一种快速预测苏北草鸡繁殖性能的方法与流程

1.本发明属于家禽分子标记辅助育种技术领域，具体涉一种快速预测苏北草鸡繁殖性能的方法。


背景技术：

2.随着分子生物学发展，dna作为遗传标记研究家禽遗传多样性和数量性状越来越普遍。在家禽育种实践中，育种目标都是使畜禽生产取得最大的经济效益。苏北草鸡是江苏省苏北地区自然形成的地方鸡种，在江苏及附近的市场上已经有了一定的影响，遗传性能稳定，目前开展一系列的研究，有必要对重要生长性状的遗传标记继续进行研究。
3.鸡igf1r由单个基因编码，在结构上与胰岛素受体高度相似，与人的igf-ir有85％的同源性。鸡igf1r基因位于鸡10号染色体，基因全长150kb，由21个外显子构成，mrna全长4698bp，编码1363氨基酸残基。近年来，对家禽igf1r基因与生产性能和重要经济性状之间的关系也进行了深入的研究。因此，在鸡中寻找鉴定igf1r基因与繁殖性能相关的snps对畜禽繁殖性能的提高具有重要意义。


技术实现要素：

4.本发明的目的在于寻找苏北草鸡igf1r基因的snps位点，提供一种分子标记在鸡繁殖性能检测中应用，并以此作为鸡繁殖性能相关的snps在标记辅助选择中的应用。
5.本发明通过以下技术方案实现：
6.申请人提供了一种利用单倍型分子标记提高苏北草鸡生长性状的方法，其特征在于，提取待测样本的基因组dna，经序列如seq id no：1-2所示的特异性引物扩增得到111bp的目的片段，目的片段经sscp分析，凝胶电泳后用银染显色，得到dna的sscp图谱，根据图谱中的带型定义苏北草鸡中基因型为aa、ab和bb的个体。
7.本发明的具体方法是：
8.提取待测样本的鸡基因组dna，针对igf1r基因设计1对引物，经序列如seq id no：1-21所示的特异性引物扩增得到111bp的片段，目的片段经测序，比对分析共发现1个snps位点(g26333a)。利用spss软件进行基因型与繁殖性能间的关联分析。结果显示，在300日龄产蛋数aa和ab基因型的产蛋数显著的高于bb基因型(p＜0.05)，但由于ab基因型为杂合子，交配后又会发生基因分离的现象，不能固定，而aa基因型具有开产日龄早，300日龄产蛋数多的优点，可以固定在生产中来提高苏北草鸡的产蛋数。
9.本发明通过dna测序、pcr-sscp及关联分析的方法得到与鸡繁殖性能相关的分子标记，为鸡的分子标记辅助选择提供了1个新的snp分子标记(g26333a)。
10.更详细的技术方案参见《具体实施方式》。
附图说明
11.图1：是鸡igf1r基因1个snps(g26333a)位点的测序峰图。
12.图2：是鸡igf1r基因1个snps(g26333a)位点的pcr-sscp非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳图谱。
具体实施方式
13.实施例1
14.1.1实验动物
15.实验动物来自江苏沿海地区农业科学研究所生态养殖基地，所有个体的饲喂日粮和管理条件均一致。同时记录初出重、4、8、12、16周龄体重；翅静脉采集血样1.5ml，肝素钠抗凝，-20℃保存。常规苯酚-氯仿法抽提基因组dna，对基因组dna进行od值测定，并计录其浓度后备用。
16.在本发明中，所述的鸡繁殖性能主要包括：开产日龄、开产体重、开产蛋重、300日龄产蛋数。
17.1.2引物设计
18.根据genbank公布的鸡igf1r基因cdna序列(登录号：nc_006097)，primer 3(http：//frodo.wi.mit.edu/primer3/)在线软件设计1对引物，扩增产物大小为111bp。由上海生工生物工程有限公司合成。
19.引物序列如下：
20.正向引物f：5’aacgcctggagaactgtacg 3’(seq id no：1)
21.反向引物r：5’agtcagttatgacggtcagctt 3’(seq id no：2)
22.1.3 pcr反应
23.pcr反应体系为20μl，其中dna 1.0μl，10
×
buffer 2.0μl，mg2+(25mmol/l)2.2μl，上下游引物(10pmol/μl)各1.0μl，dntps(10mmol/l)0.8μl，taq dna聚合酶(2u/l)0.2μl，ddh2o 11.8μl，总体系20.0μl
24.pcr反应条件为94℃预变性5min，(95℃预变性6min，95℃变性30s，56℃退火30s，72℃延伸30s，循环数30循环，72℃延伸10min，10℃保存)。取2.5μl pcr产物，加7.5μl变性缓冲液于98℃变性10min，然后迅速冰浴5min。将变性好的pcr产物点样加入到10％的聚丙烯酰胺凝胶中，先250v电压预电泳10min，再140v电压电泳8～24h。在电泳结束后，进行银染显色并拍照记录结果。
25.1.4 pcr-sscp
26.将2.5μl pcr产物加入7.5μl的变性缓冲液中，98℃变性10min，然后迅速冰浴5min。将变性好的pcr产物点样加入到10％的聚丙烯酰胺凝胶中，先250v电压预电泳10min，再140v电压电泳8～24h。在电泳结束后，进行银染显色并拍照记录结果。
27.1.5结果分析
28.序列比对结果显示共检测到1个snps位点(g26333a)。在开产日龄、开产体重、开产蛋重均无显著影响(p＞0.05)。在300日龄产蛋数aa和ab基因型的产蛋数显著的高于bb基因型(p＜0.05)。aa基因型具有开产日龄早，300日龄产蛋数多的优点，可以固定在生产中来提高苏北草鸡的产蛋数。在苏北草鸡生产中可以在育雏阶段选留aa基因型个体来提高繁殖性能。
29.表1 g26333a位点基因型与生产性能的相关性
[0030][0031]
注：同行数据不同小写字母表示差异显著(p＜0.05)。


技术特征：
1.igf-ir基因在苏北草鸡繁殖性能检测中的应用。2.一种快速预测苏北草鸡繁殖性能的方法，其特征在于，提取待测样本的基因组dna，经序列如seq id no：1-2所示的特异性引物扩增得到111bp的目的片段，目的片段经sscp分析，凝胶电泳后用银染显色，得到dna的sscp图谱，根据图谱中的带型定义苏北草鸡中基因型为aa、ab和bb的个体。

技术总结
本发明属于家禽分子标记制备技术领域，具体涉一种快速预测苏北草鸡繁殖性能的方法。所述的分子标记从IGF1R基因中克隆得到，该分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1-2所示。本发明还公开了上述分子标记在苏北草鸡繁殖性能分子检测中的应用。根据PCR-SSCP图谱中的带型筛选如图2中基因型分别为AA、AB、BB的个体。本发明操作简单，结果稳定可靠，制备的SNPs分子标记可用于辅助鉴定鸡的繁殖性能。分子标记可用于辅助鉴定鸡的繁殖性能。分子标记可用于辅助鉴定鸡的繁殖性能。


技术研发人员：金崇富 杨智青 侯福银 时凯 安晨 陈应江
受保护的技术使用者：江苏沿海地区农业科学研究所
技术研发日：2020.12.18
技术公布日：2022/6/21