山羊3BHSD基因中与产羔数关联的分子标记及其应用

本发明涉及山羊分子标记辅助选择，尤其涉及山羊3bhsd基因中与产羔数关联的分子标记及其应用。

背景技术：

1、随着社会的发展和生活水平的提高，人们的饮食观念发生转变，对健康饮食的要求提高，从最初的吃饱到如今的吃好。羊肉作为高蛋白、低脂肪、低胆固醇的优质食品，且富含氨基酸、维生素以及多种微量元素，在居民膳食消费结构中的占比增加。相较于其他羊肉品种，山羊肉因其品质高、膻味小、风味佳，深受消费者欢迎。然而，由于山羊繁殖能力相对较低，且在养殖过程中需要更多的草料和空间，相对于绵羊，山羊养殖规模较小，导致山羊肉供不应求的情况在市场上普遍存在，提高山羊产羔数是解决这一问题的有效举措。

2、山羊产羔数是低遗传力性状，常规育种方法很难在短期内获得较大的遗传进展，随着应用基因组学、分子生物学和分子遗传学理论技术的不断发展，分子标记可以较好地解决这一难题。分子标记是能够直接反映生物个体或种群间基因组间差异的dna片段，具有共显性、高多态性的优势且来源丰富、表现稳定，可从基因层面上解释可遗传变异带来的育种潜力。

3、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，snp)属于分子标记的一种，指个体间基因组中同一位置单个核苷酸发生变异而导致的dna序列改变，后续可影响基因表达量、转录活性及剪接修饰等。借助snp对山羊产羔数的选择进展进行辅助选择，将有助于提高我国山羊的繁殖效率，提升羊肉产量。全基因组测序(whole genome sequencing，wgs)是一种新型基因检测技术，是利用高通量测序技术对个体或群体中完整的基因组序列进行测序，发现序列或结构变异等信息。然后，通过全基因组关联分析(genome-wideassociation study，gwas)分析单核苷酸多态性位点与特定复杂性状之间的关联性，以确定与该性状有关的基因变异。

4、3β羟基类固醇脱氢酶(3β-hydroxysteroid dehydrogenase,3bhsd)为羟基类固醇脱氢酶家族成员，参与类固醇激素合成的多个步骤，对类固醇激素的合成具有重要意义。有关3bhsd研究主要集中在影响肾上腺和性腺组织发育方面，尚无有关山羊3bhsd基因作为产羔数性状的分子标记的有关研究报道。

技术实现思路

1、本发明的目的在于发掘了山羊3bhsd基因中与山羊产羔数关联的分子标记，为山羊产羔数性状检测或分子标记辅助育种提供一种新的分子标记。

2、本发明的技术方案如下：

3、本发明提供了一种山羊snp位点的单核苷酸多态性或用于检测山羊snp位点单核苷酸多态性的物质在检测或辅助检测山羊产羔数性状中的应用，所述snp位点为山羊基因组中g.96847162t>c位点的分子标记和/或g.96848096c>t位点的分子标记。

4、其中，所述g.96847162t>c位点的分子标记：即在seq id no.1所示序列中的第109bp处存在一个t>c碱基突变；所述g.96848096c>t位点的分子标记：即在seq id no.2所示序列中的第62bp处存在一个c>t碱基突变。

5、本发明上述snp位点的单核苷酸多态性与山羊头胎产羔数和平均产羔数的性状相关。

6、优选的，所述山羊品种为黑头羊。

7、本发明还提供了一种检测山羊产羔数性状的方法，检测山羊的seq id no:1所示序列中第109bp处的碱基类型，cc基因型山羊的头胎产羔数和平均产羔数均高于tt基因型和tc基因型；和/或，

8、检测山羊的seq id no:2所示序列中第62bp处的碱基类型，tt基因型山羊的平均产羔数高于cc基因型与ct基因型。

9、本发明还提供了用于检测山羊snp位点单核苷酸多态性的物质，包括扩增所述snp位点在内的基因组dna片段的pcr引物或含有所述引物的试剂盒。

10、本发明还提供了一种3bhsd基因中与山羊产羔数关联的分子标记，所述分子标记的核苷酸序列分别如seq id no.1和seq id no.2所示，所述seq id no.1中的第109bp处存在一个t>c碱基突变；所述seq id no.2中的第62bp处存在一个c>t碱基突变。

