使用法尼基转移酶抑制剂治疗癌症的方法与流程
相关申请的交叉引用
本发明申请主张2017年8月7日提交的美国临时专利申请no.62/542,202；2017年12月8日提交的美国临时专利申请no.62/596,339；2018年2月14日提交的美国临时专利申请62/630,686；和2018年3月21日提交的美国临时专利申请62/646,292的优先权益，以上每篇专利申请的全部内容以其全部内容作为参考并入本文。
本发明涉及癌症疗法领域。具体地，本文提供了使用法尼基转移酶抑制剂治疗癌症的方法。
背景技术：
在癌症患者的临床管理中，通过划分患者群体来改善治疗反应速率变得越来越有价值。法尼基转移酶抑制剂(farnesyltransferaseinhibitors，fti)是在癌症，如外周t细胞淋巴瘤(peripheralt-celllymphoma“ptcl”)、骨髓增生异常综合征(myelodysplasticsyndrome“mds”)或者急性髓细胞性白血病(acutemyeloidleukemia“aml”)的治疗中具有应用的治疗剂。然而，患者对fti治疗的反应不同。因此，预测患有癌症的对象对fti治疗的反应的方法或者对于fti治疗选择癌症患者的方法是仍未满足的需要。本文所提供的方法和组合物满足这些需要并且提供了其它相关优势。
技术实现要素：
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有癌症的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的癌症患者的方法，对fti治疗划分癌症患者的方法和提高癌症患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括分析来自患有癌症的对象的样品以确定在向所述对象施用fti之前所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在一些实施方式中，所述疾病或病症是骨髓疾病。在一些实施方式中，所述疾病或病症是癌症。在一些实施方式中，所述疾病或病症是骨髓癌。在一些实施方式中，所述疾病或病症是表达cxcl12的癌症。在一些实施方式中，所述疾病或病症是嗜中性白细胞减少。在一些实施方式中，所述疾病或病症是涉及骨髓cxcr4高活性的遗传疾病或病症，如whim综合征或华氏巨球蛋白血症。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的癌症的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的癌症的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有癌症的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的癌症患者的方法，对fti治疗划分癌症患者的方法和提高癌症患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前，分析来自患有癌症的对象的样品以确定所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的癌症。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在一些实施方式中，所述癌症是淋巴瘤。在一些实施方式中，所述癌症是白血病。在一些实施方式中，所述癌症是非血液学癌症的骨髓转移。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的表达cxcl12的癌症的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的表达cxcl12的癌症的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有癌症的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的癌症患者的方法，对fti治疗划分癌症患者的方法和提高癌症患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前，分析来自患有癌症的对象的样品以确定所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的表达cxcl12的癌症。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的淋巴瘤的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的淋巴瘤的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有淋巴瘤的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的淋巴瘤患者的方法，对fti治疗划分淋巴瘤患者的方法和提高淋巴瘤患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括分析来自患有淋巴瘤的对象的样品以确定在向所述对象施用fti之前所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的淋巴瘤。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是血管免疫母细胞性t-细胞淋巴瘤(aitl)。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的白血病的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的白血病的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有白血病的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的白血病患者的方法，对fti治疗划分白血病患者的方法和提高白血病患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有白血病的对象的样品以确定所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的白血病。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在具体的实施方式中，所述白血病是aml(例如，新诊断的aml、复发性或难治性aml)。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的骨髓增生异常综合征(mds)的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的mds的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有mds的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的mds患者的方法，对fti治疗划分mds患者的方法和提高mds患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前，分析来自患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的mds的对象的样品以确定所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的mds。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的嗜中性白细胞减少的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的嗜中性白细胞减少的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有嗜中性白细胞减少的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的嗜中性白细胞减少患者的方法，对fti治疗划分嗜中性白细胞减少患者的方法和提高嗜中性白细胞减少患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的嗜中性白细胞减少的对象的样品以确定所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的嗜中性白细胞减少。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的骨髓纤维化的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的骨髓纤维化的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有骨髓纤维化的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的骨髓纤维化患者的方法，对fti治疗划分骨髓纤维化患者的方法和提高骨髓纤维化患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的骨髓纤维化的对象的样品以确定所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的骨髓纤维化。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的华氏巨球蛋白血症的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的华氏巨球蛋白血症的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有华氏巨球蛋白血症的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的华氏巨球蛋白血症患者的方法，对fti治疗划分华氏巨球蛋白血症患者的方法和提高华氏巨球蛋白血症患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前，分析来自患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的华氏巨球蛋白血症的对象的样品以确定所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的华氏巨球蛋白血症。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
本文提供了治疗对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的whim综合征的方法，其包括向患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的whim综合征的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有whim综合征的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的whim综合征患者的方法，对fti治疗划分whim综合征患者的方法和提高whim综合征患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的whim综合征的对象的样品以确定所述对象患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的whim综合征。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
在一个方面，本文提供了治疗患有疾病或病症的对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的方法，其包括基于具有骨髓细胞的骨髓归巢的表现的对象，向所述对象选择性施用治疗有效量的fti，所述表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值；(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值，和/或(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值。
在一些实施方式中，进一步基于具有(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，更高的cxcl12与cxcr4或hras表达的比值和/或更高的一种或多种归巢受体(例如，cxcr4和cxcr3)与一种或多种动员受体(例如，cxcr2和cxcr1)表达的比值的对象，向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，所述anc参考值为1,500/μl、1,400/μl、1,300/μl、1,200/μl、1,100/μl、1,000/μl、900/μl、800/μl、700/μl、600/μl、500/μl、400/μl、300/μl或者200/μl。在一些实施方式中，所述anc参考值为anc1,000/μl。
在一些实施方式中，对象中的白细胞(wbc)计数大于健康对照组的正常范围的下限。在一些实施方式中，所述wbc计数为>2,000/μl。
在一些实施方式中，所述bmr参考值为0.5、0.4、0.3、0.2、0.1、0.09、0.08、0.07、0.06、0.05、0.04、0.03、0.02或0.01。在一些实施方式中，所述bmr参考值为0.03。
在一些实施方式中，所述外周胚细胞计数的参考值为15％、10％、5％、4％、3％、2％、1.0％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％。0.3％、0.2％或0.1％。在一些实施方式中，所述外周胚细胞计数的参考值为1％。
在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％或75％。在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为45％。
在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％或75％，并且血液样品中胚细胞的百分比为15％、10％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％、0.3％、0.2％或0.1％。在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为45％并且外周胚细胞计数的参考值为10％。
在一些实施方式中，所述方法包括在向对象施用fti之前，分析来自所述对象的样品中的anc、bmr、外周胚细胞计数、骨髓胚细胞计数、cxcl12表达、cxcr4表达、cxcl12与hras或cxcr4的表达比和/或一种或多种归巢受体(例如，cxcr4或cxcr3)的表达与一种或多种动员受体(例如，cxcr2或cxcr1)的表达比值。
在一些实施方式中，所述样品是血液样品、肿瘤活组织检查、骨髓吸出物或活组织检查、血浆样品、血清样品、细胞样品或淋巴结样品。在一些实施方式中，所述样品是分离的细胞。
在一些实施方式中，所述方法包括确定样品中的anc小于anc参考值。在一些实施方式中，所述anc参考值为1,500/μl、1,400/μl、1,300/μl、1,200/μl、1,100/μl、1,000/μl、900/μl、800/μl、700/μl、600/μl、500/μl、400/μl、300/μl或200/μl。在一些实施方式中，所述anc参考值为1,000/μl。
在一些实施方式中，所述方法包括确定样品中的白细胞(wbc)计数大于健康对照组的正常范围的下限。在一些实施方式中，所述wbc计数为>2,000/μl。
在一些实施方式中，样品中的bmr小于bmr参考值。在一些实施方式中，所述bmr参考值为0.5、0.4、0.3、0.2、0.1、0.09、0.08、0.07、0.06、0.05、0.04、0.03、0.02或0.01。在一些实施方式中，所述bmr参考值为0.03。
在一些实施方式中，所述方法包括确定样品中的外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数的参考值。在一些实施方式中，所述外周胚细胞计数的参考值为15％、10％、5％、4％、3％、2％、1.0％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％、0.3％、0.2％或0.1％。在一些实施方式中，所述外周胚细胞计数的参考值为1％。
在一些实施方式中，所述方法包括确定样品中的骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数的参考值。在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％或75％。在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为45％。
在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％或75％，并且血液样品中胚细胞的百分比为15％、10％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％、0.3％、0.2％或0.1％。在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为45％并且外周胚细胞计数的参考值为10％。
在一些实施方式中，所述方法包括确定样品中cxcl12蛋白、蛋白部份或rna的表达水平大于cxcl12的参考表达水平。
在一些实施方式中，所述方法包括确定cxcl12基因的dna序列。在一些实施方式中，所述cxcl12基因序列是cxcl12基因的3'非翻译区(3'utr)中的单核苷酸变异(snv)或变体。
在一些实施方式中，所述方法包括确定cxcr4的dna序列。在一些实施方式中，所述cxcr4的dna序列包含cxcr4基因的激活突变。
在一些实施方式中，所述方法包括确定样品中cxcl12的表达水平与cxcr4的表达水平的比值或者cxcl12的表达水平与hras的表达水平的比值大于参考比值。
在一些实施方式中，所述患有癌症的对象患有中度或重度嗜中性白细胞减少。
在一些实施方式中，在施用fti之前，所述对象是输血依赖的。在一些实施方式中，所述方法对于将输血依赖性对象转化为输血不依赖性的对象是有效的。
在一些实施方式中，与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症是癌症。在一些实施方式中，所述癌症是淋巴瘤、白血病或者非血液学癌症的骨髓转移。在一些实施方式中，所述癌症是急性髓细胞性白血病(aml)。在一些实施方式中，所述aml是新诊断的aml。在一些实施方式中，患有aml的对象是患有高危aml的老年患者。在一些实施方式中，所述aml是复发性或难治性aml。在一些实施方式中，所述癌症是骨髓增生异常综合征(mds)。在一些实施方式中，所述癌症是慢性粒细胞性白血病(cml)。在一些实施方式中，所述癌症是慢性粒单核细胞性白血病(cmml)。在一些实施方式中，所述癌症是t细胞白血病。
在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼、阿加来必(arglabin)、紫苏醇、sch-66336、l778123、l739749、fti-277、l744832、cp-609,754、r208176、azd3409和bms-214662。在一些实施方式中，fti是替吡法尼。
附图说明
图1a.中等(int)和高风险骨髓增生异常综合征(mds)/慢性粒单核细胞性白血病(cmml)中的示例性替吡法尼研究(int-28)结果。crs：完全反应；ipss：国际预后评分系统；orr：客观反应率；rbc：红细胞；ti：输血不依赖性的；n：嗜中性白细胞(个细胞/μl)；bl：血液。
图1b.接受者工作特征(roc)曲线，其显示了用于预测通过对输血依赖性mds/cmml患者的替吡法尼治疗向输血不依赖性的转化的嗜中性白细胞减少(绝对嗜中性白细胞计数(anc)≤1,1×109个细胞/l血液)的灵敏度和特异性。
图1c.经历替吡法尼疗法(300mgbid，3周用药/1周停药)的具有嗜中性白细胞减少(anc＝400个细胞/μl血液)的示例性mds/cmms对象中随时间的血小板和白细胞计数。
图2a.显示在骨髓中具有低(第一三分位组，左侧柱)、中(第二三分位组，中间柱)或高(第三三分位组，右侧柱)cxcl12表达的aml对象(ctep-20试验)中的骨髓和血液中的胚细胞百分比的图；所附示意图显示了具有低bmcxcl12(左上部分)或高bmcxcl12(左下部分)的aml患者中脉管系统(周围血液胚细胞计数)和骨髓(bm；bm胚细胞计数)之间的白血病细胞分布。
图2b.上图：在ctep20研究中经历替吡法尼疗法的具有高骨髓胚细胞百分比(bmb>40％)和低周围血液胚细胞百分比(pb<1％)的aml对象相对于经历替吡法尼疗法的具有低骨髓胚细胞百分比(bmb<40％)或高周围血液胚细胞百分比(pb>1％)的aml对象的随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。下图：aml301研究中经历替吡法尼疗法的具有高骨髓胚细胞百分比(bmb>40％)和低周围血液胚细胞百分比(pb<10％)的aml对象相对于最佳维持疗法(bsc，包括化疗)的随时间(天)的存活概率。
图2c.在ctep20(上图)和aml301(下图)研究中，经历替吡法尼疗法的血液胚细胞百分比与骨髓胚细胞百分比的比值(血液-与-骨髓胚细胞的比值，bmr)≥0.1的aml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。
图3a-h.接受替吡法尼或参考疗法(bsc)，具有指定wbc、anc或血小板水平的aml对象亚组随时间(天)的存活概率：a：所有对象的wbc均大于正常下限(2.1×109个细胞/l，wbc>2.1)；b：对象的wbc>2.1且anc<1.2(1.2×109个细胞/l)；c：wbc>2.1且anc<1.0；d：wbc>2.1且anc<0.8，括号中显示了wbc的anc部份；e：wbc<2.1且anc<0.6；f：wbc<2.1且anc<0.4；g：(左图)anc<1且wbc<2，相比之下(右图)anc<1且wbc>2)；h：(左图)anc<1且血小板<50(50×109/l)，相比之下(右图)anc<1且血小板>50。
图4a.接受替吡法尼或参考疗法(bsc)的具有指定骨髓胚细胞(mb)或周围血液胚细胞(pb)百分比的aml对象亚组随时间(天)的存活概率。
图4b.来自图4a的接受替吡法尼(右侧柱)或参考疗法(左侧柱)的aml对象亚组中的白细胞(wbc)、绝对嗜中性白细胞计数(anc)、周围血液胚细胞(pb)或骨髓胚细胞(mb)的相对水平。
图4c.来自图4a的接受替吡法尼(右侧柱)或参考疗法(左侧柱)的aml对象中的bmr(周围血液和骨髓胚细胞的百分比的比值，pb％/mb％)的第一、第二和第三三分位组的整体存活期。第一三分位组(最低)包括bmr<0.027的对象。
图5a.接受替吡法尼或参考疗法，具有以嗜中性白细胞部份<40％(anc/wbc<0.4)为特征的嗜中性白细胞减少、wbc>2×109/l和血小板>20×109/l的aml患者随时间的存活概率。
图5b.接受替吡法尼或参考疗法，具有以嗜中性白细胞部分<30％(anc/wbc<0.3)为特征的嗜中性白细胞减少且骨髓胚细胞>60％的aml患者随时间的存活概率。
图6a.接受替吡法尼的复发性或难治性aml对象中周围血液胚细胞的相对水平取决于相对cxcr4表达水平(复发性或难治性患者中替吡法尼的int-17试验)。以计数表示cxcr4表达。
图6b.接受替吡法尼的复发性/难治性aml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率取决于相对cxcr4表达水平，。
图6c.接受替吡法尼的复发性/难治性aml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率取决于cxcr4与cxcr2(cxcr4/cxcr2)表达计数的相对低或高比值，。
图7a.具有高cxcr4/cxcr2比值的先前未治疗的老年或不适aml对象相对于ctep-20研究中招募的其它患者随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。
图7b.具有高cxcr4/cxcr2比值的先前未治疗的老年或不适aml对象相对于ctep-20研究中招募的其它患者随时间(天)的存活概率。
图8.ctep-20研究中，在骨髓中具有低(第一三分位组)、中(第二三分位组)或高(第三三分位组)cxcl12表达的接受替吡法尼的aml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。具有较高的cxcl12表达的aml患者对替吡法尼治疗的反应比具有较低的cxcl12表达的那些更好。
图9.在int-17研究中，接受替吡法尼的具有相对cxcr4/cxcr2表达比值的复发性/难治性aml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。具有较高的cxcr4/cxcr2表达比值的aml患者对替吡法尼治疗的反应比具有较低的cxcr4/cxcr2表达比值的那些更好。
图10a.在ctep-20研究中，接受替吡法尼的具有相对cxcr4/cxcr2表达比值的aml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。具有较高的cxcr4/cxcr2表达比值的aml患者对替吡法尼治疗的反应比具有较低的cxcr4/cxcr2表达比值的那些更好。
图10b.在tip-004研究中，接受替吡法尼的具有相对cxcr4/cxcr2表达比值的复发性/难治性cmml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。具有较高的cxcr4/cxcr2表达比值的cmml患者对替吡法尼治疗的反应比具有较低的cxcr4/cxcr2表达比值的那些更好。
图11a.在ctep-20研究中，接受替吡法尼的具有相对cxcr4/cxcr2表达比值的aml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。具有较高的cxcr4/cxcr2表达比值的aml患者对替吡法尼治疗的反应比具有较低的cxcr4/cxcr2表达比值的那些更好。
图11b.在amlcg1999研究中，接受arac基化疗的具有相对cxcr4/cxcr2表达比值的复发性/难治性aml对象随时间(天)的无恶化存活(pfs)概率。具有较高的cxcr4/cxcr2表达比值的aml患者对arac治疗的反应与具有较低的cxcr4/cxcr2表达比值的那些无差异。
图12.在ko-tip-004研究中，接受替吡法尼的具有相对cxcr4/cxcr2表达比值的cmml对象中随时间的单核细胞血细胞计数：橙色表示的对象具有高cxcr4/cxcr2表达比值，蓝色表示的对象具有低cxcr4/cxcr2表达比值。符号“cxdy”代表循环x中的第y天，例如，c2d15代表循环2中的第15天；并且每条线代表不同的cmml对象。
图13.在aml301研究中，经历替吡法尼疗法的相对于经历最佳维持疗法(bsc)的老年且不适aml对象的随时间(天)的存活概率。替吡法尼在未经选择的患者中没有影响。数据来自harousseau等人blood2009114:1166-1173。
图14.癌症基因组图集研究网络(thecancergenomeatlasresearchnetwork，tcga)的研究中的随时间(天)的存活概率显示了具有高骨髓胚细胞百分比(mb>40％)和低周围血液胚细胞百分比(pb<10％)的aml对象相对于具有低骨髓胚细胞百分比(mb<40％)或者高周围血液胚细胞百分比(pb>10％)的aml对象。骨髓归巢(mh)对护理标准(standardofcare，soc)无预后影响。图来自tcgan.engl.j.med.2013；368:2059。
图15.癌症基因组图集研究网络(tcga)的研究中的随时间(天)的存活概率显示了具有骨髓归巢的aml对象(>60岁)相对于无骨髓归巢的对象。在老年aml患者中，对于护理标准，具有骨髓归巢的预后趋势更差。图来自tcgan.engl.j.med.2013；368:2059。
图16.在aml301研究(最佳支持疗法组)中，经历替吡法尼疗法的具有骨髓归巢的相对于无骨髓归巢的aml对象的随时间(天)的存活概率。在老年aml患者中，对于最佳支持疗法，具有骨髓归巢的预后趋势更差。
图17.在aml301研究(替吡法尼“tipi”组)中，经历替吡法尼疗法的具有骨髓归巢的相对于无骨髓归巢的aml对象的随时间(天)的存活概率。在老年aml患者中，对于替吡法尼，具有骨髓归巢的预后趋势更好。
图18.在aml301研究(无骨髓归巢亚组)中，经历替吡法尼疗法的相对于经历最佳支持疗法的aml对象的随时间(天)的存活概率。替吡法尼在未经选择的患者中没有影响。
图19.高cxcr4/cxcr2表达与aml胚细胞的骨髓归巢有关。cxcr4和cxcr2分别调控骨髓细胞的骨髓归巢和动员。具有高cxcr4/cxcr2比值的aml患者患有优先定位于骨髓中的aml。这些数据表明骨髓归巢可以用作高cxcr4/cxcr2比值的替代物和替吡法尼活性的潜在生物标志物。
图20.高cxcl12/cxcr4表达比值与先前未治疗过的aml患者(图20a)、复发性/难治性ptcl患者(图20b)和复发性/难治性cmml患者(图20c)中对替吡法尼治疗的反应性有关。
图21.替吡法尼治疗降低了cxcl12的表达水平。图21a.ptcl患者中cxcl12的血清水平在替吡法尼治疗约30天时降低。图21b.替吡法尼治疗降低了cd1小鼠bm模型中的cxcl12表达。
