一种与花生油酸和亚油酸显著关联的PARMS分子标记及应用的制作方法

本发明涉及分子标记，更具体地说，它涉及一种与花生油酸和亚油酸显著关联的parms分子标记及应用。

背景技术：

1、栽培种花生(arachis hypogaea l.)是我国重要的油料和经济作物。我国是花生的主要生产国家，约占世界花生总产量的40％。在国内花生产量占全国油料总产量的一半左右，居油料作物首位。因此，花生拥有巨大的经济价值和广阔的市场前景。花生富含油脂和蛋白质，同时也是维生素和矿物质的良好来源。其中，花生脂肪酸含量及组成是营养价值以及加工特性重要品质指标。花生中的油酸和亚油酸含量占脂肪酸含量可高达80％以上。油酸是单不饱和脂肪酸，稳定性高、抗氧化性和高温能力强，不容易酸败，是决定花生及其衍生品稳定性的主要脂肪酸。所以高油酸花生及其制品具有长期储藏效果较好、货架期长的优点，有利于人体健康。

2、油酸和亚油酸组成作为数量性状，受到多个基因和环境的共同影响。一方面，基于分离群体的连锁分析(linkage analysis)挖掘油酸和亚油酸相关qtls。另一方面，基于连锁不平衡的关联分析(association analysis)鉴定与花生品质性状关联的遗传变异候选区域。花生油酸和亚油酸合成途径研究指出，脂肪酸去饱和酶(fatty acid desaturase 2，fad2)是在调控花生油酸、亚油酸含量和油酸/亚油酸的比值起关键作用。美国育种专家首次在1987年育种材料中发现花生高油酸突变体f435，其油酸含量高达80％，油亚比(o/l)超过35。而控制油酸向亚油酸转化的关键基因是脂肪酸脱氢酶基因(ahfad2)。花生的a、b两个亚基因组分别存在一个ahfad2a和一个ahfad2b基因。研究发现ahfad2a在正常和高油酸花生种子中均有表达，但在高油酸花生品种中，ahfad2b转录物的稳态水平严重降低。花生中的fad2基因家族成员相对较多，不同的fad2可能在不同的组织，不同时期起到的作用不同。目前已经培育出多个高油酸品种，利用fad2基因开发的各种分子标记的开发可加快高油酸育种的进程。

3、但是，目前尚未报道其它与油酸、亚油酸相关的其它高效分子标记。这是由于，花生属于异源四倍体(aabb，2n＝4x＝40)，是野生物种经自然杂交和染色体加倍的结果。栽培种花生含有了两个祖先种(a.duranensis和a.ipaensis)各自独立的基因组。a和b基因组高度同源，并且同源和非同源基因组之间的交换现象比较普遍。这种基因组的复杂性使得在尚未见其它有效的分子标记。

技术实现思路

1、针对现有技术存在的不足，本发明的在于提供与花生油酸和亚油酸显著关联的parms分子标记及应用。

2、本发明提供了如下技术方案：一种与花生油酸和亚油酸显著关联的parms分子标记，位于花生的chr09:114966251，其多态性形式为aa/gg；上述信息基于数据库https://peanutbase.org/peanut_genome的花生基因组版本：arachis hypogaea cv.tifrunnerversion 1。

3、当所述snp的多态性位点的基因型为gg时，对应花生油酸含量高，亚油酸含量低；当所述snp的多态性位点的基因型为aa时，对应花生油酸含量低，亚油酸含量高。

4、还提供了用于扩增所述parms分子标记的引物，包括：

5、

6、还提供了含有所述引物的试剂或试剂盒。

7、还提供了所述分子标记、引物、含有引物的试剂或试剂盒的应用，包括但不限于：

8、(1)筛选或鉴定关于花生油酸和亚油酸含量性状的表型；

9、(2)花生种质资源鉴定、改良或分子标记辅助育种；

10、(3)花生油酸和亚油酸含量显著相关的基因分型；

11、(4)花生油酸和亚油酸含量性状早期预测。

12、还提供了鉴定花生油酸和亚油酸含量性状表型的方法，包括：

13、s1、样本处理

14、选取花生叶片为材料，提取dna作为后续pcr扩增的模板。

15、s2、pcr扩增

16、使用上述引物进行pcr扩增，得扩增产物。

17、s3、基因分型

18、pcr完成后，使用tecan infinite m1000酶标仪读取荧光信号，然后利用在线软件snpdecoder(http://www.snpway.com/snpdecoder/)解析转换荧光信号，得到清晰直观的分型图，并根据颜色不同，输出基因型结果。

19、s4、t检验及判断

20、分析pcr扩增产物中snp分子标记的基因型，并结合油酸含量数据进行t检验以判定待检测花生的油酸和亚油酸含量高低。

21、进一步地，判断方法为：若分子标记snp多态性位点基因型为gg时，对应花生油酸含量高，亚油酸含量低；当所述snp的多态性位点的基因型为aa时，对应花生油酸含量低，亚油酸含量高。

22、综上所述，本发明具有以下有益效果：本发明提供的与花生油酸和亚油酸显著关联的parms分子标记及判断方法，与常规化学检测方法检测油酸和亚油酸含量成本高、样本量大相比，本发明的方法简单、成本低，判断标准稳定；用于花生早期基因型鉴定，减少育种成本和工作量，提高筛选效率。

技术特征：

1.一种与花生油酸和亚油酸显著关联的parms分子标记，其特征在于，位于花生的chr09:114966251，其多态性形式为aa/gg；上述信息基于数据库https://peanutbase.org/peanut_genome的花生基因组版本：arachis hypogaeacv.tifrunner version 1。

2.根据权利要求1所述的parms分子标记，其特征在于，当所述snp的多态性位点的基因型为gg时，对应花生油酸含量高，亚油酸含量低；当所述snp的多态性位点的基因型为aa时，对应花生油酸含量低，亚油酸含量高。

3.用于扩增如权利要求1或2所述parms分子标记的引物，其特征在于，包括：

4.含有权利要求3所述引物的试剂或试剂盒。

5.根据权利要求4所述的试剂或试剂盒的应用，其特征在于，包括但不限于：

6.鉴定花生油酸和亚油酸含量性状表型的方法，其特征在于，包括以下步骤：

7.根据权利要求6所述方法，其特征在于，步骤s4的判断方法为：若分子标记snp多态性位点基因型为gg时，对应花生油酸含量高，亚油酸含量低；当所述snp的多态性位点的基因型为aa时，对应花生油酸含量低，亚油酸含量高。

技术总结
本发明公开了一种与花生油酸和亚油酸显著关联的PARMS分子标记及应用，涉及分子标记的技术领域，其技术方案要点是该PARMS分子标记，位于花生的Chr09:114966251，其多态性形式为AA/GG；当所述SNP的多态性位点的基因型为GG时，对应花生油酸含量高，亚油酸含量低；当所述SNP的多态性位点的基因型为AA时，对应花生油酸含量低，亚油酸含量高。

技术研发人员：王娟,闫彩霞,李春娟,孙全喜,牟艺菲,单世华
受保护的技术使用者：山东省花生研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/13