一种检测水稻功能基因的引物组、引物池、试剂盒及其应用

本发明涉及生物，特别涉及一种检测水稻功能基因的引物组、引物池、试剂盒及其应用。

背景技术：

1、水稻(oryzasativa)在世界上被广泛种植，它是全球最重要的粮食作物之一，全世界半数以上的人口以水稻作为主食。我国不仅是世界上最大的水稻生产国，也是最大的水稻消费国。水稻的安全供给直接关系到我国粮食安全和社会稳定，因此水稻产业的发展在国民经济和国家安全中占据极其重要的地位。

2、长期以来科学家非常重视水稻重要基因的发掘及其分子机理研究。自20世纪90年代以来，水稻遗传学家、育种家与分子生物学家紧密合作，完成了水稻基因组测序，解析了水稻一系列重要农艺性状的遗传基础，克隆了一批控制水稻株型、产量、开花期、抗病、抗虫、抗逆、营养高效和稻米品质等重要性状的关键基因，阐明了控制这些性状的分子机理及遗传调控网络。近年来，在多种作物中都提出了分子模块设计育种的理念。每一个克隆的重要农艺性状基因就是一个分子模块。基于“全基因组导航”的分子模块设计育种就是通过对基因组进行扫描，对育成品种和育种骨干亲本的重要性状基因进行诊断摸底，已经具有哪些优良等位基因，还缺少哪些必需优良等基因，然后根据已有分子模块及其互作关系，设计品种改良的最佳路径，并通过杂交、回交和基因编辑技术，结合分子标记技术快速、准确地从后代中筛选出聚合众多优良基因型的个体。

3、虽然在水稻中已经克隆了200多个重要农艺性状基因，绘制了重要农艺性状基因“全基因组导航图”，并针对单个基因开发了可用于辅助选择的分子标记。但是，用单标记检测技术一次只检测一个基因，无法一次性获得多个性状的基因位点序列，需要多次检测，这使得检测周期长，成本高，操作极为繁琐复杂，并不利于水稻功能基因的检测。

技术实现思路

1、为了解决现有技术的问题，本发明实施例提供了一种检测水稻功能基因的引物组、引物池、试剂盒及其应用。所述技术方案如下：

2、一方面，本发明提供了一种检测水稻功能基因的引物组，所述引物组包括第1引物对至第250引物对，每个所述引物对均包括正向引物和反向引物，所述第1引物对的正向引物、所述第1引物对的反向引物至所述第250引物对的正向引物和第250引物对的反向引物依次如序列表中seq id no：1至seq id no：500所示。

3、另一方面，本发明实施例提供了一种检测水稻功能基因的引物池，所述引物池包括：引物池a、引物池b、引物池c、引物池d、引物池e、引物池f、引物池g、引物池h和引物池i中的至少一个，所述引物池a包括第1引物对至第36引物对，所述引物池b包括第37引物对至第76引物对，所述引物池c包括第77引物对至第114引物对，所述引物池d包括第115引物对至第120引物对，所述引物池e包括第121引物对至第145引物对，所述引物池f包括第146引物对至第161引物对，所述引物池g包括第161引物对至第185引物对，所述引物池h包括第186引物对至第200引物对，所述引物池i包括第201引物对至第250引物对，每个所述引物对均包括正向引物和反向引物，所述第1引物对的正向引物、所述第1引物对的反向引物至所述第250引物对的正向引物和第250引物对的反向引物依次如序列表中seq id no：1至seq idno：500所示。

4、具体地，所述引物池包括：引物池a、引物池b、引物池c、引物池d、引物池e、引物池f、引物池g、引物池h和引物池i。

5、又一方面，本发明实施例提供了一种检测水稻功能基因的试剂盒，所述试剂盒包括如权利要求1所述的引物组。

6、再一方面，本发明实施例提供了一种检测水稻功能基因的引物组的应用，所述应用包括：将如权利要求1所述的引物组用于检测水稻功能基因。

7、具体地，所述检测水稻功能基因包括：所述引物池a用于检测非生物逆境抗性基因，所述引物池b用于检测水稻逆境抗性基因，所述引物池c用于检测水稻抽穗期基因，所述引物池d用于检测氮肥利用率基因，所述引物池e用于检测水稻株型基因，所述引物池f用于检测次生代谢产物基因，所述引物池g用于检测水稻种子颜色和芒长基因，所述引物池h用于检测稻米品质基因，所述引物池i用于检测产量相关基因。