发明详述
如本文所使用的，冠词“一个(a)”、“一个(an)”和“所述”表示一个或大于一个所述冠词的语法对象。举例来说，样品是指一个样品或两个或更多个样品。
如本文所使用的，术语“对象”是指哺乳动物。对象可以是人或非人哺乳动物，如狗、猫、牛、马、小鼠、大鼠、兔或其转基因物种。对象可以是具有孤立性中性粒细胞减少的患者，如具有孤立性中性粒细胞减少的癌症患者。
如本文所使用的，术语“样品”是指含有一种或多种所关心的组分的材料或材料混合物。来自对象的样品是指得自所述对象的样品，其包括体内或原位获得、触及或收集的生物组织或液体来源的样品。样品可以得自含有癌前或癌细胞或组织的对象区域。这些样品可以是(但不限于)分离自哺乳动物的器官、组织、部份和细胞。示例性样品包括淋巴结、全血、部分纯化的血液、血清、骨髓和周围血单核细胞(“pbmc”)。样品还可以是组织活组织检查。示例性样品还包括细胞裂解液、细胞培养物、细胞系、组织、口腔组织、胃肠组织、器官、细胞器、生物流体、血液样品、尿液样品、皮肤样品等。
如本文所使用的，术语“分析”样品是指实施本领域承认的测定，从而对于样品的特定性质或特征进行评价。样品的性质或特征可以是(例如)所述样品中细胞的类型或者所述样品中基因的表达水平。
如本文所使用的，术语“治疗”当用于表示具有孤立性中性粒细胞减少的患者时，是指降低孤立性中性粒细胞减少的严重程度或者延迟或减缓孤立性中性粒细胞减少的发展的作用，其包括(a)提高患者中的血小板计数或白细胞计数，和(b)将输血依赖性患者转化为输血不依赖性的患者，例如，不依赖于红细胞(rbc)输血或血小板输血的患者。当结合具有孤立性中性粒细胞减少的癌症患者使用时，术语“治疗”还可以表示降低癌症严重程度或者延缓或减缓癌症发展，包括(a)抑制癌症生长，或者终止癌症发展，和(b)导致癌症消退或者延迟或最大程度降低与癌症存在有关的一种或多种症状的作用。例如，“治疗”具有孤立性中性粒细胞减少的患者中的癌症，如表达cxcl12的癌症可以表示提高患者中血小板或白细胞计数和抑制癌症生长的作用。
如本文所使用的，术语“施用”是指通过本文所述的或者另外如本领域中已知的方法向对象身体递送或者导致向对象身体递送化合物或药物组合物的动作。施用化合物或药物组合物包括开出要向患者身体递送的化合物或药物组合物的处方。示例性的施用形式包括口服剂量形式，如片剂、胶囊、糖浆、混悬剂；可注射剂量形式，如静脉内(iv)、肌内(im)或腹膜内(ip)可注射剂量形式；透皮剂量形式，包括乳膏剂、胶凝剂、粉剂或贴片；口腔剂量形式；吸入粉剂、喷雾、混悬剂和直肠栓剂。
如本文所使用的，与患者有关的术语“选择”和“所选的”用于表示基于(由于)具有预定标准或一组预定标准的特定患者，例如，具有骨髓细胞的骨髓归巢表现(例如，小于参考anc的anc或者小于参考bmr的bmr)的患者，从较大的患者组中具体选择特定患者。类似地，“选择性治疗患者”是指向基于(由于)具有预定标准或一组预定标准的特定患者，例如，具有骨髓细胞的骨髓归巢表现(例如，小于参考anc的anc或者小于参考bmr的bmr)的患者，从较大的患者组中具体选择的患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的患者提供治疗。类似地，“选择性施用”是指向基于(由于)具有预定标准或一组预定标准的特定患者，例如，具有骨髓细胞的骨髓归巢表现(例如，小于参考anc的anc或者小于参考bmr的bmr)的患者，从较大的患者组中具体选择的患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的患者施用药物。选择、选择性治疗和选择性施用表示基于患者的生物学，如所选患者中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症(例如，与骨髓细胞的骨髓归巢有关的白血病)，向患者递送疾病或病症(例如，癌症)的个性化疗法，而不是仅基于患有疾病或病症(例如，白血病)递送标准治疗方案。
如本文所使用的，当结合疾病或病症使用时，术语化合物的“治疗有效量”是指在疾病或病症的治疗或控制中足以提供治疗益处，或者足以延缓或最大程度降低与疾病或病症有关的一种或多种症状的量。化合物的治疗有效量表示单独或与其它疗法结合使用时，将在疾病或病症的治疗或控制中提供治疗益处的所述化合物的量。该术语涵盖了改善整体疗法，降低或避免症状或者提高另一种治疗剂的治疗效力的量。该术语还是指充分引起研究人员、兽医、医生或临床医师正在研究的生物分子(例如，蛋白质、酶、rna或dna)、细胞、组织、系统、动物或人的生物或医学反应的化合物的量。
如本文所使用的，当结合基因使用时，术语“表达”是指基因所携带的信息表现为表型的过程，其包括基因向信使rna(mrna)的转录、mrna分子向多肽链的后续翻译及其向最终蛋白的组装。
如本文所使用的，术语基因的“表达水平”是指基因表达产物的量或积累，如(例如)基因rna产物的量(基因的rna水平)或者基因的蛋白质产物的量(基因的蛋白水平)。如果基因具有不止一个等位基因，则除非另作说明，否则基因的表达水平是指该基因所有存在的等位基因的表达产物的积累总量。
如本文所使用的，当结合可定量的值使用时，术语“参考”是指可以用于确定如样品中所测量的值的显著性的预定值。
如本文所使用的，术语“参考表达水平”是指可以用于确定细胞、细胞组(例如，通过骨髓的临床吸出物所获得的细胞)或样品(例如，在骨髓活组织检查中所获得的组织样品)中基因的表达水平的显著性的基因的预定表达水平。基因的参考表达水平可以是通过本领域的常规技术人员确定的所述基因在参考样品中的表达水平。例如，cxcl12基因的参考表达水平范围可以是其在骨髓或骨髓基质细胞中的表达的下限至上限。因此，可以确定cxcl12基因的表达水平，如果高于骨髓中的预定表达范围，则表明特定骨髓是表达cxcl12的骨髓。基因的参考表达水平还可以是通过多种样品细胞群体中基因表达水平的统计分析，由本领域的常规技术人员所确定的截止值。例如，通过分析具有至少20％、至少40％、至少60％、至少80％已知表达该基因的骨髓细胞的骨髓样品中基因的表达水平，本领域的常规技术人员可以确定作为所述基因的参考表达水平的截止值，其可以用于表示具有未知组成的细胞群体中表达所述基因的骨髓细胞的百分比。
如本文结合两个基因的表达水平所使用的术语“参考比值”是指本领域的常规技术人员预先确定的比值，其可以用于确定细胞或样品中这两个基因的水平的比值的显著性。两个基因的表达水平的参考比值可以是通过本领域的常规技术人员所确定的这两个基因在参考细胞中的表达水平的比值。参考比值还可以是通过多种样品细胞群体中两个基因的表达水平的比值的统计分析，由本领域的常规技术人员所确定的截止值。在某些实施方式中，所述参考比值为约2、约3、约4、约5、约6、约7、约8、约9、约10、约15、约20、约35或约50。
如本文结合对象中的血液-与-骨髓胚细胞比值(bmr；还称为“参考bmr”)所使用的术语“参考比值”是指本领域的常规技术人员预先确定的可以用于确定对象中周围血液胚细胞与骨髓胚细胞的百分比比值的显著性的比值。参考bmr可以是通过本领域的常规技术人员确定的疾病群体中的bmr。参考bmr还可以是本领域的常规技术人员通过特定群体(例如，年龄、性别、种族、生活方式群体或另外匹配的群体)中的bmr的统计分析所确定的截止值。在一些实施方式中，所述参考bmr是<0.5、<0.4、<0.3、<0.2、<0.1、<0.09、<0.08、<0.07、<0.06、<0.05、<0.04、<0.03、0.02或<0.01。
如本文所使用的术语“骨髓胚细胞百分比”、“周围血液胚细胞百分比”或者“血液-与-骨髓胚细胞的比值”或者“bmr”是指如通过本领域的常规技术人员所确定的周围血液胚细胞和骨髓胚细胞的数值百分比或者百分比比值。本领域的常规技术人员可以通过具有不同复杂性和精巧性的几种技术来评价白细胞。可以在具体设计的室中对正常wbc细胞或异常wbc，包括aml胚细胞手动计数或通过自动计数器计数。后者广泛使用，其相对于手动技术提供了更高的准确度和速度的优势。为了确定嗜中性白细胞、胚细胞及其它部份的差异，可以通过本领域的常规技术人员将一滴血涂布在载玻片上，空气干燥，并用特定染色剂染色，例如，wright或者may-grunewald-giemsa技术。然后，对预定数目的t细胞计数并根据形态和染色特征分类。已开发了一系列自动计数器来实施自动分类计数。
如本文所使用的术语“绝对嗜中性白细胞计数”或“anc”是指存在于对象血液中的嗜中性白细胞粒性白细胞(也称为多形核细胞，pmn's或粒性白细胞)的数目的测量。通常通过常规技术人员作为更大的血液组(“完全血液计数”)的一部分来确定anc。根据白细胞(wbc)总数的测量来计算anc。通常，anc基于成熟嗜中性白细胞和未成熟嗜中性白细胞(“bands”)的合并百分比：anc＝((％嗜中性白细胞+％bands)×wbc)/100。
如本文所使用的，当结合治疗使用时，术语“反应”或“有反应的”是指所述治疗在减轻或减少正在治疗的疾病的症状中的有效性。例如，如果fti治疗有效地提高了患者中的红细胞(rbc)计数、血红蛋白水平、血小板计数或白细胞计数，或者将rbc或血小板输血依赖性患者转化为输血不依赖性的患者(例如，对rbc输血或血小板输血的需要不依赖特定时间的患者)，则具有孤立性中性粒细胞减少的患者对fti治疗起反应。结合具有低外周胚细胞和高骨髓胚细胞、低外周胚细胞与骨髓胚细胞的比值和/或孤立性中性粒细胞减少的癌症或mds患者，如果fti治疗有效地抑制了癌症生长，或者停止癌症或mds发展，导致癌症消退，或者延缓或最大程度减少与癌症或mds在该患者中的存在有关的一种或多种症状，则所述患者对fti治疗起反应。具有孤立性中性粒细胞减少的反应性癌症或mds患者还可以在接受fti治疗之后显示出血小板或白细胞计数升高或输血不依赖性。
具有低外周胚细胞和高骨髓胚细胞，低外周胚细胞与骨髓胚细胞的比值和/或孤立性中性粒细胞减少的患者对特定治疗的反应性可以表现为完全或部分反应。“完全反应”或“cr”是指临床可检测的疾病的消失，其伴有先前异常的血液学研究(例如，血小板计数、白细胞计数、输血依赖性)转为正常。结合具有低外周胚细胞和高骨髓胚细胞，低外周胚细胞与骨髓胚细胞的比值和/或孤立性中性粒细胞减少的患有癌症、白血病或mds的患者，cr可以是指放射照相研究、淋巴结和脑脊髓液(csf)或异常单克隆蛋白测量。
患者中的“部分反应”或“pr”可以是指符合对于肿瘤评价标准所考虑的某些客观标准的血液学参数，如血小板计数、白细胞计数、胚细胞计数或者输血不依赖性的转化的部分正常化。结合具有低外周胚细胞和高骨髓胚细胞，低外周胚细胞与骨髓胚细胞的比值、嗜中性白细胞减少和/或孤立性中性粒细胞减少的患者，“部分反应”或“pr”可以是指在不存在新的病变的情况下，所有可测量的肿瘤负荷(即存在于对象中的恶性细胞数目，或者所测量的整体肿瘤质量或异常单克隆蛋白的量)的部分降低。
本领域的常规技术人员将理解对于不同癌症亚型，用于定义cr、pr或患者对治疗的反应性的其它水平的临床标准可以是不同的。例如，对于造血系统癌症，对特定治疗“起反应”的患者可以定义为具有完全反应(cr)、部分反应(pr)或血液学改善(hi)的患者(lancet等人,blood2:2(2006))。hi可以定义为小于5％的任何淋巴结胚细胞计数或者淋巴结胚细胞至少一半的减少。另一方面，对特定治疗“不起反应的”患者可以定义为患有进行性疾病(pd)或者稳定性疾病(sd)的患者。进行性疾病(pd)可以定义为相对于基线的淋巴结或循环胚细胞％>50％的增加，或者循环胚细胞的新的出现(在至少连续2次的情况下)。稳定性疾病(sd)可以定义为不符合cr、pr、hi或pd标准的任何反应。
本领域的常规技术人员将理解用于定义mds患者的反应标准的临床标准。反应标准测量了骨髓胚细胞百分比变化、细胞遗传学、血细胞减少症的改善以及血液学改善的幅度和持续时间(savona等人,blood125:1857-65(2015))。对于输血不依赖性，savona等人(2015)的标准评价了与治疗前的输血频率相比每8周输血次数的减少或者定义红细胞血液学改善的hgb提高≥1.5g/dl。对于血小板减少≥20×109/l的患者，血小板绝对数目增加≥30×109/l，或者从≤20×109/l提高至≥20×109/l以及至少100％的改善定义了血小板血液学改善。治疗前嗜中性白细胞减少<1×109/l的mds患者达到嗜中性白细胞血液学改善的要求，其伴有至少100％的增加，绝对增加≥0.5×109/l。
如本文所使用的，术语“可能性”是指事件的概率。当满足条件时，对象“可能”对特定治疗起反应表示与不满足条件时相比，当满足条件时，对象对特定治疗起反应的概率更高。与不满足条件的对象相比，在满足特定条件的对象中，对特定治疗起反应的概率可以高(例如)5％、10％、25％、50％、100％、200％或以上。例如，当对象具有高cxcl12或高cxcl12/cxcr4表达比时，具有孤立性中性粒细胞减少的对象“可能”对fti治疗起反应表示与具有低cxcl12或cxcl12/cxcr4表达比的对象相比，在具有高cxcl12或cxcl12/cxcr4表达比的对象中，对象对fti治疗起反应的概率高5％、10％、25％、50％、100％、200％或以上。
cxcl12(或基质衍生因子1)是淋巴细胞和骨髓细胞，包括嗜中性白细胞和白血病胚细胞的强趋化因子。在胚胎发生期间，cxcl12指导造血细胞从胎儿肝脏迁移至骨骼，并且在成年期，cxcl12在骨髓中的骨髓细胞的归巢、成熟和维持中起重要作用。cxcl12还通过cxcr4-依赖性机制招募内皮祖细胞在血管生成中起重要作用。cxcl12还在脾红髓和淋巴结髓索内表达。参见pitt等人,2015,cancercell27:755-768和zhao等人,2011,proc.natl.acad.sci.usa108:337-342。人cxcl12的示例性氨基酸序列和相应的编码核酸序列分别可见于genbank登录号：np_000600.1和nm_000609.6。
cxcr4(也称为融合素或cd184)是天然配体为cxcl12/sdf-1的七跨膜域g-蛋白偶联受体的趋化因子受体亚家族成员。cxcr4在胚胎发生期间的基本过程，如造血系统、心血管系统和神经系统的发育中起重要作用。它还在介导造血干细胞向骨髓归巢中起根本作用，并且被称为主要“归巢受体”。人cxcr4的示例性氨基酸序列和相应的编码核酸序列分别可见于genbank登录号：np_001008540.1和nm_001008540.1。
据发现cxcr3(也称为g蛋白-偶联受体9(gpr9)或cd183)在激活的人cd4+t细胞和tregs上表达并且已知介导效应细胞运输。与cxcr4类似，cxcr3也已知是诱导造血细胞从周围血液向骨髓归巢的“归巢受体”。人cxcrranscript变体的示例性编码核酸序列位于genbank登录号：nm_001504.1、nm_001142797.1和kj891279.1。
cxcr1和cxcr2是识别具有与它们的cxc基序紧邻的e-l-r氨基酸基序的cxc趋化因子的密切相关的受体。cxcl8(另外称为白介素-8)和cxcl6两者均可以结合人中的cxcr1，而所有其它的elr-阳性趋化因子，如cxcl1至cxcl7仅结合cxcr2。在哺乳动物中，cxcr1和cxcr2两者在嗜中性白细胞表面上表达。与cxcr3和cxcr4相反，cxcr1和cxcr2在从骨髓向周围血液的干细胞动员中起重要作用，并且被称为“动员受体”。人cxcr2转录本变体的示例性编码核酸序列可见于genbank登录号：nm_001168298.1和nm_001557.3。人cxcr1转录本变体的示例性编码核酸序列可见于genbank登录号：ay916765.1和ay916764.1。
在一些实施方式中，对象中骨髓归巢表现可以是一个或多个归巢受体(例如，cxcr4、cxcr3)的表达与一个或多个动员受体(例如，cxcr2、cxcr1)的表达的比值比参考比值更高。例如，对象中骨髓归巢的表现可以是cxcr4与cxcr2的表达比高于参考比值；对象中骨髓归巢的表现可以是cxcr3与cxcr1的表达比高于参考比值；或者对象中骨髓归巢的表现可以是cxcr4和cxcr3两者的表达与cxcr2和cxcr1两者的表达的比值高于参考比值。
kir(杀伤细胞免疫球蛋白-样受体)分子是自然杀伤细胞和某些t细胞亚型表达的跨膜糖蛋白，并且包括(例如)kir2ds2、kir2ds5、kir3dl1和kir3dl2。kir2ds2具体地在一些老年个体的t细胞中表达。人kir3dl2的示例性氨基酸序列和相应的编码核酸序列分别可见于genbank登录号：np_001229796.1和nm_001242867.1。
嗜中性白细胞减少是通常定义为绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于1.5×109/l(1,500/μl)的疾病状况。通常，嗜中性白细胞减少的严重程度影响嗜中性白细胞减少症的功能后果：1.0-1.5×109/l的anc通常不损害对象中的宿主防御。0.5-1.0×109/l的anc可以轻微提高感染风险，例如，如果其它免疫系统组(armsoftheimmunesystem)也受到损害。在大部分患者中，0.2-0.5×109/l的anc通常与感染风险提高有关。据信0.2-0.5×109/l或以下的anc具有严重的、危急生命的感染风险，其对机会致病生物敏感。嗜中性白细胞减少可以与一些疾病，包括病毒感染、遗传病症或癌症有关。嗜中性白细胞减少还可以继发于某些药物治疗，包括某些化疗剂或抗生素。与嗜中性白细胞计数降低特异性相关的孤立性中性粒细胞减少通常不同于多血细胞减少症，即其中多种血细胞类型计数相对于正常范围降低的疾病状况。嗜中性白细胞减少的诊断通常基于血细胞计数和通过细胞遗传学的骨髓检查。例如，在newburger等人,seminhematol.(2013)vol.50(3),198-206页中描述了不同类型的孤立性中性粒细胞减少的分类和评价。在癌症患者中，嗜中性白细胞减少可以继发于抗-癌治疗或者独立于抗-癌治疗发生。例如，本发明公开部分基于以下认识：患有表达cxcl12的癌症的对象可以在不存在抗-癌疗法(如fti治疗、化疗或辐射)的情况下或在所述抗-癌疗法施用之前显示出嗜中性白细胞减少。
不受任何理论束缚，据信具有表达cxcl12的骨髓的患者通常会显示出继发于脊髓胚细胞骨髓归巢的低周围血液胚细胞百分比和高骨髓胚细胞百分比，胚细胞在骨髓中的保留是由于骨髓细胞，如骨髓基质细胞或骨髓血管内皮细胞的高cxcl12表达所造成的。
可以通过本领域的技术人员在对象中检测继发于脊髓胚细胞骨髓归巢的低周围血液胚细胞百分比和高骨髓胚细胞百分比，例如，通过确定周围血液胚细胞百分比小于15、10、5、4、3、2、1、0.9、0.8、0.7、0.6、0.5、0.4、0.3、0.2或者0.1％，同时骨髓胚细胞的百分比大于10％、20％、30％、35％、40％、45％、50％、55％或60％。
可以通过本领域的技术人员在对象中检测低bmr，例如，通过确定周围血液胚细胞的百分比与骨髓胚细胞的百分比的比值小于0.2、0.1、0.8、0.6、0.4、0.2、0.1、0.08、0.06、0.05、0.04、0.03、0.02或0.01。
不受任何理论束缚，据信具有表达cxcl12的骨髓的患者通常会显示出继发于嗜中性白细胞骨髓归巢的孤立性中性粒细胞减少，嗜中性白细胞在骨髓中的保留是由于骨髓细胞(如骨髓基质细胞或骨髓血管内皮细胞)的高cxcl12表达所造成的。
可以通过本领域技术人员在对象中检测继发于骨髓归巢的嗜中性白细胞减少，例如，通过确定anc计数小于1.5×109个细胞/l、1.4×109个细胞/l、1.2×109个细胞/l、1.0×109个细胞/l、0.8×109个细胞/l、0.6×109个细胞/l、0.5×109个细胞/l、0.4×109个细胞/l或者0.2×109个细胞/l血液。在一些实施方式中，可以通过本领域技术人员在对象中检测继发于骨髓归巢的嗜中性白细胞减少，例如，通过确定嗜中性白细胞部份((anc/wbc)×100)小于50％、40％、30％、25％、20％、15％或10％。
可以通过本领域技术人员在对象中检测孤立性中性粒细胞减少，例如，通过确定绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于1.5×109个细胞/l、1.4×109个细胞/l、1.2×109个细胞/l、1.0×109个细胞/l、0.8×109个细胞/l、0.6×109个细胞/l、0.5×109个细胞/l、0.4×109个细胞/l或0.2×109个细胞/l血液，并且wbc计数大于正常下限，例如，2×109个细胞/l血液。
具有嗜中性白细胞减少，包括孤立性中性粒细胞减少的至少一些癌症或mds患者具有表达cxcl12的骨髓。不受任何理论束缚，据信由于通过癌症或mds细胞所产生的因子对产生骨髓cxcl12的基质或骨髓血管内皮细胞的刺激，患者具有继发于大量cxcl12和/或其它骨髓因子产生的表达cxcl12的骨髓。
在一些实施方式中，嗜中性白细胞减少可以与遗传性疾病，包括cxcl12/cxcr4信号通路元件中的过度激活突变相关。在一些实施方式中，嗜中性白细胞减少与疣、低丙种球蛋白血症、感染、骨髓粒细胞缺乏(whim)综合征有关。cxcr4中的过度激活截短突变描述于(例如)gulino等人(2004)blood104:444-452中。在一些实施方式中，在具有cxcr4中的过度激活突变和高于正常水平的循环抗体、免疫球蛋白m(igm)的患者中观察到了嗜中性白细胞减少，这是通过参与疾病华氏巨球蛋白血症的细胞所造成和分泌的(hunter等人(2016)journalofclinicaloncology35:994-1001)。
淋巴瘤是最常见的血癌。淋巴瘤的两种主要形式为霍奇金淋巴瘤或hl，和非霍奇金淋巴瘤或nhl。当免疫系统细胞使淋巴细胞不受控制地生长和增殖时，发生淋巴瘤。癌性淋巴细胞可以移动至多个身体部分，包括淋巴结、脾脏、血液或其它器官并形成肿瘤。最常见地，淋巴瘤影响淋巴结。如果淋巴瘤扩散，则它可以扩散至脾、肝、骨髓或骨。
身体具有两种可以发展成淋巴瘤的主要淋巴细胞类型：b细胞和t细胞。
tcl由一组由成熟t细胞和自然杀伤(nk)细胞发展来的少见且通常具有侵袭性(快速生长)的nhl组成。ptcl总共占全部nhl病例的约5至10％，其对应于美国每年约5,000位患者的年发病率。通过一些估计，ptcl的发病率显著增加，并且发病率的提高可以归因于老龄化人口。
将ptcl再分为多个亚型，包括间变性大细胞淋巴瘤(alcl)，alk阳性；alcl，alk阴性；血管免疫母细胞性t-细胞淋巴瘤(aitl)；肠病-相关t细胞淋巴瘤；结外鼻型自然杀伤(nk)t细胞淋巴瘤；肝脾t细胞淋巴瘤；非特指型(nos)ptcl；和皮下脂膜炎-样t细胞淋巴瘤。基于它们明显的临床差异，通常认为这些亚型中的每一种都是单独的疾病。大部分这些亚型都是少见的；三种最常见的亚型是ptclnos、aitl和alcl，并且这些总共占全部ptcl病例的约70％。在本文的一些实施方式中，所述ptcl是复发性或难治性ptcl。在其它实施方式中，所述ptcl是先前未治疗的ptcl。
aitl的组织学特征在于肿瘤细胞成分和非肿瘤细胞成分。所述肿瘤细胞成分包括来源于被称为滤泡辅助性t细胞(tfh)的、位于淋巴结生发中心的独特t细胞亚型的多形中型赘生性细胞。tfh表达几种因子，包括cxcl13、vcam1和angpt1。cxcl13可以在间充质细胞中诱导cxcl12的表达。vegf和血管生成素诱导表达cxcl12的内皮细胞小静脉的形成。非肿瘤细胞成分包括主树枝状血管、滤泡树突状细胞的增殖和分散的ebv+b细胞胚细胞。树枝状血管可见是aitl诊断的标志。通过使血管(内皮细胞小静脉)显象，可以鉴别表达cxcl12的内皮细胞。血管内皮细胞中cxcl12表达的靶向损失转化为淋巴结、脾脏和骨髓中t细胞肿瘤的损失(pitt等人,(2015)cancercell27:755–768)。这些不仅是t-ll，而且是aitl及其它ptcl肿瘤的肿瘤位置。
mds是其中骨髓不能产生足够健康的rbc、wbc或血小板的罕见病症家族。这是由于骨髓产生了许多具有异常形状、大小或外观的发育不全或未成熟的细胞所造成的。由于骨髓不产生正常细胞，因此mds患者可能受低wbc计数，包括嗜中性白细胞减少、低rbc计数(贫血症)、低血小板计数(血小板减少)影响。大部分专家认为mds是一种骨髓癌。存在多种mds亚型。一些病例较轻，而其它的更严重，并且具有成为aml的高风险。大部分患者需要治疗以重建正常细胞计数，包括频繁rbc和血小板输血。那些患者被称为输血-依赖性的。
慢性粒单核细胞性白血病(cmml)是白血病中的一种。cmml显示出mds和骨髓增生性疾病(mpd)的特征；它是以血细胞过量产生为特征的病症。为此，在2002年，将cmml作为mds/mpn的重叠病症。对于cmml的诊断，世界卫生组织(who)表示血液单核细胞计数必须>1×109/l，在pdgfra或pdgfrb基因中不应存在费城染色体或突变，骨髓或外周胚细胞计数必须<20％并且应存在脊髓血细胞的至少一个系谱的发育异常。cmml再分为2种类型。在血液中，1型具有小于5％的胚细胞并且2型具有5-20％之间的胚细胞。
aml是血细胞的髓性系癌症。aml的特征在于异常脊髓wbc的快速生长，其可以在骨髓中聚集并干扰正常wbc的产生。aml是最常见的影响成人的急性白血病，其发病率随年龄升高。在美国，aml大致占癌症死亡的1.2％，并且其发病率通常预期随群体年龄而升高。据信aml症状与白血病细胞对正常骨髓的替换有关，其可以导致红细胞、血小板和正常白细胞降低。aml症状可以包括由于贫血所造成的疲劳和气促、由于血小板减少所造成的容易瘀伤和出血，和由于嗜中性白细胞减少所造成的感染风险提高。aml通常快速发展并且如果保持不进行治疗，则通常在数周或数月内会是致命的。
慢性粒细胞性白血病(cml)也称为慢性粒性白血病，它是在某些骨髓的血液-形成细胞中开始的一类癌症。在cml中，在骨髓细胞(产生红细胞、血小板和大部分类型的白细胞(除淋巴细胞外)的细胞)的早期(未成熟)形式中发生了称为费城染色体的遗传变化。费城染色体的分子后果是嵌合基因bcr-abl的形成，其将wbc变为cml细胞。白血病细胞生长并分化，从而在骨髓中积累并充满血液。随后，所述细胞还可以移入身体其它部分，包括脾。cml是生长相当缓慢的白血病，但是它也可以变成难以治疗的快速生长的急性白血病。
a.方法
本文提供了对于使用fti的治疗选择患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的对象的方法。在一些实施方式中，所述疾病或病症是骨髓疾病。在一些实施方式中，所述疾病或病症是癌症。在一些实施方式中，所述疾病或病症是骨髓癌。在一些实施方式中，所述疾病或病症是表达cxcl12的癌症。在一些实施方式中，所述疾病或病症是嗜中性白细胞减少。在一些实施方式中，所述疾病或病症是涉及骨髓cxcr4高活性的遗传疾病或病症，如whim综合征或华氏巨球蛋白血症。在一些实施方式中，患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的对象具有表达cxcl12的骨髓。
患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的对象可以具有一种或多种骨髓细胞的骨髓归巢的表现，其包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值；(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值，和/或(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值。在一些实施方式中，患有与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的对象可以具有骨髓归巢的其它表现：(d)cxcl12的表达大于参考值，或者cxcl12的表达与某些其它基因(例如，cxcr4或hras)的比值大于参考比值，和/或cxcr4的表达大于参考值，或者一种或多种归巢受体(例如，cxcr4，cxcr3)的表达与一种或多种动员受体(例如，cxcr2，cxcr1)表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，对象中cxcr4和cxcr3的表达与cxcr2和cxcr1的表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，对象中cxcr4的表达与cxcr2的表达的比值大于参考比值。对象中cxcr4的表达与cxcr2的表达的比值大于参考比值。
在一个方面，本文提供了治疗患有疾病或病症的对象中与骨髓细胞的骨髓归巢有关的疾病或病症的方法，其包括基于具有骨髓细胞的骨髓归巢的表现的对象，向所述对象选择性施用治疗有效量的fti，所述表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值；(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值，和/或(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值。在一些实施方式中，进一步基于具有(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，更高的cxcl12与cxcr4或hras表达的比值和/或更高的一种或多种归巢受体(例如，cxcr4和cxcr3)与一种或多种动员受体(例如，cxcr2和cxcr1)表达的比值的对象，向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，所述anc参考值为1,500/μl、1,400/μl、1,300/μl、1,200/μl、1,100/μl、1,000/μl、900/μl、800/μl、700/μl、600/μl、500/μl、400/μl、300/μl或200/μl，例如，如在来自对象的血液样品中所确定的。在一些实施方式中，所述anc参考值为1,000/μl。
在一些实施方式中，骨髓归巢的表现包括anc小于anc参考值并且wbc计数在正常范围内或高于正常范围，例如，如在来自对象的血液样品中所确定的。在一些实施方式中，所述anc参考值为anc1,500/μl、1,400/μl、1,300/μl、1,200/μl、1,100/μl、1,000/μl、900/μl、800/μl、700/μl、600/μl、500/μl、400/μl、300/μl或200/μl并且wbc为>1,800/μl、>1,900/μl、>2,000/μl、>2,100/μl或>2,200/μl。在一些实施方式中，所述anc参考值为1,000/μl并且wbc计数为>2,000/μl。
