一个杜洛克猪全基因组低密度SNP芯片及其制备方法和应用与流程

本发明涉及基因检测，具体地，涉及一个杜洛克猪全基因组低密度snp芯片及其制备方法和应用。

背景技术：

1、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)是指存在于基因组水平上单个核苷酸的变异，由碱基的转换或颠换引起。与微卫星等重复序列多态性标记相比，snp在基因组上分布广泛，数量多，遗传稳定性高，更适用于对复杂性状与疾病的遗传解剖以及基于群体的基因识别等方面的研究。同时，由于snp具有二态性，且单个snp位点突变率低，易于通过芯片技术实现自动化和规模化检测。因此，snp成为继限制性酶切片段长度多态性标记(rflp)、dna重复序列的多态性标记(包括小卫星、微卫星dna重复序列)之后的第三代主流基因遗传标记。snp在基因组中具有高密度和高保守型，在猪基因组27亿个碱基中，每300～400个碱基会出现一个snp位点，整个基因组中会出现超过6400万个位点。

2、基于snp的新型高通量分子标记技术主要由两大类：一类是基于测序技术的高通量分子标记技术；另一类是基于基因芯片技术的分子标记技术。

3、基于测序技术的分子标记技术虽然具有通量高和灵活性高等优点，但是短片段测序依赖于参考基因组序列。位于重复序列区域或者在参考基因组上没有的区域很难检测和分析，并且测序数据的处理、序列基因组定位和基因分型的计算等复杂过程对于数据分析的要求较高，这些缺点在一定程度上限制了该方法的广泛使用，特别是在分子育种中大规模使用。

4、基因芯片(gene chip)又称dna芯片或生物芯片。基因芯片的基本原理使用杂交测序法，将已知序列的核苷酸作为探针与标记的靶核苷酸序列进行杂交，通过对信号的检测进行定性与定量分析。基因芯片可在一个微小的基片(硅片、玻片等)表面集成大量的分子识别探针，能够在同一时间内平行分析大量基因，进行大信息量的检测分析。由于其快速、高通量的优点，芯片在精华、基因定位、分子育种中得到广泛应用。尤其在以基因组选择为核心的动植物分子育种领域，芯片更易于标准化、通用化、流程化，从而得到大规模应用。目前，用于猪的商用snp芯片主要包括基于illumina平台的porcinesnp60芯片、geneseek研发的porcinesnp80芯片、国产的“中芯一号”kps-porcinebreeding芯片以及affymetrix平台开发的70k芯片。

5、国内商品猪三元杂交体系以杜洛克猪×长白猪×大白猪为主，占据了90％以上的市场份额。在该杂交体系中，杜洛克猪作为终端父本，为商品猪提供50％的遗传贡献，父系杜洛克猪的生产性能和遗传资质，直接影响后代商品猪的生产价值和经济效益。因此，基因组育种对父系杜洛克具有重要的应用价值。当前市场上商业芯片的使用率较高，但对于分子育种实际应用而言，其价格仍然较高，限制了在猪场中的大规模使用。而低密度芯片则可以在降低价格的前提下，保证分子育种的使用效果，但目前开发的低密度芯片的准确性问题有待商榷。因此，需要提供一种准确性高的猪snp低密度芯片，才能满足大规模猪育种的需要。

技术实现思路

1、本发明的目的是为了克服现有技术的上述不足，提供一个杜洛克猪全基因组低密度snp芯片及其制备方法和应用。

2、本发明的第一目的是提供一个杜洛克猪全基因组低密度snp芯片。

3、本发明的第二目的是提供检测上述snp芯片中的snp位点的试剂在杜洛克猪遗传育种中的应用。

4、本发明的第三目的是提供检测上述snp芯片中的snp位点的装置在杜洛克猪遗传育种中的应用。

5、本发明的第四目的是提供一种杜洛克猪全基因组低密度snp芯片的制备方法。

6、本发明的第五目的是提供上述制备方法制备得到的杜洛克猪全基因组低密度snp芯片。

7、本发明的第六目的是提供上述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪遗传育种中的应用。

8、本发明的第七目的是提供上述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪毛色选择中的应用。

9、本发明的第八目的是提供上述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪全基因组关联分析中的应用。