8、本发明实施例提供的技术方案带来的有益效果是：本发明实施例提供的引物组和引物池可在同一个反应体系中进行多重pcr扩增，且扩增时引物不会相互干扰，将这些引物两两进行比较，筛去了能形成二聚体的引物，避免了引物二聚体的形成，减少了非特异性扩增。同时，采用本发明实施例提供的引物组和引物池能够同一反应体系中针对多个基因进行多重pcr扩增，这大大简化了操作步骤，提高了扩增的效率，同时能够保证较高的成功率，并降低基因的漏检率。本发明提供的引物组及引物池可用于检测水稻功能基因，为水稻遗传和育种工作者提供了一种快速、准确、低成本地检测水稻重要株型、产量、开花期、抗生物逆境、抗非生物逆境、育性、营养高效和稻米品质基因变异信息的方法，能快速准确诊断现有品种、骨干亲本和品系所携带的优良等位基因，为制定育种策略提供指导，能极大地提高育种的效率。

技术特征：

1.一种检测水稻功能基因的引物组，其特征在于，所述引物组包括第1引物对至第250引物对，每个所述引物对均包括正向引物和反向引物，所述第1引物对的正向引物、所述第1引物对的反向引物至所述第250引物对的正向引物和第250引物对的反向引物依次如序列表中seq id no：1至seq id no：500所示。

2.一种检测水稻功能基因的引物池，其特征在于，所述引物池包括：引物池a、引物池b、引物池c、引物池d、引物池e、引物池f、引物池g、引物池h和引物池i中的至少一个，所述引物池a包括第1引物对至第36引物对，所述引物池b包括第37引物对至第76引物对，所述引物池c包括第77引物对至第114引物对，所述引物池d包括第115引物对至第120引物对，所述引物池e包括第121引物对至第145引物对，所述引物池f包括第146引物对至第161引物对，所述引物池g包括第161引物对至第185引物对，所述引物池h包括第186引物对至第200引物对，所述引物池i包括第201引物对至第250引物对，每个所述引物对均包括正向引物和反向引物，所述第1引物对的正向引物、所述第1引物对的反向引物至所述第250引物对的正向引物和第250引物对的反向引物依次如序列表中seq id no：1至seq id no：500所示。

3.根据权利要求1所述的引物池，其特征在于，所述引物池包括：引物池a、引物池b、引物池c、引物池d、引物池e、引物池f、引物池g、引物池h和引物池i。

4.一种检测水稻功能基因的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括如权利要求1所述的引物组。

5.一种检测水稻功能基因的引物组的应用，其特征在于，所述应用包括：将如权利要求1所述的引物组用于检测水稻功能基因。

6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，所述检测水稻功能基因包括：所述引物池a用于检测非生物逆境抗性基因，所述引物池b用于检测水稻逆境抗性基因，所述引物池c用于检测水稻抽穗期基因，所述引物池d用于检测氮肥利用率基因，所述引物池e用于检测水稻株型基因，所述引物池f用于检测次生代谢产物基因，所述引物池g用于检测水稻种子颜色和芒长基因，所述引物池h用于检测稻米品质基因，所述引物池i用于检测产量相关基因。

技术总结
本发明公开了一种检测水稻功能基因的引物组、引物池、试剂盒及其应用，属于生物技术领域。所述引物组包括第1引物对至第250引物对，每个所述引物对均包括正向引物和反向引物，所述第1引物对的正向引物、所述第1引物对的反向引物至所述第250引物对的正向引物和第250引物对的反向引物依次如序列表中SEQ ID NO：1至SEQ ID NO：500所示。采用该引物组和引物池能够同一反应体系中针对多个基因进行多重PCR扩增，这大大简化了操作步骤，提高了扩增的效率，同时能够保证较高的成功率，并降低基因的漏检率。

技术研发人员：游艾青,周雷,徐得泽,胡建林,王博,刘克德,刘凯,徐华山,闸雯俊,陈俊孝
受保护的技术使用者：湖北省农业科学院粮食作物研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13