心脏粘液瘤的基因突变体、检测引物及试剂盒

本发明属于基因检测，更具体地，涉及心脏粘液瘤的基因突变体、检测引物及试剂盒，尤其涉及prkar1a基因突变体的检测及其应用。

背景技术：

1、心脏粘液瘤(cardiac myxoma,cm)是最常见的心脏原发性肿瘤，50％～85％为良性。由于瘤体附着于心脏的不同腔室，且受心脏搏动和血流影响，其活动范围不同，患者表现不同，可能出现贫血、发热、肌痛、房颤、心悸、晕厥、呼吸困难等症状，甚至可能出现严重危及生命的急性心血管事件，如全身栓塞和猝死。cm患者行心脏粘液瘤切除术治疗，预后良好，但也可能有恶性转化和复发。散发cm患者的复发率约为1％，家族性患者术后复发率约为20％。prkar1a(protein kinase camp-dependent type i regulatory subunit alpha)基因编码依赖环磷酸腺苷(cyclic adenosine monophosphate,camp)的蛋白激酶a(pka)ⅰ型α调节亚基，其功能失活变异会引起散发和家族性的cm，是目前唯一已知的cm致病基因。已有140多个prkar1a基因的突变被报道，其中80％在外显子，20％在与外显子相邻的内含子剪接区，且包含了单碱基的替换，15bp以下的缺失，插入或组合重排、大片段缺失等突变类型。约有64％的粘液瘤组织中可以检测到prkar1a的基因突变，因而临床上建议患者们进行针对prkar1a基因突变的遗传筛查，且任何一个prkar1a基因变异位点的发现都对cm患者的诊断具有重要意义。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种用于人prkar1a基因全外显子及相邻内含子区突变鉴定的sanger测序产品。本发明通过对prkar1a基因进行sanger测序，鉴定了c.738tdel和c.770-2a>g两个突变，具有可靠的灵敏性。

2、根据本发明第一方面，提供了一种心脏粘液瘤的基因突变体，所述基因突变体为缺失突变，突变位点对应prkar1a基因cdna序列第738位编码碱基t缺失，所述基因突变体为c.738tdel。

3、优选地，所述基因突变体引起移码，导致编码酪氨酸的密码子tat变为终止密码子tag。

4、根据本发明另一方面，提供了另一种心脏粘液瘤的基因突变体，所述基因突变体为剪接位点替换突变，突变位点对应prkar1a基因9号外显子前的第二个碱基，所述基因突变体为c.770-2a>g。

5、优选地，所述基因突变体导致mrna的异常剪接。

6、根据本发明另一方面，提供了心脏粘液瘤基因突变的检测引物，所述心脏粘液瘤基因为prkar1a基因，所述检测引物为以下引物对中的至少一种，所述引物对中：第一引物对为seq id no:1和seq id no:2、第二引物对为seq id no:3和seq id no:4、第三引物对为seq id no:5和seq id no:6、第四引物对为seq id no:7和seq id no:8、第五引物对为seq id no:9和seq id no:10、第六引物对为seq id no:11和seq id no:12、第七引物对为seq id no:13和seq id no:14、第八引物对为seq id no:15和seq id no:16、第九引物对为seq id no:17和seq id no:18、第十引物对为seq id no:19和seq id no:20、第十一引物对为seq id no:21和seq id no:22、第十二引物对为seq id no:23和seq id no:24、第十三引物对为seq id no:25和seq id no:26、第十四引物对为seq id no:27和seq id no:28、第十五引物对为seq id no:29、seq id no:30和seq id no:31、第十六引物对为seq idno:32和seq id no:33、第十七引物对为seq id no:34和seq id no:35、第十八引物对为seq id no:36和seq id no:37。

