一种与牡丹种子亚油酸相关的SNP位点组合及其应用的制作方法

本发明属于生物分子遗传，尤其涉及一种与牡丹种子亚油酸相关的snp位点组合及其应用。

背景技术：

1、牡丹（ paeonia suffruticosaandr.）隶属芍药科（paeoniaceae）芍药属（ paeonia），是多年生落叶灌木，原产于我国，具有药用、油用和观赏等价值。2011年，国家卫生部发布了批准牡丹籽油作为新资源食品的公告，牡丹籽油逐渐成为中国国民餐桌的高品质食用油。脂肪酸的组分和含量是油用牡丹重要的农艺性，是决定食用油品质的重要指标之一。

2、亚油酸是人体必需脂肪酸，是人体不能合成必须从外界摄取。牡丹种子亚油酸含量在23.14%-30.75%之间，不同牡丹品种之间差异显著。提高油用牡丹的亚油酸含量是当前油用牡丹育种目标之一。

3、传统的育种技术周期长，油用牡丹的亚油酸含量有待提高。相对于传统的育种技术，分子标记辅助育种可以从苗期开始选择，大幅缩短育种周期。因此，开发与油用牡丹脂肪酸含量相关的分子标记，对于油用牡丹种子的油用品质改良和分子标记辅助育种具有重要意义。

技术实现思路

1、鉴于现有技术的上述缺点、不足，本发明提供一种与牡丹种子亚油酸相关的snp位点组合及其应用，通过检测该snp标记，可以实现牡丹种子亚油酸的早期预测和快速筛选，加快牡丹种子亚油酸遗传改良的育种进程。

2、为了达到上述目的，本发明采用的主要技术方案包括：

3、一种与牡丹种子亚油酸相关的snp位点组合，所述snp位点组合包括2个snp位点，每个snp位点包含两种不同的碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化；所述snp位点的变异信息如下：标记polpat2-712，podgat2-484，分别含有如seq id no:1所示序列的178位的多态性为 c/a 和seq id no:2所示序列的240位的多态性为t/a。

4、一种用于获得所述的snp标记的特异性引物对，所述引物对如下：

5、polpat2-712-f1：gcaaagcttttagcagctc

6、polpat2-712-r1：ttcaggcaaatccttcatc

7、podgat2-484-f1：tatgtctttggttatgagcc

8、podgat2-484-r1：agtaaactggaactaggggtag。

9、一种获得所述的snp标记体系的建立方法，以牡丹叶片dna为模板，采用所述的引物对进行pcr扩增，得到snp标记，其核苷酸序列如seq id no:1 和seq id no:2所示：

10、seq id no:1的信息：

11、（a）序列特征

12、长度：254核苷酸

13、类型：核苷酸

14、链型：单链

15、（b）分子类型：dna

16、序列描述：seq id no:1

17、gcaaagcttttagcagctcaagaatatgcaacgtcaacaggattacctgttccgagaaatgttttgattcctcgtacaaagggttttgtttcagcagttagccacatgcgttcatttgttcctgccatttatgacggaacaatagctattcctaaaaatcagccttcacctacaatgc[c/a]taagactcttcaaggggcaatcctctgtggtgcacgtgcacatcaaacgacatttgatgaaggatttgcctgaa（如序列表中的seq id no:1所示）

18、seq id no:2的信息：

19、（a）序列特征

20、长度：642核苷酸

21、类型：核苷酸

22、链型：单链

23、（b）分子类型：dna

24、序列描述：seq id no:2

25、tatgtctttggttatgagccccattcagttttgccaattggtgtcgttgcacttgccaaccttacgggttttatgcctctcccaaaaataaaggtcctcgcaagtagtgctgtaagactttctcccctttgttgttgcatctttatacattccatggaaacttcctcacccttccatgtctatatatatgtggaacaaatgatcaggtgttctacacaccattcttgaggcatatatggt[t/a]catggttgggtcttgcacctgcaacaaagaaaggttttatttcccttttgtcagctggttatagttgcatcgtaatacctggtggagtgcaagaaacatttcatatggagcatggttctgaggtttaactcctaaaaatctttttcctcttccctccacacacacagaggaagcttactggagctttactttttcattgtcgtggatactatttttgtgtataacagtctttgggcgagtaggggaatttgaatgccttttttttttatttatttattattattgttccatttggtgtattaaaatatatatctttggttgtaaaatgttttcctgaagacgagaagaggatttgttcgtattgccatggagatgggcctacccctagttccagttttct（如序列表中的seq id no:2所示）

