一种基于三代长读长测序检测胶质瘤FGFR2融合基因的方法和装置

本发明属于基因检测，具体涉及一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法。

背景技术：

1、高级别胶质瘤是一种预后极差的胶质瘤亚型，基因组数据显示，基因的融合突变(两个基因相接在一起)在胶质瘤病人中比较多发。近期有基于fgfr2基因融合突变的靶向药物获批上市，因此能准确检出胶质瘤病人的fgfr2基因融合突变的方法至关重要。

2、目前患者做基因检测主要基于第二代基因测序的方法，通过提取病人肿瘤组织的dna分子，再用全外显子探针捕获基因的外显子区域来测序。这种方法虽然在检测单个位点突变比较有优势，但是基因融合往往发生在基因的内含子区域或者基因复杂区域，全外显子探针往往捕获不到。另外，目前第二代基因测序是短片段测序(双端300bp长度测序)，但是对于长片段(几kb及以上的长度)的基因融合突变的检测效果不佳，准确度低。

技术实现思路

1、为了克服现有技术的不足，本发明的目的之一在于提供一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，利用探针捕获易发生基因融合事件的区域，结合三代测序技术的长片段检测的优势，大幅提高fgfr2融合基因的检出率。

2、本发明的目的之二在于提供一种检测胶质瘤fgfr2融合基因的装置。

3、本发明的目的之一采用如下技术方案实现：

4、一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，包括以下步骤：

5、1)设计探针，所述探针的捕获区域包括位于fgfr2基因尾部的激酶区域及所述激酶区域后面的c端区域；

6、2)取待检测的dna样本，并采用步骤1)所述的探针捕获所述dna样本中fgfr2基因的dna片段；

7、3)采用三代长读长测序仪对所述dna片段进行测序，得到测序数据；

8、4)将所述测序数据与参考基因组对比，分析得到fgfr2基因融合事件的发生情况。

9、进一步地，步骤1)中，所述探针区域包括激酶区域包括fgfr2基因的17号外显子和17号内含子，所述c端区域包括18号外显子。

10、进一步地，所述fgfr2基因的dna检测区域的范围坐标为chr10:123237800-chr10:123243320。

11、进一步地，步骤2)中，所述dna样本来源于肿瘤组织。

12、进一步地，所述dna样本的提取步骤为：提取胶质瘤患者的肿瘤组织，然后采用dna提取试剂盒提取肿瘤组织dna分子，得到dna样本。

13、进一步地，步骤4)中，具体操作为：所述测序数据与参考基因组对比后，得到bam文件，然后用igv基因组可视化浏览器装载所述bam文件后分析，得到fgfr2基因融合事件的发生情况。

14、进一步地，步骤4)中，在将所述测序数据与参考基因组对比之前还包括预处理步骤，所述预处理步骤为将测序数据比对后的bam文件，通过过滤去除低质量的测序数据。

15、进一步地，步骤4)中，所述测序数据与参考基因组对比中，若所述测序基因序列组中出现至少一段不同于所述参考基因组的异常序列，且所述异常序列的长度不小于预设阈值时，判读为出现fgfr2基因融合事件。

16、本发明的目的之二采用如下技术方案实现：

17、一种检测胶质瘤fgfr2融合基因的装置，包括：

18、dna片段获取模块，用于提取待检测样本中包含fgfr2基因尾部的激酶区域及其后面的c端区域的dna片段；

19、测序模块，用于通过三代长读长测序的方法对所述dna片段进行测序，得到测序后的样本dna的基因序列信息；

20、融合基因变异检测模块，用于通过所述测序后的样本dna的基因序列信息与参考基因组的对比，判读出样本中fgfr2基因融合事件。

21、相比现有技术，本发明的有益效果在于：

22、本发明的一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，利用三代测序技术以提高对融合基因大片段结构的检测效果，同时优化探针的基因捕获区域，使探针能全面覆盖易发生基因融合事件的区域，结合三代测序技术的长片段检测的优势，大幅提高fgfr2融合基因的检出率，有助于准确把握病情以及时地给病人更好地配fgfr2靶向药物。

23、本发明的一种检测胶质瘤fgfr2融合基因的装置，能准确检测fgfr2基因融合事件，具有较高的准确度和灵敏度。

技术特征：

1.一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，其特征在于，包括以下步骤：

2.如权利要求1所述的一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，其特征在于：步骤1)中，所述探针区域包括激酶区域包括fgfr2基因的17号外显子和17号内含子，所述c端区域包括18号外显子。

3.如权利要求1或2所述的一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，其特征在于：所述fgfr2基因的dna检测区域的范围坐标为chr10:123237800-chr10:123243320。

4.如权利要求1所述的一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，其特征在于：步骤2)中，所述dna样本来源于肿瘤组织。

5.如权利要求4所述的一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，其特征在于，所述dna样本的提取步骤为：提取胶质瘤患者的肿瘤组织，然后采用dna提取试剂盒提取肿瘤组织dna分子，得到dna样本。

6.如权利要求1所述的一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，其特征在于，步骤4)中，具体操作为：所述测序数据与参考基因组对比后，得到bam文件，然后用igv基因组可视化浏览器装载所述bam文件后分析，得到fgfr2基因融合事件的发生情况。

7.如权利要求1或6所述一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，其特征在于：步骤4)中，在将所述测序数据与参考基因组对比之前还包括预处理步骤，所述预处理步骤为将测序数据比对后的bam文件，通过过滤去除低质量的测序数据。

8.如权利要求1或6所述的一种基于三代长读长测序检测胶质瘤fgfr2融合基因的方法，其特征在于：步骤4)中，所述测序数据与参考基因组对比中，若所述测序基因序列组中出现至少一段不同于所述参考基因组的异常序列，且所述异常序列的长度不小于预设阈值时，判读为出现fgfr2基因融合事件。

9.一种检测胶质瘤fgfr2融合基因的装置，其特征在于，包括：

技术总结
一种基于三代长读长测序检测胶质瘤FGFR2融合基因的方法和装置，涉及基因检测技术领域；包括以下步骤：1)设计探针，所述探针的捕获区域包括位于FGFR2基因尾部的激酶区域及所述激酶区域后面的C端区域；2)取待检测的DNA样本，并采用步骤1)所述的探针捕获所述DNA样本中FGFR2基因的DNA片段；3)采用三代长读长测序仪对所述DNA片段进行测序，得到测序数据；4)将所述测序数据与参考基因组对比，分析得到FGFR2基因融合事件的发生情况。本发明的检测方法利用三代测序技术以提高对融合基因大片段结构的检测效果，探针能全面覆盖易发生基因融合事件的区域，大幅提高FGFR2融合基因的检出率。

技术研发人员：张继,王小莉,朱正权,朱鹏,赛克,牟永告
受保护的技术使用者：中山大学肿瘤防治中心(中山大学附属肿瘤医院、中山大学肿瘤研究所)
技术研发日：
技术公布日：2024/1/12