一种用于检测核桃抗黑斑病的SNP标记及其应用

本发明属于snp标记，具体涉及一种用于检测核桃抗黑斑病的snp标记及其应用。

背景技术：

1、核桃黑斑病是核桃属植物的一种细菌性侵染病害，病原菌为核桃黄单胞杆菌(xanthomonas campestris pv.juglandis)，核桃感病后主要在叶片和果实上表现出症状，高温高湿的雨季发病较严重。该病会造成叶片变为黑色或枯焦，果实变黑干瘪早落，严重时会造成整枝枯死，影响核桃品质和产量。不同核桃品种对细菌性黑斑病的抗性不同，同一品种在年与年间的抗病性有略微差异，但不同品种间的大致趋势是一致的，最抗病和最感病品种差异显著。目前选育推广抗病品种是防治黑斑病的有效措施，但目前抗病品种少，推广难。

2、目前主要是通过人工接种和田间调查两种方式，鉴定不同核桃品种(无性系)对黑斑病的抗性。两种方式都是通过分级法对实验材料进行分级，根据发病率和病情指数来判断不同品种(无性系)对黑斑病的抗性，不同的是人工接种一般是在室内可控条件下采用喷雾、针刺等方法在盆栽或离体叶片上接种，而田间调查是统计自然发病状况，受树势、营养条件等的影响，田间调查的结果比人工接种更准确，但黑斑病受气候影响较大，高温高湿有助于病原菌的侵染和蔓延，田间调查容易受气候影响，因此，在进行抗性鉴定时，结合田间调查和人工接种，抗性鉴定结果跟品种实际性状会更一致。但是，目前的人工接种和田间调查的方式均存在的周期长，准确性差的问题。

技术实现思路

1、针对现有技术中存在的上述问题，本发明提供一种用于检测核桃抗黑斑病的snp标记及其应用，该snp标记可准确的检测出核桃的抗黑斑病形态，通过基因手段进行检测，可大大缩短检测周期，提高检测准确性。

2、为实现上述目的，本发明解决其技术问题所采用的技术方案是：

3、一种用于检测核桃抗黑斑病的snp标记，该snp标记为c84804-s3，该snp标记的坐标为300，该标记的核苷酸碱基为c或a，该snp标记对应的基因型为a/a纯合型时，为高抗黑斑病的基因型，该snp标记对应的基因型为c/c纯合型时，为高感黑斑病的基因型，该snp标记对应的基因型为c/a杂合型时，为中等抗黑斑病的基因型。

4、一种用于检测核桃抗黑斑病的snp标记，该snp标记为c84804-s3，该snp标记序列自5’端起第300位碱基为c或a。

5、一种用于检测核桃抗黑斑病的引物组，该引物组包括引物序列1：5’-tcaagtatgtgaagcagc-3’；引物序列2：5’-tcaagtatgtgaagcaga-3’和引物序列3：tatttagcgagccaagac。

6、一种用于检测上述snp标记的试剂盒，包含上述的引物组。

7、上述的snp标记或引物组或试剂盒在核桃抗病育种中的应用。

8、一种检测核桃抗黑斑病的方法，通过对待测核桃进行权利要求1所述的snp标记的检测，确定核桃的抗黑斑病类型。

9、进一步地，具体操作如下：

10、(1)提取核桃基因组dna；

11、(2)利用权利要求2中的引物组，将步骤(1)中的待测核桃基因组dna进行pcr扩增，以便获得pcr扩增产物；

12、(3)对pcr扩增产物进行测序，以便获得测序结果，基于所述测序结果，确定待检测核桃的snp标记的基因型，并基于待测核桃的snp标记的进行，确定待测核桃的抗黑斑病类型。

13、本发明所产生的有益效果为：

14、本发明中在转录组测序的基础上，采用等位基因特异pcr对snp标记进行基因分型，开发出与核桃黑斑病相关的snp标记，该snp标记为c84804-s300，并针对该标记设计出特异性引物组，该引物组具有较高的灵敏度，能够快速的对高抗和高感材料进行快速分型，可用于抗病良种选育。

技术特征：

1.一种用于检测核桃抗黑斑病的snp标记，其特征在于，该snp标记为c84804-s3，该snp标记序列自5’端起第300位碱基为c或a。

2.一种用于检测核桃抗黑斑病的引物组，其特征在于，该引物组包括引物序列1：5’-tcaagtatgtgaagcagc-3’；引物序列2：5’-tcaagtatgtgaagcaga-3’和引物序列3：tatttagcgagccaagac。

3.一种用于检测权利要求1所述snp标记的试剂盒，其特征在于，包含权利要求2所述的引物组。

4.权利要求1中所述的snp标记或权利要求2所述引物组或权利要求3所述试剂盒在核桃抗病育种中的应用。

5.一种检测核桃抗黑斑病的方法，其特征在于，通过对待测核桃进行权利要求1所述的snp标记的检测，确定核桃的抗黑斑病类型。

6.如权利要求5中所述的方法，其特征在于，具体操作如下：

技术总结
本发明提供了一种用于检测核桃抗黑斑病的SNP标记及其应用，该SNP标记为c84804‑s3，该SNP标记序列自5’端起第300位碱基为C或A，该SNP标记对应的基因型为A/A纯合型时，为高抗黑斑病的基因型，该SNP标记对应的基因型为C/C纯合型时，为高感黑斑病的基因型，该SNP标记对应的基因型为C/A杂合型时，为中等抗黑斑病的基因型。该SNP标记可准确的检测出核桃的抗黑斑病形态，通过基因手段进行检测，可大大缩短检测周期，提高检测准确性。

技术研发人员：韩珊,李鸿朋,阮若玉,袁欢,张弛,朱天辉,刘应高,李姝江,林恬恬,谯天敏,杨春琳,李书颖,陈星羽,罗婷婷
受保护的技术使用者：四川农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12