7、根据本发明另一方面，提供了一种检测心脏粘液瘤致病基因prkar1a突变的试剂盒，包括所述的心脏粘液瘤基因突变的检测引物。

8、总体而言，通过本发明所构思的以上技术方案与现有技术相比，主要具备以下的技术优点：

9、(1)本发明通过对prkar1a基因进行sanger测序，鉴定了c.738tdel和c.770-2a>g两个突变，具有可靠的灵敏性。

10、(2)本发明的测定方法测定来源于人类的基因组dna，样品没有限制，如血液、组织细胞等，通过提取和纯化这些样品制备基因组dna。本发明公开了prkar1a基因的缺失突变和替换突变，且prkar1a基因的序列已知，用sanger测序的方法可以检测上述位点的多态性和prkar1a基因外显子及其相邻内含子区的突变。

11、(3)本发明prkar1a基因中含有特殊结构polyt片段在sanger测序时容易出现乱峰，本发明的测序引物primer 15-2f*可以补充其乱峰区域的sanger测序结果，具有先进性；所检测样本来自18个pbmcs样本和16个粘液瘤组织样本中提取纯化的dna，样本采集方便，目前，未见有应用于临床诊断的确认、高危家庭成员识别的针对prkar1a基因的sanger测序产品。

12、(4)本发明的测序引物是针对prkar1a基因的转录本：enst00000392711.5设计的，其检测范围不仅涵盖了11个外显子，还包括与其相邻的内含子区，尤其是剪接位点，具有先进性。

技术特征：

1.心脏粘液瘤的基因突变体，其特征在于，所述基因突变体为缺失突变，突变位点对应prkar1a基因cdna序列第738位编码碱基t缺失，所述基因突变体为c.738tdel。

2.如权利要求1所述的基因突变体，其特征在于，所述基因突变体引起移码，导致编码酪氨酸的密码子tat变为终止密码子tag。

3.心脏粘液瘤的基因突变体，其特征在于，所述基因突变体为剪接位点替换突变，突变位点对应prkar1a基因9号外显子前的第二个碱基，所述基因突变体为c.770-2a>g。

4.如权利要求3所述的基因突变体，其特征在于，所述基因突变体导致mrna的异常剪接。

5.心脏粘液瘤基因突变的检测引物，其特征在于，所述心脏粘液瘤基因为prkar1a基因，所述检测引物为以下引物对中的至少一种，所述引物对中：第一引物对为seq id no:1和seq id no:2、第二引物对为seq id no:3和seq id no:4、第三引物对为seq id no:5和seq id no:6、第四引物对为seq id no:7和seq id no:8、第五引物对为seq id no:9和seqid no:10、第六引物对为seq id no:11和seq id no:12、第七引物对为seq id no:13和seqid no:14、第八引物对为seq id no:15和seq id no:16、第九引物对为seq id no:17和seqid no:18、第十引物对为seq id no:19和seq id no:20、第十一引物对为seq id no:21和seq id no:22、第十二引物对为seq id no:23和seq id no:24、第十三引物对为seq idno:25和seq id no:26、第十四引物对为seq id no:27和seq id no:28、第十五引物对为seq id no:29、seq id no:30和seq id no:31、第十六引物对为seq id no:32和seq idno:33、第十七引物对为seq id no:34和seq id no:35、第十八引物对为seq id no:36和seq id no:37。

6.一种检测心脏粘液瘤致病基因prkar1a突变的试剂盒，其特征在于，包括权利要求5所述的心脏粘液瘤基因突变的检测引物。

技术总结
本发明涉及心脏粘液瘤的基因突变体、检测引物及检测试剂盒，属于基因检测技术领域。所述基因突变体为缺失突变，突变位点对应PRKAR1A基因cDNA序列第738位编码碱基T缺失，具体为c.738Tdel。或者，所述基因突变体为剪接位点替换突变，突变位点对应PRKAR1A基因9号外显子前的第二个碱基，具体为c.770‑2A>G。本发明通过对PRKAR1A基因进行Sanger测序，鉴定了c.738Tdel和c.770‑2A>G两个突变，具有可靠的灵敏性。

技术研发人员：凃欣,周梦晨,姚艳
受保护的技术使用者：华中科技大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15