26、一种与牡丹种子亚油酸相关的snp位点组合的应用，所述snp位点用于以牡丹花芽dna为模板，采用所述引物对和pcr体系扩增，得到polpat2-712扩增产物和podgat2-484扩增产物；

27、所述polpat2-712扩增产物自5’端起第 178位核苷酸，该snp位点的核苷酸为c或a；

28、所述podgat2-484扩增产物自5’端起第 240 位核苷酸，该snp位点的核苷酸为t或a。

29、进一步地，所述polpat2-712扩增产物中cc基因型和aa基因型的种子亚油酸总数大于或候选大于c/a型的种子亚油酸。

30、进一步地，所述podgat2-484扩增产物中aa基因型的种子亚油酸总数大于或候选大于t/a基因型的种子亚油酸。

31、本发明的有益效果是：

32、本发明提供了一种与牡丹种子亚油酸相关的snp标记，并证实了该snp位点的不同基因型与牡丹种子亚油酸的相关性，通过检测该snp标记，可以实现牡丹种子亚油酸的早期预测和快速筛选，加快牡丹种子亚油酸遗传改良的育种进程，具有重要的科学价值和经济价值。

技术特征：

1.一种与牡丹种子亚油酸相关的snp位点组合，其特征在于：所述snp位点组合包括2个snp位点，每个snp位点包含两种不同的碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化；所述snp位点的变异信息如下：标记polpat2-712，podgat2-484，分别含有如seq id no:1 所示序列的178位的多态性为 c/a 和seq id no:2 所示序列的240位的多态性为t/a。

2.一种用于获得权利要求1所述的snp标记的特异性引物对，其特征在于：所述引物对如下：

3.一种获得权利要求1所述的snp标记体系的建立方法，其特征在于：以牡丹叶片dna为模板，采用权利要求2引物对进行pcr扩增，得到snp标记，其核苷酸序列如seq id no:1 和seq id no:2所示。

4.一种与牡丹种子亚油酸相关的snp位点组合的应用，其特征在于：所述snp位点用于以牡丹花芽dna为模板，采用权利要求2所述引物对和pcr体系扩增，得到polpat2-712扩增产物和podgat2-484扩增产物；

5.根据权利要求4所述的一种与牡丹种子亚油酸相关的snp位点组合的应用，其特征在于：所述polpat2-712扩增产物中cc基因型和aa基因型的种子亚油酸总数大于或候选大于c/a型的种子亚油酸。

6.根据权利要求4所述的一种与牡丹种子亚油酸相关的snp位点组合的应用，其特征在于：所述podgat2-484扩增产物中aa基因型的种子亚油酸总数大于或候选大于t/a基因型的种子亚油酸。

技术总结
一种与牡丹种子亚油酸相关的SNP位点组合及其应用，属于生物分子遗传技术领域，所述SNP位点组合包括2个SNP位点，每个SNP位点包含两种不同的碱基变异位点，用于检测该位点的等位基因变化；所述SNP位点的变异信息如下：标记Po LPAT2‑712，PoDGAT2‑484，分别含有如SEQ ID No:1所示序列的178位的多态性为C/A和SEQ ID No:2所示序列的240位的多态性为T/A。本发明通过检测该SNP标记，可以实现牡丹种子亚油酸的早期预测和快速筛选，加快牡丹种子亚油酸遗传改良的育种进程。

技术研发人员：任立民,齐秀双,彭丽平,江莉娜,刘福振
受保护的技术使用者：天香源（辽宁）生物科技有限责任公司
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16