一种用于检测栝楼品种的SSR标记引物及其应用

本发明属于栝楼品种检测，具体涉及一种用于检测栝楼品种的ssr标记引物及其应用。

背景技术：

1、栝楼(trichosanthes kirilowii maxim.)是葫芦科多年生雌雄异株植物，同时兼具食用和药用价值，是一种很有发展前景的经济作物。栝楼栽培品种繁多，由于缺乏不同品种间分子标记的开发，在品种鉴定时不能从分子层面提供依据，只能通过观察植株性状进行区分。

2、ssr(simple sequence repeats)标记是近年来发展起来的一种以特异引物pcr为基础的分子标记技术，也称为微卫星dna(microsatellitedna)，是一类由几个核苷酸(一般为1～6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列。由于每个ssr两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列，研究发现，微卫星中重复单位的数目存在高度变异，这些变异表现为微卫星数目的整倍性变异或重复单位序列中的序列有可能不完全相同，因而造成多个位点的多态性。将这些变异揭示出来，就能发现不同的ssr在不同的种甚至不同个体间的多态性。

3、栝楼作为一个八倍体植物，目前还没有进行全基因组测序，筛选合适的ssr引物不仅可以用于栝楼品种鉴定，也可以为遗传图谱的构建和种质鉴定提供参考。目前，尚无利用ssr技术对栝楼品种进行鉴定的报道。

技术实现思路

1、为了解决上述技术问题，本发明的目的之一在于提供一种用于检测栝楼品种的ssr标记引物。

2、为了实现本发明的目的，本发明采用了以下技术方案：

3、一种用于检测栝楼品种的ssr标记引物，所述ssr标记引物选自如下第一引物对到第十八引物对中的任意至少3对，至多18对：

4、第一引物对，由如seq id no.1和seq id no.2所示的核苷酸序列组成；

5、第二引物对，由如seq id no.3和seq id no.4所示的核苷酸序列组成；

6、第三引物对，由如seq id no.5和seq id no.6所示的核苷酸序列组成；

7、第四引物对，由如seq id no.7和seq id no.8所示的核苷酸序列组成；

8、第五引物对，由如seq id no.9和seq id no.10所示的核苷酸序列组成；

9、第六引物对，由如seq id no.11和seq id no.12所示的核苷酸序列组成；

10、第七引物对，由如seq id no.13和seq id no.14所示的核苷酸序列组成；

11、第八引物对，由如seq id no.15和seq id no.16所示的核苷酸序列组成；

12、第九引物对，由如seq id no.17和seq id no.18所示的核苷酸序列组成；

13、第十引物对，由如seq id no.19和seq id no.20所示的核苷酸序列组成；

14、第十一引物对，由如seq id no.21和seq id no.22所示的核苷酸序列组成；

15、第十二引物对，由如seq id no.23和seq id no.24所示的核苷酸序列组成；

16、第十三引物对，由如seq id no.25和seq id no.26所示的核苷酸序列组成；

17、第十四引物对，由如seq id no.27和seq id no.28所示的核苷酸序列组成；

18、第十五引物对，由如seq id no.29和seq id no.30所示的核苷酸序列组成；

19、第十六引物对，由如seq id no.31和seq id no.32所示的核苷酸序列组成；

20、第十七引物对，由如seq id no.33和seq id no.34所示的核苷酸序列组成；

21、第十八引物对，由如seq id no.35和seq id no.36所示的核苷酸序列组成。

22、本发明的目的之二在于提供如上所述的ssr标记引物在制备用于检测栝楼品种的试剂盒中的应用。

23、本发明的目的之三在于提供一种用于检测栝楼品种的试剂盒，所述试剂盒包含如上所述的第一引物对到第十八引物对中的至少3对，至多18对引物对。

24、本发明还提供一种栝楼品种的检测方法，包括以下步骤：

25、s1.提取待检测栝楼的dna；

26、s2.利用荧光修饰的如权利要求1所述的标记引物，并利用修饰后的标记引物对s1提取的dna进行pcr扩增，获得pcr产物；

27、s3.对s2中pcr产物进行电泳检测，获取扩增的条带数量以及扩增的片段大小信息；

28、s4.根据条带数量和/或扩增的片段大小差异，区分不同栝楼品种。

29、优选的，s2中pcr反应程序为：98℃预变性2min；98℃变性10s，59℃退火10s，72℃延伸10s，35个循环后，最后72℃延伸6min。

30、本发明的有益效果在于：

31、1)本发明利用多个栝楼品种(具有高产品种优良等特点)叶片组织的转录组信息寻找ssr位点，最终筛选得到18个多态性好的通用性标记，利用最少3个，最多18个标记构成的组合可用于对栝楼品种进行鉴定。

32、2)本发明提供的ssr标记不仅可应用于栝楼栽培种和野生品种鉴定，还可以进一步用于栝楼种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种中，为栝楼种质资源和新品种保护提供技术支持。

技术特征：

1.一种用于检测栝楼品种的ssr标记引物，所述ssr标记引物选自如下第一引物对到第十八引物对中的任意至少3对，至多18对：

2.如权利要求1所述的ssr标记引物在制备用于检测栝楼品种的试剂盒中的应用。

3.一种用于检测栝楼品种的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含如权利要求1所述的第一引物对到第十八引物对中的至少3对，至多18对引物对。

4.一种栝楼品种的检测方法，其特征在于，包括以下步骤：

5.如权利要求4所述的一种栝楼品种的检测方法，其特征在于，s2中pcr反应程序为：98℃预变性2min；98℃变性10s，59℃退火10s，72℃延伸10s，35个循环后，最后72℃延伸6min。

技术总结
本发明属于栝楼品种检测技术领域，具体涉及一种用于检测栝楼品种的SSR标记引物及其应用。本发明提供的18个SSR引物组，18个引物组中任意至少3对，至多18对进行组合，可用于对栝楼品种进行鉴定。该引物组不仅可应用于栝楼栽培种和野生品种鉴定，还可以进一步用于栝楼种质资源遗传多样性分析、遗传图谱构建和分子标记辅助育种中，为栝楼种质资源和新品种保护提供技术支持。

技术研发人员：熊瑞,李卫文,储转南,董玲,彭星星,崔广胜,韩飘,梁华
受保护的技术使用者：安徽省农业科学院园艺研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13