在一些实施方式中，所述anc参考值为嗜中性白细胞部份((anc/wbc)×100)。在一些实施方式中，所述anc参考值为50％、40％、30％、25％、20％、15％或10％的嗜中性白细胞部份，例如，如在来自对象的血液样品中所确定的。在一些实施方式中，所述anc参考值为wbc计数在正常范围内或大于正常范围(例如，wbc1,800/μl-2,000/μl)的对象中的50％、40％、30％、25％、20％、15％或10％的嗜中性白细胞部份((anc/wbc)×100)。在一些实施方式中，所述anc参考值为wbc计数>2,000/μl的对象中的40％的嗜中性白细胞部份。
在一些实施方式中，所述bmr参考值为0.5、0.4、0.3、0.2、0.1、0.09、0.08、0.07、0.06、0.05、0.04、0.03、0.02或0.01。在一些实施方式中，所述bmr参考值为0.03。
在一些实施方式中，所述外周胚细胞计数的参考值为15％、10％、5％、4％、3％、2％、1％、0.9％、0.8％、0.7％、0.6％、0.5％、0.4％、0.3％、0.2％或0.1％的周围血液胚细胞。在一些实施方式中，所述周围血液胚细胞计数参考值为1％的周围血液胚细胞，例如，如在来自对象的血液样品中所确定的。
在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞计数的参考值为25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％或75％骨髓胚细胞，例如，如在来自对象的骨髓样品中所确定的。在一些实施方式中，所述骨髓胚细胞参考值为45％的骨髓胚细胞。
在一些实施方式中，骨髓归巢的表现包括anc<1,000/μl、bmr<0.3和/或<1％的低外周胚细胞计数中的一个或多个。
在一些实施方式中，骨髓归巢的表现包括anc<1,000/μl、bmr<0.3和/或<10％的外周胚细胞计数以及>40％的骨髓胚细胞计数中的一个或多个。
在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值。在一些实施方式中，所述骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值，和(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，cxcl12与cxcr4或hras表达的比值更大，和/或归巢受体(例如，cxcr4)与动员受体(例如，cxcr2)表达的比值更大。
在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值。在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值，和(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，cxcl12与cxcr4或hras表达的比值更高和/或一种或多种归巢受体(例如，cxcr4和cxcr3)与一种或多种动员受体(例如，cxcr1和cxcr2)表达的比值更高。
在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值。在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值和(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，cxcl12与cxcr4或hras表达的比值更高和/或一种或多种归巢受体(例如，cxcr4和cxcr3)与一种或多种动员受体(例如，cxcr1和cxcr2)表达的比值更高。
在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值和(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值。在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值，(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值，和(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，cxcl12与cxcr4或hras表达的比值更高和/或一种或多种归巢受体(例如，cxcr4和cxcr3)与一种或多种动员受体(例如，cxcr1和cxcr2)表达的比值更高。
在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值和(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值。在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值，(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值，和(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，cxcl12与cxcr4或hras表达的比值更高和/或一种或多种归巢受体(例如，cxcr4和cxcr3)与一种或多种动员受体(例如，cxcr1和cxcr2)表达的比值更高。
在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值和(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值。在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值，(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值，和(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，cxcl12与cxcr4或hras表达的比值更高和/或一种或多种归巢受体(例如，cxcr4和cxcr3)与一种或多种动员受体(例如，cxcr1和cxcr2)表达的比值更高。
在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值，(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值和(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值。在一些实施方式中，骨髓细胞的骨髓归巢表现包括(a)绝对嗜中性白细胞计数(anc)小于anc参考值，(b)血液-与-骨髓胚细胞的比值(bmr)小于bmr参考值，(c)外周胚细胞计数小于外周胚细胞计数参考值，和任选地，骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考值，和(d)cxcl12和/或cxcr4表达大于参考值，或者与参考比值相比，cxcl12与cxcr4或hras表达的比值更高和/或一种或多种归巢受体(例如，cxcr4和cxcr3)与一种或多种动员受体(例如，cxcr1和cxcr2)表达的比值更高。
在一些实施方式中，与骨髓细胞的骨髓归巢表现有关的疾病或病症是癌症。在一些实施方式中，所述癌症是淋巴瘤。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是血管免疫母细胞性t-细胞淋巴瘤(aitl)、非特指型ptcl(ptcl-nos)、间变性大细胞淋巴瘤(alcl)-间变性淋巴瘤激酶(alk)阳性、alcl-alk阴性、肠病-相关t细胞淋巴瘤、结外鼻型aitl细胞(nk)t细胞淋巴瘤、肝脾t细胞淋巴瘤或皮下脂膜炎-样t细胞淋巴瘤。在某些实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在某些实施方式中，所述淋巴瘤是ptcl-nos。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在某些实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml(例如，新诊断的aml或者复发性或难治性aml)。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。在一些实施方式中，所述癌症是mds。本文所提供的方法部分基于对患有与骨髓细胞的骨髓归巢表现有关的癌症的对象可能对fti治疗起反应的认识。这些对象可以(例如)以嗜中性白细胞减少或者孤立性中性粒细胞减少(例如，低anc，如anc<1,500个细胞/μl)或者低bmr(例如，bmr<0.1)，或者具有或不具有高骨髓胚细胞百分比(例如，>45％)的低外周胚细胞百分比(例如，<5％)为特征。在一些实施方式中，fti的临床益处与某些基因和基因变体的表达水平有关。例如，本文所提供的方法部分基于以下认识：表达高cxcl12表达水平或者cxcl12表达与cxcr4或与hras的表达的比值较高的骨髓、淋巴结或其它器官中具有肿瘤的患者可能对fti治疗起反应，并且具有孤立性中性粒细胞减少或低bmr，或者具有或不具有高骨髓胚细胞的低周围血液胚细胞，和/或高cxcl12表达或相对于骨髓中其它基因，例如cxcr4或hras的表达的高cxcl12表达比的患者群体的选择可以提高骨髓癌的fti治疗的整体响应速率。在一些实施方式中，高cxcl12表达或者相对于淋巴器官中其它基因，例如，cxcr4或hras的表达的高cxcl12表达比可以提高淋巴瘤的fti治疗的整体响应速率。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在一些实施方式中，所述患者是在骨髓中过表达cxcr4或者cxcr4与cxcr2表达的比值较高的复发性或难治性aml患者。在一些实施方式中，所述患者是cxcr3与cxcr1表达的比值较高的复发性或难治性aml患者。在一些实施方式中，所述患者是cxcr4和cxcr3的表达与cxcr2和cxcr1的表达的比值较高的复发性或难治性aml患者。
因此，本文提供了通过用fti选择性治疗具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的癌症患者来提高fti治疗对于癌症的反应性的方法。本文还提供了基于具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的癌症患者对fti治疗进行癌症患者群体选择的方法。本文还提供了基于具有骨髓细胞归巢表现的对象预测患有癌症的对象对fti治疗的反应性的方法。在一些实施方式中，所述癌症患者患有具有特异性基因表达谱的淋巴瘤。在一些实施方式中，所述癌症患者患有表达cxcl12的癌症。
在另一个方面，本文提供了通过用fti选择性治疗具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的嗜中性白细胞减少患者来提高fti治疗对于嗜中性白细胞减少的反应性的方法。本文还提供了基于具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的嗜中性白细胞减少患者对fti治疗进行嗜中性白细胞减少患者群体选择的方法。本文还提供了基于具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象预测患有嗜中性白细胞减少的对象对fti治疗的反应性的方法。
在另一个方面，本文提供了通过用fti选择性治疗患有遗传疾病或病症并且具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的患者，提高fti治疗对于遗传疾病或病症，包括骨髓cxcr4高活性，如whim综合征或华氏巨球蛋白血症的反应性的方法。本文还提供了基于患有显示出骨髓细胞的骨髓归巢表现的遗传疾病或病症的患者，对于fti治疗选择患有遗传疾病或病症，包括骨髓cxcr4高活性的患者群体的方法。本文还提供了基于具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象预测患有遗传疾病或病症，包括骨髓cxcr4高活性的对象对fti治疗的反应性的方法。
在一些实施方式中，本文提供了治疗对象中的癌症的方法，其包括向患有癌症并且具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，通过分析来自对象的样品(例如，以确定对象的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合)，已确定所述患有癌症的对象具有骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括分析来自对象的样品以确定所述对象显示出骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括分析来自对象的样品以确定所述对象的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合。
在一些实施方式中，本文提供了治疗对象中的嗜中性白细胞减少的方法，其包括向患有嗜中性白细胞减少并且显示骨髓细胞的骨髓归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，通过分析来自对象的样品(例如，以确定对象的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合)，已确定所述患有嗜中性白细胞减少的对象具有骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括分析来自对象的样品以确定所述对象显示出骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括分析来自对象的样品以确定所述对象的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合。
在一些实施方式中，本文提供了治疗对象中遗传疾病或病症，包括骨髓cxcr4高活性，如whim综合征或华氏巨球蛋白血症的方法，其包括向患有所述遗传疾病或病症并且具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，通过分析来自对象的样品(，例如，以确定对象的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合)，已确定所述患有遗传疾病或病症的对象具有骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括分析来自对象的样品以确定所述对象显示出骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括分析来自对象的样品以确定所述对象的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括从所述对象获得样品。在本文所提供的方法中使用的样品包括来自对象的体液或者来自对象的肿瘤活组织检查。
在一些实施方式中，在本发明方法中使用的样品包括活组织检查(例如，肿瘤活组织检查)。所述活组织检查可以来自任何器官或组织，例如，皮肤、肝、肺、心脏、结肠、肾、骨髓、牙齿、淋巴结、毛发、脾脏、脑、乳腺或其它器官。本领域技术人员已知的任何活组织检查技术可以用于从对象分离样品，例如，开放性活检、闭合性活检、组织芯活检、切取活检、切除活检或细针吸取活检。在一些实施方式中，在本发明方法中使用的样品包括吸出物(例如，骨髓吸出物)。在一些实施方式中，所述样品为淋巴结活组织检查。在一些实施方式中，所述样品可以为冷冻组织样品。在一些实施方式中，所述样品可以为福尔马林-固定的石蜡-包埋的(“ffpe”)组织样品。在一些实施方式中，所述样品可以为去除石蜡的组织切片。
在一些实施方式中，所述样品为体液样品。体液的非限制性实例包括血液(例如，外周全血、外周血液)、血浆、骨髓、羊膜水、眼房水、胆汁、淋巴、经血、血清、尿、围绕脑和脊髓的脑脊髓液、围绕骨关节的关节液。
在一些实施方式中，所述样品是血液样品。所述血液样品可以是全血样品、部分纯化的血液样品或周围血液样品。可以使用常规方法获得血液样品，如(例如)innis等人,主编,pcrprotocols(academicpress,1990)中所述。可以使用常规技术或可商购的试剂盒，例如，rosettesep试剂盒(steincelltechnologies,vancouver,canada)将白细胞与血液样品分离。可以使用常规方法，例如，磁激活细胞分选(macs)(miltenyibiotec,auburn,california)或者荧光激活细胞分选(facs)(bectondickinson,sanjose,california)进一步分离白细胞的亚群体，例如，单核细胞、nk细胞、b细胞、t细胞、单核细胞、粒性白细胞或淋巴细胞。
在一个实施方式中，所述血液样品为约0.1ml至约10.0ml，约0.2ml至约7ml，约0.3ml至约5ml，约0.4ml至约3.5ml或者约0.5ml至约3ml。在另一个实施方式中，所述血液样品为约0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、0.9、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5、5.0、6.0、7.0、8.0、9.0或10.0ml。
在一个实施方式中，所述样品为骨髓样品。获得骨髓样品的程序在本领域中是熟知的，其包括(但不限于)骨髓活组织检查和骨髓穿刺。骨髓具有液体部分和更固体的部分。在骨髓活组织检查中，采集固体部分的样品。在骨髓穿刺中，采集液体部分的样品。骨髓活组织检查和骨髓穿刺可以同时进行并且称为骨髓检查。
在某些实施方式中，在本文所提供的方法中使用的样品包括多种细胞。这些细胞可以包括任何类型的细胞，例如，干细胞、血细胞(例如，pbmc)、淋巴细胞、nk细胞、b细胞、t细胞、单核细胞、粒性白细胞、免疫细胞或者肿瘤或癌细胞。可以使用可商购的抗体组合(例如，questdiagnostic(sanjuancapistrano,calif.)；dako(denmark))获得特定细胞群体。在某些实施方式中，在本文所提供的方法中使用的样品包括pbmc。
在某些实施方式中，在本文所提供的方法中使用的样品包括来自患病组织的多种细胞，例如，来自对象的肿瘤样品。在一些实施方式中，所述细胞可以得自肿瘤组织，如肿瘤活组织检查或肿瘤分离块。在某些实施方式中，在本文所提供的方法中使用的细胞数目可以在单个细胞至约109个细胞的范围内。在一些实施方式中，在本文所提供的方法中使用的细胞数目为约1×104、5×104、1×105、5×105、1×106、5×106、1×107、5×107、1×108或5×108个。
可以(例如)通过使用标准细胞检测技术(如流式细胞术、细胞分选、免疫细胞化学(例如，用组织特异性或细胞标志物特异性抗体染色)、荧光激活细胞分选(facs)、磁性激活细胞分选(macs))测量形态和细胞表面标志物的变化，通过使用光学或共聚焦显微镜检查法检查细胞形态和/或通过使用本领域中熟知的技术(如pcr和基因表达谱)测量基因表达的变化来监测从对象收集的细胞的个数和类型。这些技术也可以用于鉴别对一种或多种特定标志物呈阳性的细胞。荧光激活细胞分选(facs)是根据颗粒的荧光性能分离包括细胞在内的颗粒的熟知方法(kamarch,1987,methodsenzymol,151:150-165)。各个颗粒中荧光部分的激光激发导致产生少量电荷，其使得正负颗粒与混合物电磁分离。在一个实施方式中，用不同的荧光标记物标记细胞表面标志物特异的抗体或配体。通过细胞分选仪处理细胞，从而允许根据它们与所使用的抗体结合的能力分离细胞。可以将facs分选的颗粒直接沉积到96孔板或384孔板的各个孔中以有利于分离和克隆。
在某些实施方式中，在本文所提供的方法中使用了细胞亚型。分选和分离特异性细胞群体的方法在本领域中是熟知的并且可以基于细胞大小、形态或者胞内或胞外标志物。这些方法包括(但不限于)流式细胞术、流式分选、facs、基于珠的分离，如磁珠细胞分选、基于尺寸的分离(例如，筛、一系列障碍物或过滤器)、微流体装置中的分选、基于抗体的分离、沉降、亲合吸附、亲合提取、密度梯度离心、激光捕获显微切割等。
在一些实施方式中，本文所提供的方法可以包括血细胞计数或骨髓细胞计数。可以(例如)通过受训抽血医师进行血细胞计数。抽血医师通常通过静脉穿刺采集血液样品，其将血液吸入含有抗凝血剂的试管中以防止其凝固。类似的程序通常可以用于骨髓吸出物。可以(例如)通过可以分析血液样品的受训实验室技术人员，例如，在显微镜下的载玻片上手动进行细胞计数。最常见的，使用自动化可商购的血液分析仪自动进行该过程。这类仪器通常具有流通池、光度计和孔以分析血液样品中的不同细胞类型。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有aml的对象的样品中的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合，并且如果所述样品中的anc和/或bmr小于anc和/或bmr参考，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，将治疗有效量的fti施用于已确定具有anc和/或bmr小于参考anc和/或bmr的aml患者。在一些实施方式中，所述aml是新诊断的。在一些实施方式中，所述对象是患有高危aml的老年患者。在一些实施方式中，所述aml是复发性或难治性aml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有mds的对象的样品中的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合，并且如果所述样品中的anc和/或bmr小于anc和/或bmr参考，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，将治疗有效量的fti施用于已确定具有anc和/或bmr小于参考anc和/或bmr的mds患者。。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有cml的对象的样品中的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合，并且如果所述样品中的anc和/或bmr小于anc和/或bmr参考，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，将治疗有效量的fti施用于已确定具有anc和/或bmr小于参考anc和/或bmr的cml患者。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有cmml的对象的样品中的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合，并且如果所述样品中的anc和/或bmr小于anc和/或bmr参考，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，将治疗有效量的fti施用于已确定具有anc和/或bmr小于参考anc和/或bmr的cmml患者。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有骨髓纤维化的对象的样品中的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合，并且如果所述样品中的anc和/或bmr小于anc和/或bmr参考，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，将治疗有效量的fti施用于已确定具有anc和/或bmr小于参考anc和/或bmr的骨髓纤维化患者。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品中的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合，并且如果所述样品中的anc和/或bmr小于anc和/或bmr参考，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，将治疗有效量的fti施用于已确定具有anc和/或bmr小于参考anc和/或bmr的华氏巨球蛋白血症患者。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有whim综合征的对象的样品中的anc、bmr、外周和/或骨髓胚细胞计数、基因表达模式或它们的组合，并且如果所述样品中的anc和/或bmr小于anc和/或bmr参考，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，将治疗有效量的fti施用于已确定具有anc和/或bmr小于参考anc和/或bmr的whim综合征患者。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象的样品中血浆循环cxcl12的水平，并且如果所述样品中的血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的对象的血浆cxcl12水平。在一些实施方式中，具有骨髓细胞归巢表现的对象已确定具有血浆循环cxcl12水平大于参考水平。在一些实施方式中，所述对象患有骨髓疾病。在一些实施方式中，所述对象患有癌症。在一些实施方式中，对象患有嗜中性白细胞减少。在一些实施方式中，所述对象患有遗传疾病或病症，包括骨髓cxcr4高活性，如whim综合征或华氏巨球蛋白血症。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自对象的样品中的血浆循环cxcl12水平。在具体的实施方式中，所述癌症是鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是ebv相关性鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是食道癌。在具体的实施方式中，所述癌症是卵巢癌。在具体的实施方式中，所述癌症是乳腺癌。在某些实施方式中，所述癌症是胰腺癌。在具体的实施方式中，所述胰腺癌是局部晚期胰腺癌。在一些实施方式中，所述癌症是血液学癌症。在某些实施方式中，所述癌症是淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在某些实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有淋巴瘤的对象的样品中血浆循环cxcl12的水平，并且如果所述样品中的血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括向已确定血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平的淋巴瘤患者施用治疗有效量的fti。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是aitl、ptcl-nos、alcl-alk阳性、alcl-alk阴性、肠病-相关t细胞淋巴瘤、结外鼻型自然杀伤细胞(nk)t细胞淋巴瘤、肝脾t细胞淋巴瘤或皮下脂膜炎-样t细胞淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在其它具体实施方式中，所述淋巴瘤是ptcl-nos。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有ptcl的对象的样品中血浆循环cxcl12的水平，并且如果所述样品中的血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有aml的对象的样品中血浆循环cxcl12的水平，并且如果所述样品中的血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括向已确定血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平的aml患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述aml是新诊断的。在一些实施方式中，所述对象是患有高危aml的老年患者。在一些实施方式中，所述aml是复发性或难治性aml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有mds的对象的样品中血浆循环cxcl12的水平，并且如果所述样品中的血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括向已确定血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平的mds患者施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有骨髓纤维化的对象的样品中血浆循环cxcl12的水平，并且如果所述样品中的血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括向已确定血浆循环cxcl12水平大于血浆循环cxcl12的参考水平的骨髓纤维化患者施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，在本文所提供的方法中使用的样品可以是全血样品、部分纯化的血液样品、周围血液样品、血清或血浆样品、细胞样品或淋巴结样品。所述样品可以是组织活组织检查或者肿瘤活组织检查。在一些实施方式中，所述样品是来自患有淋巴瘤，例如，ptcl或ctcl的对象的淋巴结活组织检查。在一些实施方式中，所述样品是来自患有淋巴瘤，例如，ptcl的对象的pbmc。在一些实施方式中，所述样品是来自患有白血病，例如，aml、t细胞白血病或cml的对象的淋巴结或骨髓活体组织检查。在一些实施方式中，所述样品是来自患有白血病，例如，aml、t细胞白血病或cml的对象的pbmc。
