一种与大白猪和杜洛克猪精液品质性状相关的分子标记及应用

本发明属于猪分子标记筛选技术与应用领域，具体涉及一种与大白猪和杜洛克猪精液品质性状相关的分子标记及应用。

背景技术：

1、公猪生育力对养猪业来说至关重要，而精液品质是评价公猪生育力的关键指标，是影响母猪的产仔数、活产仔数以及后代质量的一个重要因素。比起传统育种手段，分子标记辅助选择为种公猪遗传改良和优势选育提供重要依据。

2、野生型p53诱导的磷酸酶1(wip1)是一种丝/苏氨酸磷酸酶，由ppm1d基因编码，属于pp2c磷酸酶家族成员。wip1作为一个原癌基因，在肿瘤发生发展、dna损伤修复、t细胞和b细胞生长发育、细胞增殖迁移、稳态调节、衰老、代谢性疾病等多个生物学过程中发挥着重要的作用。研究发现wip1在小鼠所有组织中都有表达，尤其是在睾丸中表达量更高。wip1敲除雄鼠睾丸通常表现为睾丸结构异常、生殖细胞数量减少，提示wip1基因可能是影响动物雄性繁殖的关键因子。

3、wip1基因在不同动物中功能可能会有差异，猪wip1基因位于猪的12号染色体上，dna全长为50559bp，mrna长为2993bp，共6个外显子，编码605个氨基酸。目前，有关猪wip1基因的研究报道很少。

技术实现思路

1、本发明的目的在于获得一种与大白猪和杜洛克猪精液品质性状精液品质性状相关的遗传标记，并提供一种利用sequenom massarray snp技术检测大白猪和杜洛克猪wip1基因型的方法。

2、第一方面，本发明提供了检测snp位点g.37536832c>a基因型的物质在制备具有如下至少一种功能产品中的应用：

3、a1)鉴定或辅助鉴定或预测或辅助预测待测猪的精子活力或精液品质；

4、a2)选育精液品质高或精子活力强的猪；

5、a3)选育生育力高的公猪；

6、a4)培育繁殖力高的猪品种；

7、a5)提高猪群体繁殖力；

8、所述snp位点g.37536832c>a为seq id no：1的第101位。

9、上述snp位点基于猪基因组序列信息版本号sscrofa11.1，位于12号染色体上第37536832位点处。

10、上文所述应用中，所述snp位点g.37536832c>a的基因型为cc、aa或ca。

11、上文所述应用中，所述检测snp位点g.37536832c>a基因型的物质为b1)或b2)或b3)：

12、b1)成套引物；

13、b2)含有所述的成套引物中引物1和引物2的pcr试剂或/和含有所述的成套引物中引物3的pcr试剂；

14、b3)含有所述成套引物或所述pcr试剂任一或组合的试剂盒；

15、所述成套引物包括引物1、引物2及引物3；

16、所述引物1的核苷酸序列为seq id no：2；

17、所述引物2的核苷酸序列为seq id no：3；

18、所述引物3的核苷酸序列为seq id no：4。

19、优选的，所述引物1和引物2在对应的pcr试剂中的使用浓度均为0.45～0.55μmol/l；所述引物3在对应的pcr试剂中的使用浓度为0.6～1.3μmol/l。

20、第二方面，本发明提供了如下任一物质：

21、c1)第一方面中所述成套引物；

22、c2)含有第一方面中所述的成套引物中引物1和引物2的pcr试剂或/和含有第一方面中所述的成套引物中引物3的pcr试剂；

23、c3)含有第一方面中所述成套引物或所述pcr试剂的试剂盒；

24、c4)seq id no:1所示的dna片段。

25、上文的所述试剂盒还包括pcr扩增所需试剂、延伸反应所需试剂、sap酶、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱所需试剂或仪器。

26、第三方面，本发明提供了第一或二方面中所述成套引物、第二方面中所述pcr试剂或所述试剂盒在制备具有如下至少一种功能产品中的应用：

27、d1)鉴定或辅助鉴定或预测或辅助预测待测猪的精子活力或品质；

28、d2)选育精液品质高或精子活力强的猪；

29、d3)选育生育力高的公猪；

30、d4)培育繁殖力高的猪品种；

31、d5)提高猪群体繁殖力。

32、第四方面，本发明提供了一种鉴定或辅助鉴定或预测或辅助预测待测猪的精子活力或品质的方法，包括如下步骤：检测待测猪精液中snp位点g.37536832c>a基因型是cc、aa或ca，判断如下：

33、cc基因型的待测猪精子活力或品质大于或候选大于aa或ca基因型的待测猪。

34、上文所述方法中，所述检测待测猪精液中snp位点g.37536832c>a基因型是cc、aa或ca的方法包括如下步骤：

35、e1)以待测猪的精液基因组为模板，用第一方面中所述引物1和所述引物2进行pcr扩增，获得pcr扩增产物；

36、e2)用sap酶消化所述pcr扩增产物，得到消化产物；

37、e3)以所述消化产物为模板，用第一方面中所述引物3进行延伸反应，得到延伸产物；

38、e4)采用基质辅助激光解析电离飞行时间质谱检测所述延伸产物，获得基因型。

39、第五方面，本发明提供了一种选育精液品质高或精子活力强的猪的方法，为选育第四方面中snp位点g.37536832c>a基因型是cc的猪，为目的猪；

40、或一种选育生育力高的公猪的方法，为选育第四方面中snp位点g.37536832c>a基因型是cc的猪，为目的猪；

41、或一种培育繁殖力高的猪品种的方法，为选育第四方面中snp位点g.37536832c>a基因型是cc的猪，为目的猪；

42、或一种提高猪群体的繁殖力的方法，为选育第四方面中snp位点g.37536832c>a基因型是cc的公猪进行繁殖，实现提高猪群体的繁殖力。

43、上文中，所述猪精液品质具体通过精子活力体现。

44、上文中，所述猪举例为大白猪或杜洛克。

45、本发明筛选的分子标记可用于非诊断目的对大白猪和杜洛克公猪相关基因或基因型与大白猪和杜洛克公猪精子活力的关联分析中，提供了一个新的分子标记用于大白猪和杜洛克公猪精液性状的分子标记辅助选择。

46、本发明的实验证明，本发明提供了与大白猪和杜洛克猪精液品质性状相关的snp分子标记，该分子标记基于猪基因组序列信息版本号sscrofa11.1，遗传标记位于12号染色体上第37536832位点上存在c/a碱基突变，与大白猪和杜洛克猪精子活力性状显著相关。另外，本发明通过对大白猪和杜洛克猪精液wip1基因型进行快速分型即可确定待测大白猪和杜洛克猪的精子活力，提高其精液品质，提高公猪生育力。本发明提供的检测大白猪和杜洛克猪snp位点基因型的方法，灵敏度、准确性、稳定性好、性价比更高，可对snp位点实现自动化检测。在大白猪和杜洛克猪生产过程中，可对cc型个体进行选留，从而提高大白猪和杜洛克猪群体的繁殖力，该位点为猪分子育种提供重要的分子标记。