用于癌症治疗的多肽的制作方法

发明领域本发明提供了用于癌症的预防性疫苗接种和/或治疗性治疗的方法、多肽和所述多肽和/或其编码核酸的组合物，和多肽在治疗和/或预防癌症、和/或改善用于治疗癌症的药剂的疗效中的用途。

背景技术：

0、发明背景

1、癌症可能是由于基因的突变、引入或异位表达而引起的，这些基因在功能上与细胞周期调节相关，并导致在称为“转化”的过程中失调的细胞分裂。此类突变可能是肿瘤抑制基因中的功能丧失突变，导致无法抑制细胞周期的进展，和/或可能是原癌基因中的功能获得性突变，导致异位信号传导和细胞周期加速.例如，存在于已感染hpv的个体中的病毒hpv e6和e7癌蛋白通过各种机制促进细胞周期进程，其中包括抑制肿瘤抑制基因p53(e6)和prb(e7)。

2、免疫系统的正常功能是通过识别某些区分健康细胞和异常细胞的肿瘤特异性抗原(‘tsas’)和肿瘤相关抗原(‘taas’)、细胞表面或分泌的分子标记来破坏癌细胞。这通常被称为“消除阶段”。随着时间的推移，由于患病组织内的持续突变，癌症的生长速度可能会超过免疫细胞破坏癌细胞的能力。在这些突变中，有一些突变允许癌细胞逃避免疫系统的检测，或者以其他方式抑制免疫系统的功能。这种突变的一个例子，也是许多癌症常见的突变，是生存素(survivin)(也称为“birc5”)的异位上调，它是“细胞凋亡抑制剂”(“iap”)家族的一员。生存素的细胞内表达可以抑制所述细胞的凋亡。一旦突变积累到癌细胞生长速度超过免疫系统破坏癌细胞的能力的程度，癌组织就会继续生长。这被称为“逃逸阶段”。

3、癌症治疗有多种可用形式，包括化学疗法、手术和放射疗法。不幸的是，许多现有的治疗策略对患病细胞和/或组织相对于健康细胞和/或组织的选择性低，导致治疗过程中出现一系列副作用。例如，许多化学治疗剂专注于破坏正常健康细胞和癌细胞之间共有的过程，从而不加区别地影响两者。在一个这样的例子中，顺铂交联dna碱基以防止dna修复并最终导致细胞凋亡。这针对正常细胞和癌细胞中的dna修复过程，从而损害健康和患病的组织。许多癌症在治疗过程中会对某些治疗策略产生抗性，导致所述策略对治疗癌症变得无效。

4、尽管这些方法都有其用武之地，但免疫疗法正作为一种更有针对性的治疗干预措施被越来越多地探索。免疫疗法采用消除阶段的免疫监视，人为地将免疫系统引导至肿瘤细胞上存在的特定分子靶标。免疫疗法旨在提高受试者免疫系统检测和破坏癌细胞的能力。

5、目前有许多不同的免疫治疗策略用于抗癌，包括免疫检查点疗法、tnfr激动剂和靶向疫苗接种策略。然而，癌症疫苗的适用性(通常仅适用于一小部分患者)和功效仍然有限。同样，检查点抑制剂和tnfr激动剂的疗效也同样受到高毒性和有限疗效的限制。

6、所需要的是一种治疗方法，它允许上述试剂的最大功效同时最小化受试者治疗过程中毒性事件的风险。令人惊讶的是，我们已经发现免疫肿瘤学药剂和源自靶肿瘤抗原的重组多肽的组合可以提高免疫治疗方法在治疗癌症中的功效并且还导致需要较低剂量的免疫肿瘤学药剂，从而改善治疗结果并且还减少或消除施用所述免疫肿瘤学药剂的毒性作用。

技术实现思路

1、在第一个方面，提供了一种在受试者中治疗癌症的方法，包括：向受试者施用包含两个或更多肽片段的多肽，其中第一肽片段包含源自第一肿瘤抗原蛋白的第一序列，并且其中第二肽片段包含源自第二肿瘤抗原蛋白的第二序列，进一步包含位于所述两个或更多个肽片段中的每一个之间的一个或多个外源性组织蛋白酶切割位点序列；和向受试者施用免疫肿瘤学药剂。

2、在一些实施方案中，所述第一肿瘤抗原蛋白和/或所述第二肿瘤抗原蛋白是肿瘤特异性抗原、肿瘤相关抗原或癌/睾丸抗原。在一些实施方案中，所述第一肿瘤抗原蛋白和第二肿瘤抗原蛋白是相同的肿瘤抗原蛋白。在一些实施方案中，所述第一肿瘤抗原蛋白和/或第二肿瘤抗原蛋白是自身抗原、改变的自身抗原、或非自身抗原。

