一种与鸡屠体性状相关的EGR1基因分子标记、试剂盒及其应用

本发明涉及生物，特别是涉及一种与鸡屠体性状相关的egr1基因分子标记、试剂盒及其应用。

背景技术：

1、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)是指基因组水平上由单个核苷酸的插入、缺失、颠换和转换等而引起的基因组dna序列的多态性。snp是动物可遗传变异中最常见的一种，在动物基因组中广泛存在，具有稳定遗传，易于检测等特性。在动物生产实践中，snp可用于分子标记辅助选择(molecular mark-assist selection，mas)，从而突破传统育种的瓶颈来提高选种的准确性和目标性状的选育效果。

2、egr1(early growth response-1)基因广泛存在于哺乳动物和人类细胞中，属于即刻早期基因家族，在受到一系列外界刺激后能迅速且短暂激活，作为转录因子，通过与靶基因启动子上特异的位点结合，调控诸多靶基因的表达，近期研究表明egr1可能对肌肉生长发育具有重要影响。张伟伟等人研究表明egr1可结合到myog基因启动子区，通过调控myog基因的表达促进体外培养的牛骨骼肌卫星细胞的分化。这提示egr1可能参与调控骨骼肌的发育。聂靖茹等人研究表明大型迪庆藏猪生长阶段s1vss2，egr1基因下调，抑制成肌细胞肌源性分化、肌腱胶原纤维减少，肌肉生长潜力下降。李志雄等人研究表明注射mir-499-5p可改变肉鸡腓肠肌肌纤维直径从而影响肌纤维特性，差异表达基因中的egr1基因可能在mir-499-5p的作用下参与了脂肪沉积和肌肉发育的调控。洪广亮在猪骨骼肌卫星细胞增殖与分化调控研究中发现egr1参与骨骼肌卫星细胞发育且主要促进其分化。那么，egr1的下调表达，推测有利于抑制pscs分化。成志敏在探讨马身猪和大白猪肌纤维性状差异的调控机制时，发现编码转录因子的egr1和fos基因通过调节细胞增殖、分化和凋亡等过程影响肌肉生长发育。崔亚凤等人研究发现egr1表达定位于c2c12的细胞核与细胞质中，随着分化的进行，其在细胞核和细胞质中的表达量均显著升高，分别激活或抑制egr1后，c2c12细胞肌管融合率以及肌肉分化标志分子肌细胞生成蛋白和肌球蛋白重链2水平均显著增加或降低，表明egr1能够促进体外小鼠成肌细胞c2c12的分化。可见，egr1在肌肉发育过程的重要作用，但目前未发现egr1基因与鸡屠体性状相关的报道。

技术实现思路

1、本发明的目的是提供一种与鸡屠体性状相关的egr1基因分子标记、试剂盒及其应用，以解决上述现有技术存在的问题，该分子标记位于egr1基因cds区，并且存在与及鸡屠体性状相关的一个snp位点，这为mas提供新的snp分子标记。

2、为实现上述目的，本发明提供了如下方案：

3、本发明提供一种与鸡屠体性状相关的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列如seq id no:3所示，所述核苷酸序列的第736位为snp位点，存在g/c突变。

4、优选的是，所述snp位点存在cc，gc，gg三种基因型。

5、本发明还提供一种扩增所述的分子标记的引物对，所述引物对的核苷酸序列如seq id no：1-2所示。

6、本发明还提供一种鉴别鸡屠体性状的试剂盒，包括所述的引物对。

7、本发明还提供一种利用所述的分子标记鉴别鸡屠体性状的方法，包括利用pcr扩增所述分子标记或者包含所述分子标记的基因序列，再分析所述分子标记的snp位点的基因型，根据所述基因型鉴别鸡屠体性状的步骤；所述鸡屠体性状包括活体重、半净膛重、全净膛重、翅膀重、腿重和胸肌率。