10、本发明的第九目的是提供上述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在填充至高密度芯片中的应用。

11、为了实现上述目的，本发明是通过以下方案予以实现的：

12、一个杜洛克猪全基因组低密度snp芯片，包括11258个snp标记位点，所述snp位点如表1所示。

13、本发明还请求保护上述snp位点在制备杜洛克猪全基因组低密度芯片中的应用。

14、本发明还请求保护检测上述snp位点的试剂在杜洛克猪遗传育种中的应用。

15、本发明还请求保护检测上述snp位点的装置在杜洛克猪遗传育种中的应用。

16、优选地，所述装置为snp芯片。

17、一种杜洛克猪全基因组低密度snp芯片的制备方法，所述制备方法为利用上述snp位点形成snp芯片。

18、本发明还请求保护上述制备方法制备得到的杜洛克猪全基因组低密度snp芯片。

19、优选地，所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片中相邻snp标记位点之间的平均物理距离为201kb。

20、优选地，所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片中相邻snp标记位点之间的连锁不平衡程度r2为0.37。

21、优选地，所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片的平均次等位基因频率(maf)为0.30。

22、本发明还请求保护上述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪遗传育种中的应用。

23、本发明还请求保护上述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪毛色选择中的应用。

24、本发明还请求保护上述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪全基因组关联分析中的应用。

25、本发明还请求保护上述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在填充至高密度芯片中的应用。

26、与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：

27、本发明提供了一个杜洛克猪全基因组低密度snp芯片，包括11258个snp位点。所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片上的snp位点在杜洛克猪基因组上均匀分布，可以有效地覆盖基因组效应区域，保证了低密度芯片的基因组预测效力，更能保证利用所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片填充后具有同等的遗传评估能力，对于产业化应用低密度snp芯片，全面发展猪基因组遗传育种具有推动型作用，大幅度提高猪选育的准确性，加快杜洛克种猪育种的遗传进展。

技术特征：

1.一个杜洛克猪全基因组低密度snp芯片，其特征在于，包括11258个snp位点，所述snp位点如下表所示，

2.检测权利要求1中所述snp位点的试剂在杜洛克猪遗传育种中的应用。

3.检测权利要求1中所述snp位点的装置在杜洛克猪遗传育种中的应用。

4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，所述装置为snp芯片。

5.一种杜洛克猪全基因组低密度snp芯片的制备方法，其特征在于，所述制备方法为利用权利要求1中所述的11258个snp位点形成snp芯片。

6.权利要求5所述制备方法制备得到的杜洛克猪全基因组低密度snp芯片。

7.权利要求6所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪遗传育种中的应用。

8.权利要求6所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪毛色选择中的应用。

9.权利要求6所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在杜洛克猪全基因组关联分析中的应用。

10.权利要求6所述杜洛克猪全基因组低密度snp芯片在填充至高密度芯片中的应用。

技术总结
本发明公开了一个杜洛克猪全基因组低密度SNP芯片，包括11258个SNP位点。所述杜洛克猪全基因组低密度SNP芯片上的SNP位点在杜洛克猪基因组上均匀分布，可以有效地覆盖基因组效应区域，保证了低密度芯片的基因组预测效力，更能保证利用所述杜洛克猪全基因组低密度SNP芯片填充后的高密度芯片具有同等的遗传评估能力，对于产业化应用低密度SNP芯片，全面发展猪基因组遗传育种具有推动型作用，大幅度提高猪选育的准确性，加快杜洛克种猪育种的遗传进展。

技术研发人员：张代坚,邓玲香,王希斌,张瑞锋,黄珍,何耀棋,卓红光,覃玉凤,彭文清,郑桂华
受保护的技术使用者：河源兴泰农牧股份有限公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15