所述样品可以是肿瘤活组织检查、血液样品、淋巴结样品、吸出物或本文所公开的任何其它样品。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
本文提供了治疗具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象中表达cxcl12的癌症的方法，其包括向患有表达cxcl12的癌症并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有癌症的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的癌症患者的方法，对fti治疗划分癌症患者的方法和提高癌症患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有癌症的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，在向所述对象施用fti之前所述患有癌症的对象已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有癌症的对象的样品以确定所述对象患有表达cxcl12的癌症。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有癌症的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现并且患有表达cxcl12的癌症。在一些实施方式中，在向所述对象施用fti之前所述患有癌症的对象已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现并且患有表达cxcl12的癌症。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在一些实施方式中，所述癌症是骨髓癌。本文提供了治疗具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的淋巴瘤患者中表达cxcl12的淋巴瘤的方法。本文还提供了预测患有淋巴瘤的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的淋巴瘤患者的方法，对fti治疗划分淋巴瘤患者的方法和提高淋巴瘤患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有淋巴瘤的对象的样品以确定所述对象患有表达cxcl12的淋巴瘤并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的淋巴瘤患者施用fti。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是aitl、ptcl-nos、alcl-alk阳性、alcl-alk阴性、肠病-相关t细胞淋巴瘤、结外鼻型自然杀伤细胞(nk)t细胞淋巴瘤、肝脾t细胞淋巴瘤或皮下脂膜炎-样t细胞淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ptcl-nos。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在具体的实施方式中，所述癌症是鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是ebv相关鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是食道癌。在具体的实施方式中，所述癌症是卵巢癌。在具体的实施方式中，所述癌症是乳腺癌。在某些实施方式中，所述癌症是胰腺癌。在具体的实施方式中，所述胰腺癌是局部晚期胰腺癌。在一些实施方式中，所述癌症是血液学癌症。在某些实施方式中，所述癌症是淋巴瘤。在某些实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
本文提供了治疗具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象中表达cxcl12的白血病的方法，其包括向患有表达cxcl12的白血病并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有白血病的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的白血病患者的方法，对fti治疗划分白血病患者的方法和提高白血病患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有白血病的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，在向所述对象施用fti之前所述患有白血病的对象已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有白血病并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象的样品以确定所述对象患有表达cxcl12的白血病。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有白血病的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现并且患有表达cxcl12的白血病。在一些实施方式中，在向所述对象施用fti之前所述患有白血病的对象已确定患有表达cxcl12的白血病并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在某些实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述aml是新诊断的。在具体的实施方式中，所述对象是患有高危aml的老年患者。在一些实施方式中，所述aml是复发性或难治性aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
本文提供了治疗具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象中表达cxcl12的mds的方法，其包括向患有表达cxcl12的mds和孤立性中性粒细胞减少的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有mds的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的mds患者的方法，对fti治疗划分mds患者的方法和提高mds患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有mds的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的mds患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有mds的对象的样品以确定所述对象患有表达cxcl12的mds。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定患有表达cxcl12的mds的mds患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有mds的对象的样品以确定所述对象患有嗜中性白细胞减少或孤立性中性粒细胞减少和表达cxcl12的mds。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现并且患有表达cxcl12的mds的mds患者施用治疗有效量的fti。
本文提供了治疗对象中表达cxcl12的骨髓纤维化的方法，其包括向患有表达cxcl12的骨髓纤维化并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有骨髓纤维化的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的骨髓纤维化患者的方法，对fti治疗划分骨髓纤维化患者的方法和提高骨髓纤维化患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有骨髓纤维化的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的骨髓纤维化患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有骨髓纤维化并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象的样品以确定所述对象患有表达cxcl12的骨髓纤维化。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定患有表达cxcl12的骨髓纤维化的骨髓纤维化患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有骨髓纤维化的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现并且患有表达cxcl12的骨髓纤维化。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定患有表达cxcl12的骨髓纤维化并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的骨髓纤维化患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
本文提供了治疗具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象中表达cxcl12的华氏巨球蛋白血症的方法，其包括向患有表达cxcl12的华氏巨球蛋白血症并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有华氏巨球蛋白血症的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的华氏巨球蛋白血症患者的方法，对fti治疗划分华氏巨球蛋白血症患者的方法和提高华氏巨球蛋白血症患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的华氏巨球蛋白血症患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品以确定所述对象患有表达cxcl12的华氏巨球蛋白血症。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定患有表达cxcl12的华氏巨球蛋白血症的华氏巨球蛋白血症患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现并且患有表达cxcl12的华氏巨球蛋白血症。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定患有表达cxcl12的华氏巨球蛋白血症并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的华氏巨球蛋白血症患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
本文提供了治疗具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象中whim综合征的方法，其包括向患有whim综合征并且具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。本文还提供了预测患有whim综合征的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的whim综合征患者的方法，对fti治疗划分whim综合征患者的方法和提高whim综合征患者群体对fti治疗的反应的方法。在一些实施方式中，所述方法包括在向所述对象施用fti之前分析来自患有whim综合征的对象的样品以确定所述对象具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现。在一些实施方式中，所述方法包括向已确定具有骨髓细胞的骨髓细胞归巢表现的whim综合征患者施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自对象的样品(例如，血液样品)中的anc，其中如果anc<1,500/μl、<1,400/μl、<1,300/μl、<1,200/μl、<1,100/μl、<1,000/μl、<900/μl、<800/μl、<700/μl、<600/μl、<500/μl、<400/μl、<300/μl或<200/μl，则确定所述对象具有骨髓细胞归巢表现，如低anc。在一些实施方式中，如果anc<1,000/μl，则确定所述对象具有低anc。
在一些实施方式中，所述方法包括确定对象中的wbc。在一些实施方式中，确定具有骨髓细胞归巢表现，如低anc的对象的wbc在正常范围内或大于正常范围。在一些实施方式中，anc确定为<1,500/μl、<1,400/μl、<1,300/μl、<1,200/μl、<1,100/μl、<1,000/μl、<900/μl、<800/μl、<700/μl、<600/μl、<500/μl、<400/μl、<300/μl或<200/μl并且wbc确定为>1,800/μl、>1,900/μl、>2,000/μl、>2,100/μl或>2,200/μl。在一些实施方式中，anc确定为<1,000/μl并且wbc确定为>2,000/μl。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自对象的样品(例如，血液样品)中的anc和wbc，其中如果嗜中性白细胞部份((anc/wbc)×100)小于50％、40％、30％、25％、20％、15％或10％，则确定所述对象具有骨髓细胞归巢表现，如低anc。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自对象的样品(例如，血液样品)中的anc和wbc，其中如果嗜中性白细胞部份((anc/wbc)×100)小于50％、40％、30％、25％、20％、15％或10％并且wbc计数在其正常范围内或大于其正常范围(例如，wbc>1,800/μl、>1,900/μl、>2,000/μl、>2,100/μl或>2,200/μl)，则确定所述对象具有骨髓细胞归巢表现，如低anc。在一些实施方式中，如果嗜中性白细胞部份<40％并且wbc>2,000/μl，则确定所述对象具有孤立性中性粒细胞减少。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定骨髓和周围血液胚细胞。在一些实施方式中，具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的对象在样品(例如，骨髓样品)中具有>25％、>30％、>35％、>40％、>45％、>50％、>55％、>60％、>65％、>70％或>75％的骨髓胚细胞。在一些实施方式中，所述对象在样品(例如，骨髓样品)中具有>45％的骨髓胚细胞。在一些实施方式中，所述对象具有<15％、<10％、<5％、<4％、<3％、<2％、<1％、<0.9％、<0.8％、<0.7％、<0.6％、<0.5％、<0.4％、<0.3％、<0.2％或<0.1％的周围血液胚细胞。在一些实施方式中，所述对象具有<1％的周围血液胚细胞。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自具有孤立性中性粒细胞减少的对象的样品(例如，血液样品)中的bmr，其中如果bmr为<0.5、<0.4、<0.3、<0.2、<0.1、<0.09、<0.08、<0.07、<0.06、<0.05、<0.04、<0.03、0.02或<0.01，则确定所述对象具有孤立性中性粒细胞减少。在一些实施方式中，所述bmr为<0.03。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有癌症的对象(例如，癌症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12基因的表达水平，其中如果所述样品中的表达水平大于cxcl12的参考水平，则确定所述对象患有表达cxcl12的癌症。在具体的实施方式中，所述癌症是鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是ebv相关性鼻咽癌。在一些实施方式中，所述癌症是头部和颈部的鳞状细胞癌。在具体的实施方式中，所述癌症是食道癌。在具体的实施方式中，所述癌症是卵巢癌。在一些实施方式中，所述癌症是乳腺癌。在具体的实施方式中，所述癌症是尿路上皮癌。在具体的实施方式中，所述癌症是白血病(例如，aml)。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有淋巴瘤的对象(例如，淋巴瘤患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12基因的表达水平，其中如果所述样品中的表达水平大于cxcl12的参考水平，则确定所述对象患有表达cxcl12的淋巴瘤。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是aitl、ptcl-nos、alcl-alk阳性、alcl-alk阴性、肠病-相关t细胞淋巴瘤、结外鼻型自然杀伤细胞(nk)t细胞淋巴瘤、肝脾t细胞淋巴瘤或皮下脂膜炎-样t细胞淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是ptcl-nos。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是b细胞淋巴瘤。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是nk细胞淋巴瘤。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有ptcl的对象(例如，ptcl患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12基因的表达水平，其中如果所述样品中的表达水平大于cxcl12的参考水平，则确定所述对象患有表达cxcl12的ptcl。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有白血病的对象(例如，白血病患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12基因的表达水平，其中如果所述样品中的表达水平大于cxcl12的参考水平，则确定所述对象患有表达cxcl12的白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml。在一些实施方式中，所述aml是新诊断的。在一些实施方式中，所述对象是患有高危aml的老年患者。在一些实施方式中，所述aml是复发性或难治性aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有mds的对象(例如，mds患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12基因的表达水平，其中如果所述样品中的表达水平大于cxcl12的参考水平，则确定所述对象患有表达cxcl12的mds。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有骨髓纤维化的对象(例如，骨髓纤维化患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12基因的表达水平，其中如果所述样品中的表达水平大于cxcl12的参考水平，则确定所述对象患有表达cxcl12的骨髓纤维化。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象(例如，华氏巨球蛋白血症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12基因的表达水平，其中如果所述样品中的表达水平大于cxcl12的参考水平，则确定所述对象患有表达cxcl12的华氏巨球蛋白血症。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有癌症的对象(例如，癌症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4基因或hras基因的表达水平，以及cxcl12基因的表达水平与cxcr4基因或hras基因的表达水平的比值，其中如果所述比值大于参考比值，则确定所述对象具有高cxcl12/cxcr4或cxcl12/hras表达比值。在具体的实施方式中，所述癌症是鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是ebv相关性鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是食道癌。在具体的实施方式中，所述癌症是卵巢癌。在具体的实施方式中，所述癌症是乳腺癌。在某些实施方式中，所述癌症是胰腺癌。在具体的实施方式中，所述胰腺癌是局部晚期胰腺癌。在一些实施方式中，所述癌症是血液学癌症。在某些实施方式中，所述癌症是淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在某些实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有淋巴瘤的对象(例如，淋巴瘤患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4基因或hras基因的表达水平，以及cxcl12基因的表达水平与cxcr4基因或hras基因的表达水平的比值，其中如果所述比值大于参考比值，则确定所述对象具有高cxcl12/cxcr4表达比值。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是aitl、ptcl-nos、alcl-alk阳性、alcl-alk阴性、肠病-相关t细胞淋巴瘤、结外鼻型自然杀伤细胞(nk)t细胞淋巴瘤、肝脾t细胞淋巴瘤或皮下脂膜炎-样t细胞淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是ptcl-nos。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有ptcl的对象(例如，ptcl患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4基因或hras基因的表达水平，以及cxcl12基因的表达水平与cxcr4基因或hras基因的表达水平的比值，其中如果所述比值大于参考比值，则确定所述对象具有高cxcl12/cxcr4或cxcl12/hras表达比值。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有白血病的对象(例如，白血病患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4基因或hras基因的表达水平，以及cxcl12基因的表达水平与cxcr4基因或hras基因的表达水平的比值，其中如果所述比值大于参考比值，则确定所述对象具有高cxcl12/cxcr4或cxcl12/hras表达比值。在某些实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述aml是新诊断的。在具体的实施方式中，所述对象是患有高危aml的老年患者。在具体的实施方式中，所述aml是复发性或难治性aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
在mds些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有mds的对象(例如，mds患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4基因或hras基因的表达水平，以及cxcl12基因的表达水平与cxcr4基因或hras基因的表达水平的比值，其中如果所述比值大于参考比值，则确定所述对象具有高cxcl12/cxcr4或cxcl12/hras表达比值。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有骨髓纤维化的对象(例如，骨髓纤维化患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4基因或hras基因的表达水平，以及cxcl12基因的表达水平与cxcr4基因或hras基因的表达水平的比值，其中如果所述比值大于参考比值，则确定所述对象具有高cxcl12/cxcr4或cxcl12/hras表达比值。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象(例如，华氏巨球蛋白血症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4基因或hras基因的表达水平，以及cxcl12基因的表达水平与cxcr4基因或hras基因的表达水平的比值，其中如果所述比值大于参考比值，则确定所述对象具有高cxcl12/cxcr4或cxcl12/hras表达比值。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有whim综合征的对象(例如，whim综合征患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4基因或hras基因的表达水平，以及cxcl12基因的表达水平与cxcr4基因或hras基因的表达水平的比值，其中如果所述比值大于参考比值，则确定所述对象具有高cxcl12/cxcr4或cxcl12/hras表达比值。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有癌症的对象(例如，癌症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4或者hras表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，所述参考比值可以是0.1、0.3、1、3、10、30、100或300。在具体的实施方式中，所述癌症是鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是ebv相关性鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是食道癌。在具体的实施方式中，所述癌症是卵巢癌。在具体的实施方式中，所述癌症是乳腺癌。在某些实施方式中，所述癌症是胰腺癌。在具体的实施方式中，所述胰腺癌是局部晚期胰腺癌。在一些实施方式中，所述癌症是血液学癌症。在某些实施方式中，所述癌症是淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在某些实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有淋巴瘤的对象(例如，淋巴瘤患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4或者hras表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，所述参考比值可以是0.1、0.3、1、3、10、30、100或300。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是aitl、ptcl-nos、alcl-alk阳性、alcl-alk阴性、肠病-相关t细胞淋巴瘤、结外鼻型自然杀伤细胞(nk)t细胞淋巴瘤、肝脾t细胞淋巴瘤或皮下脂膜炎-样t细胞淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ptcl-nos。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有ptcl的对象(例如，ptcl患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4或者hras表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，所述参考比值可以是0.1、0.3、1、3、10、30、100或300。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有白血病的对象(例如，白血病患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4或者hras表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，所述参考比值可以是0.1、0.3、1、3、10、30、100或300。在某些实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述aml是新诊断的。在具体的实施方式中，所述对象是患有高危aml的老年患者。在具体的实施方式中，所述aml是复发性或难治性aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有mds的对象(例如，mds患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4或者hras表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，所述参考比值可以是0.1、0.3、1、3、10、30、100或300。