一种与辣椒叶片黄绿性状相关的SNP分子标记及其应用的制作方法

本发明属于辣椒育种领域，尤其涉及一种与辣椒叶片黄绿性状相关的snp分子标记及其应用。

背景技术：

1、辣椒黄绿苗突变体是辣椒叶色黄绿色隐性突变体。目前利用叶色黄绿色隐性突变体进行科研及遗传育种的农作物已有棉花、西瓜、黄瓜、番茄等，且均已应用于遗传育种工作中。利用黄绿苗隐性遗传标记，可大大缩短育种年限9有利于提高亲本纯度。带有黄绿苗遗传标志性状的亲本，在繁育时，利用其黄叶隐性性状容易稳定可有效避免生物学及机械混杂的干扰，在苗期将杂株一次除尽，可完全确保原种纯度的提高，使原种的生产成本大大降低。江苏镇江农科所对辣椒黄绿苗与h97643自交分离世代中胞质雄性不育株98-1a、98-3a不育源进行杂交、自交、回交等工作，已基本实现了辣椒黄绿叶标记性状与雄性不育系的有机结合，该突变体具有较强的耐弱光和抗高温等优良特性，为辣椒在雄性不育、创造优异种质资源，选育优良品种、光合系统结构与功能及其调控机制、杂种纯度快速鉴定等方面的研究提供了有效手段。本发明开放一种能快速鉴定辣椒叶片黄绿苗的分子标记，有助于辣椒黄绿苗性状在辣椒育种中快速应用，提供辣椒育种效率。

2、snp(single nucleotide polymorphism)在于单个和核苷酸变异所引起的dna序列的多态性，主要为单个碱基的转换和颠换，在基因组中广泛存在。snp作为第三代分子标记其特点在于密度高，在人类以及植物基因组中广泛存在，复有代表性，有些基因内部的snp直接影响蛋白质结构和表达水平以及在遗传中稳定存在易实现分析自动化。本发明所涉及的kasp(竞争性等位基因pcr)通过携带不用的荧光基团来检测snp位点具有准确度高、检测速度快、成本低等优点。。

技术实现思路

1、发明目的：为了解决上述问题，本发明的目的在于提供一种与辣椒叶片黄绿性状相关的snp分子标记及其应用。

2、技术方案：本发明的目的可通过如下技术方案实现：

3、一种与辣椒叶片黄绿性状相关的snp分子标记，所述snp分子标记为cap_k_760388，该cap_k_760388位于辣椒第9号染色体第760388位碱基处，该处碱基为t的辣椒表现为叶片黄色，该处碱基为g的辣椒表现为叶片绿色；所述cap_k_760388所在的序列如seqid no.1所示。

4、tcaccaagaacgcttaattgccaatgcttgaaaagttcaaagaaatag cttattcatgtagtctctgg[t]tttgcggtacctgataacgtatattgtttact atgtttaggtgatcgcact(seq id no.1)。

5、上述与辣椒叶片黄绿性状相关的snp分子标记的特异性引物组合，包括：

6、(1)两条特异性引物，序列如下所示：

7、c09-760388-fam：

8、gaaggtgaccaagttcatgctaagaaatagcttattcatgtagt(seq id no.2)；

9、c09-760388-vic：

10、gaaggtcggagtcaacggattaagaaatagcttattcatgtagg(seq id no.3)。

11、(2)一条通用引物，其序列如下所示：

12、c09-760388-r：gttatcaggtaccgcaaaccag(seq id no.4)所示。

13、一种试剂盒，包含所述的特异性引物。

14、所述的snp分子标记、所述的特异性引物或所述的试剂盒在辣椒分子标记辅助育种中的应用。

15、所述的snp分子标记、所述的特异性引物或所述的试剂盒在检测辣椒品种叶片黄绿色性状中的应用。

16、一种检测辣椒品种叶片黄绿色性状的方法，所述方法包含应用所述的snp分子标记、所述的特异性引物或所述的试剂盒的步骤。

17、具体的，所述检测辣椒品种叶片黄绿色性状的方法，包括以下步骤：

18、(1)提取待测辣椒基因组dna；

19、(2)以辣椒基因组dna为模板，利用权利要求2所述的特异性引物或权利要求3所述的试剂盒进行kasp反应检测；

20、(3)检测辣椒叶片黄绿苗性状时，若只检测到引物c09-760388-fam所连荧光序列对应的荧光信号，则待测辣椒表现为叶片黄苗，其基因型为tt；若只检测到引物c09-760388-vic所连荧光序列对应的荧光信号，则判定待测辣椒为叶片绿苗，其基因型为gg；若同时检测到两者荧光则判断辣椒为杂合型，基因型为杂合型tg。

21、有益效果：本发明通过大量实验探索分析，构建获得合适的群体材料，然后进一步构建辣椒黄苗池进行基因组的重测序，再进行bsa定位分析，最终获得可用于检测辣椒黄苗性状的snp分子标记。

22、本发明利用黄绿苗隐性遗传标记，可大大缩短育种年限，有利于提高亲本纯度。带有黄绿苗遗传标志性状的亲本，在繁育时，利用其黄叶隐性性状容易稳定可有效避免生物学及机械混杂的干扰，在苗期将杂株一次除尽，可完全确保原种纯度的提高，使原种的生产成本大大降低。

23、本发明所涉及的kasp(竞争性等位基因pcr)通过携带不用的荧光基团来检测snp位点具有准确度高、检测速度快、成本低等优点。

技术特征：

1.一种与辣椒叶片黄绿性状相关的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记为cap_k_760388，该cap_k_760388位于辣椒第9号染色体第760388位碱基处，该处碱基为t的辣椒表现为叶片黄色，该处碱基为g的辣椒表现为叶片绿色；所述cap_k_760388所在的序列如seq id no.1所示。

2.权利要求1所述的与辣椒叶片黄绿性状相关的snp分子标记的特异性引物组合，其特征在于，包括：

3.一种试剂盒，包含权利要求2所述的特异性引物。

4.权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的特异性引物或权利要求3所述的试剂盒在辣椒分子标记辅助育种中的应用。

5.权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的特异性引物或权利要求3所述的试剂盒在检测辣椒品种叶片黄绿色性状中的应用。

6.一种检测辣椒品种叶片黄绿色性状的方法，其特征在于，所述方法包含应用权利要求1所述的snp分子标记、权利要求2所述的特异性引物或权利要求3所述的试剂盒的步骤。

7.根据权利要求6所述的检测辣椒品种叶片黄绿色性状的方法，其特征在于，包括以下步骤：

技术总结
本发明公开了一种与辣椒叶片黄绿性状相关的SNP分子标记及其应用，所述SNP分子标记为Cap_K_760388，该Cap_K_760388位于辣椒第9号染色体第760388位碱基处，该处碱基为T的辣椒表现为叶片黄色，该处碱基为G的辣椒表现为叶片绿色；所述Cap_K_760388所在的序列如SEQ ID NO.1所示。本发明应用KASP技术对所找到的SNP分子标记进行基因分型，可以快速、准确的检测辣椒叶色黄绿苗，大幅提高遗传育种效率。

技术研发人员：孙国胜,马志虎,张昌伟,张振超,戴忠良,潘永飞
受保护的技术使用者：江苏丘陵地区镇江农业科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/11