这类算法通常考虑比较区域或领域范围内的序列空位和错配。例如， BLAST (例如，BLAST2. 0)检索算法（见，例如，Altschul 等人，J. Mol. Biol. 215:403 (1990)， 可从NCBI公开获得）具有如下的示例性检索参数：错配-2 ;空位开放5 ;空位延伸2。对于 多肽序列比较，BLAST算法一般与评分矩阵如PAM 100、PAM 250、BL0SUM 62或BL0SUM 50 组合使用。还使用FASTA(例如，FASTA2和FASTA3)和SSEARCH序列比较程序来定量同一 性程度（Pearson 等人，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:2444(1988) ;Pearson，Methods Mol Biol. 132:185(2000);和 Smith 等人，J. Mol. Biol. 147:195(1981))。也已经开发了使用 基于Delaunay的拓扑形貌定位法定量蛋白质结构相似性的程序（Bostick等人，Biochem Biophys Res Commun. 304:320(2003))。
[0080] 如本文所述，TG蛋白质和肽包括TG蛋白质和肽的同源物（例如，在表1 (SEQ ID NOS 1-620)、表2(SEQ ID NOS 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6 的任一表中 的任何氨基酸序列的全部或部分）。一个多肽序列或多核苷酸序列是另一个序列的"同源 物"或与之"同源的"，如果这两个序列在指定的区域范围内具有实质同一性和所述序列的 功能活性至少部分地保留或保守（如本文所用，术语'同源的'不意味着、也不排除进化相 关性）。
[0081] 本发明肽和蛋白质"同源物"的例子包括非梯牧草变应原的蛋白质或肽，例如 包括与本文所述的梯牧草肽或蛋白质同源的其他牧草变应原如禾草目（Poales)牧草。 例如，在具体的实施方案中，本发明的蛋白质或肽可以是禾草目牧草、柳枝稷（Panicum virgatum)、玉蜀黍(Zea mays)、稻(Oryza sativa)、菌麻（Ricinus communis)、欧洲 棺木（Alnus glutinosa)、菠菜（Spinacia oleracea)、两色蜀黍（Sorghum bicolor)、 拟南芥（Arabidopsis thaliana)、普通小麦（Triticum aestivum)、莽菜（Capsella bursa-pastoris)、欧洲油菜（Brassica napus)、冰叶日中花（Mesembryanthemum crystallinum)、陆地棉（Gossypium hirsutum)、菜心（Brassica rapa subsp. chinensis)、 番爺(Solanum lycopersicum)、马铃薯(Solanum tuberosum)、毛果杨(Populus trichocarpa)或珊瑚轮藻（Chara coralline)的蛋白质或肽。
[0082] 因此，在具体的实施方案中，本发明的方法和用途包括来自非梯牧草变应原的肽 和蛋白质（例如包括其他牧草抗原和变应原）的同源物，这类非TG蛋白质和肽视为如本文 中所述的同源物。因而，作为一个非限制性例子，可以施用来自非梯牧草抗原或变应原的肽 和蛋白质以调节针对梯牧草变应原或抗原的免疫活性或免疫反应或以治疗与梯牧草变应 原或抗原相关的过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病。作为另一个非限制性例 子，可以施用来自非梯牧草抗原或变应原的肽和蛋白质以调节针对非梯牧草变应原或抗原 的免疫活性或免疫反应或以治疗与非梯牧草变应原或抗原相关的过敏反应、变态反应、过 敏性疾病或变应性疾病。
[0083] 当最佳比对（允许空位情况下）时，两个多肽序列或多核苷酸序列例如在表1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2 (SEQ ID N0S 621-1442)、表 4 (SEQ ID N0S 1443-2264)或表 6 中的任 何氨基酸序列的全部或部分范围内共有至少约40 %或更大（例如在特定区域范围内45 %、 50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99% 等同一 性）序列）或如果所述序列共有确定的功能基序（例如，表位），则认为这两个序列是基本 上同一的。同一性百分数可以在整个序列长度或序列的一部分范围内（例如，在表1(SEQ ID N0S1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6 的任一表 中的任何氨基酸序列的全部或的部分范围内）延伸。在特定方面，共有同一性百分数的序 列的长度是2、3、4、5个或更多个连续氨基酸例如6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、 19、20 个等连续氨基酸（例如，在表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、 表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6的任一表中的任何氨基酸序列的全部或的部分范围 内）。在另外的特定方面，共有同一性百分数的序列的长度是20个或更多个连续氨基酸 例如 20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35 个等连续氨基酸（例如，在表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表 6 的任一表中的任何氨基酸序列的全部或的部分范围内）。在其他的特定方面，共有同一性 百分数的序列的长度是35个或更多个连续氨基酸例如35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、 45、45、47、48、49、50个等连续氨基酸（例如，在表1(SEQIDN0S 1-620)、表2(SEQIDN0S 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6的任一表中的任何氨基酸序列的全部或 的部分范围内）。在又一些特定方面，共有同一性百分数的序列的长度是50个或更多个连 续氨基酸例如 50-55、55-60、60-65、65-70、70-75、75-80、80-85、85-90、90-95、95-100 个等 连续氨基酸（例如，在表 1(SEQ ID NOS 1-620)、表 2(SEQ ID NOS 621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6的任一表中的任何氨基酸序列的全部或的部分范围内）。
[0084] "不相关的"或"非同源"的序列共有小于30%同一性。更具体地，与本发明的蛋 白质，肽或多核苷酸在指定的同源区域范围内共有小于约25%同一性。
[0085] 蛋白质或肽的变体或衍生物指该蛋白质或肽、或其子序列、部分或同源物的修饰 形式或变体形式（例如，在表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6的任一表中的任何氨基酸序列的全部或部分范围内）。蛋白质 和肽的这类修饰形式如氨基酸缺失、添加和置换也可以用于本发明的用途、方法和组合物， 包括调节免疫反应、激发、刺激、诱导、促进、增加或增强针对如本文中所述的过敏反应或变 态反应的免疫耐受性并针对所述过敏反应或变态反应保护和治疗受试者的方法。
[0086] 因此，根据本发明，提供蛋白质和肽、其子序列、部分和同源物（例如，表1(SEQ ID NOS 1-620)、表 2 (SEQ ID NOS 621-1442)、表 4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 中所示的 TG蛋白质或肽的）的修饰形式、变异形式和衍生物形式，所述形式具有所述蛋白质和肽的 未修饰、未变异和非衍生化形式的一种或多种功能或活性。这类形式，称作"修饰物"、"变 体"或"衍生物"及其语法变型不同于参考序列。例如，如本文所述，蛋白质、肽、其子序列、部 分或同源物可以包含氨基酸序列、由其组成或基本上由其组成，所述氨基酸序列是表1(SEQ ID N0S1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6 中所示的 TG蛋白质或氨基酸序列的修饰物、变体或衍生物。这类修饰物、变体或衍生物可以具有比 参比蛋白或肽更大或更小的活性或功能，如激发、刺激、诱导、促进、增加、增强、激活、调节、 抑制、减少、阻抑或降低针对抗原或变应原的免疫反应（例如T细胞反应）或激发、刺激、诱 导、促进、增加或增强针对所述抗原或变应原的免疫耐受性（去敏化）的能力。因而，蛋白 质、肽或其子序列、部分或同源物包含这些序列，所述序列与参比抗原或变应原（例如，在 表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S1443-2264)或表 6 的任一表中所述的任何TG蛋白质或肽）具有基本上相同、更大或更小的相对活性或功能， 例如，激发、刺激、诱导、促进、增加、增强、激活、调节、抑制、阻抑、降低或减少针对体外或体 内抗原或变应原的免疫反应（例如T细胞反应）或激发、刺激、诱导、促进、增加或增强针对 所述体外或体内抗原或变应原的免疫耐受性的能力。
[0087] 变体或衍生物因此包含缺失，包括截短物和片段；插入物和添加物，包括加标签的 多肽和融合蛋白；置换，例如保守性置换、位点定向突变体和等位变体；和修饰，包括具有 与肽共价连接的一个或多个非氨基酰基团（例如，糖、脂质等）的类肽和翻译后修饰。
[0088] 修饰的非限制性例子包括参比蛋白、肽或其子序列或部分（例如，在表1(SEQ ID NOS 1-620)、表 2 (SEQ ID NOS 621-1442)、表 4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 的任一表 中的任何氨基酸序列的全部或的部分范围内）的一个或多个氨基酸置换（例如，1、2、3、4、 5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、20-25、25-30、30-50、50-100 个或更多 个残基）、添加和插入（例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、 20-25、25-30、30-50、50-100 个或更多个残基）和缺失（例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、 12、13、14、15、16、17、18、19、20、20-25、25-30、30-50、50-100)。在具体的实施方案中，修饰 序列或变体序列保留未修饰序列的至少部分功能或活性，并且可以具有小于、可比于或大 于参考序列的功能或活性，但至少具有参考序列的部分功能或活性，例如激发、刺激、诱导、 促进、增加、增强、激活、调节、抑制、阻抑、降低或减少对变应原的免疫反应（例如T细胞反 应）或激发、刺激、诱导、促进、增加或增强针对变应原的免疫耐受性的能力。连同其他，这 类免疫反应例如包括诱导、增加、增强、刺激、激活、调节、抑制、阻抑、降低或减少的细胞因 子（例如，IL-5)、抗体（例如IgG抗体产生增加、IgE产生减少）或免疫细胞（例如⑶4+T 细胞、⑶8+T细胞、Thl细胞、Th2细胞或调节型T细胞）表达、产生或活性。
[0089] 蛋白质和肽的变体和衍生物包括天然存在的多态性或等位变体，株系变体、以及 含有有限数目的氨基酸序列保守性氨基酸置换的合成蛋白质和肽。多种标准可以用来表示 蛋白质或肽中特定位置处的氨基酸是否相似。在产生这类变化时，可以基于侧链取代基的 相对相似性，例如，它们的大小、电荷、疏水性、亲水性等置换相似的氨基酸残基，并且可以 通过例行检验确定这类置换对肽功能的影响。
[0090] 置换的特定非限制性例子包括保守性氨基酸置换和非保守性氨基酸置换。"保守 性置换"是一个氨基酸由生物上、化学上或结构上相似的残基替换。生物上相似的意指置换 不破坏生物活性。结构上相似的意指氨基酸具有长度相似（如丙氨酸、甘氨酸和丝氨酸）或 大小相似的侧链。化学相似性意指残基具有相同电荷或是亲水或疏水的。例如，保守性氨基 酸置换是其中一个氨基酸残基被替换为具有相似侧链的氨基酸残基的一种置换，所述具有 相似侧链的氨基酸残基包括具有碱性侧链的氨基酸（例如，赖氨酸、精氨酸、组氨酸）；酸性 侧链的氨基酸（例如，天冬氨酸、谷氨酸）；不带电荷极性侧链的氨基酸（例如，甘氨酸、天 冬酰胺、谷氨酰胺、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸、半胱氨酸、组氨酸）；非极性侧链的氨基酸（例 如，丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸）分枝侧链 的氨基酸（例如，苏氨酸、缬氨酸、异亮氨酸）和芳族侧链的氨基酸（例如，酪氨酸、苯丙氨 酸、色氨酸）。具体例子包括一个疏水性残基，如异亮氨酸、缬氨酸、亮氨酸或甲硫氨酸置换 另一个疏水性残基，或一个极性残基置换另一个极性残基，如精氨酸置换赖氨酸、谷氨酸置 换天冬氨酸或谷氨酰胺置换天冬酰胺、丝氨酸置换苏氨酸等。认为更难分类的脯氨酸与脂 族侧链的氨基酸（例如，Leu、Val、lie、和Ala)共有多个特性。在某些情况下，谷氨酰胺置 换谷氨酸或天冬酰胺置换天冬氨酸可以视为相似置换，在于谷氨酰胺和天冬酰胺分别是谷 氨酸和天冬氨酸的酰胺衍生物。保守性变化也可以包括化学衍生化部分置换非衍生化残 基，例如，通过氨基酸的官能性侧基团反应。蛋白质和肽的变体和衍生物包括具有有限数目 的一个或多个取代残基的形式。
[0091] 添加可以是任何类型分子的共价或非共价接合。添加的具体例子包括糖基化、乙 酰化、磷酸化、酰胺化、甲酰化、遍在蛋白化和由保护基团/封闭基团衍生和许多化学修饰 的任一种。添加的另外具体非限制性例子是一个或多个另外的氨基酸残基。因此，蛋白质、 肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可以是较大分子（如另一个蛋白质或肽序列，如 具有不同（迥异）序列的融合物或嵌合体）的部分或含于其内部。
[0092] 在具体的实施方案中，添加是一个融合（嵌合）序列，S卩，一个使得通常不存在于 参考天然（野生型）序列中的一个或多个分子与该序列共价连接的氨基酸序列。当指称一 个序列使用时，术语"嵌合"和其语法变型意指该序列含有衍生自、获得自或分离自、或基于 其他物理实体或化学实体的一个或多个部分。例如，两种或更多种不同蛋白质的嵌合体可 以具有蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物或变体的一个部分，并且嵌合体的第二部分可以 来自不同序列或不相关的蛋白质序列。
[0093] 具有氨基酸添加的序列的另一个特定例子是其中连接（共价结合或非共价结合） 了赋予迥异或互补功能的第二异源序列（即异源功能性结构域）的一个序列。异源功能 性结构域不限于氨基酸残基。因此，异源功能性结构域可以由多种不同类型的小官能部分 或大官能部分的任一种组成。这类部分包括核酸、肽、糖、脂质或小分子有机化合物如药物 (例如，抗病毒药）、金属（金、银）和放射性同位素。例如，可以连接标签如T7或多组氨酸 以促进纯化或检测蛋白质、肽等。因此，提供了蛋白质、肽、其子序列、部分和同源物（例如， 表1、表2、表4或表6中所示的TG蛋白质或肽）和异源结构域，其中所述异源功能性结构 域对该蛋白质、肽、其子序列、部分和同源物赋予不同功能。
[0094] 可以在序列和添加物（例如，异源功能性结构域）之间插入接头，如氨基酸或肽 模拟物序列，从而这两个实体维持、至少部分地维持不同功能或活性。接头可以具有可能 助长任一个结构域或与之相互作用的一种或多种特性，所述特性包括柔性构象、不能形成 高度有序的二级结构或者疏水特性或带电特性。一般存在于蛋白质柔性区域中的氨基酸 包括Gly、Asn和Ser。其他近中性氨基酸，如Thr和Ala，也可以用于接头序列中。接头序 列的长度可以在不显著影响融合蛋白的功能或活性的情况下变动（见，例如，美国专利号 6, 087, 329)。接头还包括化学部分和偶联剂，如磺基-琥珀酰亚胺基衍生物（磺基-SMCC、 磺基-SMPB)、辛二酸二琥珀酰亚胺酯（DSS)、二琥珀酰亚胺基戊二酸酯（DSG)和二琥珀酰亚 胺酒石酸酯（DST)。
[0095] 添加的其他非限制性例子是可检测标记物。因而，在另一个实施方案中，本发明提 供以可检测方式标记的蛋白质、肽、其子序列、部分和同源物。可检测标记物的具体例子包 括荧光团、发色团、放射性同位素（例如，S35、P32、I125)、电子致密试剂、酶、配体和受体。酶 一般借助它们的活性检出。例如，辣根过氧化物酶通常借助其将底物如3, 3'，5, 5' -四甲 基联苯胺（TMB)转化成可以定量的蓝色颜料的能力检出。
[0096] 添加的另一个非限制性例子是在任何蛋白质、肽、其子序列、部分或同源物（例 如，本文中如在表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6的任何氨基酸序列中所述的任何蛋白质或序列）内部插入氨基酸。在具 体的实施方案中，插入是一个或多个氨基酸残基插入蛋白质或肽或其子序列、部分或同源 物，如本文中（如在表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中）所述的任何TG蛋白质或序列的氨基酸序列中。
[0097] 修饰和变异的蛋白质、肽、其子序列、部分或同源物还包括置换L-氨基酸的一个 或多个D-氨基酸（及其混合物）、结构类似物和功能性类似物，例如，具有合成性或非天然 氨基酸或氨基酸类似物和衍生化形式的肽模拟物。修饰包括环状结构物如分子的氨基端和 羧基端之间的端对端酰胺键或分子内或分子间二硫键。蛋白质、肽、其子序列、部分和同源 物可以在体外或在体内进行修饰，例如，翻译后修饰以例如包含糖残基、磷酸酯基、遍在蛋 白、脂肪酸、脂类等。
[0098] 修饰和变异的蛋白质、肽、其子序列、部分和同源物具体非限制性例子包括包含 氨基酸序列、由其组成或基本上由其组成的蛋白质或肽，其中所述氨基酸序列包含来自表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表 6 的任一表中所述的全长TG蛋白质或氨基酸序列的至少一个氨基酸缺失。在具体的实施方 案中，蛋白质、肽或其子序列、部分或同源物比全长蛋白质序列少约2个到直至1个氨基酸。 在另外的具体实施方案中，蛋白质子序列或部分是约2至5个、5至10个、10至15个、15至 20个、20至25个、25至50个、50至100个氨基酸长度，条件是所述子序列或部分在长度上 比全长蛋白质序列少至少一个氨基酸。
[0099] 术语"子序列"或"部分"意指全长分子的片段或部分。子序列或其部分由小于全 长蛋白质或肽的一个或多个氨基酸组成。子序列或部分可以从内部比全长蛋白质或多肽少 一个或多个氨基酸，或者从氨基末端或羧基末端缺失末端氨基酸。子序列和部分可以在大 小方面变动。例如，蛋白质或肽的子序列或部分可以小至能够结合抗体的表位（即，约5个 氨基酸）直至是比参比蛋白或肽的整个长度少一个氨基酸的多肽。
[0100] 如本文所用，子序列和部分也可以包含一个或多个氨基酸添加或缺失或由其组 成，其中子序列或部分不包含全长天然/野生型蛋白质或肽序列。因此，总子序列或部分长 度可以大于全长天然/野生型蛋白质或肽的长度，例如，其中蛋白质或肽子序列与另一种 多肽融合或形成嵌合体。
[0101] 本发明提供分离和/或纯化的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生 物。在具体的实施方案中，分离和/或纯化的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体 或衍生物包含表 1(SEQ ID N0S1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6的任一表中所述的TG蛋白质或肽的氨基酸序列、由其组成或基本上由其 组成。在具体的实施方案中，分离和/或纯化的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或 衍生物包括T细胞表位（例如，Th2细胞表位）。
[0102] 当作为成分的修饰语使用时，术语"分离的"意指成分由人类手工产生或彻底或至 少部分地与其天然存在的体内环境分离。通常，分离的成分基本上不含自然界中正常情况 下与之结合的一种或多种物质，例如，一种或多种蛋白质、核酸、脂质、糖类、细胞膜。术语 "分离"不排除成分的替代性物理形式，如融合物/嵌合体，多聚体/低聚物、修饰（例如，磷 酸化、糖基化，脂质化）或衍生化形成，或通过人类手工在宿主细胞中表达的形成。
