一种InDel分子标记及其在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用

本发明属于分子标记及种质资源鉴别，具体涉及一种indel分子标记及其在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用。

背景技术：

1、种质资源收集、鉴定、繁种、编目和保存等基础性工作是使种质资源更好地服务于育种和种业的重要前提和保证，在种质资源基础性工作中准确鉴别种质资源类型，将对开展种质资源演化、种质创新、发掘新基因等研究尤为重要。目前国家作物种质库保存水稻地方品种5万余份，水稻选育品种1万余份，这些所保存的种质资源类型是根据种质来源、表型性状调查记录进行鉴别。但在近20年种质资源收集与鉴定过程中，发现不少地方品种与选育品种的形态特征较为类似，仅靠形态特征和农艺性状很难鉴别其种质类型。利用分子标记对水稻种质类型进行鉴定是一种有效的方法之一，但关于水稻地方品种与选育品种间的鉴别技术方法至今未见报道。

2、indel分子标记的开发是基于已知的基因序列，通过比对明确不同品种个体之间序列的差异，筛选出存在插入/缺失的序列位点，再根据这些位点两端的序列设计引物来扩增这些发生插入/缺失序列区间。水稻株型基因osspy为已克隆基因，其对水稻株高、分蘖数和穗部形态等均有影响，是水稻重要农艺性状的集合，但现有技术中并未有应用osspy基因及其分子标记进行水稻种质鉴别的相关报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种indel分子标记及其在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用，所述indel分子标记可以用于水稻种质的鉴别，有效区分水稻地方品种和选育品种。

2、本发明提供了一种indel分子标记，所述indel分子标记的核苷酸序列如seq idno.1所示。

3、本发明还提供了含有上述技术方案所述indel分子标记的基因在水稻种质鉴别中的应用。

4、优选的，所述基因包括osspy基因。

5、优选的，所述水稻种质鉴别包括区分水稻的地方品种和选育品种。

6、本发明还提供了一种扩增上述技术方案所述indel分子标记的引物，所述引物包括spy1、spy2或spy3；

7、所述spy1的正向引物和反向引物分别如seq id no.2和seq id no.3所示；

8、所述spy2的正向引物和反向引物分别如seq id no.4和seq id no.5所示；

9、所述spy3的正向引物和反向引物分别如seq id no.6和seq id no.7所示。

10、本发明还提供了一种鉴别水稻种质的试剂盒，所述试剂盒包括上述技术方案所述的引物和pcr扩增试剂。

11、优选的，所述pcr扩增试剂包括缓冲试剂、dntp和dna聚合酶。

12、本发明还提供了上述技术方案所述的引物或上述技术方案所述的试剂盒在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用。

13、本发明还提供了一种鉴别水稻种质的方法，包括如下步骤：

14、以上述技术方案所述的引物对待测水稻种质的基因组dna进行pcr扩增，得到pcr扩增产物；

15、将所述pcr扩增产物进行电泳检测，得到pcr扩增产物的电泳条带；

16、将所述pcr扩增产物进行测序，得到pcr扩增产物的序列；

17、根据所述pcr扩增产物的电泳条带和pcr扩增产物的序列进行结果判定；

18、当所述pcr扩增产物的电泳条带为164bp且所述pcr扩增产物的序列中缺失所述indel分子标记，则所述待测水稻种质为选育品种；

19、当所述pcr扩增产物的电泳条带为182bp且所述pcr扩增产物的序列中含有所述indel分子标记，则所述待测水稻种质为地方品种。

20、优选的，所述电泳检测包括聚丙烯酰胺变性凝胶电泳检测。

21、有益效果：

22、本发明提供了一种indel分子标记及含有所述indel分子标记的基因在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用。基于水稻选育品种中含有所述indel分子标记，而地方品种缺失所述indel分子标记的原理，本发明所述indel分子标记可以用于有效区分水稻地方品种和选育品种，辅助水稻种质资源的筛选与鉴别，在水稻种质资源的收集和保存的相关工作中具有重要的利用价值。

技术特征：

1.一种indel分子标记，其特征在于，所述indel分子标记的核苷酸序列如seq id no.1所示。

2.含有权利要求1所述indel分子标记的基因在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用。

3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，所述基因包括osspy基因。

4.根据权利要求2或3所述的应用，其特征在于，所述水稻种质鉴别包括区分水稻的地方品种和选育品种。

5.一种扩增权利要求1所述indel分子标记的引物，其特征在于，所述引物包括spy1、spy2或spy3；

6.一种鉴别水稻种质的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求5所述的引物和pcr扩增试剂。

7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述pcr扩增试剂包括缓冲试剂、dntp和dna聚合酶。

8.权利要求5所述的引物或权利要求6或7所述的试剂盒在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用。

9.一种鉴别水稻种质的方法，其特征在于，包括如下步骤：

10.根据权利要求9所述的方法，其特征在于，所述电泳检测包括聚丙烯酰胺变性凝胶电泳检测。

技术总结
本发明属于分子标记及种质资源鉴别技术领域，具体涉及一种InDel分子标记及其在水稻种质鉴别和/或筛选中的应用。基于水稻选育品种中含有所述InDel分子标记，而地方品种缺失所述InDel分子标记的原理，本发明所述InDel分子标记可以用于有效区分水稻地方品种和选育品种，辅助水稻种质资源的筛选与鉴别，在水稻种质资源的收集和保存的相关工作中具有重要的利用价值。

技术研发人员：韩冰,韩龙植,马小定,崔迪
受保护的技术使用者：中国农业科学院作物科学研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15