鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的SNP分子标记及应用方法

本实发明涉及基因工程，尤其涉及一种鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记及应用方法。

背景技术：

1、黄瓜又称为刺瓜、胡瓜，是葫芦科一年生草本植物，全世界最重要的经济蔬菜之一。黄瓜的果实外观品质会直接影响消费者的选择，果实刺瘤密度(fruit spiny density)由球形基部和尖锐的刺柄组成，覆盖在果皮上，是黄瓜育种过程中重要外观品质之一。但是目前识别黄瓜果实为刺密还是刺疏，只能通过对黄瓜果实的观察与统计判断，无法从苗期就提前准确快速地鉴定和预测出黄瓜果刺密度的高低。因此，需要提供一种能够在黄瓜幼苗期就准确、快速鉴定出黄瓜果刺密度高低的方法，用于高品质黄瓜果实材料的预测与筛选。

技术实现思路

1、本发明所要解决的技术问题在于针对上述现有技术的不足，提供一种鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记及其应用方法，该snp分子标记中与黄瓜果实刺瘤密度性状相关的连锁突变位点可用于预测、鉴定和筛选出高品质的刺瘤密度低的品种或个体，在苗期就能够进行有效筛选，提高育种效率，减少种质资源创新和筛选过程的成本。

2、为解决上述技术问题，本发明提供一种鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no:1所示。

3、根据本发明提供的鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记，所述snp分子标记的引物组包括正向引物f1、正向引物f2和反向引物r，所述正向引物f1的核苷酸序列如seqid no:2所示；所述正向引物f2的核苷酸序列如seq id no:3所示；所述反向引物r的核苷酸序列如seq id no:4所示。

4、本发明还提供一种所述鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记的应用方法，包括以下步骤：

5、s1、提取待测黄瓜叶片的基因组dna；

6、s2、以s1中得到的基因组dna为模板，利用引物组正向引物f1、正向引物f2和反向引物r进行pcr扩增，得到扩增产物；

7、s3、对s3中得到的扩增产物进行荧光检测。

8、根据本发明提供的应用方法，s2中所述pcr扩增的反应体系为：flu-arms2x mixv4共5μl、反向引物r共0.3μl、正向引物f1共0.1μl、正向引物f2共0.1μl、10-100ng基因组dna共2μl，ddh2o为2.5μl，所述反应体系共10μl。

9、根据本发明提供的应用方法，s2中所述pcr扩增反应的程序为：95℃预变性10min；95℃变性15s，61℃退火60s，每个循环降低0.6℃，进行10次循环；95℃变性15s，55℃退火60s，进行28次循环；30℃延伸30s；4℃保存。

10、根据本发明提供的应用方法，s3中所述荧光检测，若所得荧光信号对应阳性对照亲本9930，则待测黄瓜果实刺瘤密度大，若所得荧光信号对应阳性对照1h，则待测黄瓜果实刺瘤密度小。

11、本发明与现有技术相比具有以下优点：

12、本发明提供一种鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记，在snp分子标记的第51个碱基出存在核苷酸多态性为a/g，该snp分子标记能够准确、快速地鉴别黄瓜果实刺瘤密度，该snp分子标记应用于黄瓜育种中能够用来预测、鉴定和筛选出高品质的刺瘤密度低的品种或个体，在苗期就能够进行有效筛选，提高育种效率，减少种质资源创新和筛选过程的成本。

技术特征：

1.一种鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的核苷酸序列如seq id no:1所示。

2.根据权利要求1所述的鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记，其特征在于，所述snp分子标记的引物组包括正向引物f1、正向引物f2和反向引物r，所述正向引物f1的核苷酸序列如seq id no:2所示；所述正向引物f2的核苷酸序列如seq id no:3所示；所述反向引物r的核苷酸序列如seq id no:4所示。

3.一种如任一项权利要求1-2所述鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的snp分子标记的应用方法，其特征在于，包括以下步骤：

4.根据权利要求3所述的应用方法，其特征在于，s2中所述pcr扩增的反应体系为：flu-arms2x mix v4共5μl、反向引物r共0.3μl、正向引物f1共0.1μl、正向引物f2共0.1μl、10-100ng基因组dna共2μl，ddh2o为2.5μl，所述反应体系共10μl。

5.根据权利要求3所述的应用方法，其特征在于，s2中所述pcr扩增反应的程序为：95℃预变性10min；95℃变性15s，61℃退火60s，每个循环降低0.6℃，进行10次循环；95℃变性15s，55℃退火60s，进行28次循环；30℃延伸30s；4℃保存。

6.根据权利要求3所述的应用方法，其特征在于，s3中所述荧光检测，若所得荧光信号对应阳性对照亲本9930，则待测黄瓜果实刺瘤密度大，若所得荧光信号对应阳性对照1h，则待测黄瓜果实刺瘤密度小。

技术总结
本实发明涉及基因工程技术领域，尤其涉及一种鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的SNP分子标记及应用方法。本发明提供一种鉴别黄瓜果实刺瘤密度性状的SNP分子标记，在SNP分子标记的第51个碱基出存在核苷酸多态性为A/G，该SNP分子标记能够准确、快速地鉴别黄瓜果实刺瘤密度，该SNP分子标记应用于黄瓜育种中能够用来预测、鉴定和筛选出高品质的刺瘤密度低的品种或个体，在苗期就能够进行有效筛选，提高育种效率，减少种质资源创新和筛选过程的成本。

技术研发人员：王文娇,刘斌,许兆颖,魏玉平,申成丞,侯雷平
受保护的技术使用者：山西农业大学
技术研发日：
技术公布日：2024/1/16