[0103] 当不含自然界中一般与之结合的大部分或全部物质时，"分离的"成分（例如， 本文中（如在表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6的任一表中）所述的任何TG蛋白质或序列的蛋白质、肽、其子序列、部 分、同源物、变体或衍生物）也可以是"基本上纯的"或"纯化的"。因而，分离的蛋白质、肽、 其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，也基本上纯的或纯化的，不包括在数百万个其他序 列当中存在的多肽或多核苷酸，例如，肽文库的肽或基因组文库或cDNA文库中的核酸。
[0104] "基本上纯的"或"纯化的"成分可以与一种或多种其他分子组合。因而，"基本上 纯的"或"纯化的"不排除成分的组合，如蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物 (例如，多种蛋白质、肽、子序列等）和其他抗原、药剂、药物或疗法的组合。
[0105] 蛋白质和肽（例如，抗原和变应原）可以重组制备、化学合成、从生物材料或来 源分离并任选地经修饰，或其任意组合。生物材料或来源将包括产生或拥有本文中所述 (例如，如在表 1(SEQ ID NOS 1-620)、表 2(SEQ ID NOS 621-1442)、表 3、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6的任一个表中所列出）的任何蛋白质或肽（例如，抗原或变应原）的 生物。生物材料或来源还可以指制备物，其中形态完整性或物理状态已经改变、调整或破 坏，例如，通过剖分、解离、增溶、分级、均化、生物化学的或化学的提取、粉碎、冻干、超声处 理或操作或加工生物来源或材料的任何其他手段改变、调整或破坏。可以例如通过在蛋白 质、肽、其子序列、部分或同源物的氨基酸序列中置换、缺失或添加一个或多个氨基酸残基 并筛选生物活性例如激发免疫反应，制备子序列、变体、同源物和衍生物。技术人员将理解 怎样使用例如在 Sambrook 等人，（2001)Molecular Cloning:a Laboratory Manual,第 3 版，Cold Spring Harbour Laboratory Press)中描述的标准分子生物学技术和方法产生 这类衍生物或变体。
[0106] 本发明也提供固定在基材上或与之连接的蛋白质或肽（例如，本文中所述的任何 TG 蛋白质或序列（如表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示）的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物）。所 述蛋白质或肽（例如，本文中所述的任何TG蛋白质或序列（如表1(SEQ ID N0S1-620)、表 2(SEQ ID NOS 621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 中所示）的蛋白质、肽、其 子序列、部分、同源物、变体或衍生物）可以任选地在基材上具有唯一或独特位置或地址。
[0107] 可以固定到或连接至蛋白质或肽（例如，本文中所述的任何TG蛋白质或序列（如 表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表 6中所示）的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物）的基材基本上包括可透、 半透或不可透或者刚性或易曲折并能够储存、与之结合或已经与之连接或浸渍的任何物理 实体如二维表面。
[0108] 基材包括干燥固态介质（例如，纤维素、聚酯、尼龙或它们的混合物等），如玻璃、 二氧化硅、塑料、聚乙烯、聚苯乙烯、聚丙烯、聚乙酸酯、聚碳酸酯、聚酰胺、聚酯、聚氨酯或聚 氯乙烯。基材包括具有彼此隔离以避免或防止交叉污染或彼此或与其他试剂混合的截面、 区室、孔、容器、器皿或管的结构。一般含有6,12, 26,48,96至1000个孔的多孔板是这种结 构的一个具体的非限制性例子。
[0109] 基材还包括用于二维或三维序列阵列的支持物。序列一般在确定的位置（地点 或地址）与基材的表面（例如，经共价键）连接。基材可以包含许多序列，例如，1、2、3、4、 5、5 至 10、10 至 15、15 至 20、20 至 25、25 至 30、30 至 35、35 至 40、40 至 45、45 至 50、50 至 75、75 至 100、100 至 150、150 至 200、200 至 250、250 至 300 个直至全部如表 1 (SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表 6 中所示的蛋白 质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。这类基材，也称作"阵列"，可以具有任何蛋 白质密度；密度越大，在给定芯片上筛选的序列的数目越多。可以根据本发明将包含二维或 三维序列阵列并且在其中包含单独蛋白质序列的基材编码。
[0110] 本发明也提供核酸，其编码例如表1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列的蛋白质、肽、其子 序列、部分、同源物、变体或衍生物。这些核酸序列编码与例如表1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2 (SEQ ID N0S 621-1442)、表4 (SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的任何氨基酸序列 的示例性蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物相同至少40%或更大（例如， 45 %,50 %,55 %,60 %,65 %,70 %,75 %,80 %,85 %,90 %,95 %,96 %,97 %,98 %,99 % ) 的序列。在一个另外的实施方案中，核酸编码具有修饰的序列，如例如表1(SEQ ID NOS 1-620)、表2(SEQ ID NOS 621-1442)、表4(SEQ ID NOS1443-2264)或表6 中所示的氨基酸序 列的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物的一个或多个氨基酸添加（插入）、 缺失或置换。
[0111] 术语"核酸"、"多核苷酸"和"多核苷"等指经磷酸酯键或等同物连接的至少两个或 更多个核糖或脱氧核糖核酸碱基对（核苷酸/核苷）。核酸包括多核苷酸和多核苷。核酸 包括单个、双重或三重、环状分子或线性分子。示例性核酸包括但不限于：RNA、DNA、cDNA、 基因组核酸、天然存在的和非天然存在的核酸，例如，合成性核酸。
[0112] 核酸可以具有各种长度。核酸长度一般是约20碱基至20千碱基（Kb)，或这类长 度内或包括这类长度的任何数值或范围，10碱基至l〇Kb、1至5Kb或更小、1000至约500碱 基或更小长度。核酸也可以较短，例如，100至约500碱基、或约12至24, 24至45,45至90， 90至250,或约250至500碱基长度，或这类长度内或包括这类长度的任何数值或范围或 值。在特定方面，核酸序列具有约 10-20、20-30、30-50、50-100、100-150、150-200、200-250、 250-300、300-400、400-500、500-1000、1000-2000个碱基长度、或这类长度内或包括这类长 度的任何数值或范围。较短的核酸常称作单链或双链DNA的"寡核苷酸"或"探针"。然而， 对这类寡核苷酸的长度不存在上限。
[0113] 核酸序列还包含核苷酸和核苷置换、添加和缺失，以及衍生化形式和融合序列/ 嵌合序列（例如，编码重组多肽）。例如，归因于遗传密码的简并性，核酸包括相对于编码 例如表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2 (SEQ ID N0S 621-1442)、表 4 (SEQ ID N0S 1443-2264) 或表6中所示的氨基酸序列的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物（例如，置 换、添加、插入和缺失）的核酸简并的序列和子序列。
[0114] 核酸可以使用各种标准克隆技术和化学合成技术产生。技术包括但不限于采用基 因组DNA或cDNA靶，使用能够使编码序列复性的引物（例如，简并引物混合物）的核酸扩 增，例如，聚合酶链反应（PCR)。核酸也可以通过化学合成（例如，固相磷酰亚胺合成）或从 基因转录来产生。产生的序列随后可以在体外翻译，或克隆至质粒中并增殖并且随后在细 胞中（例如，宿主细胞如真核生物或哺乳动物细胞、酵母或细菌、在动物中或在植物中）表 达。
[0115] 可以将核酸插入该核酸的表达受"表达控制元件"影响或调节的核酸构建体中。 "表达控制元件"指调节或影响与之有效连接的核酸序列表达的核酸序列元件。如果适宜， 表达控制元件包括在编码蛋白质的基因之前的启动子、增强子、转录终止子、基因沉默子、 起始密码子（例如，ATG)等。
[0116] 与核酸序列有效连接的表达控制元件控制核酸序列的转录并且如果适宜控制其 翻译。表达控制元件包括以组成型方式激活转录的、可诱导（即，需要外部信号以激活）或 可阻遏（即，需要信号以关闭；当信号不再存在时，转录激活或"脱阻遏的"）或对细胞类型 或组织特异（即，组织特异性控制元件）的元件。
[0117] 也可以将核酸插入质粒以便增殖，插入宿主细胞中并用于后续遗传操作。质粒 是可以在宿主细胞中增殖的核酸，质粒可以任选地含有表达控制元件，目的是驱动编码蛋 白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物的核酸在宿主细胞中表达。载体在本文中 与质粒同义地使用并且也可以包括表达用于宿主细胞中表达的控制元件（例如，表达载 体）。质粒和载体通常含有用于细胞中增殖的至少一个复制起点和启动子。质粒和载体 因此可用于例如表 1(SEQ ID NOS 1-620)、表 2(SEQ ID NOS 621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生 物的遗传操作和表达。因此，提供包含核酸的载体，所述核酸编码编码例如表1(SEQ ID NOS 1-620)、表2(SEQ ID NOS 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6 中所示的氨基酸 序列的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物或与之互补。
[0118] 根据本发明，提供了表达核酸和/或用该核酸转化的颗粒（例如，病毒颗粒）和转 化的宿主细胞，其中所述核酸编码和/或表达例如表1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID NOS 621-1442)、表4(SEQ ID N0S1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列的蛋白质、肽、其 子序列、部分、同源物、变体或衍生物。颗粒和转化的宿主细胞包括但不限于病毒粒，以及原 核细胞和真核细胞如细菌、真菌（酵母）、植物、昆虫、动物（例如，哺乳动物，包括灵长类和 人类、CH0细胞和杂交瘤）细胞。例如，用重组噬菌体核酸、质粒核酸或粘粒核酸表达载体 转化的细菌；用重组酵母表达载体转化的酵母；用重组病毒表达载体（例如，花椰菜花叶病 毒、CaMV;烟草花叶病毒、TMV)感染或用重组质粒表达载体（例如，Ti质粒）转化的植物细 胞系统；用重组病毒表达载体（例如，杆状病毒）感染的昆虫细胞系统；和用重组病毒表达 载体（例如，逆转录病毒、腺病毒、痘苗病毒）感染的动物细胞系统、或经工程化用于稳定表 达的转化的动物细胞系统。细胞可以是原代细胞分离株、细胞培养物（例如，传代、建立或 永生化的细胞系），或多个细胞或离体组织或器官或在受试者中（体内）的部分。
[0119] 当指称细胞（例如，宿主细胞）或生物使用时，术语"转化的"或"转染的"意指将 外源分子例如蛋白质或核酸（例如，转基因）掺入细胞后细胞中的遗传改变。因而，"转染" 或"转化"的细胞是已经通过人力例如通过重组DNA技术向其中引入外源分子的细胞或其 子代。
[0120] 核酸或蛋白质可以在宿主细胞及其子代中稳定或瞬时转染或转化（表达）。可以 增殖细胞并且可以表达引入的蛋白质或转录引入的核酸。转染或转化的细胞的子代可以与 亲本细胞不相同，因为可能存在复制过程中出现的突变。
[0121] 也可以通过本领域已知的方法实施蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍 生物和核酸在颗粒中的表达或引入靶细胞（例如，宿主细胞）中。非限制性例子包括渗透休 克（例如，磷酸钙法）、电穿孔法、微量注射法、细胞融合法等。也可以使用其他技术实现体 夕卜、离体和体内引入核酸和多肽。例如，高分子物质如聚酯、聚氨基酸、水凝胶、聚乙烯吡咯 烷酮、乙烯-醋酸乙烯酯、甲基纤维素、羧甲基纤维素、硫酸鱼精蛋白、或丙交酯/乙交酯共 聚物、聚乳酸/乙交酯共聚物或乙烯醋酸乙烯酯共聚物。核酸可以包埋于通过凝聚技术或 通过界面聚合制备（例如，分别通过使用羟甲基纤维素或明胶-微胶囊或聚（甲基丙烯酸 甲酯）微胶囊）制备的微胶囊中或包埋于胶态体系中。胶态分散体系包括大分子复合物、 纳米胶囊、微球体、珠和基于脂质的系统，包括水包油乳液、胶束、混合胶束和脂质体。
[0122] 用于引入多种成分至细胞中的脂质体是本领域已知的并且例如包括磷脂酰胆碱、 磷脂酰丝氨酸、lipofectin 和 D0TAP(例如，美国专利号 4, 844, 904、5, 000, 959、4, 863, 740 和4, 975, 282 ;和GIBCO-BRL，Gaithersburg，MD)。可用于基因治疗的基于哌嗪的两性阳离 子脂质也是已知的（见，例如，美国专利号5, 861，397)。阳离子脂质系统也是已知的（见， 例如，美国专利号5, 459, 127)。高分子物质、微胶囊和胶态分散体系如脂质体在本文统称为 "小泡"。因此，包括递送到细胞的病毒载体装置和非病毒载体装置。
[0123] 可以在多种方法和用途中使用TG蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或 衍生物，例如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的TG氨基酸序列。这类方法和用途例如包括体外和体内施用一 种或多种蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，如表1(SEQ ID N0S1-620)、表 2 (SEQ ID NOS 621-1442)、表 4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 中所示的 TG 氨基酸序列或 其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。提供的方法和用途包括调节免疫反应的方法和用 途，连同其他，包括针对病症、疾病对受试者保护并治疗的方法和用途；和提供特异性免疫 疗法的方法和用途；和诊断方法和用途。
[0124] 在具体的实施方案中，方法和用途包括施用或递送本文所述的蛋白质、肽、其子 序列、部分、同源物、变体或衍生物（例如，表1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表4(SEQIDN0S1443-2264)或表6中所示的任何TG氨基酸序列）以调节受试 者中的免疫反应，例如包括调节针对变应原或抗原的免疫反应。
[0125] 如本文所用，术语"调节"意指就调整而言改变或影响。例如，术语"调节"可以在 多种情况下使用以表示改变或影响多肽、基因或信号传导途径的活性、功能或表达或生物 的生理状况或反应。在某些实施方案中，调节涉及减少、降低、抑制、阻抑或破坏受试者针对 抗原或变应原的免疫反应。在其他实施方案中，调节涉及激发、刺激、诱导、促进、增加或增 强受试者针对抗原或变应原的免疫反应。因而，在术语"调节"用来修饰术语"受试者中针 对变应原的免疫反应"的情况下，这意指改变或影响（例如，减少、降低、抑制、阻抑、限制、控 制、阻止、激发、引发、刺激、增加、引起、增强等）受试者中针对变应原的免疫反应。
[0126] 调节针对如本文所述的抗原或变应原的免疫反应的方法和用途可以用来为受试 者提供保护作用对抗针对该变应原的变态应答或反应，或者由该变应原引起或与之相关的 过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症。因此， 在其他实施方案中，方法和用途包括施用本文所述（例如，表1(SEQ ID N0S1-620)、表2(SEQ ID NOS 621-1442)、表4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的任何TG氨基酸序列的） 的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物以保护或治疗受试者免于由变应原引 起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、 疾病、症状或并发症。在另外的实施方案中，方法和用途包括施用或递送本文所述（例如， 表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表 6中所示的任何TG氨基酸序列）的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物以激 发、刺激、诱导、促进、增加或增强受试者针对抗原或变应原的免疫耐受性。
[0127] 在多种实施方案中，提供了为受试者提供针对由变应原引起或与之相关的变态反 应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的保 护作用的方法和用途。在多个方面，方法或用途包括向受试者施用下述量的本文所述（例 如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S1443-2264)或 表6中所示的任何TG氨基酸序列）的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物， 所述量足以为受试者提供针对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性 疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的保护作用。
[0128] 本发明的方法和用途包括为受试者提供针对抗原或变应原或由暴露于抗原或变 应原引起或与之相关一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的保护作用，例 如，接种该受试者以保护对抗针对变应原的变态反应，例如用表1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2 (SEQ ID NOS 621-1442)、表 4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 中所示的任何 TG 氨基酸序 列接种。在某些实施方案中，方法和用途包括通过诱导受试者（去敏化）针对变应原的耐 受性保护受试者免于变态应答或反应。
[0129] 如本文所用，当指称由暴露于变应原引起或与之相关的变态反应或一种或多种生 理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症使用时，术语"保护"、"防护"和其语法变型意指阻 止由暴露于该变应原引起或与之相关的变态反应、反应或一种或多种生理状况、病症、病 患、疾病、症状或并发症，或降低或减少由暴露于该变应原引起或与之相关的变态反应、反 应或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的易感性。
[0130] 变态反应包括但不限于过敏反应、超敏反应、炎症反应或炎症。在某些实施方案 中，变态反应可以涉及以下一种或多种：细胞浸润、产生抗体、产生细胞因子、淋巴因子、趋 化因子、干扰素和白介素、细胞生长和成熟因子（例如、分化因子）、细胞增殖、细胞分化、细 胞聚集或移行（趋化）以及细胞、组织或器官损伤或重建。在特定方面，变态反应可以包括 过敏性鼻炎；盘尾丝虫性皮炎；异位性皮炎；过敏性结膜炎；药物反应；结节、嗜酸粒细胞增 多症、风湿病、皮炎、皮疹、荨麻疹和肿胀（NERDS);食管过敏和胃肠道过敏。
[0131] 变态反应可以全身性或局部地出现在任何区域、器官、组织或细胞中。在特定方 面，变态反应出现在皮肤、上呼吸道、下呼吸道、胰、胸腺、肾、肝脏、脾、肌肉、神经系统、骨骼 关节、眼、粘膜组织、肠管或肠中。
