一个可应用于水稻早生快发的功能基因的优异基因型和KASP标记开发及应用

本发明属于植物基因工程，具体涉及一个可应用于水稻早生快发的功能基因的优异基因型和kasp标记开发及应用。

背景技术：

1、近些年水稻生产面临劳动力短缺的问题，省时省力的直播越来越受欢迎。但是，我国之所以还没有广泛应用水稻直播技术，杂草是很重要的一个限制因素。如果使用直播方式播种，后续就必须使用大量的化学农药抑制杂草的生长。农药的使用，不仅仅使得水稻的耕种成本增加，更是会严重污染我们赖以生存的环境。

2、水稻种子直播后，水稻苗和杂草在营养、光照等方面都存在竞争抑制的关系。在播种之后，如果杂草长得快，水稻苗则长得慢，甚至因为营养不足、光照不足而死亡，反之，如果水稻种子的发芽、生长的速度比杂草快，就能首先吸收到营养、捕捉到光照等，从而抑制杂草的生长。水稻在苗期的生长速率是一个多基因控制的复杂性状，利用传统的育种技术很难有效、精准的育种。只有在基因水平上了解其分子遗传机理，实施分子育种，水稻苗期快速生长的分子育种才能取得突破。

技术实现思路

1、本发明的第一个目的是提供用于鉴定具有水稻早生快发性状的基因型的snp标记，所述的snp标记位于如seq id no.1所示的核苷酸序列第727位碱基，所述碱基为g或t。若snp位点的碱基是g，则是苗矮的基因型，若snp位点的碱基是t，则是苗高的基因型。

2、本发明的第二个目的是提供用于扩增所述snp标记的kasp引物，所述的kasp引物序列如seq id no.5-7所示，具体为：

3、f1：gaaggtgaccaagttcatgctcgtccccttcattgcgacgc；

4、f2：gaaggtcggagtcaacggattcgtccccttcattgcgacga；

5、r：gtgtgtgaggacggatcggt。

6、其中f1引物划线部分为fam荧光特异标签序列，f2引物划线部分为hex荧光特异标签序列。

7、本发明的第三个目的是提供含有所述引物的试剂盒。

8、本发明的第四个目的是提供所述的snp标记、引物或试剂盒在鉴定具有水稻早生快发性状的基因型中的应用。

9、本发明的第五个目的是提供所述的snp标记、引物或试剂盒在水稻育种中的应用。

10、优选的，所述育种的目的是选育具有水稻早生快发性状的水稻。

11、本发明的第六个目的是提供一种鉴定具有水稻早生快发性状的基因型的方法，包括以下步骤：

12、(1)提取待检测水稻基因组的dna；

13、(2)以水稻基因组dna为模板，利用引物

14、f1：gaaggtgaccaagttcatgctcgtccccttcattgcgacgc；

15、f2：gaaggtcggagtcaacggattcgtccccttcattgcgacga；

16、r：gtgtgtgaggacggatcggt进行pcr检测；

17、(3)采用荧光检测仪分析pcr扩增产物基因型。

18、优选的，所述的采用荧光检测仪分析pcr扩增产物基因型，具体为：若仅检测到fam荧光，则snp位点为g/g纯合基因型，是苗矮的基因型；若仅检测到hex，则snp位点为t/t纯合基因型，是苗高的基因型；若同时检测到fam和hex荧光，则snp位点为g/t杂合子基因型。

19、本发明的第七个目的是提供上述的方法在选育具有水稻早生快发性状的水稻品种中的应用。

20、本发明提供了一种用于鉴定具有水稻早生快发性状的基因型的snp标记，该标记可以预测具有水稻早生快发性状的水稻品种，从而为选育具有水稻早生快发性状的水稻育种提供基础。

技术特征：

1.用于鉴定具有水稻早生快发性状的基因型的snp标记，其特征在于，所述的snp标记位于如seq id no.1所示的核苷酸序列第727位碱基，所述碱基为g或t。

2.根据权利要求1所述的snp标记，其特征在于，若snp位点的碱基是g，则是苗矮的基因型，若snp位点的碱基是t，则是苗高的基因型。

3.用于扩增权利要求1或2所述snp标记的kasp引物，其特征在于，所述的kasp引物序列为：

4.含有权利要求3所述引物的试剂盒。

5.权利要求1所述的snp标记、权利要求3所述的引物或权利要求4所述的试剂盒在鉴定具有水稻早生快发性状的基因型中的应用。

6.权利要求1所述的snp标记、权利要求3所述的引物或权利要求4所述的试剂盒在水稻育种中的应用。

7.根据权利要求6所述的应用，其特征在于，所述育种的目的是选育具有水稻早生快发性状的水稻。

8.一种鉴定具有水稻早生快发性状的基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：

9.根据权利要求8所述的方法，其特征在于，所述的采用荧光检测仪分析pcr扩增产物基因型，具体为：若仅检测到fam荧光，则snp位点为g/g纯合基因型，是苗矮的基因型；若仅检测到hex，则snp位点为t/t纯合基因型，是苗高的基因型；若同时检测到fam和hex荧光，则snp位点为g/t杂合子基因型。

10.权利要求8或9所述的方法在选育具有水稻早生快发性状的水稻品种中的应用。

技术总结
本发明公开了一个可应用于水稻早生快发的功能基因的优异基因型和KASP标记开发及应用。该优异基因型为Hap2<supgt;LOC</supgt;<subgt;_</subgt;<supgt;Os01g68500</supgt;，所述分子标记为SNP标记，位于如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列第727位碱基，所述碱基为G或T。若SNP位点的碱基是G，则是苗矮的基因型，若SNP位点的碱基是T，则是苗高的基因型。该标记可以预测具有水稻早生快发性状的水稻品种，从而为选育具有水稻早生快发性状的水稻育种提供基础。

技术研发人员：董景芳,杨梯丰,赵均良,王健,张少红
受保护的技术使用者：广东省农业科学院水稻研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/14