8、优选的是，所述pcr扩增的反应体系为：模板dna 2μl、扩增缓冲液25μl、上游引物2μl、下游引物2μl和ddh2o 19μl。

9、优选的是，所述pcr扩增的反应程序为：94℃预变性2min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s，32个循环；72℃最终延伸3min；4℃保存。

10、优选的是，所述snp位点为gg基因型时鸡的活体重、半净膛重、全净膛重、翅膀重和腿重高；所述snp位点为gc基因型时，鸡的胸肌率高。

11、本发明还提供一种所述的分子标记、或者所述的引物对、或者所述的试剂盒在鸡育种中的应用。

12、本发明还提供一种所述的分子标记、或者所述的引物对、或者所述的试剂盒在鸡屠体性状筛选中的应用。

13、本发明公开了以下技术效果：

14、本发明通过分析egr1基因，发现该基因cds区有一个与鸡屠体性状显著相关的snp位点，为mas提供新的snp分子标记，并且通过试验验证发现，该分子标记位点与活体重、半净膛重、全净膛重、翅膀重、腿重和胸肌率存在显著相关(p<0.05)，其中，gc突变杂交基因型个体的活体重、半净膛重、全净膛重、腿重、翅膀重和胸肌率显著高于cc野生纯合基因型个体(p<0.05)，而gg野生纯合基因型个体的活体重、半净膛重、全净膛重、翅膀重、腿重和胸肌率显著高于gc突变杂交基因型个体(p<0.05)。可见，本发明提供的分子标记可以准确的鉴定鸡屠体性状，从而为鸡的选育提供科学依据。

技术特征：

1.一种与鸡屠体性状相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列如seqid no:3所示，所述核苷酸序列的第736位为snp位点，存在g/c突变。

2.如权利要求1所述的分子标记，其特征在于，所述snp位点存在cc，gc，gg三种基因型。

3.一种扩增权利要求1所述的分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对的核苷酸序列如seq id no：1-2所示。

4.一种鉴别鸡屠体性状的试剂盒，其特征在于，包括权利要求3所述的引物对。

5.一种利用权利要求1所述的分子标记鉴别鸡屠体性状的方法，其特征在于，包括利用pcr扩增所述分子标记或者包含所述分子标记的基因序列，再分析所述分子标记的snp位点的基因型，根据所述基因型鉴别鸡屠体性状的步骤；所述鸡屠体性状包括活体重、半净膛重、全净膛重、翅膀重、腿重和胸肌率。

6.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应体系为：模板dna 2μl、扩增缓冲液25μl、上游引物2μl、下游引物2μl和ddh2o 19μl。

7.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述pcr扩增的反应程序为：94℃预变性2min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸30s，32个循环；72℃最终延伸3min；4℃保存。

8.如权利要求5所述的方法，其特征在于，所述snp位点为gg基因型时鸡的活体重、半净膛重、全净膛重、翅膀重和腿重高；所述snp位点为gc基因型时，鸡的胸肌率高。

9.一种如权利要求1或2所述的分子标记、或者权利要求3所述的引物对、或者权利要求4所述的试剂盒在鸡育种中的应用。

10.一种如权利要求1或2所述的分子标记、或者权利要求3所述的引物对、或者权利要求4所述的试剂盒在鸡屠体性状筛选中的应用。

技术总结
本发明公开了一种与鸡屠体性状相关的EGR1基因分子标记、试剂盒及其应用，属于生物技术领域。所述分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示，所述核苷酸序列的第736位为SNP位点，存在G/C突变；所述SNP位点存在CC、GC、GG三种基因型。利用该分子标记检测鸡的基因组DNA，经过试验发现，EGR1基因序列的一个SNP位点rs313977419G＞C，该SNP位点与鸡的屠体性状呈显著相关。因此，本发明可以准确鉴定鸡屠体性状，为分子标记辅助选择育种提供新的分子标记。

技术研发人员：罗庆斌,叶茂,范折霞,许宇航,张细权,罗文,聂庆华,詹惠娜
受保护的技术使用者：华南农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15