[0132] 本文的方法和用途包括对受试者治疗由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏 性疾病或变应性疾病，以及一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症。这类方 法和用途包括向受试者施用下述量的本文所述的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体 或衍生物（例如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的任何TG氨基酸序列），所述量足以治疗受试者的由该变应原引 起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、 疾病、症状或并发症。
[0133] 如本领域技术人员将理解的，治疗由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性 疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症可以包括减少、 降低、抑制、阻抑、限制、控制或清除由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变 应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症。因而在某些实施方案 中，治疗受试者由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或 多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的方法或用途包含从受试者消除由该变应 原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病 患、疾病、症状或并发症。在其他实施方案中，治疗受试者由变应原引起或与之相关的变态 反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的 方法或用途包括减少受试者中由该变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应 性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的出现、频率、严重性、进展 或持续时间。在又一个实施方案中，治疗受试者由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏 性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的方法或用 途包括通过阻止由受试者与变应原接触引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性 疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的出现、频率、严重性、进展或 持续时间的增加，稳定该受试者中由该变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或 变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症。
[0134] 本发明的方法和用途包括治疗先前暴露于抗原或变应原的或向其施药。因此，在 某些实施方案中，方法和用途是治疗或保护受试者免于由继发或后续暴露于抗原或变应原 引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病 患、疾病、症状或并发症。
[0135] 根据本发明方法和用途可治疗的由抗原/变应原引起或与之相关的生理状况、 病症、病患、疾病、症状或并发症包括但不限于哮喘、过敏性哮喘、细支气管炎和胸膜炎、过 敏性鼻炎；盘尾丝虫性皮炎；异位性皮炎；过敏性结膜炎；药物反应；结节、嗜酸粒细胞增 多症、风湿病、皮炎、皮疹、荨麻疹和肿胀（NERDS);食管及胃肠道过敏、气道阻塞、呼吸暂 停、石棉肺、肺不张、铍病、支气管扩张症、细支气管炎、闭塞性细支气管炎、机化肺炎、支气 管炎、支气管肺发育不良、积脓、胸膜积脓、胸膜会厌炎、咯血、高血压、Kartagener综合征、 胎粪吸入、胸腔积液、胸膜炎、肺炎、气胸、呼吸窘迫综合症、呼吸道超敏反应、鼻硬结病、 Scimitar综合征、严重急性呼吸综合征、矽肺、气管狭窄、嗜酸粒细胞性胸腔积液、组织细胞 增多症；慢性嗜酸性粒细胞性肺炎；过敏性肺炎；过敏性支气管肺曲霉菌病；肉样瘤病；特 发性肺纤维化；肺水肿；肺栓塞；肺气肿；肺换气过度；肺泡蛋白沉积症；慢性阻塞性肺病 (C0PD);间质性肺病；和局部嗜酸粒细胞增多症。
[0136] 本文所述的梯牧草蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体及衍生物可以激发、 刺激、诱导、促进、增加或增强针对抗原（包括变应原）的免疫耐受性。本发明的方法和用 途因此还包括诱导受试者针对抗原或变应原的免疫耐受性。因此，例如，本文所述的梯牧草 蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体及衍生物可以有效治疗（例如，治疗性治疗）过敏 性免疫反应，包括但不限于在受试者继发或后续暴露于抗原后的变应性免疫反应。在一个 实施方案中，方法或用途包括向受试者施用下述量的本文所述的蛋白质、肽、其子序列、部 分、同源物、变体或衍生物（例如，表1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的任何TG氨基酸序列），所述量足以在受试者中 诱导针对抗原或变应原的耐受性。在特定方面，激发、刺激、引起、引发、增加或增强的免疫 耐受性可以涉及调节T细胞活性，包括但不限于⑶4+T细胞、⑶8+T细胞、Thl细胞、Th2细胞 和调节型T细胞。例如，因施用梯牧草蛋白质或肽、或其子序列、部分、同源物、变体或衍生 物而激发、刺激、引起、引发、增加或增强的免疫耐受性可以涉及调节T细胞产生的促炎细 胞因子或抗炎细胞因子的产生或活性。
[0137] 在另外的实施方案中，诱导受试者中针对变应原的免疫耐受性的方法或用途包括 受试者中由针对变应原的变态反应引起或与之相关的生理状况、病症、病患、疾病、症状或 并发症的发生、频率、严重性、进展或持续时间减少。因而，在某些实施方案中，诱导免疫耐 受性可以针对由抗原或变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一 种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症保护受试或治疗受试者。
[0138] 本文所述的诱导免疫耐受性方法和用途可以包括激发、刺激、诱导、促进、增加或 增强免疫反应。在某些实施方案中、诱导免疫耐受性可以包括激发、刺激、诱导、促进、增加 或增强减少、降低、抑制、阻抑、限制、控制或清除变态反应的免疫反应。例如，在某些实施方 案中，诱导免疫耐受性可以包括激发、刺激、诱导、促进、增加或增强调节型T细胞的增殖或 活性。在其他实施方案中，诱导免疫耐受性可以包括激发、刺激、诱导、促进、增加或增强促 进变态反应的免疫反应。如本领域技术人员将理解，激发、刺激、诱导、促进、增加或增强促 进变态反应的免疫反应的方法或用途仍可能通过另外激发、刺激、诱导、促进、增加或增强 减少、降低、抑制、阻抑、限制、控制或清除变态反应的免疫反应诱导免疫耐受性。在具体的 实施方案中，诱导免疫耐受性包括激发、刺激、诱导、促进、增加或增强一种免疫反应，所述 免疫反应减少、降低、抑制、阻抑、限制、控制或清除比促进变态反应的免疫反应更强的变态 反应。在其他实施方案中，诱导免疫耐受性包括激发、刺激、诱导、促进、增加或增强更多的 免疫反应，所述免疫反应减少、降低、抑制、阻抑、限制、控制或清除比促进变态反应的免疫 反应更强的变态反应。
[0139] 本发明的方法和用途包括借助特异性免疫疗法治疗受试者。在一个实施方案中， 方法或用途包括向受试者施用一定量的本文所述的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变 体或衍生物（例如，表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S1443-2264)或表6中所示的任何TG氨基酸序列）。在一个方面，在特异性免疫疗法期 间施用至受试者以治疗该受试者的抗原（变应原）是受试者已经对其致敏或对其超敏（例 如，过敏）的相同抗原（变应原）。在另一个非限制的方面，施用至受试者以治疗该受试者的 抗原（变应原）是受试者已经对其致敏或对其超敏（例如，过敏）的不同抗原（变应原）。 因而在不同的实施方案中，所施用的抗原和针对其寻求免疫耐受性的抗原（例如，变应原） 可以是相同蛋白质（抗原、变应原），可以是相同生物的蛋白质（抗原、变应原）或可以是不 同生物的蛋白质（抗原、变应原）。
[0140] 根据本发明，方法和用途包括治疗性（在抗原/变应原暴露后）和预防性（在抗 原/变应原暴露之前）使用和方法。例如，治疗受试者由变应原引起或与之相关的变态反 应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的治 疗性和预防性方法和用途包括但不限于治疗具有由变应原引起或与之相关的变态反应、过 敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症或面临这 种风险的受试者；治疗具有由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾 病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的受试者；和保护受试者免于由 抗原/变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状 况、病症、病患、疾病、症状或并发症（例如，为受试者提供保护作用对抗针对变应原的过敏 反应）的方法和用途，以减少或降低受试者中由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏 性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的概率和以 减少或降低受试者对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一 种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的敏感性、以抑制或阻止受试者中由变 应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、 病患、疾病、症状或并发症。因此，方法和用途可以治疗由变应原引起或与之相关的变态反 应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症，或 为受试者提供保护免于由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或 一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症（例如，预防性保护）。
[0141] 如本文所述，蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体及衍生物包括T细胞表位， 如Th2细胞表位。因此，本发明的方法和用途包括施用下述量的蛋白质、肽、其子序列、部 分、同源物、变体或衍生物（例如，T细胞表位）至受试者，所述量足以为受试者提供针对由 变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病 症、病患、疾病、症状或并发症的保护作用。在另一个实施方案中，方法包括施用下述量的蛋 白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物（例如，T细胞表位，如Th2细胞表位）至 受试者，所述量足以治疗、接种或免疫受试者对抗由变应原引起或与之相关的变态反应、过 敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症。
[0142] 根据本发明，提供了调节受试者中T细胞的抗变应原活性的方法和用途，所述T细 胞包括但不限于CD8+T细胞、CD4+T细胞、Thl细胞或Th2细胞。在一个实施方案中，方法 或用途包括向受试者施用下述量的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，如T 细胞表位，所述量足以调节受试者中的Th2细胞活性。
[0143] 在本发明的全部方法和用途中，可以使用或施用任何适宜的蛋白质、肽、其子序 列、部分、同源物、变体或衍生物。在具体的非限制性例子中，所述蛋白质、肽、其子序列、部 分、同源物、变体或衍生物包含表1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的蛋白质或肽的TG氨基酸序列或其子序列、部分、 同源物、变体或衍生物、由其组成或基本上由其组成。
[0144] 在某些实施方案中，可以将两种或更多种蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、 变体或衍生物施用至受试者。在具体的实施方案中，蛋白质、肽、其子序列、部分、同源 物、变体或衍生物由表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S 621-1442)、表 4(SEQ ID N0S1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽的氨基酸序列或其子序列、部分、同源物、变 体或衍生物组成或基本上由其组成，并且随一种或多种其他蛋白质、肽、其子序列、部分、同 源物、变体或衍生物一起施用。两种或更多种蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍 生物可以作为组合组合物施用，或单独地施用，如同时或按系列或依次地施用。可以将不同 的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物以相同的量、体积或浓度或不同的量、 体积或浓度施用至受试者。因而，在某些实施方案中，可以向受试者施用相同量的两种或更 多种不同蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物；并且在其他实施方案中，可以 向受试者以大于施用至该受试者的一种或多种其他蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变 体或衍生物的量、体积或浓度施用一种蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。
[0145] 本发明的方法和用途包括由抗原/变应原引起或与之相关的一种或多种生理状 况、病症、病患、疾病、症状或并发症的有利反应或改善。在具体的实施方案中，有利反应或 改善包括但不限于降低、减少、阻抑、限制、控制或抑制变态反应，包括降低、减少、阻抑、限 制、控制或抑制免疫细胞增殖、功能或活性或者激发、刺激、诱导、促进、增加或增强免疫细 胞增殖或活性（例如调节型T细胞）；或降低、减少、阻抑、限制、控制或抑制变应原的量。在 另外的具体实施方案中，蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物的量足以激发、 刺激、诱导、促进、增加或增强或增进针对变应原的免疫耐受性；或减少、降低、抑制、阻抑、 阻止、控制或限制过敏反应或变态反应。在其他的具体实施方案中，蛋白质、肽、其子序列、 部分、同源物、变体或衍生物的量足以保护受试者免于变态反应或降低、减少、限制、控制或 抑制针对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生 理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的易感性。
[0146] 本发明的方法和用途因此包括任何治疗作用或有益作用。在多种方法的实施方 案中，降低、减少、抑制、限制、延迟或阻止由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾 病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症。与抗原/变应 原相关的生理状况、病症、病患和疾病包括但不限于哮喘、过敏性哮喘、细支气管炎和胸膜 炎、过敏性鼻炎；盘尾丝虫性皮炎；异位性皮炎；过敏性结膜炎；药物反应；结节、嗜酸粒细 胞增多症、风湿病、皮炎、皮疹、荨麻疹和肿胀（NERDS);食管及胃肠道过敏、气道阻塞、呼吸 暂停、石棉肺、肺不张、铍病、支气管扩张症、细支气管炎、闭塞性细支气管炎、机化肺炎、支 气管炎、支气管肺发育不良、积脓、胸膜积脓、胸膜会厌炎、咯血、高血压、Kartagener综合 征、胎粪吸入、胸腔积液、胸膜炎、肺炎、气胸、呼吸窘迫综合症、呼吸道超敏反应、鼻硬结病、 Scimitar综合征、严重急性呼吸综合征、矽肺、气管狭窄、嗜酸粒细胞性胸腔积液、组织细胞 增多症；慢性嗜酸性粒细胞性肺炎；过敏性肺炎；过敏性支气管肺曲霉菌病；肉样瘤病；特 发性肺纤维化；肺水肿；肺栓塞；肺气肿；肺换气过度；肺泡蛋白沉积症；慢性阻塞性肺病 (C0PD);间质性肺病；和局部嗜酸粒细胞增多症。与变应原相关的症状和并发症包括但不 限于细胞浸润、产生抗体、产生细胞因子、淋巴因子、趋化因子、干扰素和白介素、细胞生长 和成熟因素（例如，分化因子）、细胞增殖、细胞分化、细胞聚集或移行和细胞、组织或器官 损伤或重塑、过敏性鼻炎；盘尾丝虫性皮炎；异位性皮炎；过敏性结膜炎；药物反应；结节、 嗜酸粒细胞增多症、风湿病、皮炎、皮疹、荨麻疹和肿胀（NERDS);食管及胃肠道过敏。抗原/ 变应原暴露的另外症状是本领域技术人员已知的并且根据本发明提供其治疗。
[0147] 本发明的方法和用途还包括降低、减少、抑制、延迟或阻止一种或多种由抗原/变 应原引起或与之相关的不利症状、病症、病患、疾病或并发症的发作、进展、频率、持续时间、 严重性、概率或敏感性。在另外的多种具体实施方案中，方法和用途包括改善、加速、促进、 增强、增进或促使受试者从由抗原/变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变 应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症恢复。在另外的多种实施 方案中，方法和用途包括稳定由抗原/变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或 变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症。
[0148] 治疗作用或有益作用因此是向特定受试者提供的任何客观或主观可度量或可检 测的改善或益处。治疗作用或有益作用可以是，但不需要是彻底消除全部或任何由变应 原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病 患、疾病、症状或并发症。因此，在短的或长的持续时间（小时、日、周、月等）范围内存在由 变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病 症、病患、疾病、症状或并发症的渐进改善或部分降低，或抑制、减少、降低、阻抑、阻止、限制 或控制由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理 状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的加重或进展时，实现令人满意的临床终点。
[0149] 治疗作用或有益作用还包括降低或消除用于治疗受试者的第二治疗方案或活性 物质如另一种药物或其他药物（例如，抗炎药）的需要、剂量频率或量，其中所述受试者 具有由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状 况、病症、病患、疾病、症状或并发症或面临这种风险。例如，将降低辅助疗法的量，如降低或 减少用于由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生 理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的治疗，或特异性免疫疗法、接种或免疫方案视为 有益作用。此外，将降低或减少用于特异性免疫治疗、接种或免疫受试者以对受试者提供保 护的蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物的量视为有益作用。
