一种对食蟹猴全基因组扩增进行质控的引物组、试剂盒和方法

本发明属于生物，涉及一种对食蟹猴全基因组扩增进行质控的引物组、试剂盒和方法。

背景技术：

1、全基因组扩增技术(whole genome amplification，wga)是一种对全部基因组序列进行非选择性扩增的技术，主要目的是在如实反映基因组全貌的基础上最大限度地增加dna的量，在没有序列倾向性的前提条件下对微量组织、单个细胞的整个基因组dna进行扩增，为后续的多基因、多位点分析及基因组的全面研究提供足量的dna模板。目前wga在肿瘤学，神经学以及发育生物学等学科上有广泛的应用，利用wga可以解决dna样本量不足的问题。

2、wga技术根据方法原理不同，主要分为两种类型：一是基于热循环、以pcr为基础的扩增技术，如简并寡核苷酸引物pcr(dop-pcr)、连接反应介导的pcr(lm-pcr)、扩增前引物延伸反应(pep)以及多次退火环状循环扩增技(malbac)等；另一种是基于等温反应、不以pcr为基础的扩增技术，如多重置换扩增(mda)和基于引物酶的全基因组扩增(pwga)。目前，扩增效率、基因组覆盖度以及扩增均一性较好，且广泛应用于临床的方法是mda和malbac。这两种wga的方法各有优缺点：mda可以扩增出较长的dna片段(2000bp以上)，但是其扩增基因组的均一性不太理想，即存在某些区域dna指数扩增的问题。mda扩增产物适合用于基于pcr(gap-pcr)和基因芯片(snp单倍型分析)等技术对点突变和大片段缺失、重复的诊断，但对基因组拷贝数变异的检测效果较差；malbac扩增出来的产物可较均一的覆盖整个基因组，但是产物片段长度较短(约300-700bp)，适合用于基于pcr和ngs等技术对点突变和染色体拷贝数变异的分析。

3、随着生命科学的不断发展，食蟹猴作为实验动物越来越受到重视，同时由于食蟹猴的样本，尤其是胚胎样本较难获得，而利用wga可以为下游实验提供充足的dna样本量，但目前缺少对于食蟹猴wga产物的质控方法。

技术实现思路

1、为了克服现有技术的不足，本发明的目的在于提供一种高效、简便易行、可靠的方法对食蟹猴wga产物的质量进行评估，可以有效提高下游实验的成功率和质量，降低实验成本。

2、本发明的首要目的在于提供一种对食蟹猴全基因组扩增进行质控的引物组。

3、本发明的第二个目的是提供含有上述引物组的试剂盒。

4、本发明的第三个目的是提供利用上述引物组进行质控的方法。

5、本发明的目的通过以下技术方案实现：

6、一种对食蟹猴全基因组扩增进行质控的引物组，包括seq id no：1～seq id no：12所示的引物序列。

7、本发明通过将pgk1，rps19，gapdh，rpl32，actb，mrfap1作为对食蟹猴全基因组进行质控的6个管家基因，分别对6个管家基因设计引物，并进行筛选，由于pcr反应是在一管反应进行，为了一次扩增出6个管家基因，且在凝胶电泳图中可以清晰区分不同条带，选择产物之间大小相差>40bp的引物组合。最终获得本发明上述引物组。

8、本发明还提供含有所述引物组的试剂盒。

9、本发明还提供试剂盒在对食蟹猴全基因组扩增进行质控的应用。

10、本发明还提供一种对食蟹猴全基因组扩增进行质控的方法，是采用所述引物组对食蟹猴全基因组进行pcr扩增。

11、优选的，pcr扩增中，引物组中每条引物的浓度是0.004μmol。

12、优选的，pcr扩增所用的酶是taq pro multiplex dna polymerase多重pcr酶。

13、优选的，上述方法，pcr扩增结果判定原则是：采用琼脂糖凝胶电泳，如果扩增出5条以上产物，则说明所用的食蟹猴全基因组质量好，否则，说明所用的的食蟹猴全基因组质量不好。

14、与现有相比，本发明具有以下有益效果：

15、1、本发明提供了一种对食蟹猴全基因组扩增产物的质控方式提高下游实验的成功率和质量；2、本发明所述的一种对食蟹猴全基因组扩增产物的质控方法，简便易行，6对引物可以在同一个反应管内进行，从而减少添加试剂成分和分装的步骤，整个反应对实验室条件要求低，只需要有常规的pcr扩增实验室、琼脂糖电泳和凝胶分析仪。

技术特征：

1.一种对食蟹猴全基因组扩增进行质控的引物组，其特征在于，包括seq id no：1～seq id no：12所示的引物序列。

2.含有权利要求1所述引物组的试剂盒。

3.权利要求2所述试剂盒在对食蟹猴全基因组扩增进行质控的应用。

4.一种对食蟹猴全基因组扩增进行质控的方法，其特征在于，采用权利要求1所述引物组对食蟹猴全基因组进行pcr扩增。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，pcr扩增中，引物组中每条引物的浓度是0.004μmol。

6.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，pcr扩增所用的酶是taq pro multiplexdna polymerase多重pcr酶。

7.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，结果判定原则是：采用琼脂糖凝胶电泳，如果扩增出5条以上产物，则说明所用的食蟹猴全基因组质量好，否则，说明所用的的食蟹猴全基因组质量不好。

技术总结
本发明属于生物技术领域，公开了一种对食蟹猴全基因组扩增进行质控的引物组、试剂盒和方法。本发明所述的一种对食蟹猴全基因组扩增产物的质控方法，简便易行，6对引物可以在同一个反应管内进行，从而减少添加试剂成分和分装的步骤，整个反应对实验室条件要求低，只需要有常规的PCR扩增实验室、琼脂糖电泳和凝胶分析仪。

技术研发人员：杨世华,曾靖滔,孟伟
受保护的技术使用者：华南农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13