一种用于降低二代测序系统错误的系统的制作方法

本发明涉及医学分子生物学，特别涉及一种用于降低二代测序系统错误的系统。

背景技术：

1、二代测序基于短读长、高通量测序平台，对于肿瘤dna检测来说，先要进行dna的片段化，片段化分为机械打断（超声法）与基于核酸内切酶（酶切法）两种。由于酶切法无需耗材，且能够轻松的整合进自动化建库流程中，正在逐步替代超声法。但由于酶切法存在一定偏好性，所以会在建库过程中引入人为突变，现有的数据过滤方法，笼统将嵌合reads全部去除，会丢到真实发生突变，造成灵敏度下降及检测频率不准确。故需要建立一个黑名单过滤这些突变，保证结果的准确性。

技术实现思路

1、针对上述背景技术的不足，为了在保持准确性的同时获得较高的稳定性，本发明基于二代测序平台，建立了酶切法特异黑名单，过滤二代测序文库中人为引入的突变，提高检测准确度。

2、一种用于降低二代测序系统错误的系统，其特征在于包括：

3、二代测序模块，用于dna样本的二代测序；

4、黑名单模块，用于与二代测序数据对比，筛选出假阳性突变点；

5、其中，黑名单模块中包含人为突变位点。

6、进一步地，二代测序为使用illumina测序平台进行的二代测序。

7、进一步地，所述黑名单采用以下方法建立：

8、s1.将测序数据基于与癌症相关的热点区间分别上下各延伸50bp，作为寻找回文序列的参考序列；

9、s2.将这些参考序列进行人为分割，得到n=∑[(l-k) + 1]个子序列，其中，l是延伸后的参考序列长度，k是代表回文序列长度，k的范围是 2 ~ l/2；

10、s3.使用getseq函数，获取以位置i为中心的回文序列，并检查扩展的碱基是否满足回文特性；

11、s4.使用mergeout函数，将有重叠区域的回文结构进行合并保留；

12、s5.判断保留的回文序列是否存在缺失碱基，并将缺失碱基的位置关系，将其转化为snp信息并保存到snp_list中，形成黑名单。

13、进一步地，所述s3中，扩展过程中发现不满足回文特性的碱基，记录下不匹配的碱基位置，当连续出现3个不匹配位点的时候，停止继续扩展，并且得到回文序列坐标。

14、进一步地，所述s4中，设置过滤参数，保留17bp-40bp长度范围内的回文序列。

15、进一步地，所述s5中：

16、当回文序列长度为奇数，且存在一个缺失碱基，将缺失碱基位置转化为snp信息，并保存到snp_list中；

17、当回文序列长度为偶数，且存在一个或两个缺失碱基，根据缺失碱基的位置关系，将其转化为snp信息并保存到snp_list中；

18、当回文序列长度为偶数，且存在两个缺失碱基且位置相邻，将其合并为一个mnp信息，并保存到snp_list中。

19、进一步地，s5中，当snp_list中的位点位于回文序列最末端，则忽略这些位点；当snp_list中的位点不是位于回文序列最末端，则将这些位点加入到黑名单中。

20、有益效果：本发明所提供的一一种用于降低二代测序系统错误的系统，通过统计酶切法所产生的假阳性突变特征，利用生物信息学方法生成针对不同panel的易发生嵌合区域的黑名单，并设置过滤原则，仅将位于嵌合区域的突变进行过滤，提高检测的灵敏度和准确度。

技术特征：

1.一种用于降低二代测序系统错误的系统，其特征在于包括：

2.根据权利要求1所述的一种用于降低二代测序系统错误的系统，其特征在于：所述黑名单采用以下方法建立：

3.根据权利要求2所述的一种用于降低二代测序系统错误的系统，其特征在于，所述s3中，扩展过程中发现不满足回文特性的碱基，记录下不匹配的碱基位置，当连续出现3个不匹配位点的时候，停止继续扩展，并且得到回文序列坐标。

4.根据权利要求2所述的一种用于降低二代测序系统错误的系统，其特征在于，所述s4中，设置过滤参数，保留17bp-40bp长度范围内的回文序列。

5.根据权利要求2所述的一种用于降低二代测序系统错误的系统，其特征在于，所述s5中：

6.根据权利要求2所述的一种用于降低二代测序系统错误的系统，其特征在于，s5中，当snp_list中的位点位于回文序列最末端，则忽略这些位点；当snp_list中的位点不是位于回文序列最末端，则将这些位点加入到黑名单中。

技术总结
本发明涉及医学分子生物学技术领域，特别涉及一一种用于降低二代测序系统错误的系统，本发明所提供的一一种用于降低二代测序系统错误的系统，利用生物信息学方法生成针对不同panel的易发生嵌合区域的黑名单，并设置过滤原则，仅将位于嵌合区域的突变进行过滤，捞回不处于嵌合区域的突变，提高检测的灵敏度和准确度。

技术研发人员：张怡然,陈慧娟,王冰,段小红,郝艳同,蔡丽丽,周启明
受保护的技术使用者：北京求臻医学检验实验室有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15