[0150] 如本文中公开，本发明蛋白质、肽、子序列等，可以用于对受试者提供特异性免疫 治疗的方法中，所述受试者例如是具有变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或 变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症或面临这种风险的受 试者。在一个实施方案中，方法或用途包括向受试者施用下述量的蛋白质、肽、其子序列、部 分、同源物、变体或衍生物，所述量足以在受试者中激发、刺激、诱导、促进、增加、增强或增 进针对抗原/变应原的免疫耐受性。在另一个实施方案中，方法包括向受试者施用一定量 编码蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物的全部或部分（例如，T细胞表位） 的核酸，所述量足以激发、刺激、诱导、促进、增加、增强或增进受试者针对变应原的免疫耐 受性。
[0151] 当施用抗原或变应原以诱导耐受性时，可以由本领域技术人员确定待施用的抗原 或变应原的量或剂量和为实现所需结局或结果（例如，去敏化或形成针对抗原或变应原的 耐受性）所需要的时间段。该抗原或变应原可以经本领域已知的任何途径施用至患者，所 述途径包括但不限于经口、吸入、舌下、表皮、鼻内和/或肠胃外途径（静脉内、肌内、皮下和 腹膜内途径）。
[0152] 本发明的方法和用途包括将蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物施 用至接触于或暴露于变应原之前的受试者；在受试者已经接触或暴露于变应原之前、基本 上与之同时或在其后施用；和施用在由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或 变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症之前、基本上与之同时 或在其后施用。接触于或暴露于变应原的受试者可能在1-5、5-10、10-20、20-30、30-50、 50-100小时、日、月、或年范围内已经接触或暴露。
[0153] 本发明的成分（例如，具有表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、 表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽的氨基酸序列的蛋白质、肽、其 子序列、部分、同源物、变体或衍生物，包括T细胞表位）、方法和用途可以与具有所需治疗、 有益、加性、协同作用或互补活性或作用的任何化合物、药剂、药物、疗法或其他治疗方案或 计划组合。示例性组合组合物和疗法包括如本文所述（例如，具有表1(SEQ ID N0S 1-620)、 表 2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 中所示的 TG 蛋白质或肽 的氨基酸序列）的多种蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物如T细胞表位，和 第二活性物质，如抗变应原化合物、药剂、药物，治疗和疗法，包括但不限于抗组胺药、抗炎 药、解充血剂和皮质类固醇以及辅助、促进、刺激或增强功效的药剂。这类抗变应原药物、药 齐U、治疗和疗法可以在本文所述的任何方法或用途之前、基本上与之同时或在其后施用或 实施，所述方法或用途例如是治疗受试者由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾 病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的治疗性用途或 方法，或对受试者提供特异性免疫疗法的方法或用途。
[0154] 因此，方法和用途包括组合TG蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物 和第二活性物质，并且作为与第二活性物质的组合施用，或单独地施用，如在施用第二活性 物质至受试者的同时或按系列或依次（在此之前或之后）施用。本发明因此提供与第二 活性物质组合的一种或多种蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物的组合，所 述第二活性物质包括但不限于本文中所述或本领域已知的任何化合物、药剂、药物、治疗方 案、治疗计划、过程、治疗法（remedy)或组合物，如抗组胺药、抗炎药、解充血剂和皮质类固 醇或免疫耐受性刺激、增强或增进方案或特异性免疫治疗方案。化合物、药剂、药物、治疗方 案，治疗计划、过程、治疗法或组合物可以是在向受试者施用一种或多种蛋白质、肽、其子序 列、部分、同源物、变体或衍生物或编码蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物 的全部或部分（例如，T细胞表位）的核酸之前、基本上与之同时或在其后施用或实施。组 合实施方案的具体非限制性例子因此包括前述或其他化合物、药剂、药物、治疗方案，治疗 计划、过程、治疗法或组合物。
[0155] 示例性组合是TG蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物和一种具有 表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID N0S621-1442)、表4(SEQ ID N0S 1443-2264)或表6 中所示的TG蛋白质或肽的氨基酸序列的不同蛋白质，肽或其子序列、部分、同源物、变体或 衍生物。另一个示例性组合是蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物和免疫耐 受诱导分子。
[0156] 在其中存在所需结局或作用，如导致从治疗，保护，诱导免疫耐受性，接种或特异 性免疫疗法获益的治疗性或预防性方法或用途的本发明方法和用途中，TG蛋白质、肽、其 子序列、部分、同源物、变体或衍生物可以按足够或有效量施用。如本文所用，"足够量"或 "有效量"或"足够的量"或"有效的量"指这样的量，所述量在单次给药（例如，初次）或多 个（例如，增强）给药中单独或与一种或多种其他化合物、治疗、治疗方案或药剂（例如，药 物）组合时，在给定的受试者中提供长期或短期可检测或可计量的改善或为给定的受试者 提供任何程度或持续任何时间段或时间（例如，持续分钟、小时、日、月、年或治愈）的任何 客观益处或主观益处。
[0157] 足够的量或有效的量可以在单次施用中提供，但不需要如此提供，并且可以由单 独、任选地在包括第二活性物质的组合组合物或方法或用途中的特定蛋白质、肽、其子序 列、部分、同源物、变体或衍生物实现，但不需要如此实现。此外，如果在没有第二或另外施 用或剂量的情况下在单次给药或多次给药中给予，足够的量或有效的量不需要是足够用或 有效的，原因是可以包括高于和超出这类剂量的另外剂量、数量或持续时间，或另外抗原、 化合物、药物、药剂，治疗或治疗方案，以向给定的受试者提供可检测或可计量的改善或益 处。例如，为了增加、增强、改善或优化特异性免疫疗法，在初始或初次施用一种或多种蛋白 质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物后，可以向受试者施用一个或多个另外的"增 强量"的一种或多种蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。这类后续"增强" 施用可以具有相同或不同的类型、制剂、剂量、浓度、途径等。
[0158] 足够的量或有效的量不需要在治疗的每一位受试者中是治疗或预防有效的，也不 需要在给定组或群体的大部分治疗的受试者中治疗或预防有效的。足够的量或有效的量意 指在特定受试者中足够或有效，不是在受试者组或一般群体中足够或有效。如这类方法常 见，不同受试者将对本发明方法（如免疫、接种、特异性免疫疗法和治疗性疗法）显示出变 动的反应。
[0159] 术语"受试者"包括但不限于面临变应原接触或暴露风险的受试者以及已经接触 于或暴露于变应原的受试者。受试者还包括存在针对抗原或变应原的免疫反应或面临具有 或形成针对抗原或变应原的免疫反应的风险的那些受试者。这类受试者包括哺乳动物（哺 乳动物），如非人灵长类（猿、长臂猿、大猩猩、黑猩猩、猩猩、猕猴）、家养动物（犬和猫）、家 畜（家禽如鸡和鸭、马、奶牛、山羊、羊、猪、实验动物（小鼠、大鼠、兔、豚鼠）和人。受试者 包括动物疾病模型，例如，本领域已知的小鼠和其他动物变态反应模型。
[0160] 因此，适于治疗的受试者包括已经暴露于抗原或变应原或面临暴露于抗原或变应 原的风险的那些受试者，也称作需要治疗的受试者。需要治疗的受试者因此包括已经暴露 于或接触于抗原或变应原的受试者，或具有持续接触或暴露或已经形成由抗原或变应原引 起或与之相关的一种或多种不利症状的受试者，无论症状的类型、时序或发作程度、进展、 严重性、频率、持续时间是什么。
[0161] 目标受试者和需要治疗的受试者还包括面临变应原暴露或接触风险或面临已经 暴露或接触变应原的风险的那些受试者。因此，受试者包括过敏反应风险增加或升高（高） 的那些受试者；具有或先前已经具有针对变应原的超敏反应或面临形成前述超敏反应风险 的那些受试者；和患有哮喘或先前已经患有或面临形成哮喘风险的那些受试者。
[0162] 更具体的目标受试者包括对特定梯牧草抗原和/或变应原过敏的受试者。在特定 实施方案中，受试者对梯牧草花粉变应原如Phi pi、Phi p5和/或Phi p6变应原过敏，或 对同源变应原（如1类、5类和/或6类牧草花粉变应原，例如来自禾草目牧草的牧草花粉） 过敏。
[0163] 本发明组合物、方法和用途因此适用于治疗面临变应原暴露或接触风险但尚未暴 露于或接触变应原的受试者。因此包括预防性用途和方法。用于预防的目标受试者可能如 本文中所述面临增加的变应原暴露或接触风险（概率或敏感性）。由于面临风险，认为这类 受试者需要治疗。
[0164] 用于预防的受试者不需要面临增加的风险，但可以来自其中例如需要保护受试者 免于由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状 况、病症、病患、疾病、症状或并发症或需要提供特异性免疫疗法的一般群体。可以向需要保 护免于由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理 状况、病症、病患、疾病、症状或并发症或需要提供特异性免疫疗法的这种受试者施用蛋白 质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。在另一个非限制性例子中，可以向下述受试 者施用蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，其中所述受试者不特别面临暴 露于或接触变应原的风险，然而却需要针对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性 疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的保护作用。这 类受试者也视为需要治疗。
[0165] "预防"和其语法变型意指其中在接触于或暴露于变应原之前接触、施用或体内递 送至受试者的方法或用途。在某些情况下，可能不知道受试者已经接触于或暴露于变应原， 但是施用或体内递送至受试者可以在由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或 变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症表现之前进行。例如， 可以向受试者提供针对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或 一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的保护作用，或者采用蛋白质、肽、其 子序列、部分、同源物、变体或衍生物向其提供特异性免疫疗法。在这种情况下，方法或用 途可以消除、阻止、抑制、阻抑、限制、减少或降低由抗原/变应原引起或与之相关的变态反 应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的概 率或其易感性。
[0166] "预防"也可以指其中在继发或后续暴露于抗原/变应原之前接触、施用或体内递 送至受试者的方法或用途。在这种情况下，受试者可能已经先前接触或暴露于变应原。在 这类受试者中，急性过敏反应可能消退，但不必需消退。这种受试者一般可能已经因先前暴 露而形成抗变应原抗体。可以在继发或后续变应原暴露之前，通过施用或体内递送至这种 受试者实施免疫或接种。这种方法或用途可以消除、阻止、抑制、阻抑、限制、减少或降低由 变应原引起或与之相关的继发或后续变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生 理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的概率或其易感性。在某些实施方案中，这种方法 或用途包括向受试者提供特异性免疫疗法以消除、阻止、抑制、阻抑、限制、减少或降低由抗 原/变应原引起或与之相关的继发或后续变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多 种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的概率或其易感性。
[0167] 可以在反应或应答期间的任何时间治疗过敏反应或变态反应。蛋白质、肽、其子序 列、部分、同源物、变体或衍生物可以作为组合（例如，与第二活性物质组合）施用，或者根 据本文所述的方法和用途作为单剂量或多剂量分别、同时或按顺序（依次）施用，例如，每 小时、每日，每周，每月或每年或在约1周至10周之间或只要适宜一次或多次，例如以实现 一种或多种症状或并发症的发作，进展，严重性，频率，持续时间减少，其中所述症状或并发 症与由抗原/变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种 生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症相关或由其引起。
[0168] 因此，本发明的方法和用途可以一小时、一日、一周、一月或一年实施一次或多次 (例如，1-10、1-5或1-3次）。技术人员将指导何时适宜延迟或中断施用。非限制性剂量方 案是每周1-7次，持续1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20周或更多周。
[0169] 剂量可以基于目前存在的方案，使用动物疾病模型或任选地在人临床试验中经 验地确定。初始研究剂量可以基于动物研究，例如小鼠，并且确定施用的蛋白质、肽、其 子序列、部分、同源物、变体或衍生物的量是有效的。示例的非限制性量（剂量）处于约 0. lmg/kg至约100mg/kg范围内，并且是这类范围内的任何数值或范围或值。更大或更小 量（剂量）可以施用，例如，0.01-500mg/kg，并且是这类范围内的任何数值或范围或值。剂 量可以根据受试者群体进行调节，并且通常将在约1-1〇μ g/kg、10-25l·! g/kg、25-50l·! g/ kg、50_100 μ g/kg、100-500 μ g/kg、500_l，000 μ g/kg、l-5mg/kg、5_10mg/kg、10_20mg/kg、 20-50mg/kg、50-100mg/kg、100-250mg/kg、250-500mg/kg 或更多的范围内，每小时、每日、每 周、每月或每年2次、3次、4个或更多次。常见范围将是约0. 3mg/kg至约50mg/kg、0-25mg/ kg或1. 0-10mg/kg，或这类范围内的任何数值或范围或值。
[0170] 剂量可以变动并取决于治疗是否为预防性或治疗性的、受试者是否已经先前暴露 于抗原/变应原、症状、病状、病变或并发症的发作、进展、严重性、频率、持续时间、概率或 易感性、或者治疗所针对的接种或特异性免疫疗法、所需的临床终点、既往或同时疗法、受 试者的总体健康、年龄、性别、种族或免疫能力竞争和技术人员将领会的其他因素。技术人 员将领会可能影响为了提供足以提供治疗益处或预防益处的量所需要的剂量和时序的因 素。
[0171] 一般，为了治疗，蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物将按实际情况 尽快施用，一般在受试者暴露于或接触于变应原后1-2、2-4、4-12、12-24或24-72小时内或 由抗原/变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理 状况、病症、病患、疾病、症状或并发症中一者或多者发作或形成后1-2、2-4、4-12、12-24或 24-48小时内施用。
[0172] 对于与接种或特异性免疫疗法有关的预防性治疗，可以在暴露于或接触变应原之 前或至少在暴露于或接触变应原之前1-2、2-4、4-12、12-24、24-48或48-72小时内施用蛋 白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，持续0-4周（例如2-3周）时间。对于急 性过敏反应，可以在任何适宜的时间施用蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生 物。
[0173] 给药量、次数、频率或持续时间可以按比例增加或减少，如受试者状态所提示。例 如，受试者是否具有变态反应，受试者是否已经暴露于或接触于变应原或仅面临变应原接 触或暴露风险，受试者是否为特异性免疫疗法的候选者或将接种或为其提供特异性免疫疗 法。给药量、次数、频率或持续时间可以按比例增加或减少，如治疗或疗法的任何不良副作 用、并发症或其他风险因子所提示。
[0174] 在本发明的方法和用途中，可以调整施用、治疗、接种和特异性免疫疗法的途径、 剂量、次数和频率，和治疗、接种和特异性免疫疗法之间的时序/间隔期。虽然需要快速诱 导免疫反应或免疫耐受性以开发针对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或 变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的保护性应急疫苗，但 是在某些实施方案中，想要的治疗将激发针对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏 性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症的稳健、长效 保护作用。因而，在某些实施方案中，本发明组合物、方法和用途提供针对由变应原引起或 与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、 症状或并发症的长效保护作用。特异性免疫疗法策略可以提供针对由变应原引起或与之相 关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或 并发症的长效保护作用，这取决于诱导的免疫耐受性或T细胞反应或活性的水平。
[0175] 可以在组合物中提供TG蛋白质或肽或其子序列、部分、同源物、变体或衍生物，并 且这类组合物转而可以根据本发明方法和用途使用。这类组合物、方法和用途包括药物 组合物和制剂。在某些实施方案中，药物组合物包括本文所述的一种或多种TG蛋白质、 肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物（例如，表1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID NOS. 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽的氨基酸序 列）。在特定方面，这类组合物和制剂可以是疫苗，包括但不限于保护对抗由变应原引起或 与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、 症状或并发症的疫苗。
[0176] 如本文所用，术语"药学上可接受的"和"生理可接受的"意指生物可接受的气态、 液态或固态制剂或其混合物，所述制剂适于一种或多种施用途径、体内递送或接触。这类制 剂包括与药学施用或体内接触或递送相容的（水质或非水质）溶剂、（水或非水）溶液、乳 液（例如，水包油或油包水）、悬液、糖浆、酏剂、分散体和悬液介质、包衣、等渗剂和吸收促 进剂或延迟剂。水质和非水质溶剂、溶液和悬液可以包含助悬剂和增稠剂。这类可药用载 体包括（包衣或非包衣）片、（硬或软）胶囊、微珠、粉末、颗粒和晶体。也可以将补充性活 性化合物（例如，防腐剂、抗细菌药、抗病毒药和抗真菌药）掺入组合物中。