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有骨髓纤维化的对象(例如，骨髓纤维化患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4或者hras表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，所述参考比值可以是0.1、0.3、1、3、10、30、100或300。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象(例如，华氏巨球蛋白血症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4或者hras表达的比值大于参考比值。在一些实施方式中，所述参考比值可以是0.1、0.3、1、3、10、30、100或300。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自具有孤立性中性粒细胞减少的对象(例如，孤立性中性粒细胞减少患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中的anc和/或bmr。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括向具有孤立性中性粒细胞减少并且具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述癌症是血液学癌症。在某些实施方式中，所述癌症是骨髓淋巴瘤。在某些实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在一些实施方式中，所述白血病是cmml。在一些实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自具有孤立性中性粒细胞减少的对象(例如，孤立性中性粒细胞减少患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自对象的样品中cxcl12的表达水平在参考水平内，则向具有孤立性中性粒细胞减少的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自具有孤立性中性粒细胞减少的对象(例如，孤立性中性粒细胞减少患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自对象的样品中cxcr4的表达水平在参考水平内，则向具有孤立性中性粒细胞减少的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自具有孤立性中性粒细胞减少的对象(例如，孤立性中性粒细胞减少患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自对象的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值大于参考比值，则向具有孤立性中性粒细胞减少的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自对象的样品中anc和/或bmr小于anc和/或bmr的参考值，则向患有骨髓淋巴瘤或t细胞白血病的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有淋巴瘤的对象(例如，淋巴瘤患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12蛋白或rna的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12蛋白或rna的表达水平大于参考水平，则向患有淋巴瘤的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是aitl、ptcl-nos、alcl-alk阳性、alcl-alk阴性、肠病-相关t细胞淋巴瘤、结外鼻型自然杀伤细胞(nk)t细胞淋巴瘤、肝脾t细胞淋巴瘤或皮下脂膜炎-样t细胞淋巴瘤。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在一些实施方式中，所述淋巴瘤是ptcl-nos。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有淋巴瘤的对象(例如，淋巴瘤患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcr4的表达水平在参考水平内，则向患有淋巴瘤的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有淋巴瘤的对象(例如，淋巴瘤患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值大于参考比值，则向患有淋巴瘤的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有ptcl的对象(例如，ptcl患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12蛋白或rna的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12蛋白或rna的表达水平大于参考水平，则向患有ptcl的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有ptcl的对象(例如，ptcl患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcr4的表达水平在参考水平内，则向患有ptcl的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有ptcl的对象(例如，ptcl患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值大于参考比值，则向患有ptcl的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定患有白血病的对象中骨髓细胞的骨髓归巢表现的存在。在一些实施方式中，在fti的施用之前，患有白血病的对象已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有白血病的对象的样品中的anc、外周和/或骨髓胚细胞计数和/或bmr。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中的anc、外周胚细胞计数和/或bmr小于anc、外周胚细胞计数和/或bmr参考，或者如果所述样品中的骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考，则向患有白血病的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，患有白血病的对象的wbc和/或血小板计数在健康参考的正常范围中。在某些实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述aml是新诊断的。在具体的实施方式中，所述对象是患有高危aml的老年患者。在具体的实施方式中，所述aml是复发性或难治性aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有白血病的对象(例如，白血病患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12的表达水平大于参考水平，则向患有白血病的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有白血病的对象(例如，白血病患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcr4的表达水平在参考水平内，则向患有白血病的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有白血病的对象(例如，白血病患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值大于参考比值，则向患有白血病的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定患有mds的对象中骨髓细胞的骨髓归巢表现的存在。在一些实施方式中，在fti的施用之前，患有mds的对象已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有mds的对象的样品中的anc、外周和/或骨髓胚细胞计数和/或bmr。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中的anc、外周胚细胞计数和/或bmr小于anc、外周胚细胞计数和/或bmr参考，或者如果所述样品中的骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考，则向患有mds的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，患有mds的对象的wbc和/或血小板计数在健康参考的正常范围中。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有mds的对象(例如，mds患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12的表达水平大于参考水平，则向患有mds的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有mds的对象(例如，mds患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果样品中cxcr4的表达水平在参考水平内，则向患有mds的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有mds的对象(例如，mds患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值大于参考比值，则向患有mds的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定患有骨髓纤维化的对象中骨髓细胞的骨髓归巢表现的存在。在一些实施方式中，在fti的施用之前，患有骨髓纤维化的对象已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有骨髓纤维化的对象的样品中的anc、外周和/或骨髓胚细胞计数和/或bmr。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中的anc、外周胚细胞计数和/或bmr小于anc、外周胚细胞计数和/或bmr参考，或者如果所述样品中的骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考，则向患有骨髓纤维化的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，患有骨髓纤维化的对象的wbc和/或血小板计数在健康参考的正常范围中。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有骨髓纤维化的对象(例如，骨髓纤维化患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12的表达水平大于参考水平，则向患有骨髓纤维化的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有骨髓纤维化的对象(例如，骨髓纤维化患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果样品中cxcr4的表达水平在参考水平内，则向患有骨髓纤维化的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有骨髓纤维化的对象(例如，骨髓纤维化患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值大于参考比值，则向患有骨髓纤维化的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定患有华氏巨球蛋白血症的对象中骨髓细胞的骨髓归巢表现的存在。在一些实施方式中，在fti的施用之前，患有华氏巨球蛋白血症的对象已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品中的anc、外周和/或骨髓胚细胞计数和/或bmr。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中的anc、外周胚细胞计数和/或bmr小于anc、外周胚细胞计数和/或bmr参考，或者如果所述样品中的骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考，则向患有华氏巨球蛋白血症的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，患有华氏巨球蛋白血症的对象的wbc和/或血小板计数在健康参考的正常范围中。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象(例如，华氏巨球蛋白血症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12的表达水平大于参考水平，则向患有华氏巨球蛋白血症的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象(例如，华氏巨球蛋白血症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcr4突变的存在。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果在来自所述对象的样品中存在激活cxcr4突变，则向患有华氏巨球蛋白血症的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象(例如，华氏巨球蛋白血症患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12表达与cxcr4表达水平的比值大于参考比值，则向患有华氏巨球蛋白血症的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定患有whim综合征的对象中骨髓细胞的骨髓归巢表现的存在。在一些实施方式中，在fti的施用之前，患有whim综合征的对象已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有whim综合征的对象的样品中的anc、外周和/或骨髓胚细胞计数和/或bmr。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中的anc、外周胚细胞计数和/或bmr小于anc、外周胚细胞计数和/或bmr参考，或者如果所述样品中的骨髓胚细胞计数大于骨髓胚细胞计数参考，则向患有whim综合征的对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，患有whim综合征的对象的wbc和/或血小板计数在健康参考的正常范围中。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有whim综合征的对象(例如，whim综合征患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中cxcl12蛋白或rna的表达水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果来自所述对象的样品中cxcl12的表达水平大于参考水平，则向患有whim综合征的对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有whim综合征的对象(例如，whim综合征患者已确定具有骨髓细胞的骨髓归巢表现)的样品中的cxcr4突变。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括如果在来自所述对象的样品中存在激活cxcr4突变，则向患有whim综合征的对象施用治疗有效量的fti。
基因表达水平可以是指基因的蛋白水平，或者基因的rna水平。在一些实施方式中，基因表达水平是指基因的蛋白水平，并且本文所提供的方法包括确定基因的蛋白水平。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有ptcl的对象的样品中的kir3dl2mrna的表达水平，并且如果所述样品中的kir3dl2mrna表达水平小于kir3dl2mrna的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自具有骨髓细胞的骨髓归巢表现的对象的样品中的基因的mrna水平。在一些实施方式中，所述对象患有癌症。在具体的实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有淋巴瘤的对象的样品中的基因的mrna水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有mds的对象的样品中的基因的mrna水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有骨髓纤维化的对象的样品中的基因的mrna水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品中的基因的mrna水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有whim综合征的对象的样品中的基因的mrna水平。在一些实施方式中，通过聚合酶链反应(pcr)、qpcr、qrt-pcr、rna-seq、微阵列分析、sage、massarray技术、下一代测序或fish确定基因的mrna水平。
在一些实施方式中，基因的表达水平是指基因的mrna水平，并且本文所提供的方法包括确定基因的mrna水平。确定样品中基因的mrna水平的方法在本领域中是熟知的。例如，在一些实施方式中，可以通过聚合酶链反应(pcr)、qpcrqrt-pcr、rna-seq、微阵列分析、sage、massarray技术、下一代测序或者fish确定mrna水平。
检测或定量mrna水平的示例性方法包括(但不限于)基于pcr的方法、rna印迹、核糖核酸酶保护测定等。mrna序列可以用于制备至少部分互补的探针。然后，使用任何适合的测定，如基于pcr的方法、rna印迹、试纸条测定等，所述探针可以用于检测样品中的mrna序列。
本领域中已知的常用于定量样品中mrna表达的方法包括rna印迹和原位杂交(parker&barnes,methodsinmolecularbiology106:247-283(1999))；rna酶保护测定(hod,biotechniques13:852-854(1992))；和聚合酶链反应(pcr)(weis等,trendsingenetics8:263-264(1992))。作为另外一种选择，可以使用可以识别特定双螺旋，包括dna双螺旋、rna双螺旋和dna-rna杂交双螺旋或者dna-蛋白质双螺旋的抗体。基于测序的基因表达分析的代表性方法包括基因表达系列分析(sage)和通过大规模平行签名测序(mpss)的基因表达分析。
pcr是灵敏且灵活的定量方法。pcr方法的实例可见于文献中。pcr测定的实例可见于美国专利no.6,927,024，该专利以其全部内容作为参考并入本文。rt-pcr方法的实例可见于美国专利no.7,122,799，该专利以其全部内容作为参考并入本文。在美国专利no.7,186,507中描述了荧光原位pcr方法，该专利以其全部内容作为参考并入本文。
然而，注意到其它核酸扩增规程(即，pcr以外)也可以用于本文所述的核酸分析方法。例如，适合的扩增方法包括连接酶链式反应(参见，例如，wu&wallace,genomics4:560-569,1988)；链置换测定(参见，例如，walker等人,proc.natl.acad.sci.usa89:392-396,1992；美国专利no.5,455,166)；和一些基于转录的扩增系统，包括美国专利no.5,437,990；5,409,818；和5,399,491中所述的方法；转录扩增系统(tas)(kwoh等人,proc.natl.acad.sci.usa86:1173-1177,1989)；和自持序列复制(3sr)(guatelli等人,proc.natl.acad.sci.usa87:1874-1878,1990；wo92/08800)。作为另外一种选择，可以使用将探针扩增至可检测水平的方法，如q-复制酶扩增(kramer&lizardi,nature339:401-402,1989；lomeli等人,clin.chem.35:1826-1831,1989)。例如，abramsonandmyers在currentopinioninbiotechnology4:41-47(1993)中提供了对已知的扩增方法的综述。
mrna可以分离自样品。所述样品可以是组织样品。所述组织样品可以是肿瘤活组织检查，如淋巴结活组织检查。用于mrna提取的一般方法在本领域中是熟知的并且在分子生物学的标准教科书中是公开的，包括ausubel等人,currentprotocolsofmolecularbiology,johnwileyandsons(1997)。具体地，可以根据生产商的说明，使用来自商品化生产商，如qiagen的纯化试剂盒、缓冲液组和蛋白酶进行rna分离。例如，可以使用qiagenrneasy小柱从培养细胞中分离总rna。其它可商购的rna分离试剂盒包括
在一些实施方式中，在通过pcr的基因表达谱的绘制中第一步是rna模板向cdna的反转录，然后是其在pcr反应中的指数扩增。在其它实施方式中，可以使用组合的反转录-聚合酶链反应(rt-pcr)，例如，如美国专利no.5,310,652；5,322,770；5,561,058；5,641,864；和5,693,517中所述。两种常用的反转录酶为avilo成髓细胞血症病毒反转录酶(amv-rt)和莫洛尼小鼠白血病病毒反转录酶(mmlv-rt)。根据表达谱绘制情况和目标，通常使用特异性引物、随机六聚体或者低聚-dt引物引发反转录步骤。例如，可以按照生产商的说明，使用geneamptmrnapcr试剂盒(perkinelmer,calif,usa)反转录所提取的rna。然后，可以将所获得的cdna在后续pcr反应中用作模板。
在一些实施方式中，实时反转录-pcr(qrt-pcr)可以用于rna靶标的检测和定量(bustin，等人，2005，clin.sci.,109:365-379)。qrt-pcr基方法的实例可见于(例如)美国专利no.7,101,663，该专利以其全部内容作为参考并入本文。用于实时pcr的仪器，如appliedbiosystems7500是可商购的，试剂也是，如taqmansequencedetectionchemistry。
例如，可以按照生产商的说明，使用
适合于检测降解产物的任何方法可以用于5'核酸酶测定。通常，用两个荧光染料标记检测探针，其中一个能够使另一个染料的荧光淬灭。将染料连接至探针，优选地一个连接至5'末端，另一个连接至内部位点，从而当探针处于未杂交状态时，发生淬灭，并且在两个染料之间发生通过dna聚合酶的5'至3'核酸外切酶活性对探针切割。
扩增导致染料之间的探针切割，并且伴随着对淬灭的去除和来自初始淬灭染料的可观察的荧光增强。通过测量反应荧光的增强来监控降解产物的积累。美国专利no.5,491,063和5,571,673(以上两篇专利作为参考并入本文)描述了用于检测伴随扩增发生的探针降解的替代方法。起初，5'-核酸酶测定数据可以表示为ct或阈值循环。如以上所讨论的，在每个循环期间记录荧光值并且所述荧光值代表了在扩增反应中扩增至该点的产物的量。当荧光信号首次记录为统计学显著时的点是阈值循环(ct)。
为了最大程度减少误差以及样品与样品之间差异的影响，通常使用内标进行pcr。在不同组织中，以恒定水平表达理想内标，并且其不受实验处理的影响。最常用于归一化基因表达模式的rna是管家基因甘油醛-3-磷酸-脱氢酶(gapdh)和p-肌动蛋白的mrna。
基于要扩增的基因中所存在的内含子序列设计pcr引物和探针。在该实施方式中，引物/探针设计的第一步是划定所述基因内的内含子序列。这可以通过公开可得的软件，如kent,w.,genomeres.12(4):656-64(2002)所开发的dnablast软件或者通过blast软件(包括其变化形式)完成。后续步骤按照良好建立的pcr引物和探针设计方法进行。
为了避免非特异性信号，当设计引物和探针时，掩盖内含子内的重复序列可以是重要的。这可以容易地通过使用在baylorcollegeofmedicine上在线可用的repeatmasker程序完成，该程序对重复元件库筛选dna序列并且返回其中掩盖了所述重复元件的查询序列。然后，使用任何商业可用或另外公开可用的引物/探针设计软件包，如primerexpress(appliedbiosystems)；mgbassay-by-design(appliedbiosystems)；primer3(对于一般用户和对于生物学家程序员，rozenandskaletsky(2000)，www上的primer3，在krawetzs,miseners(主编)bioinformaticsmethodsandprotocols:methodsinmolecularbiology.humanapress,totowa,n.j.,第365-386页中)，掩盖的内含子序列可以用于设计引物和探针序列。
rna-seq也称为全转录组鸟枪法测序(wtss)，它是指使用高通量测序技术对cdna测序以获得有关样品rna含量的信息。描述rna-seq的出版物包括：wang等人,naturereviewsgenetics10(1):57-63(january2009)；ryan等人,biotechniques45(1):81-94(2008)；和maher等人,nature458(7234):97-101(january2009)；以上文献以其全部内容并入本文。
还可以使用微阵列技术鉴别或确认差异基因表达。在该方法中，将所关心的多核苷酸序列(包括cdna和寡核苷酸)在微芯片基底上铺板或阵列。然后，用来自所关心的细胞或组织的特异性dna探针与阵列序列杂交。
在微阵列技术的实施方式中，将cdna克隆的pcr扩增的插入应用于致密阵列中的基底。优选地，将至少10,000个核苷酸序列应用于所述基底。以每个10,000个元件固定在微芯片上的微阵列基因适合于在严格条件下杂交。可以通过从所关心的组织提取的rna的反转录使荧光核苷酸掺入来产生荧光标记的cdna探针。应用于芯片的标记的cdna探针特异性地杂交至阵列上的每个dna斑点。在严格清洗以除去非特异性结合的探针后，通过激光共聚焦显微镜或者通过另一种检测方法，如ccd照相机扫描芯片。每个阵列元素的杂交的定量使得能够评价相应的mrna丰度。使用双重彩色荧光，从两个rna源产生的单独标记的cdna探针成对杂交至所述阵列。因此，同时确定了来自对应于每个指定基因的两个源的转录本的相对丰度。小规模杂交提供了对大量基因表达模式的便捷且快速的评价。这些方法已显示具有检测以每个细胞几个拷贝数表达的稀有转录本和可重复地检测表达水平中至少约两倍差异所需的灵敏度(schena等人,proc.natl.acad.sci.usa93(2):106-149(1996))。可以按照生产商的规程，通过可商购设备，如通过使用affymetrixgenchiptm技术或incyte's微阵列技术实施微阵列分析。
基因表达系列分析(sage)是允许同时定量分析大量基因转录本，而无需为每个转录本提供单独的杂交探针的方法。首先，产生含有足够信息以唯一鉴别转录本的短序列标签(约10-14bp)，只要所述标签得自每个转录本内的唯一位置。然后，将多个转录本连在一起以形成可以测序的长系列分子，从而同时显示多个标签的身份。可以通过确定单个标签的丰度并鉴别对应于每个标签的基因定量评价任何转录本群体的表达模式。对于更多细节，参见，例如，velculescu等人,science270:484-487(1995)；和velculescu等人,cell88:243-51(1997)。
massarray(sequenom,sandiego,calif.)技术是使用质谱(ms)进行检测的基因表达分析的自动、高通量方法。根据该方法，在rna分离、反转录和pcr扩增之后，对cdna进行引物延伸。将cdna-来源的引物延伸产物纯化，并在预先加载了malti-tofms样品制备所需的组分的芯片阵列上分配。通过分析所得质谱中的峰面积来定量反应中存在的多种cdna。
还可以通过基于杂交的测定来测量mrna水平。典型的mrna测定方法可以包含以下步骤：1)获得表面-结合的对象探针；2)使mrna群体与表面-结合的探针在足以提供特异性结合的条件下杂交；3)杂交后清洗以除去杂交中未结合的核酸；和4)杂交mrna的检测。根据具体应用，在这些步骤中的每一个中使用的试剂以及它们的使用条件可以是不同的。
任何适合的测定平台可以用于确定样品中的mrna水平。例如，测定可以处于量杆、膜、芯片、盘、测试带、过滤器、微球体、载玻片、多孔板或光学纤维的形式。测定系统可以具有其上连接了对应于mrna的核酸的固体载体。所述固体载体可以具有(例如)塑料、硅、金属、树脂、玻璃、膜、颗粒、沉淀物、凝胶、聚合物、片材、球体、多糖、毛细管、薄膜、板或载玻片。可以作为检测mrna的试剂盒将测定组分制备并包装在一起。
