基于VIPR2及PDGFRA的近视相关基因分型检测引物组、试剂盒及应用

本发明涉及基因工程，具体涉及一种基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组、试剂盒及应用。

背景技术：

1、近视是物体成像落在视网膜之前，造成患者看近处不清晰的现象。近视发病率逐年上升，已经成为全球关注的重大眼健康问题。预计到2050年全球近一半人口将近视，10％为高度近视。高度近视可以造成许多威胁视力的并发症，如开角型青光眼、近视性黄斑病变，因此早期发现近视易感人群并采取针对其有效的防控措施十分重要。目前认为减少近距离用眼时间、增加户外活动时间是有效的防止近视发生或延缓近视进展的行为方式改变。然而并非所有个体对行为方式干预都可获得理想的效果。除了环境因素，基因也在近视的发生发展中起到关键作用。目前学术界普遍认为一般的近视(也可称作学校近视)是由多基因共同影响的复杂形状，许多微效基因的累加最终导致疾病发生。在这个过程中，环境与基因可以产生交互作用，即基因在不同的环境下对于疾病发生的贡献不同。现在已有研究发现gdj2、aplp2等基因上存在可与近距离工作时间交互的位点，携带易感基因的个体在“过度用眼”情况下相比于未携带者更容易发生近视，在“正常用眼”情况下易感基因的致病作用并不体现。这些发现可以提示我们，针对携带该近视易感基因的个体可以通过减少近距离用眼时间来更有效的防控近视。vipr2基因(血管活性肠肽受体2)中的rs2071623在全基因组关联分析(gwas)中被发现与高度近视相关。我们的基因环境交互研究发现该位点与儿童户外活动时间存在显著交互作用。pdgfra基因(血小板源性生长因子受体α)中的rs2114039与角膜曲率具有相关性，rs6554163与角膜曲率及眼轴长度均有相关性，这两个位点均与户外活动时间存在交互作用；其中rs6554163还与持续近距离阅读时间存在交互作用。因而，我们认为检测儿童这几个位点的基因分型可以帮助临床医生判断选择哪种行为干预方式对近视防控更有效果。

2、现有的基因检测大部分是针对单基因(孟德尔遗传)近视的诊断，这类近视几乎不受环境因素的影响，目前没有十分有效的药物或者行为方式干预来控制此类近视的发生。而对于患病率更高，覆盖人群更广泛的一般近视则可以通过药物(阿托品)、减少近距离用眼负荷、增加户外活动时长等方式延缓进展。但还没有很好的方法筛选出针对个体，哪种手段效性更高。

技术实现思路

1、本发明的目的在于提供一种依据基因环境交互作用理论，根据个体vipr2中rs2071623位点的基因分型判断其采用增加户外活动是否可以有效防控近视的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组、试剂盒及应用，以解决上述背景技术中存在的至少一项技术问题。

2、为了实现上述目的，本发明采取了如下技术方案：

3、一方面，本发明提供一种基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组，所述引物组包括3组，3组引物组的序列表如seq id no.1-9所示。

4、进一步的，所述近视相关基因为vipr2基因和pdgfra基因，所述vipr2基因的多态性位点为vipr2 rs2071623；所述pdgfra基因的多态性位点为pdgfra rs6554163和pdgfrars2114039。

5、进一步的，所述的3组引物组及其对应的检测位点分别为：

6、第一组引物组如序列表seq id no.1-3所示，用于检测vipr2 rs2071623位点：

7、第二组引物组如序列表seq id no.4-6所示，用于检测pdgfra rs6554163位点：

8、第三组引物组如序列表seq id no.7-9所示，用于检测pdgfra rs2114039位点。

9、进一步的，所述的3组引物组中每组引物组包含一条单碱基延伸引物和两条pcr引物。

10、进一步的，vipr2基因种的rs2071623有三种基因型，分别为cc、ct、tt；pdgfra基因中的rs6554163有三种基因型，分别为aa，at，tt，携带杂合子at者；pdgfra基因中的rs2114039有三种基因型，分别为cc，ct，tt。

11、进一步的，第一组引物中序列seq no.1和序列seq no.2扩增含有rs2071623位点的基因片段，seq no.3进行单碱基延申反应；

12、若产物为gacagaagaatgagcgccc，则分型为c；

13、若产物为gacagaagaatgagcgcct，则分型为t；

14、第二组引物中序列seq no.4和序列seq no.5扩增含有rs2114039位点的基因片段，seq no.6进行单碱基延申反应；若产物为ccaattgagccgggccg则分型为t，若产物为ccaattgagccgggccga则分型为c；