[0177] 为了增加针对由变应原引起或与之相关的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病或 一种或多种生理状况、病症、病患、疾病、症状或并发症蛋白的免疫反应、免疫耐受性或保护 作用，蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物可以与另一种蛋白质如卵清蛋白 或匙孔槭血蓝蛋白（KLH)、甲状腺球蛋白或毒素如破伤风或霍乱毒素偶联。蛋白质、肽、其子 序列、部分、同源物、变体或衍生物也可以与佐剂混合。
[0178] 佐剂例如包括：油（无机或有机）乳液佐剂如弗氏完全佐剂（CFA)和弗氏不完 全佐剂（IFA) (TO 95/17210 ;TO 98/56414 ;TO 99/12565 ;TO 99/11241;和美国专利号 5, 422, 109);金属及金属盐，如铝及铝盐，如磷酸铝或氢氧化铝、明矾（水合硫酸铝钾）； 细菌来源的化合物，如单磷酸酯类脂A及其衍生物（例如，3去-0-酰化单磷酸酯类脂A、 aka3D-MPL或d3-MPL，以表明还原性末端氨基葡萄糖的位置3是去0-酰化的，由三酰基同 类物和四酰基同类物（congener)组成的3D-MPL)和肠道细菌的脂多糖（LPS);植物来源 的阜素及其衍生物，例如Quil A(从阜树（Quilaja Saponaria Molina)分离，见，例如， "阜佐剂，'，Archiv. fur die gesamte Virusforschung，第 44 卷，Springer Verlag，柏林， 第243-254页；美国专利号5, 057, 540)和无相关毒性情况下保留佐剂活性的Quil A片 段，例如QS7和QS21 (也称作QA7和QA21)，例如，如W0 96/33739中所述；表面活性剂如 大豆卵磷脂和油酸；山梨糖醇酐酯如山梨糖醇酐三油酸酯；和聚乙烯吡咯烷酮；寡核苷酸 如CpG(W0 96/02555和W0 98/16247)、聚核糖A和聚核糖U ;嵌段共聚物；和免疫刺激性 细胞因子如GM-CSF和IL-1，以及胞壁酰三肽（MTP)。佐剂的另外例子例如在"Vaccine Design-the subunit and adjuvant approach(疫苗设计-亚单位和佐剂法）"(Powell，M. F.和 Newman, M. J.编辑；1995, Pharmaceutical Biotechnology (Plenum Press, New York and London, ISBN 0-306-44867-X)的题为 Powell, M.F.和 NewmanM "疫苗佐剂和赋形剂概 述"中描述。
[0179] 可以将共溶剂添加至蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物、组合物 或制剂。共溶剂的非限制性例子含有羟基或其他极性基团，例如，醇，如，异丙醇；二醇，如， 丙二醇、聚乙二醇、聚丙二醇、二醇醚；丙三醇；聚氧乙烯醇和聚氧乙烯脂肪酸酯。共溶剂的 非限制性例子含有羟基或其他极性基团，例如，醇，如，异丙醇；二醇，如，丙二醇、聚乙二醇、 聚丙二醇、二醇醚；丙三醇；聚氧乙烯醇和聚氧乙烯脂肪酸酯。
[0180] 也可以将补充性化合物（例如，防腐剂、抗氧化剂、抗微生物剂，包括杀生物剂和 生物抑制剂如抗细菌剂、抗病毒剂和抗真菌剂）掺入组合物中。药物组合物可以因此包括 防腐剂、抗氧化剂和抗微生物剂。
[0181] 防腐剂可以用来抑制微生物生长或增加成分的稳定性，因而延长药物制剂的货架 期。合适的防腐剂是本领域已知的并且例如包括EDTA、EGTA、苯扎氯铵或苯甲酸或苯甲酸 盐，如苯甲酸钠。抗氧化剂例如包括抗坏血酸、维生素 A、维生素 E、生育酚和相似的维生素 或维生素原。
[0182] 抗微生物剂或化合物直接或间接地抑制、减少、延迟、停顿、消除、停滞、阻抑或阻 止致病性或非致病微生物的污染或生长、感染性、复制、增殖、繁殖。抗微生物剂的类别包括 抗细菌剂、抗病毒剂、抗真菌剂和抗寄生虫剂。抗微生物剂包括杀死或摧毁（-cidal)或抑 制（-static)微生物污染或生长、感染性、复制、增殖、繁殖的药物和化合物。
[0183] 示例性抗细菌剂（抗生素）包括青霉素（例如，青霉素 G、氨苄青霉素、甲氧西林、 苯唑西林和阿莫西林）、头孢菌素（例如，头孢羟氨苄、头孢雷特（ceforanid)、头孢噻肟和 头孢曲松）、四环素（例如，多西环素、金霉素、米诺环素和四环素）、氨基糖甙类（例如，阿 米卡星、庆大霉素、卡那霉素、新霉素、链霉素、奈替米星、巴龙霉素和妥布霉素）、大环内醋 类（例如，阿奇霉素、克拉霉素和红霉素）、氟喹诺酮（例如，环丙沙星、洛美沙星和诺氟沙 星）和其他抗生素，包括氯霉素、克林霉素、环丝氨酸、异烟肼、利福平、万古霉素、氨曲南、 克拉维酸、亚胺培南、多粘菌素、杆菌肽、两性霉素和制霉菌素。
[0184] 抗病毒剂的具体非限制类别包括逆转录酶抑制剂；蛋白酶抑制剂；胸苷激酶抑制 齐IJ;糖或糖蛋白合成抑制剂；结构蛋白合成抑制剂；核苷类似物；和病毒成熟抑制剂。抗病 毒剂的特定非限制性例子包括奈韦拉平、地拉韦啶、依非韦伦、沙奎那韦、利托那韦、茚地那 韦、奈非那韦、安普那韦、齐多夫定（AZT)、司他夫定（d4T)、拉米夫定（larnivudine) (3TC)、 去轻肌昔（DDI)、扎西他滨（ddC)、阿巴卡韦、阿昔洛韦、喷昔洛韦、利巴韦林、伐昔洛韦、更 昔洛韦、1，-D-呋喃核糖基-1，2, 4-三唑-3甲酰胺、9->2_羟基-乙氧基甲基鸟嘌呤、金刚 烷胺、5-碘-2'-脱氧尿苷、三氟胸苷、干扰素和腺嘌呤阿拉伯糖苷。
[0185] 适用于本发明组合物、方法和用途的药物制剂和递送系统是本领域已知 的（见，例 如，Remington: The Science and Practice of Pharmacy (2003)第 20 版,Mack Publishing Co. , Easton, PA ：Remington, s Pharmaceutical Sciences(1990) 第 18 版，Mack Publishing Co.，Easton，PA :The Merck Index(1996)第 12 版,Merck Publishing Group,ffhitehouse, NT：Pharmaceutical Principles of Solid Dosage Forms(1993) . Technonic Publishing Co., Inc., Lancaster, Pa.； Ansel ad Soklosa,Pharmaceutical Calculations (2001)第 11 版,Lippincott Williams&Wilkins, Baltimore, MD ;和 Poznansky 等人，Drug Delivery Systems (1980), R. L. Juliano 编著，Oxford, N. Y.，第 253-315 页）。
[0186] 可以将药物组合物配制成与特定施用途径相容。因而，药物组合物包括适于通过 多种途径施用的载体、稀释剂或赋形剂。可以任选配制组合物的用于接触或体内递送的示 例性施用途径包括吸入、呼吸、鼻内、插管、肺内滴注、经口、经颊、肺内、皮内、局部、皮肤、肠 胃夕卜、舌下、皮下、血管内、鞘内、关节内、腔内、透皮、离子导入、眼球内、视神经、经眼、静脉 内（i.v.)、肌内、腺体内、器官内或淋巴内途径。
[0187] 适于肠胃外施用的制剂包括活性化合物的水溶液剂和非水溶液剂、混悬剂或乳 齐IJ，所述制品一般是无菌的并且可以与预期接受者的血液等渗。非限制的示意性例子包括 水、盐水、右旋糖、果糖、乙醇、动物油、植物油或合成油。
[0188] 本发明的方法和用途可以通过任何施用递送模式或通过任何途径全身性、区域性 和局部施用或递送法实施。示例性施用和递送途径包括静脉内（i.v.)、腹膜内（i.P.)、动 脉内、肌内、肠胃外、皮下、胸膜内、局部、皮肤的、皮内、透皮、透粘膜、颅内、椎管内、直肠、经 口（消化道）、粘膜、吸入、呼吸、鼻内、插管、肺内、肺内滴注、颊部、舌下、血管内、鞘内、腔 内、离子导入、眼球内、视神经、经眼、腺体内、器官内或淋巴内途径。
[0189] 对于口服施用，组合物可以采取例如片剂或胶囊剂形式，其中所述片剂或胶囊剂 通过常规手段采用药学上可接受的赋形剂如粘合剂（例如，预胶化玉米淀粉、聚乙烯吡咯 烷酮或羟丙基甲基纤维素）；填料（例如，乳糖、微晶纤维素或磷酸氢钙）；润滑剂（例如， 硬脂酸镁、滑石或二氧化硅）；崩解剂（例如，马铃薯淀粉或淀粉羟乙酸钠）；或润湿剂（例 如，月桂基硫酸钠）制备。片剂可以通过本领域已知的方法包衣。用于口服施用的液体制 剂可以采取例如溶液剂、糖浆剂或混悬剂形式，或可以作为使用前与水或其他合适溶媒构 成的干燥产品提供。此类液体制剂可以通过常规手段采用可药用添加剂如助悬剂（例如， 山梨糖醇糖浆、纤维素衍生物或氢化食用脂肪）；乳化剂（例如，卵磷脂或阿拉伯胶）；非水 溶媒（例如，杏仁油、油质酯或分馏植物油）；和防腐剂（例如，对羟苯甲酸甲酯或丙酯或山 梨酸）制备。如果适宜，这些制剂也可以含有缓冲盐、矫味剂、着色剂和甜味剂。
[0190] 对于通过吸入施用，在使用合适推进剂（例如，二氯二氟甲烷、三氯氟甲烷、二氯 四氟乙烷、二氧化碳或其他合适气体）的情况下，组合物可以按照从加压包装或雾化器提 供的气雾喷雾剂形式方便地递送。在加压气雾剂的情况下，可以通过提供递送计量数量的 阀确定剂量单位。可以配制用于吸入器或吹入器中的胶囊和匣，其含有所述化合物及合适 粉末基底（如乳糖或淀粉）的粉末混合物。
[0191] 本发明的TG蛋白质和肽（例如表1 (SEQ ID N0S 1-620)、表2 (SEQ ID N0S 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的蛋白质或肽）、其子序列、部分、同 源物、变体或衍生物，任选地连同任何佐剂、化合物、药物、组合物一起（无论有活性或无活 性等），可以按单位剂量形式（胶囊剂、片剂、药锭剂、扁囊剂、锭剂）包装以便易于施用和剂 量均匀。如本文所用，"单位剂量形式"指适合作为单一剂量用于待治疗的受试者的物理分 立单元；每个单位含有预定量的任选与药用载体（赋形剂、稀释剂、载体或填充剂）结合的 有效成分，其中在一次或多次给药中施用时，所述预定量经计算以产生所需作用（例如，预 防作用或治疗作用）。单位剂量形式还例如包括安瓿和小瓶，所述安瓿和小瓶可以包含处于 冷冻干燥或冻干状态的组合物；例如，可以在体内施用或递送之前添加无菌液态载体。单位 剂量形式另外地例如包括其中布置有液体组合物的安瓿和小瓶。独立单位剂量形式可以包 含于多剂量试剂盒或容器中。药物制剂可以按单个或多个单位剂量形式包装以便易于施用 和剂量均匀。
[0192] 本发明也提供了诊断和检测受试者中变态反应或过敏的方法。所述方法可以在溶 液中、在固相上、在二氧化硅上、在体外、在细胞中和在体内进行。在一个实施方案中，该方 法包括使来自受试者的细胞（例如，T细胞）与如本文所述（例如，具有表1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2 (SEQ ID NOS 621-1442)、表 4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 中所示的 TG 蛋 白质或肽的氨基酸序列）的TG蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物接触；和 确定该蛋白质或肽是否调节接触的免疫细胞（例如，T细胞）的免疫反应或活性。确定TG 蛋白质或肽调节接触的免疫细胞的免疫反应或免疫活性表示该受试者具有变态反应或过 敏，尤其，针对（例如，具有表 1(SEQ ID N0S 1-620)、表 2(SEQ ID N0S621-1442)、表 4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽的氨基酸序列的）该蛋白质、肽、其子序 列、部分、同源物、变体或衍生物的过敏。在一个特定方面，确定的免疫活性是Th2细胞反应 性。在另一个特定方面，通过分析皮肤免疫超敏反应确定免疫反应或活性。
[0193] 术语"确定"、"分析"和"测量"及其语法变型在本文中互换地使用并且指涉及操 作或加工的定性确定或定量确定或定性确定和定量确定二者。当使用本术语指称测量或检 测时，构思了通过人力进行的评估相对量的任何手段，包括本文中所述和本领域已知的各 种方法。
[0194] 本发明提供包装入合适包装材料的试剂盒，所述试剂盒包含（例如，具有表1(SEQ ID NOS 1-620)、表 2 (SEQ ID NOS 621-1442)、表 4 (SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6 中所示 的TG蛋白质或肽的氨基酸序列的）TG蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物、 其组合组合物和药物制剂。试剂盒可以用于各种体外、离体和体内方法和用途，例如如本文 中公开的治疗方法或用途中。
[0195] 试剂盒一般包括标签或包装插页，其包含对组分及其中组分的体外、体内或离体 使用说明的描述。试剂盒可以含有这类组分的结合，例如，单独或与治疗有用的另一成分 (例如，免疫调节药物）组合的（例如，具有表1(SEQ ID N0S 1-620)、表2(SEQ ID N0S 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽的氨基酸序列的） TG蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物。
[0196] 术语"包装材料"指容纳试剂盒组分的物理结构。包装材料可以维持组分无菌，并 且可以由常用于这类目的材料（例如，纸、波纹面纤维、玻璃、塑料、箔、安瓿、小瓶、管等）制 成。
[0197] 本发明的试剂盒可以包括标签或插页。标签或插页包括独立于或附着至组分、试 剂盒或包装材料（例如，盒），或与含有试剂盒组分的安瓿、管或小瓶接合的"印刷品"，例 如，纸或纸板。标签或插页可以另外地包括计算机可读取介质，如磁盘（例如，硬盘）、光盘 如CD-或0￥0-1?01/狀1、0￥0、]\^3、磁带或电存储介质如狀1和1?01或这些介质的混合体，如 磁/光存储介质、FLASH介质或记忆型卡。
[0198] 标签或插页可以包含其中一种或多种组分的标识信息、给药量、有效成分的临床 药理学，包括作用机制、药物代谢动力学和药效动力学。标签或插页可以包含确定制造商信 息、批号、制造商地点和日期的信息。
[0199] 标签或插页可以包括关于可以使用试剂盒组分的病状、病症、疾病或症状的信息。 标签或插页可以包括针对临床医生或针对受试者在方法、用途、治疗计划或治疗方案中使 用一种或多种试剂盒组分的说明书。说明书可以包括给药量、频率或持续时间和用于实施 本文中所述的任何方法和用途、治疗方案或治疗性方案的说明。示例性说明书包括用于调 节细胞针对变应原的免疫反应或活性；调节受试者中针对变应原的免疫反应；去敏化或诱 导、激发、增加或改善针对蛋白质或肽变应原的免疫耐受性；降低过敏反应、变态反应、过敏 性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性 疾病的保护作用；治疗过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病；或在受试者中检测 变态反应或诊断过敏的说明书。
[0200] 标签或插页可以包括关于组分可能提供的任何益处如预防益处或治疗益处的信 息。标签或插页可以包括关于潜在不良副作用的信息，如向受试者或临床医生警示关于将 不适宜使用特定组合物的情况。当受试者已经服用、将服用或目前正在服用一种或多种可 能与所述组合物不相容的其他药物或受试者已经接受、将接受或目前正在接受与所述组合 物不相容的另一个治疗计划或治疗方时，不良副作用还可能出现，并且因此，说明书可能包 括关于这类不相容性的信息。
[0201] 本发明试剂盒可以另外地包括其他组分。试剂盒的每种组分可以封闭在独立容器 内部并且多个容器全部可以处于单个包装物内部。可以将发明试剂盒设计用于冷藏储存。 本发明试剂盒还可以设计成含有（例如，具有表1(SEQ ID NOS 1-620)、表2(SEQ ID NOS 621-1442)、表4(SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的TG蛋白质或肽的氨基酸序列的） 蛋白质、肽、其子序列、部分、同源物、变体或衍生物或组合组合物或药物组合物。
[0202] 除非另外限定，否则本文中所用的全部技术与科学术语具有如本发明所属领域的 普通技术人员通常理解的相同含义。尽管可以在实施或检验本发明时使用与本文所述的那 些方法和材料相似或等同的方法和材料，然而本文描述了合适的方法和材料。
[0203] 本说明书中引用的全部出版物和专利申请均通过引用的方式并入本文，如同特别 地并且逐一地指明每份单独的出版物或专利申请皆通过引用方式并入一样。对任何出版物 的引用是因其在申请日前的披露并且不应当解释为承认因在先发明而不认为本发明早于 这种出版物。
[0204] 除非上下文另外清楚地说明，否则如本说明书和所附权利要求书中所用，不定冠 词或单数形式"一个"、"一种"和"该"的使用包括复数称谓。此外，它应当是理解本文所述 的各种肽、蛋白质、抗原、变应原（统称为成分），或从多种组分或成分组合建模或衍生的成 分群、替代物，由本申请公开至相同的程度，如同单独阐述每种成分或成分群。因而，对特定 肽，蛋白质，抗原，变应原等选择明显处于本发明的范围内。
[0205] 如本说明书和所附权利要求书中所用，术语"包含"、"包含着"、"包括"和这些术语 的其他形式意在非限制性包容含义，即意在不排除任何其他要素或组分的情况下包括特定 要素或组分。除非另外说明，否则本文中所用的全部技术和科学术语具有与本发明所属领 域的普通技术人员通常所理解的相同含义。如本文所用，"约"意指+或-5%。选择项（例 如，"或"）的使用应当理解为意指所述选择项的一个、两个或其任意组合，即，"或"也可以 指"和"。
[0206] 除非另外说明，否则如本说明书和所附权利要求书中所用，任何浓度范围、百分数 范围，比率范围或其他整数范围均应该理解为包括所提及范围内任何整数的值并且当适宜 时包括其分数（如整数的十分之一和百分之一）。例如，虽然在本文献通篇范围内数值经 常以范围样式提出，但是范围样式仅出于方便和简洁目的并且不应当解释为刚性限制本发 明的范围。因此，除非上下文清楚地指明，否则范围的使用明确地包括全部可能的子范围、 该范围内部的全部独立数值和包含这类范围内整数的全部数值或数值范围和范围内部值 或整数的分数。这种结构无论范围的宽度多大均适用并且适用于本专利文献通篇范围的 全部语境中。因而，为了说明，对范围90-100%的提及包括91-99%、92-98%、93-95%、 91-98%、91-97%、91-96%、91-95%、91-94%、91-93%等。对范围 90-100%的提及包括 91%、92%、93%、94%、95%、95%、97%等，以及91.1%、91.2%、91.3%、91.4%、91.5% 等，92. 1%、92· 2%、92· 3%、92· 4%、92· 5%等。对5-10、10-20、20-30、30-40、40-50、50-75、 75-100U00-150 和 150-175 的提及包括如 5-20、5-30、5-40、5-50、5-75、5-100、5-150、 5-171 和 10-30、10-40、10-50、10-75、10-100、10-150、10-175 和 20-40、20-50、20-75、 20-100、20-150、20-175等范围。另外，例如，对一系列范围2-72小时、2-48小时、4-24小 时、4-18小时和6-12小时的提及包括2-6小时、2-12小时、2-18小时、2-24小时等和4-27 小时、4-48小时、4-6小时等范围。
[0207] 虽然出于理解清晰目的，已经通过例示和实施例以某种细节描述了前述发明，但 是本领域普通技术人员在本发明教导内容的影响下容易地明白，可以对本发明作出某些变 化和修改而不脱离所附权利要求的精神或范围。本发明由以下非限制性实施例进一步例 /_J、1 〇 实施例
[0208] 实施例1
[0209] 本实施例包括材料和方法的描述。
[0210] 供体群体。遵循机构审查委员会批准（联邦范围保证编号00000032)和知情同意 书，招募每位供体并赋予研究识别编号。通过来自32种常见变应原的提取物的皮肤点刺试 验，测试供体的变应原反应性。将TG过敏供体鉴定为具有皮肤反应，伴有针对TG的直径 > 5mm瘢痕和与季节性牧草花粉过敏一致的临床史。排除已经接受特异性免疫疗法的供 体。将非过敏供体鉴定为对全部变应原具有阴性皮肤点刺试验且无临床过敏史。
[0211] 新TG花粉蛋白的鉴定。如下鉴定新的TG花粉蛋白：
