专利名称：Pcnt基因第三十九号外显子多态性的制作方法
技术领域：
本发明涉及PCNT基因第三十九号外显子的单核苷酸多态性。本发明还涉及分析PCNT基因第三十九号外显子的等位基因突变的方法。
背景技术：
中周蛋白(pericentrin，PCNT)是一种高度保守的生物细胞中心体相关蛋白。研究者认为，它和真核细胞内的中心体微管组织的形成过程密切相关。(Cell 1994Feb 25；76(4)639-50)。
在本申请之前，还没有PCNT基因第三十九号外显子多态性的相关报道。
发明内容
本发明的目的就是提供PCNT基因第三十九号外显子的多态性及其检测方法。
在本发明的第一方面，提供了一种检测人PCNT基因第三十九号外显子的单核苷酸多态性的方法，它包括步骤(a)确定在人PCNT基因第三十九号外显子的SEQ ID NO1所示序列的第441位的核苷酸；(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。
在一优选例中，所述的单核苷酸多态性是在第441位存在G。
在本发明的第二方面，提供了一种分离核酸，它具有SEQ ID NO1所示的序列，且第441位为G。
在本发明的第三方面，提供了一种等位基因特异性的核酸引物，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PCNT基因第三十九号外显子的SEQ IDNO1所示序列中第441位单核苷酸多态性的扩增产物。
在本发明的第四方面，提供了一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PCNT基因第三十九号外显子的SEQ IDNO1所示序列中第441位单核苷酸多态性。
一种试剂盒包括(1)特异性扩增人PCNT基因第三十九号外显子的引物对，(2)检测扩增产物与正常的PCNT基因第三十九号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO1所示序列中第441位单核苷酸多态性。
另一种诊断试剂盒包括本发明上述的引物和/或本发明上述的寡核苷酸探针。
具体实施例方式
本发明人通过广泛而深入的研究，已经发现了PCNT基因第三十九号外显子所编码的蛋白序列中第104位Gln(Q)->Arg(R)多态(即mRNA上441位A->G多态性)，在此基础上完成了本发明。
根据对正常人PCNT基因测序结果，发现了该SNP。经分析发现，该SNP导致第104位氨基酸由Gln(Q)->Arg(R)。由于这是不同性质氨基酸的置换，因此，会导致PCNT基因第三十九号外显子所编码的蛋白活性发生改变。
PCNT基因第三十九号外显子的cDNA序列列于SEQ ID NO1，其中开放阅读框为第131-472位，其所编码的氨基酸序列列于SEQ ID NO2。PCNT基因第三十九号外显子的基因组序列可以从GenBank中获得。
本领域的技术人员知道，有大量的分析技术可用于检测PCNT基因第三十九号外显子中所述位点是否存在单核苷酸多态性。这些技术包括(但并不限于)DNA测序、杂交测序；酶促错配切割、异源双链分析、点杂交、寡核苷酸阵列(DNA芯片)、Mini-sequencing、Taqman技术、分子信标等，变性高效液相色谱法(DHPLC)。
另一方面，本发明的检测方法被用于评估个体患PCNT基因第三十九号外显子相关疾病的易感性。
用于本发明的测试样品没有特别限制，对于检测SNP而言，可以是从血液、组织等样品中抽提出的DNA或mRNA。对于检测PCNT基因第三十九号外显子活性而言，可以任何含有PCNT基因第三十九号外显子的样品，如血液等。
用于本发明方法或检测试剂盒的引物和探针，根据PCNT基因第三十九号外显子的cDNA序列(SEQ ID NO1的序列)或基因组序列进行设计，并可用常规的合成技术进行合成即可。
下面结合具体实施例，进一步阐述本发明。应理解，这些实施例仅用于说明本发明而不用于限制本发明的范围。下列实施例中未注明具体条件的实验方法，通常按照常规条件，例如Sambrook等人，分子克隆实验室手册(New YorkColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。
实施例1基因的抽提和测序用常规酚氯仿法从人的血液中提取DNA，浓度校正至20ng/ul后，用于常规PCR扩增。引物是有义引物5’-tggctaatag ggtgcatttc a-3’(SEQ ID NO3)反义引物5’-caccacccgg gacttctc-3’(SEQ ID NO4)扩增出的472bp的产物，纯化后进行DNA测序。
实施例2SNP的获得对PCNT基因进行直接测序。将测定的各样本序列进行比较，从而得出序列的差异，获得SNP。
实施例3检测试剂盒制备一检测PCNT基因相关疾病易感性的检测试剂盒，其中，含有下列可扩增出441位SNP的引物对有义引物5’-tggctaatag ggtgcatttc a-3’(SEQ ID NO3)反义引物5’-caccacccgg gacttctc-3’(SEQ ID NO4)对扩增产物与正常对照用变性高效液相色谱仪(DHPLC)进行色谱分析，可轻易地检测出441位的A->G型SNP。
在本发明提及的所有文献都在本申请中引用作为参考，就如同每一篇文献被单独引用作为参考那样。此外应理解，在阅读了本发明的上述讲授内容之后，本领域技术人员可以对本发明作各种改动或修改，这些等价形式同样落于本申请所附权利要求书所限定的范围。
SEQUENCE LISTING<110>上海人类基因组研究中心<120>PCNT基因第三十九号外显子多态性<130>030115<160>4<170>PatentIn version 3.1<210>1<211>472<212>DNA<213>Homo sapiens<220>
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<221>misc_feature<223>引物<400>4caccacccgg gacttctc 18
权利要求
1.一种检测人PCNT基因第三十九号外显子的单核苷酸多态性的方法，其特征在于，它包括步骤(a)确定在人PCNT基因第三十九号外显子的SEQ ID NO1所示序列的第441位的核苷酸；(b)检测在所述位置是否存在单核苷酸多态性。
2.如权利要求1所述的方法，其特征在于，所述的单核苷酸多态性是在第441位存在G。
3.一种分离核酸，其特征在于，它具有SEQ ID NO1所示的序列，且第441位为G。
4.一种等位基因特异性的核酸引物，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并扩增出含人PCNT基因第三十九号外显子的SEQ ID NO1所示序列中第441位单核苷酸多态性的扩增产物。
5.一种等位基因特异性的寡核苷酸探针，其特征在于，其长度为15-50bp，且特异性地杂交并检测含人PCNT基因第三十九号外显子的SEQ ID NO1所示序列中第441位单核苷酸多态性。
6.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括(1)特异性扩增人PCNT基因第三十九号外显子的引物对，(2)检测扩增产物与正常的PCNT基因第三十九号外显子相比是否存在变化所需的试剂，所述的SEQ ID NO1所示序列中第441位单核苷酸多态性。
7.一种诊断试剂盒，其特征在于，它包括权利要求4所述的引物和/或权利要求5所述的寡核苷酸探针。
全文摘要
本发明涉及PCNT基因第三十九号外显子的单核苷酸多态性(SNP)。本发明提供了分析PCNT基因第三十九号外显子的SNP或其活性的方法。本发明的SNP是SEQ ID NO1所示序列的人PCNT基因第三十九号外显子的第441位的A－＞G多态性。该SNP导致编码蛋白第104位发生Gln(Q)－＞Arg(R)改变，从而改变了蛋白活性。
文档编号C07H21/00GK1519338SQ0311503
公开日2004年8月11日 申请日期2003年1月22日 优先权日2003年1月22日
发明者黄薇, 施锦绣, 奚慧峰, 金力, 黄 薇 申请人:上海人类基因组研究中心