15、第三组引物中序列seq no.7和序列seq no.8扩增含有位点的基因片段，seq no.9进行单碱基延申反应，若产物为gggaatttcctcacctattag，则分型为t，若产物为gggaatttcctcacctattaga，则分型为a。

16、第二方面，本发明提供如上所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组在制备用于检测vipr2基因、pdgfra基因分型的试剂中的应用。

17、第三方面，本发明提供如上所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组在制备用于检测高度近视风险的产品中的应用。

18、第四方面，本发明提供一种检测高度近视的试剂盒，所述试剂盒包含如上所述的引物组，所述引物组包括至少如seq id no.1-9所述的引物。

19、进一步的，所述试剂盒还包括在采用荧光pcr法、pcr扩增法、taqman探针法、snapshot法、hrm法、illumina beadxpress法、sanger测序法中任一种或者多种的组合中所使用的试剂。

20、本发明有益效果：提供了3个可用于检测高度近视风险的snp位点通过vipr2基因rs2071623位点、pdgfra基因rs6554163和rs2114039位点分型可以区分对人群对户外活动保护近视的敏感性，对近视防控手段的选择具有指导意义；依据基因环境交互作用理论，根据个体vipr2中rs2071623位点的基因分型、pdgfra基因中rs6554163和rs2114039位点的基因分型判断其采用增加户外活动是否可以有效防控近视。

21、本发明附加的方面和优点将在下面的描述中部分给出，这些将从下面的描述中变得明显，或通过本发明的实践了解到。

技术特征：

1.一种基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组，其特征在于，所述引物组包括3组，3组引物组的序列表如seq id no.1-9所示。

2.根据权利要求1所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组，其特征在于，所述近视相关基因为vipr2基因和pdgfra基因，所述vipr2基因的多态性位点为vipr2rs2071623；所述pdgfra基因的多态性位点为pdgfrars6554163和pdgfrars2114039。

3.根据权利要求2所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组，其特征在于，所述的3组引物组及其对应的检测位点分别为：

4.根据权利要求3所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组，其特征在于，所述的3组引物组中每组引物组包含一条单碱基延伸引物和两条pcr引物。

5.根据权利要求4所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组，其特征在于，vipr2基因种的rs2071623有三种基因型，分别为cc、ct、tt；pdgfra基因中的rs6554163有三种基因型，分别为aa，at，tt，携带杂合子at者；pdgfra基因中的rs2114039有三种基因型，分别为cc，ct，tt。

6.根据权利要求5所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组，其特征在于：

7.如权利要求1-6任一项所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组在制备用于检测vipr2基因、pdgfra基因分型的试剂中的应用。

8.如权利要求1-6任一项所述的基于vipr2及pdgfra的近视相关基因分型检测引物组在制备用于检测高度近视风险的产品中的应用。

9.一种检测高度近视的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包含如权利要求1-6任一项所述的引物组，所述引物组包括至少如seq id no.1-9所述的引物。

10.根据权利要求7所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括在采用荧光pcr法、pcr扩增法、数字pcr法、液相芯片法、二代测序法或三代测序法中任一种或者多种的组合中所使用的试剂。

技术总结
本发明提供一种基于VIPR2及PDGFRA的近视相关基因分型检测引物组、试剂盒及应用，属于基因工程技术领域。本发明得到了基于VIPR2及PDGFRA的近视相关基因分型检测引物组，所述引物组包括3组，3组引物组的序列表如SEQ ID No.1‑9所示，分别用于检测多态性位点VIPR2rs2071623、PDGFRA rs6554163和PDGFRArs2114039；引物组可用于制备检测VIPR2基因、PDGFRA基因分型的试剂以及制备用于检测高度近视风险的产品。提供了3个可用于检测高度近视风险的SNP位点，可以区分对人群对户外活动保护近视的敏感性，对近视防控手段的选择具有指导意义；依据基因环境交互作用理论，根据个体rs2071623位点、rs6554163和rs2114039位点的基因分型判断其采用增加户外活动是否可以有效防控近视。

技术研发人员：李仕明,何曦,王宁利
受保护的技术使用者：首都医科大学附属北京同仁医院
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16