如果需要，可以标记核酸以制备标记的mrna群体。一般地，可以使用在本领域中熟知的方法标记样品(例如，使用dna连接酶、末端转移酶，或者通过标记rna主链等；参见，例如，ausubel等人，shortprotocolsinmolecularbiology,第3版,wiley&sons1995和sambrook等人,molecularcloning:alaboratorymanual,第3版,2001coldspringharbor,n.y.)。在一些实施方式中，用荧光标记物标记样品。示例性荧光染料包括(但不限于)氧杂蒽染料、荧光素染料、罗丹明染料、异硫氰酸荧光素(fitc)、6羧基荧光素(fam)、6羧基-2',4',7',4,7-六氯荧光素(hex)、6羧基4',5'二氯2',7'二甲氧基荧光素(joe或j)、n,n,n',n'四甲基6羧基罗丹明(tamra或t)、6羧基x罗丹明(rox或r)、5羧基罗丹明6g(r6g5或g5)、6羧基罗丹明6g(r6g6或g6)和罗丹明110；花青染料，例如，cy3、cy5和cy7染料；alexa染料，例如alexa-氟-555；香豆素、二乙基氨基香豆素、伞形酮；苯甲亚胺染料，例如，hoechst33258；菲啶染料，例如，德克萨斯红；乙锭染料；吖啶染料；咔唑染料；吩恶嗪染料；卟啉染料；聚甲炔染料、bodipy染料、氮萘染料、芘、荧光素、氯三嗪、r110、伊红、joe、r6g、四甲基罗丹明、丽丝胺、rox、萘并荧光素等。
可以在适合的杂交条件在进行杂交，根据需要，所述杂交条件在严格性方面可以改变。典型的条件足以在互补的结合膜之间，即表面-结合的对象探针和样品中互补的mrna之间的固体表面上产生探针/靶标复合物。在某些实施方式中，可以使用严格杂交条件。
杂交通常在严格杂交条件下进行。在kallioniemi等人,science258:818-821(1992)和wo93/18186中描述了标准杂交技术(例如，在足以提供样品中的靶标mrna与探针的特异性结合的条件下)。一些一般技术的指南是可用的，例如，tijssen,hybridizationwithnucleicacidprobes,部分i和ii(elsevier,amsterdam1993)。对于适合于原位杂交的技术的描述，参见gall等人meth.enzymol.,21:470-480(1981)；和angerer等人,ingeneticengineering:principlesandmethods(setlowandhollaender主编)，第7卷,第43-65页(plenumpress,newyork1985)。适当的条件，包含温度、盐浓度、多核苷酸浓度、杂交时间、清洗条件严格性等的选择将取决于实验设计，包括样品来源、捕获剂特性(identity)、预期互补性程度等，并且可以确定为本领域那些技术人员的常规实验问题。常规技术人员将容易地认识到可以使用替代但相当的杂交和清洗条件来提供类似的严格性条件。
在mrna杂交程序之后，通常清洗掉表面结合的多核苷酸以除去未结合的核酸。可以使用任何方便的清洗规程进行清洗，其中如上所述，所述清洗条件通常是严格的。然后，使用标准技术检测靶标mrna与探针的杂交。
如本文所述或另外如本领域中已知的任何方法可以用于确定来自本文所述的对象的样品中的基因的mrna水平。举例来说，在一些实施方式中，本文提供了处理对象中ptcl的方法，其包括通过使用qrt-pcr确定来自对象的样品中cxcl12基因的mrna水平，并且如果所述样品中cxcl12基因的mrna水平高于cxcl12基因的参考表达水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的通过fti治疗对象中表达cxcl12的淋巴瘤的方法、预测患有淋巴瘤的对象对fti治疗的反应的方法，选择用于fti治疗的淋巴瘤患者的方法，划分用于fti治疗的淋巴瘤患者的方法和提高淋巴瘤患者群体对fti治疗的反应的方法还包括确定来自患有淋巴瘤的对象的样品中aitl标志物或选自cxcl13、vcam1和angpt1的标志物的表达水平，其中如果所述样品中其它基因的表达水平高于参考表达水平，则预测所述对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自具有孤立性中性粒细胞减少的对象的样品中cxcl12的snv状态。在一些实施方式中，如果所述样品不具有cxcl12的rs2839695snv(cxcl123'未翻译区(utr)中位置44873849处的a/g)，则预测具有孤立性中性粒细胞减少的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr的位置44873186处不具有snv，则预测具有孤立性中性粒细胞减少的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr中不具有snv，则预测具有孤立性中性粒细胞减少的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有白血病(例如，aml、t细胞白血病或cml)的对象的样品中cxcl12的snv状态。在一些实施方式中，如果所述样品不具有cxcl12的rs2839695snv(cxcl123'未翻译区(utr)中位置44873849处的a/g)，则预测患有白血病(例如，aml、t细胞白血病或cml)的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr的位置44873186处不具有snv，则预测患有白血病(例如，aml、t细胞白血病或cml)的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr中不具有snv，则预测患有白血病(例如，aml、t细胞白血病或cml)的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有淋巴瘤(例如，ctcl)的对象的样品中cxcl12的snv状态。在一些实施方式中，如果所述样品不具有cxcl12的rs2839695snv(cxcl123'未翻译区(utr)中位置44873849处的a/g)，则预测患有淋巴瘤(例如，ctcl)的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr的位置44873186处不具有snv，则预测患有淋巴瘤(例如，ctcl)的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr中不具有snv，则预测患有淋巴瘤(例如，ctcl)的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有ptcl的对象的样品中cxcl12的snv状态。在一些实施方式中，如果所述样品不具有cxcl12的rs2839695snv(cxcl123'未翻译区(utr)中位置44873849处的a/g)，则预测患有ptcl的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr的位置44873186处不具有snv，则预测患有ptcl的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr中不具有snv，则预测患有ptcl的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有mds的对象的样品中cxcl12的snv状态。在一些实施方式中，如果所述样品不具有cxcl12的rs2839695snv(cxcl123'未翻译区(utr)中位置44873849处的a/g)，则预测患有mds的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr的位置44873186处不具有snv，则预测患有mds的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr中不具有snv，则预测患有mds的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有骨髓纤维化的对象的样品中cxcl12的snv状态。在一些实施方式中，如果所述样品不具有cxcl12的rs2839695snv(cxcl123'未翻译区(utr)中位置44873849处的a/g)，则预测患有骨髓纤维化的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr的位置44873186处不具有snv，则预测患有骨髓纤维化的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr中不具有snv，则预测患有骨髓纤维化的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品中cxcl12的snv状态。在一些实施方式中，如果所述样品不具有cxcl12的rs2839695snv(cxcl123'未翻译区(utr)中位置44873849处的a/g)，则预测患有华氏巨球蛋白血症的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr的位置44873186处不具有snv，则预测患有华氏巨球蛋白血症的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr中不具有snv，则预测患有华氏巨球蛋白血症的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包括确定来自患有whim综合征的对象的样品中cxcl12的snv状态。在一些实施方式中，如果所述样品不具有cxcl12的rs2839695snv(cxcl123'未翻译区(utr)中位置44873849处的a/g)，则预测患有whim综合征的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr的位置44873186处不具有snv，则预测患有whim综合征的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，如果所述样品在cxcl12的3'utr中不具有snv，则预测患有whim综合征的对象可能对fti治疗起反应，或者向所述对象施用治疗有效量的fti。
通过分析核酸用于确定snv和/或突变状态的方法在本领域中是熟知的。在一些实施方式中，所述方法包括测序、聚合酶链反应(pcr)、dna微阵列、质谱(ms)、单核苷酸多态性(snp)测定、变性高效液相色谱(dhplc)或者限制性片段长度多态性(rflp)测定。在一些实施方式中，使用标准测序法，包括(例如)sanger测序、下一代测序(ngs)确定snv和/或突变状态。在一些实施方式中，使用ms确定snv和/或突变状态。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自具有孤立性中性粒细胞减少的对象的样品中cxcl12蛋白的表达水平，并且如果所述样品中cxcl12蛋白的表达水平大于cxcl12蛋白的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在一些实施方式中，具有孤立性中性粒细胞减少的对象患有癌症。在具体的实施方式中，所述癌症是鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是ebv相关性鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是食道癌。在具体的实施方式中，所述癌症是卵巢癌。在具体的实施方式中，所述癌症是乳腺癌。在某些实施方式中，所述癌症是胰腺癌。在具体的实施方式中，所述胰腺癌是局部晚期胰腺癌。在一些实施方式中，所述癌症是血液学癌症。在某些实施方式中，所述癌症是淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在某些实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是aml。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在具体的实施方式中，所述白血病是cmml。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有淋巴瘤的对象的样品中cxcl12蛋白的表达水平，并且如果所述样品中cxcl12蛋白的表达水平大于cxcl12蛋白的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ptcl-nos。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有ptcl的对象的样品中cxcl12蛋白的表达水平，并且如果所述样品中cxcl12蛋白的表达水平大于cxcl12蛋白的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有mds的对象的样品中cxcl12蛋白的表达水平，并且如果所述样品中cxcl12蛋白的表达水平大于cxcl12蛋白的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有骨髓纤维化的对象的样品中cxcl12蛋白的表达水平，并且如果所述样品中cxcl12蛋白的表达水平大于cxcl12蛋白的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品中cxcl12蛋白的表达水平，并且如果所述样品中cxcl12蛋白的表达水平大于cxcl12蛋白的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有whim综合征的对象的样品中cxcl12蛋白的表达水平，并且如果所述样品中cxcl12蛋白的表达水平大于cxcl12蛋白的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有ptcl的对象的样品中的kir3dl2蛋白的表达水平，并且如果所述样品中的kir3dl2蛋白表达水平小于kir3dl2蛋白的参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。在某些实施方式中，通过ihc确定kir3dl2蛋白表达。在某些实施方式中，通过facs确定kir3dl2蛋白表达。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自具有孤立性中性粒细胞减少的对象的样品中的基因的蛋白水平。在一些实施方式中，具有孤立性中性粒细胞减少的对象患有癌症。在具体的实施方式中，所述癌症是鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是ebv相关性鼻咽癌。在具体的实施方式中，所述癌症是食道癌。在具体的实施方式中，所述癌症是卵巢癌。在具体的实施方式中，所述癌症是乳腺癌。在某些实施方式中，所述癌症是胰腺癌。在具体的实施方式中，所述胰腺癌是局部晚期胰腺癌。在具体的实施方式中，所述癌症是白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是t细胞白血病。在具体的实施方式中，所述白血病是cml。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有淋巴瘤的对象的样品中的基因的蛋白水平。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ebv相关性淋巴瘤。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是aitl。在具体的实施方式中，所述淋巴瘤是ctcl。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有ptcl的对象的样品中的基因的蛋白水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有mds的对象的样品中的基因的蛋白水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有骨髓纤维化的对象的样品中的基因的蛋白水平。在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有华氏巨球蛋白血症的对象的样品中的基因的蛋白水平。在一些实施方式中，可以通过免疫组织化学(ihc)测定、免疫印迹(ib)测定、免疫荧光(if)测定、流式细胞术(facs)或者酶联免疫吸附测定(elisa)确定基因的蛋白水平。所述ihc测定可以是h&e染色。
确定样品中基因的蛋白质水平的方法在本领域中是熟知的。例如，在一些实施方式中，可以通过免疫组织化学(ihc)测定、免疫印迹(ib)测定、免疫荧光(if)测定、流式细胞术(facs)或者酶联免疫吸附测定(elisa)确定蛋白水平。在一些实施方式中，可以通过苏木精伊红染色(“h&e染色”)确定蛋白水平。
可以通过多种(ihc)方法或其它免疫测定方法检测基因的蛋白水平。已表明组织切片的ihc染色是评价或检测样品中蛋白质存在的可靠方法。免疫组织化学技术使用抗体来原位检测细胞抗原并使其显像，这通常是通过发色或荧光方法完成的。因此，使用对每种基因特异的抗体或抗血清，包括(例如)多克隆抗血清或单克隆抗体来检测表达。如以下更详细讨论的，可以通过抗体本身的直接标记，例如，使用放射性标记物、荧光标记物、半抗原标记物，如生物素，或者酶，如辣根过氧化物酶或碱性磷酸酶的直接标记来检测抗体。作为另外一种选择，与标记的第二抗体，包括对第一抗体特异的抗血清、多克隆抗血清或单克隆抗体结合使用未标记的第一抗体。免疫组织化学规程和试剂盒在本领域中是熟知的并且是可商购的。用于载玻片制备和ihc处理的自动系统是可商购的。
可以在basicandclinicalimmunology(stites&terr主编,第7版.1991)中找到标准免疫学和免疫测定程序。此外，可以在任何一些配置中进行免疫测定，这些配置在enzymeimmunoassay(maggio主编,1980)；和harlow&lane,如上。对于常规免疫测定的综述，还参见methodsincellbiology:antibodiesincellbiology,第37卷(asai主编,1993)；basicandclinicalimmunology(stites&ten主编,第7版，1991)中进行了广泛的综述。
检测基因的蛋白水平的常用测定包括非竞争性测定，例如，夹心测定和竞争性测定。通常，可以使用测定，如elisa测定。elisa测定在本领域中是已知的，例如，已知用于测定多种组织和样品，包括血液、血浆、血清、肿瘤活组织检查、淋巴结或骨髓。
使用这种测定形式的多种免疫测定技术是可用的，参见，例如，美国专利no.4,016,043、4,424,279和4,018,653，其以其全部内容作为参考并入本文。这些包括非竞争类型的以及常规竞争性结合测定中的单位点和双位点或者“夹心”测定。这些测定还包括标记抗体与靶标基因的直接结合。夹心测定是常用的测定。存在夹心测定技术的一些变化形式。例如，在典型的正向测定(forwardassay)中，将未标记的抗体固定在固相基底上，并将待测样品与所述结合的分子接触。在培育适合的时间段后，对于足以允许形成抗体-抗原复合物的一段时间，加入对所述抗原特异性的且用能够产生可检测信号的报告分子标记的第二抗体并培育，从而提供足以形成另一抗体-抗原-标记抗体的复合物的时间。清洗掉任何未反应的材料，并通过观察报告分子所产生的信号确定抗原的存在。这些结果可以是通过简单观察可见信号而获得的定性结果，也可以通过与含有已知量的基因的对照样品比较进行定量。
正向测定的变化形式包括同时测定，其中将样品和标记的抗体两者同时加入到所述结合的抗体中。这些技术对于本领域技术人员来说是熟知的，其包括任何显而易见的微小变化。在典型的正向夹心测定中，对基因具有特异性的第一抗体共价地或被动地结合至固体表面。所述固体表面可以是玻璃或聚合物，其中最常用的聚合物为纤维素、聚丙烯酰胺、尼龙、聚苯乙烯、聚氯乙烯或聚丙烯。所述固体载体可以采取管、珠、微量培养板的盘的形式，或者任何其它适合于实施免疫测定的表面的形式。结合过程是本领域熟知的，并且通常由交联共价结合或物理吸附组成，在制备测试样品的过程中清洗所述聚合物-抗体复合物。然后，将待测样品等份加入至固相复合物并在适合的条件下(例如，室温至40℃，如25℃至32℃之间(含端点))培育足够的时间段(例如，2-40分钟或者过夜，如果更方便的话)以允许抗体中存在的任何亚基的结合。在培育期之后，将抗体亚基固相清洗并干燥，并与对所述基因的一部分特异的第二抗体一起培育。所述第二抗体与报告分子连接，而所述报告分子用来指明所述第二抗体与所述分子标志物的结合。
在一些实施方式中，流式细胞术(facs)可以用于检测在所述细胞表面上表达的基因的蛋白水平。可以使用抗这些基因的抗体检测作为表面蛋白(如cxcr3)的基因。流式细胞仪检测并报告荧色物-标签抗体的强度，其指示了基因的表达水平。还可以通过对透性化细胞染色来观察非荧光胞浆蛋白。所述染色剂可以是能够结合至某些分子的荧光化合物，或者是结合所选分子的荧色物-标签抗体。
替代方法包括固定样品中的靶标基因，然后将所述固定的靶标暴露于可以或可以不用报告分子标记的特异性抗体。根据靶标的量和报告分子信号的强度，结合的靶标可以通过用抗体直接标记可检测。作为另外一种选择，将对所述第一抗体特异的第二标记的抗体暴露于靶标-第一抗体复合物以形成靶标-第一抗体-第二抗体三元复合物。通过标记的报告分子所发出的信号检测所述复合物。
就酶免疫测定来说，通常通过戊二醛或高碘酸盐将酶缀合至第二抗体。然而，如将容易认识到的，存在多种不同的缀合技术，它们对于技术人员来说是易用的。常用的酶包括辣根过氧化物酶、葡萄糖氧化酶、β-半乳糖苷酶和碱性磷酸酶，并且本文讨论了其它的酶。通常，通过相应的酶的水解，选择与特定的酶一起使用的底物用于产生可检测的颜色变化。适合的酶的实例包括碱性磷酸酶和过氧化物酶。还有可能使用荧光底物，其获得荧光产物而不是以上提到的发色底物。在所有情况下，将酶-标记的抗体加入至第一抗体-分子标志物复合物中，使其结合，然后清洗掉过量试剂。然后，将含有适当底物的溶液加入抗体-抗原-抗体复合物中。所述底物将与连接至第二抗体的酶反应，从而提供定性可见信号，其通常还可以通过分光光度法定量以提供存在于样品中的基因的量的指示。替代地，可以将荧光化合物，如荧光素和罗丹明化学偶联至抗体而不会改变它们的结合能力。当通过用特定波长的光照激活时，荧色物-标记的抗体吸收光能，在所述分子中引起激发态，随后发射使用光学显微镜目视可检测的具有特征颜色的光。如在eia中，使荧光标记的抗体与第一抗体-分子标志物复合物结合。在清洗掉未结合的试剂之后，将剩余的三元复合物暴露于适当波长的光，则所观察到的荧光指示了所关心的分子标志物的存在。免疫荧光和eia技术均是现有技术中良好建立的并且是本文所讨论的。
如本文所述或另外如本领域中已知的任何方法可以用于确定来自本文所述的对象的样品中的基因的蛋白水平。举例来说，在一些实施方式中，本文提供了治疗对象中ptcl的方法，其包括通过使用if测定确定来自所述对象的样品中cxcl12基因的蛋白水平，和如果所述样品中cxcl12基因的蛋白水平高于cxcl12基因的参考表达水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
在一些实施方式中，本文所提供的方法包括确定来自患有ptcl的对象的样品中表达kir3dl2的细胞的比例，并且如果所述样品中表达kir3dl2的细胞的比例低于参考水平，则向所述对象施用治疗有效量的fti。
分析来自对象的样品的细胞组成的方法在本领域中是熟知的，其包括(如)免疫组织化学(ihc)测定、免疫荧光(if)测定和流式细胞术(facs)。
在一些实施方式中，通过ihc测定确定细胞组成。本文描述了多种ihc测定。举例来说，在一些实施方式中，可以用结合至所关心的蛋白质的抗体对去除石蜡的组织切片进行ihc染色，并在过氧化和蛋白质封闭后，在4℃培育过夜。在含有1mm乙二胺四乙酸的10mmtris/hclph9中的微波表位修复可以用于抗体和适当的阴性对照(无第一抗体)，并且可以与所研究的每组肿瘤同时对阳性对照(扁桃腺或乳腺肿瘤切片)染色。参见，例如，iqbal等人,blood123(19):2915-23(2014)。
在一些实施方式中，通过流式细胞术(facs)确定细胞组成。使用facs对特定t细胞亚型进行鉴别和计数的多种方法在本领域中是熟知的并且是可商购的。细胞表面标志物可以用于鉴别特定细胞群体。通过同时使用一些抗体(每个均偶联了不同的荧色物)评价独特的细胞表面标志物库，可以鉴别和定量给定细胞群体。可用的技术包括bdbiosciences的多色流式细胞术技术、abcam的流式细胞术免疫分型技术等。多种门控和数据分析策略可以用于区分细胞群体。
在一些实施方式中，本文提供了包括使用流式细胞术分析来自对象的血液样品的细胞组成的方法。
如本文所述或者另外如本领域中已知的任何用于分析表达水平(例如，蛋白水平或mrna水平)的方法可以用于确定样品中其它基因的水平，如ihc测定、ib测定、if测定、facs、elisa、蛋白微阵列分析、qpcr、qrt-pcr、rna-seq、rna微阵列分析、sage、massarray技术、下一代测序或fish。
b.药物组合物
在一些实施方式中，本文提供了用fti或具有fti的药物组合物治疗对象的方法。本文所提供的药物组合物含有治疗有效量的fti和药物可用的载体、稀释剂或赋形剂。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼；阿加来必(arglabin)；紫苏醇(perrilylalcohol)；sch-66336；l778123；l739749；fti-277；l744832；r208176；bms214662；azd3409；或cp-609,754。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
可以将fti配制成适合的药物制剂，如用于口服的溶液剂、混悬剂、片剂、可分散片剂、丸剂、胶囊、粉剂、缓释制剂或酏剂，或者在无菌溶液或混悬液中用于眼部或肠胃外施用，以及透皮贴片制剂和干粉吸入剂。通常，使用在本领域中熟知的技术和程序将fti配制成药物组合物(参见，例如，anselintroductiontopharmaceuticaldosageforms,第7版，1999)。
在所述组合物中，将有效浓度的fti和药物可用的盐与适合的药物载体或媒介物混合。在某些实施方式中，一旦施用，所述组合物中fti的浓度对于递送治疗、预防或改善癌症，包括血液学癌症和实体瘤的一种或多种症状和/或发展的量是有效的。
通常，可以将所述组合物配制用于单一剂量施用。为了配制组合物，将fti的重量部分以有效浓度溶解、悬浮、分散或者否则混合在所选的媒介物中，从而使所治疗的病况得到缓解和改善。适合于本文所提供的fti的施用的药物载体或媒介物包括本领域技术人员已知的适合于特定施用形式的任何这些载体。
另外，可以将fti作为所述组合物中唯一的药物活性成分配制，或者可以将其与其它活性成分混合。作为药物可用的载体，脂质体混悬液，包括组织-靶向脂质体，如肿瘤-靶向脂质体也可以是适合的。可以根据本领域技术人员已知的方法制备这些。例如，可以如本领域中已知的制备脂质体制剂。简要地，可以通过将卵磷脂酰胆碱和脑磷脂酰丝氨酸(7:3的摩尔比)在烧瓶内完全干燥来形成脂质体，如多室脂质体(mlv)。加入本文所提供的fti在缺少二价阳离子的磷酸盐缓冲盐水(pbs)中的溶液，并振荡烧瓶直至脂质膜分散。清洗所得脂囊以除去未包封的化合物，通过离心成粒，然后在pbs中再悬浮。
以足以发挥治疗有效作用且对所治疗患者无不希望的副作用的量将fti包含在药物可用的载体中。可以通过在本文所述的体外和体内系统中测试化合物，然后由此外推用于人的剂量来经验性地确定治疗有效浓度。
所述药物组合物中fti的浓度将取决于fti的吸收、组织分布、失活和排泄率、fti的物理化学特性、剂量施用时间表和所施用的量以及本领域技术人员已知的其它因素。例如，所递送的量足以改善癌症，包括血液学癌症和实体瘤的一种或多种症状。
在某些实施方式中，治疗有效剂量应产生约0.1ng/ml至约50-100μg/ml的活性成分的血清浓度。在一个实施方式中，所述药物组合物提供了每公斤体重每天约0.001mg至约2000mg化合物的剂量。制备药物剂量单位形式以提供每剂量单位形式约1mg至约1000mg，并且在某些实施方式中，约10至约500mg必需活性成分或必需成分组合。
可以一次施用fti，或者可以将其分成以一定时间间隔施用的一些较小剂量。应理解治疗的精确剂量和持续时间是要治疗的疾病的函数，并且可以使用已知的测试规程或通过体内或体外测试数据外推来经验性地确定。应注意浓度和剂量值还可以随要减轻的病况的严重程度而变。还应理解对于任何特定对象，应根据个体需要以及施用或监督所述组合物施用的人的专业判断而随时间调整具体剂量方案，并且本文所说明的浓度范围仅是示例性的并且不意欲限制所主张的组合物的范围和实践。
因此，将本文所述的一种或多种化合物或其药物可用的盐的有效浓度或量与适合于全身、外部或局部施用的药物载体或媒介物混合以形成药物组合物。以对于改善一种或多种症状，或者治疗、延缓发展或预防有效的量包含化合物。所述组合物中活性化合物的浓度将取决于所述活性化合物的吸收、组织分布、失活和排泄率、剂量施用时间表，所施用的量，特定制剂以及本领域技术人员已知的其它因素。
所述组合物旨在通过适合的途径施用，其包括(但不限于)口服、肠胃外、直肠、局部(topically)和局部(locally)施用。对于口服施用，可以配制胶囊和片剂。所述组合物处于液体、半液体或固体形式，并且以适合于每种施用途径的方式配制。
用于肠胃外、皮内、皮下或外部施用的溶液剂或混悬剂可以包含任何下列组分：无菌稀释剂，如注射用水、盐溶液、固定油、聚乙二醇、甘油、丙二醇、二甲基乙酰胺或其它合成溶剂；抗微生物剂，如苯甲醇和对羟基苯甲酸甲酯；抗氧化剂，如抗坏血酸和亚硫酸氢钠；螯合剂，如乙二胺四乙酸(edta)；缓冲剂，如乙酸盐、柠檬酸盐和磷酸盐；和用于调整渗涨度的试剂，如氯化钠或葡萄糖。可以将肠胃外制剂封装在安瓿瓶、笔、一次性注射器或者由玻璃、塑料或其它适合的材料制成的单剂量或多剂量小瓶中。
