一种与长白猪背膘厚性状相关的SNP分子标记及其应用的制作方法

本发明属于猪分子标记，具体涉及一种与长白猪背膘厚性状相关的snp分子标记，可用于猪背膘厚性状的辅助选择和预测。

背景技术：

1、猪是畜牧生产中重要的经济动物，猪肉也是世界上最重要的肉类之一(mcglonejj.the future of pork production in the world:towards sustainable,welfare-positive systems.animals(basel).2013 may 15；3(2):401-15.)。在猪的生产过程中，生长速度和脂肪沉积作为猪的重要经济性状，会直接影响消费者的消费选择进而影响企业的经济效益，故而在猪遗传育种中得到广泛的研究(davoli r,catillo g,serra a,zappaterra m,zambonelli p,zilio dm,steri r,mele m,buttazzoni l,russov.genetic parameters of backfat fatty acids and carcass traits in large whitepigs.animal.2019 may；13(5):924-932.)。背膘厚是指猪背部皮下脂肪的厚度，可间接反映猪脂肪沉积情况，且具有较高的遗传力(gozalo-marcilla m,buntjer j,johnsson m,batista l,diez f,werner cr,chen cy,gorjanc g,mellanby rj,hickey jm,ros-freixedes r.genetic architecture and major genes for backfat thickness in piglines of diverse genetic backgrounds.genet sel evol.2021 sep 22；53(1):76.)，因此探索发现猪背膘厚遗传机制的相关分子标记有助于更好地展开猪的育种研究。

2、全基因组关联分析(gwas)，即在全基因组范围上寻找变异位点--单核苷酸多态性(snps)，进而从中筛选出与目标表型性状相关联的snps。随着二代测序技术的发展，gwas已经成为作物和动物育种研究中解锁基因型-表型关联的常规手段(liu hj,yan j.cropgenome-wide association study:a harvest of biological relevance.plant j.2019jan；97(1):8-18.)。本发明通过采集来自中粮家佳康某种猪场的长白猪耳样，提取dna后进行质检，利用porcine 80k snp高密度功能位点芯片进行基因分型得到基因型数据库，结合其表型测定数据，使用r语言的mvp包，采用mlm模型，筛选出与长白猪背膘厚性状相关的主效基因及功能突变位点(snp)，为长白猪背膘厚的辅助选择和预测改良提供了新的分子标记，对于猪的辅助筛选具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明采集的1172头长白猪dna通过porcine 80k snp高密度功能位点芯片进行基因分型，进一步使用全基因组关联分析(gwas)筛选与猪背膘厚性状显著相关的snp，为长白猪背膘厚性状的选择提供新的分子标记。

2、为了实现上述目的，本发明采用以下技术方案：

3、申请人通过全基因组关联分析筛选得到与猪背膘厚性状显著相关的snp分子标记(登录号rs1112401824)，并依据ensmble数据库猪11.1版本参考基因组得到该snp上下游200bp的核苷酸序列，其核苷酸序列如seq id no:1所示，snp标记位于所述序列的第201位，多态性位点为c或g。

4、该分子标记可用于猪背膘厚性状的辅助选择和预测，第201位的多态性位点为为g时，长白猪拥有较薄的背膘。

技术特征：

1.snp标记在猪背膘厚性状选择中的应用，其特征在于，含有snp标记的核苷酸序列如seq id no.1或2所示，snp标记位于所述序列的第201位，多态性位点为c或g。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，多态性位点为 g时猪拥有薄的背膘厚性状。

3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述猪的品种为长白猪。

技术总结
本发明属于猪分子标记技术领域，具体公开了一种与猪背膘厚性状相关的SNP分子标记。本发明采集的1172头长白猪DNA通过porcine 80k SNP高密度功能位点芯片进行基因分型，利用全基因组关联分析筛选出与猪背膘厚性状显著相关的SNP，该SNP分子标记位于2号染色体，登陆号为rs1112401824，多态性位点为C或G，当该标记突变为G时，猪拥有更薄的背膘厚性状。

技术研发人员：马国剑,谭喜红,言莹
受保护的技术使用者：武汉中粮肉食品有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/11