[0212] TG花粉转录组的组装。通过可溶性花粉提取物的2D凝胶/免疫印迹分析和cDNA 序列分析的组合鉴定出作为潜在T细胞抗原的新梯牧草（TG)花粉蛋白。如先前所描述分 离TG花粉的总RNA(Allergon AB，Angelholm，瑞典）（31)。简言之，将lmg研磨的花 粉在20ml 4. 2M硫氰酸胍，50mM BES pH 7. 2,4mM EDTA中均化，随后以15000g离心15分 钟。根据制造商的说明书使用TRIzol LS试剂（Invitrogen，Carlsbad, CA，美国），从上 清液制备总RNA。随后通过Illumina基因组分析仪上的高通量测序分析RNA。首先，使用 Illumina总RNA扩增试剂盒（Ambion)从总RNA构建双链cDNA。随后使用NEBNext? dsDNA Fragmentase?(New England Biolabs)，将 cDNA 转化成大约 200bp 的片段。修复末 端，使用NEBNext? DNA样品制备物试剂盒添加 dA尾至片段化的DNA，并添加衔接子。 在Illumina基因组分析仪IIx(GAIIx)上进行测序。简而言之，将衔接子连接的cDNA充入 Illumina流动池中。随后使用特定试剂和酶（Illumina配对末端簇生成试剂盒），在流通池 内部桥式扩增DNA以产生成百万个DNA簇。随后将流动池加载到配有配对末端模块的GAIIx 上，并且进行72个测序循环以使用Illumina测序试剂盒v4按两个方向产生序列。在流动 池上8个泳道中的7个泳道中运行重复样品，产生超过72bp长度的2. 8亿个原始序列读出 结果。使用FastX工具包（33)，读出结果经历几个预加工步骤，之后将它们装配成重叠群： 1)移除3'末端碱基；2)移除低复杂性读出结果；3)移除低质量评分下游的读出结果部分； 4)移除与衔接子测序物相对应的读出结果部分。使用Velvet版本1. 0. 15(32)，将剩余读 出结果装配成重叠群。归因于从头序列装配固有的过多存储要求，将每个泳道的读出结果 单独考虑并且所述读出结果是具有字长参数的5个不同值（k = 21、23、25、27、29)的每个 试验。本发明人和其他人（33)已经观察到，对k的每个值获得不同的重叠群集合。将重叠 群进一步用Oases版本0. 18. 1 (D. R. Zerbino,欧洲生物信息学研究所）融合成1，764, 158 个推定性转录物。在冗余性缩减后，留下1，016, 285个转录物（包括同工型及其他变体）， 平均长度为245bp并且最大长度为6, 884bp。
[0213] 2D DIGE (差异凝胶电泳）分析。由Applied Biomics (Hayward,加利福尼亚州， 美国）进行完整2D DIGE分析。简而言之，将TG提取物在两块2D凝胶（3-10pH范围，12% SDS-丙烯酰胺凝胶）上运行，一块凝胶用考马斯蓝染色，将一块凝胶转印到硝酸纤维素膜 上。随后将该膜与PBS/0. 05% Tween中的5%脱脂乳温育以封闭非特异性结合并随后用 稀释度1:250的来自8位TG过敏个体的血清集合体探测。使用山羊抗人IgE和兔抗人 IgG(Sigma-Aldrich，St. Louis，MO)，检出IgE和IgG结合作用并使用Cy2缀合的驴抗山羊 IgG和Cy5缀合的驴抗小鼠 IgG抗体（Biotium, Hayward, CA)可视化。
[0214] 通过质谱法鉴定花粉蛋白由Applied Biomics(Hayward,加利福尼亚州，美国） 进行质谱蛋白质鉴定。简而言之，从2D印迹物选择目的点并且在染色的SDS凝胶上确定 相应的点并切下，将其洗涤几次以除去染色染料和其他抑制性化学品。随后干燥所述点 以吸收最大量的消化缓冲液。将干燥的2D凝胶点在含有胰蛋白酶的消化缓冲液中复水。 将蛋白质在37°C在凝胶内消化并且随后用TFA提取缓冲液从凝胶提取。随后，将肽使用 C-18Zip-tipS(Millip〇re)脱盐并与CHCA基质（α-氰基-4-羟基肉桂酸）混合并点入 MALDI板的孔中。使用Applied Biosystems蛋白质组学分析仪，获得每份样品中肽的质谱。 该谱与来自从头装配的TG花粉转录物的推定性0RF所编码的氨基酸序列比较。将具有如 Mascot软件包（Matrix science)所评价的>95%可信度命中的编码15个氨基酸残基或更 长的全部0RF视为命中（表1)。使用定制脚本以序列相似性阈值90%，将这些0RF所编码 的氨基酸序列聚类以将高度相似的蛋白质序列分组。这些序列由来自当前装配结果的不同 转录物编码，所述转录物可能从剪接变体、TG花粉细胞之间的等位变异和从具有多个成员 的基因家族产生。将形成一个聚类的氨基酸序列赋予一个推定性蛋白ID(表1)。
[0215] 经预测混杂地结合HLA II类分子的肽集合的装配。对于表2中0RF编码的每个15 聚体肽，使用共有序列预测法（21，22)预测对一组25种HLA II类分子的结合亲和力（表 3)。对给定等位基因的预测结合评分居前20%位的肽视为潜在结合物。经预测在这种阈值 时结合13种或更多种HLA分子的肽视为混杂结合物，并且选择这些肽用于合成（在消除重 叠多于9个连续残基的肽后）。如果不足5种来自给定蛋白质的肽达到这个阈值，则选择 前5种肽，并且在长度过大情况下，在蛋白质中选择直至4种肽。总体上，这导致从620个 0RF中所编码的总计21，506个不同15聚体选出822种肽（表2)。作为对照，使用相同的 预测方法，从已知的TG变应原推导出一个具有105种肽的集合。将选出的肽作为原料以小 (lmg)规模从A和A(San Diego，CA)购买。将经测试呈阳性并且纳入优势表位池的肽作为 纯化材料（纯度>95% )以5-10mg规模购买。
[0216] PBMC分离和TG提取物特异性T细胞的体外扩充。将PBMC通过密度梯度离心从1 单位血液（约450ml)分离并如先前所述冷冻保存（12)。为体外扩充，将PBMC解冻并在24 孔平板（BD Biosciences，San Jose，CA)中补充有 5%人 AB 血清（Cellgro, Herndon, VA) 的RPMI1640 ( Ω Scientific, Tarzana，CA)内以密度2xl06个细胞/ml培养并用TG花粉提取 物（50μ g/ml) (Greer，Lenoir，NC)刺激。将细胞在37°C，5% C02维持并且在初始抗原刺 激后每 3 日添加另外的 IL-2 和 IL-7 (10U/ml，eBioscience，San Diego, CA)。在第 14 日， 收获细胞并筛选针对TG特异性肽集合体（16-25种肽/集合体，平均20种肽/集合体）的 反应性。在第17日，分别测试来自阳性集合体的肽以鉴定反应性表位。
[0217] ELISP0T测定法。如先前所述通过ELISP0T测量来自培养的PBMC的响应于抗原 刺激的IL-5产生（12)。简而言之，将lxlO 5个细胞/孔与肽、肽集合体或TG提取物（分别 是10 μ g/ml、5 μ g/ml和50 μ g/ml)温育。在24小时后，移除细胞并将平板与2 μ g/ml生 物素酰化的抗人IL-5Ab(Mabtech)在37°C温育。在2小时后，洗涤平板并且添加抗生物素 蛋白-过氧化物酶-复合物（Vector Laboratories, Burlingame, CA)在室温持续1小时。 过氧化物酶缀合的点用3-氨基-9-乙基咔唑溶液（Sigma-Aldrich，St.Louis，M0)显色。 肽集合体阳性的标准是l〇〇SFC/10 6PBMC，p彡0. 05,和刺激指数（SI)彡2。单种肽的标准 相同，例外是最少20个SFC计数为阳性。
[0218] T细胞亚群的FACS分选。将PBMC解冻、洗涤并计数。将⑶4+T细胞使用⑶4+T细 胞分离试剂盒Π (Miltenyi Biotec，Auburn, CA)根据制造商的说明书分离并随后用抗体 染色以分选所需的T细胞亚群。从⑶45RA_FITC和CCR7_BL421染色的⑶4+细胞分选出记 忆T细胞群体和初始T细胞群体。将初始群体分选为CD45RA+CCR7+并且将记忆群体分选为 CD45RA_CCR7_/+。不收集CD45RA+CCR7_细胞。随后，将这些亚群置于具有照射的PBMC的培养 物中并用TG花粉提取物刺激并且培养14日，每3日添加 IL-2和IL-7。通过ELISP0T评估 响应于刺激的IL-5产生。对于Thl和Th2亚群，从CCR4-PECy7、CCR6-PE和CXCR3-APC染 色的CD4+细胞分选出细胞。将Th2细胞分选为CCR4+CCR6_CXCR3_T细胞并将Thl细胞分选 为CCR4-CCR6+CXCR3+T细胞。将分选的细胞铺种至ELISpot板中，所述ELISpot板含有刺激 物和⑶4耗尽的经照射的PBMC作为APC。在温育24小时后评估IL-5产生。
[0219] 实施例2
[0220] 本实施例包括对下述研究的描述，所述研究显示过敏供体中明显部分的TG反应 性T细胞不靶向主要IgE反应性变应原。
[0221] 在先前研究（12)中，确定了在TG花粉中存在的10种已知主要IgE反应性变应原 上的T细胞表位。使用覆盖这些变应原中每种变应原的完整蛋白质序列的重叠10个残基 的15聚体肽，鉴定到负责大部分T细胞反应的20个优势表位区。然而，虽然利用这个全面 的肽小组和T细胞测定法的敏感性，但是这项研究没有在33%检验的过敏供体中鉴定到响 应于这10种变应原产生IL-5的任何T细胞，尽管对完整TG提取物的反应强烈100个 斑点形成细胞（SFC))(图1)。这些数据表明，大部分对TG的T细胞反应针对除已知主要 IgE反应性变应原之外的抗原。
[0222] 实施例3
[0223] 本实施例包括对下述研究的描述，所述研究显示通过联合转录组学和蛋白质组学 分析鉴定到新的TG花粉蛋白。
[0224] 由于除IgE反应性变应原之外，已经在TG(或任何其他过敏性牧草）中鉴定到少 数蛋白质，所以继续鉴定TG花粉中显著表达的全部蛋白质，从而可以更全面地分析对TG的 T细胞反应。将TG花粉的mRNA分离并且通过在Illumina基因组分析仪上的高通量测序分 析。鉴定到总计1，016, 285种独特的推定性转录物（包含等位变体和同工型）。在先前研 究考虑的10种已知TG变应原蛋白（Phi p 1、2、3、4、5、6、7、11、12和13)中，除一个（Phi P6)之外其余均在转录组分析中被鉴定，大片段或完整序列以>90%同一性匹配。有趣地， 一个转录物以极高显著性（BLAST E-值4E-16)但低得多的序列同一性（61% )匹配公开 的Phi p6序列。这表明，从TG花粉mRNA鉴定的转录物还原了绝大部分已知的变应原，但 是这里的方法还鉴定出已知变应原的推定性新变体。
[0225] 接下来，利用一种蛋白质组学方法确定哪种新鉴定的转录物编码TG花粉中可检 测的蛋白质。为此目的，将TG花粉提取物通过2D凝胶电泳分离并用考马斯蓝染色或使用 来自8位TG过敏供体的血清集合体进行免疫印迹（图2)以检测与IgE和/或IgG抗体反 应的蛋白质。从未染色的凝胶切下点，用胰蛋白酶消化，并通过肽指纹质量作图法（使用MS 数据）和肽片段化作图（使用MS/MS数据）分析以获得氨基酸序列。从2D凝胶挑出的131 个点中，可以将119个点以高可信度赋予来自转录物序列的一个或多个可读框（ORF)。在聚 类序列同一性>90 %的ORF后，发现119个可辨认点对应于89个非冗余蛋白质序列，包括6 种已知的TG变应原。这留下与通过凝胶上的点鉴定的先前不明的蛋白质相对应的83个不 同蛋白质序列。向这些蛋白质添加另外10种蛋白质，其中在从凝胶切下的任何点中未识别 出，但反而在完整TG提取物的质谱分析中识别出所述蛋白质。总计，这从TG花粉产生进一 步分析其T细胞反应性的一组93种新蛋白质（表1)。
[0226] 为了确定任何鉴定的蛋白质是否源自可能存在于TG花粉提取物中的杂质（如细 菌），将氨基酸序列经NCBI BLAST检索。两种蛋白质（#27和#38)与不视为变应原的先前 鉴定的TG蛋白质具有高度同源性。在剩余的蛋白质当中，#76在稻基因组（与TG亲缘最 近的完整测序的全部基因组均可获得的物种）具有高度同源（BLAST E值〈10-10)的匹配。 在剩余的蛋白质当中，没有一个与任何可公开获得的序列具有类似高的同源性。总体，基于 与已知蛋白质序列的相似性，蛋白质序列的集合不太可能含有非植物杂质，这表明序列来 自真正的TG蛋白质。
[0227] 实施例4
[0228] 本实施例包括对下述研究的描述，所述研究显示T细胞对来自新TG花粉蛋白的表 位剧烈反应。
[0229] 针对经预测与多种HLA II类分子结合的肽，扫描93个新蛋白质序列。对于每种 蛋白质，使用多种机器学习方法的共有方法分析全部重叠性15聚体肽和它们针对一个具 有25种HLA DR、DP和DQ分子的小组的预测结合亲和力（表3) (21，22)。经预测混合结合 多种HLA II类分子的非重叠肽选自每种蛋白质。总体上，这导致从总计21，506个不同15 聚体选出822种肽（表2)。
[0230] 将822种肽组装成42个集合体，每个集合体具有约20种肽，对所述集合体分析来 自20位TG过敏供体和20位正常供体的PBMC的识别作用（表4)。因为Th2反应在过敏发 病机理中重要，所以使用IL-5ELISP0T测定法测量T细胞反应性。在这里的研究中，与其他 Th2细胞因子即IL-4和IL-13相比，IL-5是ELISP0T测定法中更灵敏的读出（图7) (15)。 除来自新变应原的肽集合体之外，分析了使用相同预测策略组装的来自10种已知TG变应 原的5个肽集合体。在新肽集合体中，13/42集合体在超过20%过敏供体中刺激PBMC中的 IL-5产生。对于已知的变应原集合体，4/5集合体由超过20%的过敏供体识别。相反，没有 一种肽集合体在超过10%的非过敏供体中激发IL-5反应（图3a)。
[0231] 当相对于新梯牧草抗原（NTGA)比较针对已知变应原的反应合并幅度时，显而易 见的是，非常显著部分的针对TG的T细胞反应靶向新抗原。实际上，61 %的反应型T细胞 (2, 101个SFC，图3b)识别新肽，而针对来自主要已知变应原的对照肽小组的反应仅占39% 的T细胞反应（1，345个SFC，图3b)。在非过敏群体中，IL-5反应弱得多。然而，已知变 应原和新抗原之间反应幅度的差异甚至更显著，88. 4%的反应靶向新抗原（574个SFC)和 11. 6%靶向已知变应原（75个SFC)。总体，这些数据显示，针对TG提取物的大部分Th2细 胞反应是针对已知IgE反应性变应原之外的抗原。
[0232] 实施例5
[0233] 本实施例包括对显示鉴定T细胞反应性抗原和与抗体反应性相关的研究的描述。
[0234] 接下来，将阳性肽集合体解卷积以确定哪种单独肽激发该反应。对于来自用总幅 度23, 860SFC所分析的93种蛋白质中54种蛋白质的肽，在至少一位过敏供体中检测到 IL-5产生（图8)。为了排除假反应，用于这项研究的Τ细胞抗原定义为20%或更多的过敏 供体中被识别的那些蛋白质，当使用皮肤试验反应性检验时，这是限定过敏蛋白质的已建 立的反应阈值（23, 24)。基于这个临界值，鉴定了总计13种新的Τ细胞抗原。这些Τ细胞 抗原中4种是由IgE和IgG二者靶向的蛋白质，1种蛋白质仅由IgE靶向，5种蛋白质仅由 IgG祀向，并且3种蛋白质不由任一种Ig类别的抗体祀向（图4)。这意味与IgE祀向的5 种T细胞抗原对比，8种新T细胞抗原不由IgE靶向。在肽水平上比较反应时或当考虑反应 型T细胞的总数时，也是如此（表5)。总之，这些数据表明很大部分针对NTGA的反应指向 I gE不识别的蛋白质。
[0235] 实施例6
[0236] 本实施例包括对下述研究的描述，所述研究显示对新抗原反应的IL-5由可以直 接离体检测的记忆T细胞产生。
[0237] 上文提出的数据表明，几乎三分之二（61% )针对花粉蛋白的产生IL-5的T细胞 反应是针对新抗原的，并且大部分这些反应靶向IgE不识别的抗原。这些反应假定地是花 粉暴露后过敏患者中T细胞体内致敏的结果。为了排除以下可能性：这些T细胞反应可能 归因于体外引发随TG提取物一起培养的T细胞，检验了反应型T细胞是否与记忆表型或初 始表型相关。为此目的，组装两个肽集合体：TG P20集合体，其包含来自先前研究中鉴定的 已知TG变应原的20种最占优势的肽（12)，所述20种最占优势的肽负责研究群体中针对常 规IgE反应性TG变应原所检测的约90% IL-5反应；和NTGA P19集合体，其包含选自IgE 非反应性新TG抗原的19种最占优势的肽。这19种肽负责在我们的研究群体中针对测试 的全部新抗原的约40 %总IL-5反应。
[0238] 将来自6位过敏供体的PBMC分选成记忆T细胞亚类（⑶45RA_)和初始 (CD45RA+CCR7+) T细胞亚类。随后，来自两个亚群的细胞在体外经TG花粉提取物刺激，并在 扩充后测试IL-5产生（图5)。与初始群体相比，在记忆群体中对每种刺激物的反应显著 较高。响应于TG提取物刺激，检测到的中位数SFC在初始群体和记忆群体中分别是80和 1，108。了6 P20在初始群体中不激发反应并且记忆群体中的中位数SFC是350。用NTGA P19 刺激在初始亚类中产生中位数12SFC并且在记忆亚类中产生中位数540SFC。如预期，在响 应于PHA的初始群体和记忆群体中检测到高量的IL-5,这表明细胞有活力并响应于T细胞 刺激。因而，与记忆亚类相比，总体上远少得多的产生IL-5的抗原特异性细胞存在于初始T 细胞亚类中（P = 〇. 0002)，这表示针对TGP20肽集合体和NTGA P19肽集合体的T细胞反应 均源自记忆T细胞。值得注意地，两个肽集合体覆盖针对从中衍生所述肽集合体的抗原集 合的总反应的不同部分。已知优势肽集合体（TG P20)由20种最占优势的肽组成，这些肽 负责>90%针对全部已知肽所检测到的总IL5反应。相反，优势的新肽集合体（NTGA P19) 仅负责40%针对已筛选的全部新肽的总IL5反应。因此，不可能直接定量比较针对它们的 反应。
[0239] 为了进一步证实，针对新抗原的反应性反映体内暴露，并且不因体外引起的初次 反应所致，检验了是否可以在无任何体外培养扩充的情况下直接离体检测针对新抗原的反 应。由于抗原特异性前体细胞的频率十分低，所以预分选8位供体的PBMC以获得富集的 Thl亚群或Th2亚群，并且在ELISPOT测定法中评估细胞响应于TG提取物和优势已知肽集 合体及新肽集合体的IL-5产生。如预期，对于除PHA之外的任何刺激，检测不到Thl亚群 的IL-5产生。相反，如图6中所显示，与单独的培养基相比，Th2亚群（CCR4+，CXCR3_)针对 每种变应原刺激显示明显的反应（提取物：P = 〇. 01，TG20 :p = 0. 03, NTGA19 :p = 0. 01， Wilcoxon符号秩检验）。
[0240] 实施例7
[0241] 本实施例包括对确定本发明蛋白质和肽的体内功效的方法的描述，尤其对用于治 疗过敏的方法的描述。
[0242] 在小鼠模型中评价本发明肽治疗过敏的功效。简言之，将6组BALB/cJ或HLA转 基因小鼠用1. 5微克总梯牧草（TG)变应原（在25uL中）鼻内反复给药5X2日持续2周 致敏。这充当用于研究完整TG变应原诱导的过敏性哮喘的模型体系。
[0243] 用本发明肽治疗之前，维持饲养致敏的小鼠1周。治疗包括鼻内递送TG肽，30分 钟后，每日鼻内递送TG肽持续5日。大约4周后，将小鼠用完整TG变应原攻击持续2日 (2X 15 μ g/25 μ L鼻内），并且48小时后测量结果。评价TG肽的5个剂量（每种肽10、1、 0. 1、0. 01和0. 001 μ g)。实施适宜的对照实验。
[0244] 测量的结果是乙酰甲胆碱肺攻击后支气管气道阻力（cmH20/mL/s)(-种呼吸功 能量度）和支气管肺泡灌洗液（BAL)中炎性细胞定量。
[0245] 为了测量气道阻力，用梯牧草完整变应原鼻内攻击持续2日（2X15ug)后48小 时，使用Flexivent啮齿类呼吸机，测量响应于鼻内盐水和渐增剂量静脉内乙酰甲胆碱 (MCh)的呼吸系统总阻力（Rrs)。使用所得到的Rrs-MCh剂量-反应曲线，测量气道反应性 指数（Slope Rrs)和在25MCh mg/mL时最大支气管收缩程度（25mg/mL Max Rrs)。值是均 数 +/-SE。
[0246] 对于炎性细胞定量，评估支气管肺泡灌洗液（BALF)的总炎性细胞计数和差异性 炎性细胞计数。肺组织切片用苏木精和伊红（H&E)染色并且使用定制计算机化分析系统 (Northern Eclipse)以形态计量方式定量。
[0247] 实施例8
[0248] 本实施例包括对本发明蛋白质和肽用于治疗过敏的临床试验方案的描述。
[0249] 在随机分组、安慰剂对照的、盲知临床试验中分析本发明肽减少变应性症状的功 效。该临床试验的研究设计遵循良好临床规范指导原则。
[0250] 在施用研究药物之前6日和8日之间使用基线攻击，对全部受试者建立针对梯牧 草变应原的基线皮肤反应。将ο. 010HEP (组胺当量点刺）单位的市售标准梯牧草变应原的 皮内注射剂间隔30分钟两次分别施用至左前臂和右前臂的掌面中。评估受试者以确保他 们体验到针对完整梯牧草变应原的晚期皮肤反应（LPSR)。基线反应的幅度记录如下：每次 注射后8小时，将任何晚期反应的轮廓用圆珠笔绘制到皮肤上。测量和记录每个反应的最 长直径和正交直径，并计算每只手臂中反应的面积。随后计算每位受试者的两只手臂中反 应的平均面积以提供基线反应。产生合适基线反应的受试者被划入给药组，随机分组并进 入治疗阶段。