在其中fti显示出溶解度不足的情况下，可以使用溶解化合物的方法。这些方法对于本领域技术人员是已知的，并且包括(但不限于)使用共溶剂，如二甲亚砜(dmso)，使用表面活性剂，如
一旦混合或添加所述化合物，则所得混合物可以是溶液、混悬液、乳液等。所得混合物的形式基于一些因素，其包括所述化合物在所选载体或媒介物中的预期施用形式和溶解度。有效浓度足以改善要治疗的疾病、病症或病况的症状，并且可以通过经验确定。
以单位剂量形式，如片剂、胶囊、丸剂、粉剂、颗粒剂、无菌肠胃外溶液或混悬液，和口服溶液或混悬液，和含有适当量的所述化合物或其药物可用的盐的油水乳化液，提供所述药物组合物以用于向人和动物施用。可以以单位剂量形式或多剂量形式配制和施用药物治疗性活性化合物及其盐。如本文所使用的单位剂量形式表示如本领域中已知的，适合人和动物对象并且单独包装的物理上分离的单元。每个单位剂量含有与所需的药物载体、媒介物或稀释剂相结合足以产生所需治疗效果的预定量的治疗性活性化合物。单位剂量形式的实例包括安瓿瓶和注射器以及单个包装的片剂和胶囊。可以部分或多次施用单位剂量形式。多剂量形式是包装在单个容器中以分离的单位剂量形式施用的多个相同的单位剂量形式。多剂量形式的实例包括小瓶、片剂或胶囊瓶或者品脱或加仑瓶。因此，多剂量形式是在包装中不分离的多个单位剂量。
还可以制备缓释制剂。缓释制剂的适合实例包括含有本文所提供的化合物的固体疏水性聚合物的半透性基质，所述基质处于成型制品形式，例如，薄膜或微胶囊。缓释基质的实例包括离子电渗贴片、聚酯、水凝胶(例如，聚(2-羟乙基-甲基丙烯酸酯)或聚(乙烯醇))、聚交酯、l-谷氨酸和乙基-l-谷氨酸的共聚物、不可降解的乙烯-醋酸乙烯酯、可降解的乳酸-乙醇酸共聚物，如luprondepottm(由乳酸-乙醇酸共聚物和亮脯利特乙酸酯组成的可注射微球)和聚-d-(-)-3-羟丁酸。尽管聚合物，如乙烯-醋酸乙烯酯和乳酸-乙醇酸能够释放分子超过100天，但是某些水凝胶释放蛋白的时间段较短。当封装的化合物在体内长时间保持时，由于在37℃暴露于水分，它们可能变性或聚集，从而导致生物活性损失和它们结构的可能变化。可以根据所涉及的作用机制，对稳定性设计合理的策略。例如，如果发现聚集机制是通过硫-二硫化物互换的分子间s--s键形成，则可以通过修饰巯基残基，从酸性溶液冷冻干燥，控制水分含量，使用适当的添加剂和开发特定聚合物基质组合物来实现稳定性。
可以制备含有0.005％至100％范围内的活性成分(其余部分由无毒载体组成)的剂量形式或组合物。对于口服施用，通过掺入任何常用赋形剂，如(例如)药物级甘露糖醇、乳糖、淀粉、硬脂酸镁、滑石、纤维素衍生物、交联甲羧纤维素钠、葡萄糖、蔗糖、碳酸镁或糖精钠形成药物可用的无毒组合物。这些组合物包括溶液、混悬液、片剂、胶囊、粉剂和缓释制剂，如(但不限于)植入物和微囊包封的供气系统和生物可降解、生物相容性聚合物，如胶原蛋白、乙烯-乙酸乙烯共聚物、聚酐、聚乙醇酸、聚原酸酯、聚乳酸等。制备这些组合物的方法对本领域技术人员是已知的。所考虑的组合物可以含有约0.001％-100％的活性成分，在某些实施方式中，约0.1-85％或约75-95％。
可以与保护所述化合物抵抗体内快速消除的载体，如延时释放制剂或包衣一起制备fti或药物可用的盐。
所述组合物可以包含其它活性化合物以获得所期望的性质组合。如本文所述的本文所提供的化合物或其药物可用的盐还可以与常规领域中已知在上文所提及的一种或多种疾病或医学病况，如与氧胁迫有关的疾病的治疗中具有价值的另一种药理学试剂一起施用。
本文所提供的不含乳糖的组合物可以含有在本领域中熟知的并且在(例如)美国药典(usp)sp(xxi)/nf(xvi)中列出的赋形剂。一般地，不含乳糖的组合物含有药物相容且药物可用的量的活性成分、粘结剂/填充剂和润滑剂。示例性的不含乳糖的剂量形式含有活性成分、微晶纤维素、预胶凝淀粉和硬脂酸镁。
还涵盖了含有本文所提供的化合物的无水药物组合物和剂量形式。例如，在药学领域中加入水(例如，5％)作为模拟长期储存的方式以确定制剂随时间的特性(如货架期或稳定性)是广泛接受的。参见，例如，jenst.carstensen,drugstability:principles&practice,第2版,marceldekker,ny,ny,1995,第379-80页。实际上，水和热加快了一些化合物的分解。因此，水对制剂的影响可以是显著的，这是因为在制剂的生产、处理、包装、存储、运输和使用期间一般会遇到水分和/或潮气。
可以使用无水或含有低水分的成分以及低水分或低湿度条件制备本文所提供的无水药物组合物和剂量形式。如果预期在生产、包装和/或存储期间会与水分和/或潮气发生显著接触，则包含乳糖和至少一种含有伯氨或仲胺的活性成分的药物组合物和剂量形式是无水的。
应制备和存储无水药物组合物从而维持其无水性质。因此，使用已知防止暴露于水的材料包装无水组合物，从而使它们可以包含在适合的配方试剂盒中。适合的包装的实例包括(但不限于)气密性箔片、塑料制品、单位剂量容器(例如，小瓶)、泡罩包装和条状包装。
口服药物剂量形式为固体、凝胶或液体。所述固体剂型为片剂、胶囊、颗粒剂和散装粉剂。口服片剂类型包括压缩、可咀嚼糖锭和可以肠溶包衣、糖包衣或薄膜包衣的片剂。胶囊可以是硬胶胶囊或软胶胶囊，而颗粒剂和粉剂可以以非泡腾或泡腾形式与本领域技术人员已知的其它成分组合提供。
在某些实施方式中，所述制剂为固体剂型，如胶囊或片剂。所述片剂、丸剂、胶囊、锭剂等可以含有任何下列成分或具有类似性质的化合物：粘结剂；稀释剂；崩解剂；润滑剂；助流剂；甜味剂；和调味剂。
粘结剂的实例包括微晶纤维素、黄芪胶、葡萄糖溶液、阿拉伯胶浆、明胶溶液、蔗糖和淀粉糊。润滑剂包括滑石、淀粉、硬脂酸镁或钙、石松子和硬脂酸。稀释剂包括(例如)乳糖、蔗糖、淀粉、白陶土、盐、甘露糖醇和磷酸二钙。助流剂包括(但不限于)胶体二氧化硅。崩解剂包括交联甲羧纤维素钠、淀粉羟基乙酸钠、海藻酸、玉米淀粉、马铃薯淀粉、膨润土、甲基纤维素、琼脂和羧甲基纤维素。着色剂包括(例如)任何经批准认证的水溶性fd&c染料，它们的混合物；和在氧化铝水合物上悬浮的水不溶性fd&c染料。甜味剂包括蔗糖、乳糖、甘露糖醇和人造甜味剂，如糖精，和多种喷雾干燥的调味剂。调味剂包括从植物(如水果)中提取的天然香料，和产生愉悦感的化合物的合成混合物，如(但不限于)薄荷油和水杨酸甲酯。润湿剂包括单硬脂酸丙二醇酯、单油酸脱水山梨糖醇酯、单月桂酸二甘醇酯和月桂聚氧乙烯醚。肠包衣包括脂肪酸、脂肪、蜡、虫胶、氨化虫胶和苯二甲酸醋酸纤维素。薄膜包衣包括羟乙基纤维素、羧甲基纤维素钠、聚乙二醇4000和苯二甲酸醋酸纤维素。
当所述剂量单位形式为胶囊时，除以上类型材料之外，它可以含有液体载体，如脂油。另外，剂量单位形式可以含有改变所述剂量单位外观的多种其它材料，例如，糖包衣及其它肠包衣。还可以作为酏剂、混悬剂、糖浆、薄饼、糖屑、口香糖等的组分施用所述化合物。除所述活性化合物之外，糖浆可以含有作为甜味剂的蔗糖和特定防腐剂、染料和着色剂以及调味剂。
片剂中包含的药物可用的载体为粘结剂、润滑剂、稀释剂、崩解剂、着色剂、调味剂和润湿剂。由于肠溶衣，肠溶包衣片剂抵抗胃酸作用并且在中性或碱性的肠中溶解或崩解。糖包衣片剂为压制片剂，对其应用了不同层的药物可用的物质。薄膜包衣片剂为压制片剂，其已包衣了聚合物或其它适合的包衣。多压片剂为使用先前提及的药物可用的物质通过不止一个挤压循环所制备的压制片剂。还可以在上述剂量形式中使用着色剂。在压制片剂、包糖衣、多压和咀嚼片剂中使用调味剂和甜味剂。调味剂和甜味剂在咀嚼片剂和糖锭形成中是特别有用的。
液体口服剂量形式包括水溶液、乳液、混悬液、从非泡腾颗粒剂复原的溶液和/或混悬液和从泡腾颗粒剂复原的泡腾制剂。水溶液包括(例如)酏剂和糖浆。乳液为水包油或油包水。
酏剂是透明、有甜味的水醇制剂。在酏剂中使用的药物可用的载体包括溶剂。糖浆剂是糖的浓缩水溶液，例如，蔗糖，并且可以包含防腐剂。乳液是两相体系，其中一种液体以小球的形式分散在另一种液体中。在乳液中使用的药物可用的载体为非水液体、乳化剂和防腐剂。混悬液使用药物可用的助悬剂和防腐剂。在要复原成液体口服剂量形式的非泡腾颗粒剂中使用的药物可用的物质包括稀释剂、甜味剂和润湿剂。在要复原成液体口服剂量形式的泡腾颗粒剂中使用的药物可用的物质包括有机酸和二氧化碳源。在所有上述剂量形式中使用着色剂和调味剂。
溶剂包括甘油、山梨糖醇、乙醇和糖浆。防腐剂的实例包括甘油、尼泊金甲酯和尼泊金丙酯、苯甲酸、苯甲酸钠和醇。在乳液中使用的非水液体的实例包括矿物油和棉籽油。乳化剂的实例包括明胶、阿拉伯胶、黄芪胶、膨润土和表面活性剂，如聚氧乙烯单油酸脱水山梨糖醇酯。助悬剂包括羧甲基纤维素钠、果胶、黄芪胶、veegum和阿拉伯胶。稀释剂包括乳糖和蔗糖。甜味剂包括蔗糖、糖浆、甘油和人造甜味剂，如糖精。润湿剂包括单硬脂酸丙二醇酯、单油酸脱水山梨糖醇酯、单月桂酸二甘醇酯和月桂聚氧乙烯醚。有机酸包括柠檬酸和酒石酸。二氧化碳源包括碳酸氢钠和碳酸钠。着色剂包括任何经批准认证的水溶性fd&c染料及其混合物。调味剂包括从植物(如水果)中提取的天然香料，和产生愉快味觉的化合物的合成混合物。
对于固体剂量形式，将溶液或混悬液，例如在丙烯碳酸酯、植物油或甘油三酯中的溶液或混悬液包封中胶囊中。在美国专利no.4,328,245；4,409,239；和4,410,545中公开了这些溶液及其制剂和包封形式。对于液体剂量形式，可以用足够量的药物可用的液体载体，例如，水稀释所述溶液，例如，在聚乙二醇中的溶液，从而使其对于施用易于测量。
作为另外一种选择，可以通过将所述活性化合物或盐溶解或分散在植物油、乙二醇、甘油三酯、丙二醇酯(例如，丙烯碳酸酯)及其它这些载体中，并将这些溶液或混悬液包封在硬胶胶囊或软胶胶囊壳体中来制备液体或半固体口服制剂。其它有用的制剂包括(但不限于)含有本文所提供的化合物、二烷基化的单或聚烷撑二醇，其包括(但不限于)1,2-二甲氧基甲烷、二甘醇二甲醚、三甘醇二甲醚、四乙二醇二甲醚、聚乙二醇-350-二甲醚、聚乙二醇-550-二甲醚、聚乙二醇-750-二甲醚，其中350、550和750表示所述聚乙二醇的近似平均分子量，和一种或多种抗氧化剂，如丁基化羟基甲苯(bht)、丁基羟基苯甲醚(bha)、没食子酸丙酯、维生素e、氢醌、伞花内酯、乙醇胺、卵磷脂、脑磷脂、抗坏血酸、苹果酸、山梨糖醇、磷酸、硫代二丙酸及其酯和二硫代氨基甲酸酯的那些。
其它制剂包括(但不限于)醇的水溶液，包括药物可用的乙缩醛。在这些制剂中使用的醇为任何药物可用的水可混溶的具有一个或多个羟基的溶剂，其包括(但不限于)丙二醇和乙醇。乙缩醛包括(但不限于)低级烷基醛的二(低级烷基)乙缩醛，如乙醛二乙基乙缩醛。
在所有实施方式中，如本领域技术人员已知的，片剂和胶囊制剂可以包衣，从而改变或维持活性成分的溶解。因此，例如，可以用常规肠可消化的包衣，如水杨酸苯酯、蜡和苯二甲酸醋酸纤维素将它们包衣。
本文还提供了肠胃外施用，通常其特征为皮下、肌内或静脉内注射。可以以常规方式，作为液体溶液或混悬液，适合于在注射前在液体中形成溶液或混悬液的固体形式或者作为乳液制备注射剂。适合的赋形剂为(例如)水、盐水、葡萄糖、甘油或乙醇。另外，如果需要，要施用的药物组合物还可以含有少量无毒助剂物质，如润湿剂或乳化剂、ph缓冲剂、稳定剂、增溶剂和其它这些试剂，如(例如)乙酸钠、单月桂酸山梨聚糖酯、油酸三乙醇胺酯和环糊精。在本文中还考虑了缓释(slowrelease)或缓释(sustainedrelease)系统的植入，从而维持恒定剂量水平。简要地，可以将本文所提供的化合物分散在不溶于体液的固体内部基质中，例如，聚甲基丙烯酸甲酯、聚甲基丙烯酸丁酯、增塑或未增塑的聚氯乙烯、增塑尼龙、增塑的聚对苯二甲酸乙二醇酯、天然橡胶、聚异戊二烯、聚异丁烯、聚丁二烯、聚乙烯、乙烯-乙酸乙烯酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、硅酮碳酸酯共聚物、亲水性聚合物，如丙烯酸和甲基丙烯酸的酯的水凝胶、胶原、围绕有外部聚合物膜的交联聚乙烯醇和交联的部分水解的聚乙酸乙烯酯，如聚乙烯、聚丙烯、乙烯/丙烯共聚物、乙烯/丙烯酸乙酯共聚物、乙烯/乙酸乙烯酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、氯丁橡胶、氯化聚乙烯、聚氯乙烯、氯乙烯与乙酸乙烯酯的共聚物、偏二氯乙烯、乙烯和丙烯、离子聚合物聚对苯二甲酸乙二醇酯、丁基橡胶表氯醇橡胶、乙烯/乙烯醇共聚物、乙烯/乙酸乙烯酯/乙烯醇三元共聚物和乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物。然后，所述化合物在释放速率控制步骤中扩散通过外部聚合物膜。这类肠胃外组合物中所包含的活性化合物的百分比高度依赖其特定性质以及所述化合物的活性和对象的需要。
所述组合物的肠胃外施用包括静脉内、皮下和肌内施用。用于肠胃外施用的制剂包括待注射的无菌溶液、准备使用前联合溶剂的无菌干燥可溶性产物(如冻干粉末，包括皮下药片)、待注射无菌悬液、准备使用前联合载体的无菌干燥不溶性产物和无菌乳液。该溶液可以水溶液或非水溶液。
如果静脉内施用，则适合的载体包括生理盐水或磷酸盐缓冲盐水(pbs)，以及含有增稠剂和增溶剂的溶液，如葡萄糖、聚乙二醇和聚丙二醇及其混合物。
在肠胃外制剂中使用的药物可用的载体包括水性媒介物、非水性媒介物、抗微生物剂、等张剂、缓冲剂、抗氧化剂、局部麻醉剂、混悬剂和分散剂、乳化剂、多价螯合或螯合剂及其它药物可用的物质。
水性媒介物的实例包括氯化钠注射液、林格氏注射剂、等张葡萄糖注射液、无菌水注射剂、葡萄糖和乳酸盐林格氏注射剂。非水性肠胃外媒介物包括植物来源的固定油、棉籽油、玉米油、芝麻油和花生油。必需以抑菌或抑真菌浓度将抗微生物剂加入至在多剂量容器中包装的肠胃外制剂，其包括苯酚或甲酚、汞剂、苯甲醇、氯代丁醇、甲基和丙基对羟基苯甲酸酯、硫柳汞、苯扎氯铵和苄索氯铵。等张剂包括氯化钠和葡萄糖。缓冲剂包括磷酸盐和柠檬酸盐。抗氧化剂包括硫酸氢钠。局部麻醉剂包括盐酸普鲁卡因。混悬剂和分散剂包括羧甲基纤维素钠、羟丙基甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。乳化剂包括聚山梨酯80(
调节fti的浓度，从而注射剂提供有效量以产生所期望的药理学作用。如本领域中已知的，确切的剂量取决于患者或动物的年龄、体重和状况。将单位剂量肠胃外制剂包装在安瓿瓶、小瓶或具针注射器中。如本领域中已知和实践的，用于肠胃外施用的所有制剂必需是无菌的。
说明性地，含有fti的无菌水溶液的静脉内或动脉内输注是有效的施用形式。另一种实施方式为根据需要注射以产生所期望的药理学作用的含有活性材料的无菌水或油溶液或混悬液。
将可注射剂设计用于局部和全身施用。通常，对所治疗的组织，配制治疗有效剂量以包含至少约0.1％w/w多至约90％w/w或以上，如大于1％w/w的所述活性化合物的浓度。可以一次施用所述活性成分，或可以将其分成以一定时间间隔施用的一些较小剂量。应理解治疗的精确剂量和持续时间是要治疗的组织的函数，并且可以使用已知的测试规程或通过体内或体外测试数据外推来经验性地确定。应注意浓度和剂量值还可以随要治疗个体的年龄而变。还应理解对于任何特定对象，应根据个体需要以及施用或监督所述制剂施用的人的专业判断而随时间调整具体剂量方案，并且本文所说明的浓度范围仅是示例性的并且不意欲限制所主张的制剂的范围和实践。
可以将fti以微粒化或其它适合的形式混悬，或者可以将其衍生化以产生更可溶的活性产物和产生前体药物。所得混合物的形式基于一些因素，其包括所述化合物在所选载体或媒介物中的预期施用形式和溶解度。有效浓度足以改善病况的症状，并且可以通过经验确定。
冷冻干燥粉剂也是本文所关心的，其可以复原为溶液、乳液及其它混合物用于施用。它们还可以复原和配制为固体或凝胶。
通过在适合的溶剂中溶解本文所提供的fti或其药物可用的盐来制备无菌的冷冻干燥粉剂。所述溶剂可以含有赋形剂，其改善了粉剂或由该粉剂制备的复原溶液的稳定性或其它药理学组分。可以使用的赋形剂包括(但不限于)葡萄糖、山梨醇、果糖、玉米糖浆、木糖醇、甘油、葡萄糖、蔗糖或其它适合的试剂。所述溶剂还可以含有缓冲剂，如柠檬酸盐、磷酸钠或钾，或本领域技术人员已知的其它这种缓冲剂，在一个实施方式中，约中性ph。所述溶液的后续无菌过滤以及随后在本领域技术人员已知的标准条件下的冷冻干燥提供了所需制剂。通常，将所得溶液分装至小瓶中用于冷冻干燥。每个小瓶将含有单一剂量(包括(但不限于)10-1000mg或100-500mg)或者化合物的多个剂量。冷冻干燥粉剂可以在适合条件下存储，如在约4℃至室温。
用注射用水的该冷冻干燥粉剂的复原提供了在肠胃外施用中使用的制剂。对于复原，每ml无菌水或其它适合的载体中添加约1-50mg、约5-35mg或约9-30mg的冷冻干燥粉剂。精确的量取决于所选的化合物。这些量可以通过经验确定。
如对于局部和全身施用所述，制备局部混合物。所得混合物可以是溶液、混悬液、乳液等并且配制为乳膏剂、凝胶剂、软膏剂、乳液、溶液、酏剂、洗剂、混悬剂、酊剂、膏剂、泡沫剂、气溶胶、冲洗剂、喷雾、栓剂、绷带、皮肤贴片或适合于局部施用的任何其它制剂。
可以将fti或具有fti的药物组合物配制为用于局部施用，如通过吸入施用的气溶胶(参见，例如，美国专利no.4,044,126、4,414,209和4,364,923，其描述了用于递送类固醇以用于治疗炎性疾病，具体地哮喘的气溶胶)。用于施用至呼吸道的这些制剂可以单独或结合惰性载体，如乳糖处于用于喷雾器的气溶胶或溶液的形式，或者作为用于吹入的微细粉。在这种情况下，所述制剂的颗粒将具有小于50微米或小于10微米的直径。
可以将fti或具有fti的药物组合物配制用于局部或局部施用，如用于局部施用至皮肤和粘膜，如在眼中，其处于凝胶剂、乳膏剂和洗剂的形式并且用于应用至眼或用于脑池内或脊柱内应用。局部施用计划用于透皮递送并且还用于施用至眼或粘膜，或用于吸入疗法。还可以施用所述活性化合物单独或结合其它药物可用的赋形剂的鼻溶液。可以用适当的盐将这些溶液，具体地设计用于眼科使用的那些溶液配制为0.01％-10％的等渗溶液，ph约5-7。
在本文中还考虑了其它施用途径，如透皮贴片和直肠施用。例如，用于直肠施用的药物剂量形式为用于全身性作用的直肠栓剂、胶囊和片剂。在本文中使用的直肠栓剂表示用于插入到直肠中的固体，其在体温下熔化或软化，从而释放一种或多种药理学或治疗性活性成分。在直肠栓剂中使用的药物可用的物质为基底或媒介物和提高熔点的试剂。基底的实例包括可可脂(可可豆油)、甘油明胶、聚乙二醇(聚氧乙二醇)和脂肪酸的甘油单、二和三酯的适当混合物。可以使用多种基底的组合。提高栓剂熔点的试剂包括鲸蜡和蜡。可以通过挤压法或模制法制备直肠栓剂。直肠栓剂的示例性重量为约2至3克。使用相同的药物可用的物质并且通过与用于口服施用的制剂相同的方法生产用于直肠施用的片剂和胶囊。
可以通过缓释方式或通过本领域那些技术人员熟知的递送装置施用本文所提供的fti或具有fti的药物组合物。实例包括(但不限于)美国专利no.：3,845,770；3,916,899；3,536,809；3,598,123；和4,008,719、5,674,533、5,059,595、5,591,767、5,120,548、5,073,543、5,639,476、5,354,556、5,639,480、5,733,566、5,739,108、5,891,474、5,922,356、5,972,891、5,980,945、5,993,855、6,045,830、6,087,324、6,113,943、6,197,350、6,248,363、6,264,970、6,267,981、6,376,461、6,419,961、6,589,548、6,613,358、6,699,500和6,740,634中所述的那些，以上每篇专利作为参考并入本文。通过以不同的比例使用(例如)羟丙基甲基纤维素、其它聚合物基质、凝胶、渗透膜、渗透系统、多层涂层、微粒、脂质体、微球或它们的组合以提供所需的释放分布图，这些剂量形式可以用于提供fti的缓慢或控制释放。可以容易地选择包括本文所述的那些在内的本领域那些技术人员已知的适合的缓释制剂以用于和本文所提供的活性成分一起使用。
所有控释药物产品具有共同的目标：改善药物疗法以优于其不控释的对应物。在一个实施方式中，在医学治疗中优化设计的控释制剂的使用的特征在于在最短的时间内使用最少的药物物质来治愈或控制病况。在某些实施方式中，控释制剂的优势包括延长的药物活性、降低的剂量频率和提高的患者顺应性。另外，控释制剂可以用于影响作用或其它特征的发生时间，如药物的血液水平，并因此可以影响副作用(例如，不良作用)的发生。
大部分控释制剂设计在开始时释放快速产生所需治疗效果的药物(活性成分)量，并逐渐和不断地释放其它量的药物以在延长的一段时间内维持这种治疗效果的水平。为了在体内维持药物的这种恒定水平，必须以将替代代谢掉和从体内排出的药物量的速率从所述剂量形式中释放药物。可以通过多种条件刺激活性成分的控释，其包括(但不限于)ph、温度、酶、水或其它生理条件或化合物。
在某些实施方式中，可以使用静脉内输注、可植入渗透泵、透皮贴剂、脂质体或其它施用方式施用fti。在一个实施方式中，可以使用泵(参见，sefton,crccrit.ref.biomed.eng.14:201(1987)；buchwald等人,surgery88:507(1980)；saudek等人,n.engl.j.med.321:574(1989)。在另一个实施方式中，可以使用聚合物材料。在另一个实施方式中，可以将控释系统放置在治疗目标附近，即因此仅需要全身剂量的一部分(参见，例如，goodson,medicalapplicationsofcontrolledrelease,第2卷,第115-138页(1984))。
在一些实施方式中，在不正确的免疫激活或肿瘤附近，向对象中引入控释装置。在langer的综述(science249:1527-1533(1990))中讨论了其它缓释系统。可以将f分散在不溶于体液的固体内部基质中，例如，聚甲基丙烯酸甲酯、聚甲基丙烯酸丁酯、增塑或未增塑的聚氯乙烯、增塑尼龙、增塑的聚对苯二甲酸乙二醇酯、天然橡胶、聚异戊二烯、聚异丁烯、聚丁二烯、聚乙烯、乙烯-乙酸乙烯酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、硅酮碳酸酯共聚物、亲水性聚合物，如丙烯酸和甲基丙烯酸酯类的水凝胶、胶原、围绕有外部聚合物膜的交联聚乙烯醇和交联的部分水解的聚乙酸乙烯酯，如聚乙烯、聚丙烯、乙烯/丙烯共聚物、乙烯/丙烯酸乙酯共聚物、乙烯/乙酸乙烯酯共聚物、硅酮橡胶、聚二甲基硅氧烷、氯丁橡胶、氯化聚乙烯、聚氯乙烯、氯乙烯与乙酸乙烯酯共聚物、偏二氯乙烯、乙烯和丙烯、离聚物聚对苯二甲酸乙二醇酯、丁基橡胶表氯醇橡胶、乙烯/乙烯醇共聚物、乙烯/乙酸乙烯酯/乙烯醇三元共聚物和乙烯/乙烯氧基乙醇共聚物。然后，活性成分在释放速率控制步骤中扩散通过外部聚合物膜。这类肠胃外组合物中所含了活性成分的百分比高度依赖其特定性质以及对象的需要。
所述fti或者fti的药物组合物可以作为包含下列内容的制品包装：包装材料、本文所提供的化合物或其药物可用的盐，其用于癌症，包括血液学癌症和实体瘤的一种或多种症状或发展的治疗、预防或改善，和指明所述化合物或其药物可用的盐用于癌症，包括血液学癌症和实体瘤的一种或多种症状或发展的治疗、预防或改善的标签。
本文所提供的制品含有包装材料。在包装药物产品中使用的包装材料对本领域技术人员是熟知的。参见，例如，美国专利no.5,323,907、5,052,558和5,033,252。药物包装材料的实例包括(但不限于)泡罩包装、瓶、管、吸入器、泵、袋、小瓶、盒、注射器、笔、瓶和适合于所选制剂和预期施用和治疗形式的任何包装材料。考虑了所述化合物和本文提供的组合物的宽泛制剂系列。
在一些实施方式中，口服或肠胃外施用治疗有效量的具有fti的药物组合物。在一些实施方式中，作为单一剂量或者再分成不止一个剂量，以每天1至多达1500mg/kg的量，或者更具体地，以每天10至1200mg/kg的量，口服施用具有替吡法尼作为活性成分的药物组合物。在一些实施方式中，以每日100mg/kg、每日200mg/kg、每日300mg/kg、每日400mg/kg、每日500mg/kg、每日600mg/kg、每日700mg/kg、每日800mg/kg、每日900mg/kg、每日1000mg/kg、每日1100mg/kg或每日1200mg/kg的量口服施用具有替吡法尼作为活性成分的药物组合物。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
在一些实施方式中，以每天200-1500mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天200-1200mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天200mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天300mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天400mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天500mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天600mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天700mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天800mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天900mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天1000mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天1100mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天1200mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900、925、950、975、1000、1025、1050、1075、1100、1125、1150、1175或1200mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天1300mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，以每天1400mg的剂量施用fti。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
在一些实施方式中，以200-1400mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以300-1200mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以300-900mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以600mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以700mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以800mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以900mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以1000mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以1100mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以1200mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，以300、325、350、375、400、425、450、475、500、525、550、575、600、625、650、675、700、725、750、775、800、825、850、875、900、925、950、975、1000、1025、1050、1075、1100、1125、1150、1175或1200mg的剂量(b.i.d)施用fti。在一些实施方式中，在本文所提供的组合物和方法中使用的fti是替吡法尼。
如本领域的常规技术人员将理解的，根据所使用的剂量形式、患者的状况和敏感性、施用途径以及其它因素，剂量是不同的。根据与需要治疗的对象有关的因素，将通过开业医生确定确切剂量。调节剂量和施用以提供足够的活性成分水平或维持所期望的效果。可以考虑的因素包括疾病状况的严重程度、对象的一般健康状况、对象的年龄、体重和性别、饮食、施用时间和频率、药物组合、反应敏感性和对疗法的耐受性/反应。在治疗循环期间，所述日剂量可以是不同的。在一些实施方式中，可以在治疗循环内滴度下调(titrateddown)起始剂量。在一些实施方式中，可以在治疗循环内滴度上调(titratedup)起始剂量。最终剂量可以取决于剂量限制性毒性及其它因素的发生。在一些实施方式中，以每天300mg的起始剂量并升高至每天400mg、500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg的最大剂量来施用fti。在一些实施方式中，以每天400mg的起始剂量并升高至每天500mg、600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg的最大剂量来施用fti。在一些实施方式中，以每天500mg的起始剂量并升高至每天600mg、700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg的最大剂量来施用fti。在一些实施方式中，以每天600mg的起始剂量并升高至每天700mg、800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg的最大剂量来施用fti。在一些实施方式中，以每天700mg的起始剂量并升高至每天800mg、900mg、1000mg、1100mg或1200mg的最大剂量来施用fti。在一些实施方式中，以每天800mg的起始剂量并升高至每天900mg、1000mg、1100mg或1200mg的最大剂量来施用fti。在一些实施方式中，以每天900mg的起始剂量并升高至每天1000mg、1100mg或1200mg的最大剂量来施用fti。可以一次或逐步进行剂量递增。例如，可以通过在4天的过程中每天增加100mg，或者通过在2天的过程中每天增加200mg，或者通过一次增加400mg，将每天600mg的起始剂量升高至每天1000mg的最终剂量。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。