3、在一些实施方案中，所述第一肿瘤抗原蛋白和/或第二肿瘤抗原蛋白是生存素。在其他实施方案中，所述第一肿瘤抗原蛋白和/或第二肿瘤抗原蛋白是病毒衍生的癌抗原，可选地是hpv蛋白，进一步可选地是hpv16蛋白。在一些实施方案中，所述第一肿瘤抗原蛋白和/或第二肿瘤抗原蛋白是hpv16e7。

4、在一些实施方案中，所述一个或多个外源组织蛋白酶切割位点序列是组织蛋白酶s切割序列，优选地是lrmk切割序列。

5、在一些实施方案中，将所述多肽和所述免疫肿瘤学药剂同时、分别、或依次施用于受试者。在一些实施方案中，所述免疫肿瘤学药剂是tnfr超家族激动剂或检查点抑制剂。

6、在一些实施方案中，所述多肽的每次施用包含1μg.kg-1至2000μg.kg-1之间的多肽，优选5至20μg.kg-1或更低。

7、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。在其他实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是抗体或其片段。

8、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂以对人类无毒的剂量施用。

9、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是4-1bb激动剂。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是pd-1拮抗剂。

10、在一些实施方案中，所述4-1bb激动剂以低于1mg.kg-1的剂量施用。

11、在一些实施方案中，定期重复向所述受试者施用所述多肽和所述免疫肿瘤学药剂，优选地每3、4、5、6或7天。

12、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段包含一个或多个重叠序列。在一些实施方案中，所述一个或多个重叠序列的长度在2到31个氨基酸之间。在一些实施方案中，所述一个或多个重叠序列的长度为至少8个氨基酸。

13、在一些实施方案中，所述多肽在递送载体中递送，可选地进一步包括施用包含所述多肽的递送载体或在药学上可接受的运载体中的所述多肽。

14、在本发明的第二个方面，提供了一种用于治疗癌症的组合物，其中该组合物包含多肽，该多肽包含两个或更多个肽片段，其中第一肽片段包含源自第一肿瘤抗原蛋白的第一序列，并且其中第二肽片段包含源自第二肿瘤抗原蛋白的第二序列，进一步包含位于所述两个或更多肽片段中的每一个之间的一个或多个外源性组织蛋白酶切割位点序列，并且其中所述治疗包括所述多肽与免疫肿瘤学药剂的共同施用。

15、在一些实施方案中，该组合物还包含以上或本文另外描述的任何实施方案的所述多肽。

16、在本发明的第三个方面，提供了一种确定癌症是否适合根据上述治疗方法进行治疗的方法，包括：向受试者或体外样品施用多肽，所述多肽包含两个或更多个肽片段，其中第一肽片段包含源自第一肿瘤抗原蛋白的第一序列，并且其中第二肽片段包含源自第二肿瘤抗原蛋白的第二序列，还包含一个或多个位于所述两个或多个肽片段中的每一个之间的外源性组织蛋白酶切割位点序列；向受试者或体外样品施用免疫肿瘤学药剂；测量所述受试者或体外样品中的t细胞刺激。

17、在第四方面，提供了用于治疗癌症的免疫肿瘤学药剂，其中所述治疗包括施用所述免疫肿瘤学药剂和多肽，所述多肽包含两个或更多个肽片段，其中第一肽片段包含源自第一肿瘤抗原蛋白的第一序列并且其中第二肽片段包含源自第二肿瘤抗原蛋白的第二序列，进一步包含位于所述两个或更多个肽片段中的每一个之间的一个或多个外源性组织蛋白酶切割位点序列。

18、在一些实施方案中，与所述用于治疗癌症的免疫肿瘤学药剂共同施用的多肽是如上文或本文任何实施方案中所述的多肽。在一些实施方案中，癌症的所述治疗是通过如上文或本文的任何实施方案中所述的治疗方法。

19、在第五个方面，提供了用于治疗癌症的试剂盒，其包含：多肽，所述多肽包含两个或更多个肽片段，其中所述第一肽片段包含源自第一个肿瘤抗原蛋白的第一序列，并且其中所述第二肽片段包含源自第二肿瘤抗原蛋白的第二序列，进一步包含位于所述两个或更多个肽片段中的每一个之间的一个或多个外源性组织蛋白酶切割位点序列，以及免疫肿瘤学药剂。

20、在一些实施方案中，所述免疫肿瘤学药剂是tnfr超家族激动剂，可选地是肽或其片段、糖蛋白或其片段、小分子、或抗体或其片段。在一些实施方案中，所述免疫肿瘤学药剂是检查点抑制剂，可选地是肽或其片段、糖蛋白或其片段、小分子、或抗体或其片段。

21、在一些实施方案中，所述试剂盒还包含一种或多种药学上可接受的载体或编码所述多肽的核酸。

22、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是4-1bb激动剂，或者其中所述检查点抑制剂是pd-1拮抗剂。

