基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用

本申请涉及生物与医学检测领域，具体来说涉及基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用。

背景技术：

1、随着高通量测序技术的发展，测序成本大大降低，促进了各种组学技术的发展以及在生物医学研究中的应用。单细胞测序在单个细胞水平上对细胞的基因组或转录组进行测序，近年来成为了生物医学研究中的热点。

2、单细胞基因组测序技术可以在单细胞尺度上检测细胞的基因突变与拷贝数变异。比如，在试管婴儿胚胎移植前，可应用单细胞基因组测序技术进行基因遗传疾病的筛查，筛选不携带致病基因突变或拷贝数变异的胚胎进行移植，从而避免出生缺陷。

3、高通量单细胞转录组测序技术的出现使得研究人员能够在单细胞尺度上对免疫系统中各种免疫细胞以及肿瘤微环境中各种类型的细胞转录组进行表征，从而了解复杂环境下各种细胞的相互作用与演化。这一高通量测序技术比传统的蛋白检测能提供更多的分子层面的信息，有助于生物学机制的解析。

4、当存在肿瘤组织的测序结果作为对照的情况下，比较容易根据单细胞测序的结果判断一个细胞是否确实来源于肿瘤，即为肿瘤细胞。但如果没有肿瘤组织的测序结果进行对照，如何直接通过单细胞基因组测序结果来判断是本发明所要解决的问题。无法获取肿瘤组织在临床上非常常见，因此上述问题有重要的临床意义。

技术实现思路

1、为了确切检测复杂样本中的恶性细胞，本申请提供基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用。

2、本申请提供的基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用，采用如下的技术方案：

3、基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用。

4、优选的，经单细胞基因组测序获得拷贝数变异特征的细胞，同时满足如下条件鉴定为恶性细胞：需鉴定的细胞其单细胞拷贝数变异负荷高于正常细胞所具有的拷贝数变异负荷的特定阈值，即为“非正常细胞”；至少两个“非正常细胞”具有一致的拷贝数变异谱，即其细胞间的单细胞基因组拷贝数变异谱相关性评分最高值高于特定阈值。

5、优选的，单细胞拷贝数变异谱是指通过单细胞全基因组测序获得拷贝数变异谱，或基于各染色体代表性基因靶向测序所获得的拷贝数变异谱。

6、优选的，正常细胞所具有的拷贝数变异负荷的特定阈值，为0.1或其他经过对正常细胞测序所获得的类似阈值。

7、优选的，“细胞间的单细胞基因组拷贝数变异谱相关性评分最高值”

8、的阈值，为0.45或其他经过对肿瘤细胞测序所获得的类似阈值。

9、优选的，细胞来源于血液、体液、灌洗液、通过刷取或穿刺获得脱落细胞的细胞分散液，其中细胞主要以单细胞形式存在于液体样本中。

10、优选的，体液包括胸腔积液、尿液、腹水、胆汁、宫颈粘液。

11、优选的，灌洗液包括肺泡灌洗液、胃灌洗液。

12、优选的，通过刷取获得脱落细胞的细胞分散液包括使用细胞刷或者特制采样器对食管、宫颈等部位进行刷取并收集分散在液体中的脱落细胞形成的细胞分散液。

13、优选的，通过穿刺获得脱落细胞的分散液包括甲状腺穿刺液。

14、综上所述，本申请具有以下有益效果：

15、1、本申请能够在不依赖于肿瘤组织的情况下通过单细胞基因组拷贝数变异谱鉴定细胞的恶性，从而实现复杂样本中的恶性细胞的确切检测；

16、2、本申请提供的检测方法对多种样本均可确切检测，对样本的适应性强。

技术特征：

1.基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，经单细胞基因组测序获得基因组拷贝数变异特征的细胞，同时满足如下条件鉴定为恶性细胞：需鉴定的单细胞其单细胞拷贝数变异负荷高于正常细胞所具有的拷贝数变异负荷的特定阈值，即为“非正常细胞”；至少两个“非正常细胞”具有一致的拷贝数变异谱，即其细胞间的单细胞基因组拷贝数变异谱相关性评分最高值高于特定阈值。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，单细胞拷贝数变异谱是指通过单细胞全基因组测序获得拷贝数变异谱，或基于各染色体代表性基因靶向测序所获得的拷贝数变异谱。

4.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，正常细胞所具有的拷贝数变异负荷的特定阈值为0.1或其他经过对正常细胞测序所获得的类似阈值。

5.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，“细胞间的单细胞基因组拷贝数变异谱相关性评分最高值”的阈值为0.45或其他经过对肿瘤细胞测序所获得的类似阈值。

6.根据权利要求1-5任一项所述的应用，其特征在于，细胞来源于血液、体液、灌洗液、通过刷取或穿刺获得脱落细胞的细胞分散液，其中细胞主要以单细胞形式存在于液体样本中。

7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，体液包括胸腔积液、尿液、腹水、胆汁、宫颈粘液。

8.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，灌洗液包括肺泡灌洗液、胃灌洗液。

9.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，通过刷取获得脱落细胞的细胞分散液包括使用细胞刷或者特制采样器对食管、宫颈等部位进行刷取并收集分散在液体中的脱落细胞形成的细胞分散液。

10.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，通过穿刺获得脱落细胞的分散液包括甲状腺穿刺液。

技术总结
本申请涉及生物与医学检测领域，具体公开了一种基于单细胞基因组拷贝数变异谱在制造细胞良恶性诊断试剂或检测试剂中的应用，经单细胞基因组测序获得拷贝数变异特征的细胞，同时满足如下条件鉴定为恶性细胞：需鉴定的单细胞其单细胞基因组拷贝数变异负荷高于正常细胞所具有的拷贝数变异负荷的特定阈值，即为“非正常细胞”；至少两个“非正常细胞”具有一致的拷贝数变异谱，即其单细胞间的单细胞基因组拷贝数变异谱相关性评分最高值高于特定阈值。本申请提供的分析方法能够在不依赖于肿瘤组织的情况下通过单细胞基因组拷贝数变异谱鉴定细胞的恶性，从而实现复杂样本中的恶性细胞的确切检测。

技术研发人员：施奇惠,王卓
受保护的技术使用者：复旦大学
技术研发日：
技术公布日：2024/2/6