一种与猪背膘厚相关的SNP标记引物对及其应用

本发明属于分子生物学，涉及一种与猪背膘厚相关的snp标记引物对及其应用。

背景技术：

1、背膘厚是具有重要经济价值的数量性状。同时，猪背膘厚与诸多性状(如胴体性状、肉质性状、繁殖性状)存在相关，与瘦肉率之间呈很强的负相关。由于瘦肉率的测定非常繁琐，在猪的生产和选育中，用容易测量的背膘厚作为瘦肉率的评定指标具有重要意义。当前，瘦肉型商业猪种在猪肉消费市场上占有很大的市场份额，但如今人们对猪肉品质的要求也越来越高，现在的商业品种不能完全满足消费者对肉质的需求，部分高端消费者更倾向于购买地方猪肉、含有地方猪血缘的杂交猪肉等优质猪肉作为食材，但这类猪肉往往具有较厚的背膘，难以被广大消费者接受，如何降低地方猪背膘也是育种者关心的主题。

2、本发明是基于苏淮猪胴体性状研究所获得的技术，苏淮猪是由淮安市淮阴种猪场、南京农业大学、江苏省畜牧总站和淮安市农业委员会等单位于1998年开始培育，2011年3月25日通过国家畜禽遗传资源委员会品种审定的新品种。苏淮猪是在新淮猪基础上再导入大白猪血统，通过横交、多世代选育而成，含新淮猪血统50％，大白猪血统50％。苏淮猪被毛黑色(极少数有白蹄)，头中等大，额宽，耳大，略向前倾，面微凹，背腰平直而长，腹部下垂，后躯发育良好，四肢结实，苏淮猪肉质鲜美可口，深受广大消费者的青睐，但是猪群背膘厚度总体还是偏高，需要进一步选育降低。

3、背膘厚是一种典型的数量性状，具有中等到高等的遗传力(0.12～0.74)，利用全基因组关联分析(genome-wide association study,gwas)的方法能定位与背膘厚相关的数量性状基因座(quantitative trait locus,qtl)和候选基因，目前已经利用该方法在国内外众多猪种上鉴别到与背膘厚相关的qtl，但是大部分qtl的研究主要集中在西方商业猪种，如杜洛克、长白、大白及其杂交的资源群体中，对于中国培育品种如苏淮猪的研究还很少。因此，以苏淮猪为试验动物，鉴定与猪背膘厚度相关的snps标记，利用标记辅助选择技术对猪背膘厚性状进行遗传改良具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的在于针对传统猪背膘厚选育耗时费力，选育效果慢的问题，提供与猪背膘厚相关的snp标记开发而成的选育分子标记。

2、本发明的另一个目的在于提供用于检测上述snp标记的引物对和检测方法。

3、本发明的另一个目的在于提供上述snp标记、分子标记、引物的用途。

4、本发明的目的可通过以下技术方案实现：

5、一种与猪背膘厚相关的分子标记，所述的分子标记序列如seq id no：1所示，其中含有一个与猪背膘厚相关的snp标记位点，该位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点，在seq id no：1中所述的snp标记位点位于第94位，存在a/g多态性。

6、一种用于检测与猪背膘厚相关的snp标记的引物对，上游引物为：seq id no：2，下游引物为：seq id no：3；所述snp标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点的分子标记，且具有a/g多态性，所述snp标记与苏淮猪背膘厚极显著相关(p<0.001)。

7、一种检测所述的与猪背膘厚性状相关的snp标记的方法，包含pcr扩增国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的a/g多态性。

8、作为本发明的一种优选，所述的方法包括以下步骤：

9、(1)取耳组织样品提取总dna；

10、(2)用已提取的基因组dna为模板，使用seq id no：2和seq id no：3所示的引物对进行pcr扩增；

11、(2)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在seq id no：1第94位的a/g多态性。

12、与猪背膘厚相关的snp标记在筛选薄背膘的苏淮猪群体中的应用，所述snp标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点的分子标记，且具有a/g多态性，所述snp标记与苏淮猪背膘厚极显著相关(p<0.001)。

13、本发明所述的分子标记在筛选较薄背膘的苏淮猪群体中的应用。

14、本发明所述的引物对在筛选较薄背膘的苏淮猪群体中的应用。

15、一种筛选薄背膘的苏淮猪群体的方法，包括检测苏淮猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体上rs80880668核苷酸位点的基因型，选育rs80880668核苷酸位点的gg型和/或ag型个体优先作为后备种猪留种。

16、有益效果

17、本发明开发了与苏淮猪背膘厚相关的snp标记，并且提供了检测该标记的引物对和方法，能够通过鉴定该snp标记的基因型来筛选具有较薄背膘的苏淮猪品系，该品系的建立能够降低苏淮猪的背膘厚度，并且产生更多的社会和经济效益。

技术特征：

1.一种与猪背膘厚相关的snp标记，其特征在于所述snp标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体上rs80880668核苷酸位点，且具有为a/g多态性，所述snp标记与苏淮猪背膘厚极显著相关，该位点gg型个体的背膘厚极显著薄于aa型个体。

2.一种基于权利要求1所述的snp开发分子标记的方法，其特征在于以含有权利要求1所述的snp标记的核苷酸序列为基础序列，设计引物对，以苏淮猪基因组dna为模板进行pcr扩增，使权利要求1所述的snp标记转化为分子标记。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于所述的引物对序列为上游引物：seq id no：2，下游引物：seq id no：3；所述的分子标记序列如seq id no：1所示，所述的snp位点位于第94位，存在a/g多态性。

4.按照权利要求2或3所述的方法得到的分子标记。

5.根据权利要求4所述的分子标记，其特征在于分子标记序列如seq id no：1所示，所述的snp位点位于第94位，存在a/g多态性。

6.一种用于检测权利要求1所述的snp标记的引物对，其特征在于上游引物为：seq idno：2，下游引物为：seq id no：3。

7.一种检测权利要求1所述的snp标记的方法，其特征在于包含pcr扩增苏淮猪基因组中含有权利要求1所述的snp标记的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的a/g多态性。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于包括以下步骤：

9.权利要求1所述的snp标记、权利要求4或5所述的分子标记、权利要求6所述的引物在筛选较薄背膘厚的苏淮猪品系中的应用。

10.一种筛选低背膘厚的苏淮猪品系的方法，其特征在于包括检测苏淮猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体上rs80880668核苷酸位点的基因型，该位点gg型个体的背膘厚极显著薄于aa型个体，选育rs80880668核苷酸位点的gg型和/或ag型个体优先作为后备种猪留种。

技术总结
本发明涉及一种与猪背膘厚性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪4号染色体rs80880668核苷酸位点的分子标记，且具有A/G多态性，所述SNP标记与苏淮猪背膘厚极显著相关(P<0.001)。一种用于检测所述的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3。本发明提供的SNP标记与苏淮猪背膘厚极显著相关，通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有较薄背膘的苏淮猪品系，该品系的建立能够降低苏淮猪的背膘厚度，并且产生更多的社会和经济效益。

技术研发人员：黄瑞华,许会英,李平华,侯黎明,周五朵,谢文周,路发明
受保护的技术使用者：南京农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12