一种与鸭体重性状相关的HMGA2基因分子标记及检测方法和应用

本发明属于分子生物学领域，具体涉及一种与鸭体重性状相关的分子标记及检测方法和应用。

背景技术：

1、我国是世界上水禽遗传资源非常丰富的国家之一，水禽遗传资源不仅数量众多，而且种质特性各异。基于地方品种的不同特点，培育出了部分专用型品种。但总体来说，水禽种业发展仍面临不少的问题，主要为缺乏有国际竞争力的标志性品种，肉鸭因生长速度慢、饲料转化效率低等问题，其种源主要从国外引进。我国现今已经成为世界肉鸭生产和消费的第一大国，因此，培育具有我国自主知识产权的快大型肉鸭具有重要意义。生长性状一直是肉用畜禽遗传改良的关键经济性状之一。传统育种中通常根据个体测定、同胞测定或者后裔测定的表型性状留种，但传统育种方法无法进行早期选种，增大了世代间隔，降低了选择反应。因此，开发新的效应大的分子标记，借助分子标记辅助选择加快育种进程是肉鸭种质资源改良的可行方案。

2、hmga2基因，全称高迁移率组at-hook 2蛋白，是一种非组蛋白的染色质蛋白，可与染色体结合，通过改变基因结构，在转录水平调控基因的表达，参与多种生物学功能，例如细胞迁移和分化，在肿瘤发生、细胞周期和细胞凋亡中起重要作用。人类全基因组相关性研究证实，hmga2基因与身高存在显著相关性。hmga2基因敲除的小鼠表现出侏儒表型。snp位点多态性分析及qtl定位研究发现hmga2基因与鸡体重周增重值存在相关性，且该区域内存在影响体重的位点，是研究生长性状的重要候选基因。但影响鸭生长性状的hmga2基因的结构变异仍未解析，严重阻碍了hmga2基因在肉用鸭新品种培育过程中的应用。

技术实现思路

1、为了鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭，本发明提供如下技术方案：

2、本发明的目的在于提供一种与鸭体重性状相关的hmga2基因分子标记line/cr1，其特征在于：所述分子标记line/cr1位于鸭hmga2基因的内含子区域，具体位置为：鸭基因组chr 1：36319887-36322598，为插入型多态分子标记，核苷酸序列如seq id no.1所示；扩增所述hmga2基因分子标记line/cr1的特异性引物由引物f2、引物r2组成；所述引物f2包含seq id no.2所示的dna分子；引物r2包含seq id no.3所示的dna分子。

3、本发明还提供了如下方法：

4、本发明提供了一种鉴定待测鸭体重性状的方法，包含如下步骤：检测待测鸭hmga2基因内含子区域的多态分子标记line/cr1，经电泳检测分析，判断基因型；基因型为ii的待测鸭具有高体重性状。

5、本发明还提供了一种选育高体重鸭的方法，包含如下步骤：检测待测鸭hmga2基因内含子区域的多态分子标记line/cr1，经电泳检测分析，判断基因型；选育基因型为ii的待测鸭进行留种，得到高体重鸭。

6、在本发明的实施例中，所述检测待测鸭hmga2基因内含子区域的多态分子标记line/cr1的方法包含如下步骤：用以上所述特异性引物对待测鸭进行等位基因特异性扩增，然后进行电泳检测分析；

7、若可扩增得到一条3837bp的电泳条带，则待测鸭基因型为ii；

8、若可同时扩增得到两条分别为1126bp和3837bp的电泳条带，则待测鸭基因型为iw；

9、若可扩增得到1126bp的电泳条带，则待测鸭基因型为ww。

10、本发明还提供了如下应用：

11、本发明提供了鸭hmga2基因分子标记line/cr1或其检测物质在鉴定鸭体重性状中的应用；

12、或，本发明提供了鸭hmga2基因分子标记line/cr1或其检测物质在选育高体重鸭中的应用；

13、或，本发明提供了检测鸭hmga2基因分子标记line/cr1的物质在制备鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭的产品中的应用。

14、在本发明的实施例中，所述检测鸭hmga2基因分子标记line/cr1的物质包括下述1)或2)：

15、1)扩增所述分子标记line/cr1的特异性引物；

16、2)含有所述引物的pcr试剂；

17、所述引物由引物f2、引物r2组成；

18、所述引物f2包含seq id no.2所示的dna分子；引物r2包含seq id no.3所示的dna分子；

19、所述鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭的产品包含鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭的试剂盒、芯片。