在一些实施方式中，以相对高的起始剂量施用fti并根据患者反应及其它因素滴度下调至较低的剂量。在一些实施方式中，以每天1200mg的起始剂量施用fti并降低至每天1100mg、1000mg、900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg的最终剂量。在一些实施方式中，以每天1100mg的起始剂量施用fti并降低至每天1000mg、900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg的最终剂量。在一些实施方式中，以每天1000mg的起始剂量施用fti并降低至每天900mg、800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg的最终剂量。在一些实施方式中，以每天900mg的起始剂量施用fti并降低至每天800mg、700mg、600mg、500mg、400mg或300mg的最终剂量。在一些实施方式中，以每天800mg的起始剂量施用fti并降低至每天700mg、600mg、500mg、400mg或300mg的最终剂量。在一些实施方式中，以每天600mg的起始剂量施用fti并降低至每天500mg、400mg或300mg的最终剂量。可以一次或逐步进行剂量降低。在一些实施方式中，所述fti是替吡法尼。例如，可以通过在3天的过程中每天降低100mg或者一次降低300mg将每天900mg的起始剂量降低为每天600mg的最终剂量。
治疗循环可以具有不同的长度。在一些实施方式中，治疗循环可以为1周、2周、3周、4周、5周、6周、7周、8周、3个月、4个月、5个月、6个月、7个月、8个月、9个月、10个月、11个月或12个月。在一些实施方式中，治疗循环为4周。治疗循环可以具有间歇时间安排。在一些实施方式中，2-周治疗循环可以具有5-天剂量施用，然后9-天停止。在一些实施方式中，2-周治疗循环可以具有6-天剂量施用，然后8-天停止。在一些实施方式中，2-周治疗循环可以具有7-天剂量施用，然后7-天停止。在一些实施方式中，2-周治疗循环可以具有8-天剂量施用，然后6-天停止。在一些实施方式中，2-周治疗循环可以具有9-天剂量施用，然后5-天停止。
在一些实施方式中，在重复的4周循环中，在4周中的3周每天施用fti。在一些实施方式中，在重复的4周循环中，每隔一周(1周施用，1周停止)每天施用fti。在一些实施方式中，在重复的4周循环中，在4周中的3周以300mg的剂量口服施用(b.i.d.)fti。在一些实施方式中，在重复的4周循环中，在4周中的3周以600mg的剂量口服施用(b.i.d.)fti。在一些实施方式中，在重复的4周循环中，每隔一周(1周施用，1周停止)以900mg的剂量口服施用(b.i.d.)fti。在一些实施方式中，每隔一周(在重复的28天循环中第1-7天和第15-21天)以1200mg的剂量口服施用(b.i.d.)fti。在一些实施方式中，在重复的28-天循环中的第1-5和15-19天以1200mg的剂量口服施用(b.i.d.)fti。
在一些实施方式中，可以使用每隔一周900mgbid替吡法尼的治疗方案。在所述治疗方案下，患者在28-天的治疗循环中在1-7天和15-21天接受900mg，po，bid的起始剂量。在不存在难以控制的毒性的情况下，对象可以继续接受替吡法尼治疗至长达12个月。如果对象对所述治疗耐受良好，则所述剂量还可以升高至1200mgbid。还可以包括逐步的300mg剂量降低至对照治疗-相关的治疗-急性毒性。
在一些其它实施方式中，在28-天的治疗循环中，以每天300mgbid的剂量口服施用替吡法尼21天，然后停止1周(21-天时间表；chengdt等人,jmoldiagn.(2015)17(3):251-64)。在一些实施方式中，采用了范围在25至1300mg的5-天剂量施用，然后停止9天的方案(5-天时间表；zujewskij.,jclinoncol.,(2000)feb；18(4):927-41)。在一些实施方式中，采用了7-天bid剂量施用，然后停止7天的方案(7-天时间表；larapnjr.,anticancerdrugs.,(2005)16(3):317-21；kirschbaummh,leukemia.,(2011)oct；25(10):1543-7)。在7-天时间表中，患者可以接受300mgbid的起始剂量，并以300mg剂量递增至1800mgbid的最大计划剂量。在7-天时间表研究中，患者还可以在28-天循环的1-7天和15-21天以高达1600mgbid的剂量接受替吡法尼bid。
在先前的研究中，当以每天两次剂量施用计划表施用时，fti显示抑制哺乳动物肿瘤的生长。据发现以每天单一剂量施用fti1-5天产生了显著的肿瘤生长抑制，其持续至少21天。在一些实施方式中，以50-400mg/kg的剂量范围施用fti。在一些实施方式中，以200mg/kg施用fti。特异性fti的剂量施用方案在本领域中是熟知的(例如，美国专利no.6838467，该专利以其全部内容作为参考并入本文)。例如，在以上作为参考并入本文的专利说明书中提供了化合物阿加来必(wo98/28303)、紫苏醇(wo99/45712)、sch-66336(美国专利no.5,874,442)、l778123(wo00/01691)、2(s)-[2(s)-[2(r)-氨基-3-巯基]丙基氨基-3(s)-甲基]-戊氧基-3-苯基丙酰-蛋氨酸砜(wo94/10138)、bms214662(wo97/30992)、azd3409；pfizer化合物a和b(wo00/12499和wo00/12498)的适合的剂量，并且所述剂量对于本领域技术人员是已知的或者可以容易地确定。
对于紫苏醇，所述药剂可以每天每150lb人患者施用1-4g。在一个实施方式中，1-2g每天每150lb人患者。根据具体应用，通常可以以约0.1mg至100mg，更优选地约1mg至300mg的单位剂量施用sch-66336。可以以每天约0.1mg/kg体重至约20mg/kg体重，优选地每天0.5mg/kg体重至约10mg/kg体重之间的量向人患者施用化合物l778123和1-(3-氯苯基)-4-[1-(4-氰苄基)-5-咪唑基甲基]-2-哌嗪酮。
可以以单一或划分(即多个)剂量以约1.0mg至高达约500mg每天，优选地，约1至约100mg每天的剂量范围施用pfizer化合物a和b。通常将以单一或划分剂量，以约0.01至约10mg每kg体重每天的每天剂量范围施用治疗性化合物。可以以单一剂量或者以2至4个划分剂量，以约0.05至200mg/kg/天，优选地小于100mg/kg/天的剂量范围施用bms214662。
在一些实施方式中，所述fti治疗与放疗或放射疗法组合施用。放射疗法包括使用γ-射线、x-射线和/或放射性同位素向肿瘤细胞的直接递送。还考虑了其它形式的dna破坏因素，如微波、质子束辐射(美国专利no.5,760,395和4,870,287；以上专利以其全部内容作为参考并入本文)和uv照射。很可能所有这些因素影响了对dna、dna前体、dna的复制和修复以及染色体的组装和维持的大量损害。
在一些实施方式中，施用了使宿主中肿瘤对辐射有效敏感的治疗有效量的具有fti的药物组合物(美国专利no.6545020，该专利以其全部内容作为参考并入本文)。辐射可以是电离辐射，和具体地γ幅射。在一些实施方式中，通过线性加速器或者通过放射性核素发射γ幅射。通过放射性核素对肿瘤的辐射可以是外部的或内部的。
辐射还可以是x射线辐射。x射线的剂量范围在持续一段时间(3-4周)的50至200伦琴的每日剂量至2000至6000伦琴的单次剂量。放射性同位素的剂量范围广泛不同，并取决于同位素的半衰期、所发射的辐射的强度和类型以及赘生性细胞的吸收。
在一些实施方式中，在肿瘤辐射之前，所述药物组合物的施用开始长达1个月，具体地长达10天或1周。另外，将肿瘤辐射分级，并将药物组合物的施用维持在第一次和最后一次辐射期之间的间隔中。
fti的量、辐射剂量和辐射剂量的间隔将取决于一系列参数，如肿瘤类型、其位置、患者对化疗或放疗的反应，并且最终由医师和放射学家在每个个体病例中确定。
c.组合疗法
在一些实施方式中，本文所提供的方法还包含施用治疗有效量的第二活性剂或支持护理疗法。所述第二活性剂可以是化疗剂。可以通过其在细胞内的活性形式来对化疗剂或药物分类，例如，它们是否影响细胞周期以及它们在那个阶段影响细胞周期。作为另外一种选择，可以基于其直接交联dna、插入到dna中或通过影响核酸合成引起染色体和有丝分裂畸变的能力来鉴别试剂。
化疗剂的实例包括烷化剂，如塞替派和环磷酰胺；烷基磺酸盐，如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮丙啶，如苯佐替哌(benzodopa)、卡波醌、美妥替哌(meturedopa)和乌瑞替哌(uredopa)；乙撑亚胺类和甲基蜜胺类，包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(具体地，布拉他辛(bullatacin)和布拉它辛酮(bullatacinone))；喜树碱(包括合成的类似物拓扑替康)；苔藓抑素；callystatin；cc-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；念珠藻素(具体地，念珠藻素1和念珠藻素8)；尾海兔素；倍癌毒素(包括合成类似物kw-2189和cb1-tm1)；五加苷素(eleutherobin)；水鬼蕉碱(pancratistatin)；珊瑚素(sarcodictyin)；海绵抑制素；氮芥类，如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、氮芥氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴、胆甾醇对苯乙酸氮芥、泼尼莫司汀、曲磷胺和乌拉莫司汀；亚硝基脲类，如卡莫司汀、吡葡亚硝脲、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素类，如烯二炔类抗生素(例如，卡里奇霉素(calicheamicin)，特别是卡里奇霉素γ1和卡里奇霉素ω1)；达内霉素(dynemicin)，包括达内霉素a；二膦酸酯，如氯屈膦酸；埃斯培拉霉素(esperamicin)；以及新制癌菌素发色团和相关色蛋白烯二炔抗生素发色团、阿克莱诺霉素(aclacinomysins)、放线菌素、安曲霉素、偶氮丝氨酸、博来霉素、放线菌素c、卡洛比星(carabicin)、洋红霉素、嗜癌菌素、色霉素(chromomycinis)、放线菌素d、柔红霉素、地托比星、6-重氮-5-氧-l-正亮氨酸、多柔比星(包括吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉并-多柔比星和脱氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素，如丝裂霉素c、麦考酚酸、诺加霉素(nogalarnycin)、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素(potfiromycin)、嘌罗霉素、三铁阿霉素(quelamycin)、罗多比星、链黑霉素、链佐星、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁和佐柔比星；抗代谢产物，如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-fu)；叶酸类似物，如二甲叶酸、蝶罗呤和三甲曲沙；嘌呤类似物，如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫唑嘌呤胺和硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、二脱氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨和氮尿苷；雄激素，如卡普睾酮、屈他雄酮丙酸酯、环硫雄醇、美雄烷和睾内酪；抗肾上腺剂，如米托坦和曲洛司坦；叶酸补充剂，如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基-γ-酮戊酸；恩尿嘧啶；安吖啶；贝塔布辛(bestrabucil)；比生群；依达曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；秋水仙胺；地吖醌；依氟鸟氨酸(elformithine)；依利醋铵；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；蘑菇多糖；氯尼达明(lonidainine)；美登素，如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇(mopidanmol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁；苯来美特；吡柔比星；洛索蒽醌；足叶草酸；2-乙基酰肼；丙卡巴肼；psk多糖复合物；雷佐生；根霉素；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2”-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素类(具体地，t-2毒素、verracurina、杆孢菌素a和蛇形菌素(anguidine))；氨基甲酸乙酯；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；gacytosine；阿拉伯糖苷(“ara-c”)；环磷酰胺；紫杉烷类，例如，紫杉醇和多西他赛、吉西他滨；6-硫代鸟嘌呤；巯嘌呤；铂配位络合物，如顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春碱；铂；依托泊苷(vp-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；长春瑞滨；诺安托(novantrone)；替尼泊苷；依达曲沙；道诺霉素；氨基蝶呤；希罗达；伊班膦酸；伊立替康(例如，cpt-11)；局部异构酶抑制剂rfs2000；二氟甲基鸟氨酸(dmfo)；类视黄醇，如视黄酸；卡培他滨；卡铂、丙卡巴肼、普利霉素(plicomycin)、吉西他滨、长春瑞滨、反铂(transplatinum)以及上述任何化合物的药物可用的盐、酸或衍生物。
第二活性剂可以是大分子(例如，蛋白质)或小分子(例如，合成的无机、有机金属或有机分子)。在一些实施方式中，第二活性剂是dna-低甲基化剂、特异性结合至癌症抗原的治疗性抗体、造血生长因子、细胞因子、抗癌剂、抗生素、cox-2抑制剂、免疫调节剂、抗胸腺细胞球蛋白、免疫抑制剂、皮质类固醇或其药理学活性突变体或衍生物。
在一些实施方式中，第二活性剂是dna低甲基化剂，如胞苷类似物(例如，阿扎胞苷)或5-脱氧杂氮胞苷(例如，地西他滨)。在一些实施方式中，第二活性剂是细胞减灭剂，其包括(但不限于)induction、拓扑替康、hydrea、po、依托泊苷、来那度胺、ldac和硫鸟嘌呤。在一些实施方式中，第二活性剂为米托蒽醌、依托泊苷、阿糖胞苷或戊司泊达。在一些实施方式中，第二活性剂为米托蒽醌加戊司泊达、依托泊苷加戊司泊达或者阿糖胞苷加戊司泊达。在一些实施方式中，第二活性剂为伊达比星、氟达拉滨、拓扑替康或ara-c。在一些其它实施方式中，第二活性剂为伊达比星加ara-c、氟达拉滨加ara-c、米托蒽醌加ara-c或拓扑替康加ara-c。在一些实施方式中，所述第二活性剂为奎宁。可以使用以上指明的试剂的其它组合，并且可以通过医师确定剂量。
对于本文所述的任何特定癌症类型，如本文所述的或者另外如本领域中可用的治疗可以与fti治疗组合使用。例如，可以与fti组合用于ptcl的药物包括由spectrumpharmaceuticals上市的贝利司他
非细胞毒性疗法，如tpralatrexate
在一些实施方式中，考虑可以在fti治疗之前、同时或之后施用与fti组合使用的第二活性剂或第二疗法。在一些实施方式中，可以在fti治疗之前施用与fti组合使用的第二活性剂或第二疗法。在一些实施方式中，可以与fti治疗同时施用与fti组合使用的第二活性剂或第二疗法。在一些实施方式中，可以在fti治疗之后施用与fti组合使用的第二活性剂或第二疗法。
所述fti治疗还可以与骨髓移植组合施用。在一些实施方式中，在骨髓移植之前施用fti。在其它实施方式中，在骨髓移植之后施用fti。
本领域的常规技术人员将理解本文所述的方法包括使用特定fti、制剂、剂量施用方案、其它疗法的任何排列或组合来治疗本文所述的对象。
在一些实施方式中，选择用于替吡法尼治疗的患有ptcl的对象在重复的4周循环中，每隔一周(1周施用，1周停止)口服接受900mg的剂量(b.i.d.)。
在一些实施方式中，选择用于替吡法尼治疗的患有ptcl的对象在重复的4周循环中，每隔一周(1周施用，1周停止)口服接受600mg的剂量(b.i.d.)。
应理解在本文所提供的本发明的定义内还提供了基本上不影响本发明的多个实施方式的活动的修改。因此，以下实施例旨在说明但不限制本发明。将所有本文引用的参考文献以其全部内容作为参考并入。
实施例i
嗜中性白细胞减少可以预测mds中对替吡法尼的临床反应
在82位高风险mds/cmml对象中进行了替吡法尼的临床研究(300mgbid(每天两次)，3周用药/1周停药)。在研究开始时，67位对象是输血依赖性的(td)，其中将在筛选期间至替吡法尼第一次施用时接受一次或几次红细胞(rbc)输血的对象分类为td。发现接受替吡法尼的这初始67位td对象中的11位(16％)转化为输血不依赖性的(ti)，其从55天持续至666天。
图1a显示了显示这67位输血依赖性mds对象的试验结果的回顾性分析结果的图。起初，在接受替吡法尼之前，基于他们<1,000个细胞/μl血液的绝对嗜中性白细胞计数(anc)，将30/67(45％)位mds对象分类为患有中度至重度嗜中性白细胞减少。剩余37/67(55％)位mds对象的anc≥1,000个细胞/μl血液。在替吡法尼研究期间，9/30(30％)位患有中度至重度嗜中性白细胞减少的mds对象和2/37(5％)位未患有中度至重度嗜中性白细胞减少的mds对象转化为输血不依赖性的。发现9/30(30％)位患有中度至重度嗜中性白细胞减少的mds对象具有>1％的高周围血液(bi)胚细胞计数，剩余21/30(70％)位患有嗜中性白细胞减少的mds对象具有≤1％的低外周胚细胞计数。在临床研究期间，发现1/9(11％)位患有嗜中性白细胞减少且具有高外周胚细胞计数的mds对象转化为输血不依赖性的，然而8/21(38％)位患有嗜中性白细胞减少且具有低外周胚细胞计数的mds对象转化为输血不依赖性的。发展为输血不依赖性的大部分对象具有发生aml的中等(int)风险。
图1b显示了图1a的临床替吡法尼研究期间的接受者工作特征(roc)曲线，其显示在接受替吡法尼之前，嗜中性白细胞减少作为向输血不依赖性的转化的预测因子的使用。使用anc≤1,100个细胞/μl血液作为患有嗜中性白细胞减少的mds对象的分类标准，以82％的敏感性和63％的特异性预测了向输血不依赖性的转化(p＝0.005)。
图1c显示了在研究开始时，在患有嗜中性白细胞减少的示例性mds对象(筛选时的anc＝400个细胞/μl血液)中的临床替吡法尼研究期间对所观察到的血小板和白细胞计数所绘制的图。在两个替吡法尼施用循环(300mgbid，3周用药/1周停药)后，在mds对象中观察到血小板和白细胞(wbc)计数升高，并且所述对象从红细胞(rbc)和血小板输血依赖性转变成输血不依赖性的。发现对rbc和血小板输血的不依赖性持续了308天的一段时期。
本实施例表明嗜中性白细胞减少可以是患有mds的癌症患者中预测对替吡法尼的反应性的有用标志物。发现替吡法尼在将输血依赖性患者向输血不依赖性的患者的转化中特别有效。还在研究开始时，anc<1000个细胞/μl血液的对象中发现了大部分客观反应(cr、crp、pr)。
实施例ii
通过嗜中性白细胞减少和/或低血液胚细胞血细胞计数所显示的骨髓细胞的骨髓归巢可以预测aml中替吡法尼的临床益处
在患有高危aml的新诊断的老年患者(ctep-20，2期)和复发性和难治性aml(int-17，2期)的患者中实施了使用替吡法尼的临床研究。这些研究中的患者选择不基于遗传标志物。报道了替吡法尼单一试剂活性的轶事证据。然而，整个患者群体的整体临床活性不支持替吡法尼注册。另外，与作为患有新诊断的、新生的或者继发性aml的老年患者中的一线疗法的bsc(包括羟基脲)相比，同期的ph3研究(aml301，n＝457)不能鉴别出提高的替吡法尼效力(危险比＝1.02，不显著)。在aml301中，对于替吡法尼组，整体研究的中值os为107天，对于bsc组，为109天。
图2a显示了在来自患有高危aml(ctep-20)的老年患者的样品中所观察到的骨髓胚细胞、血液胚细胞和wbc的量取决于患者骨髓中的cxcl12表达水平的图。发现尽管存在高骨髓胚细胞百分比，但是高cxcl12表达与低循环血液胚细胞有关。这些结果表明cxcl12表达升高导致aml胚细胞向患者骨髓的归巢增加。
图2b显示了两个替吡法尼试验(上图：ctep-20；下图：aml-301)的结果。就无恶化存活期(pfs，ctep20)或存活(aml301)而言，具有低循环血液胚细胞百分比(<1和<10％)和高骨髓胚细胞百分比(>40％)的aml患者获得了替吡法尼治疗的临床益处。在具有高bm胚细胞和低外周胚细胞的患者亚组中，替吡法尼治疗的中值存活大致加倍(201天)，而对于bsc未观察到归巢作用。aml301患者n＝82(研究规模的18％)，hr＝0.58，109(bsc)vs201(替吡法尼)天，p＝0.019。这些结果表明低血液胚细胞计数和高骨髓胚细胞计数的使用鉴别了经历更好的替吡法尼治疗结局的aml患者群体。
图2c显示了两次替吡法尼试验(上图：ctep-20；下图：aml-301)的结果，其表明治疗前bmr<0.1的替吡法尼-治疗的aml患者(ctep-20：n＝57；aml-301：n＝73)显示出93天(ctep-20)或83天(aml-301)的无恶化存活期(pfs)。治疗前bmr≥0.1的替吡法尼-治疗的aml患者(ctep-20：n＝84；aml-301：n＝140)显示出47天(ctep-20)或60天(aml-301)的中值pfs。这些结果表明替吡法尼施用之前aml患者中较低的血液-与-骨髓胚细胞的比值与使用替吡法尼的更好的临床结局有关。
图3a-h显示了具有不同程度的嗜中性白细胞减少的老年或虚弱aml患者亚组的临床替吡法尼试验结果(aml-301)。图3a显示了接受替吡法尼或参考治疗的所有患者随时间的存活概率。图3b-3f显示了wbc>2.1×109个细胞/l且anc<1.2×109个细胞/l(图3b)、anc<1.0(图3c)、anc<0.8(图3d)、anc<0.6(图3e)和anc<0.4(图3f)的aml患者亚组中的存活概率。这些结果表明在wbc在正常范围中的aml对象中，嗜中性白细胞减少的增加与改善的替吡法尼的临床益处有关。图3g显示了anc<1且wbc<2(左图)或者wbc>2(右图)的白细胞减少患者参考组的结果。这些结果表明在aml对象中，孤立性中性粒细胞减少，但不是整体白细胞减少(低wbc，表明骨髓抑制)与改善的替吡法尼的临床益处有关。图3h显示了anc<1且血小板计数<50×109个细胞/l(左图)或者>50(右图)的患者的结局。这些结果表明在aml对象中，孤立性中性粒细胞减少，但不是血小板减少(通过低血小板指示)与改善的替吡法尼的临床益处有关。
图4a显示了接受替吡法尼或参考治疗(aml-301)的患有嗜中性白细胞减少(anc<1,000/μl血液)的aml患者的存活概率。基于骨髓胚细胞计数(左上图(mb<45％)和右上图(mb>45％))或者外周胚细胞计数(左下图(pb<20％)和右下图(pb>20％))，划分图4a中所示的患者亚群。发现具有较高骨髓胚细胞计数和较低外周胚细胞计数的aml对象获得了更大的替吡法尼临床益处。图4b显示出比较使用替吡法尼或参考疗法治疗的具有嗜中性白细胞减少(anc<1,000/μl血液)的aml患者中wbc、anc、pb和mb计数的对照图。图4c显示了以bmr的三分位组，比较使用替吡法尼或参考药物治疗的患者中的整体存活期的对照图。总之，这些结果表明骨髓胚细胞的升高和血液胚细胞的降低预测了接受替吡法尼的具有嗜中性白细胞减少的aml患者中的改善的存活概率。bmr在低三分位组，bmr<0.027中的患者显示出比aml301中使用bsc更好的使用替吡法尼的结局。
图5a显示接受替吡法尼或参考疗法(n＝135；aml-301研究的30％)的具有以anc/wbc<0.4为特征的嗜中性白细胞减少、wbc>2且血小板(ptl)>20的aml患者的存活概率。该患者组中的anc部份低于正常下限(lln；≤40％)，wbc至少处于lln(>2giga/l)并且血小板计数较低，但高于出血水平(>20giga/l)。该患者群体的危险比确定为0.7(bsc的中值存活期为98天vs.替吡法尼的146)，p＝0.046。这些结果表明使用相对温和的血液学选择标准，在具有嗜中性白细胞减少的aml患者群体中实现了替吡法尼的临床益处。
图5b显示了具有以anc/wbc<0.3为特征的嗜中性白细胞减少且骨髓胚细胞>60％的aml患者的存活概率(n＝110；aml-301研究的24％)。该患者群体的危险比确定为0.67，p＝0.08。这些结果表明在具有严重嗜中性白细胞减少和高肿瘤负荷的aml患者中实现了替吡法尼的临床益处。
图6a和6b显示了显示复发性或难治性aml对象(int-17r/raml)的替吡法尼试验的结果的图。在难治性aml研究中，大部分对象显示出嗜中性白细胞减少和骨髓抑制。一般地，发现难治性aml对象的骨髓表达低水平的cxcl12。小的对象亚组(～15％)表现出高水平的cxcr4、肿瘤细胞的骨髓归巢和对替吡法尼的敏感性。图6a显示了基于cxcr4表达水平划分的复发性或难治性aml患者中血液胚细胞的相对计数。发现相对于表达较低水平的cxcr4的对象，表达较高水平的cxcr4的难治性或复发性aml对象具有显著降低的血液胚细胞计数。图6b显示了基于cxcr4表达水平划分的复发性或难治性aml对象的pfs概率。过表达cxcr4的aml对象(n＝8；中值pfs＝143天)具有比cxcr4表达水平相对较低的aml对象(n＝49；中值pfs＝29天)更好的临床结局。这些结果表明低循环胚细胞计数和cxcr4过表达与复发性或难治性aml中的临床益处相关。
图6c显示了根据cxcr4/cxc2比值的五分位组，在int-17研究中，用替吡法尼治疗的复发性或难治性aml对象的存活概率。cxcr4/cxcr2比值数据对于经历87天的整体存活期的57位对象可用。cxcr4/cxcr2五分位组1至5的中值存活期分别为56、78、44、105和182天，p＝0.057。插图：cxcr4/cxcr2比值亚组的第五五分位组与其余对象的比较。中值存活分别为182相对于74天，hr＝0.52，p＝0.04。这些数据表明在它们的骨髓中具有高cxcr4与cxcr2的表达比值的复发性/难治性aml对象获得了更好的替吡法尼疗法的临床益处。
图7.(a)具有高cxcr4/cxcr2比值的先前未治疗的老年或不适aml对象相对于ctep-20研究中招募的其它患者的pfs概率。结局和表达数据对于34位研究对象可用。骨髓cxcr4/cxcr2表达比值在上四分位组的对象的中值存活期为406天，相对于第1-3四分位组中的67天，hr＝0.44，p＝0.09。中值整体pfs为84天。(b)具有高cxcr4/cxcr2比值的先前未治疗的老年或不适aml对象相对于ctep-20研究中的其它患者的存活概率。骨髓cxcr4/cxcr2表达比值在上四分位组的对象的中值存活期为728天，相对于第1-3四分位组中的179天，hr＝0.26，p＝0.07。中值整体存活期为233天。这些数据表明具有高cxcr4/cxcr2表达的先前未治疗的aml患者获得了替吡法尼治疗的临床益处。
总之，实施例显示高cxcl12表达可以与骨髓归巢(参见，例如，图2a)以及aml中对替吡法尼的改善的反应(参见，例如，图2b)有关。此外，不受理论的限制，我们相信继发于骨髓cxcl12归巢(例如，如通过低bmr所指示的)的嗜中性白细胞减少是aml和mds中替吡法尼活性的有用的生物标志物。
实施例iii
cxcl12表达或者cxcl12/cxcr4表达比值可以预测替吡法尼在多种血液学恶性肿瘤中的临床益处
在ctep20研究中，在具有可用的bm基因表达数据的34个pts中观察到了疾病发展(pd)的9个完全反应(cr)和13个最佳反应。单独的cxcl12表达或者作为与其受体cxcr4的表达比值预测了对替吡法尼治疗的完全反应(p＝0.08，p＝0.001)(图20a)。cxcl12和cxcl12/cxcr4比值还指示了在具有可用的gep的13位高度晚期的复发性/难治性ptcl患者中所观察到的2个部分反应(pr)(p＝0.009，p＝0.0007)(图20b)。在具有可用的治疗前bm基因表达数据的17位替吡法尼-治疗的cmml对象中报道了4例客观反应和1例肿瘤溶胞综合征(图20c)。cxcl12表达(p＝0.07)和cxcl12/cxcr4比(p＝0.03)预测了那些事件(图20c)。在int-17研究中，在具有可用的bm基因表达数据的58位患者中仅报道了3例cr。在具有高治疗前cxcr4bm表达的对象中观察到了那些cr中的2例。总之，这些数据表示cxcl12表达或者cxcl12/cxcr4表达比可以预测替吡法尼在多种血液学恶性肿瘤中的临床益处
实施例iv
替吡法尼治疗降低了cxcl12表达
使用elisa确定接受替吡法尼治疗的ptcl患者中的血浆cxcl12水平。如图21a所示，接受替吡法尼至少30天的3位患者在约第30天显示出血浆cxcl12水平降低。使用原代cd1小鼠bm培养和抗体阵列研究了替吡法尼对骨髓(bm)的趋化因子和细胞因子分泌的影响。如图21b所示，cxcl12是该模型中大量分泌的细胞因子，并且在用100nm替吡法尼治疗后，其水平降低。
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