[0251] 对于每位受试者，治疗阶段由21日时间组成。在这段时间期间，一个受试者组在 第1日治疗阶段随访1之时接受单次皮内注射本发明的肽（每次给药〇. 03、0. 3、3、12nmol 每种肽）或稀安慰剂。一个具有8位受试者的队列接受以每种剂量水平治疗出位接受本 发明的肽并且2位接受安慰剂）。皮内组的第一队列接受0. 03nmol在混合物中的每种肽并 且该组中的每个后续队列接受下一个较高的剂量水平。
[0252] 皮内注射至左前臂屈腱面中。对于全部注射，注射总体积是60 μ L。在治疗后，受 试者在第21(±3日）日治疗阶段随访2之时再检验他们针对完整变应原的皮肤反应。通 过测量施用如上文所述的0. 010ΗΕΡ (组胺当量点刺）单位的市售标准梯牧草变应原后8小 时的皮内晚期反应，评估对梯牧草变应原的皮肤反应。随后如上文所述计算每位受试者的 两只手臂的平均反应面积。
[0253] 治疗后的这种平均LPSR面积随后与每位受试者的基线LPSR面积比较。随后评价 每个队列中全部8位患者的LPSR面积的总体变化。
[0254] 实施例9
[0255] 本实施例包括结果的讨论。
[0256] 如本文中公开，三分之一的TG过敏供体不识别源自10种已知IgE反应性TG变应 原的任何肽。这是令人疑惑的，因为来自相同供体的T细胞在相同的灵敏ELISP0T测定法 中产生针对完整TG提取物的强烈反应。作为第一解释，考虑以下可能性：翻译后修饰可能 对一些表位的识别是必需的。这类修饰将不存在于合成以便我们筛选的肽中。然而，一项 对具有羟化脯氨酸的肽的初步研究根本不显示任何T细胞反应性，其中认为所述羟化脯氨 酸在一些TG变应原中占优（25)。尽管这没有排除其他翻译后修饰存在于TG的T细胞表位 中，分析了另一个假设，即T细胞靶向来自除10种已知IgE反应性变应原之外的抗原的常 规肽。如本文中公开对T细胞的分析导致鉴定到93种新TG蛋白质，其中54种激发Th2反 应。对这些新T细胞抗原的识别为最初观察到的已知变应原和完整TG提取物之间反应性 差异提供解释。
[0257] 对新TG蛋白质的免疫表征揭示大部分新TG蛋白质具有抗体反应性和T细胞反应 性。作为最初兴趣，证实在来自TG过敏患者的PBMC中，针对源自这些新抗原的肽的T细胞 反应是IL-5反应的强力诱导物。针对这些新抗原产生IL-5的T细胞群体源自记忆Th2细 胞亚类并且可以通过直接离体分析检测到。这展示了这些新T细胞抗原作为体内变态反应 靶的相关性。有趣地，与过敏个体中的研究结果之相反，非过敏供体对已知TG变应原和新 抗原没有IL-5反应或具有非常弱的IL-5反应。不限于任何具体理论，这也可以对其他类 型的T细胞反应是正确的，或非过敏个体可以显示增加幅度的针对新TG抗原的'致耐受'反 应，如产生IL-10的Treg。
[0258] 引人注目地，不仅观察到响应于IgE反应性抗原的强烈IL-5产生,还观察到响应 于IgE不靶向的几种抗原的强烈IL-5产生。这表明针对抗原的Th2反应不必然地与IgE反 应性关联。不相关辅助T细胞（意指T细胞显示与它们影响的B细胞不同的抗原特异性） 的提法已经在先前研究中讨论（18,20)并且还对NTGA的免疫反应具有重大意义。花粉粒 子（或水化时释放的微观大小粒子）的天然结构提供了免疫系统识别的各种蛋白质的物理 联系。因此，不限于任何具体理论，向B细胞和T细胞呈递花粉蛋白的方式可以允许不相关 的辅助T细胞，原因是从一种抗原衍生的T细胞特异表位可以作为B细胞识别的第二抗原 存在于相同的实体花粉粒子上。作为结果，针对NTGA的Th2细胞免疫反应可以为针对相同 花粉粒子上存在的主要已知IgE反应性变应原（如NTGA)的变态反应提供帮助。
[0259] 就辅助T细胞和抗原特异性B细胞对抗原的相关识别的经典观念而言，T细胞识 别是否总是必然与抗体识别相关的事情具有更广意义。根据这个观念，特异性B细胞内化 并加工抗原，导致呈递可以被特异性T细胞识别的表面MHC II类分子结合的抗原片段。这 确保T细胞辅助对相同抗原特异的B细胞（相关辅助）。尽管在一些情况下，已经显示T细 胞在其他系统中可以唯一或偏好地为针对相同蛋白质特异的B细胞提供帮助（17,18)，但 是这里并非如此（19, 20)。发现存在于相同粒子上的两种蛋白质可能一起发挥作用并且对 一种蛋白质特异的T细胞可能为针对第二种蛋白质特异的B细胞提供帮助（20)。因此，如 下情况是可能：只要T细胞识别的抗原与B细胞识别的靶处于一些物理联系（如小病毒或 花粉粒子的情况下），则保护"抗原桥"的完整性。
[0260] 尽管这种免疫调节作用可以藉此发生的直接机制此时未知，但是不限于任何具体 理论，存在不相关的辅助T细胞可能潜在地导致过敏症状改善的几种可能机制。首先，本文 中的数据本表明大部分IL-5反应针对NTGA。因此就减少Th2诱导的致病作用而言，下调 这些反应应当具有显著益处。第二，诱导NTGA特异性Tregs或Thl细胞可以通过旁路机制 (26)辅助调节针对相同花粉颗粒上存在的已知TG变应原的Th2反应。第三，调节NTGA特 异性Th2反应也可以导致IgE下调和阻断针对已知TG变应原的IgG抗体反应的诱导（SIT 疗法的标志）（27, 28)。最后，诱导NTGA特异性Thl或Treg细胞可以导致NTGA特异性IgG 产生，这可以通过多种机制如空间位阻、竞争抗原结合和借助Fc γ RIIB的抑制性信号传导 (29,30)来干扰IgE诱导的介体释放和其他速发型反应。总之，本文中的数据表明本文所述 的新抗原是以T细胞为核心的特异性免疫疗法的有前景的靶，所述靶可能对施用至风险更 高的患者如哮喘患者是安全的。因此，特异性靶向T细胞反应性的疗法可以提供更有效和 更安全的方式以治疗过敏患者、尤其患有严重哮喘的那些患者，对于这些患者，当前的SIT 方案带来明显的有害反应风险。
[0261] 这项研究是吸入性变应原的首个全面转录组学和蛋白质组分析。鉴定了 93种建 立其在花粉本身中表达的新TG蛋白质，扩展了先前已知的这类蛋白质集合达一个数量级。 以下事实表明这种方法是发现变应原的有力工具：鉴定到与已知IgE反应性变应原不重叠 的由IgE靶向的24种新TG蛋白质。
[0262] 实施例10
[0263] 本实施例包括对确定本发明蛋白质和肽的体内功效的方法的描述，尤其对用于治 疗与本文公开的蛋白质不相关的变应原引起的过敏（如通过旁路抑制作用治疗过敏）的方 法的描述。这类方法的更完整描述可以在美国专利申请公开US 2012/0100164A1 (例如，实 施例3、4、5和6)中找到。
[0264] 在小鼠模型中评价本发明的蛋白质/肽在预防梯牧草花粉敏化中的功效。简言 之，通过舌下免疫疗法（SLIT)用约10 μ g本发明的蛋白质或肽每日处理初始BALB/cJ或 HLA转基因小鼠2周。随后，通过每周3次腹内注射10 μ g本发明蛋白质或肽和约10 μ g梯 牧草花粉提取物的混合物或1〇μ g单独的本发明蛋白质或肽（均吸附至氢氧化铝）将小鼠 免疫（变得致敏）。
[0265] 随后，将小鼠用约10yg梯牧草花粉提取物鼻内（IN)攻击4日，从而诱导Th2驱 动型免疫反应的临床相关读出。在终末攻击后1日，处死小鼠，并且采集血液、支气管肺泡 液（BAL)、脾和颈淋巴结用于分析。这充当了用于研究通过旁路抑制梯牧草变应原引起的变 态反应而预防过敏性鼻炎的模型系统。
[0266] 在攻击最后一日获得临床相关读出，如气道高反应性和嗜酸性粒细胞比例。通过 使用全身体积描记术检验气道高反应性。通过用渐增浓度的雾化乙酰甲胆碱攻击小鼠诱导 气流阻塞。肺部气流阻塞由施用乙酰甲胆碱后6分钟时间内的增强暂停（penh)计量。通 过离心BAL液并取出上清液，进行BAL液的分类计数。将剩余的沉淀物重悬于PBS中并且 通过自动化细胞计数器（Sysmex)确定嗜酸性粒细胞的比例。
[0267] 通过将脾细胞梳理成单细胞悬液并在培养基中洗涤3次，实施T细胞增殖测定法。 将细胞计数并调节至1. 67X106个细胞/ml。添加3xl05个细胞至96孔平底培养板的每个 孔并用〇、5、25和125 μ g/mL本发明的蛋白质/肽刺激细胞。将细胞在37°C和5% C02培 养6日。通过以下方式测量增殖：添加0.5 μ Ci 3H-胸苷至每个孔持续培养时间的最后18 小时，随后收获细胞并计数掺入的放射标记物。
[0268] 在用本发明的蛋白质/肽舌下处理的小鼠组中和在小鼠用本发明的蛋白质/肽和 梯牧草提取物共致敏的情况下观察到借助旁路抑制下调T-细胞反应。
[0269] 实施例11
[0270] 本实施例包括对确定本发明蛋白质和肽的体内功效的方法的描述，尤其对用于治 疗与本文公开的蛋白质不相关的变应原引起的过敏（如通过旁路抑制作用治疗过敏）的方 法的描述。所述方法的更完整描述可以在美国专利申请公开US 2012/0100164A1 (例如，实 施例3、4、5和6)中找到。
[0271] 在小鼠模型中评价本发明的蛋白质/肽在治疗梯牧草花粉引起的过敏中的功 效。简言之，通过每周三次腹内注射吸附至氢氧化铝的约10 μ g梯牧草花粉提取物，将初始 BALB/cJ或HLA-转基因小鼠致敏。随后，通过舌下免疫疗法（SLIT)用100至250 μ g本发 明的蛋白质/肽处理小鼠4周，随后用10 μ g梯牧草花粉提取物连同约10 μ g本发明的蛋 白质/肽或10 μ g单独的梯牧草花粉鼻内攻击2周。
[0272] 在两个研究组中，在终末攻击后1日处死小鼠，并且采集血液、支气管肺泡液 (BAL)、脾和颈淋巴结用于分析。
[0273] 评价临床相关读出:在攻击最后一日犾得临床相关读出，如嗔嚷、气道商反应性和 嗜酸性粒细胞的存在。
[0274] 打喷嚏：在鼻内施用梯牧草花粉提取物后8分钟时间内观察小鼠并且在这段时间 期间记录喷嚏的次数。
[0275] 气道高反应性：使用全身体积描记术，通过渐增浓度的雾化乙酰甲胆诱导碱气流 阻塞。肺部气流阻塞由施用乙酰甲胆碱后6分钟时间内的增强暂停（penh)计量。
[0276] BAL液的分类计数：将BAL液离心并取出上清液。将沉淀物重悬于PBS中并且通 过自动化细胞计数器（Sysmex)确定嗜酸性粒细胞的比例。
[0277] 在用本发明的蛋白质/肽舌下处理的小鼠组中和在小鼠用本发明的蛋白质/肽和 梯牧草提取物鼻内攻击的情况下观察到借助旁路抑制下调临床相关读出（如BAL中嗜酸性 粒细胞的数目）。
[0278] 表1 :与通过梯牧草（TG)花粉转录组学分析鉴定的蛋白质聚类相对应的可读框小 组。
[0279]

【权利要求】
1. 一种蛋白质或肽，其包含表1(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1-620)中所述的梯牧 草氨基酸序列或者其子序列、同源物或变体、由其组成或基本上由其组成。
2. 根据权利要求1所述的蛋白质或肽，其中蛋白质或肽不由表1中SEQ ID N0s:204、 205、206、207、208、209、210、211、212、213、282、283、284、285、286、287、289、290、291、292、 293、294、295、296、489、490 或 491 所示的序列组成。
3. -种蛋白质或肽，其包含表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按出 现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的梯牧草氨基酸序列或者其子序列、 同源物或变体、由其组成或基本上由其组成。
4. 根据权利要求3所述的蛋白质或肽，其中蛋白质或肽不由表4中SEQ ID NOs: 1517、 1542、1598、1679、1761、1849、1850、1851、1935、2040、2116、2133 或 2134 所示的序列组成。
5. 根据权利要求1或3所述的蛋白质或肽，其中所述同源物或变体与表1 (按出现顺序 分别是SEQ ID N0S 1-620)中所述的梯牧草氨基酸序列具有至少65%同源性或同一性。
6. 根据权利要求3所述的蛋白质或肽，其中所述子序列是7至30个氨基酸长度并且其 中至少7个连续氨基酸与表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)、表2 (按出现顺序分 别是SEQ ID N0S621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所 示的相应梯牧草氨基酸序列的至少7个连续氨基酸至少75%相同或同源。
7. 根据权利要求1至6中任一项所述的蛋白质或肽，其中子序列、同源物或变体是： i. 多至30个氨基酸长度的肽，所述肽包含表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID N0S1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列； 或 ii. 7至30个氨基酸长度的肽，所述肽包含至少7个连续氨基酸的子序列，所述至少7 个连续氨基酸与表2 (按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4 (按出现顺序分别是 SEQ ID N0S 1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列的至少7个连续氨基酸具有至少75% 同一性或同源性。
8. 根据权利要求1至7中任一项所述的蛋白质或肽，其中梯牧草氨基酸序列、子序列、 同源物或变体包含变应原或抗原。
9. 根据权利要求1至8中任一项所述的蛋白质或肽，其中梯牧草氨基酸序列、子序列、 同源物或变体减少、抑制、阻抑或降低抗变应原免疫反应。
10. 根据权利要求1至9中任一项所述的蛋白质或肽，其中梯牧草氨基酸序列、子序列、 同源物或变体激发、刺激、诱导、促进、增加或增强抗变应原免疫反应。
11. 根据权利要求9或10所述的蛋白质或肽，其中抗变应原免疫反应包括抗梯牧草变 应原免疫反应。
12. 根据权利要求9至11中任一项所述的蛋白质或肽，其中抗变应原免疫反应包括T 细胞反应。
13. 根据权利要求9至11中任一项所述的蛋白质或肽，其中抗变应原免疫反应包括刺 激、诱导、增加或增强的淋巴因子产生。
14. 根据权利要求1至13中任一项所述的蛋白质或肽，包含具有以下可读框标示的蛋 白质或肽的氨基酸序列、或者其子序列、部分、同源物、变体或衍生物、由其组成或基本上由 其组成：Μ· 693、M. 692、M. 125、M. 714、M. 721、M. 705、M. 591、M. 418、M. 689、M. 644、M. 414、 Μ· 624、Μ· 617、Μ· 704、Μ· 331、Μ· 604、Μ· 291、Μ· 151、Μ· 498、Μ· 561、Μ· 399、Μ· 603、Μ· 226、 Μ· 636、Μ· 473、Μ· 437、Μ· 634、Μ· 676、Μ· 422、Μ· 431、Μ· 387、Μ· 722、Μ· 610、Μ· 574、Μ· 531、 Μ· 305、Μ· 282、Μ· 271、Μ· 159、Μ· 83、Μ· 348、Μ· 285、Μ· 288、Μ· 287、Μ· 212、Μ· 715、Μ· 725、Μ· 694、 Μ· 701、Μ· 595、Μ· 718、Μ· 720、Μ· 723、Μ· 648、Μ· 662、Μ· 576、Μ· 618、Μ· 631、Μ· 682、Μ· 421、 Μ· 654、Μ· 393、Μ· 669、Μ· 625、Μ· 655、Μ· 524、Μ· 570、Μ· 341、Μ· 342、Μ· 450、Μ· 343、Μ· 639、 Μ. 555、Μ. 546、Μ. 606、Μ. 628、Μ. 248、Μ. 466、Μ. 328、Μ. 695、Μ. 658、Μ. 560、Μ. 548、Μ. 269、 Μ· 728、Μ· 653、Μ· 759、Μ· 765、Μ· 747、Μ· 763、Μ· 733、Μ· 651、Μ· 677、Μ· 597、Μ· 547、Μ· 761、 Μ· 571、Μ· 562、Μ· 657、Μ· 738、Μ· 734、Μ· 621、Μ· 741、Μ· 177、Μ· 579、Μ· 513、Μ· 446、Μ· 388、 Μ· 391、Μ· 593、Μ· 506、Μ· 395、Μ· 381、Μ· 372、Μ· 619、Μ· 656、Μ· 525、Μ· 698、Μ· 699、Μ· 439、 Μ· 630、Μ· 708、Μ· 620、Μ· 758、Μ· 764、Μ· 746、Μ· 762、Μ· 716、Μ· 726、ΜΝ· 66、Μ· 717、Μ· 727、 Μ· 719、Μ· 724、Μ· 577、Μ· 8、Μ· 235、Μ· 678、Μ· 675、Μ· 641、Μ· 499、Μ· 583、Μ· 649、Μ· 6、Μ· 29、 Μ· 34、Μ· 183、Μ· 101、Μ· 149、Μ· 164、Μ· 129、Μ· 45、Μ· 116、Μ· 165、Μ· 146、Μ· 69、Μ· 123、Μ· 107、 Μ· 3、Μ· 113、Μ· 204、Μ· 174、Μ· 178、Μ· 191、Μ· 580、Μ· 587、Μ· 594、Μ· 539、Μ· 569、Μ· 588、Μ· 615、 Μ· 578、Μ· 352、Μ· 514、Μ· 419、Μ· 443、Μ· 540、Μ· 640、Μ· 642、Μ· 646、Μ· 627、Μ· 626、Μ· 645、 Μ· 652、Μ· 650、Μ· 559、Μ· 622、Μ· 565、Μ· 567、Μ· 581、Μ· 609、Μ· 182、Μ· 134、Μ· 283、Μ· 297、 Μ· 367、Μ· 84、Μ· 189、Μ· 586、Μ· 496、Μ· 255、Μ· 471、Μ· 575、Μ· 163、Μ· 314、Μ· 194、Μ· 294、Μ· 472、 Μ· 369、Μ· 104、Μ· 206、Μ· 24、Μ· 469、Μ· 420、Μ· 444、Μ· 697、Μ· 687、Μ· 713、Μ· 638、Μ· 673、Μ· 700、 Μ· 702、Μ· 707、Μ· 710、Μ· 683、Μ· 670、Μ· 643、Μ· 663、Μ· 664、Μ· 666、Μ· 748、Μ· 731、Μ· 735、 Μ· 750、Μ· 752、Μ· 756、Μ· 754、Μ· 608、Μ· 740、Μ· 39、Μ· 303、Μ· 389、Μ· 390、Μ· 284、Μ· 201、Μ· 28、 Μ· 364、Μ· 344、Μ· 74、Μ· 180、Μ· 317、Μ· 298、Μ· 192、Μ· 77、Μ· 92、Μ· 144、Μ· 9、Μ· 296、Μ· 187、 Μ· 172、Μ· 72、Μ· 38、Μ· 239、Μ· 289、Μ· 240、Μ· 214、Μ· 365、Μ· 614、Μ· 598、Μ· 632、Μ· 633、Μ· 616、 Μ. 690、Μ. 607、Μ. 672、Μ. 545、Μ. 671、Μ. 272、Μ. 301、Μ. 202、Μ. 492、Μ. 647、Μ. 457、Μ. 686、 Μ· 495、Μ· 486、Μ· 729、Μ· 760、Μ· 668、Μ· 599、Μ· 417、Μ· 635、Μ· 584、Μ· 592、Μ· 709、Μ· 489、 Μ· 392、Μ· 347、Μ· 458、Μ· 464、Μ· 415、Μ· 520、Μ· 410、Μ· 467、Μ· 494、Μ· 374、Μ· 118、Μ· 346、 Μ· 318、Μ· 519、Μ· 600、Μ· 254、Μ· 438、Μ· 479、Μ· 523、Μ· 380、Μ· 480、Μ· 371、Μ· 482、Μ· 261、 Μ· 108、Μ· 260、Μ· 556、Μ· 461、Μ· 400、Μ· 474、Μ· 490、Μ· 491、Μ· 401、Μ· 470、Μ· 409、Μ· 435、 Μ· 553、Μ· 537、Μ· 402、Μ· 481、Μ· 483、Μ· 554、Μ· 538、Μ· 234、Μ· 237、Μ· 264、Μ· 563、Μ· 566、 Μ· 532、Μ· 557、Μ· 573、Μ· 549、Μ· 550、Μ· 551、Μ· 558、Μ· 463、Μ· 684、Μ· 739、Μ· 637、Μ· 517、 Μ· 712、Μ· 732、Μ· 711、Μ· 730、Μ· 736、Μ· 737、Μ· 247、Μ· 13、Μ· 57、Μ· 61、Μ· 47、Μ· 43、Μ· 32、 Μ. 518、Μ. 267、Μ. 73、Μ. 270、Μ. 150、Μ. 366、Μ. 679、Μ. 680、Μ. 230、Μ. 530、Μ. 667、Μ. 505、Μ. 488、 Μ· 445、Μ· 436、Μ· 508、Μ· 688、Μ· 613、Μ· 487、Μ· 552、Μ· 572、Μ· 336、Μ· 534、Μ· 213、Μ· 384、 Μ· 220、Μ· 147、Μ· 127、Μ· 145、Μ· 33、Μ· 110、Μ· 173、Μ· 50、Μ· 249、Μ· 18、Μ· 5、Μ· 25、Μ· 394、 Μ· 329、Μ· 330、Μ· 345、Μ· 323、Μ· 316、Μ· 130、Μ· 131、Μ· 203、Μ· 227、Μ· 128、Μ· 70、Μ· 292、Μ· 526、 Μ· 585、Μ· 681、Μ· 685、Μ· 596、Μ· 660、Μ· 674、Μ· 703、Μ· 504、Μ· 515、Μ· 521、Μ· 493、Μ· 497、 Μ· 509、Μ· 