23、在一些实施方案中，本发明提供了一种在受试者中治疗癌症的方法，包括向所述受试者施用多肽，所述多肽包含两个或更多个肽片段，其中第一肽片段包含源自生存素的第一序列，并且其中第二肽片段包源自生存素的第二序列，还包含位于所述两个或更多个肽片段中的每一个之间的一个或多个蛋白酶切割位点序列，并且向所述受试者施用免疫肿瘤学药剂。

24、在一些实施方案中，将所述多肽和所述免疫肿瘤学药剂同时、分别、或依次施用于所述受试者。在一些实施方案中，所述免疫肿瘤学药剂是肿瘤坏死因子受体(tnfr)超家族激动剂或检查点抑制剂。在一些实施方案中，所述多肽的每次施用包含1μg.kg-1至2000μg.kg-1之间的所述多肽，优选地5至20μg.kg-1或更低。

25、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂以对人类无毒的剂量施用。

26、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是4-1bb激动剂。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是pd-1拮抗剂。在一些实施方案中，所述4-1bb激动剂以低于1mg.kg-1的剂量施用。

27、在一些实施方案中，定期重复向所述受试者施用所述多肽和所述免疫肿瘤学药剂，优选地每3、4、5、6或7天。

28、在一些实施方案中，所述第一和第二肽片段各自包含与来自seq id no：1的连续序列具有至少90％同一性的序列，并且该多肽在受试者(优选人类受试者)中刺激t细胞反应。在一些实施方案中，所述第一和第二肽片段各自包含来自seq id no：1的连续序列。

29、在一些实施方案中，所述第一和第二肽片段各自包含与来自seq id no：43的连续序列具有至少90％同一性的序列，并且该多肽在受试者(优选人类受试者)中刺激t细胞反应。在一些实施方案中，所述第一和第二肽片段各自包含来自seq id no：43的连续序列。

30、在一些实施方案中，所述一个或多个蛋白酶切割位点序列是组织蛋白酶切割序列，优选地是组织蛋白酶s，更优选地是lrmk切割序列。

31、在一些实施方案中，所述多肽包含三个或更多个肽片段，优选地五个或更多个肽片段，更优选地十个或更多个肽片段。

32、在一些实施方案中，所述两个或更多个肽片段中的至少一个包含与选自下组的序列具有至少90％同一性的序列：seq id no：8、seq id no：9、seq id no：10、seq id no：11、seq id no：12、seq id no：13、seq id no：14、seq id no：15、seq id no：16，并且该多肽引发免疫反应或具有免疫刺激性。

33、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段包含与seq id no：11和/或seq idno：12具有至少90％同一性的序列，并且该多肽引发免疫反应，可选地引发t细胞反应。

34、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段中的至少一个包含与选自下组的序列具有至少90％同一性的序列：seq id no：45、46、47、和48，并且该多肽引发免疫反应或是免疫刺激性的。

35、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段包含与seq id no：45、seq id no：46、seq id no：47和/或seq id no：48具有至少90％同一性的序列，并且所述多肽引发免疫反应，可选地引发t细胞反应。

36、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段包含一个或多个重叠序列。在一些实施方案中，所述一个或多个重叠序列的长度在2到31个氨基酸之间。可选地，所述一个或多个重叠序列的长度至少为8个氨基酸。

37、在一些实施方案中，所述多肽在递送载体中递送。

38、在一些实施方案中，所述方法包括施用包含所述多肽的递送载体或在药学上可接受的运载体中的所述多肽。

39、在一个实施方案中，本发明提供了用于治疗癌症的联合疗法的组合物，其中该组合物包含多肽，该多肽包含两个或更多个肽片段，其中第一肽片段包含源自生存素的第一序列，并且其中第二肽片段包含源自生存素的第二序列，还包含位于所述两个或更多个肽片段中的每一个之间的一个或多个蛋白酶切割位点序列，并且其中所述联合疗法包括所述多肽与免疫肿瘤学药剂的共同施用。

40、在一些实施方案中，所述组合物还包含如任何先前方面或实施方案中所述的多肽或方法步骤。在一些实施方案中，所述第一和第二肽片段各自包含与来自seq id no：1的连续序列具有至少90％同源性的序列，并且该多肽在受试者(优选地人类受试者)中刺激，t细胞反应。在一些实施方案中，所述第一和第二肽片段各自包含来自seq id no：1的连续序列。在一些实施方案中，所述一个或多个蛋白酶切割位点序列是组织蛋白酶切割序列，优选地是组织蛋白酶s，更优选地是lrmk切割序列。在一些实施方案中，所述多肽包含三个或更多个肽片段，优选地五个或更多个肽片段，更优选地十个或更多个肽片段。

