一种利用高通量测序快速分析蓝莓栽培地土壤细菌群落的方法与流程

本发明涉及土壤细菌科学领域和细菌菌落的高通量测序分析方法，具体是关于高通量测序分析蓝莓栽培地土壤细菌群落多样性的一种方法。

背景技术：

土壤是蓝莓植株生长发育的重要场所。蓝莓种植田块的土壤质量不仅取决于蓝莓种植田块土壤的理化性质，还与土壤的生物学性质有关。蓝莓种植田块中微生物的种类和丰度对蓝莓生产意义重大。研究蓝莓种植田块中细菌种群的多样性，有助于蓝莓生产管理措施的制定。

16srdna基因是原核微生物中常用的分子标志，在微生物生态学研究中经常用到，同时很多菌落的16srdna已经公布，可用于土壤菌落的鉴定。高通量测序能够有效快速、准确地鉴定及分析多样本，且不依赖基因组。基于16srdna基因的高通量测序能较为全面和准确的反映蓝莓种植田块微生物群落结构，能在整体微生物群落水平分析物种遗传多样性，结合已公布的细菌16srdna基因序列，能够快速而准确的分析蓝莓种植田块中土壤中微生物情况。

蓝莓是喜酸性的植物，一般要求土壤ph值为4.5-5.5。蓝莓为浅根性植物，喜疏松的土壤，要求土壤有机质含量在5％以上，粘重、含钙量高的土壤不适合它的生长。蓝莓种植田间土壤中存在大量微生物，其中细菌的数量和种类众多。细菌在蓝莓种植田块土壤营养元素循环、有机质的形成和分解、保持和提高土壤肥力方面起着极其重要的作用。对蓝莓产量和品质具有重要的影响。

本发明建立了一种快速、准确分析蓝莓栽培地土壤中细菌群落多样性的方法，可满足对蓝莓栽培地土壤微生物多样性研究的需要。

附图说明

图1.技术流程图

图2.微生物群落丰富图

技术实现要素：

本发明的目的是建立一种快速而准确检测分析蓝莓栽培地土壤中细菌群落多样性的方法。可用于蓝莓栽培地土壤微生物的研究，研究结果对蓝莓栽培地土壤管理有一定的参考价值。

具体实施方式

本发明步骤如图1所示，主要如下：

1.蓝莓种植田块土壤样品的采集：选择蓝莓种植田块，用5点取样法。采样时，用土壤采样器(洛阳铲)采集15cm表土，将每个区域中5个点的土壤样品混合均匀，除去石块、根系等杂物后过2mm筛，装入灭菌的封口聚乙烯袋，在-70℃下保存，一周内提取总dna。

2.提取总dna使用dna提取试剂盒，具体提取步骤按试剂盒中的说明书进行。

3.测序和数据分析。将提取好的蓝莓种植田块土壤基因组dna，基于illuminamiseq技术测序平台，利用双末端测序(paired-end)的方法，构建小片段文库进行测序，对检测得到的相应序列进行后续分析。

4.实验结果。土壤中各种优劣势菌群丰富度见图2，根据该图研究者可以快速准确地确定土壤中的优劣势菌群从而更快地发现问题。该方法不但灵敏度高、准确性好，而且随着技术的发展，该方法的成本也会越来越低。

技术特征：

技术总结
本发明涉及一种利用高通量测序的方法，该方法能够有效分析蓝莓栽培地细菌群落多样性及优势菌群种类的方法。该方法主要涉及蓝莓栽培地土壤的取样、细菌DNA的提取、16S rDNA高通量测序、细菌多样性及丰度分析等。该方法对于了解蓝莓栽培地微生物种群，并快速、准确分析土壤细菌多样性具有重要意义，可为蓝莓栽培地选择和管理提供参考。

技术研发人员：熊爱生;却枫;祁石刚;张馨月;高学双
受保护的技术使用者：南京农业大学;宿迁市农业技术综合服务中心
技术研发日：2016.01.08
技术公布日：2017.07.18