533、Μ· 484、Μ· 302、Μ· 478、Μ· 222、Μ· 691、Μ· 510、Μ· 119、Μ· 535、Μ· 543、Μ· 528、 Μ· 529、Μ· 373、Μ· 590、Μ· 361、Μ· 432、Μ· 477、Μ· 408、Μ· 568、Μ· 589、Μ· 462、Μ· 516、Μ· 522、 Μ· 412、Μ· 4、Μ· 256、Μ· 56、Μ· 55、Μ· 64、Μ· 22、Μ· 148、Μ· 205、Μ· 332、Μ· 171、ΜΕ· 3566、ΜΕ· 4276、 ΜΕ. 4056、ΜΕ. 3805、ΜΕ. 3720、ΜΕ. 3916、ΜΕ. 3855、ΜΕ. 1412、ΜΕ. 4234、ΜΕ. 4088、ΜΕ. 4115、 ΜΕ. 4210、ΜΕ. 3897、ΜΕ. 4229、ΜΕ. 4231、ΜΕ. 4280、ΜΕ. 4281、ΜΕ. 1571、ΜΕ. 4190、ΜΕ. 4230、 ME. 3882、MN. 82、MN. 124、MN. 169、MN. 185、MN. 140、MN. 201、MN. 193、MN. 183、MN. 184、MN. 173、 MN. 210、MN. 206、MN. 136、MN. 94、MN. 83、MN. 14、MN. 3、MN. 46、MN. 17、MN. 20、MN. 12、MN. 35、 MN. 15、MN. 38、MN. 74、MN. 41、MN. 67、MN. 27、MN. 75、MN. 47、MN. 33、MN. 86、MN. 59、MN. 8、 MN. 51、MN. 62、MN. 56、MN. 30、MN. 81、MN. 91、MN. 36、MN. 71、MN. 80、MN. 76、MN. 96、MN. 106、 MN. 90、MN. 57、MN. 25、MN. 108、MN. 186、MN. 58、MN. 6、MN. 77、MN. 107、MN. 203、MN. 204、MN. 211、 MN. 205、MN. 68、MN. 98、MN. 93、MN. 113、MN. 123、MN. 69、MN. 178、MN. 182、MN. 4、MN. 166、 MN. 167、MN. 172、MN. 168、MN. 105、MN. 39、MN. 194、MN. 195、MN. 101、MN. 116、MN. 181、MN. 97、 MN. 54、MN. 156、MN. 117、MN. 163、MN. 175、MN. 102、MN. 202、MN. 157、MN. 119、MN. 114、MN. 92、 MN. 88、MN. 153、MN. 95、MN. 128、MN. 122、MN. 118、MN. 99、MN. 72、MN. 214、MN. 219、MN. 220、 MN. 199、MN. 224、MN. 218、MN. 215、MN. 207、MN. 223、MN. 221、MN. 222、MN. 216、MN. 162、MN. 142、 MN. 158、MN. 141、MN. 53、MN. 111、MN. 112、MN. 120、MN. 130、MN. 132、MN. 127、MN. 121、MN. 139、 MN. 146、MN. 64、MN. 87、MN. 89、MN. 37 或 MN. 164。
15. 根据权利要求1至14中任一项所述的蛋白质或肽，其中蛋白质或肽是IgG或IgE 反应性抗原或变应原。
16. 根据权利要求1至15中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、子序列、同源 物或变体调节Th2免疫反应。
17. 根据权利要求1至16中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、子序列、同源 物或变体调节细胞产生淋巴因子或细胞因子。
18. 根据权利要求1至17中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、子序列、同源 物或变体去敏化或者激发、刺激、诱导、改善、增加或增强受试者对变应原的免疫耐受性。
19. 根据权利要求1至18中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、子序列、同源 物或变体去敏化或者激发、刺激、诱导、改善、增加或增强受试者对梯牧草变应原的免疫耐 受性。
20. 根据权利要求1至19中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、其子序列、同 源物、或变体调节淋巴因子、细胞因子、IL_5(白介素-5)、IL-4(白介素-4)、IL-10(白介 素-13)、IL-13(白介素-13)、IL-17(白介素-17)或IFN-γ (干扰素-γ)的产生。
21. 根据权利要求20述的蛋白质或肽，其中通过免疫测定法检测淋巴因子、细胞因子、 IL-5(白介素-5)、IL-4(白介素-4)、IL-10(白介素-13)、IL-13(白介素-13)、IL-17(白 介素-17)或IFN- γ (干扰素 -γ )产生。
22. 根据权利要求1至20中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、子序列、同源 物、或变体增加、诱导、激发或刺激Th2免疫反应；增加、诱导、激发或刺激细胞产生淋巴因 子；或增加、诱导、激发或刺激IL_5(白介素-5)、IL-4(白介素-4)、IL-10(白介素-13)、 IL-13 (白介素-13)、IL-17 (白介素-17)或IFNi (干扰素1)的产生。
23. 根据权利要求22所述的蛋白质或肽，其中通过使外周血单核细胞细胞（PBMC)与 蛋白质或肽接触，随后进行免疫测定法，确定Th2免疫反应或淋巴因子、IL-5、IL-4、IL-10、 IL-13、IL-17 或 IFN- γ 产生。
24. 根据权利要求1至23中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列具有约5-10、 10-15、15-20、20-25、25-30、30-35、35-40、45-50、50-60、60-70、70-80、90-100、100-125、 125-150、150-175、175-200、200-250、250-300 个或更多个氨基酸残基的长度。
25. 根据权利要求1至23中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列具有直至25个 氨基酸长度或约7至25、7至20 ;8至30 ;8至25 ;8至20 ;9至30 ;9至25 ;9至20 ;10至 30 ;10至25 ;或10至30个氨基酸残基的长度。
26. 根据权利要求1至25中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、子序列、同源 物或变体固定在基材上。
27. 根据权利要求1至26中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、子序列、同源 物或变体是分离的。
28. 根据权利要求1至26中任一项所述的蛋白质或肽，其中氨基酸序列、子序列、同源 物或变体固定在基材上，并且其中每个固定的氨基酸序列、子序列、同源物或变体在基材上 具有唯一或独特位置或地址。
29. 根据权利要求所述27或权利要求28的蛋白质或肽，其中基材包括玻璃、二氧化硅、 塑料、聚乙烯、聚苯乙烯、聚丙烯、聚乙酸酯、聚碳酸酯、聚酰胺、聚酯、聚氨酯或聚氯乙烯。
30. 组合物，其包含根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽。
31. 药物组合物，其包含根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽。
32. 疫苗组合物，其包含根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽。
33. 分离的核酸，其编码上述任一个实施方案的蛋白质或肽。
34. 分离的核酸，其编码根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽。
35. 细胞，其表达上述任一个实施方案的蛋白质或肽。
36. 细胞，其表达根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽。
37. 根据权利要求35或36所述的细胞，其中细胞是真核细胞或原核细胞。
38. 根据权利要求35或36所述的细胞，其中细胞是哺乳动物细胞、昆虫细胞、真菌细胞 或细菌细胞。
39. -种调节细胞针对梯牧草变应原或抗原的免疫活性的方法，所述方法包括使细胞 与下述量的上述任一个实施方案的蛋白质或肽接触，所述量足以调节所述细胞针对梯牧草 变应原或抗原的免疫活性。
40. -种调节细胞针对梯牧草变应原或抗原的免疫活性的方法，所述方法包括使细胞 与下述量的根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽接触，所述量足以调节所述细 胞针对梯牧草变应原或抗原的免疫活性。
41. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，用于调节细胞针对梯牧草变应 原或抗原的免疫活性。
42. 上述任一个实施方案的蛋白质或肽的用途，用于制造调节细胞针对梯牧草变应原 或抗原的免疫活性的药物。
43. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽的用途，用于制造调节细胞针对 梯牧草变应原或抗原的免疫活性的药物。
44. 根据权利要求39至43中任一项所述的方法，其中所述方法或用途包括诱导、激发、 增加或改善细胞中针对梯牧草变应原或抗原的免疫耐受性。
45. -种调节受试者中针对梯牧草变应原的免疫反应的方法，所述方法包括向受试者 施用下述量的上述任一个实施方案的蛋白质或肽，所述量足以调节受试者中针对梯牧草变 应原的免疫反应。
46. -种调节受试者中针对梯牧草变应原的免疫反应的方法，所述方法包括向受试者 施用下述量的根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，所述量足以调节受试者中 针对梯牧草变应原的免疫反应。
47. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，用于调节受试者中针对变应原 的免疫反应。
48. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽的用途，用于制造调节受试者中 针对变应原的免疫反应的药物。
49. 一种去敏化或诱导、激发、增加或改善受试者针对梯牧草蛋白质或肽变应原的免疫 耐受性的方法，所述方法包括向所述受试者施用下述量的上述任一个实施方案的蛋白质或 肽，所述量足以去敏化或诱导、激发、增加或改善受试者对梯牧草蛋白质或肽变应原的耐受 性。
50. -种去敏化或诱导、激发、增加或改善受试者针对梯牧草蛋白质或肽变应原的免疫 耐受性的方法，所述方法包括向所述受试者施用下述量的根据权利要求1至29中任一项所 述的蛋白质或肽，所述量足以去敏化或诱导、激发、增加或改善受试者对梯牧草蛋白质或肽 变应原的耐受性。
51. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，用来去敏化或用来诱导、激发增 加或改善受试者对梯牧草变应原的耐受性。
52. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽的用途，用于制造去敏化或诱导、 激发、增加或改善受试者对梯牧草变应原的耐受性的药物。
53. -种降低过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对 过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的保护作用的方法，所述方法包括向受试者 施用下述量的上述任一个实施方案的蛋白质或肽，所述量足以降低过敏反应、变态反应、过 敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应 性疾病的保护作用。
54. -种降低过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对 过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的保护作用的方法，所述方法包括向受试者 施用下述量的根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，所述量足以降低过敏反 应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反应、过 敏性疾病或变应性疾病的保护作用。
55. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，用来降低过敏反应、变态反应、 过敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变 应性疾病的保护作用。
56. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽的用途，用于制造降低过敏反应、 变态反应、过敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反应、过敏性 疾病或变应性疾病的保护作用的药物。
57. 上述任一个实施方案的蛋白质或肽，用于降低过敏反应、变态反应、过敏性疾病或 变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的保 护作用。
58. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，用于降低过敏反应、变态反应、 过敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变 应性疾病的保护作用。
59. -种治疗过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的方法，所述方法包括向 受试者施用下述量的上述任一个实施方案的蛋白质或肽，所述量足以治疗受试者的变态反 应、过敏性疾病或变应性疾病。
60. -种治疗过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的方法，所述方法包括向 受试者施用下述量的根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，所述量足以治疗受 试者的变态反应、过敏性疾病或变应性疾病。
61. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，用来治疗过敏反应、变态反应、 过敏性疾病或变应性疾病。
62. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽的用途，用于制造治疗过敏反应、 变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的药物。
63. 上述任一个实施方案的蛋白质或肽，用于治疗受试者的过敏反应、变态反应、过敏 性疾病或变应性疾病。
64. 根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽，用于治疗受试者的过敏反应、变 态反应、过敏性疾病或变应性疾病。
65. 根据权利要求39至64中任一项所述的方法或用途，包括向受试者施用或使用下述 量的作为IgG、IgA、IgM或IgD反应性抗原或变应原的梯牧草蛋白质或肽。
66. 根据权利要求39至64中任一项所述的方法或用途，其中过敏反应或变态反应包括 过敏性鼻炎、胸痛或胸闷、咳嗽、哮鸣、眼刺激或眼痒、鼻窦充血和流涕。
67. 根据权利要求39至66中任一项所述的方法或用途，其中方法或用途去敏化或诱 导、激发、增加或改善受试者针对表1(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1-620)、表2 (按出现 顺序分别是SEQ ID NOS621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1443-2264)或表 6中所示的生物或生物产物的免疫耐受性。
68. 根据权利要求39至67中任一项所述的方法或用途，其中方法或使用途包括使细胞 与所述蛋白质或肽反复接触，或反复施用所述蛋白质或肽至受试者多次。
69. 根据权利要求39至68中任一项所述的方法或用途，其中将蛋白质或肽经皮肤、皮 下、肌内、静脉内、经口、经粘膜、通过吸入或经鼻施用。
70. 根据权利要求39至64中任一项所述的方法或用途，其中过敏反应或变态反应由梯 牧草暴露或禾草目（Poales)另一种牧草接触梯牧草变应原或接触与梯牧草变应原同源的 变应原引起或与之相关。
71. -种检测受试者中梯牧草变态反应或诊断梯牧草过敏的方法，所述方法包括： i. 使来自所述受试者的细胞与根据权利要求1至29中任一项所述的蛋白质或肽接触； 和 ii. 确定所述蛋白质或肽是否调节来自所接触细胞的免疫反应或活性； 其中对所述蛋白质或肽调节来自所接触细胞的免疫反应或活性的确定检测出变态反 应或表示受试者具有梯牧草变态反应或梯牧草过敏。
72. 根据权利要求71所述的方法，其中变态反应或过敏包括梯牧草变态反应或过敏。
73. 根据权利要求71所述的方法，其中变态反应或过敏包括梯牧草变态反应或过敏。
74. 根据权利要求71所述的方法，其中通过分析超敏反应或应答确定对免疫反应或活 性的调节。
75. 根据权利要求71所述的方法，其中通过分析皮肤免疫超敏反应确定对免疫反应或 活性的调节。
76. 根据权利要求39至75中任一项所述的方法或用途，其中受试者是哺乳动物。
77. 根据权利要求39至75中任一项所述的方法或用途，其中受试者是人。
78. 根据权利要求77所述的方法，其中接触受试者的皮肤。
79. 根据权利要求39至75中任一项所述的方法或用途，其中受试者已经显示过敏反 应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的症状或摧患过敏反应、变态反应、过敏性疾病或 变应性疾病。
80. 根据权利要求39至75中任一项所述的方法或用途，其中受试者具有、先前已经具 有哮喘或针对变应原的超敏反应或面临具有哮喘或针对变应原的超敏反应的风险。
81. 根据权利要求39至75中任一项所述的方法或用途，其中受试者已经具有针对变应 原的过敏反应或变态反应，所述变应原源自梯牧草或禾草目另一种牧草或由其产生。
82. 根据权利要求39至75中任一项所述的方法或用途，其中受试者已经具有针对表 1(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1-620)、表2(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 621-1442)、 表4(按出现顺序分别是SEQ ID NOS 1443-2264)或表6中所示的氨基酸序列的过敏反应 或变态反应。
83. 根据权利要求39至75中任一项所述的方法或用途，其中受试者对源自梯牧草或由 其产生的选自Phi pl、Phl p5、Phl p6的变应原或其同源变应原或抗原过敏。
84. -种试剂盒，其包含区室和说明书 A) 其中区室包含： i) 表1(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 1-620)，表2(按出现顺序分别是SEQ ID N0S 621-1442)、表4(按出现顺序分别是SEQ ID N0S1443-2264)或表6中所示的生物的一个或 多个氨基酸序列或者其子序列、同源物或变体；并且 B) 其中说明书用于以下任一者： ii) 调节细胞针对变应原的免疫反应或活性； iii) 调节受试者中针对变应原的免疫反应； iv) 去敏化或诱导、激发、增加或改善针对蛋白质或肽变应原的免疫耐受性； v) 降低过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病风险或为受试者提供针对过敏 反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病的保护作用； vi) 治疗过敏反应、变态反应、过敏性疾病或变应性疾病；或 vii) 在受试者中检测变态反应或诊断过敏。
【文档编号】A61K39/35GK104203277SQ201380008385
【公开日】2014年12月10日 申请日期:2013年2月7日 优先权日:2012年2月7日
【发明者】A·塞特, V·舒尔滕, H·格雷, B·彼得斯, J·格林鲍姆 申请人:拉霍拉敏感及免疫学研究所