11、本发明的上述检测山羊snp位点单核苷酸多态性的物质或与山羊产羔数关联的分子标记能够用于山羊遗传育种中，以提高后代山羊的产羔数。

12、本发明提供了一种提高山羊产羔数的遗传育种方法，确定山羊核心群中种羊上述snp位点的单核苷酸多态性，并根据山羊所述snp位点的单核苷酸多态性做出相应的选择：

13、种羊的继代选育挑选seq id no.1所示序列中第109bp处碱基为cc型的个体，淘汰tt型和tc型个体，以逐代提高该位点基因c的频率，从而提高后代山羊的头胎产羔数和平均产羔数性能；和/或，

14、种羊的继代选育挑选seq id no.2所示序列中第62bp处碱基为tt型的个体，淘汰cc型和ct型个体，以逐代提高该位点基因t的频率，从而提高后代山羊的平均产羔数性能。

15、本发明的有益效果：

16、本发明发掘了山羊3bhsd基因中与产羔数关联的分子标记，所述的分子标记含有g.96847162t>c和g.96848096c>t两个snp位点；由上述2个snp位点组成的单倍型可以作为山羊产羔数性状的分子标记。

17、本发明验证了上述snp分子标记对山羊头胎产羔数和平均产羔数的影响效应，可将其应用于种羊提高产羔数的遗传改良中，从而提高后代的产羔数，进而增加养殖企业市场竞争力。

18、本发明为山羊产羔数性状的分子标记辅助育种提供了一种新的分子标记，实现了对山羊产羔数性状的早期选择，缩短育种进程；检测方法快速、准确，且不受养殖环境条件因素影响。

技术特征：

1.一种山羊snp位点的单核苷酸多态性或用于检测山羊snp位点单核苷酸多态性的物质在检测或辅助检测山羊产羔数性状中的应用，其特征在于，所述snp位点为山羊基因组中g.96847162t>c位点的分子标记和/或g.96848096c>t位点的分子标记。

2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述g.96847162t>c位点的分子标记：即在seq id no.1所示序列中的第109bp处存在一个t>c碱基突变；所述g.96848096c>t位点的分子标记：即在seq id no.2所示序列中的第62bp处存在一个c>t碱基突变。

3.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述山羊产羔数包括头胎产羔数和平均产羔数。

4.一种检测山羊产羔数性状的方法，其特征在于，检测山羊的seq id no:1所示序列中第109bp处的碱基类型，cc基因型山羊的头胎产羔数和平均产羔数均高于tt基因型和tc基因型；和/或，

5.一种检测权利要求1所述山羊snp位点单核苷酸多态性的物质，其特征在于，包括扩增所述snp位点在内的基因组dna片段的pcr引物或含有所述引物的试剂盒。

6.一种3bhsd基因中与山羊产羔数关联的分子标记，其特征在于，所述分子标记的核苷酸序列分别如seq id no.1和seq id no.2所示，所述seq id no.1中的第109bp处存在一个t>c碱基突变；所述seq id no.2中的第62bp处存在一个c>t碱基突变。

7.权利要求5所述物质或权利要求6所述分子标记在山羊遗传育种中的应用。

8.一种提高山羊产羔数的遗传育种方法，其特征在于，确定山羊核心群中种羊的权利要求1中所述snp位点的单核苷酸多态性，并根据山羊所述snp位点的单核苷酸多态性做出相应的选择：

技术总结
本发明属于山羊分子标记辅助选择技术领域，特别是涉及山羊3BHSD基因中与产羔数关联的分子标记及其应用。所述的山羊SNP位点为2处，包括g.96847162T>C和g.96848096C>T，所述分子标记的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2所示。本发明的2处SNP位点突变可显著影响山羊产羔数性状，为山羊产羔数性状检测或分子标记辅助育种提供一种新的分子标记。

技术研发人员：张凤,马开宇,熊琪,张年,陶虎,陈明新,索效军,杨前平,上官爱哨,李晓锋
受保护的技术使用者：湖北省农业科学院畜牧兽医研究所
技术研发日：
技术公布日：2024/1/15