SARSCOV-2感染性确定测定的制作方法

背景技术：

1、sars-cov-2冠状病毒引起冠状病毒病2019(covid-19)，并且可以通过呼吸道飞沫和直接人接触传播。sars-cov-2的传播可能来自具有重度、中度或轻度症状的个体，以及没有症状的个体。感染率取决于群体中感染的个体的传染性和暴露程度。虽然大多数人只有轻度症状甚至没有症状，但那些出现重度症状的人可能会受到包含肺、心脏和循环系统在内的器官损伤。

2、有三种主要类型的检测方法可以帮助检测具有活动性病毒感染的个体。核酸扩增测试(naat)，如使用聚合酶链式反应(pcr)的那些测试可以在症状前、无症状和有症状感染期间检测病毒本身。康复后，个体可能继续显示出使用pcr的低拷贝数的病毒。直接抗原测试检测病毒蛋白片段并对有症状的感染最有效，并且在提供快速结果方面最有用。相反，血清学(抗体)测试可以鉴定个体对病毒的免疫应答，并且可以表明先前感染。这些测试的分析性能和对其验证用途的遵守有助于提供高质量和可靠的结果。

3、各种卫生组织已经就如医院、长期护理设施、监狱系统、工厂以及高技术工作场所和职业等聚集环境提出了建议。对于那些处于社交距离有限的高风险环境中的人来说，频繁的测试有助于鉴定活性感染并监测先前感染的数量。然而，重返学校、工作和其它将人们聚集在一起的社会活动的政策，包含体育和娱乐仍然没有明确定义。除了隔离和测试疑似症状个体的一般指南外，在这些情况下的测试频率几乎没有达成共识。

4、测试的一个警告是，包含核酸测试在内的可用测试的灵敏度各不相同，这是由于大多数技术普遍无法准确定量sars-cov-2感染期间的病毒载量。此外，测试通常仅报告定性输出，包含阳性、阴性和无效结果，一些制造商限制了用户审查或报告潜在定量或相对定量值的能力。

技术实现思路

1、在一些实施例中，提供了一种表征受试者的感染源的方法。在一些实施例中，所述方法包括：提供来自所述受试者的包括感染源核酸的第一样品；将所述第一样品分割为多个第一分区；在所述第一分区中检测第一感染源核酸和第二感染源核酸的存在或不存在，其中所述第一感染源核酸和所述第二感染源核酸在活感染源核酸中共价连接；确定(a)含有与所述第二感染源核酸连接的所述第一感染源核酸的第一分区的数量，以及(b)含有所述第一感染源核酸，而不含所述第二感染源核酸的第一分区的数量或(c)含有所述第二感染源核酸，而不含所述第一感染源核酸的第一分区的数量(例如确定连接的第一和第二核酸的百分比(显示连接的信号的分区的数量/(显示连接的分区的数量+显示未连接的分区的数量，即第一感染源核酸和第二感染源核酸中的一个但不是两者)；以及基于(a)和(b)或(a)和(c)的确定来表征所述受试者体内的所述感染源。

2、在一些实施例中，所述确定包括确定(b)和(c)，并且所述表征基于(a)和(b)以及(c)的确定。

3、在一些实施例中，所述表征包括将(a)、(b)、(c)或其组合与一个或多个阈值进行比较。

4、在一些实施例中，所述方法进一步包括：提供来自所述受试者的包括感染源核酸的第二样品，其中所述第二样品在比所述第一样品晚的时间点从所述受试者获得；将所述第二样品分割为多个第二分区；在所述第二分区中检测第一感染源核酸和第二感染源核酸的存在或不存在；确定(a′)含有与所述第二感染源核酸连接的所述第一感染源核酸的第二分区的数量，(b′)含有所述第一感染源核酸，而不含所述第二感染源核酸的第二分区的数量，以及(c′)含有所述第二感染源核酸，而不含所述第一感染源核酸的第二分区的数量；其中所述表征包括将(a)与(a′)、(b)与(b′)、(c)与(c′)或其组合进行比较。在一些实施例中，在获得所述第一样品后至少24小时(例如，1天至10天、1天至5天、1天至3天、1天至2天)从所述受试者获得所述第二样品。

