一种黄皮SSR分子标记引物组及其应用

本发明属于分子标记，具体涉及一种黄皮ssr分子标记引物组及其应用。

背景技术：

1、黄皮为岭南特色常绿果树，目前仅在中国有规模化商业栽培，主要分布在广东、广西、福建和海南等地。黄皮果实外形诱人、风味独特、营养丰富，且具有抗氧化、防衰老、抑肿瘤等功效，为食药两用型水果，深得消费者喜爱，近年来售价一直居高不下，给果农带来较高的经济收益，因而栽培面积不断攀升，成为产地农村经济增长的一个新亮点。然而，由于黄皮为小宗果树，长期以来育种工作得不到重视，主栽品种十分单一。随着栽培面积的不断扩大，由于主栽品种单一导致的产期过于集中，供应期短等问题，也在很多程度上削减了黄皮的栽培效益。因此，要推动黄皮产业的进一步发展，加快品种的改良与创新已刻不容缓。

2、我国是黄皮的原产地，种质资源十分丰富，然而由于缺乏系统的研究整理，导致不同种质之间的遗传背景、亲缘关系不甚清楚；与此同时，不同地域间的种质交流过程中也出现了很多同名异物和同物异名的现象，对种质资源保护、管理以及育种利用十分不利。目前对黄皮种质资源的鉴定评价还是以传统的形态学或农艺学性状比较为主，存在鉴定周期长、易受环境影响、工作量大、难以准确区分相似种质等问题。近年来尽管也有rapd、aflp、issr等分子标记技术在黄皮遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等方面的应用报道，然而以上标记皆为通用性标记，且多为显性标记，不能有效区分杂合位点，存在稳定性和重复性差、操作繁琐、效率低等缺点。

技术实现思路

1、本发明旨在针对现有技术的技术缺陷，提供一种黄皮ssr分子标记引物组及其应用，所述的引物组具有扩增稳定、多态性丰富的特点，可实现其在黄皮遗传多样性分析、亲缘关系鉴定、分子标记辅助育种等领域的应用，更具可靠性。

2、本发明的第一个目的是提供一种黄皮ssr分子标记引物组，其包括以下15对ssr引物对：

3、

4、

5、本发明的第二个目的是提供上述的ssr分子标记引物组在黄皮种质资源遗传多样性分析中的应用。

6、本发明的第三个目的是提供上述的ssr分子标记引物组在黄皮种质资源亲缘关系分析中的应用。

7、本发明的第四个目的是提供上述的ssr分子标记引物组在黄皮种质资源鉴定中的应用。

8、本发明的第五个目的是提供上述的ssr分子标记引物组在黄皮分子标记辅助育种中的应用。

9、优选的，所述应用包括以下步骤：

10、1)提取待分析黄皮样品基因组dna；

11、2)根据权利要求1所述的ssr分子标记引物组序列，合成15对荧光标记ssr引物，在每对引物的正向引物加注荧光染料6-fam；

12、3)以步骤1)所得到的黄皮基因组dna为模板，分别利用步骤2)所合成的15对荧光标记引物进行pcr扩增，得到荧光pcr扩增产物；

13、4)将所述步骤3)所得到的荧光pcr产物进行毛细管荧光电泳检测，读取毛细管电泳数据，统计条带检测结果；

14、5)将所述步骤4)所得到的条带检测结果，建立每对引物的原始矩阵，采用popgeneversion 2.0计算各对引物的观察等位基因数(na)、有效等位基因数(ne)、观察杂合度(ho)、期望杂合度(he)、nei氏平均预期基因杂合度(h)、shannon’s信息指数(i)、多态信息含量指数(pic)；利用ntsys pc2.1计算遗传相似系数并采用upgma方法构建聚类树状图，进而得出样品之间的遗传关系，实现种质资源遗传多样性分析、亲缘关系分析和种质鉴定。

15、优选的，所述建立原始矩阵的方法包括：对所述步骤4)的条带检测结果进行比对，根据扩增条带的大小进行人工读带，有带的记为“1”，无带的记为“0”，建立原始(0，1)矩阵。

16、本发明的第六个目的是提供一种试剂盒，其包含上述的ssr分子标记引物组。

17、本发明的第七个目的是提供上述的试剂盒在黄皮种质资源遗传多样性分析、黄皮种质资源亲缘关系分析、黄皮种质资源鉴定、黄皮分子标记辅助育种中的应用。

18、本发明的有益效果为：

19、本发明提供了一种ssr引物组，所述ssr引物组具有扩增稳定、重复性好、多态性丰富、便于统计等优点，可以实现其在黄皮种质资源遗传多样性分析、亲缘关系分析、种质鉴定和分子标记辅助育种中的应用，且更具可靠性。

技术特征：

1.一种黄皮ssr分子标记引物组，其特征在于，包括以下15对ssr引物对：

2.权利要求1所述的ssr分子标记引物组在黄皮种质资源遗传多样性分析中的应用。

3.权利要求1所述的ssr分子标记引物组在黄皮种质资源亲缘关系分析中的应用。

4.权利要求1所述的ssr分子标记引物组在黄皮种质资源鉴定中的应用。

5.权利要求1所述的ssr分子标记引物组在黄皮分子标记辅助育种中的应用。

6.根据权利要求2-5任一项所述的应用，其特征在于，所述应用包括以下步骤：

7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述建立原始矩阵的方法包括：对所述步骤4)的条带检测结果进行比对，根据扩增条带的大小进行人工读带，有带的记为“1”，无带的记为“0”，建立原始(0，1)矩阵。

8.一种试剂盒，其特征在于，包含权利要求1所述的ssr分子标记引物组。

9.权利要求8所述的试剂盒在黄皮种质资源遗传多样性分析、黄皮种质资源亲缘关系分析、黄皮种质资源鉴定、黄皮分子标记辅助育种中的应用。

技术总结
本发明公开了一种黄皮SSR分子标记引物组及其应用。该SSR分子标记引物组包括15对SSR引物对，核苷酸序列如SEQ ID NO.1～30所示。所述SSR分子标记引物组具有扩增稳定、重复性好、多态性丰富、便于统计等优点，可以实现其在黄皮种质资源遗传多样性分析、亲缘关系分析、种质鉴定和分子标记辅助育种中的应用，且更具可靠性。

技术研发人员：陆育生,陈慧琼,彭程,常晓晓,邱继水,陈喆
受保护的技术使用者：广东省农业科学院果树研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12