20、本发明提供了一种扩增鸭hmga2基因分子标记line/cr1的特异性引物，所述特异性引物由引物f2、引物r2组成；所述引物f2包含seq id no.2所示的dna分子；引物r2包含seq id no.3所示的dna分子。

21、本发明还提供了鸭hmga2基因分子标记line/cr1、特异性引物、以上方法或应用在鸭子分子标记辅助育种中的应用。

22、相对于现有技术，本发明的有益效果：

23、本发明提供的鸭hmga2基因分子标记line/cr1和特异性引物可鉴定鸭的体重性状，能够在早期筛选出具有高体重性状的肉鸭，加快育种进程，对于我国肉用鸭新品种培育具有重要意义。

技术特征：

1.一种与鸭体重性状相关的hmga2基因分子标记line/cr1，其特征在于：所述分子标记line/cr1位于鸭hmga2基因的内含子区域，为插入型多态分子标记，核苷酸序列如seq idno.1所示；扩增所述hmga2基因分子标记line/cr1的特异性引物由引物f2、引物r2组成；所述引物f2包含seq id no.2所示的dna分子；引物r2包含seq id no.3所示的dna分子。

2.一种鉴定待测鸭体重性状的方法，其特征在于，包含如下步骤：检测待测鸭hmga2基因内含子区域的多态分子标记line/cr1，经电泳检测分析，判断基因型；基因型为ii的待测鸭具有高体重性状。

3.一种选育高体重鸭的方法，其特征在于，包含如下步骤：检测待测鸭hmga2基因内含子区域的多态分子标记line/cr1，经电泳检测分析，判断基因型；选育基因型为ii的待测鸭进行留种，得到高体重鸭。

4.根据权利要求2、3任一所述的方法，其特征在于：所述检测待测鸭hmga2基因内含子区域的多态分子标记line/cr1的方法包含如下步骤：用权利要求1中所述特异性引物对待测鸭进行等位基因特异性扩增，然后进行电泳检测分析；

5.权利要求1所述的hmga2基因分子标记line/cr1、检测鸭hmga2基因分子标记line/cr1的物质在鉴定鸭体重性状中的应用，其特征在于：所述分子标记line/cr1位于鸭基因组chr 1：36319887-36322598，为插入型多态分子标记line/cr1，核苷酸序列如seq id no.1所示。

6.权利要求1所述的hmga2基因分子标记line/cr1、检测鸭hmga2基因分子标记line/cr1的物质在选育高体重鸭中的应用，其特征在于：所述分子标记line/cr1位于鸭基因组chr 1：36319887-36322598，为插入型多态分子标记line/cr1，核苷酸序列如seq id no.1所示。

7.检测鸭hmga2基因分子标记line/cr1的物质在制备鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭的产品中的应用，其特征在于：所述分子标记line/cr1位于鸭基因组chr 1：36319887-36322598，为插入型多态分子标记，核苷酸序列如seq id no.1所示；所述鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭的的产品包含鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭的的试剂盒、芯片。

8.根据权利要求5-7任一所述的应用，其特征在于：所述检测鸭hmga2基因分子标记line/cr1的物质包括下述1)或2)：

9.一种扩增鸭hmga2基因分子标记line/cr1的特异性引物，其特征在于，所述特异性引物由引物f2、引物r2组成；所述引物f2包含seq id no.2所示的dna分子；引物r2包含seq idno.3所示的dna分子。

10.权利要求1所述的分子标记line/cr1、权利要求2或3所述的方法、权利要求5-7任一所述的应用、权利要求9所述的特异性引物在鸭分子标记辅助育种中的应用。

技术总结
本发明提供了一种与鸭体重性状相关的HMGA2基因分子标记LINE/CR1及其在鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭中的应用，所述分子标记LINE/CR1位于鸭HMGA2基因的内含子区域，为插入型多态分子标记，核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。本发明还提供了检测鸭HMGA2基因分子标记LINE/CR1的物质在鉴定鸭体重性状或选育高体重鸭中的应用，所述检测物质为扩增所述分子标记LINE/CR1的特异性引物，所述引物序列分别包含SEQ ID NO.2、3所示的DNA分子。本发明的优势在于：提供的分子标记LINE/CR1和特异性引物可鉴定鸭的体重性状，能够在早期筛选出具有高体重性状的肉鸭，加快育种进程，对于我国肉用鸭新品种培育具有重要意义。

技术研发人员：李文婷,王克君,张晨曦,杨岚,曹然然,胡晓玉,田凯元,许春红,李东华,孙桂荣,田亚东,康相涛
受保护的技术使用者：河南农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15