5、在一些实施例中，所述方法进一步包括在所述分区中检测对照核酸，并且其中所述确定包括将以下：(a)含有与所述第二感染源核酸连接的所述感染源核酸的第一分区的数量，以及(b)含有所述第一感染源核酸，而不含所述第二感染源核酸的第一分区的数量，和/或(c)含有所述第二感染源核酸，而不含所述第一感染源核酸的第一分区的数量相对于含有所述对照核酸的分区的数量进行归一化。

6、在一些实施例中，所述表征包括将所述感染源分类为活的或降解的。

7、在一些实施例中，所述感染源是病毒。在一些实施例中，所述感染源是选自由以下组成的组的病毒：sars-cov-2、流感和呼吸道合胞病毒(rsv)。在一些实施例中，所述感染源是sars-cov-2。在一些实施例中，所述第一感染源核酸包括核衣壳(n)基因n1的至少可检测部分，并且所述第二感染源核酸包括n基因n2的至少可检测部分。

8、在一些实施例中，所述感染源是细菌或支原体。

9、在一些实施例中，所述第一感染源核酸和所述第二感染源核酸在活感染源核酸中彼此相距100个至200,000个(例如100个至10,000个)核苷酸。

10、在一些实施例中，所述受试者是人。

11、在一些实施例中，所述分区是乳液中的液滴或微孔或纳米孔。

12、还提供了一种表征受试者的感染源的方法。在一些实施例中，所述方法包括：提供来自所述受试者的包括感染源核酸的第一样品；确定(a)与第二感染源核酸连接的第一感染源核酸的量，(b)与第二感染源核酸未连接的第一感染源核酸的量以及(c)任选地与第一感染源核酸未连接的第二感染源核酸的量；以及基于(a)、(b)和任选地(c)的确定来表征所述受试者体内的所述感染源。

技术特征：

1.一种表征受试者体内的感染源的方法，所述方法包括：

2.根据权利要求1所述的方法，其中所述确定包括确定(b)和(c)，并且所述表征基于(a)和(b)以及(c)的确定。

3.根据权利要求1所述的方法，其中所述表征包括将(a)、(b)、(c)或其组合与一个或多个阈值进行比较。

4.根据权利要求1所述的方法，其进一步包括：

5.根据权利要求4所述的方法，其中在获得所述第一样品后至少24小时(例如，1天至10天、1天至5天、1天至3天、1天至2天)从所述受试者获得所述第二样品。

6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其进一步包括在所述分区中检测对照核酸，并且其中所述确定包括将以下：

7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中所述表征包括将所述感染源分类为活的或降解的。

8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述感染源是病毒。

9.根据权利要求8所述的方法，其中所述感染源是选自由以下组成的组的病毒：sars-cov-2、流感和呼吸道合胞病毒(rsv)。

10.根据权利要求8所述的方法，其中所述感染源是sars-cov-2。

11.根据权利要求10所述的方法，其中所述第一感染源核酸包括核衣壳(n)基因n1的至少可检测部分，并且所述第二感染源核酸包括n基因n2的至少可检测部分。

12.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其中所述感染源是细菌或支原体。

13.根据权利要求1至12中任一项所述的方法，其中所述第一感染源核酸与所述第二感染源核酸在所述活感染源核酸中彼此相距100个至10,000个核苷酸。

14.根据权利要求1至13中任一项所述的方法，其中所述受试者是人。

15.根据权利要求1至14中任一项所述的方法，其中所述分区是乳液中的液滴或微孔或纳米孔。

16.一种表征受试者体内的感染源的方法，所述方法包括：

技术总结
提供了用于表征来自受试者的生物样品(例如，包括感染源)的方法和组合物。方法可以包含检测在活细胞或有机体中连接但在不可存活细胞或有机体中降解并因此未连接的核酸的键，并且然后基于连接的和未连接的序列的数量表征所述受试者。

技术研发人员：D·玛尔,M·赫瑞拉,G·卡琳-纽曼,J·希诺夫,A·奥黛塔,S·赫顿,H·梅勒特,L·杰克逊,G·佩斯塔诺
受保护的技术使用者：生物辐射实验室股份有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15