41、在一些实施方案中，所述两个或更多个肽片段中的至少一个包含与选自下组的序列具有至少90％同源性的序列：seq id no：8、seq id no：9、seq id no：10、seq id no：11、seq id no：12、seq id no：13、seq id no：14、seq id no：15、seq id no：16，并且其中所述多肽在受试者中引发免疫反应或具有免疫刺激性。

42、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段包含与seq id no：11和/或seq idno：12具有至少90％同源性的序列，并且该多肽在受试者中引发免疫反应，可选地引发t细胞反应。

43、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段包含一个或多个重叠序列。在一些实施方案中，所述一个或多个重叠序列的长度为2个和31个氨基酸。可选地，所述一个或多个重叠序列的长度至少为8个氨基酸。

44、在一些实施方案中，所述多肽在递送载体中递送。在一些实施方案中，所述组合物包含含有所述多肽的递送载体或在药学上可接受的运载体中的所述多肽。

45、在一些实施方案中，所述免疫肿瘤学药剂是tnfr超家族激动剂或检查点抑制剂。在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子，或者其中所述检查点抑制剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。

46、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂以对人类无毒的剂量施用。在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是4-1bb激动剂。在一些实施方案中，所述4-1bb激动剂以低于1mg.kg-1的剂量施用。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是pd-1拮抗剂。

47、在一个实施方案中，本发明提供了一种用于治疗癌症的联合疗法的免疫肿瘤学药剂，其中所述联合治疗包括施用所述免疫肿瘤学药剂和多肽，所述多肽包含两个或更多个肽片段，其中第一肽片段包含源自生存素的第一序列，并且其中第二肽片段包含源自生存素的第二序列，进一步包含位于所述两个或更多个肽片段中的每一个之间的一个或多个蛋白酶切割位点序列。

48、在一些实施方案中，所述多肽如本发明任何前述方面中所述。在一些实施方案中，所述第一和第二肽片段各自包含与来自seq id no：1的连续序列具有至少90％同源性的序列，并且该多肽在受试者中引发免疫反应，可选地引发t细胞反应。

49、在一些实施方案中，所述第一和第二肽片段各自包含来自seq id no：1的连续序列。在一些实施方案中，所述一个或多个蛋白酶切割位点序列是组织蛋白酶切割序列，优选地是组织蛋白酶s，更优选地是lrmk切割序列。在一些实施方案中，所述多肽包含三个或更多个肽片段，优选地五个或更多个肽片段，更优选十个或更多个肽片段。

50、在一些实施方案中，所述两个或更多个肽片段中的至少一个包含与选自下组的序列具有至少90％同源性的序列：seq id no：8、seq id no：9、seq id no：10、seq id no：11、seq id no：12、seq id no：13、seq id no：14、seq id no：15、seq id no：16，并且其中所述多肽在所述受试者中引发免疫反应或具有免疫刺激性。

51、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段包含与seq id no:11和/或seq idno:12具有至少90％同源性的序列，并且该多肽在所述受试者中引发免疫反应，可选地引发t细胞反应，优选地是在人类受试者中。

52、在一些实施方案中，所述两个或多个肽片段包含一个或多个重叠序列。在一些实施方案中，所述一个或多个重叠序列的长度在2到31个氨基酸之间。可选地，所述一个或多个重叠序列的长度至少为8个氨基酸。

53、在一些实施方案中，所述多肽在递送载体中递送。在一些实施方案中，所述组合物包含含有所述多肽的递送载体或在药学上可接受的运载体中的所述多肽。

54、在一些实施方案中，所述免疫肿瘤学药剂是tnfr超家族激动剂或检查点抑制剂。在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。

55、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂以对人类无毒的剂量施用。在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是4-1bb激动剂。在一些实施方案中，所述4-1bb激动剂以低于1mg.kg-1的剂量施用。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是pd-1拮抗剂。

56、在一个实施方案中，本发明提供了用于治疗癌症的试剂盒，其包含包含两个或更多肽片段的多肽，其中所述第一肽片段包含源自生存素的第一序列并且其中所述第二肽片段包含源自生存素的第二序列，进一步包含位于所述两个或更多个肽片段中的每一个之间的一个或多个蛋白酶切割位点序列，并且该试剂盒进一步包含免疫肿瘤学药剂。

57、在一些实施方案中，所述免疫肿瘤学药剂是tnfr超家族激动剂或检查点抑制剂。

58、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是肽或其片段、糖蛋白或其片段、或小分子。

59、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是抗体或其片段。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是抗体或其片段。

60、在一些实施方案中，所述试剂盒还包含一种或多种药学上可接受的运载体或编码所述多肽的核酸。

61、在一些实施方案中，所述tnfr超家族激动剂是4-1bb激动剂。在一些实施方案中，所述检查点抑制剂是pd-1拮抗剂。